1. Toward the Standardization of Mycological Examination of Sputum Samples in Cystic Fibrosis : Results from a French Multicenter Prospective Study
- Author
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Lafarge, Céline, Pontoire, Bruno, Cayot, Nathalie, Le Bail, Patricia, Coron, Noémie, Pihet, Marc, Fréalle, Emilie, Lemeille, Yolande, Pinel, Claudine, Pelloux, Hervé, Gargala, Gilles, Favennec, Loïc, Accoceberry, Isabelle, Durand-Joly, Isabelle, Dalle, Frédéric, Huet, Frédéric, Fanton, Annlyse, Boldron, Amale, Loeuille, Guy-André, Domblides, Philippe, Coltey, Bérengère, Pin, Isabelle, Llerena, Catherine, Troussier, Françoise, Person, Christine, Marguet, Christophe, Wizla, Nathalie, Thumerelle, Caroline, Turck, Dominique, Bui, Stéphanie, Fayon, Michael, Duhamel, Alain, Prévotat, Anne, Leroy, Sylvie, Wallaert, Benoit, Bouchara, Jean-Philippe, Delhaes, Laurence, Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité de recherche sur les Biopolymères, Interactions Assemblages (BIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, ATOMycA (CRCINA-ÉQUIPE 6), Centre de Recherche en Cancérologie et Immunologie Nantes-Angers (CRCINA), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Angers (UA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Angers (UA), Groupe d'Étude des Interactions Hôte-Pathogène (GEIHP), Université d'Angers (UA), Laboratoire de Parasitologie et Mycologie (Parasito - Myco - LILLE), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Université Grenoble Alpes - UFR Pharmacie (UGA UFRP), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Pôle Biologie, Institut de Biologie et Pathologie, Centre Hospitalier Universitaire de Grenoble, Laboratoire de parasitologie-mycologie, CHU Grenoble, CHU Rouen, Normandie Université (NU), Appareil Digestif Environnement Nutrition (ADEN ), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Microbiologie cellulaire et moléculaire et pathogénicité (MCMP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Interactions Muqueuses Agents Transmissibles (LIMA), Université de Bourgogne (UB), Service de pédiatrie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Centre de Ressources et de Compétences de la Mucoviscidose [CHU Dijon] (CRCM ), CHU Bordeaux, Ctr Rech Mucoviscidose CRCM Adulte, CHU Bordeaux [Bordeaux], CRCM Adulte [Grenoble], Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble (INSERM U823), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de pédiatrie générale et maladies infectieuses, Service de Pneumologie Pédiatrique [Angers], Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-Centre Robert Debré, PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Service de pédiatrie médicale et médecine de l'adolescent [Rouen], Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Clinique de Pédiatrie, Hôpital Jeanne de Flandre [Lille]-Université de Lille, Hôpital Jeanne de Flandre [Lille], Pediatrics, CHU Bordeaux, Dept Pediat CRCM, INSERM Ctr Invest Clin CIC5, Université de Bordeaux (UB)-CHU Bordeaux [Bordeaux]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherche Cardio-thoracique de Bordeaux, U1045, Institut d'Informatique et de Mathématiques Appliquées de Grenoble (IMAG), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département de Pneumologie, Hôpital A. Calmette, Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU de Nice), Service de Pneumologie et Immuno-Allergologie [CHU LIlle], Pole Cardio-vasculaire et pulmonaire [CHU Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Service de Parasitologie et de Mycologie [Lille], Centre de recherche Cardio-Thoracique de Bordeaux [Bordeaux] (CRCTB), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-CHU Bordeaux [Bordeaux]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), French Ministry of Health and Research (PHRC N°2006/1902), the association 'Vaincre la Mucoviscidose' (Defeat Cystic Fibrosis) (MucoFong and Mucofong-ATF N8 2006/351), the Pharmaceutical Division of Pfizer France (Nu 2006/158), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), FLAveur, VIsion et Comportement du consommateur (FLAVIC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-Etablissement National d'Enseignement Supérieur Agronomique de Dijon (ENESAD), ATIP AVENIR / ATOMycA (CRCINA - Département INCIT - Equipe 6), Centre de recherche de Cancérologie et d'Immunologie / Nantes - Angers (CRCINA), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes)-Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Université d'Angers (UA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes)-Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Groupe d'Etude des Interactions Hôte-Parasite (GEIHP), Université Grenoble Alpes (UGA), Service de Pédiatrie, Centre de Ressources et de Compétences de la Mucoviscidose [Dijon], Service de Pneumologie et Immuno-Allergologie, Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Nantes (UN)-Université d'Angers (UA)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Nantes (UN)-Université d'Angers (UA), Service de Parasitologie-Mycologie [CHRU LIlle], Institut de Microbiologie [CHRU Lille], Pôle de Biologie Pathologie Génétique [CHU Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Pôle de Biologie Pathologie Génétique [CHU Lille], Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU), université de Bourgogne, PAM, Hôpital Charles Nicolle [Rouen], Université de Bordeaux (UB), CH Dunkerque, Centre de Recherche en Chimie Moléculaire (CRCM), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Groupe de Recherche sur les Antimicrobiens et les Micro-Organismes (GRAM 1.0), CHU Lille, CIC Bordeaux, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre d'Etudes et de Recherche en Informatique Médicale [Lille] (CERIM), Hôpital Pasteur [Nice] (CHU), Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice), Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Unité de recherche sur les Biopolymères, Interactions Assemblages ( BIA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), FLAveur, VIsion et Comportement du consommateur ( FLAVIC ), Etablissement National d'Enseignement Supérieur Agronomique de Dijon ( ENESAD ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ), ATIP AVENIR / ATOMycA ( CRCINA - Département INCIT - Equipe 6 ), Centre de recherche de Cancérologie et d'Immunologie / Nantes - Angers ( CRCINA ), Université d'Angers ( UA ) -Université de Nantes ( UN ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche en Santé de l'Université de Nantes ( IRS-UN ) -Centre hospitalier universitaire de Nantes ( CHU Nantes ) -Université d'Angers ( UA ) -Université de Nantes ( UN ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche en Santé de l'Université de Nantes ( IRS-UN ) -Centre hospitalier universitaire de Nantes ( CHU Nantes ), Groupe d'Etude des Interactions Hôte-Parasite ( GEIHP ), Université d'Angers ( UA ), Laboratoire de Parasitologie et Mycologie ( Parasito - Myco - LILLE ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] ( CHRU Lille ), Université Grenoble Alpes - UFR Pharmacie ( UGA UFRP ), Université Grenoble Alpes ( UGA ), Appareil Digestif Environnement Nutrition ( ADEN ), Université de Rouen Normandie ( UNIROUEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ), Microbiologie cellulaire et moléculaire et pathogénicité ( MCMP ), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire Interactions Muqueuses Agents Transmissibles ( LIMA ), Université de Bourgogne ( UB ), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble ( INSERM U823 ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers-Centre Robert Debré, Centre Hospitalier Universitaire d'Angers ( CHU Angers ), PRES Université Nantes Angers Le Mans ( UNAM ), CHU Rouen-Université de Rouen Normandie ( UNIROUEN ), Université de Bordeaux ( UB ) -CHU Bordeaux [Bordeaux]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre Hospitalier Universitaire de Bordeaux, Institut d'Informatique et de Mathématiques Appliquées de Grenoble ( IMAG ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Institut National Polytechnique de Grenoble ( INPG ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre Hospitalier Universitaire de Nice ( CHU de Nice ), Centre de recherche Cardio-Thoracique de Bordeaux [Bordeaux] ( CRCTB ), and Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-CHU Bordeaux [Bordeaux]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM )
- Subjects
Adult ,Male ,Microbiological Techniques ,0301 basic medicine ,medicine.medical_specialty ,Filamentous fungi ,Adolescent ,Veterinary (miscellaneous) ,Lung mycobiota ,030106 microbiology ,Biology ,Applied Microbiology and Biotechnology ,Microbiology ,Cystic fibrosis ,Aspergillus fumigatus ,Molds ,Young Adult ,03 medical and health sciences ,Medical microbiology ,Exophiala ,Mycological examination ,medicine ,Humans ,Prospective Studies ,Child ,Candida albicans ,[ SDV.MP.MYC ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology ,[SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology ,Aged ,Aged, 80 and over ,Aspergillus ,Lung Diseases, Fungal ,Fungi ,Sputum ,Scedosporium apiospermum ,Middle Aged ,biology.organism_classification ,[SDV.MP.MYC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology ,Corpus albicans ,030104 developmental biology ,Female ,France ,medicine.symptom ,Agronomy and Crop Science - Abstract
IF 1.710; International audience; Fungal respiratory colonization of cystic fibrosis (CF) patients emerges as a new concern; however, the heterogeneity of mycological protocols limits investigations. We first aimed at setting up an efficient standardized protocol for mycological analysis of CF sputa that was assessed during a prospective, multicenter study: “MucoFong” program (PHRC-06/1902). Sputa from 243 CF patients from seven centers in France were collected over a 15-month period and submitted to a standardized protocol based on 6 semi-selective media. After mucolytic pretreatment, sputa were plated in parallel on cycloheximide-enriched (ACT37), erythritol-enriched (ERY37), benomyl dichloran–rose bengal (BENO37) and chromogenic (CAN37) media incubated at 37 °C and on Sabouraud–chloramphenicol (SAB27) and erythritol-enriched (ERY27) media incubated at 20–27 °C. Each plate was checked twice a week during 3 weeks. Fungi were conventionally identified; time for detection of fungal growth was noted for each species. Fungal prevalences and media performances were assessed; an optimal combination of media was determined using the Chi-squared automatic interaction detector method. At least one fungal species was isolated from 81% of sputa. Candida albicans was the most prevalent species (58.8%), followed by Aspergillus fumigatus (35.4%). Cultivation on CAN37, SAB27, ACT37 and ERY27 during 16 days provided an optimal combination, detecting C. albicans, A. fumigatus, Scedosporium apiospermum complex and Exophiala spp. with sensitivities of 96.5, 98.8, 100 and 100%. Combination of these four culture media is recommended to ensure the growth of key fungal pathogens in CF respiratory specimens. The use of such consensual protocol is of major interest for merging results from future epidemiological studies.
- Published
- 2018
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