Search

Genel olarak, biyoaktif bileşiklerin çoğu, belirgin bir antioksidan kapasiteye sahiptir. Prebiyotikler gıdalardaki bakteri ve mantarlar gibi faydalı mikroorganizmaların büyümesini veya aktivitesini indükleyen bileşiklerdir. Probiyotikler, kalın bağırsağı kolonize etmeyi amaçlayan canlı bakterilerdir. Sinbiyotik terimi, prebiyotiklerin ve probiyotiklerin sinerjik kombinasyonlarını tanımlamak için kullanılır. DNA metilasyonu gibi epigenetik mekanizmaların, gen ekspresyonunu düzenlediği gösterilmiştir. Bazı aday genlerin DNA metilasyonu dokularda ölçüldüğü zaman, biyoaktif maddelerin epigenetik etkisi hakkında bilgi verici olabilir. Biyoaktif bileşiklerin karaciğerdeki DNA metilasyon seviyeleri üzerindeki rolü günümüzde bilinmemektedir. Bu çalışmada, biyoaktif maddelerin in ovo stimülasyondan sonra önemli bir metabolik organ olan karaciğerde yol açtığı epigenetik değişiklikleri (KLHL6 ve SYK genlerin metilasyonu üzerine) incelemeyi amaçladık. Bu çalışmada, 20 Ross ve 20 Green-legged Partridgelike cinsi tavuğun karaciğer örneklerinden olmak üzere toplamda 40 numune kullanıldı. Fenol / kloroform yöntemi kullanılarak DNA izolasyonu yapıldı. Prebiyotik (galaktooligosakarit), probiyotik (Lactococcus lactis subsp. Cremoris), sinbiyotiklerin (probiyotik ve prebiyotik kombinasyonu) SYK ve KLHL6 genlerinin metilasyon seviyeleri üzerinde etkisi incelendi. Metilasyon profilleri Metilasyon spesifik qPCR yöntemi kullanılarak analiz edildi. Prebiyotik, probiyotik ve sinbiyotiklerin embriyonik gelişimin 12. gününde in ovo uygulamasıyla enjekde edilmesinin, Ross ve Greenlegged-Partridgelike cinsi tavukların karaciğerlerinde immün ile ilişkili genlerin (KLHL6 ve SYK genleri) metilasyon seviyelerine artışa neden olduğu tespit edildi. Biyoaktif maddelerin etkilerinin altında yatan moleküler mekanizmanın anlaşılması, antibiyotiklere karşı doğal alternatifler bulmak için yararlı bir yaklaşım olabilir. In general, most of the bioactive compounds have a marked antioxidant capacity. Prebiotics are compounds in food that induce the growth or activity of beneficial microorganisms such as bacteria and fungi. Probiotics are live bacteria which are intended to colonize the large intestine. The term synbiotic is used to describe synergistic combinations of prebiotics and probiotics. Epigenetic mechanisms such as DNA methylation have been shown to regulate gene expression. When DNA methylation of some candidate genes is measured in tissues, it can be informative about the epigenetic effect of bioactive substances. The role of bioactive compounds on DNA methylation levels in the liver is currently unknown. The aim of this study was to investigate the effect of bioactive substances (prebiotics, probiotics alone or combined into synbiotics) on DNA methylation profile of SYK and KLHL6. It was hypothesized that bioactive compounds can modulate the epigenetic changes of the host in liver.DNA was extracted from 20 Ross liver samples and 20 Green-legged Partridge liver samples using phenol/chloroform method. The effects of prebiotic (galactooligosaccharide), probiotic (Lactococcus lactis subsp. cremoris), synbiotics (probiotic and prebiotic combination) on the methylation levels of SYK and KLHL6 genes were examined. DNA methylation ratios determined by Quantitative Methylation Specific PCR. In ovo injection of prebiotics, probiotics and synbiotics on the 12th day of embryonic development caused increased levels of methylation of immune-related genes in the liver of Ross and Greenlegged-Partridgelike chickens. If the methylation profile of KLHL6 and SYK genes in the liver is evaluated as biomarker, we think that it can give information about its effect on immune pathways. Understanding the molecular mechanism underlying the effects of bioactive substances may be a useful approach to finding natural alternatives to antibiotics. 70

İntrauterin başlangıçlı sendromik boy kısalığı olan çocuklarda klinik bulguların irdelenmesi ve 11p15 bölgesinin metilasyon analiziGiriş: Boy uzaması çocuk gelişiminin temel göstergesidir. İntrauterin dönemden itibaren genetik ve epigenetik düzenlemelere kontrol edilmektedir. 11p15 bölgesinin metilasyon değişikliği, boy uzaması ile ilişkisi iyi tanımlanmış bir epigenetik düzenlenmedir. 11p15 bölgesinin hipometilasyonu Silver Russell Sendromu'nun (SRS) etyolojisinin %60'ını oluşturur. Bazı sendromik kısalıklarda da bu bölgenin hipometilasyou gösterilmiştir.Amaç: SRS ve SRS benzer intrauterin başlangıçlı sendromik ve sendromik olmayan izole idiopatik boy kısalığı olan hastalarda 11p15 bölgesinin metilasyon düzeyindeki değişikliği araştırmak ve genotip- fenotip ilişkisi kurmaktır.Gereç ve Yöntemler: İntrauterin başlangıçlı boy kısalığı olan 49 sendromik ve 16 intrauterin başlangıçlı izole idiyopatik boy kısalığı olan hasta çalışma grubunu oluşturdu. Hastalar demografik, fenotipik ve laboratuvar özellikleri yönünden değerlendirildi. 11p15 bölgesinin metilasyon düzeyi MS-MLPA yöntemiyle analiz edildi.Bulgular: Silver Russell Sendromu(SRS) tanılı 14 olgunun 11p15 bölgesinde hipometilasyon gösterildi (5 hastada borderline). Diğer grupların metilasyon analizi normaldi. Çalışma grubundaki tüm olgular arasında %12,3 hiperkalsiüri ve %9,23 insülin direnci saptandı. Sonuçlar: SRS hastalarında saptanan yüksek oranda 11p15 hipometilasyonu ; hasta seçiminin ve sınıflandırılmasının iyi yapılmasına bağlı olabileceği gibi hasta sayısının azlığına bağlı da olabilir. Borderline hipometilasyon klasik SRS kliniğinden ziyade hemihipotrofi ile bildirilmiştir. Hemihipotrofisi olan boy kısalıklı olgularda yeni bir metilasyon çalışması planlandı. İntrauterin büyüme geriliğiyle doğan çocukların artmış hiperkalsiüri ve insülin direnci gibi ortak metabolik sorunlar açısından takibi önerilir.Anahtar Kelimeler: İntrauterin Başlangıçlı Boy Kısalığı Sendromları, Boy Uzaması, 11p15 bölgesi, Metilasyon. Examination of the clinical findings in children with syndromic intrauterine onset short stature and methylation analysis of 11p15 region.Introduction: Height growth is the main indicator of healthy development. Methylation changes of 11p15 region is a well-defined epigenetic regulation for height growth. Hypomethylation of the 11p15 region is responsible for 60% of Silver Rusell Syndrome's (SRS) etiology and has been shown in some rare syndromes, also.Aim: To evaluate the methylation levels of 11p15 region in SRS, SRS-like syndromic and non-syndromic patiens. And to establish the relations between genotype and phenotype.Materials and Method: Intrauterine onset short statured 49 syndromic patients and 16 idiopathic intrauterine short statured patients examined in our study group.Demographic, examinational and laboratuary data were evaluated for patient groups. Methylation levels of 11p15 region was analyzed with MS-MLPA method.. Results: Hypomethylation of 11p15 region were shown in all 14 cases with SRS (5 borderline hypomethylated). Analyses of other groups were normal. Among the patients in our study group hypercalciuria and insulin resistance were 12.3% and 9.23%, respectively. Conclusion: The cause of high hypomethylation results in our SRS patients was interpreted as good clinical evaluation and typing of patients and/or fewness of the patients. Borderline hypomethylation is reported with hemihypotrophy rather than classic SRS features. A new study was planned to evaluate the methylation of 11p15 region in short statured patients with hemihypotrophy. Children born with intrauterine growth retardation should be followed for common metabolic problems. Key Words: Intrauterine onset Growth Restriction Syndromes, Heigth growth, 11p15, Methylation. 104

Kadınlarda en sık görülen malign hastalık olan meme kanserinin gelişiminde genetik ve epigenetik değişiklikler birlikte rol oynamaktadır. Histon modifikasyon yolaklarında meydana gelen bozulmalar, birçok kanserde olduğu gibi, meme kanserinin gelişimi ve progresyonuyla da ilişkilidir.Memeli hücrelerinde H4 lizin 20 (H4K20) metillenmesi 3 farklı düzeyde gerçekleşir: tekli (H4K20me1), ikili (H4K20me2) ve üçlü metillenme (H4K20me3). Bunlardan H4K20me3 genomda heterokromatik bölgeler, telomerler, damgalı bölgeler ve tekrarlanan elementlerde yoğunlaşmıştır ve bu bölgelerin transkripsiyonel olarak sessizleştirilmesinde görev alır. H4K20'nin üçlü metillenmesi, SUV420H2 olarak kısaltılan metil transferaz tarafından gerçekleştirilir. Bu enzimin anlatım düzeyinin birçok kanserde değiştiği rapor edilmiştir.Literatürde yer alan çalışmaların bir kısmı H4K20me3 işaretlenmesinin farklı kanserlerde azaldığını bildirirken, bu modifikasyonun insan tümörlerinde arttığını gösteren çalışmalar da bulunmaktadır.Tez çalışmasında, meme kanserli hastaların tümör ve eşlenik normal dokularında SUV420H2 ekspresyonu ve H4K20me3 miktarının incelenmesi amaçlandı. Ayrıca, deneysel olarak SUV420H2 geninin susturulmasının meme kanseri hücrelerinin sağ kalımları üzerine etkisi araştırıldı. SUV420H2 gen ifadesi mRNA düzeyinde yarı nicel olarak belirlendi; H4K20me3 ise dokulardan elde edilen histon proteinlerinde ELİZA-benzeri yaklaşımla ölçüldü.Tez çalışmasının bulguları, SUV420H2'nin tümör dokularında eşlenik normal dokulara göre daha fazla ifade edildiğini göstermektedir. Hastaların hormon reseptör durumu ile SUV420H2 ifade düzeyi arasında dikkat çekici bir ilişki saptandı. H4K20me3 miktarları tümör dokularında, normal dokulara göre anlamlı düzeyde daha yüksek bulundu. Hastalığı daha ileri evresinde bulunan hastaların tümörlerinin daha fazla H4K20me3 düzeyine sahip olma eğiliminde oldukları belirlendi. Meme kanseri hücre soylarında SUV420H2 geninin baskılanması hücre çoğalmasının uyarılması ile sonuçlandı.Çalışmada elde edilen veriler, SUV420H2 ve H4K20me3 düzeylerinin meme kanserinde değişime uğradığını ve SUV420H2'nin hücre çoğalması ile ilişkili olduğunu ortaya koymaktadır.Anahtar Kelimeler: Meme kanseri, Epigenetik, Histon metillenmesi, H4K20me3, SUV420H2Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TDK-2017-27336 Genetic and epigenetic changes play a role in the development of breast cancer, the most common malignant disease in women. Alterations in histone modification pathways, as in many cancers, are associated with the development and progression of breast cancer. In mammalian cells, H4 lysine 20 (H4K20) methylation occurs at 3 different levels: mono- (H4K20me1), di- (H4K20me2) and tri- (H4K20me3). Of these, H4K20me3 is enriched in heterochromatic regions of the genome, telomeres, imprinted regions, and repeat elements, and is involved in transcriptional silencing of these regions. H4K20me3 is catalyzed by the SUV420H2 methyl transferase whose expression level has been reported to be altered in many cancers. While some studies report that H4K20me3 mark decrease in different cancers whilst others demonstrated an increase. In this study, we aimed to investigate SUV420H2 expression and H4K20me3 amounts in breast cancer. Additionally, the effect of SUV420H2 gene silencing on the survival of breast cancer cells was investigated. SUV420H2 gene expression was determined semi-quantitatively at mRNA level; the amount of H4K20me3 was measured in extracted histone proteins by ELISA-like approach.We found higher SUV420H2 expression in tumor tissues than in adjacent normal tissues. There was a remarkable relationship between hormone receptor status and SUV420H2 expression. The amount of H4K20me3 was also significantly higher in tumor tissues. Patients with advanced disease tend to have higher levels of H4K20me3. Inhibition of SUV420H2 gene resulted in stimulation of cell proliferation.The data of this study reveals that SUV420H2 and H4K20me3 levels are altered in breast cancer and SUV420H2 is associated with cell proliferation.Key Words: Breast Cancer, Epigenetic, Histone Methylation, H4K20me3, SUV420H2The present work was supported by the Istanbul University Scientific Research Projects Coordination Unit. Project No. TDK-2017-27336 87

Giriş ve Amaç: HSK, genellikle altta yatan bir kronik hepatit veya sirozzemininde gelişen tek veya çok sayıda nodüllerle seyreden primer malign karaciğer hastalığıdır. HSK moleküler patogenezi oldukça kompleks ve heterojen bir kanserdir. HSK moleküler patogenezi genetik ve epigenetik değişikliklerin katıldığı çok basamaklı bir süreçtir. HSK henüz patogenezi tam olarak aydınlatılmamış bir malignitedir. Patogenezini anlayabilmek için çok sayıda epigenetik ve genetik çalışmalar yapılmaktadır. Biz de EZH2 ve SMARCB1/INI-1 ekspresyon düzeyinin HSK epigenetiğindeki önemini anlamayı amaçladık.Gereç ve yöntem: 2011-2019 yılları arasında ÇÜTF' nde takip edilenpatolojik tanısı bulunan 103 HSK' li vaka seçildi. EZH2 ve SMARCB1/INI-1 immunohistokimya yöntemi ile değerlendirildi. Sorafenib ve/veya lokal ablatif işlem yapilmis hastalarin EZH2 ve SMARCB1/INI-1 ekspresyon düzeyine göre alt grup analizi ile değerlendirildi. Daha sonra istatiksel olarak hastaların sagkalım ve tedaviye yanıt analizi yapıldı.Bulgular: Çalışmamıza alınan hastaların 89' u (% 86,4) erkek, 14' ü (%13,6) kadındı. Hastaların median yaşı 68 (min17- max 89) idi. İmmunohistokimya yöntemi ile bakılan EZH2, 45 (% 43,7) hastada pozitif boyanma gösterdi, 58 (% 56,3) hastada boyanma gözlenmedi. INI-1 ise 92 (%89. 3) hastada pozitif boyanma gösterdi, 11 (% 10. 9) hastada boyanma gözlenmedi. Çalışmamızda progresyonsuz sağkalım ve toplam sağkalım için EZH2' nin prognostik önemine değindik. Prediktif değer için yeterli hasta sayısına ulaşılamadı. INI1 için sonuçlar istatistiksel olarak anlamlılığa yakın bulundu.Sonuç: HSK patogenezinde epigenetik faktörlerin rolü hâlâ araştırılmaaşamasında olup EZH2' nin HSK için prognostik önemini vurgulamaya çalıştık. Anahtar Kelimeler: EZH2, SMARCB1/INI1, HSK Introduction and Goal: HCC is a primary malignant liver disease usuallypresenting with single or multiple nodules developing on the basis of an underlying chronic hepatitis or cirrhosis. HCC molecular pathogenesis is a highly complex and heterogeneous cancer. HCC molecular pathogenesis is a multi-step process involving genetic and epigenetic changes. HSK is a malignancy whose pathogenesis is not yet fully elucidated. Numerous epigenetic and genetic studies have been conducted to understand its pathogenesis. We aimed to understand the importance of EZH2 and SMARCB1 / INI-1 expression levels in HCC epigenetics.Materials and Methods: 103 patients with pathological diagnosis followedby CUTF between 2011-2019 were selected. EZH2 and SMARCB1 / INI-1 were evaluated by immunohistochemistry. Sorafenib and/or local ablative procedures were evaluated by subgroup analysis according to EZH2 and SMARCB1 / INI-1 expression levels. Then, survival and treatment response analysis were performed statistically.Results: 89 (86,4 %) patients were male and 14 (13,6 %) were female.The median age of the patients was 68 (min17- max 89). Immunohistochemically, EZH2 showed positive staining in 45 (43,7 %) patients and no staining was observed in 58 (56,3%) patients. INI-1 showed positive staining in 92 (89,3 %) patients and no staining was observed in 11 (10,9 %) patients. In our study, EZH2 had prognostic significance for progression-free survival and overall survival. The number of patients for predictive value could not be reached. Results for INI-1 were found to be statistically near meaningfulness.Conclusion: The head of epigenetic factors in the pathogenesis of HCC isstill under investigation, and it is established to emphasize the prognostic significance of EZH2 for HCC.Keywords: EZH2, SMARCB1/INI-1, HCC 104

Farklı vücut sıvılarında bulunan nükleik asitler farklı özellikleri nedeni ile araştırılmıştır. Bunlar arasında sirküler serbest DNA (ccfDNA) 1948 yılında keşfedilmiştir. Fakat birçok yetersizliklerden dolayı uzun yıllar çalışılmamıştır. Son zamanlarda yapılan çalışmalar ccfDNA'nın hastalıklar için önemini ortaya koymuştur. Dolaşım sistemindeki ccfDNA'nın varlığı tiroid hastalıkları için yeni biyobelirteçler araştırmada kusursuz bir fırsat sunmaktadır. Tez çalışmasının ilk amacı, farklı tiroid hastalıklarının ccfDNA miktarlarını belirlemek, bu miktarların hastalık grupları ve kontrol grubu arasında değişip değişmediğini değerlendirmektir. Bu çalışmanın ikinci amacı ise ccfDNA'da bulunan total DNA metilasyon miktarını ölçerek tiroid hastalıkları için biyomarker olma potansiyelini değerlendirmektir. Bu amaçla hasta grupları ve sağlıklı bireylerinden kan örnekleri alınmıştır. Qubit 2.0 cihaza kullanılarak plazma örneklerindeki ccfDNA miktarı ölçülmüştür. İzole edilen DNA'lardan Elisa yöntemine dayalı kit yardımıyla total 5mC miktarı belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre benign, tiroidit ve malign hastalarının kanlarındaki ccfDNA miktarının istatistiksel olarak kontrol grubundan daha yüksek olduğu tespit edilmiştir. Bundan dolayı alınan örneklerdeki ccfDNA miktarı tiroid hastalıkları için farklılık göstermekte ve bir biyomarker olma potansiyeli taşımaktadır. Diğer taraftan, tiroidit hastalarından elde edilen DNA metilasyon (5mC) miktarı kontrol grubuna göre istatistiksel olarak yüksek bulunmuştur. Malign ve benign grupları kontrol grubu ile metilasyon dereceleri karşılaştırıldığında anlamlı bir fark görülmemiştir. Hastalık grupları da kendi arasında karşılaştırıldığında malign ve benign grupları arasında istatistiksel olarak bir fark bulunmazken, tiroidit ve benign ile tiroidit ve malign grubları arasında istatistiksel olarak fark görülmüştür. Yapılan değerlendirmeler sonucunda bu çalışmada tiroid hastalarının tedavisinde ve kanser teşhisinde ccfDNA'nın ve onun metilasyon derecesinin biyobelirteç olarak kullanılabileceği önerilmektedir. Nucleic acids in different body fluids have been investigated for their different properties. Among these, circulation cell free DNA (ccfDNA) was invented in 1948. However, it has not been studied for many years due to many deficiencies. Recent studies have been indicated the importance of ccfDNA for diseases. Thus, the presence of ccfDNA in the circulatory system provides an excellent opportunity to investigate new biomarkers for thyroid diseases. The first aim of this study was to determine the ccfDNA levels of different thyroid diseases and to determine whether these amounts vary between disease groups and control groups. The second aim of the study was to evaluate total the DNA methylation (5mC) level in ccfDNA as biomarker of thyroid diseases. For this purpose, blood samples were taken from patients and healthy individuals. The amount of ccfDNA in plasma samples was measured with the Qubit 2.0 instrument. A total of 5mC in ccfDNA was determined by means of the Elisa based kit. According to the results, the amount of ccfDNA in the plasma samples of benign, thyroiditis and malignant patients was statistically higher than the control group. Therefore, the amount of ccfDNA in plasma samples of thyroid diseases vary and has the potential to be a biomarker. On the other hand, the amount of DNA methylation (5mC) obtained from thyroiditis patients was found to be statistically higher than the control group. When the maling and benign groups were compared with the control group, no significant difference was observed. When the disease groups were compared, there was no statistically significant difference between benign and malignant groups, whereas thyroiditis and benign groups were statistically different between thyroiditis and malignant groups. As a result of the data, it is suggested that ccfDNA and its degree of methylation can be used as biomarkers for diagnosis of thyroid patients. 75

Oral skuamöz hücreli karsinom (OSCC), alkol ve tütün kullanımı, coğrafi bölge, kötü ağız hijyeni gibi faktörlerin insidans ve mortalite oranlarını etkilediği oral kavite karsinomunun en sık görülen türüdür. Prof. Dr. Semra Demokan ve arkadaşlarının tamamladığı TÜBİTAK-SBAG-114S497 nolu projesinde OSCC hastalarına ait tümör ve eşlenik normal dokularda tespit edilen ekspresyon ve metilasyon array sonuçlarının biyoinformatik analizine göre Glycophorin C (GYPC) geninin CpG adacıklarının metillenmiş olduğu ve bu duruma bağlı olarak ekspresyon düzeylerinde azalma olduğu tespit edilmiştir. GYPC geni, eritrositler tarafından taşınan ve membrana entegre olabilen GPC ile GPD proteinlerini kodlayarak, kırmızı kan hücrelerinde zar stabilitesini sağlar. Kanser gelişiminde DNA hipermetilasyonu gen ifadesini baskılaması sonucu karsinogenezde önemli bir rol oynamaktadır. Çalışmamızda GYPC genindeki metilasyon durumunun OSCC'de erken tanı ve prognozda kullanılabilecek bir biyobelirteç olabilme potansiyeli araştırıldı. OSCC tanısı konulan 50 hasta ve 10 sağlıklı bireyin doku ve serum örneklerinin metilasyon ve ekspresyon durumunu incelemek için sırasıyla QMSP ve QRT-PCR yöntemi kullanıldı. Elde edilen bulgular ile klinik parametreler karşılaştırılarak istatistik analizi değerlendirildi. `GYPC geninde, hastaların tümör dokusunun %48'inde (24/50) metilasyon gözlenirken; %50' inde (25/50) tümör dokusunda eşlenik normal dokuya göre ekspresyon seviyesinde azalma gözlendi. Tümör dokusunda metilasyon gözlenen 24 hastanın %52'sinde (13/25) metilasyona bağlı ekspresyon seviyesinde azalış gözlendi. GYPC geninin ekspresyon azalışı ile metastaz (p=0,006), tümör dokusunda metilasyon gözlenen hastalar ile lenf nodu tutulumu (p=0,011) ve metastaz (p=0,044) arasında istatistiksel anlamlılık bulunmuştur. Buna ek olarak metilasyona bağlı ekspresyon azalışı durumu ile sigara (p=0,019), alkol tüketimi (p=0,031) ve metastaz (p=0,019) arasında istatistiksel anlamlılık gözlenmiştir.Anahtar Kelimeler: metilasyon, gen ekspresyonu, epigenetik biyobelirteç, oral skuamöz hücreli karsinom, GYPC geniBu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TYL-2018-32628 Oral squamous cell carcinoma (OSCC) is the most common type of oral cancer and the ethiological factors such as alcohol and tobacco comsumption, geographical region, poor oral hygiene affect the incidence and mortality rates of this disease. In the TUBITAK-SBAG-114S497 project completed by Semra Demokan et al., According to bioinformatics analysis of methylation and expression array results, cpg islets of the Glycophorin (GYPC) gene were methylated and expression levels were decreased in tumor and conjugated normal tissues of OSCC patients. GYPC encodes the GPC and GPD proteins that can be integrated into the membrane in erythrocytes and provides membrane stability of red blood cells. DNA hypermethylation plays an important role in erythrocytes and carcinogenesis as a result of suppressing gene expression in cancer development.In this study, we investigated the potential of methylation status in the GYPC gene as a biomarker for early diagnosis and prognosis in OSCC. In our study, tissue and serum samples of 50 patients diagnosed with OSCC and 10 healthy individuals were examined in order to investigate methylation and expression status by QMSP and QRT-PCR methods, respectively. Methylation and expression levels of GYPC gene was observed 48% (24/50) of the patients, separately. Methylation-based expression decrease observed in 12 of 24 patients who had methylation in tumor tissue. Statistically significant difference was found between GYPC expression decrease with metastasis (p=0,006) and methylation with lymph node involvement (p=0.011) and metastasis (p=0,044). In addition, significant differences found with methylation-based expression levels and smoking (p=0,019), metastasis (p=0,019), alcohol consumption (p=0,031). Key Words: methylation, gene expression, epigenetic biomarker, oral squamous cell carcinoma, GYPC geneThe present work was supported by the Research Fund of Istanbul University. Project No. TYL-2018-32628 97

Amaç: Romatoid artrit (RA) çok sayıda genetik ve epigenetik faktörün etkili olduğu kronik bir inflamatuvar hastalıktır. Bu çalışma, RA hastalarında interlökin-16 (IL-16) ve matriks metalloproteinaz-3 (MMP-3) genlerinin promotör metilasyon durumlarının ve bu genleri hedeflemesi muhtemel mikro-RNA'lardan olan hsa-miR-93-5p ile hsa-miR-4668-5p'nin ekspresyon düzeylerinin RA ile ilişkisini tespit etmek amacıyla yapıldı.Materyal ve Metot: RA teşhisi konulmuş 49 hasta ve 38 sağlıklı kontrol ile çalışma grubu oluşturuldu. Gönüllü bireylere ait periferal kan numunelerinden DNA izolasyonu ile elde edilen genomik DNA'lardaki IL-16 ve MMP-3 genlerinin promotör metilasyon profilleri, metilasyon spesifik PZR metodu ile analiz edildi. Toplam 41 RA hastasında hsa-miR-93-5p ve hsa-miR-4668-5p'nin ifade düzeylerini belirlemek için kantitatif real-time PZR metodu kullanıldı.Bulgular: RA hastalarında metilasyon sıklığı; MMP-3 geni için %75.5 (37/49) ve IL-16geni için %93.9 (46/49)'du. Kontrol grubunda metilasyon sıklığı; hem MMP-3, hem de IL-16 geni için %97.4 (37/38)'di. Hasta ve kontrol grubuna ait DNA örneklerinin MMP-3 promotör bölge metilasyonları karşılaştırıldığında, metilasyon sıklıkları açısından anlamlı fark bulundu (p=0.004). Ancak, IL-16promotör metilasyon sıklıkları açısından bir fark bulunmadı (p>0.05). RA grubunda hem hsa-miR-93-5p, hem de hsa-miR-4668-5p'nin ekspresyon düzeylerinde kontrole göre anlamlı fark bulundu (p 0.05). In the RA group, expression levels of both hsa-miR-93-5p and hsa-miR-4668-5p were significantly different compared to the control group (p

İnsanlarda kronik sigara içiciliğinin bırakılması sonucunda oluşan nikotin yoksunluğu (NY) sırasında davranışsal fonksiyonların normal dışı seyrettiği sağlık problemleri görülebilmektedir. Bu olgu deney hayvanları üzerinde gerçekleştirilen araştırmalarda da bazı boyutlarıyla teyit edilmiştir. Literatürdeki deneysel çalışmalardan elde edilen davranışsal, hücresel ve moleküler düzeydeki bilgiler konunun halen önemli deneysel sorulara gebe olduğunu ortaya koymaktadır.Çalışmamızda erkek C57BL6 farelere 12 gün boyunca günde 6 mg/kg dozunda nikotin subkutan enjeksiyonla verilmiş, en son nikotin uygulamasından 24 saat sonra yoksunluk modeli oluşturulduğu kabul edilmiştir. NY grubu farelere denk yaş ve ağırlıkta Sham grubu farelere ise aynı zaman ve şekilde serum fizyolojik enjeksiyonu uygulanmıştır. Sham grubuna kıyasla NY grubu farelerde; enjeksiyon günlerindeki vücut ağırlığı değişimleri; açık alan (ATT) ve yükseltilmiş artı labirent testleriyle (YALT) lokomotor aktivite ve anksiyete/anksiyolite durumları; akım sitometrik analizler ile hipokampus (HP) dokusunda aktif nöron oranı ve RT-PCR ile HP'da DNA metilasyon/demetilasyon ve nöral farklılaşma/aktifleşme ile ilişkili genlerinin ekspresyon seviyeleri değerlendirilmiştir.Sham grubuna kıyasla NY grubunda vücut ağırlığı, ATT ve YALT parametreleri, akım sitometrik analizle aktif nöron oranı ve ekspresyonu belirlenen genlerin çoğunluğu açısından anlamlı bir farklılık görülmemiştir (p>0,05). Fakat akım sitometrik olarak saflaştırılan aktif nöronların tüm olgun nöronlara oranı ayrıca Tet2 ve Arc genlerinin ekspresyon düzeylerinin, Sham grubuna kıyasla anlamlı düzeyde artmış olduğu tespit edilmiştir.Yoksunluk oluşturduğumuzu kabul ettiğimiz hayvanlarda naif kontrollere kıyasla vücut ağırlığı, lokomotor kabiliyet, anksiyete/anksiyolite durumlarında anlamlı farklılık bulunmaması, çok yönlü sonuçlar içeren NY literatürüyle kısmen örtüşmektedir. Ayrıca, yoksunluk neticesinde HP'da aktif nöron oranının ve aktifleşen nöronlarda verimli biçimde eksprese olduğu bilinen Arc geni ekspresyonun artması literatürle büyük ölçüde tutarlılık göstermektedir. DNA metilasyon/ demetilasyon dinamiklerinin NY sırasında durumunu ortaya koyan bir araştırma görülmemiş: DNA metilasyonunu katalizleyen DNMT1/3a enzimlerini kodlayan gen ekspresyonlarının oluşturduğumuz yoksunluktan etkilenmediği, DNA demetilasyonunu oluşturan Tet1/2/3 enzimlerinden ise yalnızca Tet2'nin ekspresyonunun kontrollere kıyasla anlamlı artış gösterdiği literatürde yeni bilgilerdir. Anahtar Kelimeler: Nikotin Yoksunluğu, Anksiyete/Anksiyolite, DNA metilasyon/demetilasyon Dinamikleri, Epigenetik Health problems can be seen when behovioral functions are abnormally observed during nicotine withdrawal (NY) as a result of chronic cessation in humans. This phenomenon has also been confirmed in some studies on experimental animals. Behavioral, cellular and molecular level information obtained from experimental studies in the literature reveals that the subject is still conceived of important experimental questions.In our study, male C57BL6 mice were given a subcutaneous injection of nicotine at a dose of 6mg/kg daily for 12 days, and the deprivation model was accepted to be established 24 hours after the last nicotine administration. NY group mice were given saline injections at the same time and in the same age and weight as Sham group mice. NY group mice compared to sham group; body weight changes on the days of injection; locomotor activity and anxiety/anxiolitic states with open area (ATT) and elevated plus maze test (YALT); flow cytometric analyzes and expression levels of genes associated with DNA methylation/ demethylation and neural differentiation/activation in HP by RT-PCR and the ratio of active neurons in the hippocampus (HP) tissue.There was no significant difference in body weight, ATT and YALT parameters, flow cytometric analysis, active neuron ratio, and the majority of genes whose expression was determined in NY group compared to sham group (p>0,05). However, it was observed that the ratio of flow cytometricly purified active neurons vs. all mature neurons and the expression levels of Tet2 and Arc genes were significantly increased compared to Sham group.The absence of significant differences in body weight, locomotor ability, anxiety/anxiolity status compared to naïve control in the animals that accepted to be deprived were partially in agreement with the NY literature with multifaceted outcomes. In addition, the increment in the active neuron ratio in HP as a result of withdrawal and the increase in the expression of Arc gene that widely known to be abundantly expressed in active neurons, are most partially concordant with the literature. Yet, no research reveals the state of DNA methylation/demethylation dynamics in NY; but newly generated in this study that the expression of genes encoding DNMT1/3a enzymes that catalyze DNA methylation is not affected by nicotin deprivation model, plus among the three DNA demetylation catalyzers that analyzed (Tet1/2/3), only Tet2 exhibited a marked alternation, an increment in NY hippocampi as compared to the counterparts. Keywords: Nicotine deprivation, Anxiety/Anxiolite, DNA methylation/demethylation dynamics, Epigenetics 76

Amaç: Melanositik deri tümörleri, oldukça çeşitli klinik, histopatolojik ve genetik özelliklere sahip benign ve malign neoplazileri içeren geniş bir spektrumdur. Melanositik lezyonların yorumlanması, benign-malign ayrımı dermatopatolojide sık karşılaşılan zorluklardan bir tanesidir. Çok agresif bir tümör olan malign melanom ile benign melanositik lezyonların ayırıcı tanısında ve bu lezyonların biyolojik davranışlarının tahmininde yararlı olacak güvenilir biyobelirteç eksikliği mevcuttur. Melanomun gelişimi ve ilerlemesinde genetik olayların yanında epigenetik mekanizmalar da rol almaktadır. Çeşitli patolojik ve biyolojik süreçler için önemli bir epigenetik değişiklik olan 5. pozisyondaki sitozinin metillenmesi ile oluşan anormal DNA metilasyonu son zamanlarda üzerinde oldukça durulan bir mekanizmadır. Kromatin yapısının düzenlenmesinde rol alan diğer bir epigenetik mekanizma histon modifikasyonudur. Histon deasetilazlar (HDAC) ve histon asetil-transferazlar (HAT) birçok hastalıkta gen ekspresyonunun epigenetik düzenlenmesinde rol oynarlar. Bu çalışmada epigenetik belirteçler olan 5-hmC ve HDAC6 ifadesinin malign, borderline ve benign melanositik lezyonların ayrımında tanısal yararının; primer melanomda histopatolojik prognostik parametreler ile ilişkisinin araştırılması planlanmış; ayrıca primer ve metastatik melanomlarda karşılaştırarak, bu epigenetik değişikliklerin tümör progresyonundaki rolünün incelenmesi amaçlanmıştır.Materyal Metod: Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Patoloji Anabilim Dalı'nda, 2005-2018 yılları arasında incelenmiş olan 110 benign (22 dermal nevus, 22 konjenital nevus, 22 displastik nevus, 22 Spitz nevus, 22 mavi nevus), 110 primer malign (24 nodüler melanom, 24 yüzeyel yayılımlı melanom, 22 akral lentijinöz melanom, 22 lentigo maligna melanom, 18 özel tip melanom [spitzoid, nevoid, desmoplastik, iğsi hücreli]), 8 borderline melanositik lezyon ve 100 melanom metastazı (30 deri, 30 yumuşak doku, 30 lenf nodu ve 10 visseral metastaz) olgusu olmak üzere toplam 328 olgu çalışmaya dahil edilmiştir. Ayrıca bu olgular arasından alt tiplerden bağımsız olarak hem primer lezyonun hem de metastatik lezyonun aynı hastaya ait olduğu 24 olguluk bir grup oluşturulmuştur. Hastaların yaşı, cinsiyeti, lezyon lokalizasyonu not edilerek olgulara ait H-E boyalı kesitler yeniden incelenmiş ve histopatolojik parametreler değerlendirilmiştir. Histopatolojik parametreler primer melanom olgularında Breslow tümör kalınlığı, Clark invazyon seviyesi, mm2' de mitoz sayısı, ülserasyon, regresyon, lenfovasküler invazyon, perinöral invazyon durumu ve tümör infiltre eden lenfositlerin (TİL) varlığı ve yoğunluğu; benign lezyonlardan dispastik nevuslarda atipi derecesi ve tüm lezyonda mitoz sayısı; Spitz nevus ve borderline grubunda ise tüm lezyonda mitoz sayısıdır. İmmünhistokimyasal analizlerde tüm olgularda anti-HDAC6 boyanmasına rağmen, teknik nedenlerden dolayı anti-5-hmC 214 olguya uygulanabilmiş; değerlendirmeler preparatlar dijital olarak taranarak dijital görüntüler üzerinden, boyanma yüzdesi ve şiddetini içeren H-skoru ile yapılmıştır. Verilerin analizi `SPSS version 20` paket programı kullanılarak yapılmış, p

KOLANJİOKARSİNOMA HÜCRE HATTINDA (TFK-1) SUBEROYLANİLİD HİDROKSAMİK ASİT'İN GROWTH ARREST SPESİFİK PROTEİN (GAS6) VE AXL ÜZERİNE ETKİSİNeslihan HAKLIGÜRErciyes Üniversitesi Sağlık Bilimleri EnstitüsüKök Hücre Bilimleri Anabilim DalıYüksek Lisans Tezi, Haziran 2018Danışman: Prof. Dr. Gülden BAŞKOLÖZETKolanjiokarsinoma (KK), safra yollarının epitellerinden kaynaklanan malign bir tümördür. KK'nın insidansı ve mortalitesi dünya genelinde giderek artmaktadır. Asetilasyon ve deasetilasyon gen ekspresyonunun düzenlenmesinde önemli epigenetik mekanizmalardır. Birçok insan kanserinde, asetilasyon seviyesinde değişiklikler olduğu ve çeşitli HDAC'ların overekspresyona uğradığı bildirilmiştir. Kanserde meydana gelen epigenetik değişikliklerin potansiyel geri dönüşümlü olması, epigenetik tedavi seçeneğini ortaya çıkarmıştır. SAHA, bir HDAC inhibitörüdür ve çeşitli tümör hücrelerinde antikanser aktivite gösterdiği bildirilmiştir. RTK'lar, hücre büyümesi, farklılaşması, migrasyon, apopitozis gibi çeşitli biyolojik faaliyetleri kontrol ederler. Reseptör tirozin kinaz yolağının, çoğu kanser türünde anormal aktivite gösterdiği bildirilmiştir. TAM reseptör kinaz ailesinden Axl ve ligandı Gas6'nın, çeşitli insan kanserlerinde aşırı ekspresyona uğradığı, invazyon ve metastazla ilişkili olduğu belirlenmiştir.Biz bu çalışmada, kolanjiokarsinoma hücre hattında (TFK-1), SAHA' nın, Axl ve Gas6 üzerine etkisini araştırdık. Bu amaçla, TFK-1 hücrelerine, kültür ortamında 48 saat süre ile 2 μM SAHA uygulandı ve süre sonunda hücre kültür medium süpernatantlarında Gas6 ve Axl seviyesi ELİSA yöntemi ile değerlendirildi. Deney sonucunda SAHA uygulamasının, kontrol grubuna göre, Axl seviyesinde istatiksel olarak anlamlı biçimde azalmaya neden olurken, Gas6 seviyesinde, istatiksel olarak anlamlı biçimde artışa neden olduğu tespit edildi (p

Diffüz Büyük B-Hücreli Lenfoma (DBBHL) agresif lenfomaların en yaygın tipidir ve Hodgkin-dışı lenfomaların yaklaşık %30-40'ını oluşturmaktadır. DBBHL'nin moleküler patogenezi kompleks ve çok basamaklı mekanizmaları içermektedir. Bu mekanizmalardan bir bölümü aydınlatılmış olsa da, henüz hastalığın tam olarak patogenezi bilinmemektedir. Kanser hücrelerinden köken alan eksozomların tümör oluşumu, progresyonu ve yayılımına neden olacak önemli modülatörleri içerdikleri iyi bilinmektedir. Bu çerçevede, bu çalışma DBBHL'de primer tümörde EZH2-hedef genlerinde gözlenen epigenetik değişimlerin sirkülasyondaki eksozomlarda da belirlenebilirliğini değerlendirmek amacı ile dizayn edildi. Çalışmada 21 DBBHL hastası ve 21 sağlıklı gönüllü bireyin plazma eksozomları izole edildi. Eksozomlardan ve primer tümör dokularından DNA izolasyonu yapılarak, metilasyon-spesifik PCR ile hedef genlerdeki metilasyon durumları belirlendi. Aynı zamanda izole edilen RNA örnekleri kullanılarak, eksozomların ve primer tümör doku örneklerinin hedef genlere ait transkriptleri içerip içermedikleri belirlendi. EZH2'de mutasyonun varlığı DNA dizi analizi ile incelendi. Primer tümörlerle uyumlu olarak DBBHL eksozom örneklerinin CDKN1A ve CDKN1B unmetile DNA'sını ve CDKN2A ve CDKN2B metile DNA'sını içerdikleri belirlendi. DBBHL FFPE doku örneklerinin tümünde EZH2 mRNA'sının varlığı gözlenmişken karşılıkları olan eksozom örneklerinde söz konusu transkriptin varlığına rastlanmadı. FFPE doku örneklerinin 12'sinde (%57) CDKN1A; 9'unda (%43) CDKN2A mRNA'sının varlığı belirlenirken, aynı örneklerin eksozom karşılıklarında CDKN1A ve CDKN2A mRNA'larına rastlanmadı. FFPE doku örneklerinin tümünde CDKN1B; 3'ünde (%14) CDKN2B transkriptinin varlığı belirlenmişken karşılıkları olan eksozom örneklerinin %38'inin CDKN1B transkriptini içerdikleri ve hiçbirinin CDKN2B transkripti içermediği belirlendi. Ayrıca, primer tümörle uyumlu olarak eksozom örneklerinin EZH2 Y641 mutasyonunu taşımadığı saptandı. Bu çalışma, DBBHL-kökenli eksozomlarda DNA'nın varlığını gösteren ilk çalışmadır. Bu çalışma DBBHL'de plazma eksozomlarının primer tümörle uyumlu DNA fragmanlarını içerdiklerini gösteren ilk çalışmadır. DBBHL'de plazma eksozomlarının primer tümörden tercihli olarak özgün hedef moleküllerini paketlediklerini ve CDKN1B ile CDKN2A ve CDKN2B'nin rol oynadığı yolaklar üzerinden lenfomageneze katıldıklarını düşünmekteyiz.Anahtar Kelimeler: Diffüz Büyük B-Hücreli Lenfoma, eksozom, epigenetik, EZH2,EZH2-hedef genleri Diffuse Large B-Cell Lymphoma (DLBCL) is the most common type of aggressive lymphoma, and accounts for approximately 30-40% of non-Hodgkin's lymphomas. The molecular pathogenesis of DLBCL is a complex, multistep process. Although recent advances in our understanding of the process have been significant, the pathogenesis still remains to be elucidated. It is well known that exosomes derived from cancer cells are able to transfer important modulators for tumor formation, progression and spread. In this respect, this study was designed to evaluate if epigenetic changes in EZH2-targeted genes in primary tumor are also observed in circulating exosomes. This study included 21 healthy volunteers and 21 DLBCL patients and then plasma exosomes were isolated. After DNA isolation from the exosomes and primary tumor tissue samples, methylation-specific PCR was used to determine methylation status of the target genes. It was also determined whether exosomes and primary tumor tissue samples contained transcripts of the target genes using isolated RNA samples. DNA sequencing was used to determine the presence of mutation in EZH2.In concordance with the primary tumors, CDKN1A and CDKN1B unmetile DNAs and CDKN2A and CDKN2B methylated DNAs were determined in the exosomes isolated from DLBCL patients. EZH2 transcript was found in all primary tumor samples of DLBCL patients but no in the exosome counterpart. CDKN1A and CDKN2A transcrits were determined in 12 (57%) and 9 (43%) of the FFPE tumor samples, respectively whereas these transcripts were not found in the exosomes. CDKN1B transcript was determined in all FFPE tumor samples while CDKN2B transcript was determined in 3(14%) of the tumor samples. In the exosome counterpart, the presence of CDKN1B transcript was observed in 38% of the samples while there was no transcript for CDKN2B. In addition to, EZH2 Y641 mutation was not detected in both exosome samples and primary tumor samples counterparts. This study is the first to show that exosomes included DNA fragments which is in concordance with primary tumors. We thought that specific target molecules were preferentially sorted into exosomes and plasma exosomes may contibute to lymphomagenesis, at least in part, by pathogenic pathways including CDKN1B, CDKN2A and CDKN2B.Keywords: Diffuse Large B-Cell Lymphoma, exosome, epigenetic, EZH2, EZH2-targeted genes 102

Meme kanseri kadınlar arasında en sık görülen ve yüksek mortaliteye sahip bir kanser türüdür. Histopatolojik çeşitliliğinin yanı sıra karmaşık moleküler alt yapısı nedeniyle meme kanserinde tedavi hedefleri için moleküler çalışmalara ihtiyaç bulunmaktadır. RNF2, polycomb baskılayıcı kompleks içerisinde yer alan bağlandığı proteini ubikitinleyerek baskılayan bir proteindir. Embriyonik ve yetişkin evrede önemli rol oynayan RNF2' nin, bir çok metastatik kanser türünde ifadesinin artması ile beraber tümör baskılayıcı genleri susturması RNF2' ye onkojenik bir rol kazanmıştır. Bu çalışmada meme kanseri hücre hatlarında RNF2 gen ifade düzeyindeki değişimler ve bu genin miR-17-5p, miR-20a-5p ve miR-106b-5p tarafından baskılanıp baskılanmadığı analiz edilmiştir. Ayrıca bu miRNA' ların transfekte edilmesi ile metastaz ve invazyon üzerine etkisi incelenmiştir. Bunun için MCF-7, MDA-MB-231, SK-BR-3 ve ZR-75-1 meme kanseri hücre hatlarında miRNA transfeksiyonu öncesi ve sonrasında RNF2 gen ifade düzeyleri RT-PCR; protein ifade düzeyleri ise western blot ile analiz edilmiştir. Metastaz ve invazyon üzerine etkisi ise yara iyileşme ve boyden chamber yöntemleri kullanılarak saptanmıştır. RNF2' nin, MDA-MB-231 ve SK-BR-3 hücre hatlarında sırasıyla 4,1 ve 7,1 kat ifadesinin arttığı tespit edildi (sırasıyla p=0,048 ve 0,045). miR-17-5p ve miR-20a-5p miRNA transfeksiyonu sonrasında MDA-MB-231 hücre hattında RNF2 gen ifade düzeyinde anlamlı bir azalış saptandı (sırasıyla 3,5 ve 7,3 kat) (sırasıyla p= 0,045 ve 0,039). Protein düzeyinde ise MDA-MB-231 hücre hattında her üç miRNA' nın da RNF2 proteinini azalttığı saptandı. Ayrıca miR-17-5p ve miR-20a-5p metastaz ve invazyonu baskılarken miR-106b-5p' nin baskılamadığı saptandı. Sonuç olarak, metastatik yeteneği fazla olan meme kanseri hücrelerinde RNF2' nin ifadesi artmıştır. miR-17-5p ve miR-20a-5p, RNF2 aracılığı ile metastaz ve invazyonu baskılamaktadır. RNF2 meme kanseri için prognostik bir belirteç olmaya aday bir gen olarak değerlendirilebilir.Anahtar Kelimeler: Meme kanseri, metastaz, miRNA, polycomb, RNF2. Breast cancer is the most common type of cancer among women and has a high mortality rate. In addition to its histopathological diversity, new molecular and molecular investigations are needed in the treatment of breast cancer due to its complex molecular background. RNF2 is a protein that is repressed by ubiquitin binding of the protein bound in the polycomb repressor complex. RNF2, which plays an important role in a number of biological processes in embryonic development and adult stage, has acquired an oncogenic role due to overexpression in several types of metastatic cancers, as well as silencing tumor suppressor genes. In this study, changes in the level of RNF2 gene expression in breast cancer cell lines were analyzed and whether this gene was suppressed by miR-17-5p, miR-20a-5p and miR-106b-5p. Furthermore, the effect of transfection of these miRNAs on metastasis and invasion has been investigated. For this reason, RNF2 gene expression levels before and after miRNA transfection in MCF-7, MDA-MB-231, SK-BR-3 and ZR-75-1 breast cancer cell lines were analyzed by qRT-PCR and western blot analysis of protein expression levels. The effect on metastasis and invasion was observed using wound healing and dyed chamber methods. RNF2 was overexpressed 4.1 and 7.1fold in the MDA-MB-231 and SK-BR-3 cell lines, respectively (p=0,048 ve 0,045 respectively). A significant decrease in gene expression after miRNA transfection was observed in miR-17-5p and miR-20a-5p (3.5 and 7.3 fold, respectively) (p= 0,045 ve 0,039 respectively) at MDA-MB-231 cell line. At the protein level, it was observed that all three miRNAs decreased RNF2 protein at MDA-MB-231 cell line. It was also observed that miR-17-5p and miR-20a-5p suppressed metastasis and invasion and miR-106b-5p could not suppress it. As a result, RNF2 is overexpressed in breast cancer cells with more metastatic ability. miR-17-5p and miR-20a-5p suppress RNF2 targeting and suppress metastasis and invasion in this direction. RNF2 may be considered as a candidate gene to be a prognostic marker for breast cancer.Key Words: Breast cancer, metastasis, miRNA, polycomb, RNF2. 88

Amaç: AS tanılı hastalar ile sağlıklı kontrollerde, periferik kan mononükleer hücrelerinde T ve B hücre farklılaşması/uyarımı ile ilişkili mikro RNA'ların ekspresyon düzeylerini belirleyerek hastalık etyolojisi ile ilişkisinin açıklanmasını, hastalık tanısında biyobelirteç ve tedavide hedef molekül olma potansiyelinin saptanmasını amaçladık. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya AS tanılı 50 hasta ile 50 sağlıklı gönüllü dahil edildi. Dahil edilme ve dışlanma kriterleri göz önünde bulundurulduktan sonra, hastaların periferik kan mononükleer hücreleri ayrıştırılarak RNA izolasyonu, cDNA sentezi ve kantitaif real-time PCR yöntemi ile ekspresyon analizi gerçekleştirildi. Hastaların klinik bulguları, hastalık aktivitesi düzeyleri uygun laboratuvar ve ölçüm parametreleri ile kaydedildi. Bulgular: T ve B hücre farklılaşması/uyarımı ile ilişkili mikro RNA'ların hasta ve sağlıklı kontrol grubunda çalışılması sonrası miR-142-5p ve miR-143'ün ekspresyon düzeyinin iki grup arasında anlamlı farklılık gösterdiği saptandı (p

Amaç: İn siliko analiz kullanılarak Renal Hücreli Karsinom (RHK) patogenezinde rol alabileceği öngörülen potansiyel ceRNA aktivitesi gösterebilecek genlerin belirlenmesi amaçlandı. Daha sonra karşılaştırmalı olarak RHK'li hastalardan alınan tümör ve tümörün çevresindeki normal renal biyopsi örneklerinde bu genlerin ekspresyon düzeylerini incelemeyi ve klinik parametrelerle ilişkilendirmeyi hedefledik. Materyal ve Metot: İn siliko analiz sonucunda 3. kromozomda RHK'ye özgü delesyona uğrayan genlerden yola çıkarak dört muhtemel ceRNA (ATXN3, ABI2, GOLGB1 ve SMAD2) belirlendi. Ondokuz RHK'li hastanın tümör dokusu ile aynı hastanın tümör çevresindeki sağlıklı böbrek dokusunda bu genlerin ifade düzeyleri eş zamanlı PCR ile ölçüldü. Dört genin ifade düzeyi tümör ve çevresindeki normal böbrek dokusu arasında kıyaslandı ve sonra hastaların klinik parametreleriyle ilişkilendirildi. Bulgular: Çalışmamızın sonucunda, tümör dokularında normal böbrek dokularına göre ATXN3 ve GOLGB1 ifade düzeyleri yüksek, ABI2 ifade düzeyi ise düşük bulunmuştur (sırasıyla p=0,936, p=0,546, p=0,494). SMAD2 geninin tespit edilemeyecek kadar az ifade edildiği gözlemlendi. Hastaların ATXN3, ABI2 ve GOLGB1 gen ifade düzeyi değişimleri yaş, cinsiyet, tümör nod metastaz (TNM) evreleri ve Fuhrman grade parametreleri ile ilişkilendirildiğinde anlamlı bir ilişki bulunamadı. ATXN3 geninin direkt bilirubin, monosit eozinofil, bazofil, PCT ve LUC değerleri ile, ABI2 geninin sodyum, klor, glukoz, direk bilirubin, MCV, PLT, eozinofil, bazofil, PCT, PDW, LUC, % PT ve PLT/lenfosit oranı ile ve GOLGB1 geninin ise total bilirubin, direkt bilirubin, monosit eozinofil, bazofil, PCT ve LUC değerleri ile anlamlı derecede ilişkili olduğu belirlendi. Sonuç: İn siliko ceRNA analizi yaklaşımı ve gen ifadesi ölçümü, RHK ile ilişkisi daha önce kanıtlanmış genlerden yola çıkarak yeni hedef genlerin (ATXN3, ABI2 ve GOLGB1) belirlenmesinde akılcı ve ekonomik bir yaklaşım olabilir.Anahtar Kelimeler: ceRNA; Epigenetik; miRNA; Onkogen; Renal hücreli karsinom Aim: We aimed to determine the genes that could predict the potential ceRNA activity and could be involved in the pathogenesis of RCC in silico analysis. We then aimed to analyze the expression levels of these genes in tumor and their surrounding healthy kidney tissues of patients with RCC and correlate them with clinical patameters. Material and Method: Via in silico analysis upon RCC-specific deleted genes in chromosome 3, four possible ceRNAs (ATXN3, ABI2, GOLGB1 and SMAD2) were identified, expression levels of these genes in tumor tissues of 19 RCC patients and healthy kidney tissues surrounding tumors of the same patients were determined by Real Time PCR, the expression levels of these genes were firstly compared between tumor and healthy kidney tissues and eventually they were correlated with the clinical parameters of the patients.Results: As a result of our study, the expression levels of ATXN3 and GOLGB1 were higher and the expression level of ABI2 was lower in tumor tissues compared to healthy tissues (p=0,936, p=0,546, p=0,494). It has been observed that SMAD2 gene was expressed too low to detect. No significant association was found when patients' ATXN3, ABI2 and GOLGB1 gene expression level changes were associated with TNM stages, Fuhrman grade, age and gender parameters. The ATXN3 gene was significantly associated with direct bilirubin, monocyte eosinophil, basophil, PCT and LUC values, ABI2 gene was significantly correlated with sodium, chlorine, glucose, direct bilirubin, MCV, PLT, eosinophil, basophil, PCT, PDW, LUC,% PT and PLT/lymphocyte ratio and GOLGB1 gene was found to be significantly related to total bilirubin, direct bilirubin, monocyte eosinophil, basophil, PCT and LUC values.Conclusion: In silico ceRNA analysis approach and measurement of gene expression has been a rational and economic approach to the identification of new target genes (ATXN3, ABI2 and GOLGB1) from previously proven genes associated with RCC.Keywords: ceRNA; Epigenetics; miRNA; Oncogene; Renal cell carcinoma 96

Son yıllarda epigenetik üzerine yapılan araştırmaların artması ve genetiğin açıklamakta yetersiz kaldığı konuların epigenetik ile ifade edilebilmesi, epigenetik mekanizmaların ortaya çıkarılmasını zorunlu kılmıştır. Yapılan epigenetik çalışmalar sonucunda, epigenetik mekanizmaların bozulmasının birçok nörodejeneratif hastalık ve özellikle kanser ile ilişkili olduğu ortaya çıkmıştır. En bilinen epigenetik mekanizmaların başında DNA metilasyonu gelmektedir. Son yıllarda yapılan çalışmalarda DNA demetilasyonunda görevli TET (ten-eleven translokasyon) adı verilen protein ailesinin varlığı ortaya çıkarılmıştır. Bu proteinlerin DNA metilasyonunu aktif olarak geri çevirmesi yanında oluşturduğu metilsitozin türevleri aracılığıyla epigenetik kontrol mekanizmasını önemli bir şekilde etkilediği gösterilmiştir. Ancak TET proteinlerinin oldukça kompleks olan epigenetik değişikliklere etki mekanizması hala aydınlatılamamıştır. Proteinlerin kinetik davranışının bu etki mekanizmalarından biri olabileceği düşünülmektedir. Bu noktada ihtiyaç duyulan en önemli araçlardan biri, TET proteinlerinin detaylı kinetik ve mekanistik çalışmalar için çok miktarda aktif olarak eldesidir. Bu çalışmamızda TET1 proteini katalitik bölgesinin rekombinant olarak E.coli bakterisi içerisinde eldesi ve aktif şekilde saflaştırılması amaçlanmıştır. Increasing research on epigenetics in recent years and the inability to explain some of the subjects with genetically, have necessitated the uncovering of epigenetic mechanisms. As a result of the epigenetic studies made, it has been found that the deterioration of the epigenetic mechanisms is associated with many neurodegenerative diseases and especially cancer. DNA methylation is one of the most common epigenetic mechanisms. In recent years, studies have revealed the existence of a protein family called TET (ten-eleven translocation), which is responsible for DNA demethylation. These proteins have been shown to actively reverse DNA methylation and to significantly affect the epigenetic control mechanism through the methylcytosine derivatives they form. However, the mechanism of the TET proteins on the highly complex epigenetic changes is still unclear. The kinetic behavior of proteins is thought to be one of these mechanisms of action. One of the most important thing needed at this point is the production of active TET proteins in a large amount in order to study kinetic and mechanistic of TET proteins. In this study, it was aimed to purify the catalytic domain of TET1 protein recombinantly and actively in E. Coli bacteria. 69

Zearalenon (ZEA), çeşitli Fusarium türleri tarafından üretilen steroid olmayan östrojenik bir mikotoksindir. Mısır, buğday, yulaf ve soya fasülyesi gibi tahıl ürünlerini ve suları kontamine ederek insan sağlığı üzerine olumsuz etkilerde bulunur. Doktora tez çalışmasında bir endokrin bozucu olan ZEA ve metaboliti α-ZOL'ün epigenetik modifikasyonlar ve metabolik yolaklar üzerine etkisi HepG2 hücrelerinde incelenerek metabolik fonksiyon bozukluklarıyla muhtemel ilişkisi aydınlatılmaya çalışılmıştır. HepG2 hücrelerinde MTT ve NRU testlerine göre IC50 değerleri sırasıyla ZEA için 143,35 ve 60,45 µM; α-ZOL için ise 111,42 ve 35,73 µM olarak belirlendi. BrdU testi ile hücre proliferasyonunda 1-50 µM konsantrasyonlarda 24 saat ZEA maruziyeti sonrasında %7,2-41,71 oranında; 24 saat α-ZOL maruziyeti sonrasında ise %11,78-44,33 oranında kontrole kıyasla anlamlı artış tespit edildi. ROS oluşumunda 50 µM ZEA ve 50 µM α-ZOL maruziyeti sonucunda %48,1 ve %49,6 oranında kontrole kıyasla anlamlı artış gözlendi. Global DNA metilasyonu seviyelerinde 10 ve 50 µM ZEA maruziyeti 1,46 ve 2,54 kat; 1-50 µM konsantrasyonlarda α-ZOL maruziyeti ise 1,53-1,58 kat anlamlı artışa neden oldu. 1-50 µM konsantrasyonlarda ZEA ve α-ZOL maruziyeti PPARɣ ekspresyonu ve promotör DNA metilasyon seviyelerinde anlamlı düzeylerde değişikliklere neden olmuştur. Aynı zamanda, 1-50 µM konsantrasyonlarda ZEA ve α-ZOL maruziyetinin nükleer reseptör genleri (AhR, LXRα, PPARα, PPARγ), karbonhidrat ve lipit metabolizmasında rol oynayan genler (L-fabp, LDLR, GAPDH, Glut2, Igf-1, Akt1, HK2) ve oksidatif hasar ile ilişkili genlerin (HO1, Hsp70, Nrf2) ekspresyon seviyelerini önemli derecede değiştirdiği gösterildi. Ayrıca, 1-50 µM konsantrasyonlarda ZEA ve α-ZOL maruziyetinin western blot tekniği ile global histon modifikasyonları (H3K27me, H3K9me3, H3K9ac) üzerinde anlamlı değişikliklere neden olduğu görüldü. Tez çalışmasından elde edilen sonuçların, endokrin bozucu kimyasalların toksisitesinde ortaya çıkan anahtar moleküler mekanizmaların daha iyi anlaşılmasına katkı sağlaması beklenmektedir.Anahtar Kelimeler: Zearalenon; α-zearalenol; epigenetik mekanizmalar; nükleerreseptör genleri; karbonhidrat ve lipit metabolizması; oksidatif hasar. Zearalenone (ZEA), produced by various Fusarium species, is a non-steroidal estrogenic mycotoxin. It contaminates cereals such as corn, wheat, oat and soybean and water, therefore it has negative effects on human health. In doctorate thesis, the effects of ZEA and its metabolite α-ZOL on epigenetic modifications and metabolic pathways have been investigated in HepG2 cells in order to elucidate the possible relationship between metabolic dysfunctions. According to the MTT and NRU tests, the IC50 values were determined as 143.35 and 60.45 for ZEA and 111.42 and 35.73 µM for α-ZOL, respectively. At the concentrations of 1-50 µM of ZEA and α-ZOL exposures for 24 h were significantly increased cell proliferation by BrdU assay in the rates of 7.2-41.71% for ZEA, 11.78-44.33% for α-ZOL, respectively, compared to the control. 50 µM of ZEA and α-ZOL exposure significantly increased levels of ROS generation in the rates of 48.1% and 49.6%, respectively, compared to the control. ZEA caused an increase in global DNA methylation levels at 1.46 and 2.54 fold after 10 and 50 µM of ZEA exposure and at 1.53-1.58 fold after 1-50 µM α-ZOL exposure. 1-50 µM of ZEA and α-ZOL exposure caused alterations in PPARɣ expressiom and promoter DNA methylation significantly. Besides, 1-50 µM of ZEA and α-ZOL exposure showed significant alterations in the expression levels of nuclear receptor genes (AhR, LXRα, PPARα, PPARγ), carbohydrate-lipid metabolism related genes (L-fabp, LDLR, GAPDH, Glut2, Igf-1, Akt1, HK2), and oxidative stress genes (HO1, Hsp70, Nrf2). In addition, 1-50 µM of ZEA and α-ZOL exposure resulted in significant changes in global histone modifications (H3K27me, H3K9me3, H3K9ac) by western blot technique. It is expected that results from this thesis will contribute to better understanding of key molecular events in the toxicity of endocrine disrupting chemicals for risk assessment process.Key Words: Zearalenone; α-zearalenol; epigenetic mechanisms; nuclear receptor genes;carbohydrate and lipid metabolism; oxidative damage. 191

Epigenetik değişiklikler, tümörijenez oluşumunda rol oynayan kalıtsal, dinamik ve geri dönüşümlü değişimlerdir. DNA metilasyonu, gen regülasyonu, genomik imprinting ve hücre farklılaşması üzerindeki önemi nedeniyle iyi çalışılmış epigenetik mekanizmalardan biridir. miRNA'lar küçük, kodlayıcı olmayan, endojen RNA'lardır ve çeşitli hücre mekanizmalarında, esas olarak sinyal yollarındaki düzenleyiciler olarak önemli rol oynarlar.Kanser hem genetik hem de epigenetik değişikliklerden etkilenir. Bu nedenle, kanser oluşumuna yol açan mekanizmaları anlamak için, genetik ve epigenetik değişimleri birlikte kapsamlı bir yaklaşımla birlikte incelemek gerekir. Öte yandan, karmaşık hastalıklar, benzer bir fenotip gösterseler de her hasta için farklı yollar izler. Daha iyi bir sağlık bakımı ve tedavi sağlamak için kişiselleştirilmiş mekanizmalar belirlenmelidir. Bununla birlikte, bir hasta için etkilenen yolları bulmak zordur çünkü kanserden etkilenen birçok mekanizma vardır.Bu çalışmada, gen ekspresyonu değişiklikleri, metilasyon miktarı değişen bölgeler ve miRNA transkripsiyon düzeylerinde, etkilenen her bir yolu öngörmek için bu değinilen değişiklikler ile birlikte, bütüncül bir yaklaşım önermekteyiz. Bu tez çalışmasında, DNA metilasyonu, miRNA transkripsiyonu ve gen ekspresyonunun omik verileri ayrı ayrı analiz edilmiştir. Daha sonra bunların her biri için, yolak analizi uygulanmış ve ayrı ayrı mekanizmalardan etkilenmiş yolaklar bulunmuştur. Ardından, bu farklı veri kaynaklarının birleştirilmesiyle aday yolaklar belirlenmiş ve son olarak, kolorektal adenokarsinom hastaları için ya DNA metilasyon seviyelerinden ya da gen ekspresyon seviyelerinden tek tek etkilenen yollar tespit edilmiştir. Bu çalışma, farklı kanser türleri veya Alzheimer hastalığı dahil olmak üzere, her tür karmaşık hastalığa uygulanacak gerekli biyoinformatik arka planı sunmaktadır. Epigenetic changes are hereditary, dynamic and reversible changes that play a role in the formation of tumorigenesis. DNA methylation is one of the well-studied epigenetic mechanisms due to gene regulation, genomic imprinting and its importance on cell differentiation. miRNAs are small, non-coding, endogenous RNAs and play an important role as regulators in signal pathways in various cell mechanisms.Cancer is affected by both genetic and epigenetic changes. Therefore, in order to understand the mechanisms leading to the formation of cancer, genetic and epigenetic changes should be studied together with a comprehensive approach. On the other hand, complex diseases follow different pathways for each patient, even if they show a similar phenotype. Personalized mechanisms should be identified in order to provide better health care and treatment. However, it is difficult to find the affected paths for a patient because there are many mechanisms that are affected by cancer.In this study, we propose a holistic approach, along with the mentioned changes, to predict each change in gene expression changes, methylation amount-varying regions and miRNA transcription levels. In this study, DNA methylation, miRNA transcription and the omic data of gene expression were analyzed separately. Then, for each of these, pathways were analyzed, and pathways affected by separate mechanisms were found. Subsequently, candidate pathways were identified by combining these different data sources, and finally, pathways that were individually affected by DNA methylation levels or gene expression levels for colorectal adenocarcinoma patients were identified. This study presents the necessary bioinformatics background to be applied to all kinds of complex diseases, including different types of cancer or Alzheimer's disease. 113

Kolanjiokarsinoma (KK), safra epitelinden kaynaklanan malign bir neoplazidir. KK'nin insidans ve mortalite oranı her geçen gün artmaktadır ve ikinci en sık rastlanan primer hepatobiliyer kanser türüdür. Suberoilanilid Hidroksamik Asit (SAHA); hidroksamik asit yapısında bir Histon deasetilaz inhibitörü (HDACI)'dür. Terapötik açıdan, geri dönüşümlü epigenetik değişimleri hedeflemenin, daha stabil haldeki genetik mutasyonları hedeflemekten daha cazip bir yöntem olduğu düşünülmektedir. Bu nedenle biz çalışmamızda epigenetik değişikliklerle ilişkili bir faktör olan HDACI (SAHA) kullandık. İn vitro ve in vivo yöntemlerle yapılan pek çok çalışma ile SAHA'nın antikanser etkisi araştırılmıştır. Epitelyal-Mezenkimal Geçiş (EMT); epitel hücrelerinin bir takım değişiklikler geçirmesi sonucunda epitel özelliklerini kaybederek mezenkimal özellikler kazandıkları önemli bir değişim sürecidir. EMT sonucunda kanser hastalığının hayati tehlike oluşturan belirteçleri ortaya çıkmaktadır.Bu çalışmada, in vitro ortamda TFK-1 hücrelerine 1 μM, 2,5 μM, 5 μM ve 10 μM konsantrasyonlarında SAHA uygulandı ve IC50 değeri 2 μM olarak bulundu. Migrasyon deneyi (yara iyileşmesi deneyi) yapılarak kontrol ve 2 μM konsantrasyonunda SAHA verilen gruplardaki yara genişlikleri, belirlenen zamanlarda ölçüldü ve zamana göre yara genişliğindeki anlamlı değişim gösterildi. Deney sonucunda, 2 μM SAHA verilen grupta kontrole göre migrasyonun inhibe edildiği tespit edildi. Ayrıca SAHA'nın E-Kaderin, N-Kaderin ve Vimentin genleri üzerine etkisi araştırıldı. TFK-1 hücreleri 2 μM SAHA ile 48 saat inkübe edildi ve Kantitatif PZR (LightCycler®480Real-TimePCR-Roche) yöntemiyle gen ekspresyon seviyeleri incelendi.2 μM SAHA konsantrasyonuyla muamele edilen TFK-1 hücrelerinde, kontrole göre N-Kaderin ve Vimentin genleri pozitif regüle olurken, E-Kaderin'in negatif regüle olduğu gözlemlendi. Sonuçlar istatistiksel olarak anlamlı bulundu (p

Tüm şiddetli ve şüpheli ölümlerde, ölüm zaman ve nedenini belirlemek için bir otopsiye ihtiyaç duyulmaktadır. Önceki araştırmacılar, postmortem biyokimya ve moleküler biyoloji, ölüm prosedüründe yer alan hücrelerin ve organların morfolojik ve fonksiyonel değişiklikleriyle kurulamayan genel patofizyolojik değişiklikleri incelemek için kullanmıştır. Bu çalışmada, ölüm zamanının tayininde global DNA metilasyonunun etkinliğini değerlendirmek amacıyla 2 ila 27 saat arasında değişen postmortem aralıklarla ATK'dan aldığımız 21 insan kas doku örneğinden Quick-DNA ™ Miniprep Plus Kit (Katalog No. D4068 & D4069) ile izole edilen DNA kullanılmıştır. DNA metilasyonun miktarı tayininde öncelikle elde edilen DNA örneklerin 5-mC DNA ELISA Kiti (Katalog No. D5325 & D5326) ile modifiye edilmiştir. Sonuçlarımız, postmortem insan kas doku örneklerinde zamana bağlı olarak postmortem ilk 27 saatte global DNA metilasyonunun stabil olduğunu göstermektedir. Sonuçlara göre ölüm zaman tayininde ilk 27 saatte global DNA metilasyonu etkinliği ve PMA arasında anlamlı bir korelasyon bulunmamıştır. Bu nedenle, postmortem insan kas dokularındaki araştırmasında global DNA metilasyonun incelemek konusunda daha fazla çalışma ile desteklemesine ihtiyaç bulunmaktadır. All violent and suspicious deaths require an autopsy to determine the time and possible cause of death. Previous researchers use postmortem biochemistry and molecular biology to examine the general pathophysiological changes involved in the death procedure that cannot be established by morphological and functional changes of cells and organs. In this study however, we used DNA isolated from 21 human psoas muscle tissue samples obtained from ATK subjected to postmortem intervals ranging from 2 to 27 hours by using Quick-DNA ™ Miniprep Plus Kit (Catalog No. D4068 & D4069). In determining the amount of global DNA methylation, the DNA samples obtained were first modified with 5-mC DNA ELISA Kit (Katalog No. D5325 & D5326) according to the manufacturer's recommendations. Our results indicated that global DNA methylation are stable in the first 27 hours in postmortem human psoas muscle tissue samples. According to the results, there was no significant correlation between global DNA methylation effect and PMI in the first 27 hours time-dependent postmortem. For this reason therefore, there is need for further comprehensive research on global DNA methylation in post mortem human muscle tissues in determining time of death. 86

Dikkat Eksikliği Hiperaktivite Bozukluğu (DEHB), etiyolojisi henüz net olarak aydınlatılamamış, nörobiyolojik, genetik ve çevresel faktörlerin etiyolojide birlikte rol aldığı düşünülen nörogelişimsel bir bozukluktur. miRNA'ların çeşitli hastalıkların oluşumunda rol alıyor olabileceğine dair yakın zamanlı bilgiler mevcuttur. DEHB ve miRNA ilişkisi ise yazında oldukça yeni çalışılmaya başlanmış olan bir alandır ve bugüne dek oldukça az sayıda araştırma yürütülmüştür. DEHB etyopatogenezindeki rollerini araştırma amacıyla 30 DEHB tanılı hasta ve 30 sağlıklı gönüllü sağlam çocuğun periferik kan miR-124-3p, miR-4447, miR-107, miR-Let-7d ve miR-5692b düzeyleri incelenmiştir. Çalışmaya dahil edilmiş katılımcılar 6-17 yaş aralığında, başka herhangi bir fiziksel veya psikiyatrik ek tanısı ve psikotrop ilaç kullanım öyküsü olmayan çocuk ve ergenler arasından seçilmiştir. Periferik kan örneklerinden ticari kit kullanılarak miRNA izolasyonu yapılmış ve real-time PCR ile hasta ve kontroller arasında, miR-124- 3p, miR-4447, miR-107, miR-Let- 7d ve miR-5692b'nin ekspresyon seviyeleri kıyaslanmıştır. Katılımcıların belirti düzeyleri, Çocuk ve Ergenlerde Yıkıcı Davranım Bozuklukları İçin DSM-IV'e Dayalı Tarama ve Değerlendirme Ölçeği ve DEHB Çocuk Değerlendirme yarı yapılandırılmış görüşme ile değerlendirilmiştir. Olgu grubunda kontrollere göre, miR-5692b düzeyinin anlamlı olarak yüksek, miR-Let-7d düzeyinin ise anlamlı olarak düşük olduğu bulunmuştur. miR-124-3p, miR-4447 ve miR-107 düzeyleri açısından olgu ve kontrol grupları arasında anlamlı bir fark bulunamamıştır. Tüm katılımcılar değerlendirildiğinde bu parametrelerden hiçbirinin cinsiyet veya yaş ile ilişkisi olmadığı bulunmuştur. Sonuç olarak bu çalışmada, miR5692b ve miR-let-7d düzeyleri ile DEHB arasında bir ilişki gösterilmiştir. miRNA'ların DEHB etyopatogenezindeki rolünün anlaşılması için daha geniş örneklemde, DEHB alt tipleriyle birlikte genetik ve nörokimyasal etkenlerin de değerlendirildiği çalışmalara ihtiyaç vardır. Dr. Sezai Üstün AYDINAttention Deficit Hyperactivity Disorder (ADHD) is a neurodevelopmental disorder whose etiology is not clearly understood yet, but neurobiological, genetic and environmental factors are thought to play a role. Data is collecting in the literature about the role of miRNAs in the etiopathogenesis of variable disorders. In terms of ADHD, its relationship with miRNA has been started to be studied quite recently and very little number of studies have been conducted up to yet. Peripheral blood miR-124-3p, miR-4447, miR-107, miR-Let-7d and miR-5692b levels of 30 ADHD patients and 30 healthy volunteers were evaluatedwith the aim to investigate their roles in the ADHD etiopathogenesis. Participants who were included in the study were children and adolescents of 6-17 years without any other comorbid physical or psychiatric disorders and also who were psychotropic drug naïve. Isolation of miRNAs from participants was carried out using a commercial kit from peripheral blood samples, and expression levels of miR-124- 3p, miR-4447, miR-107, miR-Let-7d and miR-5692b were compared between patients and controls by real-time PCR. Participants' symptom levels were assessed by DSM-IV-Based Disruptive Behavioral Disorders Screening and Rating Scale and ADHD Child Evaluation. miR-5692b level was significantly higher, and miR-Let-7d level was significantly lower in the ADHD group. There was no significant difference between groups regarding miR-124-3p, miR-4447 and miR-107 levels. When all participants were assessed collectively, none of these parameters were found to be related to gender or age. Conclusively, we found an association between miR5692b and miR-let-7d levels and ADHD. There is a need for future studies that assess genetic and neurochemical factors among ADHD subtypes in larger samples to understand the role of miRNAs in the etiopathogenesis of ADHD. 112

Amaç: Travma sonrası stres bozukluğunun (TSSB) tedavisinde öğrenme ve bellek fonksiyonlarının epigenetik modifikasyonlardan yararlanılarak artırılmasını sağlamak ve TSSB etiyopatogenezinin aydınlatılması amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntem: Tüm deneyler ters siklusta, karanlık döngüde gerçekleştirilmiştir. Sıçanlar kirli kedi kumuna maruz bırakılarak travma modeli oluşturulmuş, travma hatırlatıcısı olarak temiz kedi kumu kullanılmıştır. Deneyin 7. gününde travma hatırlatıcısına maruz bırakmadan 2 saat önce i.p. 100 mg/kg valproik asit(VPA) enjeksiyonu yapılmıştır. Davranış deneyleri sonrasında denekler dekapite edilmiş, hipokampüs, sıçan beyin atlası koordinatlarına göre ayrıştırılmış, dokular homojenizasyon ve nüklear ekstraksiyon uygulanmıştır. Histon deasetilaz aktivitesi ELISA yöntemi ile, Histon 3 ve Histon 4 asetilasyon düzeyleri, c-Fos protein ekspresyonu WESTERN emdirimi yöntemi ile tain edilmiştir.Bulgular: EPM üzerinde hesaplanan anksiyete indeksine değerlendirildiğinde varyansın kaynağı valproik asitin etkisi olarak bulunmuştur (p< 0.001). HDAC inhibisyonu açısından yine gruplar arasındaki farklılık iki yönlü varyans analizi sonuçlarına göre VPA uygulamasından kaynaklanmaktadır (p

On yılı aşkın süredir gerçekleştirilen bilimsel çalışmalar, çevresel kirleticilerin genom ve/veya epigenom düzeyinde değişmelere neden olduğunu göstermiştir. Artan veriler çevresel kirleticilerin epigenetik modifikasyonları değiştirebildiğini göstermiştir. Epigenom düzeyinde meydana gelen değişmelerin başta kanser olmak üzere birçok hastalığın etiyolojisinde tek başına ve/veya başka mekanizmalarla birlikte rol oynayabileceği bilinmektedir. Bu bağlamda, çevresel kirleticilerin epigenetik mekanizmaları değiştirerek/etkileyerek bazı hastalık süreçlerini değiştirebileceği düşünülmektedir. Tez çalışmasında, Uluslararası Kanser Araştırmaları Ajansı (IARC - The International Agency for Research on Cancer) tarafından insanda karsinojen potansiyeli yüksek olarak ilan edilen 2 adet pestisit in vitro koşullarda epigenetik modifikasyonlardan total DNA 5 metilsitozin (5mC) miktarını değiştirip değiştirmediği araştırılmıştır. Bu amaçla, Glyphosate ve Tetrachlorvinphos pestisitlerinin çeşitli konsantrasyonları ile A549 hücreleri in vitro koşullarda muamele edilmiştir. 12 ve 24 saat muamelelerin sonunda izole edilen DNA örnekleri ELISA yöntemine dayalı kit yardımıyla total 5mC miktarı belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre Glyphosate ile 12 ve 24 saat muamele sonucunda total 5mC miktarı artmıştır. 24 saatlik muamelede, total 5mC miktarı istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. Araştırılan konsantrasyonlar, sitotoksik olmayan dozlardır. Diğer taraftan, Tetrachlorvinphos ile muameleden sonra ölçülen total 5mC miktarı negatif kontrole göre artmıştır. Bu artışlar konsantrasyon artışı ile birlikte olup, en yüksek konsantrasyonların neden olduğu 5mC miktarının istatistiksel olarak anlamlı olmadığı görülmüştür. Bu çalışma ile karsinojenik olduğu bildirilen iki pestisitin, DNA metilasyon miktarlarını değiştirdiği belirlenmiştir. Total 5mC miktarı, bu iki pestisit için birer maruziyet biyomarkırı olabileceği gibi karsinojenite için de bir etki mekanizması olabileceği önerilmektedir. Scientific studies performed over a decade showed that environmental pollutants cause changes at the genome and / or epigenome level. Increased data have shown that environmental pollutants can alter epigenetic modifications. It is known that alteration occurring at the epigenome level can play a role in the etiology of many diseases, especially cancer, alone and / or with other mechanisms. In this context, it is thought that environmental pollutants can change some disease processes by changing / affecting the epigenetic mechanisms. In the thesis study, it was investigated whether the amount of total DNA 5 methylcytosine-5mC was changed as epigenetic modifications in response to two pesticides in vitro conditions, which were declared high human carcinogenic potential by the International Agency for Research on Cancer (IARC). For this purpose, A549 cells were treated with various concentrations of Glyphosate and Tetrachlorvinphos pesticides in vitro. At the end of 12 and 24 hour treatments, total 5mC amount of DNA samples were determined by using kit based ELISA method. According to the results obtained, total amount of 5mC was increased as a result of treatment with Glyphosate for 12 and 24 hours. Treatment for 24 hours, total amount of 5mC was found statistically significant. The concentrations investigated are non-cytotoxic doses. On the other hand, the total amount of 5mC measured after treatment with Tetrachlorvinphos was increased relative to the negative control. These increases were accompanied by concentration increases, and the amount of 5mC caused by the highest concentrations was not found to be statistically significant. In this study, two pesticides reported to be carcinogenic changed DNA methylation quantities. The total amount of 5mC is suggested to be an action mechanism for carcinogenicity as well as exposure biomarkers for these two pesticides. 97

Epigenetik üreme tıbbında giderek daha çok araştırılan bir konudur. Erkek infertilitesi ile ilişkili bulunan pek çok epigenetik değişiklik gösterilmiştir. Bu çalışmanın amacı açıklanamayan infertilite nedeniyle yardımla üreme tekniği önerilen erkeklerin sperminde MTHFR gen promotoru hipermetilasyonunun idiopatik infertilite ile ilişkisi olup olmadığının incelenmesidir. Çalışma grubu olarak en az 2 yıl süreyle iyi tanımlanmış açıklanamayan infertilite tanısı olan ve Hacettepe Üniversitesi İnfertilite Merkezi'ne başvuran çiftlerin erkek eşleri seçilmiştir. Kontrol grubu ise aynı yaş grubunda normal olarak çocuk sahibi olmuş normal spermiogramlı erkeklerden oluşturulmuştur. Sperm toplanmasının ardından DNA ekstraksiyonu yapılmış ve MTHFR gen promotoru için bisülfit dönüşümü ve pyrosekans analizi yapılmıştır. Çalışma ve kontrol gruplarında 40'ar olgunun bulguları analiz edilmiştir. Çalışma ve kontrol gruplarında metilasyon oranlarının ortalaması sırasıyla 10,01% (1-77) ve 4,3% (2-10) olarak tespit edilmiş ve istatistiki olarak anlamlı bulunmuştur (p=0.015). ROC analizinin işaret ettiği %9,5 metilasyon oranı hipermetilasyon tayini için eşik değer olarak alındığında çalışma ve kontrol gruplarında sırasıyla 21 ve 2 hipermetile olgu tespit edildi (p

Düz kas hücreleri kan damarlarının önemli bir bileşenidir. Damar duvarında kasılıp gevşeyerek kan akımını düzenlemek dışında matriks sentezi de yapabilme yeteneğine sahiptir. Günümüze kadar düz kas hücreleri ile aterosklerotik damar hastalıkları arasındaki ilişkiyi gösteren çok sayıda çalışma yapılmıştır. Bu çalışmaların bazılarında aterosklerotik lezyonlarda düz kas hücrelerinin epigenetik değişiklikleri aydınlatılmaya çalışılmıştır.Östradiol ve D vitamininin de aterosklerotik damar hastalıklarında oldukça önemli olduğu, hastalığın oluşumunda ve klinik seyrinde belirleyici olabileceği çok sayıda çalışmayla gösterilmiştir. Bu hormonların damar düz kasları üzerinde koruyucu veya zararlı etkileri olduğunu bildiren çelişkili çalışmalar bulunmaktadır.Sunulan çalışmada, kültüre edilmiş sıçan aortik düz kas hücreleri üzerine östradiol ve D vitamini farklı konsantrasyonlarda uygulandı. Çoğalma dinamiklerini göstermek için gerçek zamanlı hücre analizi yöntemi kullanıldı. Hücrelerin apoptoz oranlarını belirlemek için aktif kaspaz-3 antikoruyla immün işaretleme yapıldı ve apoptotik indeksleri karşılaştırıldı. Ayrıca, epigenetik ve östrojen reseptörlerindeki değişiklikleri belirlemek için DNMT1, DNMT3a, östrojen reseptör alfa ve beta antikorları ile immün işaretlemeler yapıldı. İşaretlemelerin ışıma yoğunlukları gruplar arasında karşılaştırıldı.Bulgular incelendiğinde hormonların düz kas hücre çoğalması üzerine anlamlı etki göstermediği saptandı. Östradiol hormonu apoptoza yol açmazken D vitamini artan dozla korele bir şekilde apoptozu uyarmaktaydı. Hormonların birlikte verildiği gruplarda östradiolün apoptozdan koruyucu etki gösterdiği de anlaşıldı. İşaretlenme yoğunluğu açısından sadece DNMT3a ile işaretlenen ve hormonlu medyumda 72 saat bekletilen bazı gruplarda anlamlı fark görüldü.Bu bilgiler ışığında östradiol ve D vitamininin düz kas hücre apoptozunda önemli rol oynadığı, hücre proliferasyonunda etkisinin olmayabileceği, epigenetik olarak da daha çok DNMT3a üzerinden etki gösteriyor olabilecekleri sonucuna varıldı. Vascular smooth muscle cells are important components of the vessel wall. As well as regulating blood flow via contraction and relaxation, vascular smooth muscle cells are also capable of synthesizing extracellular matrix and its components. There are number of studies pointing out their relationship with atherosclerotic vascular diseases. Some of those tried to shed light on the epigenetic changes of the vascular smooth muscle cells found in the atherosclerotic lesions. To date, the importance of estradiol and vitamin D in atherosclerotic vascular pathology and disease progression has ben shown by several works. The results are controversial about whether those hormones have beneficial or detrimental effects on vascular smooth muscle cells. In the present study, cultured rat aortic smooth muscle cells were treated either with estradiol or vitamin D in different concentrations. Real-time cell analyser was chosen as a method to report their proliferation dynamics. To determine the apoptotic rates of cells treated with different concentrations of these hormones, caspase 3 immunostaining method was performed and the apoptotic indices of the groups were compared. In addition, to determine the changes in estrogen receptors and epigenetic markers for DNA methylation, immunstaining for DNMT1, DNMT3a, ER-α and ER-β were carried out. Staining intensity between the groups was then evaluated.Assessment of our findings revealed that the effect of the hormones on the smooth muscle cell proliferation was not statistically significant. The hormone estradiol did not induce apoptosis on the cells while vitamin D3 did in a dose-dependent manner. The staining intensity was found to be different only for DNMT3a in some of the 72 hour hormone-treated groups. In the light of these findings, it is suggested that both estradiol and vitamin D play an important role in smooth muscle cell apoptosis and their effects are opposite to each other. It is also inevitable to conclude that these hormones may not be effective on the smooth muscle cell proliferation and they may exert their epigenetic effects on vascular smooth muscle cells over DNMT3a. 99

Sentetik monomer olarak endüstride polikarbonat plastik ve epoksi reçinesinin üretiminde kullanılan bisfenol A (BPA), endokrin bozucu özelliğinden dolayı özellikle insan sağlığında yüksek risk oluşturmaktadır. Normal koşullarda BPA'nın plastik taşıyıcılardan gıda, içecek ve çevreye salınımı söz konusu olmakta ve bu durum da insanların bu kimyasala maruziyetine yol açmaktadır. Son zamanlarda endokrin etkiler gösteren çevresel kimyasalların gen ifadesindeki değişiklikler üzerindeki rolünün epigenetik mekanizmalar ile ilişkili olabileceği alternatif bir yol olarak ortaya çıkmaktadır. Bu nedenle, epigenetik mekanizmalardan DNA metilasyonunun endokrin bozucu kimyasalların toksisitelerinde önemli bir rol oynayabileceği düşünülmektedir. Tez çalışmasının amacı; sıçan böbrek hücrelerinde (NRK-52E) BPA'nın doza bağlı olarak gelişen toksisitesinde global DNA hipometilasyonu ve bazı genlerin CpG adası promotor hipermetilasyonu ve ekspresyonlarının rolünün araştırılmasıdır. BPA'nın NRK-52E hücreleri üzerine sitotoksik etkisi MTT ve NRU testleriyle araştırılmış olup, 24 saatlik maruziyette IC50 değeri sırasıyla 105 µM ve 88 µM olarak bulunmuştur. DNA metilasyonu analizinde NRK-52E hücreleri doza bağlı toksisiteyi incelemek için 1 nM, 10 nM, 100 nM, 1 µM ve 10 µM konsantrasyonlarda 24 saat ve süreye bağımlı toksisiteyi incelemek için ise 100 nM konsantrasyonda 24, 48, 72, 96 saat ve 6 gün süre ile BPA'ya maruz bırakıldı. Global 5-metilsitozin (5-mC) düzeyi Eliza kitler kullanılarak ölçüldü ve 100 nM konsantrasyonunda 24, 48, 72 ve 96 saat BPA ile maruziyetlerinde azalma gözlendi. BPA ile maruz bırakılmış NRK-52E hücrelerinde bisülfit dönüşümünü takiben metilasyona özgü polimeraz zincir reaksiyonu sonucunda Rassf-1 ve c-myc genlerinin promotör bölgelerinde metilasyonda ve ekspresyonlarında değişiklikler gözlendi. Sonuç olarak, BPA toksisitesinde bir epigenetik mekanizma olarak global ve gene-özgü DNA metilasyonunun rolü olabileceği ortaya çıkmaktadır. Bisphenol A (BPA), as synthetic monomer used in industry in the production of polycarbonate plastic and epoxy resins, has endocrine disruptor properties and high risk on human health. Under normal circumstances, the release of BPA from plastic carrier being concerned and especially new born babies in intensive care units are exposed to high amounts of BPA. It is shown to have estrogenic properties for BPA that transferred to the baby through breast milk, and also during pregnancy the fetus has high risk by trans-placental route. However, more recently, epigenetic-induced alteration in gene expression has emerged as an alternative way in which environmental compounds may exert endocrine effects. Therefore, epigenetic events such as DNA methylation may play an important role in the toxicity of endocrine disrupting chemicals. The aim of this study is to investigate the effects of BPA in global DNA methylation, CpG promoter DNA methylation and gene expressions in rat kidney epithelial cells (NRK-52E). IC50 value of BPA was determined as 105 mM and 88 mM in NRK-52E cells by MTT and NRU test, respectively. For DNA methylation analysis, NRK-52E cells were treated with BPA to investigate dose-dependent toxicity at 1 nM, 10 nM, 100 nM, 1 µM and 10 µM concentrations for 24 hours, and to investigate time-dependent toxicity at 100 nM concentration for 24, 48, 72, 96 hours and 6 days. It was observed that decrease in global DNA methylation at the concentration of 100 nM BPA after 24, 48, 72 and 96 hours by using 5-methylcytosine Elisa kit. It has been observed alterations on CpG island promoter methylation by methylation specific polymerase chain reaction following bisulfite conversion and expression profile of Rassf-1 and c-myc genes after BPA exposure in NRK-52E cells. In conclusion, it has been suggested that global and gene-specific DNA methylation have a role on BPA's toxicity as epigenetic mechanism. 101

Amaç: Bu çalışmamızda astımlı hastalarda e cadherin genindeki promoter bölgesinde metilasyon oranının, sağlıklı kontrol grubundaki hastalarla karşılaştırılması ve epigenetik faktörlerin astıma etkisinin olup olmadığının değerlendirilmesini amaçladık.Gereç ve Yöntem: Celal Bayar Üniversitesi Çocuk Acil servisi veya çocuk solunum allerji polikliniğine başvuran ve daha önce 3 aydan uzun inhale ya da sistemik steroid kullanım öyküsü bulunmayan 5-15 yaş grubu arasındaki astımlı hastalar çalışmaya dahil edilmiştir. 20 atopik astım, 22 non-atopik astım ve 20 kontrol olmak üzere toplam 62 olgu alınmıştır. Hastaların yaş, cinsiyet bilgileri, baba mesleği ile rutin tetkiklerinden, total IgE düzeyleri ve eozinofili durumu kaydedilmiştir. Hastanın rutin tetkikleri sırasında alınan kandan ayrılan 2 cc periferik kandan standart protokol ile DNA izole edilmiştir. ECAD geninin promoter bölge metilasyonunun değerlendirilmesi amacıyla bu DNA örneklerinde metilasyon spesifik PCR (MSP) yapılmıştır. Veriler SPSS-18 istatistik paket programı kullanılarak yorumlanmıştır.Bulgular: Çalışmada değerlendirilen 20 atopik astım, 22 nonatopic astım, 20 kontrol grubu toplam 62 olgu'nun e-cadherin promoter bölge metilasyonuna bakıldı. Çalışmaya dahil edilen bireylerin gruplara göre metilasyon durumları değerlendirildiğinde farklı gruplarda yer alan bireylerin metilasyon durumları arasında istatiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunmamıştır (p= 0,734). Farklı çalışma grupları içerisinde yer alan bireylerin metilasyon durumları benzerdir. Sonuç: Yapılan tüm çalışmalar gösteriyor ki epigenetik modifikasyonlar ve E-cadherin astım etyopatogenezinde önemli bir yer tutmaktadır. Bizde bu amaçla epigenetik faktörlerin E-cadherin üzerindeki etkisini araştırmak için astımlı hastalar ve kontrol grubundaki olgularda E-cadherin promoter bölgesindeki metilasyon oranlarına baktık . 62 hastalık çalışma grubunda çalışmaya dahil edilen bireylerin metilasyon durumlarına göre dahil oldukları gruplar değerlendirildiğinde metilasyon durumu farklı olan bireylerin dahil oldukları gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunmamıştır. Aim: Our purpose in this study, ın patients with asthma, which is the promoter of the epithelial barrier of E-cadherin protein molecule to evaluate the methylation r, to understand their role in asthma pathogenesis of epithelial barrier and the consequent epithelial protein is to contribute to the development of current treatment modalities in the treatment of asthma.Material methods: Asthmatic patients between 5-15 years of age will be included in the study and this paitent more than 3 months ago with no history of inhaled or systemic corticosteroids. Patients admitted to Celal Bayar University Hospital Pediatric Emergency Service or Pediatric Clinic will be included in this study. 20 atopic asthma, 20 non-atopic asthma, 10 control group will be a total of 50 cases . Age, gender information, a family history of atopy, routine tests, skin prick tests, pulmonary function tests, total IgE levels will be saved. When Routine blood tests taken during the patient's peripheral blood , 2 cc of peripheral blood to be separated for DNA isolation . The promoter of ECAD gene will be evaluated methylation. İn this DNA sample to be applied methylation specific PCR.Results: 20 atopic asthma, 22 nonatopic asthma, and 20 control groups were evaluated for e-cadherin promoter region methylation in the study. When the methylation status of the subjects included in the study were evaluated according to the groups, no statistically significant difference was found among the individuals in the different groups (p= 0,734). The methylation status of individuals in different study groups is similar.Conclusion: All studies show that epigenetic modifications and E-cadherin have an important role in the etiopathogenesis of asthma.To investigate the effect of epigenetic factors on E-cadherin for this purpose, we looked at the rates of methylation in the E-cadherin promoter region in asthmatic patients and in the control group. There were no statistically significant differences between the groups when the groups included in the study included 62 subjects who were included in the study. 76

Kardiyovasküler hastalıklarda sıklıkla gözlenen ateroskleroz tüm toplumda görülebilir ve komplikasyonları nedeniyle yaşam kalitesini ve süresini etkiler. Bu hastalığın menopoz öncesi kadınlarda görülme sıklığının erkeklere göre daha az olduğu bilinmektedir. Ancak bu durumun nedenleri çok iyi anlaşılamamıştır. Ateroskleroz sonucu endotel hücreleri ve damar duvarındaki düz kas kitlesinin proliferasyonu uyarılır. Prolifere olan hücrelerin hasar bölgesinde birikmesi sonucu damar lümeninde plak oluşumu gözlenir ve bu da damar lümeninin daralmasına neden olur.Çalışmamızda, aortik düz kas hücre proliferasyonunun FSH ve testosteron hormonlarından nasıl etkilendiğini ve bu etkinin epigenetik sonuçlarını göstermeye çalıştık. Çalışmada kullanılan hücrelere üç farklı dozda testosteron (1 ng/ml, 10 ng/ml, 100 ng/ml) ve folikül uyarıcı hormon (1 ng/ml , 10 ng/ml, 100 ng/ml) uygulandı ve hücrelerin proliferasyon özellikleri, epigenetik değişimleri ve kaveolin-1 ekspresyonları zamana bağlı olarak incelendi. Sonuç olarak, 10 ng/ml FSH uygulanan grupta hormon uygulanmasına bağlı olarak erken saatlerde (44. saatte) proliferasyonda azalan bir etki olduğu ve ilerleyen saatlerde (98. ve 111. saatlerde) ise 100 ng/ml FSH uygulanan grupta proliferasyonda artan bir etki olduğu gözlenirken, testosteronun 100 ng/ml olan konsantrasyonları hücre indekslerinde anlamlı azalmaya yol açtı. Yine sunulan çalışmada immünofloresan işaretleme yöntemi ile Cav-1, DNMT1 ve DNMT3a protein ekspresyonlarına bakıldı ve boyanma yoğunlukları arasında anlamlı bir fark gözlenmedi.Bu veriler, düz kas hücre metabolizmasının birçok faktörden etkilenebileceğini ve bu durumun ateroskleroz gelişiminde katkı sağlayabileceğini düşündürmüştür. Çalışmanın fark çıkmayan parametreleri için de in vivo çalışmaların planlanması ve farklı faktörlerin de varlığında yeni deneylerin yapılması gerekliliği ortaya çıkmıştır.Tüm bulgular bir arada değerlendirildiğinde FSH ve testosteronun ateroskleroz patogenezinde düz kaslar üzerinden etkili olabileceği sonucuna ulaşıldı.Anahtar kelimeler: Aortik düz kas hücreleri, Ateroskleroz, Epigenetik, FSH, Testosteron. Atherosclerosis that has a high prevalance among cardivascular disease which can be observed by all societes. It affects length and duration of life due to the complications. It is known that the incidence of atherosclerosis in men is higher than in women before menopause. However, the reasons for this situation are not well understood. As a result of atherosclerosis, the proliferation of endothelial cells and smooth muscle mass in the vessel wall are stimulated. The accumulation of cells that proliferate at the injury site causes plaque formation in the vascular lumen which leads to stenosis of the vessels.In our study, we aimed to show that aortic smooth muscle cell proliferation is affected from FSH or testosterone, and the epigenetic consequences of this effects. Cells were tested with three different doses of testosterone (1 ng/ml, 10 ng/ml, 100 ng/ml) and follicle stimulating hormone (1 ng/ml, 10 ng/ml, 100 ng/ml) to the cells and time dependent variations of cell proliferation, epigenetic changes and caveolin-1 expression were examined. Whereas depending on the applying hormone, the 10 ng / ml FSH hormone treated groups showed deceasing of proliferation, later (98 and 111 hours) the 100 ng / ml FSH hormone treated groups had increasing of proliferation. Moreover, we observed all 100 ng/ml testosterone hormone treated groups had increasing effets of cell index and these findings are significant for statistical analysis. 10 ng/ml FSH treatment group hormones in the early hours, depending on the applied (44 hours) a decreasing influence where and later (98 and 111 Hours) and 100 ng/ml FSH is a growing influence in the treated group testosterone was observed with 100 ng/ml concentration has led to a significant decrease in cell index. In this study, we examined Cav-1, DNMT1 and DNMT3a protein expressions by using immunofluorescence labeling method and none of the antibodies showed significant differences among staining intensities between the groups.Our results suggest that smooth muscle cell metabolism can be affected by many factors and this can contribute to the development of atherosclerosis. Our results suggest that, in vivo studies must be planned for the insignificant results of this study and these new experiments must perform in the presence of different factors.When all results are evaluated together, we suggest that FSH and testosterone can be effective on the smooth muscle in the pathogenesis of atherosclerosis. Key Words: Aortic smooth muscle cells, Atherosclerosis, Epigenetic, FSH, Testosterone. 76

Epitelyalden mezenkimale dönüşüm (EMT) ve mezenkimalden epiteyale dönüşüm (MET) aşamaları, düzgün bir embriyonik gelişim için çok hayati olmanın yanı sıra, kanser oluşumu sırasında tümör hücreleri tarafından farklı aşamalarda kullanılırlar. Son yıllarda yapılan çalışmalar MET'in yalnızca EMT'nin tersi olmadığını, kendi başına da karmaşık bir süreci ifade ettiğini göstermiştir. Bu verilerden yola çıkarak MET'i kontrol eden yeni tanımlanacak transkripsiyon ağları oluşturabileceği hipotezini kurmak mümkündür.EMT-MET modeli (NMuMG hücreleri) kullanılarak yapılan çalışmalarda, Grhl3 ve Hnf4a'nın E-cadherin'in ekspresyonu için önemli rol üstlendikleri ve MET sürecinin başlaması için çok gerekli oldukları gösterilmiştir. EMT - MET süreçlerinde kritik bir role sahip olan Grhl3 geninin bu süreçlere ne gibi bir katkı sağladığını aydınlatabilmek amacıyla, Grhl3 genini karakterize etmenin önemli olduğunu düşünmekteyiz. Bu tez kapsamında da Grhl3 promotör bölgesi karakterize edilmeye çalışılmıştır. Öncelikle gen üzerindeki daha sonra promotör bölge üzerindeki korunmuş sekanslar belirlenmiştir. Biyoinformatik analizlerden elde edilen promotör bölgesi üzerindeki TATA kutusu ve Sp1 elementlerin işlevsel olup olup olmadıklarını, promotör bölgesi üzerinde kısaltmalar yaparak lusiferaz aktiviteleri ile gösterilmiştir. Daha sonra yine biyoinformatik analizlerle belirlenen Elf3'ün Grhl3 promotör bölgesi ile ilişkili olduğu ve, Grhl3 promotör bölgesini 2 kat aktive ettiği gösterilmiştir. Ayrıca Elf3'ü susturulduğunda ve aşırı eksprese edildiğinde Grhl3 ekspresyonunun da doğru orantılı olarak azalıp arttığını gösterilmiştir. Elf3 Grhl3'ün regülatörü gibi davranmaktadır.lacaktır. Epithelial to mesenchymal transition(EMT) and mesenchymal to epithelialtransition (MET) are very vital for proper embryonic development, as well as being used at different stages by tumor cells during cancer formation. Studies conducted in recent years have shown that MET is not only the opposite of EMT, but also is a complicated process on its own. It is possible to establish the hypothesis that these data could lead to the establishment of newly defined transcriptional networks controlling the MET process. Studies carried out using the EMT-MET model (NMuMG cells) showed that Grhl3 and Hnf4a play an important role in the expression of E-cadherin, as well as fort he initiation of proper MET. We think it is important to characterize the Grhl3 gene in order to elucidate the contribution of the Grhl3 gene, which has a critical role in EMT - MET processes. In this thesis we tried to characterize the Grhl3 promoter region. We first identified the conserved sequences in the promoter region of Grhl3. Using luciferase reporter assays we demonstrated that the TATA box and Sp1 elements on the promoter region were functional and gross deletions of the promoter region led us to identify the minimum required sequence for a functional promoter. We next found that Elf3, which is related to the Grhl3 promoter region we determined by bioinformatic analysis, activated the Grhl3 promoter region 2 fold. Moreover, we performed both loss and gain of function experiments and as a result have identified Efl3 as a regülatör of Grhl3 both in vitro and in vivo. 82