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rRNAs are non-coding RNAs present in all prokaryotes and eukaryotes. In eukaryotes there are four rRNAs: 18S, 5.8S, 28S, originating from a common precursor (45S), and 5S. We have recently discovered the existence of two distinct developmental types of rRNA: a maternal-type, present in eggs and a somatic-type, expressed in adult tissues. Lately, next-generation sequencing has allowed the discovery of new small-RNAs deriving from longer non-coding RNAs, including small-RNAs from rRNAs (srRNAs). Here, we systemically investigated srRNAs of maternal- or somatic-type 18S, 5.8S, 28S, with small-RNAseq from many zebrafish developmental stages. We identified new srRNAs for each rRNA. For 5.8S, we found srRNA consisting of the 5' or 3' halves, with only the latter having different sequence for the maternal- and somatic-types. For 18S, we discovered 21 nt srRNA from the 5' end of the 18S rRNA with a striking resemblance to microRNAs; as it is likely processed from a stem-loop precursor and present in human and mouse Argonaute-complexed small-RNA. For 28S, an abundant 80 nt srRNA from the 3' end of the 28S rRNA was found. The expression levels during embryogenesis of these srRNA indicate they are not generated from rRNA degradation and might have a role in the zebrafish development. Key words: ribosomal RNA, small-rRNA derived, embryogenesis, zebrafish, development. Les ARNr sont des ARN non-codants qui sont présents chez tous les procaryotes et eucaryotes. Chez les eucaryotes, il y a quatre ARNr : 18S, 5,8S, 28S (lesquels sont dérivés d'un même ARN précurseur 45S) et 5S. Les auteurs ont récemment découvert l'existence de deux types distincts d'ARNr : un type maternel présent chez les oeufs et un type somatique présent chez les tissus adultes. Récemment, le séquençage de nouvelle génération a permis de découvrir de nouveaux petits ARN dérivés d'ARN plus longs, incluant des petits ARN dérivés d'ARNr (srRNA). Dans ce travail, les auteurs ont investigué de manière systématique les srRNA dérivés d'ARN 18S, 5,8S, 28S de type maternel ou somatique au moyen d'une approche RNA-Seq pour petits ARN chez plusieurs stades développementaux chez le poisson-zèbre. Les auteurs ont identifié de nouveaux srRNA pour chaque ARNr. Pour le 5,8S, des srRNA composés uniquement de la moitié 5' ou 3' ont été trouvés, et seul ces derniers présentaient une séquence différente chez les types maternels et somatiques. Pour les 18S, des srRNA de 21 nt issus de l'extrémité 5' ont été trouvés et ils ressemblent beaucoup à des microARN. Un tel produit est vraisemblablement dérivé d'un précurseur ayant une structure en épingle et il est aussi présent parmi les petits ARN en complexe avec la protéine Argonaute chez l'humain et la souris. Pour les 28S, un srRNA de 80 nt abondant et issu de l'extrémité 3= du l'ARNr 28S a été observé. Les niveaux d'expression de ces srRNA au cours de l'embryogenèse indiquent qu'ils ne sont pas générés par une dégradation des ARNr et qu'ils pourraient jouer un rôle dans le développement du poisson-zèbre. [Traduit par la Rédaction] Mots-clés : ARN ribosomique, dérivés de petits ARNr, embryogenèse, poisson-zèbre, développement., Introduction Several new classes of small non-coding RNAs have been discovered in the wake of the next-generation sequencing (NGS) revolution (Wittmann and Jack 2010). This has fueled interest in small-RNAs [...]

In transcriptomics research, design for experimentation by carefully considering biological, technological, practical and statistical aspects is very important, because the experimental design space is essentially limitless. Usually, the ranges of variable biological parameters of the design space are based on common practices and in turn on phenotypic endpoints. However, specific sub-cellular processes might only be partially reflected by phenotypic endpoints or outside the associated parameter range. Here, we provide a generic protocol for range finding in design for transcriptomics experimentation based on small-scale gene-expression experiments to help in the search for the right location in the design space by analyzing the activity of already known genes of relevant molecular mechanisms. Two examples illustrate the applicability: in-vitro UV-C exposure of mouse embryonic fibroblasts and in-vivo UV-B exposure of mouse skin. Our pragmatic approach is based on: framing a specific biological question and associated gene-set, performing a wide-ranged experiment without replication, eliminating potentially non-relevant genes, and determining the experimental ‘sweet spot’ by gene-set enrichment plus dose-response correlation analysis. Examination of many cellular processes that are related to UV response, such as DNA repair and cell-cycle arrest, revealed that basically each cellular (sub-) process is active at its own specific spot(s) in the experimental design space. Hence, the use of range finding, based on an affordable protocol like this, enables researchers to conveniently identify the ‘sweet spot’ for their cellular process of interest in an experimental design space and might have far-reaching implications for experimental standardization. [ABSTRACT FROM AUTHOR]