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International audience; The Pacific oyster Crassostrea gigas is established in the marine intertidal zone, experiencing rapid and highly dynamic environmental changes throughout the tidal cycle. Depending on the bathymetry, oysters face oxygen deprivation, lack of nutrients, and high changes in temperature during alternation of the cycles of emersion/ immersion. Here we showed that intertidal oysters at a bathymetry level of 3 and 5 m delayed by ten days the onset of mortality associated with Pacific Oyster Mortality Syndrome (POMS) as compared to subtidal oysters. Intertidal oysters presented a lower growth but similar energetic reserves to subtidal oysters but induced proteomic changes indicative of a boost in metabolism, inflammation, and innate immunity that may have improved their resistance during infection with the Ostreid herpes virus. Our work highlights that intertidal harsh environmental conditions modify host-pathogen interaction and improve oyster health. This study opens new perspectives on oyster farming for mitigation strategies based on tidal height.

The present study sought to characterize the synthesis pathways producing the essential polyunsaturated fatty acid (PUFA) 20:5n-3 (EPA). For this, the incorporation of 13C was experimentally monitored into 10 fatty acids (FA) during the growth of the diatom Chaetoceros muelleri for 24 h. Chaetoceros muelleri preferentially and quickly incorporated 13C into C18 PUFAs such as 18:2n-6 and 18:3n-6 as well as 16:0 and 16:1n-7, which were thus highly 13C-enriched. During the experiment, 20:5n-3 and 16:3n-4 were among the least-enriched fatty acids. The calculation of the enrichment percentage ratio of a fatty acid B over its suspected precursor A allowed us to suggest that the diatom produced 20:5n-3 (EPA) by a combination between the n-3 (via 18:4n-3) and n-6 (via 18:3n-6 and 20:4n-6) synthesis pathways as well as the alternative &omega, 3 desaturase pathway (via 20:4n-6). In addition, as FA from polar lipids were generally more enriched in 13C than FA from neutral lipids, particularly for 18:1n-9, 18:2n-6 and 18:3n-6, the existence of acyl-editing mechanisms and connectivity between polar and neutral lipid fatty acid pools were also hypothesized. Because 16:3n-4 and 20:5n-3 presented the same concentration and enrichment dynamics, a structural and metabolic link was proposed between these two PUFAs in C. muelleri.

Among all the environmental factors, seawater temperature plays a decisive role in triggering marine diseases. Like fever in vertebrates, high seawater temperature could modulate the host response to the pathogens in ectothermic animals. In France, massive mortality of Pacific oysters Crassostrea gigas caused by the ostreid herpesvirus 1 (OsHV-1) is markedly reduced when temperatures exceed 24°C in the field. In the present study we assess how high temperature influences the host response to the pathogen by comparing transcriptomes (RNA-sequencing) during the course of experimental infection at 21°C (reference) and 29°C. We show that high temperature induced host physiological processes that are unfavorable to the viral infection. Temperature influenced the expression of transcripts related to the immune process and increased the transcription of genes related to apoptotic process, synaptic signaling, and protein processes at 29°C. Concomitantly, the expression of genes associated to catabolism, metabolites transport, macromolecules synthesis and cell growth remained low since the first stage of infection at 29°C. Moreover, viral entry into the host might have been limited at 29°C by changes in extracellular matrix composition and protein abundance. Overall, these results provide new insights into how environmental factors modulate the host-pathogen interactions.

The intertidal zone is characterized by a sharp vertical gradient of environmental stress, which structures species distribution and their interactions. Few studies, however, have examined the influence of tidal height on host–pathogen interactions. Here, we investigated how the tidal height influence outbreak of the Ostreid herpesvirus type 1 (OsHV-1) affecting the Pacific oyster. A volunteer network composed of 20 oyster growers monitored the survival of 28 batches of oysters during an epizootic event in Southern Brittany, France. Oysters were spat from wild collection or hatchery production. The sampling sites were spread over a 150-km2 area with a tidal height ranging from 0.98 to 2.90 m. Concomitantly, we followed survival of oyster spats in relation with OsHV-1 DNA detection at two sites and conducted risk analysis. We found that tidal height was associated with a lower risk of mortality. This effect was higher for hatchery than for wild oysters probably reflecting differences in health status. Our study opens perspectives for mitigation strategies based on tidal height and emphasizes the value of volunteer science in marine epidemiological studies.

As global change becomes a major concern, the need to contextualize discrete observations to highlight long-term evolutions also becomes more relevant. In response to this challenge, Marine Historical Ecology (MHE) has recently emerged as a new discipline within the marine sciences, dedicated to studying the relationship between long-term evolution of marine ecosystems and temporal variations of external predictors such as meteorological parameters, or descriptors of human activities. In recent years, therefore, considerable effort has been devoted to study long-term time series on fisheries and environmental data. This approach has increased our knowledge about natural variability and functioning of marine environments and has helped us to characterize breaking points and baseline shifts in these systems. However, MHE studies were rarely planned when data acquisition has begun, and some information about the critical components of ecosystem functioning, although helpful, could be missing without turning back. In particular, very few long-term datasets on mollusk bivalves have been released, although these species are cultivated worldwide, could account for a large part of the biomass and also act as ecosystem engineers. From an ecological point of view, oysters also have the advantage to exhibit great phenotypic plasticity in response to environmental variability and to be sessile, making them perfect sentinels of the environment. In this context, we have compiled dataset from three monitoring networks of oyster production coordinated by IFREMER, named REMORA, RESCO, and ECOSCOPA. These networks have monitored growth and mortalities rates for spat and adult Crassostrea gigas oysters reared in 13 locations along the French coastline during the 1993-2017 period. We modeled the evolution of mean individual weights and mortality rates as a function of time to cope with changes in data frequency acquisition during annual monitoring campaigns. We have thus produced standardized indicators associated with a detailed metadata file, in order to share them in an open data depository. Oyster growth and survival appeared indeed very variable across years and sites. Annual variations explain a significant part of spatial mortality variations and site x year matrices depicted waves of mortalities coinciding with the massive-virus-associated-epizooty that hit spat oyster until 2008. On the contrary, adult oyster growth appeared to be more driven by site-specific environmental conditions. As a first approach to investigate the causal determinants of these variations, we used classification methods to rely on them with seasonal changes of phytoplankton and hydrological parameters, considering another restricted dataset (only nine years and 11 localizations) issued from the Ifremer-REPHY-hydrobiological monitoring network. This approach revealed unexpected relationships between environmental parameters and oyster traits variations, which strongly encouraged further explorations with a broader dataset of environmental descriptors.

International audience; Identifying the drivers that control the reproductive success of a population is vital to forecasting the consequences of climate change in terms of distribution shift and population dynamics. In the present study, we aimed to improve our understanding of the environmental conditions that allowed the colonization of the Pacific oyster, Crassostrea gigas, in the Bay of Brest since its introduction in the 1960s. We also aimed to evaluate the potential consequences of future climate change on its reproductive success and further expansion.Three reproductive traits were defined to study the success of the reproduction: the spawning occurrence, synchronicity among individuals and individual fecundity. We simulated these traits by applying an individual-based modeling approach using a Dynamic Energy Budget (DEB) model. First, the model was calibrated for C. gigas in the Bay of Brest using a 6-year monitoring dataset (2009–2014). Second, we reconstructed past temperature conditions since 1960 in order to run the model backwards (hindcasting analysis) and identified the emergence of conditions that favored increasing reproductive success. Third, we explored the regional consequences of two contrasting IPCC climate scenarios (RCP2.6 and RCP8.5) on the reproductive success of this species in the bay for the 2100 horizon (forecasting analysis). In both analyses, since phytoplankton concentration variations were, at that point, unknown in the past and unpredicted in the future, we made an initial assumption that our six years of observed phytoplankton concentrations were informative enough to represent “past and future possibilities” of phytoplankton dynamics in the Bay of Brest. Therefore, temperature is the variable that we modified under each forecasting and hindcasting runs.The hindcasting simulations showed that the spawning events increased after 1995, which agrees with the observations made on C. gigas colonization. The forecasting simulations showed that under the warmer scenario (RCP8.5), reproductive success would be enhanced through two complementary mechanisms: more regular spawning each year and potentially precocious spawning resulting in a larval phase synchronized with the most favorable summer period. Our results evidenced that the spawning dates and synchronicity between individuals mainly relied on phytoplankton seasonal dynamics, and not on temperature as expected. Future research focused on phytoplankton dynamics under different climate change scenarios would greatly improve our ability to anticipate the reproductive success and population dynamics of this species and other similar invertebrates.

Ce document compile l’ensemble des bulletins de la surveillance de la santé des mollusques marins émis au cours de l’année 2015 par le réseau REPAMO. Ces bulletins, édités à fréquence mensuelle, relatent les événements de mortalité notifiés au réseau ainsi que les résultats des analyses effectuées lors des prélèvements d’animaux réalisés sur les lieux des mortalités. Les bulletins sont diffusés aux instances professionnelles concernées (CRC, CNC, CDPMEM, CNPMEM, centres techniques), à la DGAL, à la DPMA, aux laboratoires d’analyses, à Ifremer ainsi que sur le site internet du REPAMO. Ils ont pour objectif de tenir les destinataires informés des épisodes de mortalités anormales de mollusques marins rencontrés sur le littoral français métropolitain et corse.

Ce document compile l’ensemble des bulletins de la surveillance de la santé des mollusques marins émis au cours de l’année 2016 par le réseau REPAMO. Ces bulletins, édités à fréquence mensuelle, relatent les événements de mortalité notifiés au réseau ainsi que les résultats des analyses effectuées lors des prélèvements d’animaux réalisés sur les lieux des mortalités. Les bulletins sont diffusés aux instances professionnelles concernées (CRC, CNC, CDPMEM, CNPMEM, centres techniques), à la DGAL, à la DPMA, aux laboratoires d’analyses, à Ifremer ainsi que sur le site internet du REPAMO. Ils ont pour objectif de tenir les destinataires informés des épisodes de mortalités anormales de mollusques marins rencontrés sur le littoral français métropolitain et corse.

Double-stranded RNA (dsRNA)-mediated genetic interference (RNAi) is a widely used reverse genetic tool for determining the loss-of-function phenotype of a gene. Here, the possible induction of an immune response by long dsRNA was tested in a marine bivalve (Crassostrea gigas), as well as the specific role of the subunit 2 of the nuclear factor kappa B inhibitor (I kappa B2). This gene is a candidate of particular interest for functional investigations in the context of oyster mass mortality events, as Cg-I kappa B2 mRNA levels exhibited significant variation depending on the amount of ostreid herpesvirus 1 (OsHV-1) DNA detected. In the present study, dsRNAs targeting Cg-I kappa B2 and green fluorescent protein genes were injected in vivo into oysters before being challenged by OsHV-1. Survival appeared close to 100% in both dsRNA-injected conditions associated with a low detection of viral DNA and a low expression of a panel of 39 OsHV-1 genes as compared with infected control. Long dsRNA molecules, both Cg-I kappa B2- and GFP-dsRNA, may have induced an anti-viral state controlling the OsHV-1 replication and precluding the understanding of the specific role of Cg-I kappa B2. Immune-related genes including Cg-I kappa B1, Cg-Rel1, Cg-IFI44, Cg-PKR and Cg-IAP appeared activated in the dsRNA-injected condition, potentially hampering viral replication and thus conferring a better resistance to OsHV-1 infection. We revealed that long dsRNA-mediated genetic interference triggered an anti-viral state in the oyster, emphasizing the need for new reverse genetics tools for assessing immune gene function and avoiding off-target effects in bivalves.

Le réseau ECOSCOPA, co-financé par la DPMA, a pour objectif de développer un outil permettant de mesurer, à plusieurs échelles, des paramètres environnementaux et biologiques en lien avec la croissance et la survie d’huîtres creuses en élevage. Sur l’année 2015 et afin de préparer de façon concertée ce projet, il a été proposé dans un premier temps de renforcer la synergie existante entre les réseaux RESCO et VELYGER afin de disposer d’un suivi proactif du cycle complet de production de l’huître (incluant le captage, la croissance, la reproduction, les éventuelles mortalités) à partir d’animaux communs sur différents sites ateliers, en lien avec l’acquisition de descripteurs environnementaux et physiologiques susceptibles d’influencer chacune de ces traits de vie. En complément du fonctionnement des réseaux VELYGER et RESCO II, le projet ECOSCOPA a donc pris en charge le dispositif de déploiement et de suivi bimensuel d’huîtres sentinelles sur 6 sites (Arcachon, Marennes Oléron, Baie de Bourgneuf, Rade de Brest, Etang de Thau, Rivière de Pénerf). Plus précisément, ECOSCOPA a suivi les paramètres biologiques de survie et de croissance, sur ces six sites ateliers. Les huîtres sentinelles(identiques à celles utilisées par le réseau RESCO II) correspondant à 3 classes d’âge d’huîtres creuses (« 6 mois », « 18 mois » et « 30 mois ») ont été déployées et suivies de manière synchrone sur l’ensemble des sites, selon le même calendrier que celui établie pour RESCO II. Les descripteurs environnementaux ont été obtenus grâce à des enregistrements en haute fréquence de la température, de la pression et de la salinité, réalisés sur l'ensemble des 6 sites au moyen de sondes SMATCH permettant la transmission en temps réel de ces paramètres sur un serveur dédié. La totalité des sites ateliers équipés avec ce type de sondes, en complément des sondes de type STPS prévues par le réseau RESCO II, apermis d'assurer une prise de données sans discontinuité pendant les opérations d'entretien.Les données sur les populations phytoplanctoniques ont été acquises grâce aux points de suivi du réseau REPHY là où ces points existent. Des prélèvements additionnels ont été réalisés dans le cas contraire via des partenaires extérieurs. Enfin, des descripteurs physiologiques ont été acquis dans cette étude afin de qualifier le statut physiologique de l’huître en lien avec les variations de l’environnement. Plus précisément, une étude spécifique permettant d’approfondir les résultats acquis dans le cadre de l’expérimentation PHYSITU en 2014, a été réalisée. En effet, dans cette étude, des mesures d’expression de gènes impliqués dans la réponse des naissains aux mortalités ont été réalisées afin de qualifier l’évolution du statut physiologique de l’huître avant, pendant, et après les mortalités. Cette action a permis, entre autre, d’identifier 4 gènes d’intérêt, dont l’expression varie significativement selon les périodes avant et après mortalité. L’action ECOSCOPA a donc pris en charge la poursuite de cette étude afin de tester l’intérêt de ces marqueurs en tant qu’indicateur précoce de la réponse de l’huître face aux agents pathogènes, et de valider si ces marqueurs pourraient être utilisés à plus large échelle pour la surveillance de la qualité des écosystèmes côtiers.

International audience; We investigated the role of oyster gonadal TGF beta (og-TGF beta) in the reproduction of Crassostrea gigas, using an in vivo RNA interference approach. We designed double-stranded RNA targeting og-TGF beta, which is specifically expressed in the somatic cells surrounding germ cells in the gonad of both male and female oysters. In vivo injection of this og-TGF beta dsRNA into the gonad led to knock-down phenotypes for both sexes, with significant reduction (77.52% relative to controls) of the gonad area, lowered reproductive effort and germ cell under-proliferation. Interestingly, half of the injected females halted their vitellogenesis, since we were only able to observe pre-vitellogenic oocytes. In addition, apoptotic germ cells and haemocytes infiltrated into the gonad, likely as part of the active resorption of degenerating germ cells. Conversely, males showed a normal phenotype at the cellular level, with spermatids and spermatozoids observed in the gonads of control and injected males. As a result, og-TGF beta appears to play an essential role in C. gigas germ cell development by functioning as an activator of germ cell proliferation in both male and female oysters and vitellogenesis in females.

International audience; Summer mortality of Crassostrea gigas is the result of a complex interaction between oysters, their environment, and pathogens. A high heritability was estimated for resistance to summer mortality, which provided an opportunity to develop lines of oysters that were resistant (R) or susceptible (S) to summer mortality. Previous genome-wide expression profiling study of R and S oyster gonads highlighted reproduction and antioxidant defense as constitutive pathways that operate differentially between these two lines. Here, we show that signaling in innate immunity also operates differentially between these lines, and we hypothesize that this is at the main determinant of their difference in survival in the field. A reanalysis of our published microarray data using separate ANOVAs at each sampling date revealed a specific "immune" profile at the date preceding the mortality. In addition, we conducted additional microarray profiling of two other tissues, gills, and muscle, and both showed an overrepresentation of immune genes (46%) among those that are differentially expressed between the two lines. Eleven genes were pinpointed to be simultaneously differentially expressed between R and S lines in the three tissues. Among them, ten are related to "Immune Response." For these genes, the kinetics of R mRNA levels between sampling dates appeared different just before the morality peak and suggests that under field conditions, R oysters had the capacity to modulate signaling in innate immunity whereas S oysters did not. This study enhances our understanding of the complex summer mortality syndrome and provides candidates of interest for further functional and genetics studies.

Marine intertidal organisms commonly face hypoxic stress during low tide emersion; moreover, eutrophic conditions and sediment nearness could lead to hypoxic phenomena; it is indeed important to understand the molecular processes involved in the response to hypoxia. In this study the molecular response of the Pacific oyster Crassostrea gigas to prolonged hypoxia (2 mg O-2 L-1 for 20 d) was investigated under experimental conditions. A transcriptomic approach was employed using a cDNA microarray of 9058 C. gigas clones to highlight the genetic expression patterns of the Pacific oyster under hypoxic conditions. Lines of oysters resistant (R) and susceptible (S) to summer mortality were used in this study. ANOVA analysis was used to identify the genes involved in the response to hypoxia in comparison to normoxic conditions. The hypoxic response was maximal at day 20. The principal biological processes up-regulated by hypoxic stress were antioxidant defense and the respiratory chain compartment, suggesting oxidative stress caused by hypoxia or an anticipatory response for normoxic recovery. This is the first study employing microarrays to characterize the genetic markers and metabolic pathways responding to hypoxic stress in C gigas. (C) 2010 Elsevier B.V. All rights reserved.

Summer mortality of the Pacific oyster Crassostrea gigas is the result of a complex interaction between oysters, their environment, and pathogens. Heredity appears to be a major factor determining the sensitivity of oysters to summer mortality, allowing resistant (R) and susceptible (S) lines to be produced. We conducted genome-wide expression profiling of R and S gonads during the 3-month period preceding a summer mortality event, using a cDNA microarray that we designed. ANOVA analysis revealed that 34 genes were differentially expressed between R and S lines on four dates preceding the mortality event. Annotation of some of these genes highlights reproduction and its allocation and antioxidant defenses as the main pathways that operate differentially between R and S lines. This transcriptional analysis provides new indications to define markers for quantitative trait loci searches and functional studies and evaluate the potential role of each gene in the resistance to summer mortality.

Après 5 ans de suivi des performances conchylicoles sur 13 sites ateliers répartis sur le littoral français, le réseau RESCO a permis d’approfondir les connaissances concernant la dynamique spatio-temporelle des mortalités d’huîtres creuses. Cependant, depuis 2014, ce réseau servant de référentiel national d’estimation et d’évolution des surmortalités a évolué vers de nouveaux objectifs. Ces objectifs sont d’approfondir : - la caractérisation des écosystèmes conchylicoles via des descripteurs physiologiques et environnementaux - la surveillance planifiée des maladies présentes, émergentes et exotiques via des analyses fondées sur les risques d’introduction / apparition / installation des ces organismes pathogènes. Pour ce faire, plusieurs évolutions ont été mises en oeuvre et le réseau RESCO est désormais décliné en deux actions, nommées respectivement RESCO II et ECOSCOPA.

Le réseau national Mytilobs est implanté dans les principales régions mytilicoles du littoral atlantique : Normandie, Bretagne Nord, Bretagne Sud, Pays de Loire et Poitou-Charentes. Les sites d’Agon (Ouest Cotentin), du Vivier (baie du Mont Saint-Michel), de Pont Mahé (baie de Vilaine), de l’Aiguillon (pertuis Breton), d’Yves (pertuis d’Antioche) représentent l'élevage sur bouchot du Nord au Sud. Le site Filière (pertuis Breton) représente l’élevage sur corde, en pleine eau. La mise à l’eau des cheptels sur l’ensemble des sites du réseau, en septembre 2013, s’est faite à partir d’un même lot de moules calibrées (23,97 +/- 0,7mm), captées sur corde dans le pertuis Breton. Les prélèvements de la campagne 2014 (septembre 2013-décembre 2014) sont trimestriels. La biométrie et la mortalité sont effectuées à chaque sortie. Cette campagne 2014 a été marquée par des événements climatiques remarquables avec un 3ème rang d’indices NAO+ cumulés depuis 150 ans pour la période automne 2013 - hiver 2014. L’hiver 2014 est également l’hiver le plus excédentaire en précipitations depuis 1954, marqué également par de nombreuses périodes de tempêtes et coups de vent (Météo France). Ces conditions ont favorisé des dessalures, des températures de l’eau élevées et des turbidités importantes pendant l’hiver 2014, à l’échelle de la façade Atlantique - Manche Ouest. Des mortalités massives sont apparues dans le pertuis Breton sur le site Filière. Les hypothèses relatives à l’émergence de ces mortalités se concentrent sur ce point de départ qui représente plus de 4000 tonnes de moules en élevage et où la mortalité a détruit 100% du cheptel. Alors que la baisse de salinité hivernale (25) n’est pas un facteur déclenchant de mortalité sur ce site, une rivière proche, la Sèvre, semble avoir joué le rôle de barrière dynamique au début de la diffusion des mortalités. Les températures supérieures à 10°C en janvier (pendant 20 jours) ont pu favoriser la maturation et la pontes de moules, particulièrement sur le site Filières. Ces observations, en lien avec les conditions climatiques difficiles évoquées ci dessus, conduisent à émettre l’hypothèse d’une fragilité des moules autour de la période de maturation, facilitant d’éventuelles intrusions bactériennes (affaiblissement hémocytaire, MOREST, 2007 cas de l’huître Crassostrea gigas). La diminution de l'intensité des mortalités, entre mars et juin, l'observation d'un captage régulier dans les deux pertuis (source Creaa), le constat de l'absence de mortalités des naissains en élevage jusqu'en décembre 2014 et l’identification d’une bactérie pathogène de type Vibrio splendidus (Travers, 2014) confortent cette hypothèse. Aucun parasite (Martelia), ni virus n’ont été identifiés. Par ailleurs, les pertes importantes de poids sec de chair en hiver, et les croissances en longueur réduites, relèguent l’indice de Walne et Mann sur les bouchots de l'Aiguillon et Yves à des valeurs de 78 et 72, parmi les plus faibles enregistrées dans les pertuis Charentais (Remoula 2000-2010). Contrairement aux sites océaniques du Vivier et d’Agon, ces indices révèlent probablement une "souffrance physiologique" plus importante sur ces sites durant l’hiver 2014. Apparues mi-mars, dans le Nord du pertuis Breton les mortalités ont diffusé vers le Sud où elles persistaient encore dans le pertuis d’Antioche en juin. L’importance des mortalités diminue au fur et à mesure que l’on s’écarte du foyer d’origine Filière du pertuis Breton et que l’on s’éloigne de la période de maturation (mars-juin). Le gradient de mortalité s’étale du Nord : Filière (98%), au Sud : Yves (50%), Boyard (20%). Les mortalités dans les pertuis Charentais sont estimées à 7000 à 9000 tonnes. D’autres mortalités importantes ont eu lieu sur le site d’Agon ; 50% au mois décembre. Cette mortalité, régulière dans le temps a pour origine les bigorneaux perceurs Nucella lapillus. Pour la campagne 2014, le réseau Mytilobs a joué son rôle de sentinelle active. Il a complété et renforcé l’expertise environnementale sur les mortalités massives de moules, engagée en 2014 (Bechemin 2014, Travers 2014). Pour 2015, il doit s’activer comme interface efficace, s’associer et accompagner les programmes de recherche qui se développent pour comprendre ce phénomène de mortalités massives de moules dans les pertuis Charentais et au-delà sur le littoral atlantique.

La conchyliculture, et principalement l’élevage de l’huître creuse, Crassostrea gigas, constitue la principale activité aquacole française. Cette activité repose, en grande partie, sur le recrutement naturel de l’espèce qui assure 70% des besoins en jeunes huîtres (naissain) : cette activité de collecte s’appelle le captage. Les deux principaux centres de captage en France sont les bassins d’Arcachon et de Marennes-Oléron. Or, depuis une dizaine d'années, sur le Bassin d'Arcachon, le captage devient très variable: à des années de captage nul (par exemple les années 2002, 2005, 2007) ou faible (2009, 2010, 2011) succèdent des années excellentes voire pléthoriques (les années 2003, 2006, 2008, 2012). A Marennes-Oléron, cette variabilité existe, mais s’avère beaucoup moins marquée. En outre, à la faveur du lent réchauffement des eaux, le captage peut désormais se pratiquer de plus en plus vers le nord. Ainsi, la Baie de Bourgneuf, mais aussi la Rade de Brest sont devenues, depuis quelques années, des secteurs où un nombre croissant d’ostréiculteurs pratiquent avec succès le captage, mais avec, là aussi, des irrégularités dans le recrutement qu’il convient de comprendre. Enfin, depuis la crise des mortalités de 2008, il se développe aussi sur l’Etang de Thau une volonté de pratiquer le captage. Afin de mieux comprendre les facteurs de variations du captage, l’Ifremer a mis en place, à la demande du Comité National de la Conchyliculture, un réseau national de suivi de la reproduction : le Réseau Velyger. Créé en 2008 sur fonds européens et financé désormais par la Direction des Pêches Maritimes et de l’Aquaculture, ce réseau apporte, chaque année, sur les écosystèmes cités précédemment, une série d’indicateurs biologiques (maturation, fécondité, date de ponte, abondance et survie larvaire, intensité du recrutement, survie du naissain) dont l’analyse croisée avec des indicateurs hydrologiques et climatiques permet progressivement de mieux appréhender les causes de variabilité du recrutement de l’huître creuse en France, modèle biologique et espèce clé de la conchyliculture française. Ce rapport présente donc les résultats 2012 de ce réseau d’observation et fait appel, pour la partie hydro-climatique, à des observations acquises par d’autres réseaux. Il détaille toutes les caractéristiques par secteur du cycle de reproduction de l’huitre creuse : maturation des adultes, période de ponte, abondance et survie des larves, intensité du captage et mortalités précoces. Il fournit ensuite une interprétation et une synthèse des résultats 2012 par secteur et à la lueur des résultats des années antérieures. Ainsi, pour l’année 2012, on retiendra les faits majeurs suivants : • Après une année 2011 particulièrement sèche, l’année 2012 s’avère plutôt humide à partir du printemps avec un gradient Nord-Sud marqué. Ce gradient se retrouve dans les concentrations phytoplanctoniques : elles sont élevées en Rade de Brest et Baie de Bourgneuf, normales à faibles du Bassin de Marennes Oléron à l’Etang de Thau. En outre, jusqu’au mois de juillet, les températures de l’air et de l’eau sont tout justes dans les normes voire déficitaires pour les sites les plus au nord. • Ces conditions hydro-climatiques ont imprimé un gradient dans la maturation et la fécondité des huitres adultes avec un indice de condition très élevé en Rade de Brest, élevé en Baie de Bourgneuf, normal à faible du Bassin de Marennes Oléron à l’Etang de Thau. En outre, le manque de chaleur jusqu’en juillet s’est traduit par une ponte plutôt tardive sur l’ensemble des écosystèmes de la côte atlantique, à l’exception de la ponte en Baie de Bourgneuf qui a été très précoce compte tenu des conditions. A contrario, le Bassin d’Arcachon enregistre la ponte la plus tardive jamais observée sur ce secteur (au-delà du 15 août). A ce titre, le mécanisme du déclenchement de la ponte mériterait une attention particulière dans les années à venir. • Cela dit, grâce à un mois d’août favorable sur le plan thermique, les cohortes larvaires présentes à cette période ont eu une survie normale à bonne (e.g. 0.3 à 0.8 %), ce qui s’est traduit par un captage modéré à bon sur l’ensemble des secteurs de la façade atlantique. Il convient cependant de noter que la ponte trop précoce en Baie de Bourgneuf, qui s’est déroulée dans des eaux fraîches, n’a pas permis une bonne évolution de la cohorte larvaire (survie de 0.03 %) et le captage reste, sur ce secteur, faible à modéré en 2012. • En conséquence, l’année 2012, très différente de l’année 2011, se caractérise par un captage qualifié de « bon » dans le Bassin d’Arcachon (~230 naissains/coupelle), modéré dans le Bassin de Marennes-Oléron (~ 180 naissains/coupelle) et en Rade de Brest (~ 100 naissains/coupelle), modéré à faible en Baie de Bourgneuf (15 naissains/coupelle) et faible à nul dans l’étang de Thau (~ 5 naissains/coupelle). Ce rapport montre aussi que l’étang de Thau joue un rôle d’exception. Malgré une ponte d’intensité normale, des abondances de larves élevées et une bonne survie des cohortes, le captage 2012 y est très faible ce qui positionne l’étang de Thau en dehors du modèle de fonctionnement admis pour le cycle de reproduction de l’huître creuse sur la façade atlantique. Il semble que, sur ce site, la métamorphose constitue un verrou biologique qu’il convient d’étudier.

International audience; The transforming growth factor (TGF)-beta superfamily is a group of important growth factors involved in multiple processes such as differentiation, cell proliferation, apoptosis and cellular growth. In the Pacific oyster Crassostrea gigas, the oyster gonadal (og) TGF-beta gene was recently characterized through genome-wide expression profiling of oyster lines selected to be resistant or susceptible to summer mortality. Og TGF-beta appeared specifically expressed in the gonad to reach a maximum when gonads are fully mature, which singularly contrasts with the pleiotropic roles commonly ascribed to most TGF-beta family members. The function of og TGF-beta protein in oysters is unknown, and defining its role remains challenging. In this study, we develop a rapid bacterial production system to obtain recombinant og TGF-beta protein, and we demonstrate that og TGF-beta is processed by furin to a mature form of the protein. This mature form can be detected in vivo in the gonad. Functional inhibition of mature og TGF-beta in the gonad was conducted by inactivation of the protein using injection of antibodies. We show that inhibition of og TGF-beta function tends to reduce gonadic area. We conclude that mature og TGF-beta probably functions as an activator of germ cells development in oyster.

11 pages; International audience; The shell of pearl oysters is organized in multiple layers of CaCO(3) crystallites packed together in an organic matrix. Relationships between the components of the organic matrix and mechanisms of nacre formation currently constitute the main focus of research into biomineralization. In this study, we characterized the pearlin protein from the oyster Pinctada margaritifera (Pmarg); this shares structural features with other members of a matrix protein family, N14/N16/pearlin. Pmarg pearlin exhibits calcium- and chitin-binding properties. Pmarg pearlin transcripts are distinctively localized in the mineralizing tissue responsible for nacre formation. More specifically, we demonstrate that Pmarg pearlin is localized within the interlamellar matrix of nacre aragonite tablets. Our results support recent models for multidomain matrix protein involvement in nacreous layer formation. We provide evidence here for the existence of a conserved family of nacre-associated proteins in Pteriidae, and reassess the evolutionarily conserved set of biomineralization genes related to nacre formation in this taxa.

Texte intégral accessible à partir de Archimer: http://archimer.ifremer.fr/doc/00006/11766/8502.pdf; International audience; Summer mortality of the Pacific oyster Crassostrea gigas is the result of a complex interaction between oysters, their environment and their pathogens. The physiological status of an oyster, especially its reproductive status, is suspected to play a significant role in the outcome of this interaction. As genetic variability exists for susceptibility to summer mortality, resistant (R) and susceptible (S) oyster lines were produced using a divergent selection scheme. The present paper reports a histological study on gonad area, which is representative of reproductive effort, in randomly chosen five R and five S oyster lines. The R lines showed a significantly lower gonad area than the S lines (P < 0.001), with an estimated mean difference of 12.5%, whereas, taken together, R and S lines showed a similar distribution of gametogenic stages when sampled. Considering the lines separately, the significant difference in gonad area went up to 24% between R and S lines. The present data confirm and strengthen the negative correlation between reproductive effort and resistance to summer mortality observed in previous studies. Summer mortality of C. gigas in France could, therefore, be partly due to a physiological disorder and metabolic disturbance in oysters associated with their reproductive effort. This does not, however, imply a direct link between the cost of reproduction and mortality because other causal factors, such as pathogenic agents, could be the primary causal factors.

Background Although bivalves are among the most-studied marine organisms because of their ecological role and economic importance, very little information is available on the genome sequences of oyster species. This report documents three large-scale cDNA sequencing projects for the Pacific oyster Crassostrea gigas initiated to provide a large number of expressed sequence tags that were subsequently compiled in a publicly accessible database. This resource allowed for the identification of a large number of transcripts and provides valuable information for ongoing investigations of tissue-specific and stimulus-dependant gene expression patterns. These data are crucial for constructing comprehensive DNA microarrays, identifying single nucleotide polymorphisms and microsatellites in coding regions, and for identifying genes when the entire genome sequence of C. gigas becomes available. Description In the present paper, we report the production of 40,845 high-quality ESTs that identify 29,745 unique transcribed sequences consisting of 7,940 contigs and 21,805 singletons. All of these new sequences, together with existing public sequence data, have been compiled into a publicly-available Website http://public-contigbrowser.sigenae.org:9090/Crassostrea_gigas/index.html. Approximately 43% of the unique ESTs had significant matches against the SwissProt database and 27% were annotated using Gene Ontology terms. In addition, we identified a total of 208 in silico microsatellites from the ESTs, with 173 having sufficient flanking sequence for primer design. We also identified a total of 7,530 putative in silico, single-nucleotide polymorphisms using existing and newly-generated EST resources for the Pacific oyster. Conclusion A publicly-available database has been populated with 29,745 unique sequences for the Pacific oyster Crassostrea gigas. The database provides many tools to search cleaned and assembled ESTs. The user may input and submit several filters, such as protein or nucleotide hits, to select and download relevant elements. This database constitutes one of the most developed genomic resources accessible among Lophotrochozoans, an orphan clade of bilateral animals. These data will accelerate the development of both genomics and genetics in a commercially-important species with the highest annual, commercial production of any aquatic organism.

In summer, oysters suffer mortality that decimates this year about 60% of the population in France. We previously demonstrated a genetic basis for summer survival thatallowed us to produce resistant (R) and susceptible (S) oyster familiesby divergent selection (Samainet al., 2007). At the physiological level, R families can survive summer mortality because they are reproductively less active than S families (Fleury et al., 2008).In order to identify the molecular basis of the summer survival,a transcriptomicapproach on R and S families was performed using microarray analysis and 34 differentially-expressed genes were identified between R and S in the gonad (Fleury et al., in prep). Among these genes, we found an EST encoding a neuropeptide Y related receptor (Cg-NPYr). Due to NPY major role in the coordination of energy balance and reproduction in other species,we studied Cg-NPYrexpression and regulation in the gonad to gain insight into itsfunction and its putative role in summer mortality.

Through differential screening between oyster families selected for high and low summer survival, we have characterized a new transforming growth factor-beta (TGF-beta) superfamily member. This novel factor, named oyster-gonadal-TGF beta-like (og-TGF beta-like), is synthesized as a 307 amino acid precursor and displays 6 of the 7 characteristic cysteine residues of the C-terminal, mature peptide. Sequence comparison revealed that og-TGF beta-like has a low percentage of identity with other known TGF-beta superfamily members, suggesting that og-TGF beta-like is a derived member of this large superfamily. Real-time PCR (RT-PCR) analysis in different oyster tissues showed that og-TGF beta-like is specifically expressed in both male and female gonads, at distinct levels according to the reproductive stage. Og-TGF beta-like relative expression was the lowest at the initiation of the reproductive cycle and increased as maturation proceeded to achieve a maximal level in fully mature female and male oysters. In situ hybridisation demonstrated that expression was exclusively detected in the somatic cells surrounding oocytes and spermatocytes. The role of this newly-characterized TGF beta member in the reproduction of cupped oyster is discussed in regard to the specificity and the localization of its expression, which singularly contrasts with the pleiotropic roles in a variety of physiological processes commonly ascribed to most TGF-beta family members identified so far. (C) 2007 Elsevier B.V. All rights reserved.

To study the complex and non identified host causes of summer mortality in C. gigas, divergent selection criteria based upon summer survival have been applied to produce resistant (R) and susceptible (S) oysterfamilies(Samain et al., 2007). A previous analysis by suppression-subtractive hybridization has characterized 46 differentially-expressedcDNAsbetween R and S families(Huvet et al., 2004). The present study reports the screening, using nylon array, of the 46 oyster SSHcDNAsfrom R and S selected families. Among the few differentially expressed genes characterized between R and S samples, one encodes a Transforming-Growth-Factor-β-related (TGFβ) protein. Members of the TGFβsuperfamily are critical growth factors regulating a variety ofimportant processes. We report the characterization and the spatio-temporal expression of oyster-gonadal-TGFβ-like (og-TGFβ-like), a TGFβsuperfamily member specifically expressed in the gonad of the cupped oyster,C. gigas.

Rationale for EST and genome sequencing of the Pacific oyster: • its membership of the Lophotrochozoa, an little studied branch of the Eukaryotes, • its worldwide aquacultural importance (4.2 million metric tons, worth 3.5 billion US dollars), • its high fecundity, with concomitantly high DNA polymorphism, • its use as a biosensor of coastal pollution. In 2004, an international community of biologists, the Oyster Genome Consortium (OGC) led by D. Hedgecock (University of Southern California) and uniting 70 participants from 10 countries, first presented the Pacific oyster Crassostrea gigas as a genome-sequencing candidate to Joint Genome Institute (JGI, USA) (Hedgecock et al., 2005). Besides this project (that remains to be accepted), several EST sequencing projects have been successfully initiated at JGI, Genoscope (France) and the Max Planck Institute (Germany). These will considerably enlarge the first public database specifically dedicated to C. gigas (Gueguen et al., 2003; www.ifremer.fr/GigasBase).

Depuis 2009, l'Observatoire Conchylicole assure le suivi, sur des sites ateliers disposés sur l'ensemble du littoral français, de lots sentinelles d'huîtres creuses Crassostrea gigas représentatifs de la production française. Leur suivi permet d'acquérir des données nationales de croissance et de mortalité, de traduire la dynamique spatio-temporelle des performances d’élevage et ainsi de participer à la compréhension des phénomènes observés. Pour ce faire, des lots sentinelles d’huîtres correspondant à différentes origines (captage ou écloserie, diploïdes ou triploïdes) et à différents stades d’élevage (naissain ou adultes 18 mois) sont déployés simultanément sur 13 sites ateliers représentant les grandes régions conchylicoles du littoral français. En parallèle des suivis de croissance et de mortalité, des données associées à la présence d’agents infectieux dans ces huîtres, ainsi que des variables environnementales (température, salinité, flores sur certains sites) sont acquises. L’ensemble des données acquises par l’Observatoire Conchylicole est diffusé en temps quasiréel, par l’intermédiaire d’un site internet dédié affichant les courbes de mortalité, de croissance et de température sur chaque site (actualisé tous les 15 jours). Des bulletins résumant les évolutions des divers paramètres sont également téléchargeables sur le site. Enfin, les mesures haute fréquence de température, pression et salinité des différents sites sont accessibles en temps réel sur un serveur spécifique. Les résultats des suivis réalisés en 2011 mettent en évidence des différences significatives entre les taux de mortalité cumulée sur les lots de naissains diploïdes (moyenne nationale 73 % ± 11%), de naissain triploïde (moyenne nationale 44.4 % ± 20%) et d’huîtres de 18 mois (moyenne nationale 3.1 % ± 4%). Certains sites apparaissent fortement touchés quel que soit le lot de naissain (tels que l’étang de Thau ou Loix en Ré), en opposition à certains autres pour lesquels les taux de mortalité cumulée sont plus faibles (Morlaix, Géfosse). La cinétique d’apparition des mortalités diffère selon les sites, et semble suivre un gradient sud-nord, fortement corrélé à la date du passage d’une température seuil (16° C). Ainsi, la première vague de mortalité est observée sur l’étang de Thau dès la mi-avril, alors qu’elle n’apparaît qu’à partir du mois de juin sur les sites de Normandie, Blainville ou Géfosse. Les analyses pathologiques réalisées lors des premiers constats de mortalité sur chaque type de lots de naissain, et pour chaque site, montrent une présence quasi-permanente de l'herpes virus OsHV-1 μvar (détecté dans 81 % des échantillons analysés), associée à la présence de Vibrio splendidus (détecté dans 92 % des échantillons analysés) : une corrélation est observée entre le nombre d’individus porteurs du virus OsHV-1 μvar et les taux de mortalité. Parallèlement à cela, la bactérie Vibrio aesturianus n’a été détectée que dans 4 % des échantillons analysés, sa présence restant donc anecdotique. Les données de croissance des lots étudiés mettent en évidence des performances globalement bonnes pour l’année 2011, aussi bien sur le naissain que sur le 18 mois. En effet, après des taux de croissance comparables aux moyennes décennales 2001-2010 jusqu’au mois de juin, on observe des gains de poids nettement plus élevés de septembre à décembre (environ 50% supérieur pour les sites situés plus au Nord tels que Blainville, Géfosse, Cancale et Brest).

Depuis 1992, la surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français est assurée par le réseau de Pathologie des Mollusques (Repamo). Ses activités s’inscrivent dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Depuis son évaluation par la plateforme nationale d’épidémiosurveillance en santé animale en 2012, l’objectif de surveillance est la détection précoce des infections dues à des organismes pathogènes exotiques et émergents affectant les mollusques marins sauvages et d’élevage. L’année 2015 est la première année de transition pour laquelle un début d’évolution des modalités de surveillance de la santé des mollusques marins animées par l’Ifremer a été amorcé. Un dispositif hybride de surveillance a été mis en place, s’appuyant sur l’existant et intégrant des débuts d’évolution. La surveillance événementielle a constitué l’activité principale du dispositif en 2015 et s’est appuyée sur des réseaux existants : (1) la surveillance des mortalités observées sur des animaux sentinelles déployés sur les sites ateliers des réseaux Ifremer RESCO 2 (12 sites) pour l’huître creuse Crassostrea gigas et MYTILOBS 2 (8 sites) pour la moule bleue Mytilus edulis. Pour l’huître creuse Crassostrea gigas, la mortalité cumulée moyenne était de 50,3% (écart-type 10,9%) pour le naissain standardisé Ifremer (NSI), de 11,0% (écart-type 9,1%) pour les huîtres de 18 mois et de 7,3% (écart-type 5,6%) pour les huîtres de 30 mois. Les mortalités ont été observées principalement entre le début du mois de mai et la mi-juillet. Lors de ces épisodes de mortalité, des prélèvements d’animaux ont été réalisés en vue d’analyses diagnostiques : 7 prélèvements pour le NSI, 2 pour les huîtres de 18 mois et 1 pour les huîtres de 30 mois. Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les échantillons d’huîtres creuses prélevés et analysés. Le virus OsHV-1 a été détecté dans les 7 échantillons analysés de NSI, dans 2 échantillons analysés d’huîtres de 18 mois et dans 1 échantillon analysé d’huîtres de 30 mois. La bactérie Vibrio aestuarianus a été détectée dans 5 échantillons analysés de NSI, dans 1 échantillon d’huîtres de 18 mois et dans 1’échantillon d’huîtres de 30 mois. Pour la moule bleue Mytilus edulis, des mortalités cumulées variant de 9% sur le site du Vivier à 51% sur le site des filières du Pertuis Breton ont été estimées. Les mortalités ont été observées au printemps sur des moules âgées d’une année et en automne sur des moules plus jeunes. Lors de ces épisodes de mortalités, des prélèvements d’animaux ont été réalisés en vue d’analyses diagnostiques : 2 prélèvements pour les moules d’une année et 1 pour les jeunes moules. Ces prélèvements ont eu lieu dans le Pertuis Breton. Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les échantillons de moules prélevés et analysés. Des bactéries du groupe Splendidus ont été détectées dans les 3 échantillons de moules analysés. (2) la surveillance s’appuyant sur les déclarations de mortalités de mollusques par les conchyliculteurs et pêcheurs à pied professionnels auprès des Directions départementales des territoires et de la mer (DDTM). Cette modalité s’applique aux huîtres creuses et aux moules bleues lorsqu’il n’existe pas de site atelier RESCO 2 ou MYTILOBS 2 dans la zone où des mortalités sont déclarées par les conchyliculteurs ou pêcheurs à pied. Le réseau REPAMO 2 a réalisé 22 interventions, dont 15 pour les moules Mytilus edulis, 4 pour les coques Cerastoderma edule, 2 pour les palourdes Ruditapes sp. et 1pour les coquilles saint Jacques Pecten maximus. La recherche d’agents infectieux dans ces espèces de mollusques prélevés lors de hausse de mortalité a permis de mettre en évidence les parasites réglementés Perkinsus olseni dans 1 lot de palourdes, et Marteilia refringens dans 4 lots de moules, ainsi que le virus OsHV-1 dans 1 lot de palourdes et 1 lot de coques, la bactérie Vibrio aestuarianus dans 3 lots de coques, et des bactéries du groupe Splendidus dans 3 lots de coques et dans 13 lots de moules. L’année 2015 a également permis la démonstration sur un site atelier d’un exercice de surveillance programmée, ciblée et fondée sur les risques d’introduction et d’installation d’un organisme pathogène exotique. Elle a concerné le parasite Mikrocytos mackini de l’huître creuse Crassostrea gigas, sur un site atelier de la Charente-Maritime, suivi par le réseau RESCO 2. Le parasite Mikrocytos mackini n’a pas été détecté. En revanche, le parasite Marteilia refringens a été détecté dans ¾ des prélèvements d’huîtres réalisés. Dans le cadre du soutien scientifique et technique de l’évolution de la surveillance événementielle, l’année 2015 a également permis de poursuivre la démarche relative aux développements méthodologiques en lien avec la surveillance événementielle des mortalités de mollusques marins. Une étude de faisabilité de la recherche prospective de regroupements spatio-temporels d’événements de mortalités d’huîtres creuses a été préparée en collaboration avec tous les acteurs de la santé des mollusques marins en Normandie. Un outil de collecte et d’analyse des données de signalements des mortalités, automatisé, simple d’utilisation et flexible, a été élaboré.

Depuis 1992, une surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français est assurée par le réseau de Pathologie des Mollusques (Repamo). Ses activités s’inscrivent dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Depuis son évaluation par la plateforme nationale d’épidémiosurveillance en santé animale en 2012, l’objectif de surveillance est la détection précoce des infections dues à des organismes pathogènes exotiques et émergents affectant les mollusques marins sauvages et d’élevage. L’année 2016 est la deuxième année de transition pour laquelle une évolution des modalités de surveillance de la santé des mollusques marins animées par l’Ifremer a été amorcée. Un dispositif hybride de surveillance a été mis en place en 2015, s’appuyant sur l’existant et intégrant des débuts d’évolution. La surveillance événementielle a constitué l’activité principale du dispositif en 2016 et s’est appuyée sur des réseaux existants : (1) la surveillance des mortalités observées sur des animaux sentinelles déployés sur les sites ateliers des réseaux Ifremer RESCO 2 (12 sites) pour l’huître creuse Crassostrea gigas et MYTILOBS 2 (9 sites) pour la moule bleue Mytilus edulis. Pour l’huître creuse Crassostrea gigas, la mortalité cumulée moyenne était de 68% (écart-type 8%) pour le naissain standardisé Ifremer (NSI), de 17% (écart-type 19%) pour les huîtres de 18 mois et de 11% (écart-type 11%) pour les huîtres de 30 mois. Les mortalités ont été observées principalement entre la fin du mois de mai et la fin du mois de juin. Lors de ces épisodes de mortalité, des prélèvements d’animaux ont été réalisés en vue d’analyses diagnostiques : dix prélèvements pour le NSI et un pour les huîtres de 18 mois. Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les échantillons d’huîtres creuses prélevés et analysés. Le virus OsHV-1 a été détecté dans les neuf échantillons analysés de NSI. La bactérie Vibrio aestuarianus n’a été détectée dans aucun des neuf échantillons analysés de NSI. Pour la moule bleue Mytilus sp., des mortalités cumulées variant de 21% sur le site du Vivier à 85% sur le site des Filières du Pertuis Breton ont été estimées. Les mortalités ont été observées à la période hivernale 2015-2016 et au printemps 2016. Lors de ces épisodes de mortalités, cinq prélèvements d’animaux ont été réalisés en vue d’analyses diagnostiques. Ces prélèvements ont eu lieu dans le Pertuis Breton (sites des Filières, Roulière et Aiguillon), la Baie de Bourgneuf (site de Maison Blanche) et la côte ouest du Cotentin (site d’Agon). Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les échantillons de moules prélevés et analysés. Des bactéries du groupe Splendidus ont été détectées dans les cinq échantillons de moules analysés. (2) la surveillance s’appuyant sur les déclarations de mortalités de mollusques par les conchyliculteurs et pêcheurs à pied professionnels auprès des Directions départementales des territoires et de la mer (DDTM). Cette modalité, appelée REPAMO 2, s’applique aux huîtres creuses et aux moules bleues lorsqu’il n’existe pas de site atelier RESCO 2 ou MYTILOBS 2 dans la zone où des mortalités sont déclarées par les conchyliculteurs ou pêcheurs à pied. Dans le cadre de REPAMO 2 17 interventions ont été réalisées, dont 10 pour les moules bleues Mytilus sp. , quatre pour les huîtres creuses Crassostrea gigas, une pour les moules Mytilus galloprovincialis en Méditerrannée, une pour les coques Cerastoderma edule et une pour les pétoncles noirs Mimachlamys varia. La recherche d’agents infectieux dans ces espèces de mollusques prélevés lors de hausse de mortalité a permis de mettre en évidence le parasite réglementé Marteillia refringens dans le lot de moules méditerranéennes, ainsi que le virus OsHV-1 dans trois lots de naissains d’huîtres creuses, la bactérie Vibrio aestuarianus dans un lot de moules bleues, et des bactéries du groupe Splendidus dans tous les lots analysés à l’exception du lot de coques. L’année 2016 a également permis de poursuivre un exercice de surveillance programmée, ciblée et fondée sur les risques d’introduction et d’installation d’un organisme pathogène exotique sur un site atelier. Elle a concerné Mikrocytos mackini, parasite de l’huître creuse Crassostrea gigas, sur un site atelier de la Charente-Maritime, suivi par le réseau RESCO 2. Le parasite Mikrocytos mackini n’a pas été détecté. En revanche, un parasite du genre Marteilia a été détecté dans ¾ des prélèvements d’huîtres réalisés. En 2016, la démarche relative aux développements méthodologiques en lien avec la surveillance événementielle des mortalités de mollusques marins a été poursuivie. Une modalité de signalement des mortalités de coquillages par SMS, complétée par la recherche prospective de regroupements spatio-temporels de signalements de mortalités d’huîtres creuses a été expérimentée en Normandie, en collaboration avec tous les acteurs locaux de la santé des mollusques marins. Cette modalité de signalement est plus réactive que la déclaration de mortalité auprès de la DDTM existante, en particulier pour les moules. Dans le contexte des missions du LNR pour les maladies des mollusques marins, une démarche visant à développer une approche diagnostique en bactériologie par MALDI-TOF a été initiée afin de détecter des bactéries marines d’intérêt en pathologie des mollusques marins.

Occupant une place de premier ordre dans nos paysages côtiers, l’ostréiculture est le premier contributeur de la filière aquacole française avec une production estimée à 85 000 tonnes ces dernières années. Véritable espèce ingénieur, l’huître creuse joue aussi un rôle essentiel sur le plan écologique dans les écosystèmes qui l’abritent. Pourtant, depuis plusieurs années, l’ostréiculture subie une baisse de production et les bancs naturels, garants de la diversité génétique, sont mis en danger. Ces phénomènes sont la conséquence directe de l’épizootie causée par OsHV-1 µVar frappant les naissains et des mortalités d’adultes associées à la bactérie Vibrio aestuarianus. Ces épisodes de mortalités accrues ne sont pas nouveaux mais leur récurrence et leur intensité nous amènent à élaborer des outils plus complets permettant de mesurer objectivement, par différents moyens et à plusieurs échelles, l’état de santé des huîtres, leur susceptibilité aux infections et l’impact des variations environnementales et/ou anthropiques sur leur cycle de vie (reproduction, écologie larvaire, recrutement, croissance). Ces outils doivent permettre de mieux évaluer sur le long terme les risques biologiques encourus par la filière (risques associés aux transferts, aux évolutions des pratiques culturales, ainsi qu’à l’émergence potentielle de nouvelles maladies). Dans la mesure où l’élevage de l’huître creuse est, pour la quasi-totalité du cycle, réalisé en milieu naturel, ces outils font nécessairement appel à des systèmes organisés d’observation sur le long terme et à grande échelle (afin d’appréhender la diversité des écosystèmes exploités). L’objectif général du projet ECOSCOPA est donc de continuer à consolider le dispositif d’observation actuel sur 6 écosystèmes, créé antérieurement par les projets RESCO et Velyger, et d’y ajouter progressivement une série de nouveaux indicateurs physiologiques et environnementaux pertinents, contribuant à une analyse plus fine des écosystèmes conchylicoles et leur évolution en lien avec les pressions climatiques et anthropiques. Le rapport ci joint présente donc de façon successive : (1) les suivis 2016 des paramètres environnementaux sur 6 sites ; (2) les données du réseau Velyger sur la reproduction de l’huitre sur ces mêmes sites et (3) le développement d’un nouveau descripteur : la mesure de la protéine VDAC, appliquée sur des animaux sentinelles du projet. Concernant les facteurs environnementaux et le cycle de reproduction 2016, on retient les faits majeurs suivants : · Sur le plan hydro-climatique, cette année se caractérise par un hiver doux et un printemps dans les normales, suivis d’un été là aussi très proche des normales à une exception près : la rade de Brest qui a bénéficié d’une température de l’eau supérieure aux normales dés le début de l’été. Compte tenu d’une pluviométrie plutôt excédentaire, les concentrations en phytoplancton sont restées à des niveaux assez élevés de la rade de Brest aux pertuis charentais et toujours déficitaires dans le bassin d’Arcachon et la lagune de Thau. · En terme de biologie, ces conditions hydro-climatiques se sont traduites, chez les populations d’huîtres adultes, par des indices de condition, proxy de la fécondité, assez élevés, avec toujours l’existence d’un gradient nord-sud observé chaque année, corrélativement à la concentration en phytoplancton. En outre, l’absence d’excédent thermique au printemps et en début d’été n’a pas permis de pontes précoces (à l’exception de la lagune de Thau), elles ont même été plutôt tardives (e.g. bassin d’Arcachon) et plutôt asynchrones. Les quantités de jeunes larves sont donc restées faibles (pic < 100 000 larves/1.5m3) sur les écosystèmes étudiés. · Sur la façade atlantique, les températures de l’eau lors du développement larvaire des principales cohortes ont été tout justes dans les normes, voire un peu faible en août. En conséquence, il y a donc eu peu de larves grosses dans l’eau à l’exception des secteurs rade de Brest et lagune de Thau : avec, en moyenne sur l’été, moins de 10 larves grosses/1,5m3, certains secteurs enregistrent leur score le plus faible depuis le début des suivis. · La lagune de Thau fait aussi figure d’exception : les températures élevées tout au long de l’été ont permis une concentration moyenne de larves ‘grosses’ modérée (243 larves/1,5m3). Cependant, les méthodes et les techniques de captage sont encore en cours d’optimisation sur ce secteur et cette année, malgré la présence de larves grosses, le captage est resté faible (< 10 naissains par coupelle à l’automne). · En conséquence, l’année 2016, se caractérise par un captage globalement « faible à modéré » dans tous les secteurs s’échelonnant autour de 1 naissain/coupelle en baie de Bourgneuf à plus de 114 naissains/coupelle dans certains secteurs de rade de Brest (secteur de Landévennec-Poulmic). Concernant le développement d’un nouveau descripteur physiologique, les analyses présentées ici ont permis de développer un protocole de quantification d’un biomarqueur de l’effet Warburg de l’huître et d’étudier la corrélation entre ce biomarqueur et les mortalités d’huître in situ. L’effet Warburg, bien détaillé chez les Vertébrés, correspond au mauvais état de santé de l’huître lorsqu’elle est susceptible au virus OsHV-1, peu de temps avant qu’elle n’y succombe. Le biomarqueur développé ici semble prédictif de la mortalité ou non par infection virale in situ. Nos recherches futures viseront à étudier comment le contenu de VDAC est régulé par les facteurs environnementaux, facteurs qui sont certainement très variables en fonction des sites ECOSCOPA.

Activités scientifiques 2018-2019

A transplant is a complex surgical procedure performed to obtain a pearl after about 12 to 18 months. One of the key steps in this procedure is the transfer of the graft (piece of mantle) from the donor oyster. A functional relationship exists between the coating nature of the pearl and the cellular structure of the pearl bag portion of the graft. We have identified two genetic markers of biomineralisation in Pinctada margaritifera, the pearl oyster: Perline and Calcine, responsible for secretion of aragonite and calcite, respectively. After isolating and sequencing a portion of each of these genes, we verified the specificity of these sequences using molecular methods (RT-PCR, in situ hybridisation) and biocomputing methods (alignments, phylogenetic trees, amino-acid composition). We have attempted to make a graft cartography to distinguish zones coding for expression of Perline and Calcine mRNA. The goal of this research is to define precisely the zone for selection of a graft (in a non empiric way) to achieve a desired balance between Perline and Calcine.

Ce rapport présente la comparaison des mortalités de deux lots de naissains de Crassostrea gigas dans plusieurs bassins conchylicoles et déterminer le gain de survie obtenu par la sélection pour des huîtres diploïdes