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2. Investigating genetic diversity within the most abundant and prevalent non-pathogenic leaf-associated bacteria interacting with Arabidopsis thaliana in natural habitats
- Author
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Daniela Ramírez-Sánchez, Chrystel Gibelin-Viala, Baptiste Mayjonade, Rémi Duflos, Elodie Belmonte, Vincent Pailler, Claudia Bartoli, Sébastien Carrere, Fabienne Vailleau, and Fabrice Roux
- Subjects
microbiota ,commensal bacteria ,genomic diversity ,plant growth promotion ,growth kinetics ,seed inoculation ,Microbiology ,QR1-502 - Abstract
Microbiota modulates plant health and appears as a promising lever to develop innovative, sustainable and eco-friendly agro-ecosystems. Key patterns of microbiota assemblages in plants have been revealed by an extensive number of studies based on taxonomic profiling by metabarcoding. However, understanding the functionality of microbiota is still in its infancy and relies on reductionist approaches primarily based on the establishment of representative microbial collections. In Arabidopsis thaliana, most of these microbial collections include one strain per OTU isolated from a limited number of habitats, thereby neglecting the ecological potential of genetic diversity within microbial species. With this study, we aimed at estimating the extent of genetic variation between strains within the most abundant and prevalent leaf-associated non-pathogenic bacterial species in A. thaliana located south-west of France. By combining a culture-based collection approach consisting of the isolation of more than 7,000 bacterial colonies with an informative-driven approach, we isolated 35 pure strains from eight non-pathogenic bacterial species. We detected significant intra-specific genetic variation at the genomic level and for growth rate in synthetic media. In addition, significant host genetic variation was detected in response to most bacterial strains in in vitro conditions, albeit dependent on the developmental stage at which plants were inoculated, with the presence of both negative and positive responses on plant growth. Our study provides new genetic and genomic resources for a better understanding of the plant-microbe ecological interactions at the microbiota level. We also highlight the need of considering genetic variation in both non-pathogenic bacterial species and A. thaliana to decipher the genetic and molecular mechanisms involved in the ecologically relevant dialog between hosts and leaf microbiota.
- Published
- 2022
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3. An ancient truncated duplication of the anti‐Müllerian hormone receptor type 2 gene is a potential conserved master sex determinant in the Pangasiidae catfish family
- Author
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Ming Wen, Qiaowei Pan, Elodie Jouanno, Jerome Montfort, Margot Zahm, Cédric Cabau, Christophe Klopp, Carole Iampietro, Céline Roques, Olivier Bouchez, Adrien Castinel, Cécile Donnadieu, Hugues Parrinello, Charles Poncet, Elodie Belmonte, Véronique Gautier, Jean-Christophe Avarre, Remi Dugue, Rudhy Gustiano, Trần Thị Thúy Hà, Marc Campet, Kednapat Sriphairoj, Josiane Ribolli, Fernanda L. de Almeida, Thomas Desvignes, John H. Postlethwait, Christabel Floi Bucao, Marc Robinson-Rechavi, Julien Bobe, Amaury Herpin, Yann Guiguen, Hunan Normal University (HNU), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Plateforme Bio-Informatique - Génotoul, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRAE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-BioInfOmics, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique ( GeT-PlaGe), Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Research Institute of Freshwater Fisheries (CRIFI-RIFF), Research Institute for Aquaculture, Neovia Asia, Kasetsart University (KU), Universidade Federal de Santa Catarina = Federal University of Santa Catarina [Florianópolis] (UFSC), Embrapa Amazônia Ocidental, Partenaires INRAE, University of Oregon [Eugene], Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne] (SIB), Swiss Institute of Bioinformatics [Genève] (SIB), National Institutes of Health : R01 OD011116, National Institutes of Health: R35 GM139635, ANR-13-ISV7-0005,PhyloSex,Evolution des déterminants majeurs du sexe chez les poissons.(2013), ANR-16-CE12-0035,GenoFish,Evolution des génes et des génomes après duplication compléte(2016), ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), MING WEN, State Key Laboratory of Developmental Biology of Freshwater Fish, College of Life Science, Hunan Normal University, QIAOWEI PAN, INRAE, LPGP, ELODIE JOUANNO, INRAE, LPGP, JEROME MONTFORT, INRAE, LPGP, MARGOT ZAHM, Plate-forme bio-informatique Genotoul, Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse, INRAE, CÉDRIC CABAU, SIGENAE, GenPhySE, Université de Toulouse, INRAE, CHRISTOPHE KLOPP, SIGENAE, CAROLE IAMPIETRO, INRAE, CÉLINE ROQUES, INRAE, OLIVIER BOUCHEZ, INRAE, ADRIEN CASTINEL, INRAE, CÉCILE DONNADIEU, INRAE, HUGUES PARRINELLO, Montpellier GenomiX, CHARLES PONCET, GDEC Gentyane, INRAE, Université Clermont Auvergne, ELODIE BELMONTE, GDEC Gentyane, INRAE, Université Clermont Auvergne, VÉRONIQUE GAUTIER, GDEC Gentyane, INRAE, Université Clermont Auvergne, JEAN-CHRISTOPHE AVARRE, ISEM, CNRS, IRD, Univ Montpellier, REMI DUGUE, ISEM, CNRS, IRD, Univ Montpellier, RUDHY GUSTIANO, Research Institute of Freshwater Fisheries (CRIFI-RIFF), TRÂN THI THÚY HÀ, Research Institute for Aquaculture, MARC CAMPET, Neovia Asia, KEDNAPAT SRIPHAIROJ, Faculty of Natural Resources and Agro-Industry, JOSIANE RIBOLLI, Laboratório de Biologia e Cultivo de Peixes de Água Doce, Universidade Federal de Santa Catarina, FERNANDA LOUREIRO ALMEIDA OSULLIVAN, CPAA, THOMAS DESVIGNES, Institute of Neuroscience, University of Oregon, JOHN H. POSTLETHWAIT, Institute of Neuroscience, University of Oregon, CHRISTABEL FLOI BUCAO, Department of Ecology and Evolution, University of Lausanne, MARC ROBINSON-RECHAVI, Department of Ecology and Evolution, University of Lausanne, JULIEN BOBE, INRAE, LPGP, AMAURY HERPIN, INRAE, LPGP, and YANN GUIGUEN, INRAE, LPGP.
- Subjects
Male ,Male genome assembly ,[SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology ,[SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health ,Receptors, Peptide ,Animals ,Catfishes/genetics ,Phylogeny ,Receptors, Peptide/genetics ,Receptors, Transforming Growth Factor beta/genetics ,Y Chromosome/genetics ,amhr2 ,evolution ,male genome assembly ,pangasiid catfishes ,sex determination ,Evolution ,Pangasiid catfishes ,[SDV.BDLR]Life Sciences [q-bio]/Reproductive Biology ,Sex determination ,[SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics ,Peixe-gato ,Y Chromosome ,Genetics ,Hormônio ,Receptors, Transforming Growth Factor beta ,Catfishes ,Ecology, Evolution, Behavior and Systematics ,Biotechnology - Abstract
The evolution of sex determination (SD) mechanisms in teleost fishes is amazingly dynamic, as reflected by the variety of different master sex-determining genes identified, even sometimes among closely related species. Pangasiids are a group of economically important catfishes in many South-Asian countries, but little is known about their sex determination system. Here, we generated novel genomic resources for 12 Pangasiid species and provided a first characterization of their SD system. Based on an Oxford Nanopore long-read chromosome-scale high quality genome assembly of the striped catfish Pangasianodon hypophthalmus, we identified a duplication of the anti-Müllerian hormone receptor type II gene (amhr2), which was further characterized as being sex-linked in males and expressed only in testicular samples. These first results point to a male-specific duplication on the Y chromosome (amhr2by) of the autosomal amhr2a. Sequence annotation revealed that the P. hypophthalmus Amhr2by is truncated in its N-terminal domain, lacking the cysteine-rich extracellular part of the receptor that is crucial for ligand binding, suggesting a potential route for its neofunctionalization. Short-read genome sequencing and reference-guided assembly of 11 additional Pangasiid species, along with sex-linkage studies, revealed that this truncated amhr2by duplication is also conserved as a male-specific gene in many Pangasiids. Reconstructions of the amhr2 phylogeny suggested that amhr2by arose from an ancient duplication / insertion event at the root of the Siluroidei radiation that is dated around 100 million years ago. Altogether these results bring multiple lines of evidence supporting that amhr2by is an ancient and conserved master sex-determining gene in Pangasiid catfishes, a finding that highlights the recurrent usage of the transforming growth factor β pathway in teleost sex determination and brings another empirical case towards the understanding of the dynamics or stability of sex determination systems.
- Published
- 2022
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4. GWAS reveals several genomic regions governing spontaneous XX-maleness in rainbow trout
- Author
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Clémence Fraslin, Anastasia Bestin, Nicolas Dechamp, Ambrosio, Jonathan D., Francine Krieg, Elodie Belmonte, Charles Poncet, Philippe Hocdé, Pierrick Haffray, Yann Guiguen, Florence Phocas, Edwige Quillet, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, INRA Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons, Syndicats des sélectionneurs avicoles et aquacoles français (SYSAAF), Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Pisciculture Charles Murgat, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), The European Maritime and Fisheries Fund and FranceAgrimer funded this work (NeoBio project, n° R FEA470016FA1000008), Syndicat des Sélectionneurs Avicoles et Aquacoles Français (SYSAAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), European Aquaculture Society (EAS). BEL., and Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
- Subjects
fish ,salmonidae ,endocrine system ,trout ,détermination du sexe ,animal structures ,urogenital system ,animal diseases ,[SDV]Life Sciences [q-bio] ,gène déterminant majeur du sexe ,sex determination ,digestive system ,gonad ,génétique de la variance ,gonade ,reproduction ,mâle ,poisson ,rainbow ,salmonids ,température ,ComputingMilieux_MISCELLANEOUS ,truite arc en ciel ,expression des gènes - Abstract
GWAS reveals several genomic regions governing spontaneous XX-maleness in rainbow trout. Aquaculture Europe 2019
- Published
- 2019
5. Masculinisation spontanée chez la truite arc-en-ciel : de nouvelles régions du génome identifiées
- Author
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Clémence Fraslin, Anastasia Bestin, Nicolas Dechamp, Francine Krieg, Elodie Belmonte, Charles Poncet, Philippe Hocdé, Pierrick Haffray, Yann Guiguen, Florence Phocas, Edwige Quillet, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Syndicat des Sélectionneurs Avicoles et Aquacoles Français, Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Pisciculture Charles Murgat, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), FEAMP (Neobio) & France AgriMer, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Syndicat des Sélectionneurs Avicoles et Aquacoles Français (SYSAAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux (ITAVI). FRA., and Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
- Subjects
fish ,salmonidae ,trout ,oncorhynchus mykiss ,masculinisation ,[SDV]Life Sciences [q-bio] ,rainbow trout ,identification de gènes ,reproduction ,poisson ,rainbow ,salmonids ,pisciculture ,sélection ,virilization ,genome ,fish farming ,truite arc en ciel - Abstract
Session : Génétique et Sélection; Masculinisation spontanée chez la truite arc-en-ciel : de nouvelles régions du génome identifiées. 6. Journées de la Recherche Filière Piscicole
- Published
- 2019
6. Premiers résultats du projet RELAPA : génomique pour la résistance génétique des lapins à la pasteurellose
- Author
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Mélanie Gunia, Frederic Lantier, Jean-Marc Babilliot, Elodie Balmisse, Bertrand Bed'Hom, Elodie Belmonte, Stéphane Bertagnoli, Samuel Boucher, Sylvain Breton, Emilie Chambellon, Thierry Chaumeil, Fabien Coisne, Rémi Delaunay, Alain Fadeau, Edouard Guitton, Virginie Helies, Jacques Hurtaud, Deborah Jardet, Florent Kempf, Isabelle Lantier, Sébastien Lavillatte, Dominique Le Cren, Guillaume Lenoir, Bernadette Le Normand, Coralie Marais, Mickaël Maupin, Hervé Morin, Charles Poncet, Sébastien Pujol, Raphaël Robert, Christelle Rossignol, Julien Ruesche, Fanny Sarce, Colomba Thiebot, Emmanuelle Helloin, Herve Garreau, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain (PECTOUL ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), LABOVET Conseil, Réseau Cristal, Plateforme d'Infectiologie Expérimentale (PFIE), Hycole Sarl, Laboratoire de Touraine, Hypharm, Comité Lapin Interprofessionnel pour la Promotion des Produits Français (CLIPP), VeLVet, Filavie SAS, Eurolap, Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux (ITAVI). FRA., Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours, AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Infectiologie Animale et Santé Publique - IASP (Nouzilly, France), UE 1322 Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Génétique animale (G.A.)-Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (PHASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain (PECTOUL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Plateforme d'Infectiologie Expérimentale (PFIE - INRA UE 1277), and HYCOLE
- Subjects
pasteurella multocida ,pasteurellose ,[SDV]Life Sciences [q-bio] ,genetic variability ,variabilité génétique ,rabbit ,résistance ,lapin ,résistance génétique ,génétique ,génomique - Abstract
Session : Génétique Participation à cette étude : Plateforme d'Infectiologie Expérimentale (PFIE) UE 1277 - Nouzilly Centre Inra Val de LoireSession : GénétiqueParticipation à cette étude : Plateforme d'Infectiologie Expérimentale (PFIE) UE 1277 - Nouzilly Centre Inra Val de Loire; La pasteurellose est la première cause de mortalité des femelles en élevage cunicole. Le projet RELAPA (Génomique pour la REsistance génétique des LApins à la PAsteurellose) a pour objectif de mettre en évidence des régions du génome associées à la réponse à la pasteurellose. Pour ce faire, 955 lapins ont été inoculés à 6 semaines d’âge avec une souche de Pasteurella multocida pyogène et suivis pendant 14 jours. La réponse des animaux était très variable, avec 7% de lapins résistants (sans aucun symptôme de pasteurellose et sans Pasteurella multocida détectée dans les organes) et 11% d’animaux très sensibles (morts ou euthanasiés pendant l’essai avec des Pasteurella multocida détectées). L’effet du père sur les caractères mesurés est très significatif, ce qui laisse présager l’existence d’une variabilité génétique importante dans la résistance à la pasteurellose.
- Published
- 2017
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