Search

Kanser, tüm dünyada ve ülkemizde öldürücülüğü oldukça yüksek ve sık rastlanılan bir hastalık haline gelmiştir. Kanser tedavilerinde kullanılan ilaçlar, sağlıklı hücrelere zarar vermeden hızla büyüme gösteren kanser hücrelerini yok etmeyi amaçlamaktadır. Her gün gelişmekte olan teknoloji ve bilim sayesinde kanser ilaçlarının daha az yan etkili ve tümör hücrelerinde daha yüksek başarı oranları bulunan alternatifleri aranmaktadır. 5-Florourasil (5-FU) meme, mide, pankreas, baş ve boyun gibi solid tümörlerin sistemik tedavisinde kullanılan ilk basamak ilaçlardan biridir. Triazol bileşiklerinin etkili biyoaktiviteleri ve kullanım kolaylıkları ile 5- FU‘nun kullanımındaki kısıtlamalar ve zorluklar düşünüldüğünde yeni oluşturulacak 5-FU şeker türevi içeren triazol bileşiklerinin kansere karşı istenilen nitelikleri göstermesi beklenmektedir. Çok geniş biyolojik etkinliğe sahip triazol içeren bileşikler olması nedeniyle bu güne kadar bir çok antikanser molekül tasarlanmış ve kullanılmıştır. Bu tez çalışmasında, yeni sentezlenen 5-FU içeren yeni triazol bileşiklerin sitotoksik, genotoksik, anti-anjiyogenik ve apoptotik özelliklerinin araştırılması ve bu bileşiklerin biyolojik etkinlik ve toksisite yönünden değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Çalışma kapsamında 5-FU içeren yeni triazol bileşiklerinin, in vitro sitotoksik etkisinin belirlenmesi için MTT testi, apoptozun belirlenmesi için Flow Sitometri analizleri, genotoksik potansiyelin belirlenmesi için AMES testi ve anjiyogenik/antianjiyogenik etkiyi gözlemlemek için HET-CAM testi yapılmıştır. MTT testi sonrasında IC50 değerleri hesaplanan bileşiklerin pozitif kontrole göre daha düşük sitotoksik etkiye sahip olduğu ortaya konmuştur. Bu test sonucunda elde edilen değerler ile bileşiklerin 1xIC50 ve 2xIC50 değerleri hesaplanarak apoptotik aktivitesine bakılmış, sonuçlarda apoptoz yanı sıra ağırlıklı olarak nekroz tespit edilmiştir. AMES testi sonucunda, maksimum konstrasyon olan 5000 μg/mL de bile bileşiklerde herhangi bir genotoksik etki gözlenmezken, HET-CAM testi ile tüm konsantrasyon (4-2-1-0,5-0,25 μg/mL) denemelerinde bileşiklerin anti-anjiyogenik etki gösterdikleri belirlenmiştir. Sonuç olarak bu maddelerin daha az toksik ve aynı zamanda daha etkili oldukları yapılan in vitro çalışmalarla bulunmuştur. Daha ileri sonuçlar in vivo denemelerle desteklenmelidir., Cancer has become a very common disease with a high lethality the whole world also in our land. Drugs used in cancer treatments aim to destroy rapidly growing cancer cells without harming healthy cells. Thanks to developing science and technology are looking for new drug alternatives that have less side effects and higher success rates in tumor cells. 5-Fluorouracil (5-FU) which is one of the first-line drugs used in general treatment of especially solid tumors such as, head, stomach, pancreas, breast and neck. Considering the effective bioactivities and ease of use of triazole compounds and the limitations and difficulties in the use of 5-FU, it is expected that the newly formed triazole compounds containing 5-FU sugar derivatives will show the desired properties against cancer. The aim of the thesis is to investigate the cytotoxic, genotoxic, apoptotic and anti-angiogenic properties of newly synthesized triazole compounds containing 5-FU and to evaluate these compounds in terms of toxicity and biological effect. Within the scope of these study in new triazole compounds containing 5-FU, MTT test to determine the in vitro cytotoxic effect, Flow Cytometry analyzes to determine apoptosis, AMES test to determine genotoxic potential and HET-CAM test to observe angiogenic/antiangiogenic effects were performed. It was revealed that the compounds whose IC50 values were calculated after the MTT test had a lower cytotoxic effect than the positive control. The 1xIC50 and 2xIC50 values of the compounds were calculated with the values obtained in consequence of tests and the apoptotic activity was examined and apoptosis as well as predominantly necrosis were detected in the results. Conclusion of the AMES test, no genotoxic effect was observed in the compounds even at the maximum concentration of 5000 μg/mL effects were determined. It was determined that the compounds showed anti-angiogenic effects in all concentration (4-2-1-0.5-0.25 μg/mL) assays with the HET-CAM test. As a result, it has become found by in vitro assays which substances are less toxic and at the same time more effective. More precise results should be supported by in vivo assays.

Bitkiler yaşadıkları bölgelerde çeşitli streslere maruz kalmaktadırlar. Kuraklık stresi bu stres koşullarından en hasar verici olanıdır. Trichoderma faydalı mantarları ise bitki gelişimi ve antioksidan savunma sistemlerini iyileştirmede etkin bir rol oynamaktadır. Bu çalışmada Trichoderma citrinoviride uygulamasının hem normal şartlarda hem de kuraklık stresi altında Arabidopsis thaliana yaban tipi Col. ve Suc3 mutantındaki etkileri araştırılmıştır. Arabidopsis thaliana yaban tipi Col. ile Arabidopsis thaliana Suc3 mutantı bitki materyali olarak kullanılmıştır. Bitkiler toprak ortamında yetiştirildikten sonra hasatları yapılarak fizyolojik ve biyokimyasal parametreleri belirlenmiştir. Fizyolojik parametreler olarak; rozet çapı, kök uzunlukları, bağıl su içerikleri, Fv/Fm oranı ve klorofil miktarı analiz edilmiştir. Biyokimyasal parametreler olarak ise; lipid peroksidasyonu (TBARS), H2O2 içeriği, antioksidant enzim/izoenzimleri (katalaz (CAT), peroksidaz (POX), askorbat peroksidaz (APOX), NADPH oksidaz (NOX) ve glutatyon redüktaz (GR) belirlenmiştir., Plants are exposed to various stress conditions in their areas. Drought stress is the most damaging of these stress conditions. Trichoderma species have a role in plant growth and treatment of antioxidant defense systems. In this study, the effects of Trichoderma citrinoviride pretreatment in Arabidopsis thaliana wild type Col and Suc3 mutant under normal and drought conditions were investigated. Arabidopsis thaliana wild type Col and Arabidopsis thaliana Suc3 mutant were used as plant material. The plants were grown in soil medium and harvested. Then biochemical and physiological parameters were determined. Leaf rosette diameter, root length, relative water content (RWC), Fv/Fm rate, chlorophyll content, were analyzed as physiological parameters. Lipit peroxidation (TBARS), H2O2 content, antioxidant enzymes; catalase (CAT), peroxidase (POX), ascorbate peroxidase (APOX), NADPH oxidase (NOX), glutathione reductase (GR) were analyzed as biochemical parameters.

Biyohidrojen, çoğunlukla çevresel organik atıklar kullanılarak üretilen en değerli enerji kaynaklarından biridir. Hidrojen verimliliğini mikrobiyolojik bir perspektiften analiz etmek için, bu değerli enerji kaynağının üretiminde rol oynayan potansiyel bakterilerin bilgisine oldukça gereksinim vardır. Bu tezde, karışık kültürlerin ve meyve-sebze atıklarının karanlık fermantasyonu ile biyohidrojen üreten üç farklı reaktörde ısıl ön işlemin ve partikül boyutunun mikrobiyal dinamikler üzerindeki etkileri ve değişimleri incelenmiştir. Mikrobiyal profildeki değişiklikler, denatüre edici gradyan jel elektroforezi (DGGE) ve operasyonel taksonomik birim (OTU) analizleri ile belirlenmiştir. Clostridium ve Lactobacillus genus üyelerinin yüksek oranda hidrojen üretimi olan reaktör örneklerinde baskın olduğu tespit edilmiştir. C. butyricum (%46,93) ve L. fermentum (%28,28) reaktör örneklerinde en yaygın türler olarak kaydedilmiştir. Ayrıca reaktör örneklerinde nispi potansiyel hidrojen üretici türlerinin tespiti için referans suşlar olan C. butyricum DSM-10702, C. tyrobutyricum DSM-2637 ve C. pasteurianum DSM-525 kullanılmıştır. Örneklerdeki tür analizleri kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (Real-time PCR) ile gerçekleştirilmiştir. Hidrojen verimi en yüksek olan reaktörde bu türlerin gen kopya sayıları sırasıyla 1,23x105 DNA/mL, 1,95x105 DNA/mL ve 3,77x104 DNA/mL olarak hesaplanmıştır. Ayrıca örneklerdeki [FeFe]-hidrojenaz (hydA) gen dizileri, temsili biyohidrojen üretici türler olarak C. butyricum, C. tyrobutyricum, C. pasteurianum ve C. acetobutylicum dizileri baz alınarak tasarlanan 4 farklı primer seti kullanılarak karakterize edilmiştir. Reaktör örneklerinde hidrojen üretimine aracılık eden önemli bir enzim olarak bilinen hydA geninin karakterizasyonu ile, çevredeki mikrobiyal popülasyonlar arasındaki hidrojenaz evrimini anlamak için yeni bir pencere açıldığı düşünülebilir. hydA gen karakterizasyonu ile bağlantılı olarak, hydA kısmi gen dizilerinin filogenetik ilişkileri değerlendirilmiştir. C. butyricum'da bulunan hydA dizisi, aynı zamanda yüksek benzerlikle birlikte C. saccharobutyricum, Clostridium sp. ve C. chromiireducens’te de saptanmıştır. Öte yandan, C. tyrobutyricum'un hydA dizisinin Clostridium sp., C. kluvyeri, C. acetobutylicum ve C. acidisoli'deki hydA dizilerine yakından benzediği gözlenmiştir., Biohydrogen is one of the most valuable energy sources which is produced mostly using environmental organic wastes. Knowledge of potential bacteria which plays a role in the production of this valuable energy source is much needed to analyse the hydrogen efficiency from a microbiological perspective. In this thesis, the effects and changes of thermal pretreatment and particle size on microbial dynamics in three different reactors producing biohydrogen by dark fermentation of mixed cultures and fruit-vegetable wastes were examined. Changes in microbial profile were determined by denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and operational taxonomic unit (OTU) analyses. The members of Clostridium and Lactobacillus genera were dominantly detected in reactor samples with a high level of hydrogen production. C. butyricum (46.93%) and L. fermentum (28.28%) were recorded were the prevalent species in these reactor samples. In addition, to detect relative potential hydrogen producer species in reactor samples, C. butyricum DSM-10702, C. tyrobutyricum DSM-2637 and C. pasteurianum DSM-525 which are the reference strains were used. The species analyses in samples were performed by quantitative polymerase chain reaction (Real-time PCR). In the reactor with the highest hydrogen efficiency, the gene copy numbers of these species were calculated as 1.23x105 DNA/mL, 1.9x105 DNA/mL and 3.77x104 DNA/mL, respectively. Besides, [FeFe]-hydrogenase (hydA) gene sequences in samples were characterized using 4 different primer sets based on the sequences of C. butyricum, C tyrobutyricum, C. pasteurianum and C. acetobutylicum as representative biohydrogen producer species. It could be considered with the characterization of the hydA gene known as an important enzyme that mediates the hydrogen production in reactor samples has been opened a new window to figure out hydrogenase evolution among microbial populations in the environment. Linked to hydA gene characterization, the phylogenetic relationships of hydA partial gene sequences were evaluated. The hydA sequence found in C. butyricum was also detected in C. saccharobutyricum, Clostridium sp. and C. chromiireducens with high similarity. On the other hand, the hydA sequence of C. tyrobutyricum was observed as closely resembling the hydA sequences in Clostridium sp., C. kluvyeri, C. acetobutylicum and C. acidisoli.

Et, sağlıklı bir insan büyümesi ve gelişimi için gerekli olan, besin içeriği bakımından zengin bir gıda kaynağıdır. Günümüzde et tüketimi kanser, kardiyovasküler hastalıklar ve diyabet gibi hastalıklarla ilişkilendirilse de, et insan evriminde önemli bir role sahiptir. Dünya nüfusu arttıkça et ve et ürünlerine olan talep de giderek artmaktadır. Sağlıklı ve dengeli beslenmenin önemli bir unsuru olan kırmızı et ve et ürünleri tüketimi nüfusun hızla arttığı Türkiye'de büyük önem taşımaktadır. Dünya Kanser Araştırmaları Vakfı’nın yayınladığı raporda kırmızı et, tüm popülasyonlarda karsinomların insidansı ve ilerlemesi ile ilişkili ilk 10 faktör arasında yer almaktadır. İnsan dışı bir sialik asit olan N-glikolilnöraminik asit (Neu5Gc) molekülü ile dolaşımdaki anti-Neu5Gc antikorlarının etkileşimi sonucunda oluşan inflamasyonun kanser ve et tüketimi arasındaki mekanizma olabileceği önerilmiştir. Bu nedenle kanser riskini azaltmak için Neu5Gc'nin daha az bulunduğu diyetlerin önemli olduğu bildirilmiştir. Bu bilgiler ışığında, bu çalışmada Türkiye’de yetiştiriciliği yapılan, et ve süt ürünleri tüketilen Kıvırcık ve Karacabey Merinos koyun ırklarında, Neu5Gc sentezinde görev alan CMAH mRNA dizisi analiz edilerek sialik asit sentezini etkileyen olası polimorfizmlerin saptanması ve hayvan ıslahı açısından Neu5Gc içeriğiyle ilişkili olabilecek bir biyobelirteç bulunması amaçlanmıştır. Koyun CMAH mRNA dizilerinde toplamda 11 tek nükleotit polimorfizmi bulunmuştur. Polimorfizm pozisyonlarının 5’i amino asit değişime sebep olurken 6’sı eş anlamlı tek nükleotid polimorfizmi olarak belirlenmiştir. Polimorfizm frekans sonuçları KD ve MD’de G27A pozisyonunda görülen AA genotipinin (sırasıyla 0.07 ve 0.09), KD ve MD’de G55T pozisyonunda görülen GG genotipinin (sırasıyla 0.04 ve 0.05) ve KD ve MD’de A294G’de görülen AA genotipinin (sırasıyla 0.04 ve 0.05) Neu5Gc sialik asit miktarıyla ilişkili olabileceğini düşündürmüştür. Ek olarak, koyun CMAH geninde alternatif ekleme varyantları olduğu ortaya konmuş ve bu varyantların Neu5Gc sialik oranını etkileyebileceği düşünülmüştür. Sonuç olarak, Kıvırcık ve Karacabey Merinos koyun ırklarında ilk kez CMAH mRNA dizisi sekanslanmış ve eksonlardaki polimorfizimler belirlenmiştir. Neu5Gc sialik asit miktarıyla ilişkili olabilecek genotipler ilk kez bu çalışmada aday gösterilmiş ve koyun CMAH geninin farklı mRNA varyantları olduğundan ilk defa bahsedilmiştir., Meat is a food source rich in nutrients that are essential for healthy human growth and development. Despite the fact that meat eating is now linked to disease including cancer, cardiovascular disease and diabetes, meat has played a crucial role in human evolution. As the world's population grows, the demand for meat and animal products which are essential for human health and nourishment is also increasing. In Turkey, where the population is continuously growing, it is critical to consume red meat and meat products in order to maintain a healthy and balanced diet. Red meat is one of the top ten factors linked to the occurrence and progression of carcinomas in all populations, according to a report issued by the World Cancer Research Foundation. Inflammation caused by the interaction of the N-glycolylneuraminic acid (Neu5Gc) molecule, a non-human sialic acid, with circulating anti-Neu5Gc antibodies has been proposed as a possible link between cancer and meat eating. As a result, it has been suggested that diets low in Neu5Gc are beneficial in lowering cancer risk. In the light of this information, the aim of this study was to analyze the CMAH mRNA sequence involved in Neu5Gc synthesis in Kıvırcık and Karacabey Merino sheep breeds reared in Turkey, to detect possible polymorphisms affecting sialic acid synthesis and to find a biomarker that may be related to Neu5Gc content in terms of animal breeding. A total of 11 single-nucleotide polymorphisms were found in sheep CMAH mRNA sequences. While 5 of the polymorphism positions cause amino acid changes, 6 of them are determined as synonymous single nucleotide polymorphisms. The polymorphism frequency results suggested that the AA genotype at position G27A in KD and MD (0.07 and 0.09, respectively), the GG genotype at position G55T in KD and MD (0.04 and 0.05, respectively), and the AA genotype at A294G in KD and MD (0.04 and 0.05, respectively) may be related to the amount of Neu5Gc sialic acid. In addition, alternative splicing variants have been demonstrated in the sheep CMAH gene, and it is thought that these variants also may affect the amount of Neu5Gc sialic acid. In conclusion, CMAH mRNA sequence was sequenced for the first time in Kıvırcık and Karacabey Merino sheep breeds and polymorphisms in exons were determined. Genotypes that may be related to the amount of Neu5Gc sialic acid were nominated for the first time in this study and it was mentioned for the first time that there are different mRNA variants of the sheep CMAH gene.

Bu araştırmada, Üçburun biber sebzesinin biyotasında bulunan laktik asit bakterilerinin izolasyonu ve turşu sektöründe yaygın olarak kullanılan iki farklı turşu üretim yöntemleri ile endüstiyel boyutta Üçburun biber turşusu üretimi amacıyla yapılmıştır. Bu amaç doğrultusunda gerçekleştirilen laktik asit bakterilerinin izolasyonu sonucunda iki farklı kaynaktan toplam 24 izolat elde edilmiştir. İzolatlarının tanımlanmaları amacıyla mikroskobik, kültürel, biyokimyasal karakteristikleri belirlenmiş ve akabinde genotipik karakterizasyonları gerçekleştirilmiştir. Kültürel karakteristik özelliklerine göre izolatlar arasından seçilen 10 izolat API 50CH kiti ile tanımlamaları yapılmış ve 4 izolat %99.9–90.9 benzerlik oranı ile Lactobacilus paracasei ssp. paracasei 1, 3 izolat %80.3 benzerlik oranı ile Lactococcus lactisssp lactis 1, 1 izolat %96.5 benzerlik oranı ile Lactobacillus rhamnosus, 1 izolat %91.7 benzerlik oranı ile Lactobacillus pentosus, bir diğer izolat ise %95.5 benzerlik oranı ile Lactobacillus paracasei ssp. paracasei 3 olarak tanımlanmıştır. Turşu üretim planı olarak fermantasyon ve asitlendirme yöntemleri uygulanan stok turşuların 10. ve 32. günlerinde sıcak dolum kavanoz paketleme ve pastörizasyon çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Hazırlanan son ürünlerin raf ömrünün belirli dilimlerinde kimyasal, mikrobiyolojik ve duyusal analizleri gerçekleştirilmiştir. Raf ömrü süresince gerçekleştirilen analiz sonuçlarına ve stok turşu üretim aşamalarındaki farklılıklara göre incelenen turşular arasında asitlendirme yöntemiyle elde edilen turşuların turşu endüstrisinde üretimi için daha uygun olduğu anlaşılmıştır., In this research, the isolation of lactic acid bacteria found in the biota of Üçburun pepper vegetable and the production of Üçburun pepper pickles in industrial size using two different pickle production methods, which are widely used in the pickle sector. As a result of the isolation of lactic acid bacteria carried out for this purpose, a total of 24 isolates were obtained from two different sources. To determine the characterizations of the isolates microscopic, cultural and biochemical characteristics were analyzed and then genotypic characterizations were performed. Ten isolates selected from among the isolates according to their cultural characteristics were identified with the API 50CH kit and four isolates were identified as Lactobacilus paracasei ssp. paracasei 1, three isolates Lactococcus lactisssp lactis 1 with 80.3% similarity rate, one isolate Lactobacillus rhamnosus with 96.5% similarity rate, one isolate Lactobacillus pentosus with 91.7% similarity rate, and another isolate Lactobacillus paracasei ssp. defined as paracasei 3. Hot filling jar packaging and pasteurization studies were carried out on the 10th and 32nd days of stock pickles, in which fermentation and acidification methods were applied as a pickle production plan. Chemical, microbiological and sensory analyzes of the final products were carried out in certain parts of the shelf life. According to the results of the analysis carried out during the shelf life and the differences in the production stages of stock pickles, it was understood that the pickles obtained by acidification method were more suitable for the production of the pickles industry.

Bal arıları olarak da bilinen Apis mellifera türü, Dünya’da ekolojik açıdan oldukça önemli bir yere sahiptir. Dünya’da yaygın olarak bulunan bu sosyal böcekler, diğer canlı organizmalara ev sahipliği yapmaktadır. Bakteri, virüs, fungus ve akarlar gibi organizmalar, bal arılarından faydalanarak, arıların bağışıklık sistemini zayıflatarak arılarda bazı hastalıklara sebebiyet vermektedir. Arılarda görülen hastalıklar ve koloni kayıpları, arı verimini düşürmesiyle birlikte ekolojik hayatı tehlikeye sokmaktadır. Bu durumun ortadan kaldırılması için bazı mücadele yöntemleri kullanılmaktadır. Fiziksel, kimyasal ve organik maddeler gibi mücadele yöntemlerinin kullanılmasıyla birlikte bu parazitlerle mücadele sürecinde kullanılan ürünlerin arılarda kalıntı bırakması, uygulanan dozun ayarlanamamasından dolayı kovanlardaki kolonilerin zarar görmesi, ekonomik açıdan maliyetin düşürülmesi gibi birçok sebeple yeni mücadele yöntemlerine ihtiyaç duyulmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında arıların gastrointestinal sisteminden izole edilen ve probiyotik olarak kullanılabilme potansiyeline sahip oldukları bilinen izolatlar tanılanarak, bioassay yöntemi ile Varroa destructor türü akarlara karşı biyolojik mücadele yöntemi ile mikrobiyal biyokontrol ajanlarının araştırılması amaçlanmaktadır. Yapılan çalışmalar sonucunda, 16SrDNA dizi analizleri yapılan ve tanılanan bu 3 izolatların Bacillus amyloliquefaciens (C11A ve C12B) ve Bacillus velezensis (C12A1) olduğu belirlenmiştir. Bioassay denemesi sonucunda potansiyel probiyotik özellik gösterebilme yeteneğine sahip 3 izolattan, (C12A1) B. velezensis türünün akarların hareketliliğini %50 oranında, diğer 2 izolatın ise (C11A, B. amyloliquefaciens) %10-%30, (C12B, B. amyloliquefaciens) %30-%40, elde edilen 3 izolattan oluşturulan konsorsiyumun ise akarların hareketliliğini %30 oranında inhibe ettiği görülmüştür., Apis mellifera, also known as honey bees, has an ecologically important place in the world. These social insects, commonly found on Earth, are home to other living organisms. Organisms such as bacteria, viruses, fungi and mites cause some diseases in bees by taking advantage of honey bees and weakening the immune system of bees. Diseases and colony losses in bees endanger ecological life, as well as reducing bee productivity. Some methods of struggle are used to eliminate this situation. With the use of control methods such as physical, chemical and organic substances, new control methods are needed for many reasons such as the products used in the fight against these parasites leave residue on the bees, the damage to the colonies in the hives due to the inability to adjust the applied dose, and the reduction of economic costs. Within the content of this thesis, it is aimed to identify the isolates isolated from the gastrointestinal tract of bees and known to have the potential to be used as probiotics, and to investigate microbial biocontrol agents with the bioassay method and the biological control method against Varroa destructor type mites. As a result of the studies, it was determined that these 3 isolates, whose 16SrDNA sequence analyzes were performed and identified, were Bacillus amyloliquefaciens (C11A and C12B) and Bacillus velezensis (C12A1). As a result of the bioassay experiment, of the 3 isolates capable of showing potential probiotic properties, the motility of the (C12A1) B. velezensis species was 50%, the other 2 isolates (C11A, B. amyloliquefaciens) 10%-30%, (C12B, B. amyloliquefaciens) %30-%40. It was observed that the consortium formed from 3 isolates inhibited the motility of the mites by 30%.

Programlanmış hücre ölümü bitkiler ve diğer canlılar için yaşamsal önemi olan bir olaydır. Hayvanlar ve bitkiler arasında hücresel ölüm mekanizmasında farklılıklar vardır. Memelilerde kaspazlar, bitkilerde, mantarlarda ve protozoolarda kaspaz benzeri metakaspazlar hücre ölümünü tetikleyiciler olarak belirlenmiştir. Bitkiler de abiyotik ve biyotik strese karşı verilen yanıtlarla birlikte gelişimin bir parçası haline gelmiştir. Ayrıca bitki gelişiminde hücrelerin morfolojik ve biyokimyasal açıdan değişime uğraması sırasında gelişimsel olarak programlanmış hücre ölümü (dPCD)oluşmaktadır. Konak bitkilerde de patojen kaynaklı programlanmış hücre ölümü (pPCD)görülmektedir. Araştırmamızda bitkilerde programlanmış hücre ölümünün bitkilerde hangi mekanizmalar aracılığıyla yürütüldüğünü göstermeye çalıştık. Programlanmış hücre ölümünün bitkilerdeki çeşitlerine, apopotozis ve otofaji ile aralarındaki ilişkiye ve en önemlisi programlanmış hücre ölümü ile ilişkili genler üzerine incelemeler yapıldı. Metakaspazlarlar ilgili bilgilere ulaşıldı. Metakaspaz çeşitlerini inceledikten sonra biyotik ve abiyotik stres koşullarında metakaspaz genlerinin ifade profillerini, hücresel lokalizasyonunu, farklı organ ve gelişim evrelerindeki ifade seviyelerini inceledik. En fazla AtMC1 ile ilgili veriler elde edildi. Ayrıca Arabidopsis metakaspaz genlerinin kromozom yerleşimlerine baktık. Metakaspaz 1-9 genlerinin farklı genlerle interaksiyonunu, AtMC1‟in filogenetik analizi ve BLAST analizini inceledik., Programmed cell death is a vital event for plants and other organisms. There are differences between animals and plants in the mechanism of cellular death. Triggers of cell death were identified as caspases in mammals, and caspase-like metacaspases in plants, fungi and protozoa. Plants have also become part of development with responses to abiotic and biotic stress. In addition, developmentally programmed cell death (dPCD) occurs during morphological and biochemical changes of cells in plant growth. Programmed cell death (pPCD) from pathogen is also seen in host plants. In this research, we tried to show the mechanisms by which programmed cell death in plants is carried out. Investigations were made on the types of programmed cell death in plants, apopotosis and autophagy, and most importantly, genes related to programmed cell death. Information about metacaspases was reached. After examining the metacaspase types we examined expression profiles of metacaspase genes under biotic and abiotic stress conditions, cellular localization and expression levels of different organs and development stages. The most data related to AtMC1 were obtained. We also looked at the chromosome placements of metacaspase genes. We examined the interaction of metacaspase 1-9 genes with different genes and AtMC1 phylogenetic analysis and BLAST analysis.

Bu çalışmada yok olma tehlikesi altındaki Batı Anadolu endemiği ve tıbbi bitkisi olan Salvia smyrnea BOISS. (İzmir Adaçayı) (Lamiaceae) in vitro koşullarda mikroçoğaltımı için ortam geliştirilmiştir. Salvia türleri halk tıbbında özellikle uçucu yağların eldesinde ve koku verici ajanlar olarak besin ve kozmetik sanayiinde kullanılmaktadır. Salvia türleri parfüm, besin ve farmasötik gibi çeşitli endüstri dallarında kullanılan tibbi ve aromatik bir bitkidir. Tıbbi bitki olarak önemi, içerdiği antioksidant, antidiyabetik, antienflamatuar, antimikrobiyal, antikanser ve hipolipidemik özelliklerinden kaynaklanmaktadır. Ayrıca son yıllarda yapılan çalışmalarda hafıza ve sinir sistemiyle ilgili bozukluklarda da potansiyel bilinç açıcı özellikleri yapılan in vitro hayvan deneyleriyle ortaya koyulmuştur. Salvia smyrneae BOISS.’in in vitro tomurcuk indüksiyonu ve gövde rejenerasyonu yoluyla çoğaltılması çalışması gerçekleştirildi. İn vitro rejenerasyonu DKW ortamı üzerinde BAP ve IBA nın çeşitli hormon kombinasyonlarıyla gerçekleştirilmiştir. Denemenin ilk aşamasında nodal eksplant alınarak farklı BAP (0.6 mgl-1,2.0 mgl-1, 3.0 mgl-1) ve IBA (0.01 mgl-1, 0.2 mgl-1, 1 mgl-1) kombinasyonları ile gövde poliferasyonu sağlanmıştır. Sonuçlara göre göre aksillar nodal eksplantlardan tomurcuk indüksiyonu en fazla DKW ortamında 3 mgl-1 BAP ve 1 mgl-1 IBA hormon kombinasyonuyla başarılı olundu. Oluşan tomurcuklar farklı konsantrasyonlarda (0.1 mgl-1, 1 mgl-1, 2 mgl-1) IBA köklendirme hormonu uygulanmış DKW ortamı içerisinde köklendirilmiştir. Elde edilen sonuçlara göre en iyi köklendirme ortamının 1mg IBA içeren DKW ortamı olduğu saptanmıştır. Daha sonra bitkiler steril toprak ve torf karışımında (3:1) paper bag’lere alınarak %90 nemle sera koşullarına geçirilmişler. Birer aylık süre zarfında da kademeli olarak açık alana alıştırılmıştır. Ayrıca meristem kültürü ile bitkinin mikropropogasyonu için BAP ilaveli (0.1, 1.0 ve 2 mg/lt) DKW ortamı kullanılmıştır. Gövde proliferasyonunu takiben bitkiler köklendirilerek aklimitize edilmişlerdir., In this study, in vitro micropropagation medium was developed for Salvia smyrneae BOISS. (İzmir Sage) (Lamiaceae), an endangered West Anatolian endemic and medicinal plant. Salvia species are used in folk medicine especially for essential oils and as flavouring agents in food and cosmetic industry. Salvia species are medicinal and aromatic plant which used in various industries like parfume, food and pharmaceutic. The importance as an medicinal plant comes from its antioxidant, antidiabetic, anticancer and hypolipidemic properties. Recent years its cognitive bioactivities in memory and nerve related disorders were revealed by animal in vitro studies. In vitro bud induction and micropropagation of S. smyrneae BOISS. was performed by shoot regeneration. In vitro regeneration of plant was achieved on DKW medium with the different combinations of BAP and IBA hormones. In the initial step of the experiment shoot proliferation was achieved by different combinations of BAP (0.6 mgl-1, 2.0 mgl-1, 3.0 mgl-1) and IBA (0.01 mgl-1, 0.2 mgl-1, 1 mgl-1). According to results, bud induction were succeeded mostly by the DKW medium suplemented with the combination of 3 mgl-1 BAP and 1 mgl-1 IBA hormones. Proliferated buds were rooted in DKW medium also with different combinations of IBA (0.1 mgl -1, 1 mgl-1, 2 mgl-1) hormone. Results show that DKW media supplemented with IBA (1 mgl-1) was the best medium for rooting. Plants than transferred to the sterile soil and turf combination (3:1) in paper bags with 90% fumigation to green house conditions. After one months period they acclimatised to field conditions. In addition, BAP added (0.1, 1.0 and 2 mg/lt) DKW medium was used for the micropropogation of the plant with meristem culture. Following stem proliferation, the plants were rooted and acclimatized.

Sialik asit şeker molekülü, embriyonik gelişim, büyüme gelişme, farklılaşma, bağışıklık cevabı, alerjik yangı, kanser oluşumu ve metastazda görev alırlar. Tümör hücrelerinde gerçekleşen sialik asit miktarındaki artış, kanser hücrelerinin bağışıklık cevabından kaçmasını, bağışıklık hücreleri tarafından tanınmamasını sağlar. Bununla birlikte, sialik asitleri glikoprotein ve glikolipitlere ekleyen sialiltransferaz enzimlerinin ekspresyonu kanserde, kötü hasta prognozu ve metastaz ile bağlantılıdır. Sağlıklı canlılarda, genlerin ekspresyonu ve susturulması ciddi bir şekilde düzenlenir ancak hücre farklılaşması, organ oluşumu ve diğer gelişimsel süreçlerde yer alan SOX (transkripsiyon faktörleri) genleri, kanser hücrelerinde düzensizdir ve bu düzensizlikler transkripsiyonel, translasyonal ve posttranslasyonal seviyelerde meydana gelebilir. Bu tez çalışmasında meme kanserinde ekspresyon seviyesi artan sialiltransferaz ailesi üyeleri ile SOX gen ailesi üyelerinin arasında korelasyon bulunup bulunmadığı in slico yöntemlerle belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışma için, Kanser Genom Atlas’ından (TCGA) alınan ekspresyon verileri ve klinik veriler işleme alınmıştır. İşlemler R programı aracılığıyla istatistiksel olarak hesaplanmıştır. SOX ve sialiltransferaz gen ailelerinin ekspresyon seviyelerindeki farklılığı bulmak için diferansiyel gen ekspresyonu analizi, normal ve tümör dokudaki farklılıkları bulmak için temel bileşen analizi, prognostik genleri belirlemek için sağ kalım analizi ve istenilen genlerin birbirleri ile olan ilişkilerini anlamak için korelasyon analizi yapılmıştır. Bunların yanı sıra online biyoinformatik sitesi olan GEPIA üzerinden hedef genlerin normal ve tümör dokudaki ekspresyon seviyelerine bakılmıştır. Ekspresyon analizi sonucu SOX4, ST3GAL1, SOX9, ST6GAL1, ST6GALNAC2, ST3GAL4, SOX12, SOX13 ve ST6GALNAC6 genlerinin meme kanserinde ekspresyon seviyeleri artmış olsa da SOX gen ailesi ve sialiltransferaz gen ailesi arasında pozitif bir ilişki görülmemiştir. Polisialilasyon olan ST6GALNAC3’ün ST8SIA1 ile olan korelasyonundan kaynaklı meme kanserinde bir biyobelirteç olduğu düşünülebilir., Sialic acid sugar molecule plays a role in embryonic development, growth development, differentiation, immune response, allergic inflammation, cancer formation and metastasis. The increase in the amount of sialic acid in tumor cells ensures that cancer cells escape from the immune response and are not recognized by immune cells. However, expression of Sialyltransferase enzymes that add Sialic acids to glycoproteins and glycolipids is associated with poor patient prognosis and metastasis in cancer. In healthy organisms, expression and silencing of genes are severely regulated, but SOX (transcription factors) genes involved in cell differentiation, organ formation, and other developmental processes are dysregulated in cancer cells, and these irregularities can occur at the transcriptional, translational, and posttranslational levels. In this thesis, it was aimed to determine whether there is a correlation between sialyltransferase family members whose expression levels increase in breast cancer and SOX gene family members by in silico methods. For the study, expression data from the Cancer Genome Atlas (TCGA) and clinical data were processed. Transactions were calculated statistically via the R Program. Differential gene expression analysis was performed to find the difference in the expression levels of the SOX and sialyltransferase gene families, principal component analysis to find differences in normal and tumor tissue, survival analysis to identify prognostic genes, and correlation analysis to understand the relationships of desired genes with each other. In addition to these, the expression levels of target genes in normal and tumor tissues were examined via the online bioinformatics site GEPIA. Although the expression levels of SOX4, ST3GAL1, SOX9, ST6GAL1, ST6GALNAC2, ST3GAL4, SOX12, SOX13 and ST6GALNAC6 genes were increased in breast cancer as a result of expression analysis, no positive correlation was observed between SOX gene family and sialyltransferase gene family. It can be thought that ST6GALNAC3, which is polysialylation, is a biomarker in breast cancer due to its correlation with ST8SIA1.

Protein yapısına katılmayan bir amino asit olan gamma amino bütirik asit (GABA), bitkilerde hem abiyotik ve biyotik stres yanıtlarında, hem de normal büyüme ve gelişme süreçlerinde önemli görevleri olduğu bilinen bir metabolittir. GABA’nın sirkadiyen ritmin düzenlenmesi ile ilişkili olduğuna konusunda bitkilerde ve memelilerde yapılmış çeşitli çalışmalar mevcuttur. Bununla birlikte, bitkilerde GABA’nın sirkadiyen ritim ile ilişkisi moleküler seviyede net olarak açıklanmamıştır. Tez projemizde Nicotiana tabacum L. (tütün) bitkisinde üç gün boyunca 24 saatlik zaman dilimlerinde yaprak örnekleri aldık. Yaprak örneklerinde GABA miktarındaki değişim ve GABA-yolunun önemli enzimleri olan glutamat dekarboksilaz (GAD) ve GABA transaminaz (GABA-T) aktiviteleri incelenmiştir. Bu analizlere paralel olarak sirkadiyen ritim ile ilgili seçilen sabah, merkezi ve akşam döngülerinde görevleri büyük ölçüde tanımlanmış circadian clock associated1 (CCA1), late elongated hypocotyl (LHY), gigantea (GI), timing of cab expresion1/pseudo-response regulator1 (TOC1/PRR1), pseudo-response regulator3 (PRR3), ve pseudo-reponse regulator7 (PRR7) transkript profillerindeki değişimler incelenmiştir., Gamma amino butyric acid (GABA), an amino acid that is not included in the protein structure. GABA known to play important roles both in abiotic and biotic stress responses and normal growth and development processes in plants. There are studies in plants and mammals showing that GABA is associated with the regulation of circadian rhythm. However, the relationship of GABA with the circadian rhythm in plants has not been clearly explained at the molecular level. In this thesis project, leaf samples were taken from Nicotiana tabacum L. (tobacco) plants for three days interval within 24-hour period. The differences in GABA content, glutamate decarboxylase (GAD) and GABA-transaminase (GABA-TP) activities were investigated in leaf samples. In parallel to these analyses, the transcript profiles of circadian clock associated1 (CCA1), late elongated hypocotyl (LHY), gigantea (GI), timing of cab expresion1/pseudo-response regulator1 (TOC1/PRR1), pseudo-response regulator3 (PRR3) and pseudo-reponse regulator7 (PRR7) genes which defined to have a role in the morning, central and evening loops of the circadian rhythm were also analyzed.

Bu çalışmada 81 adet Laudakia stellio ve 17 adet Trapelus lessonae bireyinde renk-desen özellikleri, morfometrik karakterler ve filogenetik ilişkiler incelenmiştir. Türkiye’nin farklı bölgelerinde dağılış gösteren popülasyonlardaki morfolojik farklılıkların kalitatif ve kantitatif yönlerden ortaya konması, bu farklılıkları tetikleyen ya da baskılayan çevresel faktörlere dair bulguların belirlenmesi ve bunların kalıtsal olup olmadığının araştırılması amaçlanmıştır. Sonuçlar T. lessonae’nin Urfa ve Konya’daki popülasyonların aynı soyhattı içinde olduğunu, renk ve desen bakımından ise iki popülasyonun ayrıldığını göstermiştir. L. stellio’nun dört soyhattına ayrıldığı ve soyhatlarının bulundukları ekolojik bölgelerle paralel olarak ayrıldığı bulgulanmış ve bu bulgular PC analizleri yapılan RGB değerleri ile desteklenmiştir. Morfometrik karakterler bakımından L. stellio’da eşeysel dimorfizm bulunmaktadır. L. stellio’da dorsal gövde deseni bireyin cinsiyeti ve popülasyonun coğrafi konumu hakkında bilgi vermektedir; ventral gövde deseni ise değişkendir ve ayırıcı bir karakter olarak alınmamalıdır. Ayrıca tek başına iklimin renklenmeyi belirleyen bir faktör olmadığı bulgulanmıştır., In this study, color-pattern characteristics, morphometric characters and phylogenetic relationships were investigated in 81 Laudakia stellio and 17 Trapelus lessonae individuals. It is aimed to reveal the morphological differences in the populations distributed in different regions of Turkey from qualitative and quantitative aspects, to determine the findings of environmental factors that trigger or suppress these differences, and to investigate whether they are hereditary or not. The results showed that the populations of T. lessonae in Urfa and Konya were in the same subclade, and the two populations were separated in terms of color and pattern. It has been found that L. stellio is divided into four subclades which are separated in parallel with the ecological regions they are located, and these findings are supported by PC analyzes of the RGB values. There is sexual dimorphism in L. stellio in terms of morphometric characters. The dorsal body pattern provides information about the sex of the individual as well as the geographic location of the population. The ventral body pattern is variable and should not be taken as a distinguishing character. It has also been found that climate alone is not a color determining factor.

Laktik asit bakterileri (LAB) ve bu bakterilerin ürettikleri bakteriyosin gibi maddeler güvenli ve doğal olmaları nedeniyle gıda üretiminde patojenlere karşı inhibitör olarak kullanılmaktadır. Bu nedenle, bakteriyosin üretimi ile ilgili yapılan çalışmalar giderek daha fazla ilgi görmektedir. Bu çalışmada, İzmir ilinde bulunan farklı marketlerden ve mandıralardan alınan beyaz peynir örneklerinden izole edilen laktik asit bakterilerinin bakteriyosin üretim kapasitesi araştırılmıştır. 10 çubuk şekilli organizma izole edilmiştir. 10 izolattan antimikrobiyal aktivitesi en çok bulunan 2 izolatın amonyum sülfat yöntemi ile kısmi bakteriyosin saflaştırılması gerçekleştirilmiştir. Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Enterococcus faecalis test mikroorganizmalarına karşı antimikrobiyal aktiviteleri agar spot yöntemi ile belirlenmiştir. Bakteriyosin süspansiyonlarının pH(4-6) ve 40-50°C arasında aktivitesini koruduğu gözlenmiştir. Bakteriyosin süspansiyonlarının en etkili olduğu test bakterisi Pseudomonas aeruginosa’dır. P1A1 izolatının moleküler tanılanması sonucunda Lactobacillus coryniformis bakterisi ile %99 oranında homoloji gösterdiği sonucuna varılmıştır. P6A4 izolatının moleküler tanılanması sonucunda Lactobacillus fermentum bakterisi ile %99 oranında homoloji gösterdiği sonucuna varılmıştır., Lactic acid bacteria (LAB) and substances such as bacteriocin produced by LAB, as they are safe and natural, are use as the inhibitor against pathogenic microorganisms in food production. For this reason, the researches on bacteriocin production have gained more attention in recent years. In this study, the capability of bacteriocin production of lactic acid bacteria isolated from white cheese samples taken from different markets and dairy farms in Izmir was investigated. 10 rod-shaped organisms have been isolated. Partial bacteriocin purification was carried out by the ammonium sulfate method of the 2 isolates with the most antimicrobial activity out of 10 isolates. Antimicrobial activities against Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Enterococcus faecalis test microorganisms were determined by agar spot method. It has been observed that bacteriocin suspensions maintain their activity between pH (4-6) and 40-50°C. Bacteriocin suspensions were effective against P. aeruginosa. As a result of molecular identification of P1A1 isolate, it was concluded that it showed (99%) homology with Lactobacillus coryniformis bacteria. As a result of molecular identification of P6A4 isolate, it was concluded that it showed (99%) homology with Lactobacillus fermentum bacteria.

Campanula phitosiana Yıldırım & Şentürk, Batı Anadolu’da hem İzmir hem de Aydın boyunca uzanan ve Akdeniz floristik bölgesinin öğesi Aydın Dağları’na özgü bir yerel endemiktir. IUCN kriterlerine göre, C. phitosiana “Kritik Tehlike Altında” CR B2ab (ii, iii, v) olarak değerlendirilmiştir. Bu çalışmanın amacı; Campanulaceae familyasına ait, kritik düzeyde tehlike altında olan endemik Campanula phitosiana için etkili in vitro rejenerasyon protokolünü belirlemektir. Kallus oluşumu ve sürgün proliferasyonu için etkin ortam ve bitki büyüme düzenleyici kombinasyonlarını belirlemek için yaprak ve yaprak sapı eksplantları, NAA (0.3 mg/l), TDZ (0.5, 1, 2, 3 mg/l), BA (0.5, 1, 2, 3 mg/l) ve GA3 (0.5, 1, 2, 3 mg/l) kombinasyonlarını içeren MS ortamlarında kültüre alınmıştır. Eksplantlar 3 kez alt kültüre alınmıştır. Denemeler 5 tekerrürlü ve her tekerrürde 5 eksplant olacak şekilde tekrarlanarak tamamen tesadüfi desene göre kurulmuştur. Çalışma sonucunda; kallus oluşumu ve sürgün proliferasyonu incelenmiştir. Etkili kallus oluşumu yaprak sapı eksplantlarında %100 olarak elde edilmiştir. 0.3 mg/l NAA- 2 mg/l GA3 içeren MS besiyerinde sürgün proliferasyonu gözlenmiştir., Campanula phitosiana Yıldırım & Şentürk, is a local endemic to the Aydın Mountain range, which extends across both İzmir and Aydın in western Anatolia, and belongs to the Mediterranean floristic region’s element. According to the IUCN criteria, C. phitosiana is evaluated as “Critically Endangered” (CR) B2ab (ii,iii,v). The aim of this study was to determine the efficient in vitro regeneration protocol for critically endangered endemic Campanula phitosiana belongs to Campanulaceae family. To determine the efficient medium and plant growth regulator combinations for callus initiation and shoot proliferation, leaf and petiole explants were cultured on MS medium including NAA (0.3 mg/l), TDZ (0.5, 1, 2, 3 mg/l ), BA (0.5, 1, 2,3 mg/l ) ve GA3 (0.5, 1, 2, 3 mg/l) combinations. Explants were subcultured 3 times. Experiments were conducted according to completely randomized design repeated with 5 replicates and each replicates including 5 explants. As a result of the experiment; callus initiation and shoot proliferation were investigated. Efficient callus initiation was obtained petiole eksplants as 100% rate. Shoot proliferation was observed on MS medium including 0.3 mg/l NAA - 2 mg/l GA3.

Berrak hücreli renal hücre karsinomu (ccRCC), proksimal kıvrımlı bir tübülde meydana gelen ve vasküler endotelyal büyüme faktörü reseptörü sinyal yolağını (VEGFR) aşırı eksprese eden bir kanserdir. ccRCC'nin başlamasının ana nedenlerinden biri, VHL geninin ekspresyonunu engelleyen mutasyonlardır. VHL mutasyonları hücrelerin, proliferatif gen ekspresyonunu sağlayan ve kanserin sonraki aşamalarında anjiyogenez ve metastazı baŞlatan VEGF'in ekspresyonunu arttırıp VEGFR sinyal yolağının aktivasyonuna neden olur. Ancak; VHL geninin aŞağı regülasyonunu çevreleyen epigenetik ve genetik faktörler, ccRCC'ye neden olmak için yeterli değildir ve kanser başlangıcında diğer faktörlerin de rol oynadığı düşünülmektedir. Önceki çalışmalar, sialiltransferaz ST6Gal1 yoluyla α2-6 sialilasyonunun VEGFR dimerizasyonunu engellemedeki ve VEGFR fosforilasyonunu etkili bir şekilde inhibe etmedeki rolünü tanımlamıştır. Bu araştırmada, ccRCC'de ST6Gal1'in ekspresyon seviyeleri ve ST6Gal1 ile VEGFR sinyal yolağı aktivasyonu arasındaki korelasyon incelenmiştir. ccRCC için dijital gen ekspresyonu verileri, TCGA veri tabanı aracılığıyla elde edilmiştir. Sağlıklı ve primer tümör örnekleri arasında, diferansiyel ifade analizi ve ağırlıklı gen korelasyon ağı analizi gibi hesaplamalı karşılaştırmalar, R programlama dili kullanılarak in silico bir şekilde gerçekleştirilmiştir. Çalışmanın sonuçları bize ST6Gal1 ekspresyonunun, ccRCC'de normal hücrelere kıyasla daha düşük olduğunu göstermiştir. VHL aşağı regülasyonu ile birlikte ST6Gal1 ekspresyonunun azlığı, ccRCC'de kanser başlamasının arkasındaki neden olabilir. Buna ek olarak, N-glikozilasyon ile ilgili birçok genin ekspresyonlarının azaldığı gözlemlenmiştir. Bu sonuçlar, glikozilasyon ve sialilasyon bağlamında VEGFR modifikasyonlarının ccRCC'nin başlangıcına ve ilerlemesine katkıda bulunabileceğini göstermiştir., Clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) is a vascular endothelial growth factor receptor signalling pathway (VEGFR) overexpressing cancer that occurs in a proximal convoluted tubule. One of the main causes of ccRCC initiation is the mutations in VHL gene that causes its downregulation. VHL mutations cause cells to express VEGF to activate VEGFR signalling, which provides proliferative signalling and initiates angiogenesis and metastasis in later stages of cancer. However; epigenetic and genetic factors surrounding the downregulation of VHL gene is not enough to cause ccRCC and other factors may be involved in cancer initiation. Previous studies have identified the role of α2-6 sialylation, via sialyltransferase ST6Gal1, in hindering VEGFR dimerization and effectively inhibiting VEGFR phosphorylation. In this research, the expression levels of ST6Gal1, and the correlations between ST6Gal1 and VEGFR signalling pathway activation in ccRCC have been studied. The expression data for ccRCC was acquired via TCGA database and the computational comparisons, such as differential expression analysis and weighted gene correlation network analysis, between healthy and primary tumour samples were performed in silico using primarily R programming language. The results of the study have shown us that, ST6Gal1 is under expressed in ccRCC. Lack of ST6Gal1 expression, combined with VHL downregulation, may be the reason behind cancer initiation in ccRCC. In addition to this, many genes related with N-glycosylation have been found to be downregulated. These results lead us to believe that VEGFR modifications in the context of glycosylation and sialylation may be contributing ccRCC initiation and progression.

Campanulaceae familyasının üyeleri yaklaşık 420 tür ile Güney ve Doğu Afrika, Güney Asya ve Kuzey Meksika’da yayılış göstermektedir (Federov, 1957; Lammers, 2007). Campanula türünün ana tür çeşitliliği daha çok Doğu Akdeniz dağ sıraları ve Kafkasya bölgesidir. Campanula türlerinin endemizm olarak en fazla yayılış gösterdiği bölgeler; Doğu Akdeniz, Balkanlar, Kafkaslar ve Türkiye’dir. Bu tez çalışmasında Türkiye endemiği olan Campanula leblebicii Yıldırım türünün in vitro yöntemlerle çoğaltım olanaklarının araştırılmıştır. In vitro yöntemlerle kallus, kök ve sürgün oluşumu ve daha sonra aklimatizasyon aşaması sonrası gelişim aşamaları incelenmiştir. Kallus, kök ve sürgün oluşumu için yaprak ve yaprak sapı eksplantları, farklı konsantrasyonlarda NAA (0.3 mg/l), ZEA (0.5, 1, 2, 3 mg/l), BA (0.5, 1, 2, 3 mg/l) ve GA3 (0.5, 1, 2, 3 mg/l) bitki büyüme düzenleyicilerini içeren MS ortamında kültüre alınmıştır. Yaprak ve yaprak sapı eksplantları yüzey sterilizasyonu protolu oluşturulup sterilizasyon işlemi tamamlandıktan sonra 0,3 mg/L NAA + 0,5 mg/L ZEA, 0,3 mg/L NAA+ 1 mg/L ZEA, 0,3 mg/L NAA+ 2 mg/L ZEA, 0,3 mg/L NAA+3 mg/L ZEA ve 0,3 mg/L NAA+0,5 mg/L BA, 0,3 mg/L NAA+ 1 mg/L BA, 0,3 mg/L NAA+ 2 mg/L BA, 0,3 mg/L NAA+ 3 mg/L BA konsantrasyonlardaki besi yerlerine 2 kez alt kültüre alınmıştır. Son alt kültür işlemi 0,3 mg/L NAA+0,5 mg/L GA3, 0,3 mg/L NAA+ 1 mg/L GA3, 0,3 mg/L NAA+ 2 mg/L GA3, 0,3 mg/L NAA+ 3 mg/L GA3 konsantrasyonlarına sahip ortamlara alınmıştır. Yapılan denemeler 5 eksplant olacak şekilde 5 tekerrürlü ve tesadüfi parseller deneme desenine göre kurulmuştur. Çalışma sonucunda ise tüm eksplantlarda kök, kallus ve sürgün oluşumu görülmüş olup en çok gelişim yaprak sapı eksplantlarında gerçekleşmiştir. Kallus, kök ve sürgün gelişimi %73,3333 oranında 0,3 mg/L NAA + 1 mg/L BA konsantrasyonuna sahip MS ortamında gerçekleşmiştir., Members of the Campanulaceae family are distributed in Southern and Eastern Africa, Southern Asia and Northern Mexico with approximately 420 species (Federov, 1957; Lammers, 2007). The main species diversity of the Campanula species is mostly the Eastern Mediterranean mountain ranges and the Caucasus region. The regions where Campanula species are most widespread as endemism; Eastern Mediterranean, Balkans, Caucasus and Turkey. In this thesis study, in vitro reproduction possibilities of Campanula leblebicii Yıldırım, which is endemic to Turkey, were investigated. Callus, root and shoot formation and then the developmental stages after acclimatization were investigated by in vitro methods. Leaf and petiole explants for callus, root and shoot formation, different concentrations of NAA (0.3 mg/l), ZEA (0.5, 1, 2, 3 mg/l), BA (0.5, 1, 2, 3 mg/l) and GA3 (0.5, 1, 2, 3 mg/l) were cultured in MS medium containing plant growth regulators. After the surface sterilization protocol is created and sterilization process is completed for leaf and petiole explants, 0.3 mg/L NAA + 0.5 mg/L ZEA, 0.3 mg/L NAA+ 1 mg/L ZEA, 0.3 mg/L NAA+ 2 mg/L ZEA, 0.3 mg/L NAA+3 mg/L ZEA and 0.3 mg/L NAA+0.5 mg/L BA, 0.3 mg/L NAA+ 1 mg/L BA, 0, It was subcultured twice to media at concentrations of 3 mg/L NAA+ 2 mg/L BA, 0.3 mg/L NAA+ 3 mg/L BA. Final subculture 0.3 mg/L NAA+0.5 mg/L GA3, 0.3 mg/L NAA+ 1 mg/L GA3, 0.3 mg/L NAA+ 2 mg/L GA3, 0.3 mg /L NAA+ was taken into media with 3 mg/L GA3 concentrations. Trials were set up as 5 explants with 5 replications and random plots design. As a result of the study, root, callus and shoot formation were observed in all explants, and the most development was realized in petiole explants. Callus, root and shoot development was 73.3333% in MS medium with 0.3 mg/L NAA + 1 mg/L BA concentration.

Bu çalışmada farklı çevrelerden mayalar izole edilmiş olup lakkaz üretim potansiyelleri kalitatif ve kantitaif olarak taranmıştır. Lakkaz geniş susbstrat aralığına sahip en önemli lignolitik enzimlerdendir. İzolasyon aşaması ile lakkaz aktivitesi kalitatif taranması aynı anda yürütülerek lakkaz üretici maya taraması yapılmıştır. Kalitatif tarama ve izolasyon prosedüründe lakkaz indikatörleri olarak 0,3 ml/L oranında Guaiacol ve 0,274 g/L ile 2,743 g/L oranlarında ABTS kullanılmıştır. İzolasyon için toprak, kurumuş ağaç kabukları ve beş farklı ticari orkide toprağı kullanılmıştır. Ticari orkide toprağının birinden lakkaz üretici siyah pigmentli bir maya izole edilerek moleküler tanımlama aşamasına geçilmiştir. İzolatın moleküler tanımlanması ITS1 ve ITS4 primerleri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. İzolatın maya benzeri siyah pigmentli Exophiala sp. cinsine ait olduğu bulunmuştur. Lakkaz pozitif maya izolatının kantitatif denemesi için lakkaz indükleyici sıvı besiyeri kullanılarak ABTS oksidasyonuna bağlı enzim aktivitesi ölçümü yapılmıştır. Lakkaz aktivite ölçümü denemesinde pozitif sonuç alma hedefi için çeşitli lakkaz indükleyici sıvı besiyerleri, lakkaz substratları (ABTS ve Guaiacol), farklı pH (3, 5) aralığına sahip farklı tamponlar kullanılmıştır. Kantitatif tarama sonucunda pozitif sonuç lakkaz substratı ABTS (5mM) ve pH 3 Glisin-HCl tamponu denemesinde elde edilmiştir. Exophiala sp. izolatı 3. gün 1979 mU/L en yüksek lakkaz aktivitesi göstermiştir. Exophiala sp. izolatına fizyolojik testler yapılarak ekstrem koşullara karşı direnci incelenmiştir., In this study, yeasts were isolated from different environments and their laccase production potentials were screened qualitatively and quantitatively. Laccase is one of the most important lignolytic enzymes with a wide substrate range. The isolation step and the qualitative screening of laccase activity were carried out simultaneously, and the screening of laccase-producing yeast was performed. In the qualitative screening and isolation procedure, 0.3 ml/L Guaiacol and 0.274 g/L and 2.743 g/L ABTS were used as laccase indicators. Soil, dried bark and five different commercial orchid soils were used for isolation. A laccase-producing yeast with black pigment was isolated from one of the commercial orchid soils and the molecular identification stage was started. Molecular identification of the isolate was performed using primers ITS1 and ITS4. It was the isolate was found to belong to the yeast-like black pigmented genus Exophiala sp. For the quantitative assay of laccase-positive yeast isolate, enzyme activity due to ABTS oxidation was measured using laccase-inducing broth. Various laccase-inducing broths, laccase substrates (ABTS and Guaiacol), and different buffers with different pH (3, 5) ranges were used to achieve positive results in the laccase activity measurement experiment. Various laccase-inducing broths, laccase substrates (ABTS and Guaiacol), and different buffers with different pH (3, 5) ranges were used to achieve positive results in the laccase activity measurement experiment. As a result of quantitative screening, a positive result was obtained in the assay of laccase substrate ABTS (5mM) and pH 3 Glycine-HCl buffer. Exophiala sp. isolate showed the highest laccase activity of 1979 mU/L on day 3. Exophiala sp. physiological tests were performed on the isolate and its resistance to extreme conditions was examined.

Translasyondaki önemi bilinen Ökaryotik başlangıç faktörü eIF5A, Archaea’da homoloğu olan aIF5A ve bakterilerde EF-P, uzama aşamasında tekrarlayan prolin sekanslarına geldiğinde duraklayan ribozomların kurtarılması ve translasyonun devam etmesi işlevini üstlenirler. Bu işlevlerini yerine getirebilmeleri için translasyon sonrası Hipuzinasyon adında bir modifikasyonla fonksiyonel hale gelmeleri gerekir. Aday onkogen olarak belirlenen eIF5A’nın yüksek ifadesi, çeşitli kanser tipinde olumsuz prognostik etkiler göstermesi kanser biyobelirteçleri olarak bu protein faktörlere önem kazandırmıştır. Evrimsel olarak korunmuş bu önemli rollerinin yanı sıra RNA metabolizmasında rollerinin olduğu önerilmiştir. Bu çalışmada Crenaarchaeal model organizma olan Sulfolobus solfataricus’tan izole ettiğimiz Arkeal translasyon faktörü aIF5A’nın karakterizasyonu, RNA metabolizmasında rol oynayıp oynamadığı ve aIF5A’nın önerilen RNA bağlanma ile RNA yıkımı görevleri için translasyonda olduğu gibi modifikasyona ihtiyaç duyup duymadığının belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda aIF5A genini içeren plasmid pETM11, Escherichia coli Rosetta suşu kompetent hücrelerinde rekombinant Sulfolobus solfataricus translasyon faktörü aIF5A ifade edilip daha sonra Afinite Kromatografisi ile saflaştırılmıştır. S.solfataricus genomik DNA’sı kalıp olarak kullanılarak cDNA dizileri hedef RNA moleküllerine spesifik primerler dizayn edilerek Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile çoğaltılmış ve cDNA dizilerinin İn Vitro Transkripsiyon ile hedef RNA moleküllerine çevirimi yapılmış. Rekombinant proteinler ile RNA’lar arasında çeşitli İn Vitro deneyler gerçekleştirilmiş ve daha sonra rekombinant protein ve RNA’lar ile Dinamik Işık Saçılımı (Dynamic light Scattering-DLS) deneyleri gerçekleştirilmiş solüsyon içerisindeki davranışları çeşitli sıcaklık değişimlerine tabi tutularak analiz edilmiştir. In vitro Degredasyon Assay deneyleri sonucunda translasyon faktörü aIF5A proteininin hipuzin modifikasyonu olmaksızın mRNA bağlanma ve yıkım kapasitesine sahip olduğu , kodlanmayan RNA’ları ise yıkımdan koruduğu verileri elde edilmiştir. DLS deneylerinde aIF5A solüsyon içerisinde sıcaklık arttırıldıkça kümelenmeye başladığı gözlemlenmiş fakat kodlanmayan RNA ile birlikte yapılan ölçümlerde kümelenmenin azaldığı bulgusu elde edilmiştir. Elde edilen bu bulgular aIF5A faktörünün RNA bağlanma ve yıkım aktivitelerine sahip olduğunu ve bunun için herhangi bir modifikasyona ihtiyaç duymadığını kanıtlamaktadır. Arkeal faktörün daha iyi anlaşılmasını sağlayan bu çalışma ökaryotik proteinin de anlaşılmasına katkı sağlayarak, ökaryotik protein eIF5A’nın gelecekte kanserde erken tanı ve tedaviye yönelik hedef moleküller olarak kullanılabilmesinin yolunu açmaktadır., Eukaryotic initiation factor eIF5A, which is known to be important in translation. eIF5A with it’s homolog aIF5A in Archaea and EF-P in Bacteria. These factors are translation elongation factors which perform the essential task to rescue ribosomes from stalling during the synthesis of proteins bearing particular sequences such as polyproline stretches. Indispensable for this action is the characteristic and unique post-translation modification: hypusination. High expression of eIF5A which is determined as a candidate oncogene, and it’s negative prognostic effects in various cancer types have given importance to these protein factors as cancer biomarkers. In addition to this evolutionary conserved roles, it has been suggested to have function in RNA metabolism. In this study, it was aimed to characterize the Archaeal translation factor aIF5A, isolated from Crenaarchaeal model organism Sulfolobus solfataricus to analyse its function in RNA metabolism. And whether aIF5A needs modification or not for this suggested function like it has in translation elongation. In accordance with this aim, plasmid pETM11 containing aIF5A gene was expressed in Escherichia coli Rosetta strain competent cells and purified by Affinity Chromatography method. Using S.solfataricus genomic DNA as template, spesific primers were designed for target RNA molecules and cDNA sequences amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR). The cDNA sequences were translated into target RNA molecules by In Vıtro Transcription. In Vitro Degradation Assay experiments were performed between recombinant protein aIF5A and RNAs. Dynamic Light scattering (DLS) experiments were performed with recombinant protein aIF5A and RNAs subjecting them various temperatures and analyse their behiviour in solution. As a conclusion of In Vitro Degradation Assay experiments, according to the data have been obtained that translation factor aIF5A has the capacity of binding ve degrading mRNA molecules while it has binding and protection activity on ncRNAs without needing hypusine modification. In DLS experiments it was observed that aIF5A when its in the solution, it has clustering behaviour. When together with RNA molecule in the solution, a decrease in aggregation has been observed. These findings clearly shows that factor aIF5A has RNA-binding and RNA-degrading activities and does not need any modification for this function. This study provides better understanding of archaeal factor as well as it contributes to understand the eukaryotic factor eIF5A to be used as a target molecules for early diagnosis and treatment of cancer in future studies.

Bu çalışma Ekim 2019 ve Ağustos 2020 tarihleri arasında İzmir’in içme suyu kaynaklarından biri olan Balaban Deresi’nde seçilen 5 istasyondan alınan diyatome örneklerinin mevsimsel dağılımları ve gelişimleri incelenmiştir. Çalışma kapsamında su kalitesinin fiziksel ve biyolojik özelliklerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Örnekleme periyodu boyunca, epilitik diyatomelere ait, 26 cins ve 45 takson belirlenmiştir. Ulnaria ulna (Nitzsch) Compère, Encyonema ventricosum (C.Agardh) Grunow, Brachysira microcephala (Grunow) Compere, Cocconeis pediculus Ehrenberg ve Cymbella affinis Kützing sürekli gözlenen ve baskın olan taksonlar olmuştur. Belirlenen taksonlar için çeşitlilik, baskınlık, benzerlik ve sıklık analizleri yapılmıştır. Balaban Deresi’ndeki su kalitesi OMNIDIA yazılımı kullanılarak incelenmiştir. Balaban Deresi’nin su kalitesinin epilitik diyatomelere göre belirlenmesi için OMNIDIA yazılımında bulunan; IDAP, EPI-D, IBD, SHE, DI-CH, WAT, IPS, SLA, DES, IDSE, IDG, CEE, TDI, LOBO, IDP, TID VE SID biyotik indeksleri kullanılmıştır., In this study, diatom samples which were taken from selected 5 stations in Balaban Stream, one of the drinking water sources of İzmir, between October 2019 and August 2020 were examined for seasonal distributions and developments. Within the scope of the study, it was aimed to determine the physical and biological properties of water quality. During the sampling period, 26 species and 45 taxa which were belong to epilytic diatoms were determined. Ulnaria ulna (Nitzsch) Compère, Encyonema ventricosum (C.Agardh) Grunow, Brachysira microcephala (Grunow) Compere, Cocconeis pediculus Ehrenberg and Cymbella affinis Kützing were the taxa which were constantly observed and dominant. Diversity, dominance, similarity and frequency analyzes had been performed for the determined taxa. Water quality of Balaban stream has been studied by using OMNIDIA software. In order to determine the water quality of Balaban Stream according to epilitic diatoms, the biotic indices IDAP, EPI-D, IBD, SHE, DI-CH, WAT, IPS, SLA, DES, IDSE, IDG, CEE, TDI, LOBO, IDP, TID and SID were used in the OMNIDIA software.

Bu tezde, kefirden izole edilen bazı laktik asit bakteri suşlarının potansiyel probiyotik özelliklerinin in vitro karakterizasyonu araştırılmıştır. Beş farklı kaynaktan alınan ev yapımı kefirden MRSA besiyerinde izolasyon yapılmıştır. Örneklerden 23 tanesi bakteri 7 tanesi ise maya olmak üzere toplamda 30 izolat elde edilmiştir. Çalışmalara bakteri izolatlarıyla devam edilmiş ve bunlara Gram boyama, katalaz ve oksidaz testleri uygulanmıştır. Gram pozitif ve katalaz negatif olan 12 adet bakteri ile deneyler sürdürülmüştür. Daha sonra bu bakterilerin pH, safra tuzu ve antibiyotik direnci, antimikrobiyal aktiviteleri, proteolitik aktiviteleri, hemolitik aktiviteleri, bağırsak yüzeyine tutunma (otoagregasyon ve koagregasyon) ve ağır metallere direnç testleri gerçekleştirilmiştir. Sonuçta 3 adet izlatın probiyotik olarak kullanılabilme potansiyeline sahip oldukları belirlenmiş ve bu izolatların 16SrDNA dizi analizleri gerçekleştirilmiştir. Bu 3 adet izolat Enterococcus durans olarak tanımlanmıştır. Sonuçta yapılan karakterizasyon çalışmalarına göre 3 adet E. durans izolatının uygun probiyotik adayları olabileceği belirlenmiştir., In this thesis, in vitro characterization of potential probiotic properties of some lactic acid bacteria strains isolated from kefir was investigated. Isolation in MRSA medium was made from homemade kefir from five different sources. A total of 30 isolates were obtained from the samples, 23 of them were bacteria and 7 of them were yeast. Studies were continued with bacterial isolates and Gram stain, catalase and oxidase tests were applied to them. Experiments were carried out with 12 gram positive and catalase negative bacteria. Then, pH, bile salt and antibiotic resistance, antimicrobial activities, proteolytic activities, hemolytic activities, adhesion to the intestinal surface (autoaggregation and coaggregation) and resistance to heavy metals of these bacteria were performed. As a result of these tests, it was determined that 3 isolates have the potential to be used as probiotics and 16SrDNA sequence analyzes of these isolates were performed. These three isolates were identified as Enterococcus durans. As a result, it was determined that 3 E. durans isolates could be suitable probiotic candidates according to the characterization studies.

Sialiltransferazlar, CMP-N-asetilnöraminik asit (CMP-β-Neu5Ac) donörlerinden sialik asitleri, glikokonjugatların uçlarında yer alan galaktoz (Gal), N-asetilglukozamin (GlcNAc) ve N-asetilgalaktozamin (GalNAc) glikanlarına transfer eden enzimlerdir. Bu enzimler sialik asitleri glikokonjugatlara α2-3, α2-6 ve α2-8 glikozidik bağları ile bağlarlar. Glikozidik bağlarına göre sialiltransferazlar 4 gruba ayrılırlar: β-galaktozit α2,3-sialiltransferaz (ST3Gal I-VI), β-galaktozit α2,6-sialiltransferaz (ST6Gal I-II), N-asetilgalaktozamin α2,6- sialiltransferaz (ST6GalNAc I-VI), α2,8-sialiltransferaz (ST8Sia I-VI). Omurgalı genomunda 20 tane sialiltransferaz bilinmektedir. Omurgasızlarda ise çalışmalar azdır, bu sebeple genomları bilinen böceklerin genel kullanıma açık veri tabanlarından elde edilen transkriptomdan (tüm mRNA dizileri) sialiltransferaz motif dizileri [sialilmotif L (large), sialilmotif S (small), sialilmotif VS (very small) ve sialilmotif III] hesaplamalı yöntemler ile tespit edilerek böceklerdeki sialiltransferazlar belirlenmiştir. Memelilerdeki sialiltransferaz enzimlerinin üç boyutlu yapılarıyla karşılaştırılarak aralarındaki benzerliklerin ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. Ayrıca sialik asitli yapraklarla beslenen Bombyx mori larvalarında sialiltransferaz ST6Gal I gen ekspresyon seviyeleri Real-time PCR ile belirlenmiştir. Yapılan biyoinformatik araştırmalar sonucunda sadece Manduca sexta ve Galleria mellonella türlerinde bu motifler bulunabilmiştir. Yine de bunun olabilitesi gelecek çalışmalar ve evrimsel açıdan çok önemlidir. M. sexta’da omurgalılardaki ST6GalNAc I ve G. mellonella’da ise omurgalılardaki ST3Gal IV ile benzerlik gösterdiği görülmüştür. Real-time PCR sonuçlarına bakıldığında ipek böceğinin (B. mori) farklı gün ve farklı dokularında ST6Gal I gen ekspresyon seviyeleri hepsinde değişiktir. Sialik asit uygulaması yapılan dokular arasında ST6Gal I ekspresyon seviyesi en yüksek yağ dokusu de görülmüştür. Bu bilgiler omurgasızlarda sialiltransferazlar üzerine çalışmalara devam edilmesi için yol gösterici özellik taşımaktadır. Genomu belirlenen böceklerde çalışıldıkça sialiltransferaz enzimi için yeni diziler ortaya çıkacaktır. Bu da evrimsel açıdan da bu konu üzerine yeni çalışmalar yapılmasının göstergesidir., Sialyltransferases are enzymes that transfer sialic acids from CMP- N-acetylneuramic acid (CMP-β-Neu5Ac) to galatose (Gal), N-acetylglucosamine (N-GlcNAc), N-acetylgalactosamine (N-GalNAc) glycans located at the ends of glycoconjugates. These enzymes transfer sialic acids to glycoconjugates via α2-3, α2-6, and α2-8 glycosidic links. Sialyltransferases divided 4 groups by glycosidic links: β-galactoside α2,3-sialyltransferase (ST3Gal I-VI), β-galactoside α2,6-sialyltransferase (ST6Gal I-II), N-acetylgalactosamine α2,6- sialyltransferase (ST6GalNAc I-VI), α2,8-sialyltransferase (ST8Sia I-VI). 20 sialyltransferases are known in the vertebrate genome. Studies in invertebrates are scarce, so sialyltransferase motif sequences (sialylmotif L (large), sialylmotif S (small), sialylmotif VS (very small) and sialylmotif III) in transcriptome (all mRNA sequences), obtained from genome databases of insects, will be determined by computational methods and sialyltransferases in insects defined. It is aimed to reveal the similarities between the three-dimensional structures of sialyltransferase enzymes in mammals. In addition, Bombyx mori ST6Gal I sialyltransferase gene expression determined with Real-time PCR by feeding with sialic acid leaves. As a result of the bioinformatics studies, these motifs were found only in Manduca sexta and Galleria mellonella species. The possibility of this is very important for future studies and evolution. The sequence found in M. sexta was similar to ST6GalNAc I in vertebrates. The sequence found in G. mellonella was similar to ST3Gal IV in vertebrates. Looking at the Real-time PCR results, ST6Gal I gene expression levels are different in different tissues and in different stages of silkworm (B. mori). Among the tissues treated with sialic acid, the highest expression level of ST6Gal I was observed in fat body. This information is a sign for further studies on sialyltransferases in invertebrates. As the genome determined insects were studied, new sequences for the sialyltransferase enzyme will appear. This shows, there should be future studies about evolutionary point of sialyltransferases.

Çevresel stres koşulları endoplazmik retikulum (ER) organelini etkileyerek proteinlerin yanlış katlanmasına veya katlanmamasına yol açar. Metabolik süreçlerle yok edilemeyip hücrede biriken bu proteinler ER stresi adı verilen bir soruna neden olur. ER'nin homeostazını sağlamak için hücrede birçok yol olup bunlardan son yıllarda üzerinde en çok çalışılanlarından biri ER'nin seçici bir şekilde yok edildiği ER-faji'dir. ER-faji hücredeki ER stresinin kapasiteyi aşmasıyla özellikle bazı genlerde meydana gelen ifadesel artışlar sonucu tetiklenen bir süreç olup bitkilerdeki mekanizması hakkında nispeten daha az şey bilinmektedir. Öte yandan ER'de proteilerin doğru katlanması için moleküler oksijen kullanılarak disülfid bağları oluşturulur. Ancak bu durum hücrede başta H2O2 (hidrojen peroksit ) gibi reaktif oksijen türlerinin (ROS) oluşmasına neden olur ve ER'in redoks dengesini bozulur. Hücreler bozulan redoks dengesinin tamiri için çeşitli antioksidan savunma mekanizmaları geliştirmişlerdir. Metabolik olarak bu antioksidanlardan bazılarını daha fazla üreten mutantlar stresle mücadelede avantajlı konumdadırlar. Bu nedenle biz de çalışmamızda sitosolik olarak daha fazla H2O2 üreten apx1-2 mutantını kullandık. Literatürde apx mutantlarının ER stresine karşı verdiği yanıtlar ile ilgili herhangi bir bilgi bulunmamaktadır. Bu mutantların ER-faji ile ilişkisi ilk kez bu çalışmada rapor edilmiş, tunikamisin uygulamasıyla oluşturulan ER stresinde, ilişkili genlerin ifadelerinde meydana gelen değişimler ilk kez ortaya konmuştur., Environmental stress conditions affect the endoplasmic reticulum (ER), cause production of misfolding or non-folding of polypeptides. These peptides lead to a problem called ER stress. There are many ways in the cell to maintain the homeostasis of the ER, and one of the most studied in recent years is ERphagy, in which the ER is selectively destroyed. ER-phagy is a process triggered by ER stress in the cell exceeding its capacity, especially as a result of expression increases in some genes, and relatively little is known about its mechanism in plants. On the other hand, disulfide bonds are formed in the ER using molecular oxygen for the correct folding of proteins. However, this situation causes the formation of reactive oxygen species (ROS), such as H2O2, in the cell, and the redox balance of the ER is disrupted. Cells have developed various antioxidant defense mechanisms to repair the disrupted redox balance. Mutants that produce more of some of these antioxidants metabolically are in an advantageous position in the fight against stress. Therefore, we used the apx1-2 mutant, which produces more H2O2 cytosolically in our study. There is no information in the literature about the responses of apx mutants to ER stress. The relationship of these mutants with ER-phagy was reported for the first time in this study, and changes in the expressions of related genes in ER stress induced by tunicamycin application were revealed for the first time.

Ülkemizde ve dünya genelinde yüksek tüketim payına sahip olan zeytin, küresel iklim değişiklikleri ve olumsuz çevresel koşulların etkisi ile ürün açısından verim kaybına uğramakta, hatta ağacın ölümü ile sonuçlanan ciddi ekonomik ve ekolojik sonuçlara maruz kalmaktadır. Bu olumsuz çevresel koşullar bitkide gerek biyotik gerekse abiyotik streslere sebep olmaktadır. Zeytinin maruz kaldığı mitosporik funguslardan biri olan Spilocaea oleaginea bugünkü adıyla Venturia oleaginea zeytin yapraklarında “halkalı lekeye” neden olup zeytinde görülen en yaygın biyotik stres kaynaklarından biridir. Halk arasında tavuskuşu lekesi/gözü olarak bilinen bu hastalığa Akdeniz bölgelerinde oldukça sık rastlanılmaktadır. Hastalık semptomu genel olarak yapraklarda çeşitli boyutlarda oluşan kahverengi/siyah dairesel halkalar şeklinde görülmektedir. V. oleaginea geniş bir sıcaklık aralığında (5-25 oC) yaşamını sürdürebilirken, gelişimi için optimum sıcaklık aralığı ise 15-18 oC’dir. Ayrıca, hastalığın gelişimi için optimum nem seviyesi % 60-100 aralığında olup oldukça nemli ortamlarda görülür. Hastalık zeytin yapraklarının üst yüzeylerinde oluşmakta ve yaprak dökümüne bağlı olarak bitki veriminin düşmesine hatta ölümüne sebep olabilmektedir. Hastalıkla mücadele yöntemlerinden uzun süre ilaç kullanımı, çevresel ve ekonomik zararlara sebep olduğu için günümüzde alternatif yollar aranmaktadır. Zeytin verimi üzerindeki olumsuz etkisine rağmen bu patojenin zeytin yaprağında neden olduğu değişimlerle ilgili sınırlı sayıda araştırma mevcuttur. Diferensiyonal display kullanılarak yapılan araştırmalarda V. olegina‘ya karşı dirençli zeytin kültivarının savunma cevaplarını değiştiği bulunmuştur. Ayrıca, sinyalleme, transkripsiyonel kontrol, oksidatif stres, biyotik ve abiyotik stres ve çeşitli genler enfeksiyondan sonra hızlı bir şekilde teşvik edilir. Diğer yandan metabolizma ve hücresel dengeyi kapsayan genlerin ifadesi daha geç teşvik edilmiştir. Bu genlerin ifadeleri salisilik asit, jasmonik asit, etephona cevapta teşvik edilmiştir. Yapılan literatür tarama çalışmalarında bugüne kadar farklı halkalı leke şiddetindeki yaprakların fizyolojik ve biyokimyasal parametrelerin karşılaştırıldığı bir çalışmaya rastlanmamıştır. Bu amaç doğrultusunda yaptığımız çalışmadaki amacımız halkalı leke hastalık şiddetine bağlı olarak zeytin yapraklarında meydana gelen bazı fizyolojik ve biyokimyasal değişimleri karşılaştırmaktır., Olive, which has a high consumption share in our country and throughout the world, suffers from a loss of yield in terms of product due to the effect of global climate changes and adverse environmental conditions, and is even exposed to serious economic and ecological consequences resulting in the death of the tree. These adverse environmental conditions cause both biotic and abiotic stresses in the plant. Spilocaea oleaginea, which is one of the mitosporic fungi that olives are exposed to, causes "ringed spot" on olive leaves and is one of the most common sources of biotic stress in olives. This disease, known as peacock spot/eye among the people, is quite common in the Mediterranean regions. The disease symptom is generally seen in the form of brown/black circular rings of various sizes on the leaves. While V. oleaginea can survive in a wide temperature range (5-25 oC), the optimum temperature range for its development is 15-18 oC. In addition, the optimum humidity level for the development of the disease is in the range of 60-100% and is seen in very humid environments. The disease occurs on the upper surfaces of olive leaves and can cause a decrease in plant yield or even death due to defoliation. Since long-term use of drugs, which is one of the methods of fighting the disease, causes environmental and economic damage, alternative ways are sought today. Despite its negative impact on olive yield, there are limited studies on the changes caused by this pathogen in olive leaves. In studies using differential display, it was found that the defense responses of the olive cultivar resistant to V. olegina changed. Moreover, signaling, transcriptional control, oxidative stress, biotic and abiotic stress, and various genes are rapidly promoted after infection. On the other hand, expression of genes involved in metabolism and cellular balance was promoted later. Expressions of these genes were promoted in response to salicylic acid, jasmonic acid, etephon. In the literature review studies, no study has been found that compares the physiological and biochemical parameters of leaves with different ringed spots. For this purpose, our aim in our study is to compare some physiological and biochemical changes in olive leaves depending on the severity of the ring spot disease.

Kanser günümüzde en yaygın ve ölümcül hastalıkların başında gelir. Karaciğer kanseri, en sık görülen altıncı kanser türüdür ve diğer kanserlere kıyasla ölüm oranının çok yüksek olması nedeniyle tedavi edilebilmesi ya da başlangıç aşamasında hastalığının önüne geçilmesi adına prognoz hedeflerininin bulunması çok büyük önem taşımaktadır. Sialik asitlerin anormal ifadesi tüm kanserlerde olduğu gibi karaciğer kanserlerinde de görülür. Anormal sialilasyonun nedenleri arasında sialiltransferazların ekspresyonundaki artış bulunmaktadır. Bu nedenle bu tez çalışmasında, karaciğer kanserlerinden hepatoselüler karsinom tercih edilmiş ve sialik asit biyosentez yolağında rol alan, fosforile sialik asit formları oluşturan NANS ve sialik asitlerin, sitidin-monofosfat diestere aktivasyonunu katalize eden CMAS genleri ile glikanlara sialik asit eklenmesinden sorumlu sialiltransferazlar arasındaki korelasyonu araştırmak ve ıslak laboratuvar çalışması için hedef molekülleri in silico yöntemlerle belirlemek amaçlanmıştır. Bunun için, kanser Genom Atlası’ndan (TCGA) sağlanan ekspresyon verileri (50 normal doku, 371 Karaciğer Hepatoselüler Karsinomu primer tümör örneği) ve klinik bilgiler kullanılmıştır. Ekspresyon seviyeleri farklılık gösteren genleri bulmak için Diferansiyel Ekspresyon Analizi ve sonrasında bu genlerin ortak olarak paylaştıkları yolakları tespit etmek adına GSE analizi yapılmıştır. Prognostik genleri belirlemek için sağkalım analizi yapılmış ve son olarak da yüksek korelasyonlu genleri bulmak için ağırlıklı korelasyon ağ analizi (WGCNA)’den yararlanılmıştır. Biyoinformatik analizler sonucunda, sialik asit biyosentez yolağında yer alan NANS geni ile sialiltransferaz gen ailesi üyelerinden ST6Gal1 (R= -0.33, p=7.1e-12), ST8Sia6 (R= -0.32, p=1.4e-11) genleri arasında negatif, ST6GalNAc4 (R=0.51, p, In today’s world, cancer is one of the most prevalent and lethal diseases. In cancer treatment, early prognosis and response are crucial for the successful recovery of the patients. Thus, the recent researches have focused on identifying new prognosis targets for the early diagnosis of cancer. Liver Hepatocellular Carcinoma (LIHC) is the sixth most common type of cancer. Due to its lethality compared to other types of cancers, early diagnosis of LIHC carry more weight for its successful treatment. In liver carcinomas, as well as in other types of cancers, hypersialylation, the addition of sialic acids to cell surface glycans by sialyltransferases, is prevalently observed. It was suspected that the genes involved in sialic acid biosynthesis, with the differential expression of sialyltransferases, may be involved in cancer progression. Therefore in this study; correlations between the expressions of NANS gene, which is responsible for creating phosphorylated sialic acid forms, and CMAS gene, which catalyzes the activation of sialic acids into cytidine-monophosphate diester, and the various sialyltransferases have been analyzed in silico, in order to understand their role in the progression of liver hepatocellular carcinoma. In order to be used in silico analyses, digital gene expression data of 50 normal and 371 Liver Hepatocellular Carcinoma tissue samples, as well as patients’ clinical data were acquired via The Cancer Genome Atlas (TCGA). To identify the differentially expressed genes, differential expression analysis was performed on the digital gene expression data. Identified differentially expressed genes were used in Gene Set Enrichment Analysis to uncover the pathways that were activated or suppressed. Expression data, combined with the clinical data, was also used in survival analyses for the identification of prognostic genes. Finally, Weighted Gene Correlation Network Analysis (WGCNA) was performed to find the highly correlated genes. Results of the in silico analyses show that, NANS gene is negatively correlated with sialyltransferases ST6Gal1 (R= -0.33, p=7.1e-12) and ST8Sia6 (R= -0.32, p=1.4e-11), while being positively correlated with ST6GalNAc4 (R=0.51, p

CuO nanopartikülleri (CuO NP), kolay sentezlenebilmeleri ve nano boyutta etkinliklerinin önemli oranda artması sebebiyle pestisit, herbisit, gübre ve bitki büyüme düzenleyicileri olarak birçok tarımsal uygulamada kullanılma potansiyelindedir. Bu tez çalışmasının amacı, bakır oksit nanopartikülünün yeşil sentez yönteminin optimizasyonu ve karakterizasyonunu yaparak, yaygın bir tarım ürünü olan domates (Lycopersicon esculentum) bitkisine nanopriming uygulamasıyla çimlenme ve fide gelişimi üzerindeki etkilerini belirlemektir. CuO NP'leri defne (Laurus nobilis L.) yaprak ekstraktı kullanılarak hazırlanmış ve UV/VIS spektrofotometrik, ölçümle karakteristik 210 -340 nm arasında pik değerleri ile nanopartikül oluşumu teyit edilmiştir. FT-IR analiz sonuçları nanopartiküllerin fitoiçerik ile kaplandığını, Zeta potansiyel sonuçları ise -22 mV değeri ile nanopartikülün kararlı yapıda olduğunu ortaya koymuştur. SEM-EDS görüntülemesi ile CuO NP'lerin ortalama 83 nm boyutunda ve küre şeklinde ve element yüzdesinin Cu (%45.04) olduğu belirlenmiştir. ICP MS analizi sonucuna göre, CuO NP solüsyonundaki toplam bakır konsantrasyonu 583 ppm (mg/kg) olarak belirlenmiştir. Domates bitkilerinin priming işlemi yeşil sentezlenen CuO nanopartiküllerin 5 farklı konsantrasyonda (6.25, 12.5, 25, 50 ve 100 mg L-1) tohumlara 48 saat süre ile uygulanması ile gerçekleştirilmiştir. Çimlenme denemelerinin ardından nanopriming yapılan tohumlar, 21 gün süreyle sera koşullarında yetiştirilmiştir. Analiz sonuçları, 25 mg L-1 CuO NP'leri ile yapılan priming işleminin kontrole göre çimlenme yüzdesini %17.5 ve fide gücünü %26.79 oranında arttırdığını ortaya koymuştur. Buna karşın, tohumlara yüksek konsantrasyonlarda CuO NP uygulamasının fide gelişimini baskıladığı; 100 mg L-1 CuO NP ün kontrol grubuna kıyasla kök ve gövde uzamasının sırayla %33.18 ve %35.6 düzeyinde inhibe ettiği ve yaş ve kuru ağırlıklarda sırayla %37.5 ve % 45 oranında inhibisyona neden olduğu belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlar, yeşil sentezlenen CuO NP'lerin, nanopriming işlemi ile tohum içerisine geçebildiğini ve tohum çimlenmesi ve fide gelişimi üzerindeki etkilerinin uygulama miktarı ile bağlantılı olarak değişebileceğini ortaya koymuştur., CuO nanoparticles (CuO NP) have the potential to be used in many agricultural applications as pesticide, herbicide, fertilizer and/or plant growth regulators due to their easy synthesis and significantly increased efficiency at nanoscale. The aim of this study is green synthesis and characterization of copper oxide nanoparticle and to determine its effects on germination and seedling growth on tomato (Lycopersicon esculentum). CuO NPs were prepared by using laurel (Laurus nobilis L.) leaf extract and the nanoparticle formation was confirmed by UV/VIS spectrophotometric measurement with characteristic peak values between 210 -340 nm. The FT-IR analysis results showed that the nanoparticles were coated with phytocontent, and the Zeta potential results showed that the nanoparticle was stable with a value of -22 mV. SEM-EDS imaging revealed that CuO NPs were spherical in shape with an average size of 83 nm, and the element percentage of the particle was Cu (45.04%). According to the results of ICP MS analysis, the total copper concentration in the CuO NP solution was determined as 583 ppm (mg/kg). The priming process of tomato plants was carried out by applying green synthesized CuO nanoparticles at 5 different concentrations (6.25, 12.5, 25, 50 and 100 mg L-1) to the seeds for 48 hours. After the germination trials, nanoprimed seeds were grown under greenhouse conditions for 21 days. Results showed that priming with 25 mg L-1 CuO NPs increased germination percentage by 17.5% and seedling vigour by 26.79% compared to control. However, high concentrations of CuO NP application to seeds suppressed seedling growth; It was determined that 100 mg L-1 CuO NP inhibited root and stem elongation by 33.18% and 35.6%, respectively, and it caused 37.5% and 45% inhibition in fresh and dry weights, respectively. The results revealed that the green synthesized CuO NPs could penetrate into the seed by nanopriming process and their effects on seed germination and seedling growth could vary depending on the amount of application.

Bu çalışmanın amacı Hirudo verbana ve Hirudo sulukii türlerinin mukusunda aminoasit ve total protein ile total karbohidrat analizlerinin yapılması, hemosit tiplerinin ve hemolenf proteinlerinin fraksiyonlarının belirlenmesi ve ön-arka vantuzların kasılmış-gevşemiş olarak histolojik yapılarının incelenmesidir. Bu amaçla her iki türden altı örnek kullanılmıştır. H. verbana ve H. sulukii mukusunda yapılan analizler sonucunda triptofan H. verbana'da belirlenmezken, arjinin H. sulukii türünde saptanmamıştır. Triptofan H. sulukii'de düşük düzeyde bile olsa tespit edilmiş, ancak istatistiksel açıdan iki tür arasında anlamlı fark bulunmamıştır. Glutamin ve arjinin H. verbana'da daha yüksek oranda bulunmaktadır. Mukusta total karbohidrat değeri açısından her iki tür arasında anlamlı fark bulunmazken, total protein değeri H. verbana türünde daha fazladır. Wright'ın boyasıyla hazırlanan preparatlar incelendiğinde iki türde 4 tip hemosit hücresi (prohemosit, plazmatosit, granülosit ve eleosit) belirlenmiştir. Hemosit tiplerinin hücre alanları iki tür arasında farklılık göstermemektedir. Poliakrilamid disk jel elektroforez yöntemi ile H. verbana'nın hemolenf proteinleri 11 fraksiyon ya da fraksiyon grubuna ayrılmışken, H. sulukii'de 10 fraksiyon ya da fraksiyon grubuna ayrılmıştır. Elektroferogramlar arasında da kantitatif olarak önemli farklılıklar vardır. Alan olarak kasılmış olanların gevşemiş olanlara göre daha az yer kapladığı ön ve arka vantuzlarda epidermis boyuna ve halkasal kasların yoğun bulunduğu dermisi çevreler., The aim of this study was to analyze the amino acid, total protein and total carbohydrate in the mucus, to determine the hemocyte types, the fractions of hemolymph proteins, and to investigate the histological structures of the anterior-posterior suckers as contracted and relaxed of Hirudo verbana and Hirudo sulukii species. For this purpose, six samples of both species were used. As a result of mucus analyses, tryptophan was not detected in H. verbana, while arginine was not detected in H. sulukii. While tryptophan was not found in H. verbana, it was detected in H. sulukii even at a low level, but there was no statistically significant difference between the two species. Glutamine and arginine are higher in H. verbana. While there was no significant difference between the two species in terms of total carbohydrate in mucus, total protein value was higher in H. verbana. When the preparations prepared with Wright’s stain were examined, 4 types of hemocytes (prohemocyte, plastocyte, granulocyte and eleocyte) were detected in two species. Areas of hemocyte types did not differ between two species. Using polyacrilamid disc gel electrophoresis, while hemolymph proteins of H. verbana were separated into 11 fractions or fraction groups, H. sulukii were separated into 10 fractions or fraction groups. There were also important quantitative differences between electropherograms. In the anterior and posterior suckers, where the contracted areas occupy less area than relaxed ones, the epidermis surrounds dermis with intense longitudinal and circular muscles.

Corallina officinalis, Rhodophyta filumuna ait kalkerli, 12 santimetreye kadar boylanan, ama genelde daha kısa olan bir kırmızı alg türüdür. Türün bireyleri gelgit havuzlarının çevresinde büyür ya da düzenli olarak deniz suyu ile yenilenen sahil kesimindeki kayalıkların sığ yarıklarda bulunur. Corallina officinalis türünün mikropropagasyon sistemini doku kültürü teknikleriyle oluşturmak ve bu türün eksenik (tek tip hücre kültürü) kültürünün gerçekleştirilmesi için algal eksplantlarının sıvı besi yeri ortamlarında optimal kültür koşulları ve rejenerasyon özelliklerini araştırmak amaçlanmıştır. Daha önce kallus kültürü elde edilmemiş deniz algi olan Corallina officinalis'ten en iyi kallus ortamını değerlendirmek için germanium dioksit içeren PES (Provasoli, 1968) ve MCM (Marine Culture Medium) (McLahlan, 1973) ortamları denenmiştir ve en iyi kallus ortamı%16 kallus verimi ile PES P1(1:0,1 g/l) yarı-sıvı besi yeri ortamı olarak rapor edilmiştir. Rejenerasyon işlemini, polarite ve optimal ışıklandırma seviyelerini incelemek için mikroskop altında rejeneratif yapılar gözlenerek düzenli aralıklarla sayım yapılmış ve optimize koşullar saptanmıştır. Tallustan kallus üretilmesi için, tallusun 2 ya da 3 mm'lik parçalar halinde kesilmesi ve agar substratı için tarif edildiği gibi büyüme düzenleyici olarak öksin:sitokinin (1:0,1; 1,5:0,5; 1:2 g/l) ve 0.04% agar takviyeleri ile steril test tüplerine aktarılmasıyla gerçekleştirilmiştir. Corallina officinalis bitki tallusundan M2 (1,5:0,5 g/l), M3 (2:1 g/l), P1(1:0,1 g/l) kallus ortamlarında kallus oluşturulmuştur. Kallus başlangıcı ve kırılgan kallus hücrelerinin sıvı besi yeri ortamından yapılan tüm alt kültür uygulamaları in vitro koşullarda sağlanmış ve standartizasyonu gerçekleştirilmiştir. Kallus oluşumunu takiben 2 aylık büyüme periyodu sonunda kültürlerin alt kültürleri yapılmış ve yaş ve kuru ağırlık verileri elde edilmiştir. Apikal ve nodyumdan büyüme oranı tespit edilmiştir. Algin antioksidant değeri 160 mg da 32%; 80 mg da 16% olarak ve antimikrobiyal aktivitesi MİC değeri S. aureus için 3 mg/ml, E. coli için 6mg/ml ve E. faecalis için ise 6 mg/ml ve en yüksek mic değeri de C. Albicans'da 12 mg/ml olarak saptanmıştır., Corallina officinalis is a calcareous, red algae of the phylum Rhodophyta, up to 12 centimeters tall, but generally shorter. Individuals of the species grow around tide pools or are found in shallow crevices of coastal cliffs that are regularly replenished by seawater. Optimal culture conditions and regeneration properties of algal explants were studied in order to establish the micropropagation system of Corallina officinalis with tissue culture techniques and to perform axial (single type cell culture) culture of this species. PES containing germanium dioxide (Provasoli, 1968) and MCM (Marine Culture Medium) (McLahlan, 1973) medium were tried to evaluate the best callus medium from Corallina officinalis, a marine algae whose callus culture was not obtained before, and the best callus medium reported as PES P1 with 16% calli yield (1:0,1 g/l) semi-liquid medium. In order to examine the regeneration process, polarity and optimal lighting levels, regenerative structures were observed under the microscope and counted at regular intervals and optimized conditions were determined. Production of callus from thallus was accomplished by cutting the thallus into 2 or 3 mm pieces and transferring them to sterile test tubes with growth regulator supplements as auxin: cytokinin (1:0,1; 1,5:0,5; 1:2) for the 0,04% agar substrate. Callus was formed from the plant thallus in callus the media of M2 (1,5:0,5 g/l), M3 (2:1 g/l), P1(1:0,1 g/l) Corallina officinalis. All subcultures of callus initiation and fragile callus cells from liquid medium were provided in vitro and standardized. At the end of the 2-month growth period following callus formation, the cultures were subcultured and fresh and dry weight data were obtained. The growth rate from the apical and node was determined. Antioxidant activities were determined as 32% in 160 mg; 16% in 80 mg and antimicrobial activities were as MIC value 3 mg/ml for S. aureus, 6mg/ml for E. coli and 6 mg/ml for E. faecalis and the highest MIC value was 12 mg/ml for C. albicans.

Tarihi eserler bir ülkenin olduğu kadar tüm insanların da geçmişini anlatan en önemli kalıntılardır. Geçmişten bu günlere gelen ve bu günlerden yarınlara kalması gereken bu yapıtlar birer uygarlık hazinesidir ve geçmişle günümüzü bağlayan köprülerdir diyebiliriz. Birçok tarihi yapı fiziksel, kimyasal ve biyolojik olarak bozunma ve aşınmalar sonucunda tahrip olmaktadır. Bu etkenlerden en önemlisi biyolojik bozunmadır çünkü geriye dönüşü olmayan kayıplar yaşanmaktadır. Biyolojik bozunma; bir nesne üzerinde istenmeyen mikroorganizmaların gelişerek zarar vermesi olarak tanımlanabilir. Biyolojik bozunma, çoğunlukla taşın doğal yaşlanma sürecinin bir parçası olarak kabul edilir. Ancak, biyolojik büyüme tahrip edicidir ve bu tahribatın önlenmesi veya kontrol altına alınması açısından kontrol mekanizmasının geliştirilmesi çok önemlidir. Taş eserlerin temizlenmesi, onarılması, sağlamlaştırılması ve koruma aşamalarından sonra düzenli aralıklarla bakımlarının yapılması ile daha uzun süre bu kültürel miraslar korunmuş olacaklardır. Funguslar gelişimleri için organik maddeye ihtiyaç duyarlar. Taş yüzeyinde bulunan mevcut mikrobiyal topluluklar, metabolik ara ürünleri ve depolama malzemelerinden gelen polisakkaritleri kullanırlar. Funguslar ayrıca doğada önemli ayrıştırıcılar olup, diğer canlı gruplarıyla mutualist, simbiyotik ve patojen yaşam şekli oluşturup doğal taşların bozunmasında rol oynarlar. Bu fungusları böylesine önemli kılan özellikleri çok çeşitli ve etkin matabolitler ile sekonder metabolitlere sahip olmalarıdır. Bu çalışmada İzmir Arkeoloji Müzesi'nde sergilenen ve depolanan tarihi değere sahip taşlar üzerinden 100 tane mikrofungus izole edilmiştir. 100 mikrofungusun her biri için fenotipik tayin ve bunlardan taşların tahribinde önemli rol aldıkları bilinen 20 örnek için genotipik tayin yapılmıştır. Genotipik tayin amacıyla, funguslarda korunmuş gen bölgesi olan ITS gen bölgesi için spesifik universal primerler olan ITS1 ve ITS4 primerlerinin kullanıldığı PCR yöntemi kullanılmıştır. Elde edilen PCR ürünlerinden 15 tanesi dizi analizine gönderilmiştir. Dizi analizinden gelen sekans sonuçları Finch TV (Blast) ve ApE programı kullanılarak değerlendirilmiştir. Tür tayini, Gen Bankası'nın https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi (NCBI) web sayfasında, nükleotid dizilerinin kıyaslanarak benzerliklerinin incelenmesiyle yapılmıştır., Historical artifacts are the most important remains that tell the past of a country as well as all people. We can say that these works, which have come from the past to these days and should remain from these days to the future, are the treasures of civilization and bridges connecting the past and the present. Many historical buildings are destroyed as a result of physical, chemical and biological degradation and wear. The most important of these factors is biodegradation because irreversible losses are experienced. Biodegradation; It can be defined as the development and damage of unwanted microorganisms on an object. Biodegradation is often considered part of the natural aging process of stone. However, biological growth is destructive and it is very important to develop a control mechanism in order to prevent or control this destruction. These cultural heritages will be preserved for a longer period of time by cleaning, repairing, consolidating and maintaining the stone works at regular intervals after the protection stages. Fungi need organic matter for their growth. Existing microbial communities on the stone surface utilize metabolic intermediates and polysaccharides from storage materials. Fungi are also important decomposers in nature and play a role in the degradation of natural stones by forming a mutualistic, symbiotic and pathogenic lifestyle with other living groups. What makes these fungi so important is that they have a wide variety of effective metabolites and secondary metabolites. In this study, 100 microfungi were isolated from precious stones exhibited and stored in the Izmir Archaeological Museum. Phenotypic determination was made for each of the 100 microfungi and for 20 samples known to play an important role in the destruction of stones. For genotypic determination, PCR method using ITS1 and ITS4 primers, which are specific universal primers for the ITS gene region, which is the conserved gene region in fungi, was used. 15 of the obtained PCR products were sent for sequencing analysis. Sequence results from sequence analysis were evaluated using Finch TV (Blast) and APE program. Species determination was made by comparing nucleotide sequences and examining similarity in GenBank's https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi (NCBI) website.

Toprak tuzluluğu, günümüz dünyasında tarım arazilerinde bitkisel verimliliği olumsuz etkileyen önemli bir sorundur. Bitkiler tuza tolerans özelliklerine göre iki gruba ayrılırlar. En az 200 mM NaCl bulunan ortamlarda yaşam döngüsünü tamamlayabilen ve daha yüksek tuz konsantrasyonlarına tolerans gösterebilen ve hatta tuz varlığında büyümeleri artan türler halofitler olarak adlandırılır . Daha düşük tuz konsantrasyonlarında yaşam döngüsünü tamamlayabilen bitkiler ise glikofitler olarak adlandırılır. Genel olarak glikofitler için topraktaki tuz konsantrasyonu eşiği aşıldığında büyümede hızında azalma aynı zamanda bitki kuru ağırlığında ve klorofil miktarında azalma meydana gelir Tez çalışmasında Arabidopsis thaliana yaban tipi (Col) ve Tuz Gölü çevresinde yaşayan ekstrem halofit Eutrema parvulum kullanılacaktır Analizlerden önce örnekler son konsantrasyonu 0, 50 ,100, 250 ve 500 mM konsantrasyonda olacak şekilde NaCl, Na2SO4, NaNO3, KCI, K2SO4 ve KNO3 ile karşıtırılacaktır. Daha sonra katalaz peroksidaz , askorbat peroksidaz , glutatyon redüktaz antioksidan enzim aktiviteleri belirlenecektir. Yapılan analizlerden beklenilen sonuçların tuzluluk etkilerinin ortadan kaldırılması yönünde bilgiler elde etmektir. Bu çalışmanın amacı, daha fazla tuza toleranslı çeşitlerin, daha fazla tuza duyarlı çeşitlerden indüklenebilir antioksidan seviyeleri içerip içermediğini tespit etmektir., Soil salinity is an important problem that negatively affects crop productivity in agricultural lands in today's world. Plants are divided into two groups according to their salt tolerance characteristics. Species that can complete their life cycle in environments with at least 200 mM NaCl and can tolerate higher salt concentrations and even increase their growth in the presence of salt are called halophytes. Plants that can complete their life cycle at lower salt concentrations are called glycophytes. In general, when the salt concentration threshold in the soil is exceeded for glycophytes, there will be a decrease in growth rate, plant dry weight and chlorophyll content. In the thesis study, Arabidopsis thaliana wild type (Col) and the extreme halophyte Eutrema parvulum living around Salt Lake will be used. will be mixed with NaCl, Na2SO4, NaNO3, KCl, K2SO4 and KNO3 at 0, 50, 100, 250 and 500 mM concentrations. Then, the antioxidant enzyme activities of Catalase Peroxidase, Ascorbate peroxidase, Glutathione reductase will be determined. The expected results from the analyzes are to obtain information on the elimination of salinity effects. The aim of this study was to determine whether more salt-tolerant cultivars contain inducible antioxidant levels than more salt-sensitive cultivars.

Bitki gelişimi için gerekli olan bu besinler makro ve mikro besinler olarak ikiye ayrılmaktadır. Makro elementler; azot, fosfor, potasyum, kalsiyum, magnezyum ve kükürt. Mikro elementler ise; demir, mangan, bakır, çinko, bor, molibden, sodyum, nikel ve klor elementleridir (Çaktü, 2016). NADPH oksidazlar, abiyotik ve biyotik etmenlere duyarlıdır ve stresin algılanması ile aktiviteleri genellikle artar. Günümüze kadar yapılan çalışmalarda ROS sinyallerinin üretilmesinden sorumlu olan NADPH oksidaz enzim aktivitesinin bitki ortamdaki besin elementlerindeki değişimlere karşı oluşturduğu yanıtlar çalışılmamıştır. Bu amaçla çalışmamızda önemli makro besin elementleri olan N, P ve K'nın eksikliklerinin Arabidopsis thaliana ve Eutrema parvulum bitkisinde RBOH genlerinin ifadeleri, NADPH oksidaz aktivitesi ve NADPH oksidaz isoformlarının değişimi üzerine etkileri araştırılmıştır. Çıkan bulgular sonucunda bitki besin elementleri eksikliği durumunda NOX enzim aktivitesinde bir artış tespit edilmiştir., These nutrients, which are necessary for plant growth, are divided into macro and micro nutrients. Macro elements; nitrogen, phosphorus, potassium, calcium, magnesium and sulfur. Micro elements are; iron, manganese, copper, zinc, boron, molybdenum, sodium, nickel and chlorine elements (Çaktü, 2016). NADPH oxidases are sensitive to abiotic and biotic factors, and their activity usually increases with the perception of stress. The responses of NADPH oxidase enzyme activity, which is responsible for the production of ROS signals, to changes in nutrients in the plant environment have not been studied in studies carried out to date. For this purpose, the effects of deficiencies of important macronutrients N, P and K on the expression of RBOH genes, NADPH oxidase activity and NADPH oxidase isoforms in Arabidopsis thaliana and Eutrema parvulum were investigated in our study.As a result of the findings, an increase in NOX enzyme activity was detected in case of plant nutrient deficiency.

Kene kaynaklı patojenler hayvan ve insan sağlığını giderek daha fazla tehdit etmekte ve büyük ekonomik zararlara neden olmaktadır. Bu patojenler içerisinden Babesia caballi türünün atlarda oluşturduğu babesiosis ılımlı ve kronik bir klinik göstermenin yanında atlarda ciddi sağlık sorunları ve ölümlere neden olmaktadır. Anaplasma ovis türünün koyunlarda neden olduğu anaplasmosis ılımlı ve kronik bir klinik gösterse de Türkiye’deki koyunlarda çok yaygın olarak görüldüğü, et ve süt veriminin düşüşünün nedeni olabileceği çeşitli araştırmacılar tarafından rapor edilmiştir. Rickettsia aeschlimannii ve Rickettsia massiliae türlerinin ise insanlarda bir çeşit rickettsiosis olan Akdeniz benekli hummasına neden olduğu ve bu hastalığın enfekte insanlarda nekrotik yara, avuç içi ve ayak tabanlarında yara, ateş ve yaygın makülopapüler döküntü gibi bulgular gösterdiği bilinmektedir. Rap-1 proteini Babesia parazitinin merozoit formunun konak eritrositine girişini ve invazyonunu sağlayan salgı proteinidir. Msp4 proteini Anaplasma bakterisinin konak ile etkileşiminde rol oynayan yüzey proteini iken OmpB proteini ise Rickettsia bakterisinin konak hücre dokularında adezyonunda rol oynayan yüzey proteinidir. Her üç proteinin de söz konusu patojenlerin farklı türlerinde antijenik ve immünojenik özellikler göstermenin yanında aşı adayı ve tanısal epitoplar içerdiği bildirilmiştir. Patojenlere yönelik aşı çalışmaları her geçen gün artmakla birlikte, bu tezde Türkiye kenelerinde bulunan Babesia caballi, Anaplasma ovis, Rickettsia aeschlimannii ve Rickettsia massiliae patojenlerine yönelik Rap-1, Msp4 ve OmpB yüzey ve salgı proteinlerine ait moleküler verinin üretilmesi, revers vaksinoloji ve immünoinformatik bakış açılarıyla biyoinformatik yöntemler kullanılarak aşı adayı ve tanısal epitopların tahmini ve multi-epitop peptit aşıların tasarımı amaçlanmıştır. Bu amaçla keneler tarafından bulaştırılan Babesia caballi ve Anaplasma ovis patojenlerinin sırasıyla Rap-1 ve Msp4 proteinleri ile, Rickettsia aeschlimannii ve Rickettsia massiliae patojenlerinin OmpB proteinlerinin C ve N terminal bölgelerine ait moleküler veri Türkiye'den 4 ilde (İzmir, Aydın, Şanlıurfa ve Siirt) çeşitli konak organizmalardan (köpek, kedi, sığır, keçi, koyun ve kaplumbağa) toplanmış kene örneklerinden (Rhipicephalus sanguineus, Rhipicephalus turanicus, Rhipicephalus bursa, Hyalomma marginatum, Hyalomma anatolicum, Hyalomma aegyptium ve Haemaphysalis erinacei) (n:110) ilk defa üretilerek ve dünya izolatları ile karşılaştırılarak biyoinformatik yöntemlerle içerdiği potansiyel aşı adayı ve tanısal epitoplar tahmin edilmiştir. Belirlenen aşı adayı epitoplardan antijenik, immünojenik ve izolatlarda yaygınlık yönlerinden öne çıkanlar seçilmiş ve linker diziler ile bağlanarak multi-epitop peptit aşılar tasarlanmıştır. Tasarlanan aşılar moleküler docking ve immün simülasyon ile test edilmiştir. Sonuç olarak fizikokimyasal, sinyal peptit, subselüler lokalizasyon, BetaWrap motif varlığı, sekonder yapı, post-translasyonel modifikasyonlar ve korunmuş epitoplar yönünden değerlendirildiğinde Rap-1 ve Msp4 proteinlerinin Babesia caballi ve Anaplasma ovis için, OmpB proteininin ise Rickettsia aeschlimannii ve Rickettsia massiliae için iyi birer aşı adayı protein oldukları ortaya konmuştur. Ayrıca tasarlanan aşıların, parazit ve bakteri enfeksiyonlarında patojen ile ilişkili ligandları tanıyan doğal immün sistem elemanı olan TLR-2 reseptörü ile etkileşime girdiği moleküler docking ile gösterilmiştir. Aşı tasarımlarının (BabeVac 1 hariç) IgM ve IgG antikorları ile IFN-g sitokinlerini de uyardığı immün simülasyon ile gösterilmiştir. Bu çalışma Dünyanın ve Türkiye’nin çiftlik hayvanlarında hastalıklara yol açan kene kaynaklı Babesia caballi ve Anaplasma ovis patojenleri ile insanlarda hastalıklara yol açan kene kaynaklı Rickettsia aeschlimannii ve Rickettsia massiliae patojenlerine yönelik multi-epitop peptit aşıların geliştirilmesinin yolunu açma potansiyeline sahiptir. Tahmin edilen epitopların devamındaki serolojik çalışmalarda sentetik peptitler olarak üretilmesi, bu patojenler yönünden pozitif çiftlik hayvanları ve insanların serumlarında antikor yakalamaya yönelik test edilmesinin yanında tasarlanan aşıların da hayvan modellerinde uygulanması önerilmektedir., Tick-borne pathogens increasingly threaten animal and human health and cause great economic damage. Among these pathogens, babesiosis caused by Babesia caballi species in horses has a mild and chronic clinical manifestation and causes serious health problems and deaths in horses. Although anaplasmosis caused by Anaplasma ovis in sheep has a mild and chronic clinical course, it has been reported by various researchers that it is very common in sheep in Turkey and may be the reason for the decrease in meat and milk yield. Rickettsia aeschlimannii and Rickettsia massiliae species cause Mediterranean spotted fever, a type of rickettsiosis in humans, and this disease shows findings such as necrotic sores, sores on the palms and soles, fever and widespread maculopapular rash in infected humans. Rap-1 protein is a secretory protein that allows the merozoite form of Babesia parasite to enter and invade the host erythrocyte. Msp4 protein is the surface protein that plays a role in the interaction of Anaplasma bacteria with the host, while OmpB protein is the surface protein that plays a role in the adhesion of Rickettsia bacteria to the host cell tissues. It has been reported that all three proteins show antigenic and immunogenic properties in different species of the aforementioned pathogens, as well as contain vaccine candidate and diagnostic epitopes. Although vaccine studies for pathogens are increasing day by day, in this thesis, the production of molecular data of surface and secretory proteins such as Rap-1, Msp4, and OmpB, prediction of vaccine candidate and diagnostic epitopes and design of multi-epitope peptide vaccines using bioinformatics methods with reverse vaccinology and immunoinformatics perspectives were aimed for the pathogens Babesia caballi, Anaplasma ovis, Rickettsia aeschlimannii and Rickettsia massiliae in ticks of Turkey. For this purpose, molecular data of Rap-1 and Msp4 proteins for Babesia caballi and Anaplasma ovis pathogens, respectively, and of C and N terminal regions of OmpB proteins for Rickettsia aeschlimannii and Rickettsia massiliae pathogens was produced for the first time from tick samples (Rhipicephalus sanguineus, Rhipicephalus turanicus, Rhipicephalus bursa, Hyalomma marginatum, Hyalomma anatolicum, Hyalomma aegyptium, and Haemaphysalis erinacei) collected from various host organisms (dog, cat, cattle, goat, sheep, and tortoise) (n :110) in 4 provinces (İzmir, Aydın, Şanlıurfa, and Siirt) of Turkey. The data was compared with the data of world isolates, and potential vaccine candidate and diagnostic epitopes were predicted by bioinformatics methods. Among the identified vaccine candidate epitopes, antigenic, immunogenic and prominent ones in terms of prevalence in isolates were selected and multi-epitope peptide vaccines were designed by linking them with linker sequences. The designed vaccines were tested by molecular docking and immune simulation. In conclusion, Rap-1 and Msp4 proteins for Babesia caballi and Anaplasma ovis, and OmpB protein for Rickettsia aeschlimannii and Rickettsia massiliae were shown to be good vaccine candidate proteins when evaluated in terms of physicochemical, signal peptide, subcellular localization, BetaWrap motif presence, secondary structure, post-translational modifications and conserved epitopes. In addition, it has been demonstrated by molecular docking that the designed vaccines interact with the TLR-2 receptor, which is an innate immune system element that recognizes pathogen-related ligands in parasite and bacterial infections. Immune simulation has shown that vaccines (except for BabeVac 1) also stimulate IgM and IgG antibodies and IFN-g cytokines. This study has the potential to pave the way for the development of multi-epitope peptide vaccines for tick-borne Babesia caballi and Anaplasma ovis pathogens that cause diseases in farm animals and against tick-borne Rickettsia aeschlimannii and Rickettsia massiliae pathogens that cause diseases in humans in the world and Turkey. It is recommended that the predicted epitopes are produced as synthetic peptides in the following serological studies, tested for the capture of antibodies in the sera of farm animals and humans positive for these pathogens, as well as the application of the designed vaccines in animal models.

Polenler insanlar üzerinde çeşitli alerjik reaksiyonlara sebep olabilmektedir. Yılın belli dönemlerinde havadaki polen konsantrasyonu değişimleri alerjik etkilere sebep olabilir. Bu çalışmada, Balıkesir iline bağlı Ayvalık ilçesinin 05 Mart 2018 - 29 Şubat 2020 tarihlerine (2 yıl) ait atmosferik polenleri volumetrik yöntem kullanılarak araştırılmıştır. Bu araştırma, "Lanzoni VPPS 2010" model polen yakalama tuzağı kullanılmış ve elde edilen verilere dayanarak 1 m3 havada bulunan polen miktarları günlük, haftalık, aylık ve yıllık olarak takvimleri hazırlanmıştır. Diğer taraftan havadaki polen konsantrasyonları değişimi ile yağış miktarı, sıcaklık, rüzgâr hızı ve yönü, nisbi nem gibi atmosferik parametreler arasındaki ilişkiler istatistiksel olarak incelenmiştir. İki yıllık yapılan çalışma sürecinde 49 taksona ait toplam 48259 polen/m3 adet polen tespit edilmiştir. Bunlardan 27 taksonu odunsu, 22 taksonu otsu taksonlara aittir. Odunsu taksonların toplam polenlere oranı %81,38 (39273 polen/m3), otsu taksonların toplam polenlere oranı %17,44 (8418 polen/m3) ve tanımlanamayanların oranı ise %1,18 (568 polen/m3) 'dir. Çalışmanın ilk yılında 23449 polen/m3 adet ikinci yılında ise 24810 polen/m3 adet ölçülmüştür. Atmosferde polenleri baskın olan taksonlar sırasıyla; Olea europaea (%34,17), Pinaceae (%25,72), Poaceae (%8,94), Quercus spp. (%8,42), Cupressaceae/Taxaceae (%7,53), Urticaceae (%4,44) ve Fraxinus spp. (%1,68)'dir., Pollens can cause various allergic reactions on humans. During certain times of the year, changes in the concentration of airborne pollen can cause allergic effects. In this study, Ayvalik district of Balikesir province 05 March 2018 - 29 February 2020 (for 2 years) airborne pollens were analyzed by volumetric methods. In this case, "Lanzoni VPPS 2010" model pollen trap was used and according to the data obtained, the amount of pollen in 1 m3 of air, daily, weekly, monthly and annual pollen calendars were created. On the other hand, the relationships between changes in pollen concentrations in the air and meteorological parameters such as precipitation amount, temperature, wind speed and direction, relative humidity were analyzed statistically. During the two-year study, a total of 48259 pollens/m3 of pollen belonging to 49 taxa were detected. Of these, 27 taxa belong to woody and 22 to herbaceous taxa. The ratio of woody taxa to total pollen is %81,38 (39273 pollen/m3), the ratio of herbaceous taxa to total pollen is 17.44% (8418 pollen/m3) and the ratio of unidentified ones is %1,18 (568 pollen/m3). 23449 pollen/m3 in the first year of the study and 24810 pollen/m3 in the second year of the study. The taxa dominating pollen in the atmosphere are; Olea europaea (%34,17), Pinaceae (%25,72), Poaceae (%8,94), Quercus spp. (%8,42), Cupressaceae/Taxaceae (%7,53), Urticaceae (%4,44) and Fraxinus spp. (%1,68).

Mevcut çalışma, Avrupa Eşek Arısı Vespa crabro Linnaeus, 1758 (Hymenoptera: Vespidae) erginlerinde immün sistem hücreleri (hemositler)'nin ışık mikroskobu ile belirlenmesi amacıyla yapılmıştır. Bu amaçla, Vespa crabro erginlerinin hemolenfinde bulunan hemosit tiplerinin belirlenmesi, ölçüm ve hesaplanmasında Wright'ın boyasıyla boyanmış yayma preparatlardan yararlanılmıştır. Hemosit tipleri morfolojik olarak ışık mikroskobunda incelenip büyüklükleri ölçülmüştür. Vespa crabro erginlerinin hemolenfinde prohemositler, plazmatositler, granülositler ve önositoidler olmak üzere 4 hemosit tipi tespit edilmiştir. Prohemositler hemolenfte en fazla gözlemlenen ve boyutları en küçük sferik şekilli hücrelerdir. Plazmatositler polimorfik şekilli hücreler olup sitoplazmalarında belirgin vakuoller bulunur. Granülositler sitoplazmalarında azurofil granüllere sahiptir ve en büyük hemosit tipidir. Önositoitler genellikle yuvarlak olup hemolenfte en az rastlanan hemosit tipidir. Ergin örneklerde abdomenin yağ dokusu tarafından kaplandığı gözlenmiştir., The current study was carried out to determine immune system cells (hemocytes) of adult individuals of European Hornet Vespa crabro Linnaeus, 1758 (Hymenoptera: Vespidae) using light microscope. To that end, smear preparations of hemolymph samples from adult individuals of Vespa crabro were stained with Wright’s stain to detect, measure and calculate hemocyte types. Hemocyte types were morphologically examined under light microscope and their size were measured. In hemolymph samples from adult individuals of V. crabro, four hemocyte types were determined. These hemocyte types were prohemocytes, plasmatocytes, granulocytes and oenocytoids. Prohemocytes are spherical cells that have the smallest size among hemocytes of Vespa crabro and the most common hemocyte type observed in hemolymph. Plasmatocytes are polymorphic cells and have evident vacuoles in their cytoplasm. Granulocytes are the biggest hemocyte type and have azurophilic granules in their cytoplasm. Oenocytoids are generally rounded shaped and rarely found hemocyte type in hemolymph. It is observed that the abdomen of adult individuals of Vespa crabro is covered with fat tissue.

Sıcaklık ve diğer çevresel değişiklikler, bitki büyümesi üzerinde doğrudan etkiye sahiptir. İnsanlar bitkilere doğrudan veya dolaylı şekilde çok önemli bir besin kaynağı olarak güvendikleri için, yeni çevre düzenine ne kadar uyum sağlayabileceklerini bilmek çok önemlidir. Bu yüzden bitkilerin fotosentez mekanizmalarının önemi vurgulanmalıdır. C4 bitkilerinin sıcaklık ve tuzluluk streslerine dayanıklılığı bilindiği için, gıda olarak kullandığımız C3 bitkilerinin C4 yolağına dönüştürülmesi çalışmaları yapılmaktadır. Bizim çalışmamızda bir C3 bitkisi olan Lycopersicon esculentum cv. sc2121 çeşidine Hoagland solüsyonunda, borsuz, 3 katı Bor, 3 kat CaCO3 ve 3 kat bor + 3 kat CaCO3 birlikte olacak şekilde deney grupları oluşturuldu. Bu tez çalışmasında C4 bitkilerinin belirteci olan Pep Karboksilaz enzimindeki artışları ve bitki büyüme parametlerinde olumlu artışlar Bor ile birlikte CaCO3’ün birlikte verildiği deneme grubunda saptamış bulunmaktayız. Yaprak orta damarlarından alınan kesitlerde kranz anatomisi olduğu gözlenmiştir. Çalışmamızda uyguladığımız 3 katı bor ve 3 katı CaCO3 birlikte uygulandığı Hoagland solüsyonu ile yetiştirilmiş fidelerde C4 bitkisine dönüşüm olduğu gözlenmiştir., Temperature and other environmental changes have a direct impact on plant growth. Because people rely directly or indirectly on plants as a vital food source, it is essential to know how well they can adapt to the new landscape. Therefore, the importance of plants' photosynthesis mechanisms should be emphasized. Since the resistance of C4 plants to temperature and salinity stresses is known, studies are carried out to transform the C3 plants we use as food into the C4 pathway. In our study, experimental groups were formed for Lycopersicon esculentum cv sc2121, a C3 plant, in Hoagland solution with 3 times Boron, 3 times Boron, 3 times Boron and 3 times boron + 3 times CaCO3. In this thesis study, we have determined increases in Pep Carboxylase enzyme, which is a marker of C4 plants, and positive increases in plant growth parameters in the experimental group in which CaCO3 was given together with Boron. It has been observed that there is a cranz anatomy in the sections taken from the leaf middle veins. In our study, it was observed that the seedlings grown with the Hoagland solution, in which 3 times boron and 3 times CaCO3 were applied together, were transformed into C4 plants.

Memeli hücrelerinin yüzeyi glikokaliks adı verilen bir yapıyla örtülüdür ve bu yapıyı glikoproteinler, glikolipidler ve proteoglikanlar gibi birimler oluşturur. Hücre yüzeyindeki lipidlerin, proteinlerin veya organik moleküllerin glikan yapılarıyla birleşerek glikokonjugat yapılarını oluşturmalarına glikozilasyon adı verilir. Kanser araştırmalarında gözlenen önemli hücresel değişimlerden bir tanesi, glikokonjugatlardaki oligosakkaritlerin en uç monomerinde gözlenen miktar değişimidir. Bu en uç monomerler, 9 karbonlu glikan olan sialik asitlerdir. Glikozilasyon süreci sırasında oluşan bağların farklılıkları veya oluşan zincirlerin uzunluk farklılıkları glikokonjugat yapıları için, dolayısıyla da hücrelerdeki biyolojik ve fizyolojik süreçler için çeşitlilik sağlar. Kanser hücresinin yüzeyindeki değişikliğe uğramış sialik asitlerde; yani, sialillenmiş glikokonjugatlarda ciddi bir artış gözlenmektedir. Bu artışlar genellikle sialiltransferaz (ST) enzimlerindeki miktar değişiklikleri ile ilişkilidir. Bu sebeple, sialilasyon mekanizmaları ve artan sialiltransferaz ekspresyonların düşürülmesi için inhibitör arayışları hızlanmıştır. Bu çalışmalar kapsamında keşfedilen Soyasaponin I (Ssa I), ST3Gal enzim ailesinin inhibitörü olarak ortaya çıkmaktadır. Bu inhibitörün α2,6 bağlı sialik asitleri transfer eden ve ST3Gal ile aynı enzim ailesinden gelen ST6Gal ve ST6GalNAc enzim ailelerine de etki edip etmediği henüz bilinmemektedir. Sunulan tez çalışmasında, pankreas kanser hücrelerine Ssa I inhibitörü uygulaması gerçekleştirilerek tümör hücrelerinde ST enzimlerinden dört tanesinin (ST3Gal II, ST3Gal III, ST6Gal I ve ST6GalNac II) ifade değişimlerinin kontrol ve inhibitör uygulanmış hücreler arasında karşılaştırılması amaçlanmıştır. Böylece, bu dört enzimden hangisinin ifadesinde uygulama yapılmış ve yapılmamış hücreler arasına anlamlı fark olduğu tespit edilmesi hedeflenmiştir. Değişiklik tespit edilen Sialiltransferaz(lar)ın kanser teşhis ve tedavisi için hedef molekül olarak önerilmesi nihai hedeftir. Bu amaçla; kültüre alınan pankreas kanseri (PANC1) hücrelerine 0 mM, 50 mM, 100 mM ve 150 mM Ssa I inhibitörü uygulanmış ve 48 ve 72 saat sonrası hücreler kaldırılarak total RNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Elde edilen total RNA örneklerinden cDNA sentezi yapılmış ve real time PCR analizi ile de ST3Gal II, ST3Gal III, ST6Gal I ve ST6GalNac II enzim ifadelerindeki zamana ve uygulama miktarına bağlı değişiklikler analiz edilmiştir. Bu analizler için actin geni housekeeping gen olarak kullanılmıştır. Her dört gen bölgesi için de, CT değerlerine baktığımızda enzim ifadesinde Ssa I uygulaması ile birlikte azalma görülmüş ve bu azalma Ssa I uygulama miktarı arttıkça daha fazla olmuştur. CT değerleri analiz edildiğinde, housekeeping gen olarak kullanılan Actin geninin de inhibitörden etkilenmiş olabileceğine dair bir bulgu elde edilmiştir. Genel olarak, sonuçlar üzerinden 150 mM uygulamanın hücrelere toksik etkisi olabileceğine dair bir çıkarım yapılmıştır. Her dört gen bölgesi için de kontrol hücrelere (0mM Ssa I) oranla 50, 100 ve 150 mM Ssa I inhibitörü uygulanmış hücrelerde enzim ifadesi azalmıştır. Her dört gen bölgesinde de enzim ifadesinde azalma gözlenmiştir. Pankreas kanserinde sialik asit artışında bu dört genin ifadesinin katkısı olabileceği yönünde ön sonuçlar elde edilmiştir. Uygulamanın, Ssa I için sitotoksisite testi yapılarak ve farklı bir housekeeping gen (ör: GAPDH) kullanılarak tekrarlanması önerilir., The surface of mammalian cells is covered by a structure called the glycocalyx, which consists of units such as glycoproteins, glycolipids, and proteoglycans. The binding of lipids, proteins or organic molecules on the cell surface with glycan structures to form glycoconjugate structures is called glycosylation. One of the important cellular changes observed in cancer research is the amount of variation observed in the number of end monomer units of oligosaccharides within glycoconjugates. These monomers found in sugar chains are sialic acids, which are 9-carbon glycans. The differences in the bonds formed during the glycosylation process or the differences in the length of the chains formed provide diversity for the glycoconjugate structures and thus for the biological and physiological processes in the cells. In modified sialic acids on the surface of the cancer cell; that is, a significant increase in sialylated glycoconjugates is observed. These increases are generally associated with changes in the amount of sialyltransferase (ST) enzymes. For this reason, the search for inhibitors to reduce sialylation mechanisms and increased sialyltransferase expressions has accelerated. Soyasaponin I (Ssa I), discovered within the scope of these studies, emerges as an inhibitor of the ST3Gal enzyme family. It is not yet known whether this inhibitor also acts on the ST6Gal and ST6GalNAc enzyme families, which transfer α2,6-linked sialic acids and come from the same enzyme family as ST3Gal. In the presented thesis, it was aimed to compare the expression changes of four ST enzymes (ST3Gal II, ST3Gal III, ST6Gal I and ST6GalNac II) in tumor cells between control and inhibitor-treated cells by applying Ssa I inhibitor to pancreatic cancer cells. Thus, it is aimed to determine which of these four enzymes has a significant difference in the expression of cells with and without treatment. It is the ultimate goal to propose the modified Sialyltransferase(s) as a target molecule for cancer diagnosis and treatment. For this aim; the cultured pancreatic cancer (PANC1) cells were treated with 0 mM, 50 mM, 100 mM and 150 mM Ssa I inhibitors and after 48 and 72 hours, the cells were removed and total RNA isolation was performed. cDNA synthesis was made from the total RNA samples obtained, and changes in ST3Gal II, ST3Gal III, ST6Gal I and ST6GalNac II enzyme expressions depending on time and application amount were analyzed by real time PCR analysis. The actin gene was used as a housekeeping gene for these analyses. When we look at the CT values for all four gene regions, a decrease was observed in enzyme expression with Ssa I application, and this decrease was greater as the amount of Ssa I application increased. When the CT values were analyzed, it was found that the Actin gene, which is used as a housekeeping gene, may also be affected by the inhibitor. In general, it was concluded from the results that 150 mM administration may have a toxic effect on cells. Enzyme expression was decreased in cells treated with 50, 100 and 150 mM Ssa I inhibitor compared to control cells (0mM Ssa I) for all four gene regions. A decrease in enzyme expression was observed in all four gene regions. Preliminary results have been obtained that the expression of these four genes may contribute to the increase in sialic acid in pancreatic cancer. It is recommended to repeat the application by performing a cytotoxicity test for Ssa I and using a different housekeeping gene (eg GAPDH).

Bitkiler, biyotik ve abiyotik çevresel streslere yanıt oluşturabilirler. Bitkiler değişen çevre koşullarına transkripsiyonel, post-transkripsiyonel, translasyonel ve post-trasnlasyonel modifikasyon kombinasyonları ile cevap vermektedir. Translasyon sonrası protein değişimlerinden birisi de küçük ubikuitin-benzeri değiştirici (small ubiquitin-like modifier=SUMO) peptitlerinin eklenmesidir. Bir proteine SUMO polipeptidinin eklenmesi SUMOlasyon olarak adlandırılır. SUMOlasyon hedef proteinin lizin kalıntısına SUMO’nun kovalent olarak bağlanmasıyla gerçekleşir. Daha önceki yapılan çalışmalarda SUMOlasyonla çeşitli biyotik ve abiyotik stresler arasında ilişki olduğu kanıtlanmıştır. Fakat henüz Endoplazmik Retikulum stresinde SUMOlasyon mekanizmasının rolü çalışılmamıştır. Endoplazmik retikulum stresi diğer stresler sırasında ikincil stres olarak ortaya çıkabilmektedir. Çalışmamızda N-Glikosilasyonu bozarak ER stresine yol açan tunikamisn kullanılarak ER stresi ve SUMOlasyon arasındaki ilişki incelenmiştir. SUMOlasyon ve deSUMOlasyondan sorumlu genlerin ifadelerindeki değişimler ER stresi ve SUMOlasyon arasında ilişki olduğunu işaret etmiştir., Plants can respond to biotic and abiotic environmental stresses. They respond to changing environmental conditions with combinations of transcriptional, posttranscriptional, translational and post-translational modification. One of the posttranslational protein modifications is called SUMOylation, an addition of small ubiquitin-like modifier (SUMO) polypeptide to the other proteins. SUMOylation is accomplished by covalent binding of SUMO to lysine residues of the target proteins. It has been proven in previous studies that there is a relationship between SUMOylation and various biotic and abiotic stress responses. However, the role of SUMOylation mechanism in Endoplasmic Reticulum stress has not been studied ın plants. Endoplasmic reticulum stress can occur as a secondary effect of other stresses. In our study, the relation of ER stress and SUMOylation is investigated by distrupting the N-Glycolisation pathway by tunycamisin treatment. The results of SUMOylation and deSUMOylation related genes expression strongly indicated that there is an interaction between the ER stress response and SUMOylation.

Dünya nüfusunun %50' sinden fazlasının temel besin kaynağı olan çeltik, tahıllar arasında tuza en duyarlı olan bitkidir. Tuzluluk, gıda güvenliğini tehdit eden başlıca abiyotik stres faktörüdür ve etkisinin gelecek on yılda artması beklenmektedir. Tuzlu topraklar, su ve besin elementlerinin alınımını engelleyerek bitkilerin büyüme oranlarını baskılar ve strese maruz kalma süresi arttığı durumda toksik etki yaratmaktadır. Söz konusu stresin temel elementi olan Na+' un hücre içine ve/veya dışına taşınımı, plazma membranında (SOS1), tonoplastta (NHX1) ve endozomal bölgelerde (NHX5) bulunan taşıyıcılar tarafından gerçekleşmektedir. Bu taşıyıcılar ile hücrenin pH dengesi ve iyon homeostazisi korunmaktadır. Son gelişmeler, epigenetik modifikasyonların, stresle ilişkili genlerin gen ifadesini etki ederek stres toleransından sorumlu olduğunu göstermektedir. Epigenetik modifikasyon tiplerinden olan histon lizinlerin asetilasyonu, genel olarak, ökromatin yapısını indüklerken; deasetilasyonu, heterokromatin yapısının oluşmasına sebep olarak gen ifadesini baskılamaktadır. Stresin tetiklediği genomik ve metabolik değişikliklerin anlaşılabilmesi, başta çeltik olmakla birlikte diğer tahıl bitkilerinde de verimi etkileyen durumların aydınlatılmasını sağlayacaktır. Bu sebeple, epigenetik modifikasyonların, tuza duyarlı (IR28) ve toleranslı (Pokkali) çeltik varyetelerindeki Na+ taşıyıcıları (SOS1, NHX1, NHX5) üzerindeki etkilerini görmek için bu çalışma tasarlanmıştır. Kromatin immünopresipitasyon- kantitatif PCR (ChIP-qPCR) yöntemi kullanılarak H3K9ac ve H3K14ac modifikasyonları incelenmiştir. Bu araştırma, sadece tuzluluk stres toleransını değil, aynı zamanda çeltiğin epigenetik düzenlemesi hakkında da bir bilgi sağlayacaktır., Rice, which is the main food source for more than 50 % of the world’s population, is the most sensitive plant to salt among the cereal. Salinity is the main abiotic stress factor threatening food security and its impact is expected to increase over the next decade. Salty soils supresses the growth rates of plants by preventing the intake of water and nutrients and creates a toxic effect when the exposure time to stress increases. The transport of Na+, which is the basic element of the stress in here, into and/or out of the cell is carried out by transporters located in the plasma membrane (SOS1), tonoplast (NHX1) and endosomal areas (NHX5). These transporters maintain the pH balance and ion homeostasis of the cell. Recent developments suggest that epigenetic modifications are responsible for the stress tolerance by affecting gene expression of stress-related genes. While acetylation of histone lysines, which is one of the epigenetic modification types, generally induces euchromatin structure; deacetylation suppresses gene expression by causing heterochromatin structure. Understanding the genomic and metabolic changes triggered by stress will help to illuminate the conditions that affect yield in rice, but also in other cereal crops. Therefore, this study was designed to see the effects of epigenetic modifications on Na+ transporters (SOS1, NHX1, NHX5) in salt sensitive (IR28) and tolerant (Pokkali) rice varieties. H3K9ac and H3K27ac modifications were investigated using chromatin immunoprecipitation-quantitative PCR (ChIP-qPCR) method. This research will not only provide information about salinity stress tolerance, but also about the epigenetic regulation of rice.

Alzheimer hastalığı (AH), hafıza kaybı ve ilerleyici nörobilişsel işlev bozukluğu ile karakterize nörodejeneratif bir hastalıktır. 1906 yılında Alois Alzheimer tarafından ortaya konmuştur. Genom çapında ilişkilendirme çalışmalarının (GWAS) ve yeni nesil dizilemenin ortaya çıkmasıyla birlikte, Alzheimer hastalığının birçok genetik risk faktörü belirlenmiştir. Anjiyotensin dönüştürücü enzim geni (ACE) insersiyon/delesyon (I/D veya indel) polimorfizminin Alzheimer hastalığı (AH) ile ilişkisi farklı çalışmalarla ortaya çıkarılmıştır. Bu çalışmanın amacı, İzmir Çiğli Eğitim ve Araştırma Hastanesi Nöroloji Kliniğine başvurmuş ve Alzheimer hastalığı tanısı almış bireylerde ACE indel polimorfizminin Alzheimer hastalığı riski ile ilişkili olup olmadığını belirlemekti. Bu amaçla, 50 hasta ve 50 kontrol grubu bireyde ACE I/D gen polimorfizminin genotip ve alel frekansları analiz edildi ve karşılaştırıldı. DD (p=0,886), ID (p=0,516) ve II (p=0,165) genotiplerinin de, D (p=0.606) ve I (p=0.453) alellerinin de hasta ve kontrol grubu arasında anlamlı bir fark göstermediği ve bu nedenle çalışılan popülasyonunda indel polimorfizminin hastalık riskiyle bir ilişkisi olmadığı belirlendi. ACE indel polimorfizminin AH için bir biyobelirteç olarak kullanılabilmesi için ACE'nin hastalıkla ilişkisinin anlaşılması oldukça önemlidir. Gelecek çalışmalarda Türkiye'nin farklı bölgelerinden elde edilecek daha fazla örnekle çalışılması önerilmektedir., Alzheimer's disease (AD) is a neurodegenerative disease characterized by memory loss and progressive neurocognitive dysfunction. It was introduced in 1906 by Alois Alzheimer. By the development of genome-wide association studies (GWAS) and next-generation sequencing, many genetic risk factors for Alzheimer's disease have been identified. The association of angiotensin converting enzyme gene (ACE) insertion/deletion (I/D or indel) polymorphism with Alzheimer's disease (AD) has been revealed in different studies. The aim of this study was to determine whether ACE indel polymorphism is associated with Alzheimer's disease risk in individuals who applied to the Neurology Clinic of İzmir Çiğli Training and Research Hospital and were diagnosed with Alzheimer's disease. For this purpose, genotype and allele frequencies of ACE I/D gene polymorphism in 50 patients and 50 control individuals were analyzed and compared. No significant difference was detected in DD (p=0.886), ID (p=0.516) and II (p=0.165) genotypes and D (p=0.606) and I (p=0.453) alleles between the patient and control groups. Therefore no association was determined between AD and ACE indel polymorphism in the studied population. In order for the ACE indel polymorphism to be used as a biomarker for AD, it is very important to understand the relationship between ACE and the disease. It is recommended to study with more samples to be obtained from different regions of Turkey in future studies.

Paşalar fosil lokalitesi KB Anadolu'da Bursa- M. Kemalpaşa' ya ait Paşalar köyünün 2 km. güneyinde bulunur. Bilimsel kazı çalışmaları 1983 yılında başlamış ve halen devam etmektedir. Paşalar memeli faunası gerek tür gerekse elde edilen fosil sayısı açısından Türkiye'nin en zengin fosil yatağını oluşturmaktadır. Insectivora' dan Proboscidea' ya kadar geniş dağılım gösteren 60' dan fazla tür ile tanımlanır ki bunların arasında Hominoid üst ailesinin Griphopithecus alpani ve Kenyapithecus kizili örnekleri sayesinde Avrasya'nın en zengin Hominoid içeren fosil faunası olarak da bilinmektedir. Bu lokalite, geçmiş çalışmaların yırtıcı faunası hariç herhangi bir istatistiksel faunal analiz içermemektedir. Son sistematik çalışma 1994 yılında tamamlanmıştır. Günümüze kadar geçen 25 yıl içerisinde lokalitede "Carnivora, Artiodactyla, Perissodactyla, Proboscidea takımlarına ait 20000'in üzerinde fosilin öncel sistematik tayinleri Ankara ve Ege Üniversitesi paleontologları tarafından tamamlanmıştır. Tez konusu, Bovidae örneklerinin MNI metodu yardımıyla her bir cins/türe ait toplam birey bolluğu (yaş dağılımı ile birlikte) tespit edilmesini kapsar. Çalışmamızda paleoekolojik tabanda yaşıt Avrupa ve Afrika faunaları ile Paşalar faunası karşılaştırılarak yeni yorumlar ortaya konmuştur. Bu çalışma ülkemizde gerçekleştirilecek olan ilk fosil Bovidae faunal analiz çalışmasıdır., Pasalar fossil locality is located 2 km. south of Paşalar village of Mustafakemalpaşa-Bursa. Scientific excavations started in 1983 and still continue. Pasalar mammal fauna is the richest fossil fauna of Turkey in terms of both taxa and number of fossils. More than 60 species, widely distributed from Insectivora to Proboscidea, among which it is known as the richest Hominoid bearing fossil fauna of Eurasia, thanks to the Hominoid taxa: Griphopithecus alpani and Kenyapithecus kizili. Previous studies on this locality did not include any statistical faunal analysis except for the carnivora fauna. The last systematic study was completed in 1994. In the past 25 years, the prior systematic determination of more than 20000 fossils belonging to "Carnivora, Artiodactyla, Perissodactyla, Proboscidea" has been completed by the paleontologists from Ankara and Ege University. The subject of the thesis is to determine the total abundance of Bovidae fauna with MNI methods. In this sudy, new interpretations will be revealed by comparing the Paşalar fauna with the coeval European and African faunas on paleoecological basis. This type of MNI study on fossil Bovids is the first one to be conducted in our country.

Glikoproteinlerin yapısal çeşitliliğini arttıran kompleks glikozilasyon çok hücreli organizmalar için temel gereksinimdir. Protein glikozilasyonunda meydana gelen değişiklikler birçok insan kanserinde gösterilmiştir. Glikozilasyon hücresel büyüme davranışları, metastatik potansiyelin birikimi ve invazyon gibi tümörijenik özellikleri etkiler. Glikan yapılar sıklıkla sialik asitle sonlanırlar. Hücrenin biyolojik kimliklenmesinin önemli moleküllerinden biri olan ve hücre yüzeyinde bulunan sialik asitlerin metabolizmasını yöneten sialiltransferazlar, sıklıkla hücrenin çevresiyle etkileşimde gerçekleşen olaylarla ve kendi içsel olaylarındaki değişimlerin sebeplerinden biridir. İnsan reprodüktif dokularından biri olan endometrium kaynaklı kanser jinekolojik kanserlerin en yaygınıdır. Histolojik tiplendirmeye göre endometrial kanserler ikiye ayrılır; Tip I ve Tip II. Çalışmamızda Tip1 Endometrium Kanserli olgularda bağ tipinin belirlenmesi ve bu bağlanmaya etki eden sialiltransferazların ekspresyon seviyelerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla 2019-2021 yılları arasında Dokuz Eylül Üniversite Hastanesi'nde Tip1 Endometrium CA tanısı almış ve bu tanı sebebiyle ameliyat edilmiş, olgular değerlendirildi. Olguların frozen işlemi sırasında alınan örnekleri mRNA izolasyonu yapıldıktan sonra sialiltransferaz ekspresyonu Real-time Polimeraz Chain Reaction yöntemi ile belirlendi. Yüzey fenotipinin belirlenmesinde sialik asit bağlanma tipleri Likit cramatografi-Mass Spectrofotometri yöntemi ile belirlendi. LC/MS-MS sonuçları değerlendirildiğinde tip 1 endometrium kanserinde hücre yüzeyinde, kanserli hücreler ve kontrol grubu hücreleri karşılaştırıldığında Neu5Ac, Neu5Gc ve KDN seviyelerinde anlamlı bir fark görülmemiştir. Karşılaştırmalı analizlerle ST3Gal6, ST6GalNAc2 ve ST6GalNAc4 genlerinin ifadelenmesi tip 1 Endometrium kanserli dokularda istatistiksel olarak azalmış olarak gösterilmiştir. Sonuç olarak, tip 1 endometrium kanserinde ST3Gal6, ST6GalNAc2 ve ST6GAlNAc4 transferaz enzimlerinin seviyelerindeki değişikler kanserin immün kaçışını sağlama ihtimali olduğunu ve bu açıdan bakıldığında immün terapide uygulanabilme ihtimali olduğunu ortaya koymaktadır., Complex glycosylation, which increases the structural diversity of glycoproteins, is a basic requirement for multicellular organisms. Changing in protein glycosylation have been demonstrated in many human cancers. Glycosylation influences tumorigenic features such as cellular growth behaviors, accumulation of metastatic potential, and invasion. Glycan structures often terminate in sialic acid. Sialic acids are one of the important molecules of the biological identity of the cell. Sialic acids are located at the top of the glycocalyx of the cell. Sialyltransferases are the main enzymes that determine the location of sialic acids. They are often one of the reasons for the differentiation of the cell's environment and its own internal events. Cancer originating from the endometrium, one of the human reproductive tissues, is the most common of gynecological cancers. According to histological typing, endometrial cancers are divided into two; Type I and Type II. In our study, it was aimed to determine the binding phenotypes and to determine the expression levels of sialitransferases that affect this binding in cases with Type 1 Endometrial Cancer. For this purpose, the cases who were diagnosed with Type 1 Endometrium Cancer at Dokuz Eylül University Hospital between 2019-2021 and were operated for this diagnosis were evaluated. Sialitransferases expression was determined by Real-time Polymerase Chain Reaction method after mRNA isolation of the samples taken during the frozen procedure. In the determination of the surface phenotype, sialic acid binding types were determined by Liquid Chromatography-Mass Spectrophotometer method. LC/MS-MS results were evaluated; comparing the cell surface Neu5Ac, Neu5Gc and KDN levels, in between type 1 endometrial cancer and control group cells there was no significant difference. Comparative analyzes showed that expression of ST3Gal6, ST6GalNAc2 and ST6GalNAc4 genes was statistically decreased in tissues with type 1 endometrial cancer. In conclusion, changes in the levels of ST3Gal6, ST6GalNAc2 and ST6GAlNAc4 transferase enzymes in type 1 endometrial cancer reveal that the cancer is likely to provide immune escape, and from this perspective, it can be applied in immune therapy.

Hücresel salgı proteinleri ve membran proteinleri granüllü endoplazmik retikulumda (GER) sentezlenmektedir. GER’da sentezlenen salgı proteinleri, endoplazmik retikulum (ER) lümeninde katlanmakta ve posttranslasyonel modifikasyonlara uğramaktadır. Yüksek sıcaklık, tuz stresi gibi abiyotik stresler ER’de yanlış katlanmış veya katlanmamış proteinleri arttırarak ER stresine neden olmaktadır. ER stresi katlanmamış protein yanıtını uyararak hücrenin protein katlama kapasitesini arttırmaktadır. Salgı peptidleri olan CLE peptidleri de ER’de katlanmakta, modifikasyonlara uğramakta ve son hallerini burada almaktadır. CLE peptidleri bitki büyüme ve gelişminde işlev görmektedir. Bu peptidlerin kök ve sürgün apikal meristem homeostazının koruması, vasküler gelişim ve stoma hareketlerinin düzenlenmesi gibi birçok rolü olduğu bilinmektedir. Fakat Arabidopsis thaliana’nın endoplazmik retikulum stresine verdiği yanıtlarda CLE peptidlerinin rolü hakkında literatürde hiçbir çalışma bulunmamaktadır. Bu çalışmada çeşitli konsantrasyonlarda tunikamisin ajanı uygulanarak ER stresi uyarılan A.thaliana bitkisinde CLE peptidlerinin rolleri araştırılmıştır. Sonuçlara göre CLV3, CLE4, CLE10, CLE21, CLE22, CLE27, CLE41, CLE44, CLE45, BAM3, CLE2, CLE5, CLE6, CLE40 genlerinin ER stresiyle ilişkili olduğu tespit edilmiştir., Cellular secretory proteins and membrane proteins are synthesized in the rough endoplasmic reticulum (ER) to undergo posttranslational modifications. Abiotic stresses such as high temperature and salt stress cause ER stress by increasing the misfolded or unfolded proteins in the ER. ER stress induce the unfolded protein response by increasing the protein folding capacity of the cell. CLE peptides are secretory peptides and has function in plant growth and development. They are fold in ER, and undergo modifications to gain their final form here. These peptides are known to have many roles such as the maintenance of root and shoot apical meristem homeostasis, vascular development and regulation of stomatal movements. There is no research in the literature on the role of CLE peptides in Arabidopsis thaliana's response to endoplasmic reticulum stress. In here, we investigated the roles of CLE peptides on the ER stress in A. thaliana by using different concentrations of ER stress inducer compund Tunicamycin. According to the results CLV3, CLE4, CLE10, CLE21, CLE22, CLE27, CLE41, CLE44, CLE45, BAM3, CLE2, CLE5, CLE6, CLE40 genes were found that are related with ER stress.

Bu tez çalışmasında, karasal ve sucul habitatlardaki farklı bitkilerden izole edilmiş aktinobakterilerden lipaz enzimi üretimi kalitatif ve kantitatif olarak taranmıştır. İzole edilen 42 aktinobakteriden, en yüksek lipaz aktivitesinin görüldüğü CYP30 izolatı aktinobakteri grubu üyesi Streptomyces sp.'dir. Kalitatif taramalar Rhodamine B boyası ve zeytinyağı içeren Aktinomiset İzolasyon Agar ve Modifiye Thermoactinomycetes Agar ortamında yapılmıştır. Kalitatif tarama UV ışık altında lipaz enzimi üretiminin pozitif olduğunu gösteren besiyeri üzerindeki turuncu haleler ile belirlenmiştir. 42 izolattan 22'si lipaz enzimi üreticisi olarak belirlenmiştir. Optimizasyon aşamasında çeşitli karbon, organik, inorganik azot kaynakları, ticari yağlar, sıcaklık ve üretim ortam pH'sının etkisi incelenmiştir. CYP30 (Accesion No: MK254643) izolatının en yüksek lipaz aktivitesini 4. günde 45,50 U/L olarak bulunmuştur. En yüksek lipaz aktivitesi % 1 ayçiçek yağı içeren besiyerinde, karbon kaynağı olarak gliserol, azot kaynağı olarak pepton kullanımında pH 7,2'de belirlenmiştir. Enzim membran filtrasyon ve ultrafiltrasyon yöntemi ile kısmi saflaştırılmıştır. Karakterizasyonu yapılan enzim aktivitesi Ca+2 ve Mg+2 metal iyonu varlığında önemli ölçüde artmış Fe+2, Mn+2 ve Cu+2 varlığında azalmıştır. 30-50 °C aralığında % 50'den fazla aktiviteye sahipken optimum aktiviteyi 30 °C'de gösterdiği ve 40 °C'den yüksek sıcaklıklarda aktivitesinin giderek azaldığı, deterjanlar varlığında ise enzimin aktivitesinin % 85 oranında azaldığı gösterilmiştir. Bu özellikler, yağlı atık su arıtımında kullanılabilir bir potansiyele sahip enzim olduğunu göstermektedir., In this thesis, the production of lipase enzyme from actinobacteria isolated from different plants in terrestrial and aquatic habitats was screened qualitatively and quantitatively. Among the 42 isolated actinobacteria, the CYP30 isolate with the highest lipase activity is Streptomyces sp., a member of the actinobacteria group. Qualitative screenings were performed on Actinomycete Isolation Agar and Modified Thermoactinomycetes Agar medium containing Rhodamine B dye and olive oil. Qualitative screening was determined by orange halos on the medium indicating positive lipase enzyme production under UV light. Of the 42 isolates, 22 were identified as lipase enzyme producers. In the optimization phase, the effects of various carbon, organic, inorganic nitrogen sources, commercial oils, temperature and pH of the production environment were investigated. The highest lipase activity of CYP30 (Accesion No: MK254643) isolate was found to be 45.50 U/L on the 4th day. The highest lipase activity was determined at pH 7,2 in the medium containing 1 % sunflower oil, using glycerol as carbon source and peptone as nitrogen source. The enzyme was partially purified by membrane filtration and ultrafiltration methods. Characterized enzyme activity increased significantly in the presence of Ca+2 and Mg+2 metal ions and decreased in the presence of Fe+2, Mn+2 and Cu+2. It has been shown that while it has more than 50 % activity in the range of 30-50 °C, it shows optimum activity at 30 °C, and its activity gradually decreases at temperatures higher than 40 °C, while the activity of the enzyme decreases by 85 % in the presence of detergents. These properties indicate that it is an enzyme with potential usable in oily wastewater treatment.

Fenoller, rafineriler gibi birçok ağır sanayinin deşarj atık sularında bulunmakta olup çıkış suyunda tat ve koku problemlerine sebep olan toksik kimyasallar sınıfında değerlendirilen bir birleşiktir. Fenol ve fenolik türevler, teratojenik, toksik, kanserojen ve mutajenik özellikler nedeniyle tehlikeli olan en iyi bilinen aromatik bileşikler arasındadır ve bunların ortamdan uzaklaştırılması önemlidir. Bu tez çalışmasında PETKİM Petrokimya Holding A.ġ atık su arıtma ünitesinden ve Evka-3 Garaj çamurundan alınan örneklerden fenol ve çeşitli fenolik bileşikleri biyodegradasyon yeteneğindeki etkin mikroorganizma kültürlerinin seçilerek izolasyonu, tanımlanması ve parçalama etkinliklerinin belirlenmesi yapılmıştır. İzole edilen 3 türün Lactococcus garvieae, Microbacterium arabinogalactanolyticum ve Brevundimonas diminuta olduğu belirlenmiş ve biyodegradasyon etkinlikleri HPLC analizleri ile değerlendirilmiştir. Yapılan denemeler sonucunda fenol için; 30oC‘de Lactococcus garvieae % 100 , 25oC‘de Microbacterium arabinogalactanolyticum % 100, ve Brevundimonas diminuta ise % 100 oranında biyodegradasyon etkinliği göstermiştir. Fenolik bileşik olan 2,4 DNP için yapılan analizler sonucunda ise 25oC‘de Microbacterium arabinogalactanolyticum % 100 oranında biyodegradasyon etkinliği gösterdiği belirlenmiştir., Phenol is a compound which is considered as a toxic chemical being found in the discharged wastewater of many heavy industries such as refineries and phenols causes the problem of taste and smell in the discharged water. Phenol and phenolic derivatives are among the best known aromatic compounds that are dangerous due to their teratogenic, toxic, carcinogenic and mutagenic properties and it is important to detract it from the environment. In the thesis study, effective microorganism cultures with biodegradabilitywere selected from phenol and various phenolic compound samples taken from the wastewater treatment unit of PETKĠM Petrokimya Holding incorporated company and Evka-3 Garage sludge, and the isolation, identification and determination of their degradation efficiencies were carried out. Isolated three types Lactococcus garvieae, Microbacterium arabinogalactanolyticum, and Brevundimonas diminuta have been determined and biodegradation efficiencies were evaluated by HPLC analysis. As a result of the experiments, biodegradation efficiency For phenol was shown as 100 percent of Lactococcus garvieae at 30 degress, 100 percent of Microbacterium arabinogalactanolyticum at 25 degrees , and 100 percent of Brevundimonas diminuta accordingly. As a result of the analyses for the phenolic compound 2.4 DNP, it has been determined that Microbacterium arabinogalactanolyticum shows biodegradation efficiency for 100 percent at 25 degrees.

Araştırmanın ilk basamağında, blastula aşamasındaki zebra balığı (Danio rerio) embriyolarından izole edilen kök hücrelerin iki boyutlu (2D) kültürleri yapıldı. Kültür kaplarının kaplanmasında ilk kez uygulanan serisin ekstraktı, daha başarılı kültivasyon için kullanışlı bir biyomateryal olarak not edildi. Ayrıca asılı damla sferoid ve biyobaskı yöntemleriyle gerçekleştirilen üç boyutlu (3D) kültürlerde fizyolojik gerçekliği daha iyi taklit edebilecek bir hücresel model elde edebilmek için yenilikçi bir çözüm olarak, kartezyen bir biyoyazıcı ile özgün bir biyomürekkep tasarlanıp geliştirildi. İkinci basamakta ise tehditkâr bir çevre kirleticisin, di-2-etilhekzil fitalat'ın (DEHP) etkilerini değerlendirmek için 2D ve 3D kültürler kullanıldı. LC50 değeri hesaplanan DEHP hücre kültürlerine subletal konsantrasyonlarda ve 24, 48 ve 72 saat süreyle uygulandı. klf4, pou5f1 ve cyp19b gen ifadeleri pluripotensi ve endokrin engelleyici biyobelirteçleri olarak istatistiksel anlamda değerlendirildi. Hücre döngüleri ile katalaz, süperoksit dizmutaz ve glutatyon peroksidaz enzimlerinin antioksidatif etkinliklerindeki sayısal değişimler ölçülüp karşılaştırıldı. Beklenildiği üzere konsantrasyon ve uygulama süresine bağlı olarak, Uygulamadan sadece gen ifadeleri değil hücre çevrimleri ve enzim etkinlikleri de önemli ölçüde etkilendi. 3D hücre kültürleri, sergiledikleri en yüksek duyarlılığa dayanılarak, kimyasalların etki mekanizmaları ile ekotoksikolojik risklerinin belirlenmesinde şiddetle önerilen materyaller olarak değerlendirildi., Stem cells isolated from blastula-staged zebrafish (Danio reiro) embryos were two-dimensionally (2D) cultured at first step of the study. Sericin extracts that firstly used to coat culture flasks, were noted as practicable biomaterial for better cultivation. Three-dimensional (3D) cultures were also performed via hanging drop spheroid formation and bioprinting methods. In order to maintain a cellular model that better mimic the physiological reality, a novel cartesian bioprinter, and a specific bioink were designed, developed and tested as innovative solutions for 3D culture. At second step, 2D and 3D cultures were used to evaluate the effects of di-2- ethylhexyl phthalate (DEHP), a threatening environmental contaminant. LC50 value of DEHP was calculated, cell cultures were exposed to sublethal concentration of the chemical for 24, 48 and 72 hours. The expressions of the genes of klf4, pou5f1, and cyp19b, were statistically interpretated as biomarkers for pluripotency, and endocrine-disruption, respectively. Quantitative changes of cell cycles and the levels of the antioxidative activities of catalase, superoxide dismutase and glutathione peroxidase were also measured and compared. Not only gene expressions but also cell cycles and enzymatic activities were definitely affected by DEHP treatments, as expected. The effects of DEHP were noted as concentration- and time-dependent. Based on their most sensitivity to exposition, 3D cultures are evaluated as highly recommended materials to determine the mode of action and ecotoxicological risk assessment of the chemicals.

Bu tez çalışmasında, Bozdağlar'da (İzmir/Manisa) yayılışı tespit edilen likenlerin kemotip zenginliği incelenmiştir. Bozdağlar kabaca doğu-batı yönünde uzanan yaklaşık 130 km uzunluğunda 30 km genişliğinde olan dağ sırasıdır. 9 Temmuz 2016 – 14 Mayıs 2017 tarihleri arasında toplanan likenler, içerdikleri sekonder metabolitleri açısında incelenmiştir. 127 tür ve türaltı taksonda yaptığımız çalışmada, 52 taksonun kromatografisinde liken sekonder matoboliti tespit edilemezken, kalan 75 taksonda 53 farklı liken sekonder metaboliti belirlenmiştir. HPTLC ile yaptığımız bu analizlerde, teşhis ettiğimiz her liken sekonder metabolitinin alıkonma değerleri verilmiş ve her örnekte bulunan liken sekonder metabolitlerinin içerikleri çizelgeler halinde verilmiştir. 127 taksondan 7'si daha önceden Türkiye'den çalışılmış olup, 120'si Türkiye'den ilk defa çalışılmıştır ve günümüze kadar Türkiye'den toplanmış 95 taksonun liken sekonder matobiliti bilinirken, tezimizde bu sayı 215'e yükselmiştir. Son olarak, morfolojik olarak ayrımı mümkün olmayan türlerin teşhisi kromatografi yardımıyla gerçekleştirilebilmiştir., In this study the lichen biodiversity of Bozdaglar Mountain Chain was investigated. Bozdaglar is a mountain line that is 130 km in length and 30 km in width from east to west direction. This study started from 9th july in 2016 till 14th May in 2017. In total, 127 intraspecific taxa were examined. No lichen substance was dedected by HPTLC on 52 taxa, whereas 53 different lichen secondary metabolites form 75 lichen taxa were identified. Rf values for each lichen secodary compound are provided. 120 out of 127 taxa were not studied chromatoraphically in previous studies on lichens collected from Turkey, Currently, lichen secondary substances of 95 intraspecific taxa collected from Turkey was known, and this number is increased to 215 by this thesis. At last, lichens that were not able to identify on morphologial characters, were able to indentify because of applying chromatographic method.

Alzheimer hastalığı, hastaların yaşam kalitesini düşüren ve beklenen yaşam süresini kısaltan nörodejeneratif bir rahatsızlıktır. Geçtiğimiz yıllarda yapılan iki büyük Genom Çapında İlişkilendirme (GWAS) çalışmasında Alzheimer hastalığı gelişme riski ile üç farklı genin (CLU, PICALM, CR1) ilişkili olduğunu saptanmıştır. Belirlenen üç gen arasından en güçlü ilişki CLU geninde saptanan varyantlar için bildirilmiştir. CLU geni için tespit edilen riskli varyantlardan biri de rs11136000 mutasyonudur. Gerçekleştirilen bu tez çalışmasında; İzmir ili dahilinde örneklenmiş Alzheimer hastaları ve sağlıklı kontrol bireylerde, CLU geni rs11136000 SNP mutasyonunun varlığı ve frekansı PZR-RFLP yöntemi ile analiz edilmiştir. Çalışma sonunda rs11136000 lokusu için tüm hasta ve sağlıklı bireylerde RFLP analizi sonrası iki varyant ve üç genotip tespit edilmiştir. Tespit edilen varyantlar hem hasta populasyonunda hem de sağlıklı kontrol grubunda benzer frekanslarda gözlenmiştir. Gerçekleştirilen istatistiksel analizlerde gözlenen varyantlar ve frekansları bakımından iki grup arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmamıştır (p>0.05). Alzheimer hastalığının gelişimi multifaktöriyeldir ve oluşum yolakları karmaşıktır. Olası faktörlerin içinde farklı lokuslarla ilişkilendirilmiş genetik katkılar da mevcuttur. Literatürde ayrıca; farklı etnik gruplarda gerçekleştirilen genetik çalışmalar, farklı DNA lokuslarını işaret edebilmektedir. Farklı ülkelerde, farklı etnik köken ve populasyondan daha çok birey ve daha çok lokusu kapsayan çalışmalar artttıkça, bu hastalığın genetik temelleri de gün yüzüne çıkacaktır., Alzheimer's disease is a neurodegenerative disorder that reduces the life quality of patients and shortens the life expectancy. In two large Genome Wide Association (GWAS) studies conducted in the past years, it was determined that three different genes (CLU, PICALM, CR1) were associated with the risk of developing Alzheimer's disease. Among the three identified genes, the strongest association was reported for the variants detected in the CLU gene. One of the risky variants detected for the CLU gene is rs11136000. In this thesis study; the variants of the rs11136000 loci on the CLU gene and their frequencies were analyzed by the PCR-RFLP method in patients with Alzheimer's disease sampled in Izmir as well as the healthy control individuals. The results revealed 2 variants with three genotypes. The detected variants were observed both tin he patient population and in the healthy control group with approximate frequencies. No significant difference (p>0.05) was found between sick and healthy groups the in terms of variants, genotypes and their frequencies. The development of Alzheimer's disease is multifactorial, and its formation pathways are complex. These possible factors include contributions of different genetic loci. As seen in the literature, genetic studies performed in different ethnic groups or populations may indicate different DNA loci. As studies employing more genetic loci and involving more individuals from different ethnicities and populations increase, the genetic basis of this disease will come to light.

Mevcut çalışmada Mahmuzlu Yılan’a (Eryx jaculus) ait toplam 418 (133 ♂♂, 183 ♀♀, 85 juvenil, 17 bilinmiyor) örnek incelenmiştir. Söz konusu türün Avrasya ve Afrika’daki tüm dağılış alanları literatür ve zoocoğrafik etmenler dikkate alınarak altı farklı grup şeklinde değerlendirilmiş ve yapılan istatiksel çalışmalarla bu gruplar arasındaki benzerlik ya da farklılıklar ortaya konulmuştur. İstatiksel analiz sonuçlarına göre, Kuzey Afrika Grubu (Grup 6) ve diğer gruplar (Grup 1, 2, 3, 4, ve 5) arasında Praefrontale (PR), Gözler arasındaki pul sayısı (GAP), Göz etrafındaki pul sayısı (GEPS), Göz ile Supralabialler arasındaki pul sayısı (GSP), Supralabialia (SPL), Sublabialia (SBL), Ventrale sayısı (V) ve Sırt pul sayısı orta (SPo) folidosis karakterleri bakımından farklılık tespit edilmiştir. Grup 4 ve Grup 5 Göz etrafındaki pul sayısı (GEPS) folidosis karakterleri bakımından aralarında farklılık gösterirken diğer folidosis karakterleri bakımından ise aralarında benzer olduğu görülmüştür. Bununla birlikte, folidosis karakterleri bakımından bir tarafta Grup 1 ve Grup 2 kendi içinde benzer; diğer tarafta Grup 3, Grup 4 ve Grup 5 yine kendi içlerinde benzer ve Grup 6 diğer Gruplardan farklı bulunmuşlardır. Kuzey Afrika örneklerinde genellikle Internasalia'nın arkasında temas halinde üç tane büyük plak olduğu ve diğer dağılış alanlarındaki örneklerde ise genellikle Internasalia'nın arkasında temas halinde iki tane büyük plak olduğu tespit edilmiştir. Dolayısıyla yukarıda bahsedilen hususlardan Kuzey Afrika Grubu diğer gruplardan bariz olarak ayrılmaktadır. Ayrıca Ventrale sayısı (V), Sırt pul sayısı ön (SPö) ve Subcaudale sayısı (SC) folidosis karakterleri cinsiyete göre tüm gruplarda farklılık göstermektedir. Elde edilen sonuçlar değerlendirildiğinde Kuzey Afrika populasyonu Eryx jaculus (LINNAEUS, 1758) ve bunun dışında kalan Avrasya populasyonu ise Eryx turcicus (OLIVIER, 1801) olarak alınmasının uygun olacağı kanaati oluşmuştur., In the current study, totally 418 (133 ♂♂, 183 ♀♀, 85 juvenil, 17 unknown) Javelin Sand Boa (Eryx jaculus) have been examined. All the distribution areas of the aforementioned species in Eurasia and Africa has been examined in 6 different groups considering the literary and zoogeographic factors and through the statistical studies, the similarities and differences between these groups have been put forward. According to the statistical results, the differences have been determined between the North Africa Group (Group 6) and the other groups (Group 1,2,3,5 and 5) with respect to the folidosis chracters of Praefrontale (PR), the number of scales between the eyes (BE), the number of scales around the eyes (E) and the number of scales between the eye and supralabials (LAB), Supralabialia (SPL), Sublabialia (SBL), number of ventral scales (VS), and the number of dorsal scales at midbody (SQ.M). Group 4 and Group 5 varies in respect to the folidosis characters of the number of the scales around the eye (E) and it is seen that, in respect to the other folidosis characters of characters, there are similarities. At the same time ,it is determined that ,with respect to the folidosis character, on one side, Group 1 and Group 2 has similar features; on the other side Group 3, Group 4 , Group 5 have similar features and group 6 is different from the other groups. In the North Africa species, it is detected that there are generally three large shields in contact with the Internasalia from behind and in other distribution samples, there are generally two large shields in contact with the Internasalia from behind. So, the North Africa Group among the groups mentioned above clearly parts from the other groups. Also the folidosis character of the number of Ventrale (V), the number of dorsal scales at one head-length after head (front) (SQ.F) and number of subcadual scales (ScdS) varies in respect to the gender in all groups. When the results obtained are evaluated, we came to a conclusion that it is fair to call the North Africa Population Eryx jaculus (LINNAEUS, 1758) and the other population; the Eurasian population Eryx turcicus (OLIVIER, 1801).

Bu çalışmada, Çıldır Gölü’nde yaşayan amfibi türlerinin ve dağılışlarının belirlenmesi, popülasyonların yapısı, yaşı ve markala tekrar yakala yöntemi ile popülasyon büyüklüklerinin hesaplanması amaçlanmıştır. Elde edilen verilere göre; göl ve yakın çevresinde Ova Kurbağası [Pelophylax ridibundus (Pallas, 1771)], Uludağ Kurbağası [Rana macrocnemis Boulenger, 1885], Değişken Desenli Gece Kurbağası [Bufotes sitibundus (Pallas, 1771)]ve Kafkas Siğilli Kurbağası [Bufo verrucosissimus (Pallas, 1814)] türlerinin varlığı tespit edilmiştir. Daimi 4 istasyonda Nisan 2017 – Temmuz 2018 tarihleri arasında ilkbahar ve yaz aylarında; B. verrucosissimus’a ait 4 birey (2 ♂♂, 2♀♀), B. sitibundus’a a ait 155 birey (5 genç, 86 ♂♂, 64 ♀♀), P. ridibundus’a ait 2715 birey (558 genç, 1158 ♂♂, 999 ♀♀) ve R. macrocnemis 2400 birey (496 genç, 1045 ♂♂, 859 ♀♀) markalanmıştır. Mevsime göre popülasyon büyüklüğü, P. ridibundus’ta 294 – 621 birey ve R. macrocnemis’te 277 – 514 birey arasında değişmektedir. Pollock’un Sağlam Dizaynı ile iki yıllık popülasyon büyüklüğü P. ridibundus’ta 553 – 789 birey ve R. macrocnemis’te 404 – 655 birey arasında değişmektedir. Ortalama yakalanma olasılığı P. ridibundus için 0,09 – 0,10 ve R. macrocnemis için 0,08 – 0,11 aralığında hesap edilmiştir. Ortalama hayatta kalma oranı P. ridibundus’ta 0,40 – 0,60 ve R. macrocnemis’te ise 0,24 – 0,56 aralığındadır. P. ridibundus, R. macrocnemis ve B. sitibundus popülasyonlarının tümünün erkek eğilimli olduğu tespit edilmiştir. Ortalama yaş; P. ridibundus’ta 5,28 yıl (2 – 9), R. macrocnemis’te 4,32 yıl (2 – 6) ve B. sitibundus’ta 5,55 yıl (3 – 9) olarak tespit edilmiştir. Tüm türlerin hibernasyondan çıkışlarının Nisan ayının 2. yarısında, üreme döneminin Nisan sonu-Haziran ayı aralığında ve metamorfozun P. ridibundus’ta 55 – 125 gün, R. macrocnemis’te 44 – 124 gün ve B. sitibundus’ta 56 – 128 gün arasında tamamlandığı gözlenmiştir. Türlere yönelik potansiyel tehdiler tartışılmıştır., In this study, it is aimed to determine the amphibian species living in Lake Çıldır and their distribution, to calculate the structure and sex ratio of the populations, to determine the age of the populations, to calculate the population sizes by catch and recapture method. According to the data obtained; Marsh Frog [Pelophylax ridibundus (Pallas, 1771)], Uludag Frog [Rana macrocnemis Boulenger, 1885], Variable Toad [Bufotes sitibundus (Pallas, 1771)] and Caucasian Toad [Bufo verrucosissimus (Pallas, 1814)] species have been identified. Between April 2017 – July 2018, in the spring and summer at 4 permanent stations; 4 specimens (2 ♂♂, 2 ♀♀) belonging to B. verrucosissimus, 155 specimens (5 young, 86 ♂♂, 64 ♀♀) belonging to B. sitibundus, 2715 specimens belonging to P. ridibundus (558 young, 1158 ♂♂, 999 ♀♀) and R. macrocnemis 2400 specimens (496 young, 1045 ♂♂, 859 ♀♀) were marked. According to the stations, population size varies between 294 – 621 specimens in P. ridibundus and 277 – 514 specimens in R. macrocnemis. According to Pollock's Robust Design formula, the population size of two years varies between 553 – 789 in P. ridibundus and 404 – 655 specimens in R. macrocnemis. The mean probability of detection was calculated between 0.09 - 0.10 for P. ridibundus and 0.08 - 0.11 for R. macrocnemis. Average survival rate is between 0.40 - 0.60 in P. ridibundus and 0.24 - 0.56 in R. macrocnemis. All of the P. ridibundus, R. macrocnemis and B. sitibundus populations were found to be male predisposed. Average age among species; It has been determined as 5.28 years (2 – 9) in P. ridibundus, 4.32 years (2 – 6) in R. macrocnemis, and 5.55 years (3 – 9) in B. sitibundus. It was observed that all species exit from hibernation in the second half of April, their breeding period was between the end of April – June, and the metamorphosis was completed between 55 – 125 days in P. ridibundus, 44 – 124 days in R. macrocnemis and 56 – 128 days in B. sitibundus. The potential threat on species were also discussed.

Bu çalışmada önemli tıbbi sülük türleri Hirudo verbana ve Hirudo sulukii’nin vücut duvarında epidermis histolojisi ve salgı hücresi tiplerinin belirlenip çeşitli histokimyasal boyamalarla salgı hücrelerinin boyanma özelliklerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Ayrıca epidermis epitel hücre alanları, salgı hücre tiplerinin alanları ve salgı hücrelerinin histokimyasal boyalarla (Periodic Acid Schiff (PAS)) ve (Alcian Blue (AB)) boyanan salgı alanları her iki türde istatistiksel olarak karşılaştırılmıştır. Basit tek tabakalı silindirik epitel ve salgı hücrelerinden oluşan epidermisin üstünde epitel hücrelerinin salgısı olan kütikula tabakası bulunur. Epidermise yakın bölgede Tip 1 olarak isimlendirilen salgı hücrelerinden bazıları armut şekilli salgı hücreleri olarak belirlenmiştir. Vücut duvarının iç taraflarına doğru dermisten itibaren Tip 2a ve Tip 2b hücreleri gruplar halinde yer almaktadır. Epidermise yakın salgı hücreleri PAS ve AB ile zayıf boyanırken, Tip 2a daha koyu, Tip 2b salgı hücreleri ise en koyu hücreler olarak belirlenmiştir. Çizgili kas tabakası halkasal, boyuna ve oblik yerleşim göstermektedir. İstatistiksel veriler epitel ve salgı hücrelerin alanlarının genel olarak H. sulukii’de daha büyük olduğunu göstermektedir. Bu durum H. sulukii’nin H. verbana’ya göre daha dayanıklı bir tür olduğunu düşündürmektedir. Hem PAS hem AB boyamaları neticesinde salgı hücrelerinin salgı alanının genel olarak H. sulukii’de daha fazla olması iki tür arasında mukus içeriği bileşenlerinin farklı yoğunlukta olduğunu göstermektedir., In this study, it was aimed to investigate the staining properties of secretory cells via histochemical stains and determine secretory cell types and epidermis histology in the body wall of important medicinal leeches called Hirudo verbana and Hirudo sulukii. In addition, areas of epidermis epithelial cells, areas of secretory cell types and secretory areas of secretory cells stained with histochemical stains (Periodic Acid Schiff(PAS) and Alcian Blue(AB)) were statistically compared in both species. The cuticle layer is located on the epidermis consisting of simple monolayer cylindrical epithelium and secretory cells. From some Type 1 cells located close to the epidermis were determined as pearshaped secretory cells. Type 2a and Type 2b cells are located in groups starting from the dermis towards the inner sides of the body wall. While the secretory cells close to the epidermis were stained weak with PAS and AB, Type 2a cells were darker and Type 2b secretory cells were the darkest cells. The striated muscle layer is located circular, longitudinally and obliquely. Statistical calculations showed that areas of epithelial and secretory cells are generally larger in H. sulukii than H. verbana. Therefore, it is considered that H. sulukii is more resistant species than H. verbana. Since both PAS and AB staining methods showed that secretory areas of secretory cells were larger in H. sulukii, we concluded that mucous composition between two species was different concentration.

Bu çalışmada neonikotinoid bir insektisit olan Acetamiprid’in Xenopus laevis türünün embriyo ve larvaları üzerindeki toksik ve teratojenik etkileri araştırılmıştır. Uygun laboratuvar koşullarında FETAX test prosedüründen yararlanılarak gerçekleştirilen akut toksisite testleri sonunda Acetamiprid’in X. laevis embriyo ve larvaları üzerindeki LC10, LC50, LC90 ve TI değerleri belirlenmiştir. Ayrıca gerçekleştirilen kronik toksisite testleriyle maddenin uzun süreli etkileri de tesbit edilmiştir. Elde edilen verilerin istatistiksel değerlendirmesi SPSS 20 (SPSS Inc., USA) istatistik programı aracılığıyla Probit Regresyon Analizi, One Way ANOVA varyans analizi ve Kruskal Wallis analizi kullanılarak gerçekleştirilmiştir. 96 saatlik akut testlerin sonuçlarına göre Acetamiprid’in X. laevis embriyo ve larvaları için toksik ve teratojenik etkiye sahip olduğu belirlenmiştir. Akut toksisite testlerinde kullanılan larvalarda büyümede gerileme ve çeşitli malformasyonlar gözlenmiştir. Gerçekleştirilen kronik toksisite testlerinin sonucunda ise Acetamiprid’in düşük konsantrasyonlarının X. laevis embriyo ve larvaları üzerinde muhtemel bir hormetik etkiye yol açarak büyümeyi indüklediği ortaya konmuştur., In this study, the toxic and teratogenic effects of Acetamiprid, a neonicotinoid insecticide, on embryos and larvae of Xenopus laevis were investigated. LC10, LC50, LC90 and TI values of Acetamiprid on X. laevis embryos and larvae were determined by acute toxicity tests using FETAX test procedure under appropriate laboratory conditions. In addition, long-term effects of the substance were also detected by chronic toxicity tests. Statistical assessment of the obtained data was performed using Probit Regression Analysis, One Way ANOVA variance analysis and Kruskal Wallis analysis via SPSS 20 (SPSS Inc., USA) statistical program. According to the results of the 96 hours of acute tests, Acetamiprid was found to have toxic and teratogenic effects for X. laevis embryos and larvae. Decrease in growth and various malformations were observed in larvae used in acute toxicity tests. As a result of the chronic toxicity tests, it was shown that low concentrations of Acetamiprid affect growth positively by causing a possible hormetic effect on X. laevis embryos and larvae.

Bu güne değin bilinenlere göre, bitkilerde rekombinasyonlar meydana getirebilmek ancak melezleme yoluyla mümkün olabilmektedir. Melezleme yoluyla bir araya getirilen hücrelerin çekirdekleri kaynaşmakta ve çekirdek içerikleri gen bakımından yeniden düzenlenmektedir. Rekombinasyonların ortaya çıkmasında etken olan maddeler ise çekirdek içerisindeki kromozomlar üzerinde yerleşmiş olan DNA iplikleri (genler) olarak kabul edilmektedir. Oysa melezleme yapmadan yani hücre ve çekirdek kaynaşması olmadan da bitkilerin görünüş biçimlerinde (fenotipte) değişiklikler ortaya çıkabilmektedir. Bir çok araştırma ile bu konu açıklığa kavuşturulmaya çalışılmıştır. Bu yönde yapılan çalışmalar, aşılama ile fenotip'ik değişiklikler olabileceğini ve kazanılan özelliklerin kalıtsal nitelik taşıyabileceğini göstermiştir. Aşılama ile kazanılan bu özellikler ve aşı ile anaç arasındaki ilişkiler, çeşitli görüşlerle açıklanmak istenmiştir. Araştırmamızda da hücre ve çekirdek kaynaşması olmadan, melezleme dışındaki bir yöntemle kalıtsal bir rekombinasyonun ortaya çıkma olasılığı araştırılmış ve bu amaçla çeşitli deneyler yapılmıştır. 1.Aşılama ile bir hücre ve çekirdek kaynaşması olmadığı halde, farklı tür ve cinslerdeki bitkiler arasında Rekombinasyonların ortaya çıktığı yaptığımız denemelerle saptanmıştır. Örneğin, patlıcan üzerine aşılanan domatesler, görünüş biçiminde (fenotipte) büyük farklılık göstermiş ve kazanılan bu özelliklerin kalıtsal nitelik taşıyabildiği anlaşılmıştır. Patlıcan üzerine aşılanmış bu domateslerin meyvalarının, tanık tipe göre daha uzun bir görünüm kazandığı ve bu görünümünü ikinci aşı neslinde de devam ettirdiği denemeler sonucu ortaya çıkmıştır. Nicotiana glauca üzerine aşılanan Nicotiana tabacum unda bir takım yeni özellikler kazandığı ve bu özelliklerin kalıtsal nitelik taşıdığı anlaşılmıştır. 2.Anaç olarak düşünülen bitki uzun süre yetiştirildikten sonra özütü çıkarılmış ve bu özüt üzerinde başka bir bitki yerleştirilerek, bunun görünüş biçiminde olan farklılıkları gözlenmiştir. Arpa ve mısırlarla yapılan denemelerde özüt üzerine yerleştirilen bitkilerin tanıktan olan farklılıkları saptanmıştır. Örneğin 2 sıralı ve 6 sıralı diploid arpalar birbirinin özütü ile beslenerek yetiştirildiklerinde, yaprak eni ve boyu bakımından yapılan karşılaştırmalarda tanıktan olan büyük farklılıklarının istatiksel olarak da önemli düzeyde olduğu yapılan araştırılmalar sonucu anlaşılmıştır. (P< 0.01).Melez mısır özütleri üzerinde yetiştirilen L.317 ve 12/ 2 10.B hattı mısırların yaprak eni, bitki boyu ve gövde kalınlığı bakımından tanığa göre oldukça iri oldukları ve aynı zamanda tohumdan başlayarak özütle yetiştirilen bitkilerin, 1 aylık bir fide devresinden itibaren özütle beslenen bitkilerden daha iri oldukları saptanmıştır. Özütle beslenen bu bitkilerde de bir hücre ve çekirdek kaynaşması olmadığı halde Rekombinasyon denilebilecek fenotip özellikler gözlenmiştir. 3.Diploid ve tetraploid arpa tohumları arasında embriyo-endosperm transplantasyonları yapılarak rekombinasyon olasılığı araştırılmış ve klasik aşılama ve özüt üzerinde yetiştirme denemelerinde olduğu gibi, bu yöntemle de yeni özellikleri içeren bitkinin yetiştirilebildiği anlaşılmıştır. Diploid AGİ-1648 tetraploid tet-tok 16-3 arpa çeşitleri arasında yapılan embrio endosperm transplantasyonları sonucu, endosperm üzerine diploid embriyo kombinasyonunda genel olarak tetraploid arpa özelliklerini içeren yeni bir bitki yetiştirmek mümkün olmuştur.