Search

Eucalyptus dunnii is one of the most important Eucalyptus species for short-fiber pulp production in regions where other species of the genus are affected by poor soil and climatic conditions. In this context, E. dunnii holds promise as a resource to address and adapt to the challenges of climate change. Despite its rapid growth and favorable wood properties for solid wood products, the advancement of its improvement remains in its early stages. In this work, we evaluated the performance of two single nucleotide polymorphism, (SNP), genotyping methods for population genetics analysis and Genomic Selection in E. dunnii. Double digest restriction-site associated DNA sequencing (ddRADseq) was compared with the EUChip60K array in 308 individuals from a provenance-progeny trial. The compared SNP set included 8,011 and 19,008 informative SNPs distributed along the 11 chromosomes, respectively. Although the two datasets differed in the percentage of missing data, genome coverage, minor allele frequency and estimated genetic diversity parameters, they revealed a similar genetic structure, showing two subpopulations with little differentiation between them, and low linkage disequilibrium. GS analyses were performed for eleven traits using Genomic Best Linear Unbiased Prediction (GBLUP) and a conventional pedigree-based model (ABLUP). Regardless of the SNP dataset, the predictive ability (PA) of GBLUP was better than that of ABLUP for six traits (Cellulose content, Total and Ethanolic extractives, Total and Klason lignin content and Syringyl and Guaiacyl lignin monomer ratio). When contrasting the SNP datasets used to estimate PAs, the GBLUP-EUChip60K model gave higher and significant PA values for six traits, meanwhile, the values estimated using ddRADseq gave higher values for three other traits. The PAs correlated positively with narrow sense heritabilities, with the highest correlations shown by the ABLUP and GBLUP-EUChip60K. The two genotyping methods, ddRADseq and EUChip60K, are generally comparable for population genetics and genomic prediction, demonstrating the utility of the former when subjected to rigorous SNP filtering. The results of this study provide a basis for future whole-genome studies using ddRADseq in non-model forest species for which SNP arrays have not yet been developed.

Se realizó un experimento en condiciones controladas durante 90 días para estudiar la respuesta de dos combinaciones híbridas de Eucalyptus (Eucalyptus grandis x Eucalyptus camaldulensis y Eucalyptus grandis x Eucalyptus tereticornis), sometidos al efecto de 3 niveles de agua (A): 1) riego normal; 2) ciclos de 30 días de anegamiento seguido de 15 días de riego normal y 3) napa de agua permanente. A su vez, los tratamientos A2 y A3 se combinaron con 3 niveles de salinidad (CE): < 4 (control), 6 y 12 dS m-1. Quincenalmente se midió la altura y el diámetro del cuello de las plantas y se registró la mortalidad. A los 83 días se determinó materia seca en hojas, ramas y tallos, la concentración de macronutrientes foliares y se caracterizó la fertilidad del suelo de las macetas. El crecimiento de las plantas y la materia seca disminuyó significativamente con el aumento de la salinidad asociada a la inundación y la napa salina alta. La concentración foliar de Na aumentó y descendió la de K en los tratamientos con salinidad (moderada y alta). El efecto sobre el crecimiento y la biomasa fue menos adverso cuando la solución no fue salina. La solución salina agregada al suelo desplazó las bases intercambiables (Ca+Mg) y aumentó el Na y el PSI, pero la CE del suelo no superó los 4 dS m-1. El híbrido E. grandis x E. camaldulensis mostró mayores crecimientos, concentraciones foliares y biomasa en comparación con E. grandis x E. tereticornis. La menor tolerancia de este híbrido también se evidenció por la mortalidad más temprana.