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CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior A chamada de variantes genômicas, a fim de identificação de novas variantes de nucleotídeo único (SNVs) e inserções/deleções (InDELs), potencialmente associadas às características de rusticidade e resistência a ambientes áridos em equinos da raça Nordestina, a partir de dados de sequenciamento de genoma completo foi a estratégia utilizada no presente estudo para compreensão dos mecanismos adaptativos da raça para sobrevivência no semiárido do nordeste brasileiro. Essas variantes podem estar associadas à resistência exibida pelo cavalo Nordestino, por meio do padrão racial, que é altamente especializado para o desempenho de atividades que exigem força e resistência, sem quaisquer prejuízos à sua perpetuação. O genoma de um representante típico da raça foi sequenciado, sendo este o primeiro trabalho de sequenciamento de genoma completo de uma raça equina naturalizada brasileira, que utilizou a estratégia de genômica comparativa para chamada de variantes, usando-se como referência a mais recente atualização do genoma equino disponível (Ensemble, EquCab 3.0). A chamada de variantes genômicas por ferramentas baseadas em algoritmos identificou 1.598.210 SNVs e 138.139 InDels pelo software Freebayes e 88.838 SNVs e 25.232 InDELs pelo software GATK. As variantes foram classificadas quanto ao tipo, localização e efeito de impacto e foi feita a anotação genômica das regiões onde estão localizadas. Aquelas de impacto alto e moderado foram selecionadas para análise de enriquecimento funcional e para validação populacional em 60 animais provenientes dos estados da Bahia, Pernambuco e Piauí. SNVs de impacto alto ocorreram exclusivamente em genes de GTPases. Genes da família de Receptores Olfativos (OR), que continham SNVs de impacto moderado tiveram maior representatividade na análise funcional. Todos os dez loci testados, contendo SNVs características da raça apresentaram alelos polimórficos nas três populações, com frequências genotípicas elevadas de indivíduos heterozigotos e homozigotos contendo polimorfismo alélico. As frequências genotípicas de oito loci analisados foram significativamente diferentes entre as três populações, sugerindo a fixação populacional dos alelos polimórficos e diversidade genética. A presença de SNVs em OR genes, que estão diretamente relacionados aos mecanismos adaptativos, representa importantes informações genéticas para compreender a adaptação da raça ao semiárido do nordeste brasileiro e para associá-las ao fenótipo peculiar exibido por essa raça. Genomic variant calling, in order to identify new single nucleotide variants (SNVs) and insertions/deletions (InDELs), potentially associated with the characteristics of rusticity and resistance to arid climate in Nordestino horse breed, based in whole genome sequencing was the strategy used in the present study to understand the adaptive mechanisms of the breed to semiarid climate of Brazilian northeastern. These variations are possibly associated with the resistance exhibited by the breed, through the highly specialized racial pattern for the performance of activities that require strength and endurance, without any damage to its perpetuation. Complete genome sequencing of a typical representative of the breed was carried out, this being the first whole genome sequencing of a Brazilian naturalized equine breed, as a comparative genomics strategy for variants calling with the most recent reference genome equine update (Ensemble EquCab 3.0). Tools based on algorithms for variants calling identified 1,598,210 SNVs and 138,139 InDels (Freebayes software) and 88,838 SNVs and 25,232 InDELs (GATK software). Variants were classified as to the type, location and impact effect and the genomic regions were anoted. High and moderate impact variants were selected to functional enrichment analysis and for population validation in 60 animals from the states of Bahia, Pernambuco and Piaui. High-impact SNVs occurred exclusively in GTPase genes. Olfactory Receptor (OR) genes family containing moderate-impact SNVs had high representativeness in the functional analysis. All 10 loci tested, containing breed-specific SNVs, presented polymorphic alleles in the three populations, with high genotypic frequencies of heterozygous and homozygous with allelic polymorphism. The genotypic frequencies for 8 loci were significantly different between the three populations, suggesting allelic fixation and genetic diversity. The presence of SNVs in OR genes, which are related to adaptive mechanisms, represents important genetic information to understand the adaptation of the breed to the semiarid region of northeastern Brazil and to associate them with the peculiar phenotype exhibited by that breed.

O presente estudo descreve a otimização e padronização do método de identificação de espécies de peixes por DNA Barcode bem como a sua validação segundo os requisitos da ABNT NBR ISO/IEC 1705 para acreditação junto ao INMETRO e posteriormente credenciamento junto ao MAPA com o objetivo de prestar o serviço de identificação, podendo auxiliar os empresários na escolha de seus fornecedores e controle de qualidade de seus produtos, bem como os consumidores a terem maior confiança no que estão consumindo. Pode ainda, auxiliar o governo nos testes de fiscalização de produtos para evitar a fraude, além de regular com maior eficácia produtos exportados e importados. Propõe também um novo método para identificação molecular de trutas e salmão em nível de gênero e/ou de espécies. Esse método é baseado na amplificação seguida de minissequenciamento de parte da região D-loop (Região controle) do DNA mitocondrial dos peixes. Por meio desse método, é possível identificar os dois gêneros e as quatros espécies de salmão e truta mais prevalentes, Salmo salar, Oncorhynchus keta, O. gorbuscha e O. mykiss. The present study describes the optimization and standardization of the method of identification of fish species by DNA Barcode as well as its validation according to the requirements of ABNT NBR ISO / IEC 1705 for accreditation with INMETRO and later accreditation with the MAPA with the objective of providing the identification service, which can help entrepreneurs choose their suppliers and quality control of their products, as well as consumers to have greater confidence in what they are consuming. It can also assist the government in testing products to prevent fraud, as well as regulate products exported and imported more effectively. It also proposes a new method for molecular identification of trout and salmon at the level of genus and / or species. This method is based on amplification followed by minissequencing of part of the D-loop region of the mitochondrial DNA of the fish. By means of this method, it is possible to identify the two genera and the four most prevalent salmon and trout species, Salmo salar, Oncorhynchus keta, O. gorbuscha and O. mykiss.

Impactos antropogênicos são uma ameaça crescente para a diversidade de peixes, especialmente em áreas em torno de grandes centros urbanos, e muitas ações efetivas de conservação dependem de identificação precisa das espécies. Considerando a utilidade do DNA Barcode como um sistema global de identificação e descoberta de espécies, este estudo tem como objetivo caracterizar molecularmente algumas espécies de peixes ornamentais e depositar sequências parciais do gene COI em uma biblioteca de referência. Seguindo essa metodologia, um fragmento da sub-unidade I da citocromo oxidase foi amplificado e sequenciado bidirecionalmente e a partir de 298 indivíduos. Uma análise de Neighbor-Joining revelou que esta abordagem pode discriminar inequivocamente todas as espécies pesquisadas. A maioria das espécies exibiu baixa distâncias genéticas intraespecíficas (1,53%), cerca de 9 vezes menor do que a distância entre as espécies dentro de um gênero. A biblioteca elaborada nesse estudo é um primeiro passo para conhecer melhor a diversidade molecular de peixes ornamentais, fornecendo uma base para futuros estudos sobre essa fauna - estendendo a capacidade de identificá-los em todas as fases da vida e até mesmo em restos ou fragmentos, fornecendo dados para uma melhor compreensão das interações entre as espécies, gerando estimativas sobre a composição de espécies e riqueza em um ecossistema, provendo ferramentas de autenticação de bioprodutos e monitoramento exploração ilegal de espécies. Anthropogenic impacts are a rising threat to the diversity of fish, especially in areas around urban centers, and many effective conservation actions depend on accurate identification of species. Considering the usefulness of DNA Barcode as a global system of identification and discovery of species, this study aims to molecularly characterize the species of ornamental fish and provide partial COI gene sequences in a reference library. Following this methodology, a fragment of the subunit I of cytochrome oxidase gene was amplified and sequenced bidirectionally from 298. A Neighbor-Joining analysis showed that this approach can clearly discriminate all the surveyed species. Most of the species showed low intraspecific genetic distances (1.53%), about 9-fold less than the distance between species within a genus. The library developed in this study is a first step to better understand the molecular diversity of ornamental fish, providing a basis for future studies on this fauna - extending the ability to identify them in all life stages and even remnants or fragments, providing data for a better understanding of the interactions between species, generating estimates of the species composition and richness in an ecosystem, providing bioproducts authentication tools and monitoring illegal exploitation of species.

O objetivo do presente trabalho foi a padronização do painel de microssatélites para testes de identificação genética e de paternidade bubalina, bem como o uso do mesmo em estudo de caracterização genética, por meio das análises de variabilidade e distância entre as quatro raças bubalinas reconhecidas pela Associação Brasileira de Criadores de Búfalos (Carabao, Jafarabadi, Mediterrânea e Murrah) e de mestiços de búfalos criados no Brasil. Foram avaliados 590 búfalos por meio de 20 marcadores microssatélites recomendados pela ISAG/2010 (International Society Animal Genetics). O painel principal padronizado com 13 marcadores microssatélites apresentou elevado PIC (0,6). Os dados confirmam a confiabilidade e a eficiência dos marcadores analisados tanto para testes de identificação genética quanto para o de genealogias. Para a caracterização genética de bubalinos foram utilizados os 20 marcadores. Foi observado pequeno déficit de heterozigosidade (Fis=0,077), porém as populações apresentaram estrutura genética intermediária (Fst=0,163). Houve desvio de HW em 15 dos 20 marcadores microssatélites. Estes dados podem ser devido ao reduzido número de propriedades, à seleção de touros, ao elevado índice de endogamia e ao cruzamento entre búfalos de Rio e de Pântano, quando foram introduzidos no Brasil. O resultado do estudo da caracterização genética da estrutura populacional determinou a formação de dois clusters, ou seja, total separação entre as duas variedades bubalinas, búfalos de Rio (Bubalus bubalis var. bubalis) e de Pântano (B. bubalis var. kerebau). Estas informações sobre a caracterização genética são necessárias para programas de conservação genética e para um adequado programa de melhoramento genético bubalino. The aim of this study was to standardize a microsatellites panel for buffalo genetic identification test as well as the study of genetic characterization by means of analyzes of variability and distance amog the four buffalo breeds recognized by the Brazilian Association of Builders Buffaloes (Carabao, Jaffarabadi, Mediterranean and Murrah) and crossbred buffaloes raised in Brazil. Were evaluated 590 buffaloes using 20 microsatellite markers recommended by ISAG/2010 (International Society for Animal Genetics). The panel of 13 microsatellite markers developed exhibited high PIC (0.6). The data confirm the reliability and efficiency of the markers analyzed for genetic identification tests as to the genealogy. To evaluate the genetic characterization were observed a low heterozygosity deficit (Fis = 0.077), but the populations had intermediate genetic structure (Fst = 0.163) . There was deviation from HW in 15 of 20 microsatellite markers. These data may be due to the small number of properties, the selection of bulls, the high level of inbreeding , the possibility of sharing the same common ancestor and the Buffaloes cross between Rio and Marsh , when introduced in Brazil . The population structure determined k = 2 , featuring full separation between the two varieties of buffaloes, Bubalus bubalis var bubalis and B. bubalis var. kerebau, River and Wamp buffaloes, respectively. This information on the genetic characterization are necessary for the development of genetic identification and paternity testing for complementation of genetic conservation programs and an appropriate program of buffalo breeding .

CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico A pesquisa realizada no laboratório de genética da Escola de Veterinária da UFMG teve como objetivos a avaliação de técnicas e a implementação de procedimentos laboratoriais que permitissem certificar a autenticidade de produtos oriundos de búfalos (Bubalus bubalis), bem como a detecção de adição não declarada de material bovino, utilizando métodos de biologia molecular. Por meio do teste de qui-quadrado, foi possível comparar diferentes formas de extração de DNA de produtos alimentícios, além de testar a efetividade da técnica de PCRRFLP (reação em cadeia da polimerase - polimorfismo do comprimento do fragmento de restrição). Os resultados mostraram que a técnica pode ser estendida para outras espécies, sendo viável para aplicação na rotina laboratorial e para inspeção da autenticidade de alimentos de origem animal. The research conducted at the UFMG genetics laboratory seeks the implementation of product authenticity test originating from buffalo (Bubalus bubalis) and addition detection not-declared of bovine material based on molecular biology. For the performance of this study, it was used the chi-square statistical test comparing different forms of DNA extraction from food products, in addition to testing the effectiveness of PCR-RFLP technique (polymerase chain reaction - restriction fragment length polymorphism), which presents very high specificity and good sensibility. This technique can also be extended for other species and it is viable for application in the laboratorial routine and it is indicated for inspection of the authenticity of animal foods origin.

CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior O Brasil reúne uma das maiores riquezas em avifauna do mundo. Estima-se que pelo menos metade das aves não possuam dimorfismo sexual que, quando existe, é geralmente sutil, e pode ocorrer somente no período de maturidade sexual. Por estes motivos faz-se necessária a determinação do sexo das aves. Este estudo avaliou além do tempo de conservação do DNA após extração, o método de análise molecular para a identificação do sexo das aves utilizando três diferentes técnicas de extração de DNA, de penas e de sangue. Foi empregado o par de primers alelo-específico, P2/P8, para o gene CHD, localizado nos cromossomos sexuais (Z e W) das aves, pela técnica da reação em cadeia da polimerase (PCR). Utilizou-se o método de extensão do introns do gene CHD (helicase-dependente de cromo). O resultado eletroforético demonstrou dois alelos para as fêmeas, sendo, portanto, heterogaméticas (ZW), enquanto nos machos, somente um, homogaméticos (ZZ). Os resultados obtidos demonstraram que há variação entre os tamanhos dos pares de base (pb) entre as espécies: de 246 a 396 pb para o alelo Z e de 254 a 412 pb para o W. As três técnicas de extração de DNA foram eficazes a todas as 15 espécies analisadas. Porém a metodologia do DNA extraído do sangue colhido em papel filtro obteve melhor resultado quando se comparou a questão do tempo de extração e conservação do DNA. Os resultados revelaram a presença de 71 machos (49,31%) e 73 fêmeas (50,69%), totalizando 144 aves. Esta situação propõe desvios meramente casuais (p > 0,05). A variável estudada, dicotômica, está na relação 1:1 dentro de um universo amostral. Estes dados mostram que esta técnica é segura e eficaz para a determinação sexual das aves. Brazil has one of the wealthiest avifauna in the world. It is estimated that a half of the birds don’t have sexual dimorphism, that when occur, is generally subtle and could only be present in sexual maturity. All this reasons illustrate why the avian sex identification is important. This study evaluated not only the time of conservation of the DNA after extraction, but also the bird sex identification molecular analysis method using three different techniques of DNA extraction from feathers and blood. It was utilized the allele-specific primer pair P2/P8, within the CHD gene, located in the bird sexual chromosomes (Z e W), by means of the polymerase chain reaction (PCR) technique. The introns extension method of gene CHD (chromium-helicase-dependent) was chosen. The eletrophoretic result demonstrated two alleles for the females, being, therefore, heterogametics (ZW), while in the males, just one, homogametics (ZZ). Results demonstrated that there is variation between the sizes of the stand pairs (bp) between species: 246 to 396 pb for allele Z and 412 to 254 pb for the W. The three techniques of DNA extraction were efficient to all the 15 species analyzed. However the methodology using DNA extracted from the blood harvested in filter paper got better results taking into consideration the extraction time and conservation of the DNA, as well as the final cost of the technique. The results disclosed the presence of 71 males (49.31%) and 73 females (50.69%), totalizing 144 birds. This situation proposes casual deviations, Test χ2 (p>0.05). The studied variable was presented as dicotomic form part of an sampling universe. These data show that this technique is efficient and safe for the bird sexual determination.