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International audience; Navicula guadalupensis Manguin in Bourrelly & Manguin (1952) a été décrit en Guadeloupe (Antilles françaises) à partir d'un échantillon de sphaignes du lac Flammarion (Sphagnetum, échantillon n° 1, Basse-Terre). Dans la littérature scientifique, il existe très peu de données sur cette espèce. L'analyse du matériel original de Manguin a révélé que cette espèce devrait être placée dans le genre Microcostatus, décrit pour la première fois par Johansen & Sray (1998) et caractérisé par la présence d'un conopeum et d'un pseudoconopeum. Malgré le fait d'avoir été défini à l'origine comme un nouveau genre au sein de la famille des Naviculaceae, l'espèce présente plutôt plusieurs similitudes avec la famille des Sellaphoraceae (par exemple Fallacia et Sellaphora). Les observations en microscopie électronique à balayage ont démontré la présence d'un conopeum et d'un pseudoconopeum chez l'espèce Navicula guadalupensis ; il convient donc de la placer dans le genre Microcostatus, également sur base des caractéristiques supplémentaires suivantes : raphé enfermé dans un sternum et présence de petites côtes (microcostae). Les espèces du genre Fallacia possèdent également des conopea mais ce genre est en outre caractérisé par des zones hyalines en forme de lyre et des aréoles fermées par des hymens, caractéristiques n'ayant jamais été observées chez Navicula guadalupensis.

International audience; Names are an important reference for all aspects of Biology, Paleontology, Medicine and many other applications. Nomenclatural databases have been developed to document and identify names that have already been established, as well as when, where and by whom they have been proposed and published. There has been a long history of catalogues of names representing the great diversity of diatoms. Some of these catalogues were limited in coverage and impact, others have been more complete, widely distributed and widely cited. The catalogue of VanLandingham, as well as the Index Nominum Algarum and the New Species File at ANSP were collaboratively integrated into a single database and made available on line and presented by Fourtanier and Kociolek as the Catalogue of Diatom Names. In its first iteration, the Catalogue of Diatom Names contained 64,000 names derived from over 12,000 references. It debuted in – 103 – 2005, and in 2010 it was accessed by over 30,000 unique IP addresses and over 5,000,000 downloads. The database grew until 2011, but ceased to be updated since. A new collaboration between an international group of editors has been formed, and working with VLIZ to produce a new, reliable resource for diatom names called DiatomBase (http://www.DiatomBase.org). This project takes the Catalogue of Diatom Names and integrates with the VLIZ Aphia database structure with names from Algaebase, to create a resource for diatom nomenclature and information. DiatomBase will also support a number of nomenclatural and other informatics efforts, as well as bring together images of types and other curated images, as well as linking to other resources. The group of editors, 20 people from 14 countries, has enhanced the speed in which DiatomBase has been developed, and will be critical for the long-term sustainability of the project. DiatomBase will debut at the International Phycological Congress.

International audience; Catalogue of diatom names resurrected: diatombase will be the new authority resource for diatom names and more.

International audience; Le programme OMNIDIA, logiciel dédié au calcul d’indices et la gestion d’inventaires diatomiques, a commencé en 1991 avec la collaboration de Catherine Lecointe, Michel Coste et Jean Prygiel (Lecointe et al. 1993). L’outil a beaucoup évolué en 25 ans, tant par ses fonctionnalités que par la richesse de sa base de données, et il est devenu une référence utile pour de nombreux diatomistes dans le monde. Catherine Lecointe arrêtant progressivement son activité de programmation et l’outil de développement OMNIS 7, avec lequel ont été conçues toutes les versions d’OMNIDIA, n’étant plus mis à jour, Mathieu Lecointe a décidé de donner un nouveau souffle au projet en proposant une version n°6 d’OMNIDIA intégralement reconçue. OMNIDIA version 6 utilise toujours les données issues du travail méticuleux de recompilation des données taxonomiques de Michel Coste avec l’aide de Luc Ector : une base de données d’espèces codifiées sur 4 lettres et leurs variables indicielles et écologiques. L’application propose une toute nouvelle interface à la fois intuitive et aux fonctions avancées, permettant le calcul de 18 indices diatomiques et 33 statistiques écologiques. Les principales nouveautés qui différencient cette version 6 sont : - de nombreux graphiques interactifs issus des données écologiques, - des impressions de résultats paramétrables, - un système de mise à jour de la base espèces via Internet, - une fonction d’import d’inventaires plus flexible, se basant sur des formats personnalisables, - pour le calcul de l’IBD, la possibilité pour l’utilisateur d’opter pour une méthode stricte selon une liste d’espèces établie (AFNOR), ou un calcul en phase avec la taxonomie la plus récente, - un module avancé de recherche d’espèces, - l’utilisation collaborative du logiciel en mode client/serveur local (facultatif).

Several diatoms in the family Achnanthaceae (Bacillariophyta), mainly from marine environments, have species with strongly apiculate, lemon-shaped valves. Some of them originally described under the genus Cocconeis (i.e., C. trachyderma or C. citronella), while others were first described as Stauroneis species [i.e. Stauroneis apiculata or S.(?) obesa]. Afterwards, Cocconeis citronella has been recombined within Achnanthes by Hustedt. The type material of C. citronella from Albert Mann’s collection, housed in the Smithsonian Institution (US), has been examined with light microscope; some ambiguities are pointed out and new details added to the original description. The intricate history of the latter taxon is redrawn and comparison with allied taxa are tentatively addressed. Cocconeis trachyderma is lectotypified and recombined as Achnanthes trachyderma comb. nov. Stauroneis apiculata and S.(?) obesa are recombined as Achnanthes apiculata comb. nov. and Achnanthes obesa comb. nov. respectively. The examination with light and scanning electron microscope of several marine samples from the Society Archipelago details the unique morphology of Achnanthes trachyderma which, until recently, has been often misidentified as Achnanthes citronella due to certain similarities between both taxa.

Several marine diatoms (Bacillariophyceae) were described from the Firth of Clyde and Loch Fyne (Scotland) among which 12 Cocconeis species by William Gregory in 1855–1857, with two additional species by Robert Kaye Greville in 1859. Five Gregory's original slides 'Arran57' (Greville's slide collection, housed in the Natural History Museum, BM) from Lamlash Bay (Arran Island, Firth of Clyde) were examined and several taxa marked by Greville (diamond circle on the cover slip and quotation on the label of these slides) are re-investigated: i.e., Cocconeis arraniensis Greville, Cocconeis distans W.Gregory, Cocconeis nitida W.Gregory, Cocconeis ornate W.Gregory and Cocconeis pseudomarginata W.Gregory. These species have been originally incompletely described by Gregory (1855–1857) and Greville (1859) and their illustrations by Greville are not always fully informative. Some ambiguity can be noted about species showing similarities in their morphology but likewise present in the material: i.e., C. ornate and Cocconeis quarnerensis (Grunow) A.W.F.Schmidt; i.e., C. distans, C. nitida and Cocconeis gregoryi sp. nov. Since the original raw material used by Gregory for the 'Arran57' slides was not found in BM, no scanning electron microscope observation of the material has been possible. Nevertheless, modern light microscopy permits to accurately focus on the striation and other features of the valves marked by Greville and to complete the original description and iconography of several taxa.

The potential importance of benthic diatoms in Mediterranean watercourses has received limited academic attention historically. This study sought to provide baseline information for this poorly studied group. Temporary and permanent watercourses in Portugal differ in catchment characteristics, climatic variables and water chemistry. The benthic diatom communities were characterized in terms of ecological preferences and conservation status for taxa with relative abundance above 1% in at least one site covering 39 temporary sites (109 taxa) and 53 permanent sites (130 taxa). The low-profile guild dominated both temporary and permanent watercourses, followed by the high-profile and motile guilds. Indicator value analysis indicated that Amphora copulata, Cocconeis placentula, Diploneis separanda, Encyonopsis subminuta, Fragilaria radians, Gomphonema olivaceum, Gomphonema truncatum, Halamphora veneta, Navicula radiosa, Navicula veneta, Sellaphora seminulum and Ulnaria acus were indicators of temporary watercourses, whereas Encyonema minutum, Eunotia minor, Fragilaria rumpens, Fragilaria cf. socia and Navicula rhynchocephala were characteristic of permanent watercourses. Ecological preferences of indicator taxa were inferred on the basis of environmental variables that differed significantly between temporary and permanent watercourses. The importance of temporary watercourses for the maintenance of diatom biodiversity is discussed and explored.

International audience; L’étude présentée vise à décrire les communautés diatomiques des bassins de l’Agneby et de la Mé, dans l’optique d’une création d’indice biologique adapté au contexte de la Côte d'Ivoire. L’hydrosystème de la Côte d’Ivoire constitue un bien économique qui doit être correctement géré, compte tenu des multiples utilisations dont il fait l’objet. La préservation de ces écosystèmes aquatiques s’avère indispensable tant pour les communautés qui y vivent que pour les populations humaines riveraines qui utilisent ces eaux pour divers usages (baignade, boisson, pêche, lessive, vaisselle…). En Côte d’Ivoire, l’évaluation de la qualité des écosystèmes aquatiques est principalement basée sur l’analyse des paramètres physico-chimiques et des bio indicateurs tels que les insectes aquatiques (Williams et Smith, 1996 ; Clarke et al., 2002) et les poissons. Concernant les diatomées benthiques peu de travaux exploratoires ont été menés (Ouattara, 2001), si bien que ce maillon biologique demeure inexploité. A noter que de récents travaux se sont intéressés aux flores phytoplanctoniques (Adon, 2013). Ainsi, à l’instar de certains pays Africains comme l’Afrique du Sud, le Maroc, l’Algérie, l’utilisation des diatomées pour la caractérisation des eaux doit se développer en Côte d’Ivoire. Ce pays possède plusieurs grands fleuves (Cavally, Sassandra, Bandama, Comoé) et rivières (Agnéby, Me, Boubo, etc.), subissant de plus en plus des menaces en lien avec les exigences du développement (Gourène et al., 1999). L’étude présentée ici porte sur 96 relevés diatomiques effectués sur 20 stations situées sur les bassins de l'Agnéby et de la Mé. Sur chaque bassin 10 stations ont été visitées au cours de quatre campagnes d’échantillonnages (septembre 2011, décembre 2011, février 2012 et juillet 2012), une station parmi celles-ci ayant été visitée mensuellement d’août 2011 à juillet 2012. L'Agnéby et de la Mé serpentent sur un substrat géologique constitué de schistes et de granite, à travers un bassin versant forestier dégradé par les empiètements de cultures (bananes, cacao, café). Le régime hydrologique est lié à un climat équatorial fortement soumis au régime de la mousson. Au niveau physico-chimique, les eaux de l’Agnéby et de la Mé présentent une température élevée (22 à 28,5°C), et se caractérisent par des pH très acides à faiblement basiques (4,7 à 7,6) ainsi que des conductivités faibles à modérées (28 à 277 µS.cm-1). Les Concentrations maximales en nutriments classiques laissent présager des situations d’eutrophisation et/ou de pollution organique importantes ([NH4]max = 2,30 mg.l-1; [NO3]max = 42,6 mg.l-1, [PO43-]max = 2,5 mg.l-1). La turbidité est également souvent élevée (jusqu’à 66,2 NTU). Les premiers résultats floristiques disponibles présentent de nombreuses espèces, certaines cosmopolites, d’autres tropicales, dont plusieurs non encore déterminées à ce jour notamment deux Planothidium, deux Cocconeis et un Stauroneis (décrits sur le poster). Ces Planothidium et Cocconeis sont les espèces dominantes, associées au genre très abondant des Eunotia. Cocconeis sp1, d’allure proche du type scutellum, présente un nombre de stries par 10 µm compris entre 10 et 11 sur la valve sans raphé, et entre 19 et 20 sur la valve avec raphé. Il semble, d’après ses dessins et la diagnose associée, que Foged (1966) ait rencontré cette espèce au Ghana, sans toutefois lui attribuer de nom. Planothidium sp1 possède 10-11 stries en 10 µm sur la valve avec raphé, et présente un repli en fer à cheval sur la valve sans raphé. Sa comparaison avec les lames de référence de Carter (1982) concernant Achnanthidium miotum, ainsi que de nombreux clichés pris au microscope électronique à balayage, ont abouti à considérer ce Planothidium comme une espèce nouvelle. Planothidium sp2, proche de Planothidium rostratum, présente une forme rostrée, environ 11 stries par 10 µm sur la valve avec raphé ainsi qu’un repli en fer à cheval sur la valve sans raphé. Au microscope électronique à balayage, cette espèce se distingue de Planothidium rostratum par la présence de rangées de 5 aréoles par stries sur la valve avec raphé. Enfin sur l’ensemble des stations échantillonnées, une se distingue par la forte abondance de Bacillaria paxillifera pendant la saison sèche (janvier-avril). La présence de cette espèce, typique d’eaux saumâtres, est étonnante à cette station située à 20 km de la lagune Ebrié et hors de la zone d’influence des marées (5°29'33.1"N 3°57'14.4"O). Ce phénomène pourrait s’expliquer par la forte pression anthropique exercée par les cultures intensives à cet endroit. Cette étude constituera un travail préliminaire à la création d’un indice diatomique adapté au contexte tropical de la Côte d’Ivoire.

International audience; L’étude présentée vise à décrire les communautés diatomiques des bassins de l’Agneby et de la Mé, dans l’optique d’une création d’indice biologique adapté au contexte de la Côte d'Ivoire. L’hydrosystème de la Côte d’Ivoire constitue un bien économique qui doit être correctement géré, compte tenu des multiples utilisations dont il fait l’objet. La préservation de ces écosystèmes aquatiques s’avère indispensable tant pour les communautés qui y vivent que pour les populations humaines riveraines qui utilisent ces eaux pour divers usages (baignade, boisson, pêche, lessive, vaisselle…). En Côte d’Ivoire, l’évaluation de la qualité des écosystèmes aquatiques est principalement basée sur l’analyse des paramètres physico-chimiques et des bio indicateurs tels que les insectes aquatiques (Williams et Smith, 1996 ; Clarke et al., 2002) et les poissons. Concernant les diatomées benthiques peu de travaux exploratoires ont été menés (Ouattara, 2001), si bien que ce maillon biologique demeure inexploité. A noter que de récents travaux se sont intéressés aux flores phytoplanctoniques (Adon, 2013). Ainsi, à l’instar de certains pays Africains comme l’Afrique du Sud, le Maroc, l’Algérie, l’utilisation des diatomées pour la caractérisation des eaux doit se développer en Côte d’Ivoire. Ce pays possède plusieurs grands fleuves (Cavally, Sassandra, Bandama, Comoé) et rivières (Agnéby, Me, Boubo, etc.), subissant de plus en plus des menaces en lien avec les exigences du développement (Gourène et al., 1999). L’étude présentée ici porte sur 96 relevés diatomiques effectués sur 20 stations situées sur les bassins de l'Agnéby et de la Mé. Sur chaque bassin 10 stations ont été visitées au cours de quatre campagnes d’échantillonnages (septembre 2011, décembre 2011, février 2012 et juillet 2012), une station parmi celles-ci ayant été visitée mensuellement d’août 2011 à juillet 2012. L'Agnéby et de la Mé serpentent sur un substrat géologique constitué de schistes et de granite, à travers un bassin versant forestier dégradé par les empiètements de cultures (bananes, cacao, café). Le régime hydrologique est lié à un climat équatorial fortement soumis au régime de la mousson. Au niveau physico-chimique, les eaux de l’Agnéby et de la Mé présentent une température élevée (22 à 28,5°C), et se caractérisent par des pH très acides à faiblement basiques (4,7 à 7,6) ainsi que des conductivités faibles à modérées (28 à 277 µS.cm-1). Les Concentrations maximales en nutriments classiques laissent présager des situations d’eutrophisation et/ou de pollution organique importantes ([NH4]max = 2,30 mg.l-1; [NO3]max = 42,6 mg.l-1, [PO43-]max = 2,5 mg.l-1). La turbidité est également souvent élevée (jusqu’à 66,2 NTU). Les premiers résultats floristiques disponibles présentent de nombreuses espèces, certaines cosmopolites, d’autres tropicales, dont plusieurs non encore déterminées à ce jour notamment deux Planothidium, deux Cocconeis et un Stauroneis (décrits sur le poster). Ces Planothidium et Cocconeis sont les espèces dominantes, associées au genre très abondant des Eunotia. Cocconeis sp1, d’allure proche du type scutellum, présente un nombre de stries par 10 µm compris entre 10 et 11 sur la valve sans raphé, et entre 19 et 20 sur la valve avec raphé. Il semble, d’après ses dessins et la diagnose associée, que Foged (1966) ait rencontré cette espèce au Ghana, sans toutefois lui attribuer de nom. Planothidium sp1 possède 10-11 stries en 10 µm sur la valve avec raphé, et présente un repli en fer à cheval sur la valve sans raphé. Sa comparaison avec les lames de référence de Carter (1982) concernant Achnanthidium miotum, ainsi que de nombreux clichés pris au microscope électronique à balayage, ont abouti à considérer ce Planothidium comme une espèce nouvelle. Planothidium sp2, proche de Planothidium rostratum, présente une forme rostrée, environ 11 stries par 10 µm sur la valve avec raphé ainsi qu’un repli en fer à cheval sur la valve sans raphé. Au microscope électronique à balayage, cette espèce se distingue de Planothidium rostratum par la présence de rangées de 5 aréoles par stries sur la valve avec raphé. Enfin sur l’ensemble des stations échantillonnées, une se distingue par la forte abondance de Bacillaria paxillifera pendant la saison sèche (janvier-avril). La présence de cette espèce, typique d’eaux saumâtres, est étonnante à cette station située à 20 km de la lagune Ebrié et hors de la zone d’influence des marées (5°29'33.1"N 3°57'14.4"O). Ce phénomène pourrait s’expliquer par la forte pression anthropique exercée par les cultures intensives à cet endroit. Cette étude constituera un travail préliminaire à la création d’un indice diatomique adapté au contexte tropical de la Côte d’Ivoire.

As part of the WFD implementation, Member-States must intercalibrate their ecological status evaluation systems in the context of geographical intercalibration groups (GIGs) working in comparable natural biogeographic zones and driving exercises targeted at the same typologies of watercourses (mainly based on integrated surface of the watershed at the survey site, mineralization of water and, if necessary, on altitude criteria). Phytobenthic assessment methods of the Central-Baltic GIG watercourses had been subjected to a first intercalibration cycle which was completed in 2007. Since that date, specific work has been carried out through the ECOSTAT Group in order to clarify and improve the criteria used for the validation of reference sites at the European level. That work could have changed the appropriate reference level to be retained by national watercourse type and, at the same time, the level of deviation from the appropriate reference used to establish the Ecological Status of European rivers. Therefore, it was considered necessary to renew the previous intercalibration work, following the revision of criteria for reference sites validation, by conducting a second round intercalibration involving 14 member states, or member states administrative areas using different evaluation systems. The present document is the final report of the 2nd "Central-Baltic" GIG Intercalibration Round for Rivers, currently submitted to E.U. validation.; Dans le cadre d'application de la DCE, les Etats-Membres doivent intercalibrer leurs systèmes d'évaluation de l'état écologique, dans le cadre de groupes géographiques d'intercalibration (GIGs) permettant de travailler sur des zones biogéographiques naturelles comparables, et dans le cadre d'exercices ciblés sur les mêmes typologies de cours d'eau (essentiellement basés sur la surface intégrée du bassin versant au site, la minéralisation de l'eau et, si nécessaire, sur des critères d'altitude). Les méthodes d'évaluation phytobenthiques des cours d'eau du GIG Central-Baltique avaient fait l'objet d'un premier cycle d'intercalibration qui s'est achevé en 2007. Depuis cette date, un travail spécifique a été mené sous l'égide du Groupe ECOSTAT pour préciser et améliorer les critères servant à la validation des sites de référence au niveau européen. Ces travaux ont pu changer le niveau de référence adéquat à retenir par type national de cours d'eau et, du même coup, le niveau d'écart à la référence adéquate servant à établir l'Etat Ecologique. De ce fait, il a été jugé nécessaire de renouveler les travaux d'intercalibration, suite à cette révision des critères de validation des sites de référence, par la réalisation d'un 2ème Round d'intercalibration auquel ont participé 14 Etats-Membres ou zones administratives différentes d'Etats-Membres utilisant un système d'évaluation différent. Le présent document constitue le rapport final du 2ème Round d'intercalibration des cours d'eau du GIG Central-Baltique, soumis à l'U.E. et actuellement en cours de validation.

International audience; Adlafi a langebertalotii Monnier et Ector is a new naviculoid pennate diatom species from rivers of the Grand-Duchy of Luxembourg, morphologically similar to Navicula suchlandtii Hustedt. The latter species was invalidly combined within Adlafi a and this combination is validated here as Adlafi a suchlandtii (Hustedt) Monnier et Ector. A. suchlandtii clearly differs from A. langebertalotii by its less closely spaced striae. A. langebertalotii is a rheophilous diatom, mainly occurring in small rivers with fairly low mineralization and organic pollution levels. Adlafi a is compared with other small naviculoid genera that are morphologically similar: Encyonopsis, Eolimna, Kobayasiella and Mayamaea.

As part of the WFD implementation, Member-States must intercalibrate their ecological status evaluation systems in the context of geographical intercalibration groups (GIGs) working in comparable natural biogeographic zones and driving exercises targeted at the same typologies of watercourses (mainly based on integrated surface of the watershed at the survey site, mineralization of water and, if necessary, on altitude criteria). Phytobenthic assessment methods of the Central-Baltic GIG watercourses had been subjected to a first intercalibration cycle which was completed in 2007. Since that date, specific work has been carried out through the ECOSTAT Group in order to clarify and improve the criteria used for the validation of reference sites at the European level. That work could have changed the appropriate reference level to be retained by national watercourse type and, at the same time, the level of deviation from the appropriate reference used to establish the Ecological Status of European rivers. Therefore, it was considered necessary to renew the previous intercalibration work, following the revision of criteria for reference sites validation, by conducting a second round intercalibration involving 14 member states, or member states administrative areas using different evaluation systems. The present Volume 2 contains the appendices of the final report of the 2nd "Central-Baltic" GIG Intercalibration Round for Rivers, currently submitted to E.U. validation.; Dans le cadre d'application de la DCE, les Etats-Membres doivent intercalibrer leurs systèmes d'évaluation de l'état écologique, dans le cadre de groupes géographiques d'intercalibration (GIGs) permettant de travailler sur des zones biogéographiques naturelles comparables, et dans le cadre d'exercices ciblés sur les mêmes typologies de cours d'eau (essentiellement basés sur la surface intégrée du bassin versant au site, la minéralisation de l'eau et, si nécessaire, sur des critères d'altitude). Les méthodes d'évaluation phytobenthiques des cours d'eau du GIG Central-Baltique avaient fait l'objet d'un premier cycle d'intercalibration qui s'est achevé en 2007. Depuis cette date, un travail spécifique a été mené sous l'égide du Groupe ECOSTAT pour préciser et améliorer les critères servant à la validation des sites de référence au niveau européen. Ces travaux ont pu changer le niveau de référence adéquat à retenir par type national de cours d'eau et, du même coup, le niveau d'écart à la référence adéquate servant à établir l'Etat Ecologique. De ce fait, il a été jugé nécessaire de renouveler les travaux d'intercalibration, suite à cette révision des critères de validation des sites de référence, par la réalisation d'un 2ème Round d'intercalibration auquel ont participé 14 Etats-Membres ou zones administratives différentes d'Etats-Membres utilisant un système d'évaluation différent. Le présent Tome 2 contient les annexes du rapport final du 2ème Round d'intercalibration des cours d'eau du GIG Central-Baltique, qui a été soumis à l'U.E. et qui est en cours de validation.