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The grapevine FanLeaf (FL) corresponds to an infectious decline (nepovirus) which appears in patches within the plots. This disease leads to a progressive degeneration of grapevine plants which ultimately leads to the death. At present, about 60% of the French vineyard would be affected, of which 30% in an important way. Sixteen nepoviruses are responsible for grapevine degeneration or decline. Nevertheless, the Grapevine FanLeaf Virus (GFLV) is the main responsible agent. It is specifically transmitted from plant to plant by a soil-borne ectoparasitic nematode, Xiphinema index. The nematodes, by successively biting two neighboring plants whose roots are close, inoculate the virus from the diseased grapevine plant to the healthy one. In spring ,new growth is languishing in infected plants. It is frequent to observe on branches a flattening (fasciation) or a shortening of the internodes, a "zigzag" growth, a division of the branch in "witches' broom". The repercussions on leaves are expressed by venation disorders, deformations and reticulated or diffuse variegations of the foliage.In a vineyard plot located in Champaign (France), rhizospheric soil, fine roots, rootstock, internodes and leaves were sampled on many symptomanic and asymptomatic grapevine plants. Meta-genomics and -transcriptomics approaches were developed to follow (i) the species distribution, (ii) the genes and (iii) the expressed genes of fungi, bacteria and virus in a continuum from the soil to the leaves. In this context, our results reveal major modifications of the grapevine holobiont during the decline Our data suggest different communities of microbes and virus among plant tissues and between symptomatic and asymptomatic plants. In addition, expressed genes of virus as well as microbes are different between symptomatic and asymtomatic plants. For the time, our results bring some informations about the influence of the microbiota and virome in the grapevine holobiont disease.

Les champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA) sont des organismes clés des agro-écosystèmes. Ils fournissent de nombreux services écosystémiques au sol (stabilité, rétention de l’eau, …) et aux plantes (amélioration de la nutrition hydrominérale, amélioration de la résistance à différents stress, ...). Les communautés de CMA sont principalement caractérisées dans le sol et encore peu directement au niveau racinaire. De plus, les études se focalisent généralement sur un seul prélèvement racinaire au cours du cycle de développement d’une plante, qu’elle soit annuelle ou pérenne. La dynamique des communautés de CMA est encore moins étudiée, que ce soit à court ou à long terme. De nombreux facteurs dont les caractéristiques pedo-climatiques, les pratiques agronomiques et la physiologie de la plante pourraient influencer cette dynamique. Dans cette étude, nous avons travaillé dans trois parcelles du vignoble champenois, géographiquement proches (< 800m), cultivées avec le même itinéraire technique, et présentant un pédoclimat similaire. La diversité des CMA a été caractérisée non seulement dans le sol, mais également au niveau des racines des plants de vigne (chardonnay sur 41B) qui sont d'âges différents (8, 33 et 107 ans) entre les parcelles. Les analyses de diversité ont révélé que les communautés de CMA présentes dans le sol sont différentes de celles présentes dans les racines de vigne et donc en interaction avec la plante. Nous avons également pu observer que la communauté présente dans les racines variait entre plants de vigne d'âges différents. Plus précisément, nous avons observé une disparition de certaines souches de CMA dans les racines des plants les plus âgés, ainsi qu’une réduction de la diversité des CMA. Ces résultats suggèrent une dynamique à long terme des communautés de CMA qui pourrait être le résultat d'une modification de la physiologie de la plante et des interactions plantes-CMA