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Objetivo: Avaliar a eficácia de limpeza do sistema rotatório Mtwo, da instrumentação manual e da associação de ambos em canais radiculares ovais. Metodologia: Trinta incisivos inferiores humanos foram divididos em três grupos (G): GMtwo – série básica (10. 04; 15. 05, 20. 06, 25. 06) e instrumentos 30. 05, 35. 04, 40. 04 da série complementar; GMtwo + Manual – série básica do Mtwo seguida por instrumentos manuais 30 ao 40; GManual – técnica clássica com instrumentos manuais 15 ao 40. Os dentes foram seccionados longitudinalmente e as paredes vestibular e lingual dos canais radiculares foram visualizadas em microscopia eletrônica de varredura (MEV). Imagens centrais de cada terço do canal foram obtidas e classificadas em escores baseados na quantidade de smear layer (SL) e detritos orgânicos (DO). Os dados foram analisados pelos testes de Kruskal-Wallis e Friedman. Resultados: Não houve diferença significativa entre os grupos (P>0,05) quanto à SL. O terço cervical demonstrou escores significativamente menores do que os demais segmentos (P0,05). Conclusão: Nenhuma das técnicas foi completamente eficaz na limpeza de canais radiculares ovais. O terço apical foi a área com maior quantidade de SL