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15 results on '"Degenring, Daniela"'

1. Discrete Event Multi-level Models for Systems Biology

Author

Uhrmacher, Adelinde M., Degenring, Daniela, Zeigler, Bernard, Hutchison, David, editor, Kanade, Takeo, editor, Kittler, Josef, editor, Kleinberg, Jon M., editor, Mattern, Friedemann, editor, Mitchell, John C., editor, Naor, Moni, editor, Nierstrasz, Oscar, editor, Pandu Rangan, C., editor, Steffen, Bernhard, editor, Sudan, Madhu, editor, Terzopoulos, Demetri, editor, Tygar, Dough, editor, Vardi, Moshe Y., editor, Weikum, Gerhard, editor, Istrail, Sorin, editor, Pevzner, Pavel, editor, Waterman, Michael, editor, and Priami, Corrado, editor

Published
2005
Full Text
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2. Towards Reusing Model Components in Systems Biology

Author

Uhrmacher, Adelinde M., Degenring, Daniela, Lemcke, Jens, Krahmer, Mario, Hutchison, David, Series editor, Kanade, Takeo, Series editor, Kittler, Josef, Series editor, Kleinberg, Jon M., Series editor, Mattern, Friedemann, Series editor, Mitchell, John C., Series editor, Naor, Moni, Series editor, Nierstrasz, Oscar, Series editor, Pandu Rangan, C., Series editor, Steffen, Bernhard, Series editor, Sudan, Madhu, Series editor, Terzopoulos, Demetri, Series editor, Tygar, Dough, Series editor, Vardi, Moshe Y., Series editor, Weikum, Gerhard, Series editor, Istrail, Sorin, editor, Pevzner, Pavel, editor, Waterman, Michael, editor, Danos, Vincent, editor, and Schachter, Vincent, editor

Published
2005
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8. Erstellung und Validierung mechanistischer Modelle für den mikrobiellen Stoffwechsel zur Auswertung von Substrat-Puls-Experimenten

Author

Degenring, Daniela

Abstract

Ziel der vorliegenden Arbeit war es, valide Differentialgleichungsmodelle für die Beschreibung mikrobieller Stoffwechselvorgänge zu entwickeln. Grundlage der Modelle sind Datensätze aus Substrat-Puls-Experimenten, in denen erschiedene Escherichia coli-Stämme durch Glucose-Pulse angeregt und die Veränderungen der intrazellulären Metabolitkonzentrationen zeitlich hoch aufgelöst erfaßt wurden. Die gemessenen Datenreihen waren im Rahmen dieser Arbeit mit computergenerierten Modellen zu beschreiben sowie generelle Schwierigkeiten, die im Verlauf des Auswertungsprozesses auftreten können, zu identifizieren und methodisch anzugehen. Dazu wurde der gesamte Modellierungs- und Simulationszyklus iterativ beschritten. Diesem Ansatz der explorativen Modellierung folgend, wurde eine große Anzahl an Differentialgleichungssystemen zur Auswertung der Meßdaten erstellt. Die Datensätze und Modelle wurden umfangreich validiert, indem bewährte Methoden aus dem Bereich der Modellierung & Simulation übernommen und angewendet wurden. Dies umfaßte eine Fehlerrechnung, die Berechnung von Bestimmungsgrenzen zur Prüfung der Datenqualität sowie Plausibilitätstests und den Einsatz einer induktiven, statistischen Methode zur Untersuchung der Konsistenz der Datensätze. Mehrere Arten für die Analyse der Parametersensitivitätsfunktionen wurden zur Reduktion der Parameterzahl sowie zur anschließenden Prüfung der Struktur und der praktischen Identifizierbarkeit der Modelle angewendet. Des weiteren wurden verschiedene Kriterien zur Modellselektion bzw. Diskriminierung auf Basis der Anpassungsgüte getestet. Die erfolgreichen Tests aller Methoden an zahlreichen Beispielsystemen und den gegebenen Datensätzen dokumentieren die Einsatzfähigkeit der Verfahren. Die Erkenntnisse, welche Methode wann und wie angewandt werden kann, flossen in ein generalisiertes Konzept für einen Modellierungs- und Validierungsprozeß ein. Damit wurde ein erster Schritt hin zu einer Standardisierung des Auswertungs- und Beurteilungsprozesses von Substrat-Puls-Experimenten im Kontext der Systembiologie getan.

Published
2004

10. Towards Reusing Model Components in Systems Biology.

Author

Danos, Vincent, Schachter, Vincent, Uhrmacher, Adelinde M., Degenring, Daniela, Lemcke, Jens, and Krahmer, Mario

Abstract

For reusing model components, it is crucial to understand what information is needed and how it should be presented. The centrality of abstraction being inherent in the modelling process distinguishes model components from software components and makes their reuse even more difficult. Objectives and assumptions which are often difficult to explicitate become an important aspect in describing model components. Following the argumentation line of the Web Service ontology OWL-S, we propose a set of metadata which is structured into profile, process model, and grounding to describe model components. On the basis of the specific model component Tryptophan Synthase, its metadata is refined in XML. The reuse of the described model component is illustrated by integrating it into a model of the Tryptophan operon. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2005

11. Discrete Event Multi-level Models for Systems Biology.

Author

Priami, Corrado, Uhrmacher, Adelinde M., Degenring, Daniela, and Zeigler, Bernard

Abstract

Diverse modeling and simulation methods are being applied in the area of Systems Biology. Most models in Systems Biology can easily be located within the space that is spanned by three dimensions of modeling: continuous and discrete; quantitative and qualitative; stochastic and deterministic. These dimensions are not entirely independent nor are they exclusive. Many modeling approaches are hybrid as they combine continuous and discrete, quantitative and qualitative, stochastic and deterministic aspects. Another important aspect for the distinction of modeling approaches is at which level a model describes a system: is it at the "macro" level, at the "micro" level, or at multiple levels of organization. Although multi-level models can be located anywhere in the space spanned by the three dimensions of modeling and simulation, clustering tendencies can be observed whose implications are discussed and illustrated by moving from a continuous, deterministic quantitative macro model to a stochastic discrete-event semi-quantitative multi-level model. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2005

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