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Ce rapport fait la synthèse des résultats obtenus pour le réseau RHLN/REPHY en 2019 à partir des 25 points suivis le long du littoral normand. Il inclut un bilan du contexte hydro-climatique de l’année 2019 du bassin Seine-Normandie, et la présentation des résultats du réseau obtenus en relation des données interannuelles. Les résultats présentés concernent les paramètres physico-chimiques (température, salinité, oxygène dissous, turbidité, nutriments), et les paramètres biologiques (chlorophylle-a, abondance et composition du phytoplancton). De plus, ce rapport présente la mise à jour intermédiaire des indicateurs des éléments de qualité « Phytoplancton » et de l’Etat Physico-Chimique pour la période 2014-2019, mais qui ne se substitue pas à l’Etat des Lieux officiel des masses d’eau pour la DCE.

This annual report on ecological and fishery monitoring (n ° 36) of the Elecrique Nuclear Production Center (CNPE) in Flamanville (Manche department) concerns the year 2019. This monitoring, which started in 1983, relates to the benthic, fishery and pelagic compartments. It aims to study the medium and long-term temporal evolution of the different marine domains (pelagos, benthos and fishery) and their parameters associated with a local spatial scale (near CNPE and its area of influence). The year 2019 is the 34th year of operation of the CNPE in Flamanville (entry into operation of the CNPE 1986)., Ce rapport annuel de la surveillance écologique et halieutique (n°36) du Centre Nucléaire de production Électrique de Flamanville (département de la Manche) concerne l'année 2019. Cette surveillance, qui a débuté en 1983, porte sur les compartiments benthique, halieutique et pélagique. Elle vise à étudier l’évolution temporelle à moyen et long terme des différents domaines marins (pelagos, benthos et halieutique) et de leurs paramètres associés à une échelle spatiale locale (proche des centrales et de sa zone d’influence). L'année 2019 est la 34ème année de fonctionnement du CNPE de Flamanville (mise en fonctionnement du CNPE 1986).

Depuis 1992, la surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français est assurée par le réseau de Pathologie des Mollusques (Repamo). Ses activités s’inscrivent dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Depuis son évaluation par la plateforme nationale d’épidémiosurveillance en santé animale en 2012, l’objectif de surveillance est la détection précoce des infections dues à des organismes pathogènes exotiques et émergents affectant les mollusques marins sauvages et d’élevage. L’année 2015 est la première année de transition pour laquelle un début d’évolution des modalités de surveillance de la santé des mollusques marins animées par l’Ifremer a été amorcé. Un dispositif hybride de surveillance a été mis en place, s’appuyant sur l’existant et intégrant des débuts d’évolution. La surveillance événementielle a constitué l’activité principale du dispositif en 2015 et s’est appuyée sur des réseaux existants : (1) la surveillance des mortalités observées sur des animaux sentinelles déployés sur les sites ateliers des réseaux Ifremer RESCO 2 (12 sites) pour l’huître creuse Crassostrea gigas et MYTILOBS 2 (8 sites) pour la moule bleue Mytilus edulis. Pour l’huître creuse Crassostrea gigas, la mortalité cumulée moyenne était de 50,3% (écart-type 10,9%) pour le naissain standardisé Ifremer (NSI), de 11,0% (écart-type 9,1%) pour les huîtres de 18 mois et de 7,3% (écart-type 5,6%) pour les huîtres de 30 mois. Les mortalités ont été observées principalement entre le début du mois de mai et la mi-juillet. Lors de ces épisodes de mortalité, des prélèvements d’animaux ont été réalisés en vue d’analyses diagnostiques : 7 prélèvements pour le NSI, 2 pour les huîtres de 18 mois et 1 pour les huîtres de 30 mois. Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les échantillons d’huîtres creuses prélevés et analysés. Le virus OsHV-1 a été détecté dans les 7 échantillons analysés de NSI, dans 2 échantillons analysés d’huîtres de 18 mois et dans 1 échantillon analysé d’huîtres de 30 mois. La bactérie Vibrio aestuarianus a été détectée dans 5 échantillons analysés de NSI, dans 1 échantillon d’huîtres de 18 mois et dans 1’échantillon d’huîtres de 30 mois. Pour la moule bleue Mytilus edulis, des mortalités cumulées variant de 9% sur le site du Vivier à 51% sur le site des filières du Pertuis Breton ont été estimées. Les mortalités ont été observées au printemps sur des moules âgées d’une année et en automne sur des moules plus jeunes. Lors de ces épisodes de mortalités, des prélèvements d’animaux ont été réalisés en vue d’analyses diagnostiques : 2 prélèvements pour les moules d’une année et 1 pour les jeunes moules. Ces prélèvements ont eu lieu dans le Pertuis Breton. Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les échantillons de moules prélevés et analysés. Des bactéries du groupe Splendidus ont été détectées dans les 3 échantillons de moules analysés. (2) la surveillance s’appuyant sur les déclarations de mortalités de mollusques par les conchyliculteurs et pêcheurs à pied professionnels auprès des Directions départementales des territoires et de la mer (DDTM). Cette modalité s’applique aux huîtres creuses et aux moules bleues lorsqu’il n’existe pas de site atelier RESCO 2 ou MYTILOBS 2 dans la zone où des mortalités sont déclarées par les conchyliculteurs ou pêcheurs à pied. Le réseau REPAMO 2 a réalisé 22 interventions, dont 15 pour les moules Mytilus edulis, 4 pour les coques Cerastoderma edule, 2 pour les palourdes Ruditapes sp. et 1pour les coquilles saint Jacques Pecten maximus. La recherche d’agents infectieux dans ces espèces de mollusques prélevés lors de hausse de mortalité a permis de mettre en évidence les parasites réglementés Perkinsus olseni dans 1 lot de palourdes, et Marteilia refringens dans 4 lots de moules, ainsi que le virus OsHV-1 dans 1 lot de palourdes et 1 lot de coques, la bactérie Vibrio aestuarianus dans 3 lots de coques, et des bactéries du groupe Splendidus dans 3 lots de coques et dans 13 lots de moules. L’année 2015 a également permis la démonstration sur un site atelier d’un exercice de surveillance programmée, ciblée et fondée sur les risques d’introduction et d’installation d’un organisme pathogène exotique. Elle a concerné le parasite Mikrocytos mackini de l’huître creuse Crassostrea gigas, sur un site atelier de la Charente-Maritime, suivi par le réseau RESCO 2. Le parasite Mikrocytos mackini n’a pas été détecté. En revanche, le parasite Marteilia refringens a été détecté dans ¾ des prélèvements d’huîtres réalisés. Dans le cadre du soutien scientifique et technique de l’évolution de la surveillance événementielle, l’année 2015 a également permis de poursuivre la démarche relative aux développements méthodologiques en lien avec la surveillance événementielle des mortalités de mollusques marins. Une étude de faisabilité de la recherche prospective de regroupements spatio-temporels d’événements de mortalités d’huîtres creuses a été préparée en collaboration avec tous les acteurs de la santé des mollusques marins en Normandie. Un outil de collecte et d’analyse des données de signalements des mortalités, automatisé, simple d’utilisation et flexible, a été élaboré.

Massive mortalities of Crassostrea gigas spat associated with OsHV-1 virus occurred every year since 2008, all along the French coasts. Previous experimental studies lead to identify physiological functions of the oyster metabolism that responds to infection, denoting infection routes and symptoms or indicating immune response. Among these functions, studies highlighted several genes whose expression was significantly down or upregulated before the mortality event. The expression of these genes should be then used as predictive indicator of oyster response to pathogen infection, including marker-associated selection. In this study, two experiments were designed to identify genes linked to early infection response of Pacific oyster spat during in situ mortality. For several oyster batches, we looked for statistical associations between, on one hand, in situ variation of candidate gene expression, and, on the other hand, variation in kinetic or intensity of the mortality outbreak.