35 results on '"Danielsson, Marcus"'
Search Results
2. Loss of Y and clonal hematopoiesis in blood—two sides of the same coin?
- Author
-
Ljungström, Viktor, Mattisson, Jonas, Halvardson, Jonatan, Pandzic, Tatjana, Davies, Hanna, Rychlicka-Buniowska, Edyta, Danielsson, Marcus, Lacaze, Paul, Cavelier, Lucia, Dumanski, Jan P., Baliakas, Panagiotis, and Forsberg, Lars A.
- Published
- 2022
- Full Text
- View/download PDF
3. Energioptimering vid kartongtillverkning : En Simuleringsbaserad Analys av Värmeåtervinningstorn
- Author
-
Danielsson, Marcus and Danielsson, Marcus
- Abstract
I detta arbete har två nya värmeåtervinningstorn, AHR 4 och 5, kopplade till kartongmaskinen BM1 på Metsä Board Husum undersökts. I syfte att minska energianvändningen för BM1 utan att försämra produktkvaliteten har olika lösningar undersökts. Ett högtemperatur-värmepumps-system (HTHP) som kan skapa lågtrycksånga med hjälp av avluften från torkpartiet på BM1 undersöktes. Simuleringar utfördes i MATLAB med olika konfigurationer av HTHP-systemet med olika kylmedier för att hitta den mest effektiva lösningen. Det resulterade i ett system kopplat till AHR 4 som producerar 12,1 – 13,3 ton ånga/h med ett COP-tal på 1,8 – 2,0. Detta system kan ersätta 14 300 – 15 500 ton ånga under ett halvår vid ångbalansen under H1 första halvåret 2023., Aavluften från AHR 5 hade för låg temperatur för att användas som värmekälla till HTHP-systemet. Uppvärmning av vattenströmmar undersöktes också som ett alternativ för att energieffektivisera produktionen. Ett alternativ var uppvärmning av processvattnet på BM1. Processvattnet på en kartongmaskin kallas bakvatten och det delas upp i två olika system på BM1, ett för topp-/bottenskiktet och ett för mellanskiktet av kartongen. Mellanskiktets bakvattenuppvärmning kräver mest ånga för att nå börvärdestemperaturen. Här kan 13000 ton ånga besparas beräknat med ångbalansen under första halvåret 2023. En annan intressant restström är cirkulationsvattnet för ventilationssystemet. Med dimensionerade temperaturdifferensen för in och utgående vatten på 30/42°C kan värmeåtervinningssystemet producera 9700 kW värme till ventilationssystemet. Slutsatsen av detta arbete är att uppvärmning av mellanskiktets bakvatten är den enskilda lösningen som innebär störst energibesparing för BM1. Denna lösning i kombination med uppvärmning av cirkulationsvattnet ger högst total besparing. HTHP-systemet kan vara intressant för anläggningar som har brist på lågtrycksånga under längre perioder., In this study, two new heat recovery towers, AHR 4 and 5, connected to the paperboard machine BM1 at Metsä Board Husum is investigated. With the aim of minimizing the energy usage of BM1 without compromising the product quality, various solutions have been considered. A high-temperature heat pump system (HTHP) which utilizes the exhaust air from the drying section of BM1 to generate low pressure steam was considered. Simulations were performed in MATLAB with different configurations and refrigerants to find the most efficient solution. This resulted in a system connected to AHR 4 that produces 12.1 – 13.3 tons of steam/h with a coefficient of performance (COP) of 1,.8 – 2,.0. This system can replace 14 300 – 15 500 tons of steam over a six-month period based on the steam balance during H1 the first half of 2023., Tthe temperature from the exhaust air from AHR 5 was too low to be used as a heat source for the HTHP-system. Heating of water streams were also considered as an alternative to energy optimizing the production process. One alternative was heating the process water at BM1, which is called white water. The white water is divided into two different systems on BM1, one for the top/bottom layer and one for the middle layer of the cardboard. Heating the white water of the middle layer requires the most steam to reach the target temperature. Here, 13000 tons of steam savings can be achieved based on the steam balance during the first half of 2023. Another interesting residual stream is the circulation water for the ventilation system. With a designed temperature difference for incoming and outgoing water of 30/42°C, the heat recovery system can produce 9700 kW of heat for the ventilation system. The conclusion of this work is that heating of the white water of the middle layer is the solution which, in isolation, results in the highest potential of energy savings for BM1. This solution, in combination with heating of the circulation water results in the highest
- Published
- 2024
4. Immune cells lacking Y chromosome show dysregulation of autosomal gene expression
- Author
-
Dumanski, Jan P., Halvardson, Jonatan, Davies, Hanna, Rychlicka-Buniowska, Edyta, Mattisson, Jonas, Moghadam, Behrooz Torabi, Nagy, Noemi, Węglarczyk, Kazimierz, Bukowska-Strakova, Karolina, Danielsson, Marcus, Olszewski, Paweł, Piotrowski, Arkadiusz, Oerton, Erin, Ambicka, Aleksandra, Przewoźnik, Marcin, Bełch, Łukasz, Grodzicki, Tomasz, Chłosta, Piotr L., Imreh, Stefan, Giedraitis, Vilmantas, Kilander, Lena, Nordlund, Jessica, Ameur, Adam, Gyllensten, Ulf, Johansson, Åsa, Józkowicz, Alicja, Siedlar, Maciej, Klich-Rączka, Alicja, Jaszczyński, Janusz, Enroth, Stefan, Baran, Jarosław, Ingelsson, Martin, Perry, John R. B., Ryś, Janusz, and Forsberg, Lars A.
- Published
- 2021
- Full Text
- View/download PDF
5. A combined approach for single-cell mRNA and intracellular protein expression analysis
- Author
-
Reimegård, Johan, Tarbier, Marcel, Danielsson, Marcus, Schuster, Jens, Baskaran, Sathishkumar, Panagiotou, Styliani, Dahl, Niklas, Friedländer, Marc R., and Gallant, Caroline J.
- Published
- 2021
- Full Text
- View/download PDF
6. Leukocytes with chromosome Y loss have reduced abundance of the cell surface immunoprotein CD99
- Author
-
Mattisson, Jonas, Danielsson, Marcus, Hammond, Maria, Davies, Hanna, Gallant, Caroline J., Nordlund, Jessica, Raine, Amanda, Edén, Malin, Kilander, Lena, Ingelsson, Martin, Dumanski, Jan P., Halvardson, Jonatan, and Forsberg, Lars A.
- Published
- 2021
- Full Text
- View/download PDF
7. A polygenic risk score predicts mosaic loss of chromosome Y in circulating blood cells
- Author
-
Riaz, Moeen, Mattisson, Jonas, Polekhina, Galina, Bakshi, Andrew, Halvardson, Jonatan, Danielsson, Marcus, Ameur, Adam, McNeil, John, Forsberg, Lars A., and Lacaze, Paul
- Published
- 2021
- Full Text
- View/download PDF
8. Reply to Veitia
- Author
-
Danielsson, Marcus, Halvardson, Jonatan, Mattisson, Jonas, and Forsberg, Lars A.
- Published
- 2021
- Full Text
- View/download PDF
9. Mosaic loss of chromosome Y in leukocytes matters
- Author
-
Forsberg, Lars A., Halvardson, Jonatan, Rychlicka-Buniowska, Edyta, Danielsson, Marcus, Moghadam, Behrooz Torabi, Mattisson, Jonas, Rasi, Chiara, Davies, Hanna, Lind, Lars, Giedraitis, Vilmantas, Lannfelt, Lars, Kilander, Lena, Ingelsson, Martin, and Dumanski, Jan P.
- Published
- 2019
- Full Text
- View/download PDF
10. Loss of chromosome Y in regulatory T cells
- Author
-
Mattisson, Jonas, primary, Halvardson, Jonatan, additional, Davies, Hanna, additional, Bruhn-Olszewska, Bożena, additional, Olszewski, Paweł, additional, Danielsson, Marcus, additional, Bjurling, Josefin, additional, Lindberg, Amanda, additional, Zaghlool, Ammar, additional, Rychlicka-Buniowska, Edyta, additional, Dumanski, Jan P., additional, and Forsberg, Lars A., additional
- Published
- 2023
- Full Text
- View/download PDF
11. Hematopoietic loss of Y chromosome leads to cardiac fibrosis and heart failure mortality
- Author
-
Sano, Soichi, primary, Horitani, Keita, additional, Ogawa, Hayato, additional, Halvardson, Jonatan, additional, Chavkin, Nicholas W., additional, Wang, Ying, additional, Sano, Miho, additional, Mattisson, Jonas, additional, Hata, Atsushi, additional, Danielsson, Marcus, additional, Miura-Yura, Emiri, additional, Zaghlool, Ammar, additional, Evans, Megan A., additional, Fall, Tove, additional, De Hoyos, Henry N., additional, Sundström, Johan, additional, Yura, Yoshimitsu, additional, Kour, Anupreet, additional, Arai, Yohei, additional, Thel, Mark C., additional, Arai, Yuka, additional, Mychaleckyj, Josyf C., additional, Hirschi, Karen K., additional, Forsberg, Lars A., additional, and Walsh, Kenneth, additional
- Published
- 2022
- Full Text
- View/download PDF
12. Utveckling och resurshyror
- Author
-
Danielsson, Marcus and Danielsson, Marcus
- Abstract
I en värld av ökad exploatering av jordens resurser skapas också mer potentiella källor för konflikt men också källor för intäkter som kan användas för ekonomisk och mänsklig utveckling. Medan tidigare forskning ofta visat att naturresurser har ett negativt samband med utveckling som ofta innebär ekonomisk utveckling utökar denna uppsats vyn genom att titta på mänsklig utveckling och skiljer på olika resurser i statistiska analysen. Syftet med denna text är att undersöka om resurshyror påverkar BNP per capita-tillväxt och HDI-tillväxt och huruvida fem olika typer av resurshyror (mineral, skog, olja, naturgas, kol) skiljer sig åt i deras samband med utveckling. För att testa detta samband har två korrelationstest gjorts under två tidsperioder, först mellan 1970–2019 sedan 1990–2019. Det första korrelationstestet fann inget signifikant samband men det andra hittade både samband som stödde resursförbannelseteorin och ett positivt samband mellan skogshyror och HDI-tillväxt vilket kan betyda att olika typer av resurser har olika typer av utfall.
- Published
- 2022
13. Loss of Y and clonal hematopoiesis in blood—two sides of the same coin?
- Author
-
Ljungström, Viktor, primary, Mattisson, Jonas, additional, Halvardson, Jonatan, additional, Pandzic, Tatjana, additional, Davies, Hanna, additional, Rychlicka-Buniowska, Edyta, additional, Danielsson, Marcus, additional, Lacaze, Paul, additional, Cavelier, Lucia, additional, Dumanski, Jan P., additional, Baliakas, Panagiotis, additional, and Forsberg, Lars A., additional
- Published
- 2021
- Full Text
- View/download PDF
14. A polygenic risk score predicts mosaic loss of chromosome Y in circulating blood cells
- Author
-
Riaz, Moeen, primary, Mattisson, Jonas, additional, Polekhina, Galina, additional, Bakshi, Andrew, additional, Halvardson, Jonatan, additional, Danielsson, Marcus, additional, Ameur, Adam, additional, McNeil, John, additional, Forsberg, Lars A., additional, and Lacaze, Paul, additional
- Published
- 2021
- Full Text
- View/download PDF
15. A journey through worlds of knowledge : a qualitative interview study about teacher descriptions of knowledge in relation to the curriculum's formulated forms of knowledge
- Author
-
Danielsson, Marcus
- Subjects
läroplan ,bedömning ,undervisning ,Social Sciences ,Samhällsvetenskap ,Lärare ,kunskapssyn ,planering ,kunskapsformer - Abstract
Denna studies syfte är att öka kunskapen om SO-lärares (samhällsorienterande ämnena) beskrivningarav kunskap och att undersöka hur dessa relaterar till läroplanens utvidgade kunskapsbegrepp, vilketuttrycks som att kunskapsformerna fakta, förståelse, färdighet och förtrogenhet ska förutsätta varandraoch balanseras i undervisningen. Kunskapsbegreppet har en lång historik inom filosofin men är relativtoutforskat i didaktiska sammanhang, vilket kan te sig motsägelsefullt. Kvalitativa intervjuergenomfördes på 10 verksamma SO-lärare och en kvalitativ innehållsanalys valdes som analysmetod. Resultaten visade att lärare har svårt att formulera en egen kunskapssyn när de tillfrågas, men kanutförligt beskriva hur den tar sig uttryck i praktiken genom didaktiska val. Lärarna beskrev enprogression i kunskapsformerna, i betydelsen att faktakunskaper ses som grundläggande ochnödvändiga för att sedan kunna fortsätta att fördjupa förståelsen och slutligen kunna använda sig avkunskaper (färdigheter). Kunskapsformen förtrogenhet var bekant hos lärarna, men svårt att definieraoch förklara vad det betydde, samt ge exempel på vad det kunde innebära i lärarnas praktik. Analysen synliggjorde även fyra epistemiska teman som lärarna förhöll sig till när de talade omkunskap: Kunskap som auktoritet, utbildning, bildning och identitet. Sammanfattningsvis kan sägas attkunskap som auktoritet och utbildning genomsyrade lärarnas planering och bedömning av kunskap,medan kunskap som bildning och identitet gavs ett större utrymme när lärarna undervisade. Möjligavägar för att beskriva och synliggöra lärares kunskapssyner och hur de kan förhålla sig tillkontextuella förutsättningar och den faktiska klassrumsmiljön diskuteras i slutet av uppsatsen.
- Published
- 2021
16. Mosaic loss of chromosome Y : methods for detection and consequences for affected leukocytes and men
- Author
-
Danielsson, Marcus
- Subjects
somatic mosaicism ,mosaic loss of chromosome Y ,mLOY ,Medical Genetics ,Medicinsk genetik - Abstract
It has been known for centuries that men live shorter lives than women, but until recently, the biological mechanisms driving this sex bias has been poorly understood. Mosaic loss of chromosome Y (mLOY) refers to chromosome Y aneuploidy, a male specific and the most common somatic mutation in human blood cells. Known risk factors include age, smoking and genetic predisposition. Men with mLOY carry a fraction of blood cells without the Y chromosome, due to its loss from hematopoietic progenitor cells during life. Hence, in a single cell LOY is a binary event causing the absence of almost 2% of the male haploid nuclear genome. When measured in bulk samples, it is present as a continuous mosaicism affecting a fraction of cells. A paper published in 1963 demonstrated that mLOY is frequent in cells of the hematopoietic system in aging men, but it was long viewed as a neutral event. In contrast, recent discoveries demonstrate that mLOY in blood is associated with various forms of cancer, autoimmune conditions, Alzheimer’s disease, cardiovascular events, diabetes as well as age-related macular degeneration. Studies support the hypothesis that mLOY in leukocytes may exacerbate disease processes in other organs. Thus, given the associations with several common diseases, mLOY in blood cells could help explain reduced male longevity. A main aim and a long term goal of the work presented in this thesis is the development of novel methods for improved mLOY detection. Focus here is exploration of analytes such as DNA, RNA and proteins, including studies of bulk samples as well as single cell approaches. Among the evaluated methods are SNP-arrays, ddPCR, WGS, RNA-seq and CITE-seq. Furthermore, a novel method called SPARC was developed for co-detection of the transcriptome and a panel of 92 proteins in single cells. Future methods with clinical utility for mLOY should, in addition to robust detection, be able to simultaneously discriminate mLOY in different types of immune cells. The latter builds on recent results showing cell type specificity with regard to disease associations. To meet these needs, single cell analyses using mLOY associated cell surface proteins have been pursued and proof-of-concept established. Implementation of mLOY screening in general populations has the potential to identify men with increased risk for various disease. It could be envisioned that further medical examination of men affected with mLOY would enable earlier diagnoses of ongoing disease processes as well as serving to guide targeted interventions.
- Published
- 2021
17. Additional file 1 of A polygenic risk score predicts mosaic loss of chromosome Y in circulating blood cells
- Author
-
Riaz, Moeen, Mattisson, Jonas, Polekhina, Galina, Bakshi, Andrew, Halvardson, Jonatan, Danielsson, Marcus, Ameur, Adam, McNeil, John, Forsberg, Lars A., and Lacaze, Paul
- Subjects
Data_FILES - Abstract
Additional file 1.
- Published
- 2021
- Full Text
- View/download PDF
18. En resa genom kunskapsvärldar : En intervjustudie om SO-lärares beskrivningar av kunskap i relation till läroplanens formulerade kunskapsformer
- Author
-
Danielsson, Marcus and Danielsson, Marcus
- Abstract
Denna studies syfte är att öka kunskapen om SO-lärares (samhällsorienterande ämnena) beskrivningarav kunskap och att undersöka hur dessa relaterar till läroplanens utvidgade kunskapsbegrepp, vilketuttrycks som att kunskapsformerna fakta, förståelse, färdighet och förtrogenhet ska förutsätta varandraoch balanseras i undervisningen. Kunskapsbegreppet har en lång historik inom filosofin men är relativtoutforskat i didaktiska sammanhang, vilket kan te sig motsägelsefullt. Kvalitativa intervjuergenomfördes på 10 verksamma SO-lärare och en kvalitativ innehållsanalys valdes som analysmetod. Resultaten visade att lärare har svårt att formulera en egen kunskapssyn när de tillfrågas, men kanutförligt beskriva hur den tar sig uttryck i praktiken genom didaktiska val. Lärarna beskrev enprogression i kunskapsformerna, i betydelsen att faktakunskaper ses som grundläggande ochnödvändiga för att sedan kunna fortsätta att fördjupa förståelsen och slutligen kunna använda sig avkunskaper (färdigheter). Kunskapsformen förtrogenhet var bekant hos lärarna, men svårt att definieraoch förklara vad det betydde, samt ge exempel på vad det kunde innebära i lärarnas praktik. Analysen synliggjorde även fyra epistemiska teman som lärarna förhöll sig till när de talade omkunskap: Kunskap som auktoritet, utbildning, bildning och identitet. Sammanfattningsvis kan sägas attkunskap som auktoritet och utbildning genomsyrade lärarnas planering och bedömning av kunskap,medan kunskap som bildning och identitet gavs ett större utrymme när lärarna undervisade. Möjligavägar för att beskriva och synliggöra lärares kunskapssyner och hur de kan förhålla sig tillkontextuella förutsättningar och den faktiska klassrumsmiljön diskuteras i slutet av uppsatsen.
- Published
- 2021
19. Longitudinal changes in the frequency of mosaic chromosome Y loss in peripheral blood cells of aging men varies profoundly between individuals
- Author
-
Danielsson, Marcus, Halvardson, Jonatan, Davies, Hanna, Moghadam, Behrooz Torabi, Mattisson, Jonas, Rychlicka-Buniowska, Edyta, Jaszczyński, Janusz, Heintz, Julia, Lannfelt, Lars, Giedraitis, Vilmantas, Ingelsson, Martin, Dumanski, Jan P., Forsberg, Lars A., Danielsson, Marcus, Halvardson, Jonatan, Davies, Hanna, Moghadam, Behrooz Torabi, Mattisson, Jonas, Rychlicka-Buniowska, Edyta, Jaszczyński, Janusz, Heintz, Julia, Lannfelt, Lars, Giedraitis, Vilmantas, Ingelsson, Martin, Dumanski, Jan P., and Forsberg, Lars A.
- Abstract
Mosaic loss of chromosome Y (LOY) is the most common somatic genetic aberration and is associated with increased risk for all-cause mortality, various forms of cancer and Alzheimer's disease, as well as other common human diseases. By tracking LOY frequencies in subjects from which blood samples have been serially collected up to five times during up to 22 years, we observed a pronounced intra-individual variation of changes in the frequency of LOY within individual men over time. We observed that in some individuals the frequency of LOY in blood clearly progressed over time and that in other men, the frequency was constant or showed other types of longitudinal development. The predominant method used for estimating LOY is calculation of the median Log R Ratio of probes located in the male specific part of chromosome Y (mLRRY) from intensity data generated by SNP-arrays, which is difficult to interpret due to its logarithmic and inversed scale. We present here a formula to transform mLRRY-values to percentage of LOY that is a more comprehensible unit. The formula was derived using measurements of LOY from matched samples analysed using SNP-array, whole genome sequencing and a new AMELX/AMELY-based assay for droplet digital PCR. The methods described could be applied for analyses of the vast amount of SNP-array data already generated in the scientific community, allowing further discoveries of LOY associated diseases and outcomes., These authors contributed equally: Jan P. Dumanski, Lars A. Forsberg
- Published
- 2020
- Full Text
- View/download PDF
20. Genetic predisposition to mosaic Y chromosome loss in blood
- Author
-
Thompson, Deborah J, Genovese, Giulio, Halvardson, Jonatan, Ulirsch, Jacob C, Wright, Daniel J, Terao, Chikashi, Davidsson, Olafur B, Day, Felix R, Sulem, Patrick, Jiang, Yunxuan, Danielsson, Marcus, Davies, Hanna, Dennis, Joe, Dunlop, Malcolm G, Easton, Douglas F, Fisher, Victoria A, Zink, Florian, Houlston, Richard S, Ingelsson, Martin, Kar, Siddhartha, Kerrison, Nicola D, Kinnersley, Ben, Kristjansson, Ragnar P, Law, Philip J, Li, Rong, Loveday, Chey, Mattisson, Jonas, McCarroll, Steven A, Murakami, Yoshinori, Murray, Anna, Olszewski, Pawel, Rychlicka-Buniowska, Edyta, Scott, Robert A, Thorsteinsdottir, Unnur, Tomlinson, Ian, Moghadam, Behrooz Torabi, Turnbull, Clare, Wareham, Nicholas J, Gudbjartsson, Daniel F, International Lung Cancer Consortium (INTEGRAL-ILCCO), Breast Cancer Association Consortium, Consortium Of Investigators Of Modifiers Of BRCA1/2, Endometrial Cancer Association Consortium, Ovarian Cancer Association Consortium, Prostate Cancer Association Group To Investigate Cancer Associated Alterations In The Genome (PRACTICAL) Consortium, Kidney Cancer GWAS Meta-Analysis Project, EQTLGen Consortium, Biobank-Based Integrative Omics Study (BIOS) Consortium, 23andMe Research Team, Kamatani, Yoichiro, Hoffmann, Eva R, Jackson, Steve P, Stefansson, Kari, Auton, Adam, Ong, Ken K, Machiela, Mitchell J, Loh, Po-Ru, Dumanski, Jan P, Chanock, Stephen J, Forsberg, Lars A, Perry, John RB, Thompson, Deborah [0000-0003-1465-5799], Wright, Daniel [0000-0003-3983-2093], Day, Felix [0000-0003-3789-7651], Dennis, Joe [0000-0003-4591-1214], Easton, Douglas [0000-0003-2444-3247], Wareham, Nicholas [0000-0003-1422-2993], Jackson, Stephen [0000-0001-9317-7937], Ong, Kenneth [0000-0003-4689-7530], Perry, John [0000-0001-6483-3771], and Apollo - University of Cambridge Repository
- Subjects
Adult ,Genetic Markers ,Male ,0303 health sciences ,Chromosomes, Human, Y ,Mosaicism ,Computational Biology ,Middle Aged ,Genomic Instability ,United Kingdom ,3. Good health ,03 medical and health sciences ,0302 clinical medicine ,030220 oncology & carcinogenesis ,Neoplasms ,Databases, Genetic ,Leukocytes ,Humans ,Female ,Genetic Predisposition to Disease ,Chromosome Deletion ,030304 developmental biology ,Aged - Abstract
Mosaic loss of chromosome Y (LOY) in circulating white blood cells is the most common form of clonal mosaicism1-5, yet our knowledge of the causes and consequences of this is limited. Here, using a computational approach, we estimate that 20% of the male population represented in the UK Biobank study (n = 205,011) has detectable LOY. We identify 156 autosomal genetic determinants of LOY, which we replicate in 757,114 men of European and Japanese ancestry. These loci highlight genes that are involved in cell-cycle regulation and cancer susceptibility, as well as somatic drivers of tumour growth and targets of cancer therapy. We demonstrate that genetic susceptibility to LOY is associated with non-haematological effects on health in both men and women, which supports the hypothesis that clonal haematopoiesis is a biomarker of genomic instability in other tissues. Single-cell RNA sequencing identifies dysregulated expression of autosomal genes in leukocytes with LOY and provides insights into why clonal expansion of these cells may occur. Collectively, these data highlight the value of studying clonal mosaicism to uncover fundamental mechanisms that underlie cancer and other ageing-related diseases.
- Published
- 2019
- Full Text
- View/download PDF
21. Longitudinal changes in the frequency of mosaic chromosome Y loss in peripheral blood cells of aging men varies profoundly between individuals
- Author
-
Danielsson, Marcus, Halvardson, Jonatan, Davies, Hanna, Torabi Moghadam, Behrooz, Mattisson, Jonas, Rychlicka-Buniowska, Edyta, Jaszczyński, Janusz, Heintz, Julia, Lannfelt, Lars, Giedraitis, Vilmantas, Ingelsson, Martin, Dumanski, Jan P., and Forsberg, Lars A.
- Subjects
Male ,Aging ,Blood Cells ,Chromosomes, Human, Y ,Polymorphism, Genetic ,Mosaicism ,Article ,Correspondence ,Genetics ,Humans ,Chromosome Deletion ,Genetic techniques ,Medical Genetics ,Biomarkers ,Medicinsk genetik - Abstract
Mosaic loss of chromosome Y (LOY) is the most common somatic genetic aberration and is associated with increased risk for all-cause mortality, various forms of cancer and Alzheimer's disease, as well as other common human diseases. By tracking LOY frequencies in subjects from which blood samples have been serially collected up to five times during up to 22 years, we observed a pronounced intra-individual variation of changes in the frequency of LOY within individual men over time. We observed that in some individuals the frequency of LOY in blood clearly progressed over time and that in other men, the frequency was constant or showed other types of longitudinal development. The predominant method used for estimating LOY is calculation of the median Log R Ratio of probes located in the male specific part of chromosome Y (mLRRY) from intensity data generated by SNP-arrays, which is difficult to interpret due to its logarithmic and inversed scale. We present here a formula to transform mLRRY-values to percentage of LOY that is a more comprehensible unit. The formula was derived using measurements of LOY from matched samples analysed using SNP-array, whole genome sequencing and a new AMELX/AMELY-based assay for droplet digital PCR. The methods described could be applied for analyses of the vast amount of SNP-array data already generated in the scientific community, allowing further discoveries of LOY associated diseases and outcomes. These authors contributed equally: Jan P. Dumanski, Lars A. Forsberg
- Published
- 2019
22. Genetic predisposition to mosaic Y chromosome loss in blood is associated with genomic instability in other tissues and susceptibility to non-haematological cancers
- Author
-
Thompson, Deborah, Genovese, Giulio, Halvardson, Jonatan, Ulirsch, Jacob, Wright, Daniel, Terao, Chikashi, Davidsson, Olafur, Day, Felix, Sulem, Patrick, Jiang, Yunxuan, Danielsson, Marcus, Davies, Hanna, Dennis, Joe, Dunlop, Malcolm, Easton, Douglas, Fisher, Victoria, Zink, Florian, Houlston, Richard, Ingelsson, Martin, Kar, Siddhartha, Kerrison, Nicola, Kristjansson, Ragnar, Li, Rong, Loveday, Chey, Mattisson, Jonas, McCarroll, Steven, Murakami, Yoshinori, Murray, Anna, Olszewski, Pawel, Rychlicka-Buniowska, Edyta, Scott, Robert, Thorsteinsdottir, Unnur, Tomlinson, Ian, Torabi Moghadam, Behrooz, Turnbull, Clare, Wareham, Nicholas, Gudbjartsson, Daniel, Kamatani, Yoichiro, Finucane, Hilary, Hoffmann, Eva, Jackson, Steve, Stefansson, Kari, Auton, Adam, Ong, Ken, Machiela, Mitchell, Loh, Po-Ru, Dumanski, Jan, Chanock, Stephen, Forsberg, Lars, and Perry, John
- Subjects
0303 health sciences ,03 medical and health sciences ,0302 clinical medicine ,030220 oncology & carcinogenesis ,3. Good health ,030304 developmental biology - Abstract
Mosaic loss of chromosome Y (LOY) in circulating white blood cells is the most common form of clonal mosaicism, yet our knowledge of the causes and consequences of this is limited. Using a newly developed approach, we estimate that 20% of the UK Biobank male population (N=205,011) has detectable LOY. We identify 156 autosomal genetic determinants of LOY, which we replicate in 757,114 men of European and Japanese ancestry. These loci highlight genes involved in cell-cycle regulation, cancer susceptibility, somatic drivers of tumour growth and cancer therapy targets. Genetic susceptibility to LOY is associated with non-haematological health outcomes in both men and women, supporting the hypothesis that clonal haematopoiesis is a biomarker of genome instability in other tissues. Single-cell RNA sequencing identifies dysregulated autosomal gene expression in leukocytes with LOY, providing insights into how LOY may confer cellular growth advantage. Collectively, these data highlight the utility of studying clonal mosaicism to uncover fundamental mechanisms underlying cancer and other ageing-related diseases.
- Published
- 2019
23. Combined mRNA and protein single cell analysis in a dynamic cellular system using SPARC
- Author
-
Reimegård, Johan, primary, Danielsson, Marcus, additional, Tarbier, Marcel, additional, Schuster, Jens, additional, Baskaran, Sathishkumar, additional, Panagiotou, Styliani, additional, Dahl, Niklas, additional, Friedländer, Marc R., additional, and Gallant, Caroline J., additional
- Published
- 2019
- Full Text
- View/download PDF
24. Immune cells lacking Y chromosome have widespread dysregulation of autosomal genes
- Author
-
Dumanski, Jan P., primary, Halvardson, Jonatan, additional, Davies, Hanna, additional, Rychlicka-Buniowska, Edyta, additional, Mattisson, Jonas, additional, Moghadam, Behrooz Torabi, additional, Nagy, Noemi, additional, Węglarczyk, Kazimierz, additional, Bukowska-Strakova, Karolina, additional, Danielsson, Marcus, additional, Olszewski, Paweł, additional, Piotrowski, Arkadiusz, additional, Oerton, Erin, additional, Ambicka, Aleksandra, additional, Przewoźnik, Marcin, additional, Bełch, Łukasz, additional, Grodzicki, Tomasz, additional, Chłosta, Piotr L., additional, Imreh, Stefan, additional, Giedraitis, Vilmantas, additional, Kilander, Lena, additional, Nordlund, Jessica, additional, Ameur, Adam, additional, Gyllensten, Ulf, additional, Johansson, Åsa, additional, Józkowicz, Alicja, additional, Siedlar, Maciej, additional, Klich-Rączka, Alicja, additional, Jaszczyński, Janusz, additional, Enroth, Stefan, additional, Baran, Jarosław, additional, Ingelsson, Martin, additional, Perry, John R. B., additional, Ryś, Janusz, additional, and Forsberg, Lars A., additional
- Published
- 2019
- Full Text
- View/download PDF
25. Intra-individual changes in the frequency of mosaic loss of chromosome Y over time estimated with a new method
- Author
-
Danielsson, Marcus, primary, Halvardson, Jonatan, additional, Davies, Hanna, additional, Moghadam, Behrooz Torabi, additional, Mattisson, Jonas, additional, Rychlicka-Buniowska, Edyta, additional, Jaszczyński, Janusz, additional, Heintz, Julia, additional, Lannfelt, Lars, additional, Giedraitis, Vilmantas, additional, Ingelsson, Martin, additional, Dumanski, Jan P., additional, and Forsberg, Lars A., additional
- Published
- 2019
- Full Text
- View/download PDF
26. Mosaic loss of chromosome Y in leukocytes matters
- Author
-
Forsberg, Lars A., primary, Halvardson, Jonatan, additional, Rychlicka-Buniowska, Edyta, additional, Danielsson, Marcus, additional, Moghadam, Behrooz Torabi, additional, Mattisson, Jonas, additional, Rasi, Chiara, additional, Davies, Hanna, additional, Lind, Lars, additional, Giedraitis, Vilmantas, additional, Lannfelt, Lars, additional, Kilander, Lena, additional, Ingelsson, Martin, additional, and Dumanski, Jan P., additional
- Published
- 2018
- Full Text
- View/download PDF
27. Genetic predisposition to mosaic Y chromosome loss in blood.
- Author
-
Thompson, Deborah J., Genovese, Giulio, Halvardson, Jonatan, Ulirsch, Jacob C., Wright, Daniel J., Terao, Chikashi, Davidsson, Olafur B., Day, Felix R., Sulem, Patrick, Jiang, Yunxuan, Danielsson, Marcus, Davies, Hanna, Dennis, Joe, Dunlop, Malcolm G., Easton, Douglas F., Fisher, Victoria A., Zink, Florian, Houlston, Richard S., Ingelsson, Martin, and Kar, Siddhartha
- Abstract
Mosaic loss of chromosome Y (LOY) in circulating white blood cells is the most common form of clonal mosaicism1–5, yet our knowledge of the causes and consequences of this is limited. Here, using a computational approach, we estimate that 20% of the male population represented in the UK Biobank study (n = 205,011) has detectable LOY. We identify 156 autosomal genetic determinants of LOY, which we replicate in 757,114 men of European and Japanese ancestry. These loci highlight genes that are involved in cell-cycle regulation and cancer susceptibility, as well as somatic drivers of tumour growth and targets of cancer therapy. We demonstrate that genetic susceptibility to LOY is associated with non-haematological effects on health in both men and women, which supports the hypothesis that clonal haematopoiesis is a biomarker of genomic instability in other tissues. Single-cell RNA sequencing identifies dysregulated expression of autosomal genes in leukocytes with LOY and provides insights into why clonal expansion of these cells may occur. Collectively, these data highlight the value of studying clonal mosaicism to uncover fundamental mechanisms that underlie cancer and other ageing-related diseases. A genome-wide association study of mosaic loss of chromosome Y (LOY) in UK Biobank participants identifies 156 genetic determinants of LOY, showing that LOY is associated with cancer and non-haematological health outcomes. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
- Published
- 2019
- Full Text
- View/download PDF
28. Bonussystemets effekter : En fallstudie på Länsförsäkringar Kalmar län
- Author
-
Danielsson, Marcus and Fredlund, Johan
- Subjects
bonussystem ,Bonus ,motivation ,Business Administration ,Företagsekonomi - Abstract
Belöningssystem är ett styrverktyg som används för att styra en verksamhet till ett eller flera uppsatta mål. Under senare år har belöningssystem börjat ifrågasättas. Teoretiker har genomfört studier som visar på att ett belöningssystems effekter inte alltid är positiva. Med bakgrund till detta ville vi skapa oss en förståelse för vilka effekter bonussystemet har på Länsförsäkringar Kalmar län. Syftet med uppsatsen är att få en förståelse för hur bonussystemet påverkar de anställda på Länsförsäkringar Kalmar län och hur de motiveras att uppnå företagets mål. Uppsatsen är skriven ur ett hermenutiskt synsätt och har tolkats med hjälp av ett resultat utifrån nio kvalitativa intervjuer och teorier inom ämnet. Intervjuerna har genomförts med vice VD samt åtta respondenter från tre olika avdelningar på Länsförsäkringar Kalmar län. Därefter har vi genomfört en tolkning utifrån resultatet och den teoretiska referensramen. Belöningssystemet uppfattas som något positivt i den bemärkelsen att det är trevligt att få extra lön. Den motiverande effekten uppnås inte och det är målen i sig som är motiverande vilket medför att målen och belöningssystemet ses som två olika delar som är svåra att koppla ihop. Det leder till att det är svårt att se en koppling mellan prestation och resultat. Bonusen fungerar därför inte som en motiverande faktor. En intressant frågeställning som inte fick utrymme att svaras på i den här studien är om bonussystemets kostnader överstiger nyttan. Denna frågeställning hade varit intressant att få svar på och är därmed ett förslag till vidare forskning inom området bonussystem.
- Published
- 2013
29. Verksamhetsplanerat polisarbete : En intervjuundersökning med poliser på ingripandeenheten i Sundsvalls närpolisområde
- Author
-
Danielsson, Marcus and Nilsson, Calle
- Subjects
Polisens organisation och utrustning - Strategi taktik operation - Abstract
I detta arbete behandlas polisens verksamhetsstyrning och nya metoder att redovisa de faktiska arbetsinsatserna samt hur dessa metoder att styra och mäta polisens arbete uppfattas av poliser på ingripandeenheten i Sundsvalls närpolisområde. Arbetet bygger på genomförda intervjuer med poliser på ingripandeenheten. Under kapitlet förklaringsmodell sker en genomgång av hur polisen styrs samt förändringen av polisens verksamhetsstyrning och den nya modell som implementerats. Resultaten från intervjuerna visar på att många poliser uppfattar den nya verksamhetsstyrningen som något negativt och en produkt av chefer för chefer. Intervjuerna ger även en bild av att många poliser inte är insatta i det arbetssätt som bör tillämpas i enlighet med den nya modellen. I det avslutande kapitlet diskussion knyts syfte, frågeställningar, förklaringsmodellen och resultatet samman. Den övergripande slutsatsen är att den nya verksamhetsstyrningen är en modell med stor potential men har många brister. Den mest uppenbara är bristen på förankring bland poliserna på ingripandeenheten i Sundsvalls närpolisområde.
- Published
- 2008
30. Fågelloppan - inte rödhaken - är vårens budbärare
- Author
-
Olsen, Björn, Danielsson, Marcus, Bladh, Magnus, Settergren, Bo, Olsen, Björn, Danielsson, Marcus, Bladh, Magnus, and Settergren, Bo
- Published
- 2010
31. Utvärdering och utformning av webbokningssystemgränssnitt
- Author
-
Danielsson, Marcus and Danielsson, Marcus
- Abstract
Eftersom webbokningssystem kan ge stora fördelar för feedback och valmöjligheter jämfört med övriga bokningstekniker, är detta ett sätt att boka på som allt fler människor väljer. I de webbokningssystem som existerar idag finns det dock flera brister, dels beroende på att de ser ganska olika ut beroende på vilket företag som står för dem och dels därför att inte alla möjliga funktioner utnyttjas. I detta examensarbete har det därför genom intervjuer och enkäter undersökts hur användarna vill att ett webbokningssystem ska se ut och vilka funktioner som ska finnas. De slutsatser som har arbetats fram är antalet sidor ett webbokningssystem bör vara uppbyggt av samt om och hur olika funktioner bör användas i ett webbokningssystem, och hur dessa i så fall ska se ut. De resultat som framtagits i arbetet ger goda riktlinjer om hur ett webbokningssystem bör se ut och kan användas som en guide för uppbyggnaden av webbokningssystem
- Published
- 2003
32. Loss of Y and clonal hematopoiesis in blood—two sides of the same coin?
- Author
-
Ljungström, Viktor, Mattisson, Jonas, Halvardson, Jonatan, Pandzic, Tatjana, Davies, Hanna, Rychlicka-Buniowska, Edyta, Danielsson, Marcus, Lacaze, Paul, Cavelier, Lucia, Dumanski, Jan P., Baliakas, Panagiotis, and Forsberg, Lars A.
- Full Text
- View/download PDF
33. Combined mRNA and protein single cell analysis in a dynamic cellular system
- Author
-
Reimegård, Johan, Tarbier, Marcel, Danielsson, Marcus, Schuster, Jens, Baskaran, Sathishkumar, Panagiotou, Styliani, Dahl, Niklas, Friedländer, Marc R., Gallant, Caroline J., Reimegård, Johan, Tarbier, Marcel, Danielsson, Marcus, Schuster, Jens, Baskaran, Sathishkumar, Panagiotou, Styliani, Dahl, Niklas, Friedländer, Marc R., and Gallant, Caroline J.
- Abstract
Combined measurements of mRNA and protein expression in single cells enables in-depth analysis of cellular states. We present single-cell protein and RNA co-profiling (SPARC), an approach to – for the first time – simultaneously measure global mRNA and large sets of intracellular protein in individual cells. Using SPARC, we show that mRNA expression fails to accurately reflect protein abundance at the time of measurement in human embryonic stem cells, although the direction of mRNA and protein expression changes is in agreement during cellular differentiation. Moreover, protein levels of transcription factors better predict their downstream effects than do their corresponding transcripts. We further show that changes of the balance between protein and mRNA expression levels can be applied to infer expression kinetic trajectories, predicting future states of individual cells. Finally, we highlight that protein expression variation is overall lower than mRNA variation, but relative variation of gene expression at the protein level does not reflect the mRNA level. Overall, our results demonstrate that mRNA and protein measurements in single cells provide different and complementary information regarding cell states. Accordingly, SPARC offers valuable insights into gene expression programs of single cells.
34. Longitudinal changes in the frequency of mosaic chromosome Y loss in peripheral blood cells of aging men varies profoundly between individuals.
- Author
-
Danielsson M, Halvardson J, Davies H, Torabi Moghadam B, Mattisson J, Rychlicka-Buniowska E, Jaszczyński J, Heintz J, Lannfelt L, Giedraitis V, Ingelsson M, Dumanski JP, and Forsberg LA
- Subjects
- Aging blood, Blood Cells metabolism, Humans, Male, Aging genetics, Chromosome Deletion, Chromosomes, Human, Y genetics, Mosaicism, Polymorphism, Genetic
- Abstract
Mosaic loss of chromosome Y (LOY) is the most common somatic genetic aberration and is associated with increased risk for all-cause mortality, various forms of cancer and Alzheimer's disease, as well as other common human diseases. By tracking LOY frequencies in subjects from which blood samples have been serially collected up to five times during up to 22 years, we observed a pronounced intra-individual variation of changes in the frequency of LOY within individual men over time. We observed that in some individuals the frequency of LOY in blood clearly progressed over time and that in other men, the frequency was constant or showed other types of longitudinal development. The predominant method used for estimating LOY is calculation of the median Log R Ratio of probes located in the male specific part of chromosome Y (mLRRY) from intensity data generated by SNP-arrays, which is difficult to interpret due to its logarithmic and inversed scale. We present here a formula to transform mLRRY-values to percentage of LOY that is a more comprehensible unit. The formula was derived using measurements of LOY from matched samples analysed using SNP-array, whole genome sequencing and a new AMELX/AMELY-based assay for droplet digital PCR. The methods described could be applied for analyses of the vast amount of SNP-array data already generated in the scientific community, allowing further discoveries of LOY associated diseases and outcomes.
- Published
- 2020
- Full Text
- View/download PDF
35. [Ceratophyllus--not the robin--is the spring messenger].
- Author
-
Olsen B, Danielsson M, Bladh M, and Settergren B
- Subjects
- Animals, Animals, Wild, Bird Diseases transmission, Humans, Siphonaptera pathogenicity, Sweden, Zoonoses, Columbidae parasitology, Ectoparasitic Infestations etiology, Ectoparasitic Infestations pathology, Urticaria etiology, Urticaria pathology
- Published
- 2010
Catalog
Discovery Service for Jio Institute Digital Library
For full access to our library's resources, please sign in.