Search

Monogeneans are common ectoparasitic flatworms of marine fish. The diplectanid monogenean Diplectanum aequans (Wegener, 1857) (Diplectanidae) is one of the most important ectoparasites in the wild and cultured European sea bass Dicentrarchus labrax (Linnaeus, 1758) worldwide. This parasitic species cause severe pathological damages in the gills and death in the infected European sea bass. Presently, there is no information on the molecular data of D. aequans from Turkish coasts. In the present study, diplectanid monogeneans were collected from wild and cultured D. labrax (L.) in the Black Sea (FAO area 37.4.2) and Aegean Sea (FAO area 37.1.3) coasts of Turkey, morphologically identified, and genetically characterized by DNA sequencing of 28S rRNA and 18S rRNA fragments. The collected diplectanids were unambiguously identified as D. aequans based on detailed morphological features and sequence characterization of partial 28S rRNA and 18S rRNA genes. The prevalence and mean intensity of D. aequans were 100% and 15.1, respectively. This study reports first information of molecular (28S and 18S rRNA) evidence of D. aequans from D. labrax in the Turkish coasts. The new 18S and 28S rRNA sequences for D. aequans isolated from the Black Sea (FAO area 37.4.2) and Aegean Sea (FAO area 37.1.3) are genetically characterized. The 28S and 18S rRNA sequences of D. aequans can be used to resolve the phylogenetic positions of Diplectanidae species from the Black and Mediterranean Sea., Monogeneanlar deniz balıklarının yaygın ektoparazitik yassı kurtlarıdır. Diplectanid monogenean Diplectanum aequans (Wegener, 1857) (Diplectanidae) dünya çapında doğal ve kültüre edilen Avrupa deniz levreği Dicentrarchus labrax (Linnaeus, 1758) türünün en önemli ektoparazitlerden biridir. Bu parazit türü Avrupa deniz levreklerinin solungaçlarında ciddi patolojik hasarlara ve enfekte levreklerde ölüme neden olur. Halen Türkiye kıyılarından D. aequans'ın moleküler verileri hakkında bilgi bulunmamaktadır. Bu çalışmada Türkiye'nin Karadeniz (FAO 37.4.2) ve Ege Denizi (FAO 37.1.3) kıyılarındaki doğal ve kültüre edilen D. labrax (L.)'dan diplectanid monogeneanlar toplandı, morfolojik olarak identifiye edildi ve 28S rRNA ile 18S rRNA parçalarının DNA dizilenmesiyle genetik olarak karakterize edildi. Toplanan diplectanidler ayrıntılı morfolojik özelliklerine ve 28S rRNA ile 18S rRNA genlerinin dizi karakterizasyonuna bağlı olarak açık bir şekilde D. aequans olarak teşhis edildi. Diplectanum aequans'ın enfeksiyon oranı ve ortalama yoğunluğu sırasıyla %100 ve 15,1 idi. Bu çalışma Türkiye kıyılarından örneklenen D. labrax'tan izole edilen D. aequans'ın moleküler (28S ve 18S rRNA) kanıtlarına ilişkin ilk bilgileri sunmaktadır. Karadeniz (FAO 37.4.2) ve Ege Denizinden (FAO 37.1.3) izole edilen D. aequans için yeni 18S ve 28S rRNA dizileri genetik olarak karakterize edilmiştir. Diplectanum aequans'ın 28S ve 18S rRNA dizileri Karadeniz ve Akdeniz'deki Diplectanidae türlerinin filogenetik pozisyonlarını çözmek için kullanılabilir.

Bu tez çalışmasında, HeLa, Cervix epithelloid carcinom (İnsan), HL-60, Human peripheral blood promyelocytic leukemia (İnsan), L929, Mouse C3 / An connective tissue (Fare), MDCK, Madin Darby canine kidney (Köpek), Neuro-2a, Mouse neuroblastoma (Fare) hücre hatlarının, kontaminasyon kontrolleri yapılmış, kimlik doğrulamaları gerçekleştirilmiş ve klonaliteleri belirlenmiştir. İlk olarak, kültüre edilen hücrelerin DNA'larından amplifiye edilen mitokondriyal sitokrom b (CYTB) ve sitokrom c oksidaz alt birim I (COI) genlerinin DNA dizi analizleri gerçekleştirilmiştir. Bu genler evrensel primerler tarafından tanınan stabil dizilere ve aynı zamanda kimliklendirmeyi sağlayacak birtakım dizi çeşitliliklerine sahiptir. Tezde CYTB gen bölgesi için veritabanında yer alan referans dizi ile yapılan karşılaştırma sonuçları "HL-60 için %97; "HeLa, L929, MDCK, Neuro-2a" hücre hatları için ise %98 oranında benzerlik bulunmuştur. COI gen bölgesi için ise bu benzerlik oranları sırasıyla %95, %99, %96, %96 ve %98 olarak bulunmuştur. Bu bağlamda, elde edilen DNA dizi analiz sonuçları, pek çok araştırmada kullanılan "HeLa, HL-60, L929, MDCK, Neuro-2a hücre hatlarının kalitesi konusunda kabul edilebilir bir belirteç ve güven sağlamıştır. Aynı zamanda mikoplazma kontaminasyonu açısından değerlendirme yapılmış ve mikoplazma kontaminasyonuna rastlanılmamıştır. Ulaşılmak istenen hedefler ve beklenen çıktıların bilimsel, teknolojik ve sosyo-ekonomik ne tür katkılarda bulunabileceği, deneysel çalışmalarda kullanılan hücre hatlarının karakterizasyonunun belirlenmesi, bu hücrelerle gerçekleştirilen araştırma sonuçlarının güvenilirliği açısından önem arz etmektedir. Tamamlanan tez ile çalışmaların ana kaynağını oluşturan hücre hatlarının kimliği ortaya konulmuş, bu kimliklendirme, yürütülen hücre kültürü çalışmalarının kesinlik ve güvenilirliğine katkı sağlayacak veriler ortaya koymuştur., In this thesis, HeLa, Cervix epithelloid carcinom (Human), HL-60, Human peripheral blood promyelocytic leukemia (Human), L929, Mouse C3 / An connective tissue (Mouse), MDCK, Madin Darby canine kidney (Dog), Neuro-2a, Mouse neuroblastoma (Mouse) cell lines were checked for contamination, their identity was verified and their clonality was determined. Theoretical approach and the outline of the method, in this study, DNA sequence analysis of mitochondrial cytochrome b (CYTB) and cytochrome c oxidase subunit I (COI) genes amplified from the DNA of cultured cells was aimed. These genes have stable sequences recognized by universal primers and a number of sequence variants to provide identification at the same time. In the thesis, the results of the comparison with the reference sequence in the database for the CYTB gene region were found to be 97% similar for "HL-60" and 98% for "HeLa, L929, MDCK, Neuro-2a" cell lines. For the COI gene region, these similarity rates were found to be 95%, 99%, 96%, 96% and 98%, respectively. In this context, DNA sequence analysis results obtained provided an acceptable indicator and confidence in the quality of "HeLa, HL-60, L929, MDCK, NA" cell lines used in many studies. At the same time, an evaluation was made in terms of mycoplasma contamination and no mycoplasma contamination was found. Targets and scientific, technological and socio-economic contributions: The determination of the characterization of cell lines used in experimental studies is important in terms of the reliability of the results of the research carried out with these cells. With the completed thesis, the identity of the cell lines that constitute the main source of the studies has been revealed, and this identification has revealed data that will contribute to the precision and reliability of the cell culture studies.

Bugüne kadar Türkiye karasularında avlanan ticari değeri yüksek olan lipsoz (Scorpaena scrofa Linnaeus, 1758) balıklarını enfekte eden Anisakis (Nematoda: Anisakidae) türlerinin varlığı hakkında herhangi bir araştırma yapılmamıştır. Bu araştırmada ilk kez Ege Denizi kıyılarında avlanan lipsoz balıklarında Anisakis larvalarının enfeksiyon oranı, yoğunluğu ve bolluğunun araştırılması ile larvaların moleküler olarak tür düzeyinde identifikasyonlarının yapılması amaçlanmıştır. Ege Denizi'nde (FAO 37.3.1) avlanan 272 lipsoz balığı parazitolojik yönden incelenmiştir. Lipsozlardan nematod larvaları toplanmış, sayılmış ve larvaların morfolojik identifikasyonları yapılmıştır. Sonrasında identifiye edilen Anisakis larvaların rDNA ITS gen bölgesi PZR ile çoğaltılmış ve Hha I ile Hinf I enzimleri kullanılarak RFLP analizleri yapılmıştır. RFLP ile tür teşhisleri yapılan bazı Anisakis larvaların mtDNA cox 2 gen bölgeleri çoğaltılmış ve DNA dizi analizleri ile tür doğrulamaları yapılmıştır. Sonuç olarak 272 lipsoz'un 26'sı Anisakis spp. larvaları ile enfekte bulunmuş ve enfeksiyon oranı %9,6 olarak belirlenmiştir. Anisakis spp. larvalarının enfeksiyon yoğunluğu 2,8 (1‒21 larva) ve enfeksiyon bolluğu 0,2 olarak saptanmıştır. Lipsozlardan toplam 74 Anisakis spp. larvası karın boşluğu, iç organlarının yüzeyi ve mezenteryumdan toplanmıştır. Lipsozların kas dokularında Anisakis spp. larvaları bulunmamıştır. Lipsoz balıklarında ilk kez Anisakis pegreffii, A. typica, A. simplex (s.s) x A. pegreffii hibrit genotip ve A. ziphidarum türleri moleküler olarak identifiye edilmiştir. Bu araştırma ile ülkemiz karasularında ilk kez A. ziphidarum rapor edilmiştir. Bunun yanında lipsoz türünün A. ziphidarum, A. typica ve A. simplex (s.s.) x A. pegreffii hibrit genotip için yeni bir ara/paratenik konak olduğu tespit edilmiştir. Sonuç olarak lipsozlarda zoonoz karakterli A. pegreffii varlığı halk sağlığı açısından tüketicilere risk oluşturabilir. Ayrıca, tüketicilerde Anisakis pegreffii ile enfekte lipsozların tüketilmesi sonucunda parazitik alerji gelişebilir. Bu araştırmanın sonuçları yetkililerin gıda güvenliği için Anisakis'e bağlı alerji riskini azaltmak için HACCP programını yeniden düzenlemelerinde önemli bir etkiye sahip olacaktır. To date, no research has been conducted on the presence of Anisakis species (Nematoda: Anisakidae) that infect high commercial value red scorpionfish Scorpaena scrofa (Linnaeus, 1758) caught in Turkish marine waters. Therefore, it was aimed to investigate the prevalence, mean intensity, and mean abundance of Anisakis larvae, and to molecularly identify the larvae at species level in red scorpionfish caught in the Aegean Sea coasts of Turkey for the first time in the present study. Parasitological examination of 272 red scorpionfish caught in the Aegean Sea (FAO 37.3.1) were performed. Nematode larvae were collected, counted, and morphological identification of larvae was made. Subsequently, the rDNA ITS gene region of identified Anisakis larvae was amplified by PCR, and RFLP analysis was performed using Hha I and Hinf I restriction enzymes. The mtDNA cox 2 of some Anisakis larvae identified to species level with RFLP were amplified, and species confirmation was also carried out by DNA sequencing. As a result, twenty-six of 272 red scorpionfish were infected with Anisakis spp. larvae and their prevalence was determined as 9.6%. Mean intensity and mean abundance of Anisakis spp. larvae were 2.8 (1‒21 larvae) and 0.2, respectively. A total of 74 Anisakis larvae were collected from the abdominal cavity, viscera, and mesenteries. No Anisakis larvae were found in the muscle of red scorpionfish. Anisakis pegreffii, A. typica, A. simplex (s.s) x A. pegreffii hybrid genotype, and A. ziphidarum were molecularly identified in the red scorpionfish for the first time. This is the first report of A. ziphidarum from Turkish marine waters. Moreover, the present study indicates red scorpionfish as a new intermediate/paratenic host records for A. typica, A. simplex (s.s) x A. pegreffii hybrid genotype, and A. ziphidarum. In conclusion the presence of zoonotic A. pegreffii in red scorpionfish may present a health risk for consumers. Furthermore, consumers may develop parasitic allergies due to consuming red scorpionfish infected with Anisakis pegreffii. The results of this research will have a significant impact for authorized people to reorganize the HACCP program to reduce the risk of allergies depends on Anisakis for food safety.

Eskişehir Çifteler ve Mahmudiye’de Osmanlı Devleti döneminde başlatılan safkan Arap atı yetiştiriciliğine günümüzde kamu (Anadolu Tarım İşletmesi Müdürlüğü) ve özel çiftlikler aracılığıyla devam edilmektedir. Bu yörede safkan Arap atı numuneleri yetiştirilmiş, yetiştirilen materyal ile Türk Arap atı yetiştiriciliğine ve yarış sahalarına büyük oranda katkıda bulunulmuştur. Arap atlarında çeşitli kalıtsal hastalıkların var olduğu bilinmektedir ve bu kalıtsal kusurlara sebep olan mutasyonların moleküler tanı yöntemleri üzerinde çalışmalar yürütülmektedir. SCID taylarda yapılan çalışma sonucunda, 9’uncu kromozomun kısa kolunda (ECA9p12) olan DNA-bağımlı protein kinazın katalitik alt ünitesi geninde (DNA PKcs) meydana gelen 9480 kodonu ile başlayan 5 bazlık bir delesyonun hastalığa sebep olduğu belirlenmiştir. SCID otozomal resesif kalıtım modeline sahiptir ve doğan tayların bağışıklık sistemleri oldukça zayıftır. Yapılan bu tez çalışması ile Eskişehir ve çevresindeki özel çiftliklerde yetiştirilen farklı dokuz özel işletmeden alınan toplam 115 baş Arap atı materyalinde SCID (Şiddetli Kombine İmmun Yetmezlik) mutant geni varlığı DNA dizi analizi yöntemi kullanılarak incelenmiş ve araştırılan atların SCID mutant alleline sahip olmadıkları tespit edilmiştir. Eskişehir Çifteler and Mahmudiye started in the Ottoman Empire period of thoroughbred Arabian horse breeding is now in public (Anadolu Tarım İşletmesi Müdürlüğü) institutions and private farms. In this region, thoroughbred Arabian horse specimens were cultivated, and with the material it produced, it contributed greatly to Turkish Arabian horse breeding and racing fields. It is known that there are several hereditary diseases in Arabian horses and studies on the molecular diagnostic methods of mutations that cause these hereditary defects are being carried out. A study of Severe Combined Immuno Deficiency (SCID) trials has shown that a 5-base deletion starting with codon 9480 occurring in the catalytic subunit gene of the DNA-dependent protein kinase (DNA-PKcs) in the short arm of 9th chromosome (ECA9p12). SCID has an autosomal recessive inheritance pattern and the immune system of the born foals is very weak. The aim of this study was to detect the SCID (Severe Combined Immuno Deficiency) mutant allele in a total of 115 head Turkish Arabian horse material raised from nine different private farms in Eskişehir, by using DNA sequence analysis method. It was determined that the investigated horses did not carry the SCID mutant allele

TEZ11777 Tez (Yüksek Lisans) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2019. Kaynakça (s. 63-70) var. xii, 71 s. : res. (bzs. rnk.), tablo ; 29 cm. Sunulan bu çalışmada, Türkiye Morchella (kuzugöbeği) cinsi çeşitliliğine DNA dizi analizlerine dayalı moleküler tekniklerin kullanımı ile katkılar sunulması hedeflenmiştir. Daha önce Türkiye’de yapılan çalışmalarda Morchella cinsinde önemli bir çeşitlilik yakalanmıştır. Bu araştırma ile bu çeşitliliğin artırılmasına çalışılmıştır. Türkiye’nin farklı bölge ve illerinden toplanan kuzugöbeği mantarı örnekleri ile yeni bir koleksiyon oluşturulmuştur. Bu koleksiyon, farklı gen bölgelerinin (ITS rDNA, 28S rDNA, EF-1?, RPB1 ve RPB2) DNA dizi analizlerine dayalı yöntemle analizlenmiştir. Filogenetik ağaçlar, MEGA programında Maximum Likelihood (ML) analizi ile oluşturulmuştur. Çalışma sonucunda, koleksiyon içerisinde; Morchella steppicola, M. dunensis, M. tridentina, M. importuna, M. eximia, M. dunalii, M. mediterraneensis, M. deliciosa, M. pulchella ve Mel-13 türleri tespit edilmiştir. Koleksiyonda yer alan bazı örneklerin tür adları, analizlenen tüm gen bölgelerinde tüm örnekler için kaliteli DNA dizileri elde edilemediği için sonraya bırakılmıştır. Bu örnekler; M. laurentiana, M. eohespera veya M. purpurascens türleri ile yüksek benzerlik göstermişlerdir. Filogenetik olarak bu kardeş türlerin ayırımı zor olmaktadır. Ayrıca koleksiyonda yer alan M. steppicola’nın Türkiye’de moleküler olarak doğrulanması ilk defa bu ararştırma ile yapılmıştır. Çalışma halen devam etmekte olup, eksik gen bölgelerinin tamamlanması sağlanarak, tam olarak tür adı tespit edilemeyen türlerin tespiti yapılmaya çalışılacaktır. Ayrıca kısa süre içerisinde, tespit edilen türlerin mikroskobik analizleri de çalışma sonuçlarına eklenecektir. In this present study, increasing of Morchella (Morel) diversity of Turkey by using of molecular techniques based on DNA sequence analysis was aimed. A significant variety was reached in the genus Morchella with previous studies carried out in Turkey. In this research, it has been tried to increase this diversity. A new collection was created by collecting of Morel mushroom from different regions of Turkey. This collection was analysed by DNA sequence analysis of different gene regions (ITS rDNA, 28S rDNA, EF-1?, RPB1 and RPB2). Phylogenetic trees were drawn using Maximum Likelihood (ML) analysis in MEGA program. At the end of the study, within the collection; Morchella steppicola, M. dunensis, M. tridentina, M. importuna, M. eximia, M. dunalii, M. mediterraneensis, M. deliciosa, M. pulchella and Mel-13 were determined. The species names of some samples in the collection were left later because of the lack of quality DNA sequences for all samples in all gene regions analysed. These collections showed a high similarity with M. laurentiana, M. eohespera or M. purpurascens. Phylogenetically, these sister species are difficult to distinguish. Also, molecular confirmation of M. steppicola was carried out first time with this research in Turkey. The study has been still continued and the missing gene regions will be completed and the un identified species will be tried to describe. In addition, microscopic analysis of the species will be added to the study results in a short time. Bu çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: FYL-2018-10495.

İşlenmiş su ürünlerinde kullanılan türlerin tayininde moleküler yaklaşımların kullanılması, işleme sonucunda morfolojik özelliklerin kaybolmasından dolayı bir zorunluluk olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu çalışmada, kalamar ürünlerinde kullanılan türlerin belirlenmesinde sitokrom oksidaz I gen dizilerinin karşılaştırılması yönteminden yararlanılmıştır. Ürünlerden elde edilen DNA dizileri hizalandıktan sonra Gen Bankası veri tabanındaki referans diziler ile karşılaştırılarak tür seviyesinde eşleşmeler gerçekleştirilmiştir. Ayrıca bu örnekler ve referans dizilerden elde edilen veriler kullanılarak filogenetik bir analiz de gerçekleştirilmiştir. Elde edilen sonuçlar 10 farklı üründen elde edilen DNA dizilerinin 2 farklı familyadan 7 türe ayrıldıklarını göstermektedir. Bu örneklerin 3 tanesinin ekonomik önemi yüksek olan Loliginidae familyasından, diğer 4 örneğin ise ekonomik değeri daha düşük olan Ommastrephidae familyasından oldukları tespit edilmiştir. Ürün paketlerinde bulunan etiketlerde 6 örnekte tür belirtilmezken, diğer 4 örnekte cins belirtilmiş ve bunlardan biri belirtilenden farklı olarak tespit edilmiştir.

TEZ13207 Tez (Yüksek Lisans) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2017. Kaynakça (s. 44-53) var. XIII, 54 s. :_res. (bzs. rnk.), tablo ;_29 cm. Son zamanlarda, ayırıcı tanısında ciddi zorluklarla karşılaşılan mikrobiyal keratitte mikobakteri cinsi bakterilerin, özellikle de tüberküloz dışı mikobakterilerin (TDM) rolü giderek önemli hale gelmektedir. Rutin mikobakteri identifikasyonundaki güçlükler sebebiyle, mikobakteriyal keratit çoğunlukla fungal, herpetik ve amibik keratitle karıştırılmakta ve bütün dünyada bu infeksiyonun insidansı düşük bulunmakta, böylece mikobakteriler gözardı edilerek uygulanan tedavi stratejilerinin başarısızlıkla sonuçlanmasına ve inatçı veya sık tekrarlayan infeksiyonların ortaya çıkmasına yol açmaktadır. Pulmoner tüberküloz şüpheli hastalarda mikobakteri identifikasyonu ve ilaç direnç tayininde son yıllarda başarıyla uygulanan PCR temelli moleküler yöntemlerin, kültür ortamında izolasyondaki zorluklar sebebiyle kültüre ilaveten doğrudan klinik örneklerden de DNA ekstrakte edilerek kullanıldıklarında, mikobakteriyal keratit gibi akciğer dışı mikobakteri infeksiyonları için de hızlı ve doğru tanı protokollerinin geliştirilmesine ışık tutacağı düşünülmektedir. Bu sebeplerle, biz Çukurova Bölgesi’ndeki keratitli olgularda mikobakteriyal infeksiyonların varlığını ve rolünü araştırmayı amaçladık. Bölgenin en önemli hastanesi olan Balcalı Hastanesinde Eylül 2016 – Nisan 2017 tarihleri arasında keratit tanısı alan 43 hastadan rutin patolojik, parazitolojik, bakteriyolojik ve mikolojik incelemeler için alınan örneklere ilaveten mikobakteriyolojik inceleme için de korneal kazıntı örnekleri de alındı. Mikrobiyolojik incelemede örnekler Löwenstein-Jensen (LJ) ve MGIT 960 likit sistemde inoküle edildi, direkt preparasyonlar EZN yönemi ile boyanarak mikroskopik olarak incelendi. Moleküler yöntemlerle de, doğrudan korneal kazıntı örneklerinden DNA ekstraksiyonu sonrasında hsp65 ve IS6110 gen bölgelerini hedef alan spesifik primerler kullanılarak PCR testi ile mikobakteri varlığı araştırıldı. Örneklerin tamamı hem kültür hem de PCR yöntemi ile mikobakteriler yönünden negatif bulundu. Ülkemizde keratitli olgularda mikobakteriyal infeksiyonların varlığının ve rolünün hem fenotipik hem de moleküler yöntemlerle incelendiği ilk çalışma özelliğini taşıyan araştırmamız sonucunda mikobakteri tespit edilemese de, gözardı edilen mikobakteri olgularına erken ve doğru tanı koyulabilmesi hızlı ilaç direnci tespiti ile tedavi stratejilerinin daha rasyonel bir şekilde planlanmasına imkan sağlayacaktır. [N. var] Recently, the role of mycobacteria, especially nontuberculous mycobacteria (NTM), has become increasingly important in microbial keratitis whose differential diagnosis is challenging. Because of difficulties in routine mycobacterial identification, mycobacterial keratitis is commonly confused with fungal, herpetic and amoebic keratitis, and the worldwide incidence of this infection is low, thereby leads to the failure of treatment strategies overlooking mycobacteria and the emergence of persistent or recurrent infections. It is thought that PCR-based molecular assays, successfully performed in recent years for the mycobacterial identification and the detection of drug resistance in patients with suspected tuberculosis, will shed light on improving of rapid and accurate diagnostic protocols also for extrapulmonary mycobacterial infections such as mycobacterial keratitis when they are used subsequent to DNA extraction directly from clinical samples besides culture due to isolation difficulties in culture media. Therefore, we aimed to investigate the presence and the role of mycobacterial infections in keratitis cases in Cukurova Region. Corneal scraping samples were collected from 43 patients who are diagnosed as keratitis in Balcali Hospital, a major regional hospital, for mycobacteriological in addition to routine patological, parasitological, bacteriological and mycological examinations between September 2016 and April 2017. In the mycobacteriological research, the specimens were inoculated on Löwenstein-Jensen (LJ) and MGIT 960 liquid system, direct preparations stained with EZN method were evaluated microscopically. The presence of mycobacteria was investigated by using PCR assay with specific primers targeting hsp65 and IS6110 gene regions subsequent to DNA extraction directly from the corneal scrapings. All of the samples were negative for mycobacteria with both culture and PCR methods. Despite the fact that mycobacteria were not detected in our research which is the first study examining the presence and the role of mycobacterial infections in keratitis cases in our country by using both phenotypical and molecular methods, the expected achievement of early and accurate making diagnosis for overlooked mycobacterial keratitis will enable us to plan the treatment strategies rationally by rapid detection of drug resistance. Bu Çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi Tarafından Desteklenmiştir. Proje no: TYL-2016-6813.

Molecular approaches used in species identification of processed seafood become a necessity as morphological characters were lost during this process. In this study, we used comparison of cytochrome oxidase I gene sequences to determine the species used in processed squid products. Identifications at species level were implemented through alignment of DNA sequences gathered from the samples and comparing them with reference sequences acquired from GenBank database. Also we performed a phylogenetic analysis using these samples and reference sequences. A phylogenetic tree was build using UPGMA method with 1000 bootstrap replicates for the reliability of the constructed tree. Results showed that species used in 10 products were belonging to 7 species from 2 families. Four of these samples were belonging to high-valued Loliginidae family and the other six samples were belonging to lower-valued Ommastrephidae family. There was no any specification about the species in the labels of 6 squid products but there was about the genus in the labels of the rest of 4 squid products in which one of the genus was found out as different., İşlenmiş su ürünlerinde kullanılan türlerin tayininde moleküler yaklaşımların kullanılması, işleme sonucunda morfolojik özelliklerin kaybolmasından dolayı bir zorunluluk olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu çalışmada, kalamar ürünlerinde kullanılan türlerin belirlenmesinde sitokrom oksidaz I gen dizilerinin karşılaştırılması yönteminden yararlanılmıştır. Ürünlerden elde edilen DNA dizileri hizalandıktan sonra Gen Bankası veri tabanındaki referans diziler ile karşılaştırılarak tür seviyesinde eşleşmeler gerçekleştirilmiştir. Ayrıca bu örnekler ve referans dizilerden elde edilen veriler kullanılarak filogenetik bir analiz de gerçekleştirilmiştir. Elde edilen sonuçlar 10 farklı üründen elde edilen DNA dizilerinin 2 farklı familyadan 7 türe ayrıldıklarını göstermektedir. Bu örneklerin 3 tanesinin ekonomik önemi yüksek olan Loliginidae familyasından, diğer 4 örneğin ise ekonomik değeri daha düşük olan Ommastrephidae familyasından oldukları tespit edilmiştir. Ürün paketlerinde bulunan etiketlerde 6 örnekte tür belirtilmezken, diğer 4 örnekte cins belirtilmiş ve bunlardan biri belirtilenden farklı olarak tespit edilmiştir.

Bu çalışmada Türkiye'nin farklı illerinden toplanan Seseli L. (Apiaceae) cinsine ait 15 taksonun Basit İç Dizi Tekrar dizileri (ISSR) ve İç transkribe olan boşluk (ITS) bölgelerinin moleküler sistematik analizi yapıldı. ISSR ve ITS profillerinin belirlenmesi için her taksonun yaprak ve meyve örneklerinden DNA izolasyonu yapıldı. Taksonlara ait DNA'lar önce ISSR metodu için polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yapıldı ve daha sonra ITS bölgeleri için uygun ITS4 ve ITS5A primerleri kullanılarak PCR ile çoğaltıldı. ISSR yöntemi için elde edilen bantlar skorlandı ve NTSYS-pc paket programı ile filogenetik analiz yapıldı. ITS bölgelerinin baz dizileri elde edilip işlenerek MEGA programı ile filogenetik analizi yapıldı. Değerlendirme sonucu çalışılan türler arasındaki akrabalık ilişkilerini ortaya koyan Neighbor Joining (NJ), Unweighted Pair Group Method Using Arithmetic Average (UPGMA), Maksimum Parsimoni (MP), Maksimum Likelihood (ML) ağaçları elde edildi. ISSR ve ITS çalışmalarından sağlanan verilerin istatistiksel analizi sonucunda Türkiye Seseli taksonları arasındaki filogenetik ilişkiler açıklanmaya çalışıldı. ISSR ve ITS verilerine dayalı oluşturulan farklı dendogramların birbirini desteklediği görüldü. ISSR ve ITS verileri kullanılarak oluşturulan dendogramda Seseli taksonları üç klad altında toplanmıştır. Dış grup taksonları ise ayrı bir kladda yer almıştır., In this present study, the regions of Inter Simple Sequence Repeats (ISSR) and nuclear DNA (nrDNA) Internal Transcribed Spacer (ITS) of 15 taxa of Seseli L. (Apiaceae) genus collected from different localities in Turkey, were made molecular systematic analysis. DNA was extracted from leaves and fruits for ISSR and ITS profiles. Firstly, polymerase chain reaction (PCR) were applied all taxa DNA's for the ISSR methods. For the ITS regions, DNA's were reproduced by PCR with using ITS4 and ITS5A primers. Bands were scored for the ISSR method, and NTSYS software programme were used for the phylogenetic analysis. Results exhibited that there is a relationships between studied species with respect to obtained Neighbor Joining (NJ), Unweighted Pair Group Method Using Arithmetic Average (UPGMA), Maksimum Parsimoni (MP), Maksimum Likelihood (ML) trees. After the statistical data analysis of ISSR and ITS, phylogenetic relationships were explanied among Turkish Seseli taxa. Dendograms constructed ISSR and ITS parameters supported each other. Seseli taxa cluster three clads in dendogram which was constituted with using ISSR and ITS parameters. Outgroup taxa is placed in the another clad., Bu tez çalışması BAP tarafından 14201009 nolu proje ile desteklenmiştir.

TEZ10766 Tez (Yüksek Lisans) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2015. Kaynakça (s. 55-62) var. xii, 63 s. : tablo ; 29 cm. Dünyada tüberküloz dışı mikobakteriler (TDM), özellikle immün sistemi zayıflamış kişilerde çevreden doğrudan bulaş yolu ile veya kolonizasyon sonucu ciddi enfeksiyonlara sebep olan mikroorganizmalardır. TDM’ler Mycobacterium tuberculosis kompleksinden ayrımındaki zorluklar sebebi ile yanlış tanı ve tedavilere yol açmaktadırlar. Son yıllarda AIDS gibi immun sistemi zayıflatan hastalıkların insidansındaki artış ile TDM enfeksiyonlarının önemini giderek artırmaktadır. Yapılan çalışmalarda şimdiye kadar tanımlanmış olan 140’dan fazla TDM türünden en az 25’i hastalık etkeni olduğu, geri kalanının çevresel olduğu ve nadiren klinik örneklerden izole edildiği bildirilmiştir. Bu mikroorganizmaların üretilmesi ve fenotipik açıdan tür ayrımının yapılması oldukça zor ve zaman alıcıdır. Bu sebeple, günümüzde TDM’lerin tür ayrımında revers hibridizasyon, PCR-RFLP, DNA dizi analizi gibi moleküler yöntemler önem kazanmışlardır. Ancak, mikobakteri türleri arasında genetik yapıdaki büyük benzerlik, her geçen gün yeni bir türün keşfedilmesi ve tür içinde alt türlerin tanımlanması gibi sebepler moleküler tanıyı da büyük oranda sınırlandırmaktadır. Son çalışmalar atipik mikobakterilerin iyi korunmuş olan Hsp65, 16S rRNA ve 16S–23S rRNA gen bölgelerinin dizi analizinin tür tanımlanmasında fenotipik testlerden daha duyarlı olduğunu göstermiştir. Bütün mikobakterilerde mevcut olan hsp65 geni 16S rRNA’ya göre daha değişken yapıya sahip olduğu için genetik olarak yakın olan türlerin tanımlanmasında daha kullanışlıdır. Bu çalışmanın amacı Çukurova bölgesindeki TDM tür dağılımı ve antibiyotik duyarlılıkları belirlemek, ayrıca, kullanılan yöntemlerin avantaj ve dezavantajları da irdelemektir. Bu araştırmada Kasım 2012 – Eylül 2014 tarihlerinde Adana ve çevre illerde pulmoner tüberküloz klinik tanısı almış ve/veya şüpheli temas öyküsü olan kişilerden alınan ve M. tuberculosis tanısı için değerlendirilmek üzere ÇÜ THAUM ve Bölge Tüberküloz Laboratuvarına gönderilen 21918 klinik örnekten izole edilen 96 TDM suşu spesifik hsp65 gen bölgesini hedef alan DNA dizi analizi yöntemi ile tür düzeyinde tanımlandı. Klinik izolatların antibiyotik duyarlılıkları Löwenstein Jensen – Agar Proporsiyon Duyarlılık (LJ-APD) testi ile araştırılıldı. Bölgemizde en sık izole edilen TDM türünün % 24,7 ile M. abscessus (23/93) olduğu, TDM suşlarında en çok antimikrobiyal direncin % 17,2 ile Doxycycline ve Moxifloxacin’e (her ikisinde de 16/93) karşı geliştiği görülmüşken, en az direnç oranı Clarithromycin için % 5,4 (5/93) olarak bulundu. Sonuç olarak, incelenen bol miktarda örnek sayısı da göz önüne alındığında, Çukurova bölgesindeki TDM tür dağılımı ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesinin yanında, bölgede bilinen türlerin toplum içerisindeki hareketleri de izlenmiş oldu. Nontuberculous mycobacteria (NTM) cause serious infections especially in immunosuppressed patients by direct transmission from the environment or after colonization aruond the world. Difficulties in identification of these species from Mycobacterium tuberculosis complex may lead false diagnosis and treatments. In recent years, increased incidence of immunosuppressing diseases as Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS) have further increased the prevalence and importance of nontuberculous mycobacteria (NTM) infections. Of the more than 140 NTM species reported in the literature, at least 25 species have been strongly associated with NTM diseases; the remainder are environmental organisms rarely encountered in clinical samples. The culturing and phenotypic identification of these bacteria at the species level is complex and time consuming. Therefore, nowadays molecular methods such as reverse hybridization, PCR-RFLP, DNA sequence analysis have gained importance. However, reasons such as great similarity of the genetic structure and identification of novel species and subspecies highly limit molecular diagnosis as well. Recent studies have exhibited, that sequence analysis of well protected gen regions such as hsp65, 16S rRNA, 16S–23S rRNA intergenic spacer region is more sensitive than phenotypic tests fort he species identification. The hsp65 gene, which is present in all mycobacteria, is more variable than the 16S rRNA gene sequence and is therefore potentially useful for the identification of genetically related species. The aim of this study to determine distribution and antibiotic susceptibility of TDM species in the Çukurova region. Also advantages and disadvantages of the methods will be examined. In this study, 96 NTM strains isolated from 21918 clinical materials of patients that have pulmoner tuberculosis and/or suspected contact from Adana and the neighboring provinces have been identified to species level by DNA sequence analysis method targeting the specific hsp65 gene region in the CU THAUM and Regional Laboratory for Tuberculosis from November 2012 to September 2014. Antibiotic resistance paterns have been evaluated by Lowenstein Jensen - Agar Proportion tests. It was observed that the most prevalent NTM isolate was M. abscessus with ratio of 24,7% (23/93), and antimicrobial resistance were frequently emerged against Doxycycline and Moxifloxacin with same ratio of 17,2% (16/93), whereas lowest resistance rate was detected against Clarithromycin as % 5,4 (5/93). In conclusion, considering the great number of the examined samples, besides determining the distribution and antibiotic susceptibility of NTM species in the Çukurova region, the movement of the known species in the population have been also monitored. Bu çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TYL-2014-2691.

Beta talasemi, özellikle Akdeniz ülkelerinde ve Türkiye'de görülen, mikrositoz ve hemolitik anemi tablosu ortaya koyan en yaygın kalıtsal bozukluklardan bir tanesidir.Çesitli ülkelerde ve aynı ülkenin farklı bölgelerinde dağılım bakımından heterojenite göstermektedir. ß -talasemide, gen üstünde veya etrafında meydana gelen mutasyonlar, beta globin zincir yapımının azalmasına ya da hiç sentez edilmemesine neden olur. Zincir yapımına göre ߺ ve ß+ olmak üzere iki tipi bulunmaktadır. ߺ- talasemide beta zinciri hiç yapılmamaktadır. ß+ talasemi de ise az miktarda beta zinciri yapımı vardır. ß-talasemi Türkiye'de önemli bir sağlık sorunu oluşturur. Bu hastalığın henüz kesin tedavisi yoktur, dolayısı ile moleküler tanı ve doğum öncesi erken tanı riskli aileler için büyük önem taşır. ß-talaseminin moleküler düzeyde çok heterojen olması, hastalık tanısı ve önlenmesinde Türkiye için çok önemli bir engel olarak nitelendirilirmiştir. Bugün otomatizasyona yönelik, tek aşamalı ve kit yapısında yöntemlerin devreye girmesi ile, bu zorluk büyük oranda aşılmıştır. 21. yüzyılda moleküler biyoloji ve genetiğin tıpta eşi görülmemiş bir devrimin öncüsü olduğuna şahit olmaktayız. Tam teşekküllü ve DNA analizine dayalı bir talasemi tanı programı, diğer Akdeniz ülkelerinde olduğu gibi, artık Türkiye'de de kullanılmaya başlanmıştır. Ülke çapında, güvenilir, etkili ve sistemli bir moleküler ve doğum öncesi erken tanı programı ve stratejisinin belirlenmesinde hükümete büyük görev düşmektedir. Sağlık Bakanlığı'nın talasemiyi ve hemoglobinin diğer kalıtsal bozukluklarını ülke sağlık politikaları çerçevesinde benimsemesi çok önemlidir. Bu programların gerçekleşmesi için, halkın yoğun şekilde eğitilmesi ve bilinçlendirilmesinin yanında, az sayıdaki araştırma merkezlerindeki bilgi birikimi, teknik altyapı ve tecrübenin klinik laboratuvarlara özveri ile aktarılması kaçınılmazdır. Bu aşamada, bu merkezlere, gerek tekniklerin aktarılması safhasında, gerekse de daha sonraki etaplarda danışman olarak önemli görevler düşmektedir. DNA dizi analizi,DNA'nın birincil yapısının en yüksek çözünülürlüğüdür. Diğer yöntemlerle tanımlanamayan mutasyonları incelemenin en etkin yoludur.Radyoaktiviteyle çalışılan manuel şekli, son yıllarda yerini floresan markalı kimyasallarla çalışılan otomatik yönteme bırakmıştır. Diyarbakır bölgesinde ß-talasemi mutasyon tiplerinin sıklığını tespit etmenin prenatal teşhis açısından yararı açıktır. Diyarbakır kent merkezi ve Diyarbakır'a bağlı 13 (onüç) ilçede (Çınar, Bismil, Hazro, Silvan, Kulp, Ergani, Eğil, Hani, Lice, Dicle, Çüngüş, Çermik ve Kocaköy) ilköğretim çocuklarında tarama çalışması yapıldı. Bu çalışmada ilköğretim okullarının 3. sınıflarından (ortalama 9 yaş) , 8. sınıflarına kadarki (ortalama 14 yaş) yaş gruplarından 10038 (onbin otuzsekiz) çocukta Beta-talasemi taraması gerçekleştirildi. Bu çocuklardan alınan örneklerin rutin Tam Kan Sayımı sonucunda MCV değerlerinin 79 fL'nin altında olduğu belirlenen örneklere HPLC uygulandı. HPLC ile HbA2 değerleri yüksek (?%3.5) bulunan örnekler Beta-talasemi taşıyıcısı olma ihtimali gözönüne alınarak; DNA mutasyonu açısından incelendiler. Bu amaçla, Diyarbakır bölgesinde yapılan talasemi taşıyıcılığı taramasında bilinmeyen mutasyon sıklığı %26.3 bulunmuştu. Bilinmeyen mutasyon grubuna giren 33 örnek DNA dizi analizi ile araştırıldı. Yapılan bu çalışmada,moleküler yöntemlerle belirlenemeyen mutasyonlar DNA dizi analizi yöntemiyle araştırılmış ve ; iki hastada ivs 110 homozigot mutasyonu,bir hastada 221.TTAGGC-TTACGC ıvs.1.130 mutasyonu,bir hastada ivs.110 heterozigot bulunmuş,diğer hastalar normal çıkmıştır. Anahtar Kelimeler: Diyarbakır ,ß-Talasemi, PCR, Mutasyon,DNA Dizi Analizi,Sekans. ß- thalassemia, especially in the Mediterranean Countries and Turkey, and hemolytic anemia mikrositoz table sets out is one of the most common inherited disorders. Various countries and different regions of the country in terms of distribution is heterogeneous .In ß- thalassemia, gene mutations that occur on or around the beta globin chain of production to low or no reason not to be synthesized. Chain ß+and ߺ to the construction according to the two types are available. ߺ beta chain in the thalassemia, ever is done here. ß+-thalassemia in beta chain of the construction is only slightly. ß-thalassemia in Turkey is an important health problem. Yet there is no definitive treatment of this disease, because the molecular diagnosis and early prenatal diagnosis is very important for families at risk. Be very heterogeneous of the ß- thalassemia molecular level, disease diagnosis and prevention is very important for Turkey as an obstacle. Today, the automation, single-stage structure and kit to take effect with the methods, these difficulties were largely overcome. 21. century molecular biology and genetics of the leader of a revolution in medicine is unprecedented to witness. Based on DNA analysis and a fully recognized thalassemia program, as well as in other Mediterranean countries, is now being used in Turkey. Country-wide, reliable, effective and systematic molecular and early prenatal diagnosis program and strategy to the government in determining the major task is dropped. Other inherited disorders of hemoglobin from the Ministry of Healthand thalassemia health policy within the framework of the country is very important to adopt. For the fulfillment of this program, public education and awareness been intensified in addition, knowledge of the few research centers, technical infrastructure and transfer of experience with self-sacrifice is inevitable in the clinical laboratory. At this stage, these centers, both during the transfer of techniques, and more important role as a consultant for the next stage is. DNA sequence analysis, the primary structure of DNA highest resolution. Radioactivity is working with the manual method, in recent years, working with the fluorescent chemical branded gave way to the automated methods. ?-thalassemia mutations in Diyarbakir types of determining the frequency of prenatal diagnosis is clear benefits. Diyarbakir and Diyarbakir city center connected to the 13 (thirteen) in the county (Cinar, Bismil, Hazro, Silvan, Kulp, Ergani, Egil, Hani, Lice, Dicle, Cungus, Cermik and Kocakoy) screening study was done in primary school children. In this study, 3 of primary schools classes (average 9 years), 8 classes to date (average 14 years) age groups 10038 (ten thousand thirty-eight) in children with beta-thalassemia screening was performed. This routine of samples taken from children as a result of Full Blood Count MCV values that are determined to be under 79 fL'nin HPLC samples were performed. HPLC with HbA2 values high (? 3.5%) contained examples of beta-thalassemia carriers taking into account the probability that DNA mutation analyzed. This end, the thalassemia carrier screening in Diyarbakir region of unknown %26.3 frequency of mutation was found. DNA sequence analysis of 33 samples of unknown mutations with the group entered was invetigated. This study can not be identified by molecular methods for mutation by DNA sequence analysis methods have been investigated and two ivs 110 in patients with homozygous mutations, in a patient 221.TTAGGC-TTACGC ıvs.1.130 mutation, found in a patient has ivs.110 heterozigot other patients were normal. Key Words:Diyarbakir, ß-Thalassemia, PCR, mutations, DNA sequence analysis, sequence.

Bursa ve çevresinde yayılış gösteren Vespertilionidae'ye ait 14 yarasa türü (Myotis blythi, M. myotis, M. mystacinus, M. alcothea, M. capaccinii, M. aurescens, M. daubentoni, M. emarginatus Pipistrellus pipistrellus, P. pygmaeus, P. nathusii, Miniopterus schreibersii, Eptesicus seratinus, Nyctalus leisleri) helmint parazitleri yönünden incelenmiştir. Bu yarasalardan Lecithodendrium linstowi, L. mystacini, Prosthodendrium chilostomum, P. longiforme, P. ascidia, P. urna, P. hurkovae, P. loossi, Pycnoporus heteroporus, P. megacotyle, P. macrolaimus, Plagiorchis vespertilionis, P. mülleri, P. koreanus, P. elegans, Mesotretes peregrines, Parabascus semisquamosus 17 Digenea türü, Hymenolepis roudabushi, H. pipistrelli, Insectivorolepis okamotoi, I. niimiensis, Rodentolepis macrotesticulatus, Vampirolepis isensis 6 Sestod türü ve Capillaria moraveci, Skrjabinocapillaria eubursata, Litomosoides chandleri, Physaloptera brevivaginata, Rictularia lucifugus, Physocephalus sexalatus, Molinostrongylus alatus, M. ornatus, M. skrjabini, Strongylacantha glycirrhiza 10 Nematod türü grubuna ait toplam 33 helmint türü belirlendi. Morfolojik ve anatomik özellikleri dikkate alınarak teşhis edilen bu helmintlerin, 28s rDNA, 5,8s rDNA ve ITS1 gen bölgelerinin DNA dizi analizleri yapıldı. Moleküler veriler de 33 türün varlığını destekledi. Böylece morfolojik ve moleküler sonuçların birbiriyle uyumlu olduğu, teşhis için kullanılan karakterlerin doğruluğu sonucuna ulaşıldı. Tezdeki 14 tür yarasanın, 12 türü Türkiye'de, Myotis alcothea, M. aurescens, Pipistrellus pygmaeus olmak üzere 3 türü ise helmintleri yönünden Dünya'da ilk defa çalışılmıştır. Teşhis edilen 33 helmint türünün 31'i Türkiye Helmint Faunası için yeni kayıttır. Myotis blythi, M. myotis, M. mystacinus, M. alcothea, M. capaccinii, M. aurescens, M. daubentoni, M. emarginatus Pipistrellus pipistrellus, P. pygmaeus, P. nathusii, Miniopterus schreibersii, Eptesicus seratinus, Nyctalus leisleri 14 bat species which in Vespertilionidae family spread in Bursa province and around, were examined for helminthes and as a result of this study, from these bat species Lecithodendrium linstowi, L. mystacini, Prosthodendrium chilostomum, P. longiforme, P. ascidia, P. urna, P. hurkovae, P. loossi, Pycnoporus heteroporus, P. megacotyle, P. macrolaimus, Plagiorchis vespertilionis, P. mülleri, P. koreanus, P. elegans, Mesotretes peregrines, Parabascus semisquamosus 17 species Digenea, Hymenolepis roudabushi, H. pipistrelli, Insectivorolepis okamotoi, I. niimiensis, Rodentolepis macrotesticulatus, Vampirolepis isensis 6 species Cestoda and Capillaria moraveci, Skrjabinocapillaria eubursata, Litomosoides chandleri, Physaloptera brevivaginata, Rictularia lucifugus, Physocephalus sexalatus, Molinostrongylus alatus, M. ornatus, M. skrjabini, Strongylacantha glycirrhiza 10 species belonging to Nematoda total 33 helminth species were determined. These helminth species which diagnose take into account morphological and anatomical features, were made DNA sequencing analysis of 28s rDNA, 5,8s rDNA and ITS1 gene regions. Also, molecular data of them point to 33 helminth species. So determined morphological and molecular data compatible each other and characters which use diagnosing are correct. 12 bat species of the 14 species which belong to thesis first time examined for helminth species from Turkey and Myotis alcothea, M. aurescens, Pipistrellus pygmaeus first time in the world also. 31 species helminth of the 33 species which diagnose new record for Helminth Fauna of Turkey. 204

MODY tip 3 insülinden bağımsız monogenik diyabet ailesinin bir formudur. HNF1A DNA transkripsiyon faktör geni, HNF-1α transkripsiyon faktörü kodlar ve bu genin mutasyonu MODY3 hastalığına neden olduğu görülmektedir. Bu çalışmada MODY tip 3 sendromuna neden olan, HNF1A geninde oluşan mutasyonlar araştırılmıştır.Ön tanısı konulmuş 150 (64 kız ve 86 erkek) MODY tip 3 hastası çalışmaya katılmıştır. HNF1A geni aminoasit kodlayan bölgelerinde, bu bölgelere yakın intron bölgelerinde ve 3' UTR bölgelerinde nükleotit dizilimi yolu ile mutasyon taranması yapılmıştır. Sonuçlara göre, HNF1A geni ekson bölgelerinde üç yeni Gln28His, Pro290Arg, Arg272Gly mutasyon ve dört yeni olmayan Ile27Leu, Ser487Asn, Gly574Ser mutasyon tespit edilmiştir. Ayrıca, intron bölgelerinde üç yeni IVS7+8G>A, IVS8+29T>C , IVS8 +75G>A ve 3'UTR bölgesinde üç yeni 3'UTR+438G>A, 3'UTR+197G>T 3'UTR+603G>A varyasyon belirlenmiştir. MODY tip 3 insülinden bağımsız monogenik diyabet ailesinin bir formudur. HNF1A DNA transkripsiyon faktör geni, HNF-1α transkripsiyon faktörü kodlar ve bu genin mutasyonu MODY3 hastalığına neden olduğu görülmektedir. Bu çalışmada MODY tip 3 sendromuna neden olan, HNF1A geninde oluşan mutasyonlar araştırılmıştır.Ön tanısı konulmuş 150 (64 kız ve 86 erkek) MODY tip 3 hastası çalışmaya katılmıştır. HNF1A geni aminoasit kodlayan bölgelerinde, bu bölgelere yakın intron bölgelerinde ve 3' UTR bölgelerinde nükleotit dizilimi yolu ile mutasyon taranması yapılmıştır. Sonuçlara göre, HNF1A geni ekson bölgelerinde üç yeni Gln28His, Pro290Arg, Arg272Gly mutasyon ve dört yeni olmayan Ile27Leu, Ser487Asn, Gly574Ser mutasyon tespit edilmiştir. Ayrıca, intron bölgelerinde üç yeni IVS7+8G>A, IVS8+29T>C , IVS8 +75G>A ve 3'UTR bölgesinde üç yeni 3'UTR+438G>A, 3'UTR+197G>T 3'UTR+603G>A varyasyon belirlenmiştir. 95

Objective: To determinate the prevalence of HPV types in patients with cervical cancers in our legion by Real time PCR and DNA sequence analysis and to make phylogenetic analysis was aimed in this study. Material and methods: From January to October 2010, cervical swap samples of 77 patients directed to colposcopy were included in the study. HPV DNA and HPV type 16 were detected by Real Time polymerase chain reaction using the L1 region. Real Time PCR amplifications of MY09/11 products were done by GP5+/GP6+ primers and Cyanine-5 labeled HPV DNA and HPV type 16 specific probe. HPV types determinate by GP5+/GP6+. Phylogenetic analysis of sequences was calculated by Kimura's two parameters method. Statistically analyses were by using Pearson chisquare and odss ratio tests. Results: Forty seven samples (prevalence; 61%) of total seventy seven cervical samples detected as HPV DNA positive. While HPV type 16; 52%, HPV type 16+11; 4%, HPV type 16+6; 1% and non-typing HPV DNA 4% of seventy seven samples determining, 39% of samples observed as negative HPV. Participated in the study population, HPV DNA positive individuals are among 34-56 years. Most HPV DNA positivity rate of 80.0% was between the ages of 31-40. 52.2% of HPV DNA positivity between the ages of 41-50 to fall, but again, 83.3% between the ages of 51-60 to a second peak was determined that increased. 60.0% of 20 ASC-H cases, 63.8% of 36 ASC-US cases, 100% 9 of HSIL cases and 25.0% of 12 LSIL cases were positive for HPV DNA. Conclusion: The investigation of the distribution of HPV genotypes in women with cervical cancer and precancerous lesions in our region is important. Early diagnosis of HPV by using improved technological assays, play a key role to prevent the turn precancerous lesions into invasive cancers.

TEZ9700 Tez (Doktora) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2012. Kaynakça (s. 46-51) var. viii, 52 s. : res. (bzs. rnk.), tablo ; 29 cm. Leyişmanyoz etkeni olan Leishmania türlerinin tanımlanması hastalığın klinik özelliklerini belirlemek, hastalığın seyrini takip etmek ve hastalara uygun tedavi uygulamak için çok önemlidir. Leyişmanyoz’un epidemiyoloji ile ilgili klasik bilgilerde Leishmania tropica (L. tropica) ve Leishmania major (L. major)’un Kutanöz Leyişmanyoz’a, Leishmania infantum (L. infantum) ve Leishmania donovani (L. donovani)’nin ise Visseral Leyişmanyoz’a neden olduğu bildirilmektedir. Son yıllarda, Leishmania türlerinin genotiplerinin ve patojenitesinin belirlenmesinde polimeraz zincir reaksiyonuna (PCR) dayalı moleküler yöntemler geliştirilmiştir. Bu çalışmalar sonucunda KL hikâyesi olmayan VL olgularında L. tropica, VL hikâyesi olmayan KL olgularında ise L. infantum türleri izole edilmiştir. Bu durum literatürde rapor edilen klasik bilgilerin doğru olmadığı, L. infantum ile L. tropica’nın her iki formdaki Leyişmanyoz’a neden olabileceği ihtimalini ortaya çıkartmıştır. Bu çalışmada Kutanöz Leyişmanyoz’lu olgulardan L. tropica (%49), L. infantum (% 36), L. major (%15), Visseral Leyişmanyoz’lu olgularda L. İnfantum (%56), L. donovani (%31) ve L. tropica (%13) türleri izole edildi. Kutanöz Leyişmanyoz’lu olgulardan izole edilen L. infantum ve L. major’un haplotip, L. tropica’nın heterotip olduğu tespit edildi. Visseral Leyişmanyoz’lu olgulardan izole edilen L. infantum, L. donovani ve L. tropica’nın haplotip olduğu tespit edildi. Kutanöz Leyişmanyoz’lu olgulardan izole edilen L. infantum’lar ile Visseral Leyişmanyoz’lu olgulardan izole edilen L. infantum’ların nükleotit dizileri arasında benzerlik görülmektedir. Bu durum Kutanöz Leyişmanyoz olgularından izole edilen L. infatum türlerinin Visseral Leyişmanyoza neden olabileceğini düşündürmektedir. Çalışmada Kutanöz Leyişmanyoz hikayesi olmayan Visseral Leyişmanyoz olgularında ise L. tropica türü tespit edildi. Çalışmanın sonucunda Visseral Leyişmanyoz etkeni olarak bilinen L. infantum’un Kutanöz Leyişmanyoz’lu olgularda da görülebileceği, Kutanöz Leyişmanyoz etkeni olarak bilinen L. tropica’nın Visseral Leyişmanyoz’lu olgularda da görüldüğü saptandı. Diagnosis of Leishmania species which has Laishmaniasis effect is very important for determination of clinic features of disease, pursuing the course of disease and apply proper therapy to patients. In the classical information about epidemiology, it is known that Laishmaniasis causes Leishmania tropica (L. tropica) and Leishmania major (L. major) causes Cutaneous Laishmaniasis, Leishmania infantum (L. infantum) and Leishmania donovani (L. donovani) causes Visceral Laishmaniasis. In the recent years, molecular methods based on polymerase chain reaction (PCR) have been developed in the determination of genotypes and pathogenicity of Leishmania species. As a result of these studies L. tropica was isolated in VL cases without KL story, L. infantum species were isolated in KL cases without VL story. This situation reveals the probability that classical information reported in literature may be wrong, L. infantum and L. tropica may cause Laishmaniasis in both forms. In this study, L. tropica (49%), L. infantum (36%), L. major (15%) from Cutaneous Laishmaniasis; L. infantum (56%), L. donovani (31%) and L. Tropica (13%) species in Visceral Laishmaniasis were isolated. It was seen that L. İnfantum and L. major from Cutaneous Leishmaniasis were haplotype, L. tropica from Cutaneous Leishmaniasis was heterotype. It was found that L. infantum, L. donovani and L. tropica from Visseral Leishmaniasis were haplotype. The L. infantum’s nucleotide series has similarity with nucleotide series of L. İnfantum isolated from cases with Visceral Laishmaniasis. This situation makes us think that L. infantum species isolated from Cutaneous Laishmaniasis cases may cause Visceral Laishmaniasis. In the study L. tropica species were determined in Visceral Laishmaniasis cases which have no Cutaneous Laishmaniasis story. As a result of the study, it was determined that L. infantum which is known as the factor of Visceral Laishmaniasis can be observed in Cutaneous Laishmaniasis and that L. tropica which is known as the factor of Cutaneous Laishmaniasis can be observed in Visceral Laishmaniasis. Bu çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TF2010D11.

Balıkesir Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji Ana Bilim Dalı, Bu çalışmada Türkiye'nin farklı illerinden toplanan Silene L. (Caryophyllaceae) cinsine ait 17 türün nrDNA ITS bölgelerinin moleküler sistematik analizi yapılmıştır. Arazi çalışmasında toplanan örneklerin önce tanımı yapılıp daha sonra her örnek herbaryum haline dönüştürülmüştür. Daha sonra örneklerin ITS profillerinin belirlenmesi için her türün yaprak örneklerinden DNA izolasyonu yapılmıştır. Örneklerin daha sonra ITS bölgeleri uygun ITS4 ve ITS5A primerleri kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile çoğaltımıştır. Çoğalan DNA bölgelerinin baz diziler elde edilip işlenerek PAUP programı ile filogenetik analiz yapılmıştır. Değerlendirme sonucu çalışılan türler arası akrabalık ilişkilerini ortaya koyan Parsimoni, NJ, UPGMA, Boostrap ağaçları elde edilmiştir. Bu çalışmadan elde ettiğimiz veriler ışığında türler arasında filogenetik ilişkinin açıklanmasında ITS dizin analizlerinin daha güvenilir bilgiler ortaya koyduğu sonucuna varılmıştır., In this study, 17 types of Silene L. (Caryophyllaceae) species which were collected from different provinces of Turkey were subjected to systematic molecular analysis for their nrDNA ITS sequences. Describe were made for species gathered during the field study and then each sample was transformed into herbarium state. DNA isolation was performed in order to determine the ITS profiles of the samples. They were duplicated through polymerase chain reactions(PCR) using ITS sections with appropriate ITS4 and ITS5 primers. Base sequence analysis of duplicated DNA sections was performed and they were evaluated through PAUP. As a result of the study, Parsimoni, NJ, UPGMA, Bootstrap analyses were performed to show the relationships between and among the studied taxa. In the light of the data we obtained from this study, it was concluded that ITS sequence analysis provides more reliable data when it comes to explaining the phylogenetic relationships among the studied taxa

Tez (doktora) -- Ondokuz Mayıs Üniversitesi, 2011 Libra Kayıt No: 74561 Bu çalışmada, multinükleat ve binükleat Rhizoctonia spp. anastomoz grupları ve intraspesifik gruplar arasındaki filogenetik ilişkilerin belirlemesi amaçlanmıştır.Bu amaçla, dünyanın farklı bölgelerinden izole edilmiş olan, 45 Rhizoctonia spp. temsilci izolatı kullanılmıştır. Temsilci izolatların 18S rDNA baz dizileri belirlenmiş ve filogenetik analizleri yapılmıştır. Bu amaçla, 18S rDNA bölgesinin amplifikasyon ve dizi analizi için oligonükleotit primerler NS1, NS3, NS4 ve NS8 kullanılmıştır. Filogenetik analizler ise, PAUP V. 40b10 programında maksimum parsimoni ve neighbour joining algoritmaları kullanılarak gerçekleştirilmiştir.Evrimsel olarak korunmuş olması sebebiyle 18S rDNA, Rhizoctonia spp.’deki genetik çeşitliliğin anlaşılması için önemli bir bilgi kaynağıdır.Bu gruptaki filogenetik ilişkilerin belirlenmesinde daha önce ITS ve 28S rDNA dizileri kullanılmıştır. Bu çalışmada, ilk defa 18S rDNA dizisinin tamamı kullanılarak sonuçlar değerlendirilmiştir.Elde edilen sonuçlar, geleneksel anastomoz grubu sınıflandırmasını büyük ölçüde desteklemektedir. Fakat binükleat AG Fa, AG Fb ve AG I izolatlarının filogenetik açıdan multinükleat Rhizoctonia izolatları ile daha yakın ilişkili olduğu ve belirli anastomoz gruplarının monofiletik olmadıkları gözlenmiştir.

Mehmet Akif Ersoy Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Yüksek Lisans Tezi Biyoloji Anabilim Dalı Bu güne kadar yapılan çalışmalarda Graecoanatolica cinsine ait türlerin morfolojik özelliklerine bakılarak taksonomik yeri belirlenmiş olmasına rağmen, moleküler sistematiği incelenmemiştir. Bu çalışmada Türkiye’nin Batı Anadolu bölgesinde yayılış gösteren Graecoanatolica cinsine ait türlerin moleküler özelliklerinin belirlenmesi ve farklı coğrafik bölgelerde bulunan türler arasındaki filogenetik ilişkinin incelenmesi amaçlanmıştır. Moleküler analiz için mtDNA’nın COI gen bölgesi kullanılmış, bu bölge PCR’da çoğaltıldıktan sonra DNA sekansı belirlenmiştir. Türlerin karşılaştırılması için DNA sekans analizi sonucu belirlenen COI gen bölgesinin 660 bç’lik kısmı değerlendirmeye alınmıştır. Tür içi ve türler arasında belirli oranlarda moleküler farklılıklar tespit edilmiştir. Elde edilen sekans sonuçları, Genbank’da mevcut olan farklı cinslerin mtDNA COI gen bölgesi dizilimleri ile de ilişkilendirilerek filogenetik ağaçlar oluşturulmuştur. UPGMA ve NJ testi analizlerine göre Burdur Karamanlı Kayalı Kocapınar kaynağı ve Eğirdir Gölünde bulunan ve Graecoanatolica lacustristurca olarak teşhis edilen türlerin moleküler olarak farklı türler oldukları belirlenmiştir. Antalya Kırkgöz kaynağında bulunan Graecoanatolica pamphylica türünün de Graecoanatolica cinsinden moleküler olarak uzak olduğu tespit edilmiştir. Danışman Yrd. Doç. Dr. Ayşe Gül MUTLU

Hemoglobinopati, hemoglobin molekülünün polipeptid zincirindeki yapısal değişikler veya sentez bozuklarından kaynaklanan bir kan hastalığıdır. Anormal hemoglobinler ve talasemiler olmak üzere iki kısma ayrılır. Anormal hemoglobinler polipeptid zincirlerini kodlayan genlerdeki çeşitli mutasyonlardan, talasemiler de hemoglobin molekülünün globin zincirlerinin bir ya da daha fazlasının üretimindeki azalmadan kaynaklanmaktadır. ? globin zincir sentezindeki azalma ? talasemiye, ß globin zincir sentezindeki azalma da ß talasemiye neden olmaktadır.?-talasemiler dünyada en yaygın kalıtsal kan hastalığı olarak bilinmektedir. Normal bireylerde her kromozomda iki tane alfa globin geni (?1 ve ?2) olmak üzere toplam dört gen (??/??) bulunmaktadır. Normal alfa genleri alfa talasemi açısından sağlıklı bireyi (??/??); bir genin eksikliği sessiz alfa talasemi taşıyıcısı bireyi (?+ ? -?/??) ; iki alfa geni eksikliği Hb ?trait?li bireyi (?+ /?+ ? -?/-?) , (?0 ? -- /??); üç alfa geninin eksikliği Hb H hastası bireyi (?+/?0 ? -?/--) ve dört alfa geninin eksikliği Hidrops fetalisli bireyi (?0/?0 ? --/--) ifade etmektedir.?-talasemiye sıklıkla delesyonel mutasyonlar neden olurken bunun yanı sıra nondelesyonel mutasyon tipleri de bulunmaktadır.Bu çalışmada, iki ailenin alfa talasemi mutasyon tipleri moleküler düzeyde araştırılmıştır. Gap-PCR yöntemi ile, bir olguda 20.5kb'lık ve altı olguda 3.7kb'lık delesyon saptanmıştır. DNA Dizi Analizi yöntemiyle 5nt'lik delesyon içeren bir homozigot olgu ile üç taşıyıcı olgu saptanmıştır. Alfa globin zincir anomalisine neden olan Hemoglobin Stanleyville II ve bunun 3.7kb'lık delesyon ile birlikteliği Türkiye'de ilk defa gösterilmiştir. Hemoglobinopathy is a blood disease arising from the structural changes or shynthesis defects in polypeptide chain of hemoglobin molecule. It is divided into two parts as abnormal hemoglobins and thalassemias. Abnormal hemoglobins stem from the various mutations in genes which encode polypeptide chains while thalassemias result from the decrease in the production of one or more globin chains of hemoglobin molecule. The decrease in ? globin chain shynthesis causes ? thalassemia and the decline in ß globin chain shynthesis gives rise to ß thalassemia.?-thalassemias are known to be the most common hereditary blood disease in the world. In each chromosome of normal individuals, four genes (??/??) two of which are alpha globin genes (?1 ve ?2) are found. Normal alpha genes figure heathy individuals in terms of alpha thalassemia (??/??); the lack of one gene explains individuals who are silent alpha thalassemia carriers (?+ ? -?/??); the lack of two alpha genes explains individuals with Hb ?trait? (?+ /?+ ? -?/-?) , (?0 ? -- /??); the lack of three alpha genes points out Hb H patients (?+/?0 ? -?/--) and the lack of four alpha genes reflects individuals with Hydrops fetalis (?0/?0 ? --/--).While deletion mutations frequently give rise to ?-thalassemia, on the other hand, there are also nondeletion mutation types.In this study, alpha thalassemia mutation types of two families are analysed in molecular level. Using Gap-PCR method, 20.5kb deletion in one case and 3.7kb deletion in six cases are ascertained. With DNA Sequence Analysis Method, a homozygote case which includes 5 nt deletion and three carrier cases are determined. Hemoglobin Stanleyville II that causes alpha globin chain anomaly and its combination with 3.7kb deletion are indicated first time in Turkey. 105

ÖZET BENİGN VI MALİGN MEME HASTALARINA AİT MEME DOKULARINDA FMT GEN MÜTASYONLARININ ARAŞTIRILMASI Bu çalışmada, malign ve benign meme hastalarında Fragile Histidine Triad (FHIT) gen mutasyonlan araştırıldı. 67 malign ve 1 6 benign dokuda kodlanan ekzonlarm (5-9) `Single Strand Conformational Polymorphism (SSCP)` ve `Heteroduplex (HDA)` analizleri ve bunların DNA dizi analizleri sonucunda 4 farklı dizi değişimi belirlendi. Meme dokularında FHTT gen mutasyonlan % 18.1 (15/83) oranında belirlendi. İki benign ve dört malign hastada (%7.23 oranında) 88. kodonda GCC(Ala)-»GCT(Ala) (7.ekzon) ve yedi malign hastada (%8.43 oranında) 9. intronda insA (5'uç+17nükleotid) iki sessiz muîasyon belirlendi. Bir malign hastada (%1.2 oranında) CAG(Gln)-»ACA(Thr) dönüşümüne neden olan 90. kodondaki insA (7. ekzon) ve yine bir malign hastada (%1.2 oranında) 197. kodonda GTG(Val)-»TGA(stop) dönüşümüne neden olan kodon 146 delT (9. ekzon) çerçeve kayması mutasyonlan tanımlandı. Bu çerçeve kayması mutasyonlar iki malign hastada premature stop kodon oluşumuna neden olmaktadır ve meme kanserinde ilk kez belirlenen çerçeve kayması mutasyonlardır. Sonuç olarak, mevcut çalışmada FHIT geninde çeşitli mutasyonlar belirlendi. Bu mutasyonların genellikle sessiz tip mutasyonlar olduğu gözlendi. Bu durumun FHIT genini evrim boyunca korunmasında etkili olabileceği düşünüldü. Ayrıca, bu gende belirlenen iki yeni çerçeve kayması tip mutasyonun meme kanseri gelişiminde önemli olabileceği kanısına varıldı. Ancak, belirlenen mutasyonlar ile prognoz arasında bir ilişki kurulamadı. Bunun sonucunda, daha ileri çalışmalarla FHIT geninin yanında meme kanserinde etkili olabileceği düşünülen diğer gen mutasyonlarının ve gen ekspresyonlarının birlikte değerlendirilmesi önerilmektedir. Anahtar Kelimeler: Maign ve benign meme hastalıkları, FHIT gen mutasyonları, SSCP, HDA, DNA did analizi ffl SUMMARY INVESTIGATION OF FHIT GENE MUTATIONS IN BREAST TISSUES OF MALIGN AND BENIGN BREAST PATIENTS In the present study, it was investigated to mutations of Fragile Histidine Triad (FHIT) gene in the malign and benign breast tissues. Single Strand Conformational Polymorphism (SSCP) and Heterodublex (HDA) analysis of the coding exons (5-9) in the 67 malign and 16 benign tissues and their sequencing revealed four different sequence alterations. It has been found that 18.1% (15/83) of the breast tissues detected mutations in the FHIT gene. Two silent mutations identified at codon 88 [GCC(Ala) to GCT(Ala)] (exon 7) in two benign and four malign patients (7.23%) and intron 9 insA (5'end+17 nucleotides) in seven malign patients (8.43%). Two frameshift mutations identified at codon 90 (insA) (exon 7) which led to the change of aminoacid from CAG(Gln) to ACA(Thr) in one malign patient and codon 146 (delT) (exon 9) which led to the change of codon 197 from GTG(Val) to TGA(stop) in one malign patient (1.20%). These frameshift mutations resulted in premature stop codons and they have been detennined as a first time in breast cancer in the literature. Consequently, in this study it was identified various mutations in the FHIT gene. These mutations were generally non-sense types. In this case, these results appeare to be effective of FHIT gene which has protected during evolution. We think that two new frameshift mutations which were determined in tins gene may play a major role in the development of breast cancer. However, FHIT mutations identified were not significantly associated with prognosis. In further studies, other gene mutations and oncogene expressions may be analyzed associated with FHIT gene mutations. Key words: Malign and benign breast diseases, FHIT gene mutations, SSCP, HDA, Sequencing. rv 105

ÖZETHemoglobin Varyantlarının DNA Dizi Analizi ile BelirlenmesiHemoglobinopatiler, bir veya daha fazla globin zincir sentezinin azalması(talasemi) veya yapısal olarak anormal hemoglobinlerin sentezi (Hb) ilekarakterizedir. Bir çok bölgede talasemi Hb varyantları ile birlikte bulunmakta vebunun sonucunda çok değişik klinik ve hematolojik fenotip göstermektedir. Buolgulara neden olan mutasyonların tanımlanması etkili tanı ve iyi bir danışmanlık içinçok önemlidir. Hematolojik ve biyokimyasal araştırmalar ile aile taramaları, Hbbozukluklarının DNA tanısını kolaylaştırmakta ve molekül içi etkileşimlere önemliipucu sağlamaktadır. Hemoglobinopatilere 1000'den fazla mutasyon neden olmasınarağmen, bunlardan sınırlı sayıdaki mutasyonlar klinik açıdan önemlidir.Bugüne kadar ülkemizde 42 anormal hemoglobin tanımlanmıştır. Anormalhemoglobinlerin dağılımı bölgeler arasında büyük farklılıklar göstermektedir.Çukurova bölgesinde β-talasemi ve HbS daha yaygın olarak görülmektedir. Buanormal hemoglobinlerin bazıları elektroforetik yöntemlerle tanımlanması güçtür. Bunedenle DNA dizi analizi yapılmalıdır.Anahtar Sözcükler: Hemoglobin varyantları, DNA dizi analizi, talasemi. ABSTRACTIdentification of Hemoglobin Variants with DNA SequencingThe haemoglobinopathies refer to a diverse group of inherited disorderscharacterized by a reduced synthesis of one or more globin chains (thalassaemias) orthe synthesis of a structurally abnormal haemoglobin (Hb). In prevalent regions, thethalassaemias often coexist with a variety of structural Hb variants giving rise tocomplex genotypes and an extremely wide spectrum of clinical and haematologicalphenotypes. An appreciation of these phenotypes is needed to facilitate the definitivediagnosis of the causative mutations to inform management and clinical counselling.Haematological and biochemical investigations, and family studies provide essentialclues to the different interactions and are fundamental to DNA diagnostics of the Hbdisorders. Although a full spectrum of >1000 mutations causing haemoglobinopathieshave been documented, in practice only a limited number of mutations are associatedwith disease states and clinical significance.So far up to present 42 abnormal hemoglobins have been identified in the ourcountry. There are big differences in the distribution of abnormal hemoglobinsamong regions. In Çukurova region β-thalassemia and HbS are the most commonvariants. Some of abnormal hemoglobins can?t be identified with electrophoretictechniques. So these case must be idendified with DNA sequence.Key Words: Hemoglobin variants, DNA sequencing, thalassemia,. 119