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Le syndrome du grêle court (SGC) est une pathologie rare résultant de résections intestinales étendues. Il est caractérisé par un syndrome de malabsorption, qui, lorsque sévère, entraîne une insuffisance intestinale chronique de telle façon qu’une supplémentation intraveineuse est nécessaire. Ainsi, afin de compenser à cette malabsorption, un processus d’adaptation intestinale spontané postchirurgical prend place, que ce soit sous forme d’hyperphagie compensatrice, d’un remodelage muqueux ou d’une modification du microbiote. Le microbiote intestinal des patients atteints d’un SGC avec un côlon en continuité est profondément modifié avec une diminution de sa diversité. De plus, il se distingue par une prédominance en Lactobacillus et une réduction des Clostridiums et Bacteroidetes. Ce « lactobiote » est probablement responsable d’une importante récupération énergétique grâce à la fermentation des glucides complexes en acides gras à chaînes courtes. Il pourrait aussi être un des maillons expliquant des modifications de sécrétion d’entérohormones dans les mécanismes de l’adaptation intestinale. Par ailleurs, des travaux plaident en faveur d’une association entre cette dysbiose et certaines complications métaboliques du SGC telles que l’encéphalopathie D-lactique et l’atteinte hépatique métabolique. Une meilleure connaissance du microbiote intestinal au cours du SGC est un prérequis pour optimiser notre prise en charge thérapeutique, et cela afin d’atteindre une autonomie entérale et prévenir les complications associées.