Didier Sauvaire, Philippe M. Loiseau, Sabrina Kali, Rahima Yousfi, Pascal Clayette, Daniel Gillet, Céline Bouclier, Noël Tordo, Jérôme Laporte, Amélie Goudet, Goulven Merer, Roman Lopez, Michel R. Popoff, Sandrine Cojean, Valérie Pons, Céline Aubenque, Claire Boulogne, Emmanuel Lemichez, Annette Fischer, Jean-Christophe Cintrat, Laetitia Panigai, Yu Wu, Cynthia Gillet, Roger Le Grand, Thomas Rudel, Robert A. Davey, Julien Barbier, Jo-Ana Herweg, Emilie Gobbo, Service d'Ingénierie Moléculaire pour la Santé (ex SIMOPRO) (SIMoS), Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Service de Chimie Bio-Organique et de Marquage (SCBM), Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé [Saint-Denis] (ANSM), Julius-Maximilians-Universität Würzburg [Wurtzbourg, Allemagne] (JMU), Stratégies antivirales, Institut Pasteur [Paris], Texas Biomedical Research Institute, CEA [Fontenay-aux-Roses] (UGRA / SETA), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Molécules bioactives, conception, isolement et synthèse (MBCIS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bactéries anaérobies et Toxines, Pharmacologie des rétrovirus, Immunologie des Maladies Virales et Autoimmunes (IMVA - U1184), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Centre méditerranéen de médecine moléculaire (C3M), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), This work has been funded by the joint ministerial program of R&D against CBRNE risks and CEA, and benefited from the core facilities of Imagerie-Gif (http://www.i2bc.paris-saclay.fr), member of IBiSA (http://www.ibisa.net), supported by 'France-BioImaging' (ANR-10-INBS-04–01) and the Labex 'Saclay Plant Science' (ANR-11-IDEX-0003–02). This work was also supported by U.S. National Institutes of Health and National Institute of Allergy and Infectious Diseases grant R01AI063513, Defense Threat Reduction Agency grant HDTRA1–12–1–0002, and the Douglass and Ewing Halsell Foundations. Work on Simkania and Chlamydia was supported by the Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) Priority programme 1580 to T.R. SIMOPRO and SCBM are members of the Laboratory of Excellence LERMIT supported by a grant from the Agence Nationale de la Recherche (ANR-10-LABX-33) and RetroLeishma project R3, We greatfully thank Anne Doye (Université de Nice Sophia-Antipolis) for technical assistance and Bruno Beaumelle for providing ricin, ANR-11-IDEX-0002,UNITI,Université Fédérale de Toulouse(2011), ANR-10-INBS-0004,France-BioImaging,Développment d'une infrastructure française distribuée coordonnée(2010), ANR-11-IDEX-0003,IPS,Idex Paris-Saclay(2011), Julius-Maximilians-Universität Würzburg (JMU), Institut Pasteur [Paris] (IP), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Côte d'Azur (UCA), Popoff, Michel, Initiative d'excellence - Université Fédérale de Toulouse - - UNITI2011 - ANR-11-IDEX-0002 - IDEX - VALID, Développment d'une infrastructure française distribuée coordonnée - - France-BioImaging2010 - ANR-10-INBS-0004 - INBS - VALID, and Idex Paris-Saclay - - IPS2011 - ANR-11-IDEX-0003 - IDEX - VALID