Malarija je oduvijek bila glavni uzrok smrti u tropskim krajevima, a antimalarijski lijekovi odigrali su ključnu ulogu u kontroli njezina širenja primjenom u liječenju pacijenata zaraženih plazmodijskim parazitima i prilikom kontrole njihovog prijenosa. S druge strane, antimalarijski lijekovi mogu imati i nepoželjne učinke i nuspojave koje ponekad mogu biti ozbiljne. Atovakvon (ATO) i progvanil hidroklorid (PROG) fiksna je kombinacija lijekova koja se koristi za prevenciju i liječenje malarije uzrokovane Plasmodium falciparum. Kako su sigurni i učinkoviti antimalarijski lijekovi potrebni u liječenju i profilaksi malarije, ovo istraživanje je provedeno kako bi se istražio njihov mogući citogenotoksični učinak te mehanizam odgovoran za njihovo djelovanje na ne-ciljnim ljudskim stanicama, limfocitima iz periferne krvi. Dvije različite koncentracije ATO i PROG, bilo zasebno ili u kombinaciji, korištene su sa i bez S9 frakcije. Korištene koncentracije bile su one koje su pronađene u ljudskoj plazmi kada su ATO i PROG primijenjeni u profilaksi (2950/130 ng/mL) i u liječenju malarije (11800/520 ng/mL). Mogući učinci na staničnoj razini i na molekulu DNK procijenjeni su testovima stanične vijabilnosti i alkalnim komet testom, dok je mogući mehanizam djelovanja procijenjen formamidopirimidin-DNK glikozilazom (Fpg)-modificiranim komet testom, uz mjerenje razine malondialdehida i glutationa kao biomarkera oksidacijskog stresa. Prema dobivenim rezultatima pojedinačni tretman ATO nije pokazao citogenotoksični učinak, dok je pojedinačni tretman PROG pokazao statistički značajan citogenotoksični potencijal. Kombinacija ATO/PROG također je pokazala statistički značajan citogenotoksični potencijal prema ljudskim limfocitima bez utjecaja na parametre oksidacijskog stresa, što pokazuje da oksidacijski stres nije uključen u njihov mehanizam djelovanja. S obzirom da je najveći dio štetnih učinaka bio induciran dodatkom S9 frakcije, pretpostavlja se da je glavni metabolit PROG, ciklogvanil, imao najveći utjecaj na citogenotoksičnost. U konačnici, dobiveni rezultati pokazuju da je kombinacija ATO/PROG relativno sigurna sa stanovišta citogenotoksičnosti, naročito ako se koristi za profilaksu. Ipak, potrebna su daljnja citogenetička istraživanja i redovito praćenje pacijenata kako bi se smanjio rizik od nuspojava, osobito među čestim putnicima. Malaria has always been a major cause of death in the tropics, and antimalarial drugs have played a key role in controlling its spread through the treatment of patients infected with plasmodial parasites and the control of its transmissibility. On the other hand, antimalarial drugs may exert adverse effects and side-effects that can sometimes be serious. Atovaquone (ATO) and proguanil hydrochloride (PROG) is the fixed combination for the prevention and treatment of Plasmodium falciparum malaria. As safe and effective antimalarial drugs are needed in both the treatment and the prophylaxis of malaria, this study was performed in order to investigate their possible cytogenotoxic potential towards human lymphocytes, as non-target cells, and the possible mechanism responsible for it. Two different concentrations of ATO and PROG, either alone or in combination, were used with and without S9 fraction. The concentrations used were those found in human plasma when a fixed-dose combination of ATO and PROG was used: 2950/130 ng/mL after prophylactic treatment and 11800/520 ng/mL after treatment of malaria, respectively. Possible cellular and DNA-damaging effects were evaluated by cell viability and alkaline comet assays, while oxidative stress potential was evaluated by formamidopyrimidine-DNA glycosylase (Fpg)-modified comet assay, in addition to assessing malondialdehyde and glutathione levels as biomarkers of oxidative stress. Based on the obtained results, single exposure to ATO did not display cytogenotoxic effect while PROG showed week but significant cytogenotoxic potential. The ATO/PROG combination also displayed weak but significant cytogenotoxic potential towards human lymphocytes with no impact on oxidative stress parameters, suggesting that oxidative stress is not implicated in their mechanism of action. Given that the key portion of the damaging effects was induced after S9 metabolic activation, it is to presume that the principal metabolite of PROG, cycloguanil, had the greatest impact on their cytogenotoxic potential. The obtained results indicate that the ATO/PROG combination is relatively safe for the consumption from the aspect of cytogenotoxicity, especially if used for prophylaxis. Nevertheless, further cytogenetic research and regular patient monitoring are warranted to minimize the risk of adverse events especially among frequent travellers.