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EnglishThe molecular biology techniques that are used in allelic discrimination for individual and sheep breeds characterization are important tools in breeding programs and conservation of genetic resources. The use of microsatellite markers allows allelic differentiation, which in turn allows us to infer the genetic variability of sample populations. The study aimed to test the sensitivity and efficiency of fluorescent capillary electrophoresis, using microsatellite primers, for allelic discrimination of the Crioulo breed from Pantanal sul-matogrossense, as well as verify the possibility of using the products of sequencing in genetic variability analysis. For this test, were used blood samples from Pantaneira breed sheep. The allelic discrimination of eight microsatellites was determined by capillary electrophoresis in automatic sequencer and the results analyses were performed on the programs CERVUS and Dendro-UPGMA. The results indicated the possibility of using this technique for the individual genotyping of all loci tested in electrophoretic analysis and its potential to allelic discrimination even in case of difference between two pairs of bases between the alleles. The resulting dendrogram based on the distance matrix by the UPGMA assembly method, indicated medium similarity coefficient of 0.72 in the group of animals. It was concluded that there is the viability and efficiency of the microsatellite molecular markers technique using capillary electrophoresis for allelic discrimination and the utility of results for studies of genetic variability, paternity diagnosis and characterization of the Crioulo sheep herd from Pantanal sul-matogrossense. portuguesAs tecnicas de biologia molecular que sao utilizadas na discriminacao alelica para caracterizacao individual e de racas de ovinos sao ferramentas importantes nos programas de melhoramento genetico e de conservacao de recursos geneticos. A utilizacao de marcadores moleculares microssatelites possibilita a diferenciacao alelica, que por sua vez permite inferir a variabilidade genetica de populacoes amostrais. O estudo teve como objetivo testar a sensibilidade e a eficiencia da eletroforese capilar fluorescente, utilizando oligonucleotideos iniciadores de microssatelites, para discriminacao alelica da raca crioula do pantanal sul-matogrossense, bem como verificar a possibilidade de utilizacao dos produtos do sequenciamento em analises de variabilidade genetica. Para o referido teste foram utilizadas amostras de sangue provenientes de ovinos da raca pantaneira. A discriminacao alelica dos oito microssatelites foi determinada por meio de eletroforese capilar em sequenciador automatico e as analises dos resultados foram realizadas nos programas CERVUS e Dendro-UPGMA. Os resultados indicaram a possibilidade da utilizacao da tecnica para a genotipagem individual de todos os loci testados numa corrida eletroforetica e a sua potencialidade para discriminacao alelica mesmo em situacoes de diferenca de dois pares de bases entre os alelos. O dendrograma resultante baseado na matriz de distância pelo metodo de agrupamento UPGMA, indicou coeficiente de similaridade medio de 0.72 no grupo de animais. Foi possivel concluir que existe viabilidade e eficiencia da tecnica de marcadores moleculares microssatelites utilizando eletroforese capilar para discriminacao alelica e a utilidade dos resultados para estudos de variabilidade genetica, diagnostico de paternidade e caracterizacao do rebanho de ovinos crioulos do Pantanal Sul-mato-grossense.