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Your search keyword '"Coudouel, Sophie"' showing total 46 results
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46 results on '"Coudouel, Sophie"'

2. Reproductive modes of polyploid Ludwigia grandiflora subsp. hexapetala in western Europe: the effects of a late-acting self-incompatibility system and its absence on genetic diversity within populations

Author

Stoeckel, Solenn, primary, Becheler, Ronan, additional, Portillo-Lemus, Luis, additional, Harang, Marilyne, additional, Besnard, Anne-Laure, additional, Lassalle, Gilles, additional, Causse-Védrines, Romain, additional, Michon-Coudouel, Sophie, additional, Park, Daniel J., additional, Pope, Bernard J., additional, Petit, Eric J., additional, and Barloy, Dominique, additional

Published
2024
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4. Intra- and inter-annual changes in root endospheric microbial communities of grapevine are mainly deterministic

Author

Biget, Marine, primary, Mony, Cendrine, additional, Wang, Tingting, additional, Ling, Ning, additional, Miteul, Adèle, additional, Jambon, Olivier, additional, Causse-Védrines, Romain, additional, Michon-Coudouel, Sophie, additional, Hervé, Maxime, additional, Chable, Véronique, additional, Pernet, Sabrina, additional, and Vandenkoornhuyse, Philippe, additional

Published
2023
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8. Génotypage SNP : Protocole Hi-Plex2

Author

Besnard, Anne-Laure, Lassalle, Gilles, Michon-Coudouel, Sophie, Stoeckel, Solenn, Petit, Eric J., Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan (DECOD), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Plateforme Génomique Environnementale et Fonctionnelle (GEF), Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and Infrastructure INRAE Genomics

Subjects
[SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology
Abstract

International audience

Published
2022

12. Un nouveau genre de bactéries oxydant le fer domine les zones de transitions redox des aquifères fracturés

Author

Bethencourt, Lorine, bochet, olivier, Aquilina, Luc, Quaiser, Achim, Le Borgne, Tanguy, Biget, Marine, Michon-Coudouel, Sophie, Farasin, Julien, Labasque, Thierry, Dufresne, Alexis, Géosciences Rennes (GR), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre Armoricain de Recherches en Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateforme Génomique Environnementale et Fonctionnelle (GEF), Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Génétique moléculaire, génomique, microbiologie (GMGM), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Dufresne, Alexis, Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre Armoricain de Recherches en Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1)

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDU.ENVI]Sciences of the Universe [physics]/Continental interfaces, environment, [SDU.ENVI] Sciences of the Universe [physics]/Continental interfaces, environment, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2019

15. Abondance et diversité des bactéries oxydantes du fer de la famille des Gallionellaceae dans les aquifères de socle fracturé

Author

Bethencourt, Lorine, Aquilina, Luc, Biget, Marine, bochet, olivier, Farasin, Julien, Le Borgne, Tanguy, Labasque, Thierry, Michon-Coudouel, Sophie, Dufresne, Alexis, Géosciences Rennes (GR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre Armoricain de Recherches en Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateforme Génomique Environnementale et Fonctionnelle (GEF), Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique moléculaire, génomique, microbiologie (GMGM), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre Armoricain de Recherches en Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Dufresne, Alexis

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDU.ENVI]Sciences of the Universe [physics]/Continental interfaces, environment, [SDU.ENVI] Sciences of the Universe [physics]/Continental interfaces, environment, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2017

16. Large-scale sequence-based information-novel understanding of ecology and novel avenues to test ecological hypotheses

Author

Quaiser, Achim, Dufresne, Alexis, Michon-Coudouel, Sophie, Biget, Marine, Vandenkoornhuyse, Philippe, Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Génomique Environnementale et Humaine (GEH), Université de Rennes 1 (UR1), Abad Chabbi, Henry W. Loescher, Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR), and Briand, Valerie

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2017

17. Past spatial structure of plant communities determines arbuscular mycorrhizal fungal community assembly.

Author

Bittebiere, Anne‐Kristel, Vandenkoornhuyse, Philippe, Maluenda, Elodie, Gareil, Agnès, Dheilly, Alexandra, Coudouel, Sophie, Bahin, Mathieu, Mony, Cendrine, and Singh, Brajesh

Subjects
FUNGAL communities, PLANT communities, PLANT anatomy, ECTOMYCORRHIZAS, COMMUNITY organization, VESICULAR-arbuscular mycorrhizas, PLANT-fungus relationships
Abstract

Due to the importance of arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) in ecosystem productivity, a key ecological question is how do their communities assemble? As plant spatial patterns constitute a mosaic of AM fungi habitats, we hypothesized that AM fungal community assembly is determined by plant community structure, both in space and time.We tested our hypothesis by sampling individuals of two host‐plant species, Brachypodium pinnatum and Elytrigia repens, from experimental communities cultivated in mesocosms, and assessed their AM fungal root colonizers by mass sequencing. We related AM fungal community structure to the distribution of neighbouring plant species at different spatio‐temporal scales.We demonstrated that AM fungal community assembly depends mostly on past plant spatial patterns at a small spatial scale (5 cm), indicating that plants growing at given locations leave a footprint on the AM fungi community. This spatial scale of response was also influenced by the host‐plant species, probably by its clonal propagation.Synthesis. Overall, we highlighted that processes involved in Arbuscular mycorrhizal (AM) fungal community assembly do not operate at the rough scale of the overall plant community mosaic but are instead locally determined, delineating the AM fungal 'eye‐view' of the host‐plant community. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2020
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19. The complete chloroplast genome of Spartina maritima: Insights from comparative analyses in the Poaceae family and molecular dating between polyploidy lineages

Author

Rousseau-Gueutin, Mathieu, Bellot, Sidonie, Martin, Guillaume, Boutte, Julien, Chelaifa, Houda, Lima, Oscar, Coudouel, Sophie, Naquin, Delphine, Salmon, Armel, Aïnouche, Abdelkader, Aïnouche, Malika L., Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateforme Génomique Environnementale et Fonctionnelle (GEF), Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), UMR CNRS 6553 ECOBIO, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), and Briand, Valerie

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2014

20. La structure de la communauté fongique associée à un individu plante est-elle déterminée par ses voisins et à quelle échelle spatio-temporelle ?

Author

Bittebière, Anne‐Kristel, Mony, Cendrine, Maluenda, Elodie, Gareil, Agnès, Dheilly, Alexandra, Coudouel, Sophie, Bahin, M., Vandenkoornhuyse, Philippe, Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Plateforme Génomique Environnementale et Fonctionnelle (GEF), Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Société francophone d’Ecologie des communautés végétales, Briand, Valerie, Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2014

23. Evolutionary dynamics of the chloroplast genome: Insights from comparative analyses in the legume family

Author

Rousseau-Gueutin, Mathieu, Martin, Guillaume, Cordonnier, Solene, Lima, Oscar, Michon-Coudouel, Sophie, Naquin, Delphine, Ferreira De Carvalho, Julie, Ainouche, Malika, Salmon, Armel, Aïnouche, Abdelkader, Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Plateforme Génomique Environnementale et Fonctionnelle (GEF), Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Nederlands Instituut Voor Ecologie - NIOO (NETHERLANDS), Briand, Valerie, Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2013

24. Viral and microbial diversity in a Sphagnum-dominated peatland using metagenomics

Author

Ballaud, Flore, Dufresne, Alexis, Francez, Andre-Jean, Colombet, Jonathan, Sime-Ngando, Télesphore, Coudouel, Sophie, Dheilly, Alexandra, Quaiser, Achim, Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateforme Génomique Environnementale et Fonctionnelle (GEF), Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), and Briand, Valerie

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2013

25. Is the diversity of the active plant root microbiome spatially structured?

Author

Van, Amandine Lê, Quaiser, Achim, Vandenkoornhuyse, Philippe, Dheilly, Alexandra, Coudouel, Sophie, Dufresne, Alexis, Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Plateforme Génomique Environnementale et Fonctionnelle (GEF), Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Briand, Valerie

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2013

26. Automatized detection of duplicated copies from NGS data: Application to 45S rDNA and coding genes in the hexaploid Spartina maritime (Poaceae)

Author

Boutte, Julien, Aliaga, Benoit, Ferreira de Carvalho, Julie, Lima, Oscar, Coudouel, Sophie, Naquin, Delphine, Wincker, Patrick, Poulain, Julie, da Silva, Corinne, Ainouche, Malika, Salmon, Armel, Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Nederlands Instituut Voor Ecologie - NIOO (NETHERLANDS), Plateforme Génomique Environnementale et Fonctionnelle (GEF), Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Commissariat à l'Energie Atomique, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut de Génomique d'Evry (IG), Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Paris-Saclay-Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), and Briand, Valerie

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2013

27. The complete chloroplast genome of Spartina maritima: insights from comparative analyses in the Poaceae family and molecular dating

Author

Bellot, Sidonie, Rousseau-Gueutin, Mathieu, Martin, Guillaume, Boutte, Julien, Chelaifa, Houda, Lima, Oscar, Michon-Coudouel, Sophie, Naquin, Delphine, Salmon, Armel, Ainouche, Abdelkader, Ainouche, Malika L., Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique)

Subjects
[SDV.GEN.GPL]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Plants genetics, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2013

28. Patterns of viral and microbial diversity in Sphagnum-dominated peatland using meta genomics

Author

Ballaud, Flore, Dufresne, Alexis, Francez, Andre-Jean, Colombet, Jonathan, Sime-Ngando, Télesphore, Coudouel, Sophie, Dheilly, Alexandra, Quaiser, Achim, Briand, Valerie, Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateforme Génomique Environnementale et Fonctionnelle (GEF), Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Association Francophone d’Ecologie Microbienne, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), and Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2013

29. Automatized detection of duplicated copies from NGS data: Application to 45S rDNA and coding genes in hexaploid Spartina species (Poaceae)

Author

Boutte, Julien, Aliaga, Benoit, Carvalho, Julie Ferreira de, Lima, Oscar, Coudouel, Sophie, Naquin, Delphine, Wincker, Patrick, Poulain, Julie, Da Silva, Corinne, L.Ainouche, Malika, Salmon, Armel, Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateforme Génomique Environnementale et Fonctionnelle (GEF), Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Commissariat à l'Energie Atomique, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut de Génomique d'Evry (IG), Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Paris-Saclay-Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), and Briand, Valerie

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2012

30. Ecological genomics of invasive polyploids: Case study from hexaploid and allo-dodecaploid Spartina species colonizing salt marshes

Author

Ferreira de Carvalho, Julie, Poulain, Julie, da Silva, Corinne, Wincker, Patrick, Coudouel, Sophie, Dheilly, Alexandra, Naquin, Delphine, Boutte, Julien, Salmon, Armel, Ainouche, Malika, Nederlands Instituut Voor Ecologie - NIOO (NETHERLANDS), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génomique d'Evry (IG), Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Commissariat à l'Energie Atomique, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Plateforme Génomique Environnementale et Fonctionnelle (GEF), Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Saclay-Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Briand, Valerie

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2012

31. Genome and transcriptome analyses in hexaploid Spartina species (Poaceae) colonizing salt marshes

Author

Ferreira de Carvalho, Julie, Poulain, Julie, da Silva, Corinne, Wincker, Patrick, Coudouel, Sophie, Lima, Oscar, Dheilly, Alexandra, Naquin, Delphine, Macas, Jiri, Salmon, Armel, Ainouche, Malika L., Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Institut de Génomique d'Evry (IG), Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Commissariat à l'Energie Atomique, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Plateforme Génomique Environnementale et Fonctionnelle (GEF), Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Inst Plant Mol Biol, Ctr Biol, Czech Academy of Sciences [Prague] (CAS), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Czech Academy of Sciences [Prague] (ASCR), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Saclay-Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Briand, Valerie

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2012

32. Reconstruction et évolution du génome chloroplastique des lupins

Author

Martin, Guillaume, Lima, Oscar, Coudouel, Sophie, Naquin, Delphine, Salmon, Armel, Aïnouche, Abdelkader, Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Plateforme Génomique Environnementale et Fonctionnelle (GEF), Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Briand, Valerie, Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2011

33. Evolution de la taille des génomes et diversification des lupins

Author

Aïnouche, Abdelkader, Mahé, Frédéric, Martin, Guillaume, Huteau, Virginie, Coriton, Olivier, Lima, Oscar, Coudouel, Sophie, Naquin, Delphine, Wolko, Bogdan, Macas, Jiri, Misset, Marie-Thérèse, Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Amélioration des Plantes et Biotechnologies Végétales, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Plateforme Génomique Environnementale et Fonctionnelle (GEF), Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Institute of Plant Genetics, Poznan, Polska Akademia Nauk (PAN), Inst Plant Mol Biol, Ctr Biol, Czech Academy of Sciences [Prague] (ASCR), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Polska Akademia Nauk = Polish Academy of Sciences (PAN), Czech Academy of Sciences [Prague] (CAS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), and Briand, Valerie

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2011

34. Vers la caractérisation des compartiments codant et répété du génome des spartines polyploïdes par séquençage en masse

Author

Ferreira De Carvalho, Julie, Chelaifa, Houda, Macas, Jiri, Lima, Oscar, Coudouel, Sophie, Dheilly, Alexandra, Poulain, Julie, Da Silva, Corinne, Wincker, Patrick, Salmon, Armel, Aïnouche, Malika L., Briand, Valerie, Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Inst Plant Mol Biol, Ctr Biol, Czech Academy of Sciences [Prague] (ASCR), Plateforme Génomique Environnementale et Fonctionnelle (GEF), Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Institut de Génomique d'Evry (IG), Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Commissariat à l'Energie Atomique, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Czech Academy of Sciences [Prague] (CAS), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Paris-Saclay-Institut de Biologie François JACOB (JACOB), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2011

35. Environmental genomics of phototrophic fluctuations in a freshwater ecosystem: Preliminary analysis of taxonomic diversity in metagenomics datasets

Author

Gouesbet, Gwenola, Coudouel, Sophie, Naquin, Delphine, Lima, Oscar, Lengronne, Marion, Brient, Luc, Bormans, Myriam, Lagadeuc, Yvan, Vandenkoornhuyse, Philippe, Sulmon, Cécile, Couée, Ivan, Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateforme Génomique Environnementale et Fonctionnelle (GEF), Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Briand, Valerie, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), and Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2010

36. The first complete chloroplast genome of the Genistoid legume Lupinus luteus: evidence for a novel major lineage-specific rearrangement and new insights regarding plastome evolution in the legume family

Author

Martin, Guillaume, Rousseau-Gueutin, Mathieu, Cordonnier, Solenn, Lima, Oscar, Michon-Coudouel, Sophie, Naquin, Delphine, de Carvalho, Julie Ferreira, Ainouche, Malika Lily, Salmon, Armel, Ainouche, Abdelkader, Martin, Guillaume, Rousseau-Gueutin, Mathieu, Cordonnier, Solenn, Lima, Oscar, Michon-Coudouel, Sophie, Naquin, Delphine, de Carvalho, Julie Ferreira, Ainouche, Malika Lily, Salmon, Armel, and Ainouche, Abdelkader

Abstract

Background and Aims To date chloroplast genomes are available only for members of the non-protein amino acid-accumulating clade (NPAAA) Papilionoid lineages in the legume family (i.e. Millettioids, Robinoids and the 'inverted repeat-lacking clade', IRLC). It is thus very important to sequence plastomes from other lineages in order to better understand the unusual evolution observed in this model flowering plant family. To this end, the plastome of a lupine species, Lupinus luteus, was sequenced to represent the Genistoid lineage, a noteworthy but poorly studied legume group. Methods The plastome of L. luteus was reconstructed using Roche-454 and Illumina next-generation sequencing. Its structure, repetitive sequences, gene content and sequence divergence were compared with those of other Fabaceae plastomes. PCR screening and sequencing were performed in other allied legumes in order to determine the origin of a large inversion identified in L. luteus. Key Results The first sequenced Genistoid plastome (L. luteus: 155 894 bp) resulted in the discovery of a 36-kb inversion, embedded within the already known 50-kb inversion in the large single-copy (LSC) region of the Papilionoideae. This inversion occurs at the base or soon after the Genistoid emergence, and most probably resulted from a flip–flop recombination between identical 29-bp inverted repeats within two trnS genes. Comparative analyses of the chloroplast gene content of L. luteus vs. Fabaceae and extra-Fabales plastomes revealed the loss of the plastid rpl22 gene, and its functional relocation to the nucleus was verified using lupine transcriptomic data. An investigation into the evolutionary rate of coding and non-coding sequences among legume plastomes resulted in the identification of remarkably variable regions. Conclusions This study resulted in the discovery of a novel, major 36-kb inversion, specific to the Genistoids. Chloroplast mutational hotspots were also identified, which contain novel and potent

Published
2014

37. Functional Study of the Hap4-Like Genes Suggests That the Key Regulators of Carbon Metabolism HAP4 and Oxidative Stress Response YAP1 in Yeast Diverged from a Common Ancestor

Author

Petryk, Nataliya, primary, Zhou, You-Fang, additional, Sybirna, Kateryna, additional, Mucchielli, Marie-Hélène, additional, Guiard, Bernard, additional, Bao, Wei-Guo, additional, Stasyk, Oleh V., additional, Stasyk, Olena G., additional, Krasovska, Olena S., additional, Budin, Karine, additional, Reymond, Nancie, additional, Imbeaud, Sandrine, additional, Coudouel, Sophie, additional, Delacroix, Hervé, additional, Sibirny, Andriy, additional, and Bolotin-Fukuhara, Monique, additional

Published
2014
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39. Groundwater Isolation Governs Chemistry and Microbial Community Structure along Hydrologic Flowpaths.

Author

Maamar, Sarah Ben, Aquilina, Luc, Quaiser, Achim, Pauwels, Hélène, Michon-Coudouel, Sophie, Vergnaud-Ayraud, Virginie, Labasque, Thierry, Roques, Clément, Abbott, Benjamin W., and Dufresne, Alexis

Subjects
MICROBIOLOGICAL chemistry, DISSOLVED organic matter, NUCLEOTIDE sequencing, GROUNDWATER, GROUNDWATER recharge, AQUIFER pollution, MICROBIAL communities, ENVIRONMENTAL chemistry
Abstract

This study deals with the effects of hydrodynamic functioning of hard-rock aquifers on microbial communities. In hard-rock aquifers, the heterogeneous hydrologic circulation strongly constrains groundwater residence time, hydrochemistry, and nutrient supply. Here, residence time and a wide range of environmental factors were used to test the influence of groundwater circulation on active microbial community composition, assessed by high throughput sequencing of 16S rRNA. Groundwater of different ages was sampled along hydrogeologic paths or loops, in three contrasting hardrock aquifers in Brittany (France). Microbial community composition was driven by groundwater residence time and hydrogeologic loop position. In recent groundwater, in the upper section of the aquifers or in their recharge zone, surface water inputs caused high nitrate concentration and the predominance of putative denitrifiers. Although denitrification does not seem to fully decrease nitrate concentrations due to low dissolved organic carbon concentrations, nitrate input has a major effect on microbial communities. The occurrence of taxa possibly associated with the application of organic fertilizers was also noticed. In ancient isolated groundwater, an ecosystem based on Fe(II)/Fe(III) and S/SO4 redox cycling was observed down to several 100 of meters below the surface. In this depth section, microbial communities were dominated by iron oxidizing bacteria belonging to Gallionellaceae. The latter were associated to old groundwater with high Fe concentrations mixed to a small but not null percentage of recent groundwater inducing oxygen concentrations below 2.5 mg/L. These two types of microbial community were observed in the three sites, independently of site geology and aquifer geometry, indicating hydrogeologic circulation exercises a major control on microbial communities. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2015
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45. Early Emergence of Three Dopamine D1Receptor Subtypes in Vertebrates

Author

Cardinaud, Bruno, Sugamori, Kim S., Coudouel, Sophie, Vincent, Jean-Didier, Niznik, Hyman B., and Vernier, Philippe

Abstract

The existence of dopamine D1Cand D1Dreceptors in Xenopusand chicken, respectively, challenged the established duality (D1Aand D1B) of the dopamine D1receptor class in vertebrates. To ascertain the molecular diversity of this gene family in early diverging vertebrates, we isolated four receptor-encoding sequences from the European eel Anguilla anguilla. Molecular phylogeny assigned two receptor sequences (D1A1and D1A2) to the D1Asubtype, and a third receptor to the D1Bsubtype. Additional sequence was orthologous to the XenopusD1Creceptor and to several other previously unclassified fish D1-like receptors. When expressed in COS-7 cells, eel D1Aand D1Breceptors display affinity profiles for dopaminergic ligands similar to those of other known vertebrate homologues. The D1Creceptor exhibits pharmacological characteristics virtually identical to its Xenopushomologue. Functionally, while all eel D1receptors stimulate adenylate cyclase, the eel D1Breceptor exhibits greater constitutive activity than either D1Aor D1Creceptors. Semiquantitative reverse transcription-polymerase chain reaction reveals the differential distribution of D1A1, D1A2, D1B, and D1Creceptor mRNA within the hypothalamic-pituitary axis of the eel brain. Taken together, these data suggest that the D1A, D1B, and D1Creceptors arose prior to the evolutionary divergence of fish and tetrapods and exhibit molecular, pharmacological, and functional attributes that unambiguously allow for their classification as distinct D1receptor subtypes in the vertebrate phylum.

Published
1997
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46. Distribution of tyrosine hydroxylase, dopamine, and serotonin in the central nervous system of amphioxus (Branchiostoma lanceolatum): implications for the evolution of catecholamine systems in vertebrates.

Author

Moret F, Guilland JC, Coudouel S, Rochette L, and Vernier P

Subjects
Amino Acid Sequence, Animals, Base Sequence, Catecholamines analysis, Central Nervous System enzymology, Chromatography, High Pressure Liquid, Dopamine genetics, In Situ Hybridization, Molecular Sequence Data, Neurons enzymology, Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction, Serotonin genetics, Tyrosine 3-Monooxygenase genetics, Central Nervous System chemistry, Chordata, Nonvertebrate, Dopamine analysis, Neurons chemistry, Norepinephrine analysis, Serotonin analysis, Tyrosine 3-Monooxygenase analysis
Abstract

To investigate the evolutionary transition that has shaped the catecholaminergic systems of vertebrates, the organization of catecholamine-synthesizing neurons and the nature of the catecholamines were examined in the central nervous system of adult amphioxus (Branchiostoma lanceolatum), a cephalochordate. We isolated a gene transcript encoding tyrosine hydroxylase (TH), the limiting enzyme of catecholamine biosynthesis, and studied its distribution together with that of dopamine and serotonin. Dopamine and TH are found in the same neurons of which they are three separate populations. Two are located in the anterior brain, the first being dorsal and lying in a row and the second being more posterior and lateral. A third population comprising a few dorsal commissural neurons was found in the posterior brain. The anterior dopaminergic cells innervate the ventral commissure of the cephalic vesicle, the hindbrain, and the spinal cord. A serotonin-containing cell group is located in the same plane as the second dopaminergic cell population but is more caudal, marking the probable transition between anterior brain and hindbrain, as deduced from gene expression patterns. The overall distribution of dopaminergic and serotoninergic systems is similar in amphioxus and vertebrate central nervous system and could be an ancestral character of chordates. As assayed by high-performance liquid chromatography and electrochemical detection, significant amounts of dopamine and octopamine, but not of noradrenaline, are present in amphioxus head. This finding is consistent with data obtained from most prostomian species. We conclude that the noradrenergic system is probably an innovation of vertebrates that appeared along with the neural crest and specific hindbrain nuclei., (Copyright 2003 Wiley-Liss, Inc.)

Published
2004
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