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En las últimas dos décadas se ha reportado la emergencia y rápida diseminación del Staphylococcus aureus resistente a meticilina clon USA300 con una amplia distribución y patogenicidad, causando al ser humano infecciones no solo en el hospital sino en la comunidad. El elemento genético móvil para el catabolismo de la arginina (ACME) fue identificado exclusivamente en este clon y dentro de este elemento se encuentra un operón arc que tiene la misma función catabólica de ACME suministrando ATP en condiciones anaerobias y que en ambientes ácidos aumenta el pH del medio favoreciendo la capacidad para colonizar. Estudios previos en nuestro laboratorio mostraron que una sobreexpresión del operón arcACME en el clon USA300 es dada posiblemente por el gen sausa300_0063 inserto dentro de este operón que codifica para un regulador transcripcional. Determinar la participación de la proteína hipotética SAUSA300_0063 en la activación del operón arc presente en ACME en el clon pandémico USA300. Mediante el sistema de expresión pET303/CT-His en BL21 (DE3) se produjo la proteína recombinante SAUSA300_0063 del operón arcACME la cual se purificó mediante electroelución. Se determinó la unión in vitro de la proteína recombinante SAUSA300_0063 a la secuencia promotora del operón arcACME mediante ensayos de retardamiento en gel y por PCR en tiempo real se analizó la transcripción relativa de los genes sausa300_0063, arcCACME, arcCcons y arcR en condiciones de anaerobiosis en presencia o ausencia de arginina. La evidencia experimental mostró que la proteína SAUSA300_0063 establece su unión en el promotor del operón arcACME sugiriendo una aproximación acerca de su función como regulador transcripcional perteneciente a la familia de proteínas CRP/FNR. Adicionalmente se observó una relación directa en el aumento de la transcripción de los genes sausa300_0063 y arcC del operón arcACME indicando la posible participación de la proteína SAUSA300_0063 en la autoactivación del operón arcACME, dada a esta nueva estructura del operón facilitando su regulación. La proteína SAUSA300_0063 participa en la activación del operón arcACME a través de la unión a su región promotora y esta activación es mayor que la encontrada en el operón arc constitutivo. Estos resultados sugieren que el cambio estructural encontrado en el operón arcACME facilita la participación de la proteína SAUSA300_0063 en la auto-activación de este operón ya que dada a esta nueva estructura se podría regular en modo cis considerándose un sistema altamente ventajoso. Magíster en Ciencias Básicas Biomédicas Maestría In the last two decades has reported the emergence and rapid spread of methicillinresistant Staphylococcus aureus USA300 clone with a wide distribution and pathogenicity, causing human infections not only in the hospital but in the community. The mobile genetic element for catabolism of arginine (ACME) was identified only in this clone and inside this element is one arc operon having the same catabolic function ACME providing ATP under anaerobic conditions and in acidic environments increases pH medium favoring the ability to colonize. Previous studies in our laboratory showed that overexpression arcACME operon in clone USA300 is possibly given by the insert sausa300_0063 within this operon gene encoding a transcriptional regulator. Determine the participation SAUSA300_0063 hypothetical protein in the activation of arcACME operon in the USA300 clone pandemic. Using the system pET303 / CT-His expression in BL21 (DE3) recombinant protein produced SAUSA300_0063 arcACME operon which was purified by electroelution. In vitro binding of recombinant protein SAUSA300_0063 to the promoter sequence of the arcACME operon determined by assays retarding gel and real-time PCR the relative transcription sausa300_0063, arcCACME, arcCcons and arcR genes it was analyzed in anaerobiosis in presence or absence of arginine. Experimental evidence showed that establishes its binding protein SAUSA300_0063 in arcACME operon promoter suggesting an approach about its function as a transcriptional regulator belonging to the family of proteins CRP / FNR. Additionally a direct relationship in the increased transcription of sausa300_0063 genes and arcC operon arcACME indicating the possible participation SAUSA300_0063 protein self-activation arcACME operon given to this new structure operon facilitating regulation. SAUSA300_0063 protein participes in the activation arcACME operon across binding to its promoter region and this activation is greater than that found in the constituent arc operon. These results suggest that the structural change in the arcACME operon found facilitates participation SAUSA300_0063 self-protein in the activation of this operon and given to this new structure could be regulated in cis mode considered a highly advantageous system.

La producción y el comercio de cultivos es una de las actividades económicas más importantes para el país. Las enfermedades causadas por virus ocasionan graves pérdidas económicas en el sector, por lo tanto, la detección, diagnóstico y diseño de estrategias para su control y manejo es crucial. Las tecnologías de secuenciación masiva (NGS por sus siglas en ingles) y las ciencias Ómicas constituyen hoy, una herramienta para el descubrimiento de nuevos virus y para el estudio de la interacción entre los virus y su hospedero vegetal. Este conocimiento no solo permite el desarrollo de nuevos métodos de diagnóstico, sino también permite el descubrimiento de componentes claves en la infección, los cuales podrían usarse para obtener plantas resistentes a los virus. En el mundo, el manejo de cultivos se está trabajando con ese enfoque. Por lo tanto, en esta revisión se presentan las diferentes aplicaciones de las tecnologías ómicas en la virología de plantas y el avance que ha alcanzado Colombia. Adicionalmente, se muestran los diferentes recursos y programas usados para el análisis bioinformático de datos ómicos. Debido a su costo cada vez más reducido, las tecnologías NGS son una excelente oportunidad para explorar fitopatologías en una gran diversidad de productos agrícolas y para mejorar su potencial comercial. Crop production and trade are two of the most economically important activities in Colombia, and viral diseases cause a high negative impact to agricultural sector. Therefore, the detection, diagnosis, control, and management of viral diseases are crucial. Currently, Next-Generation Sequencing (NGS) and ‘Omic’ technologies constitute a right-hand tool for the discovery of novel viruses and for studying virus-plant interactions. This knowledge allows the development of new viral diagnostic methods and the discovery of key components of infectious processes, which could be used to generate plants resistant to viral infections. Globally, crop sciences are advancing in this direction. In this review, advancements in ‘omic’ technologies and their different applications in plant virology in Colombia are discussed. In addition, bioinformatics pipelines and resources for omics data analyses are presented. Due to their decreasing prices, NGS technologies are becoming an affordable and promising means to explore many phytopathologies affecting a wide variety of Colombian crops so as to improve their trade potential

ilustraciones, fotografías Staphylococcus aureus y Klebsiella pneumoniae son bacterias reconocidas como patógenas de infecciones intrahospitalarias y comunitarias a nivel mundial. Estas se caracterizan por presentar genes que codifican diferentes factores de adaptación al medio y factores de virulencia como la formación de biofilm y la lisis de eritrocitos, los cuales son controlados por una red compleja de reguladores transcripcionales y ribonucleasas. En Bacillus subtilis se ha demostrado que las proteínas del complejo Y (YlbF, YmcA y YaaT), que se caracterizan por presentar un dominio Com_ylbF, están relacionadas con la regulación de la formación de biofilm, competencia y esporulación. Recientemente, en S. aureus se identificó una proteína con dominio Com_ylbF denominada Qrp (YheA), la cual al ser delecionada del genoma, afecta la formación de biofilm y la hemólisis. S. aureus expresa las proteínas YmcA, YaaT y YlbF, pero a la fecha no se tiene información sobre su participación en la regulación de estos factores de virulencia. Por otra parte, en K. pneumoniae no se han reportado los genes que codifican para estas proteínas, ni la relación que pueden tener con los factores de virulencia, pero se ha encontrado la proteína YlbF en una cepa de esta bacteria. El objetivo de este trabajo fue evaluar la participación de la proteína YlbF en los procesos de hemólisis y formación de biofilm en S. aureus y K. pneumoniae, para ello se realizaron ensayos de deleción (S. aureus) y complementación (K. pneumoniae) de las bacterias con el gen ylbF y se evaluó mediante ensayos de formación de biofilm y ensayos de hemolisis si existía alguna variación en estos procesos al realizar la deleción o complementación de este gen. Se logró realizar la deleción del gen ylbF del genoma de S. aureus y la complementación del gen ylbF en K. pneumoniae y se encontró que las cepas estudiadas presentan una variación en la formación de biofilm y en la hemolisis de eritrocitos cuando se varia la presencia de esta proteína. Esto no indicaría que esta proteína YlbF, perteneciente al complejo Y puede ser de gran importancia para los procesos básicos de colonización y secreción de factores de virulencia por parte de estas bacterias. (Texto tomado de la fuente) Staphylococcus aureus and Klebsiella pneumoniae are bacteria recognized as pathogens of nosocomial and community infections worldwide. These are characterized by presenting genes that encode different adaptation factors to the environment and virulence factors such as biofilm formation and erythrocyte lysis, which are controlled by a complex network of transcriptional regulators and ribonucleases. In Bacillus subtilis it has been shown that the proteins of the Y complex (YlbF, YmcA and YaaT), which are characterized by having a Com_ylbF domain, are related to the regulation of biofilm formation, competition, and sporulation. Recently, a protein with a Com_ylbF domain called Qrp (YheA) was identified in S. aureus, which, when deleted from the genome, affects biofilm formation and hemolysis. S. aureus expresses YmcA, YaaT and YlbF proteins, but to date there is no information on their participation in the regulation of these virulence factors. On the other hand, the genes that code for these proteins have not been reported in K. pneumoniae, nor the relationship they may have with virulence factors, but the YlbF protein has been found in a strain of this bacterium. The objective of this work was to evaluate the participation of the YlbF protein in the processes of hemolysis and biofilm formation in S. aureus and K. pneumoniae, for which deletion (S. aureus) and complementation (K. pneumoniae) assays were performed. of the bacteria with the ylbF gene and it was evaluated by means of biofilm formation assays and hemolysis assays if there was any variation in these processes when performing the deletion or complementation of this gene. It was possible to carry out the deletion of the ylbF gene from the S. aureus genome and the complementation of the ylbF gene in K. pneumoniae and it was found that the studied strains present a variation in the formation of biofilm and in the hemolysis of erythrocytes when the presence is varied. of this protein. This would not indicate that this YlbF protein, belonging to the Y complex, may be of great importance for the basic processes of colonization and secretion of virulence factors by these bacteria COLCIENCIAS Maestría GENETICA MOLECULAR BACTERIANA BIOQUIMICA PROTEOMICA Estudio de factores de virulencia bacterianos