Marina Charbit, Johanne Auriau, Dulanjalee Kariyawasam, Isabelle Sermet-Gaudelus, Marc Eloit, Elsa Foucaud, Christèle Huon, Albert Faye, Delphine Chrétien, Flora Donati, Tiffany Guilleminot, Vincent Enouf, Bettina Mesplees, Coralie Briand, Marianne Leruez-Ville, Mélodie Aubart, Thomas Bigot, Sylvie van der Werf, Sarah Temmam, Brigitte Bader-Meunier, Mélanie Albert, Célia Crétolle, Agnès Delaunay-Moisan, Gilles Orliaguet, Grégoire Benoist, Vincent Gajdos, L. Fertitta, Bénédicte Pigneur, Julie Toubiana, Thibaut Lurier, Sylvie Behillil, Marija Backovic, Mathie Lorrot, marc duval-arnould, Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Université Paris Cité - UFR Médecine [Santé] (UPCité UFR Médecine), Université Paris Cité (UPCité), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Découverte de pathogènes – Pathogen discovery, Institut Pasteur [Paris] (IP), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), AP-HP - Hôpital Antoine Béclère [Clamart], Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Rongeurs Sauvages, Risques Sanitaires et Gestion des Populations - UR 1233 (RS2GP), Virologie Structurale - Structural Virology, Département Plateforme (PF I2BC), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Jean Verdier [AP-HP], Hôpital Louis Mourier - AP-HP [Colombes], Hôpital Ambroise Paré [AP-HP], Hôpital Robert Debré Paris, Hôpital Robert Debré, AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Plateforme de Microbiologie Mutualisée (PIBnet) - Mutualized Platform for Microbiology (P2M), Pasteur International Bioresources network (PIBNet), Biodiversité et Epidémiologie des Bactéries pathogènes - Biodiversity and Epidemiology of Bacterial Pathogens, Laboratoire de Microbiologie Clinique [AP-HP Hôpital Necker-Enfants Malades], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA), This work was supported by the « URGENCE COVID-19 » fundraising campaign of Institut Pasteur., Martel, Anne-Sophie, UFR Médecine [Santé] - Université Paris Cité (UFR Médecine UPCité), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Université de Paris - UFR Médecine Paris Centre [Santé] (UP Médecine Paris Centre), Université de Paris (UP), Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)