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Strategic Environmental Assessment (SEA) of land-use planning is a fundamental tool to minimize environmental impacts of artificialization. In this context, Systematic Conservation Planning (SCP) tools based on Species Distribution Models (SDM) are frequently used for the elaboration of spatially exhaustive biodiversity diagnostics. Despite the paradigm of “garbage in – garbage out” that emphasises the importance of testing the suitability of data for SDM and priority conservation areas, the assessment of database sources remains relatively rare. In addition, the lack of practical recommendations for the use of open-access databases by SEA stakeholders remains a problem. The aim of this study is to explore the quality of data sources that can be used by stakeholders to assess priority conservation areas in SEA. The study was done using data for nine taxonomic groups (commonly used in inventories for environmental impact assessment) and three databases available to SEA stakeholders. Three local administrative entities in very different socio-ecological contexts were used to examine three main issues : (i) the suitability of local versus national databases for assessing conservation priorities, (ii) differences among taxonomic groups or territories in terms of the suitability of databases, (iii) the importance of the quality of databases for the application of SDM to assess priority conservation areas. Our study provides several clear messages for potential users of open-access databases. First, the need for prudence in the interpretation of biodiversity maps. Second, for SDM, the collection of individual databases at the national scale is neccessary to complete local data and ensure the suitability of models in a local context. Third, a data driven approach can lead to the use of notably different species communities to identify priority conservation areas when compared to the community in the original database. Finally, we propose a workflow to guide SEA stakeholders through the process of data rationalization and use in conservation planning.

Biodiversity is being lost at an increased rate as a result of human activities. One of the major threats to biodiversity is infrastructural development. Although the measures taken in environmental impact assessments can limit this loss, the mitigation hierarchy to "Avoid, Reduce and Offset" impacts on biodiversity is not fully functional. Indeed, the mitigation hierarchy often uses qualitative data and does not account for the biological and/or ecological processes and their different spatial and temporal scales. The impact of roads is well documented for several biological groups but not for bats whereas they are likely to be very strongly affected. Moreover, as they are strictly protected, they should be considered in the mitigation hierarchy. Therefore, through the study of bats, I investigated the effects of roads, especially major roads, and intended to measure and quantify the magnitude of their impacts. This thesis presents different methods developed to reach this objective and which may be used by stakeholders in the field. First, I intended to determine how to process data collected through passive acoustic monitoring and how to exploit these data. Then I determined what the impacts of roads on bat populations are and I proposed a method in order to assess the mitigation measures which presume to restore bat habitat connectivity. Our main results show a significant negative effect of roads on bats foraging and commuting behaviour for several species and up to at least five kilometres away from a major road. In addition, the effect of major roads also seems to have consequences on populations’ genetics. Finally, we studied bat overpasses which are structures specifically dedicated to bats and aiming at reducing the impacts of roads by improving bats’ habitat connectivity. These structures seem to be appropriate when located in narrow ecological corridors such as hedgerows.; Les infrastructures linéaires de transports (ILT), dont les routes, sont une des principales causes du déclin de la biodiversité. Bien que les évaluations environnementales permettent de limiter ce déclin, la séquence "Eviter, Réduire et Compenser" les impacts peine à s'appliquer pleinement. En effet, la séquence ERC fait bien souvent appel à des données qualitatives en oubliant les processus biologiques et/ou écologiques et leur échelle spatio-temporelle. L'impact des routes est globalement bien documenté pour plusieurs groupes biologiques, hormis pour les chauves-souris, pourtant susceptibles d'être très fortement affectées. Par ailleurs, leur protection stricte nécessite leur prise en compte dans la séquence ERC. Pour étudier l’impact des routes, et notamment des autoroutes, je me suis concentré sur l’étude des chauves-souris afin de mesurer et quantifier leur magnitude. Pour cela, différentes méthodes développées et réutilisables par les différents acteurs de terrain seront présentées. Ainsi, dans un premier temps, je me suis intéressé à une méthode de traitement des données issues d'écoutes acoustiques et à une méthode de valorisation. Dans un second temps, nous avons appliqué ces méthodes afin (i) de connaitre quels étaient les impacts des routes sur les populations de chauves-souris et (ii) afin d'évaluer l'efficience des mesures de réductions engagées pour réduire ces impacts. Nos principaux résultats montrent que les autoroutes ont un impact négatif significatif sur l'activité de chasse et de transit pour plusieurs espèces de chauves-souris jusqu'à au moins cinq kilomètres de distance à une autoroute. De plus, l'effet des autoroutes semblerait également avoir des conséquences sur la génétique des populations. Enfin, nous avons étudié les chiroptéroducs, ouvrages dédiés aux chauves-souris visant à réduire ces impacts par l'amélioration des connectivités écologiques. Ce type d'ouvrage dédié semble être approprié lorsqu'il est situé dans des corridors écologiques fins tels que les haies.

Biodiversity is being lost at an increased rate as a result of human activities. One of the major threats to biodiversity is infrastructural development. Although the measures taken in environmental impact assessments can limit this loss, the mitigation hierarchy to "Avoid, Reduce and Offset" impacts on biodiversity is not fully functional. Indeed, the mitigation hierarchy often uses qualitative data and does not account for the biological and/or ecological processes and their different spatial and temporal scales. The impact of roads is well documented for several biological groups but not for bats whereas they are likely to be very strongly affected. Moreover, as they are strictly protected, they should be considered in the mitigation hierarchy. Therefore, through the study of bats, I investigated the effects of roads, especially major roads, and intended to measure and quantify the magnitude of their impacts. This thesis presents different methods developed to reach this objective and which may be used by stakeholders in the field. First, I intended to determine how to process data collected through passive acoustic monitoring and how to exploit these data. Then I determined what the impacts of roads on bat populations are and I proposed a method in order to assess the mitigation measures which presume to restore bat habitat connectivity. Our main results show a significant negative effect of roads on bats foraging and commuting behaviour for several species and up to at least five kilometres away from a major road. In addition, the effect of major roads also seems to have consequences on populations’ genetics. Finally, we studied bat overpasses which are structures specifically dedicated to bats and aiming at reducing the impacts of roads by improving bats’ habitat connectivity. These structures seem to be appropriate when located in narrow ecological corridors such as hedgerows.; Les infrastructures linéaires de transports (ILT), dont les routes, sont une des principales causes du déclin de la biodiversité. Bien que les évaluations environnementales permettent de limiter ce déclin, la séquence "Eviter, Réduire et Compenser" les impacts peine à s'appliquer pleinement. En effet, la séquence ERC fait bien souvent appel à des données qualitatives en oubliant les processus biologiques et/ou écologiques et leur échelle spatio-temporelle. L'impact des routes est globalement bien documenté pour plusieurs groupes biologiques, hormis pour les chauves-souris, pourtant susceptibles d'être très fortement affectées. Par ailleurs, leur protection stricte nécessite leur prise en compte dans la séquence ERC. Pour étudier l’impact des routes, et notamment des autoroutes, je me suis concentré sur l’étude des chauves-souris afin de mesurer et quantifier leur magnitude. Pour cela, différentes méthodes développées et réutilisables par les différents acteurs de terrain seront présentées. Ainsi, dans un premier temps, je me suis intéressé à une méthode de traitement des données issues d'écoutes acoustiques et à une méthode de valorisation. Dans un second temps, nous avons appliqué ces méthodes afin (i) de connaitre quels étaient les impacts des routes sur les populations de chauves-souris et (ii) afin d'évaluer l'efficience des mesures de réductions engagées pour réduire ces impacts. Nos principaux résultats montrent que les autoroutes ont un impact négatif significatif sur l'activité de chasse et de transit pour plusieurs espèces de chauves-souris jusqu'à au moins cinq kilomètres de distance à une autoroute. De plus, l'effet des autoroutes semblerait également avoir des conséquences sur la génétique des populations. Enfin, nous avons étudié les chiroptéroducs, ouvrages dédiés aux chauves-souris visant à réduire ces impacts par l'amélioration des connectivités écologiques. Ce type d'ouvrage dédié semble être approprié lorsqu'il est situé dans des corridors écologiques fins tels que les haies.

International audience; 1. La fragmentation des habitats etl’isolation résultant des activités humainesont été reconnues comme une grandemenace pour les populations. Évaluer laconnectivité paysagère pour identifier etprotéger les corridors devient alors undéfi crucial en écologie appliquée et enconservation.2. La modélisation par les Cheminsde Moindre Coût (LCP) est une approchetrès utilisée pour évaluer la connectivité.Cependant, plusieurs études ont pointél’importance du choix des paramètresaffectant les mouvements (qui doiventcorrespondre à une réalité biologiquemesurée sur le terrain), ainsi que le besoinde valider le modèle de connectivité avecun jeu de données indépendant.3. Nous proposons ici un modèle deconnectivité fonctionnelle pour le GrandRhinolophe Rhinolophus ferrumequinum.Une analyse par LCP est paramétrée avecdes données empiriques et quantitativesen lien avec le déplacement desrhinolophes près des éléments fixes du paysage. Ce modèle a été ensuite validéavec deux jeux de données indépendants,un au niveau individuel avec du radiopistageet l’autre au niveau populationnelavec des données acoustiques.4. En définissant la résistance sur leterrain, nous trouvons que la probabilitéde franchir une discontinuité dansune haie est plus importante quand latrouée est inférieure à 38m, et diminuefortement quand cette distance dépasse50m. Le modèle LCP est validé par lesdeux jeux de données : les probabilitésde présence des rhinolophes mesuréespar l’acoustique et par le radio-pistagesont plus importantes dans les zones oùle coût accumulé de déplacement estsignificativement plus faible.