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Antimicrobial resistance (AMR) threatens our public health and is mainly driven by antimicrobial usage (AMU). For this reason the World Health Organization calls for detailed monitoring of AMU over all animal sectors involved. Therefore, we aimed to quantify AMU on turkey farms. First, turkey-specific Defined Daily Dose (DDDturkey) was determined. These were compared to the broiler alternative from the European Surveillance of Veterinary Antimicrobial Consumption (DDDvet), that mention DDDvet as a proxy for other poultry species. DDDturkey ranged from being 81.5% smaller to 48.5% larger compared to its DDDvet alternative for broilers. Second, antimicrobial treatments were registered on 60 turkey farms divided over France, Germany and Spain between 2014 and 2016 (20 flocks per country). Afterwards, AMU was quantified using treatment incidence (TI) per 100 days. TI expresses the percentage of the rearing period that the turkeys were treated with a standard dose of antimicrobials. Minimum, median and maximum TI at flock level and based on DDDturkey = 0.0, 10.0 and 65.7, respectively. Yet, a huge variation in amounts of antimicrobials used at flock level was observed, both within and between countries. Seven farms (12%) did not use any antimicrobials. Aminopenicillins, polymyxins, and fluoroquinolones were responsible for 72.2% of total AMU. The proportion of treating farms peaked on week five of the production cycle (41.7%), and 79.4% of the total AMU was administered in the first half of production. To conclude, not all DDDvet values for broilers can be applied to turkeys. Additionally, the results of AMU show potential for reducing and improving AMU on turkey farms, especially concerning the usage of critically important antimicrobials.

Pour réduire l’usage des antibiotiques en élevage, divers travaux en sciences biotechniques visent à concevoir et identifier des solutions zootechniques ou thérapeutiques alternatives aux antibiotiques. Cependant, au-delà de ces solutions techniques, des facteurs humains et sociaux déterminent les décisions de prescrire et d’administrer ou non des antibiotiques. L’article met l’accent sur ces facteurs et dresse une synthèse des travaux menés en sciences humaines et sociales en France sur la réduction de l’usage des antibiotiques dans différentes filières animales et leurs contributions pour relever ce défi. Trois contributions majeures ont émergé, à différentes échelles. La première consiste en une meilleure compréhension des processus de changement de pratiques opérés par les éleveurs pour réduire l’usage des antibiotiques dans leur élevage : identification des freins et motivations des éleveurs pour opérer ce changement, caractérisation de trajectoires de changement y compris les contextes dans lesquels elles sont réalisées, et outils mobilises par les éleveurs pour y parvenir. Une seconde contribution porte sur la compréhension du rôle des réseaux d’acteurs des éleveurs dans ces processus de changement : rôle du conseiller d’élevage et du vétérinaire et de leur relation de travail avec l’éleveur ; rôle des pairs pour expérimenter de nouvelles pratiques. La dernière contribution porte sur la compréhension et la conception de modes de gouvernance collectifs pour réduire l’usage des antibiotiques en élevage : analyse de la prescription vétérinaire et de ses évolutions, du rôle des acteurs des filières pour une action concertée et de la dynamique impulsée par le plan ÉcoAntibio. Quelques pistes sont évoquées pour approfondir ces travaux., In order to decrease the use of antimicrobials on farms, various technical options target zootechnical solutions or alternative drugs. However, beyond these technical options, human and sociological factors determine the decision to prescribe and use antimicrobials. The paper focuses on these factors and provides an overview of research studies in the field of social sciences in France on the reduced use of antimicrobials in different animal species. Three major contributions emerged at different scales. The first one addresses the issue of the processes carried out by the farmers to change their practices for a decreased use of antimicrobials at the farm level: barriers and motivations of farmers, trajectories of change, as well as the context in which changes are performed and the tools used. The second contribution deals with the role of the social networks surrounding the farmers in this process: role of farm advisors and veterinarians and their relationships with farmers, as well as peer group activities to experiment new farming practices. The third contribution focuses on the understanding and design of collective modes of governance to reduce the use of antimicrobials: analysis of veterinary prescription practices and their ongoing developments, the role of farmers’ organizations and value chain actors for a concerted approach to reducing the use of antimicrobials, and the dynamic implemented with the EcoAntibio program. Various perspectives are presented for further developments in this field.

During the Trecento, Petrarca and Boccaccio wrote pastoral poetry collections, called by the same name of Bucolicum carmen (Buccolicum carmen for Boccaccio), inspired by Virgil’s Eclogues. In the Early Modern context, the character of the shepherd can not only have political meanings, but also theological and aesthetical ones. In the pastoral world, the king-shepherd is a powerful figure, who owns a large range of livestock and has the ability of unifying the country, whom model is, for Petrarca as well as for Boccaccio, Robert of Anjou, king of Naples. Using the same biblical source, christianism particularly makes use of the metaphor of the good shepherd, who leads and protects the herd of the believers, so the transposition in the eclogues seems obvious, even if it appears in a litterature dedicated to pagan gods. Last but not least, the first poet is, according to ancient mythology, a shepherd, Orpheus or Apollo, so the pastoral world can be seen as a litterary place, especially for the ones who recognize themselves in the antique tradition. Such models, hidden behind common shephers, are the focus of Petrarca’s and Boccaccio’s eclogues., Le Trecento italien est le cadre de la publication de deux recueils d’églogues inspirés de Virgile, dont les auteurs sont Pétrarque et Boccace. Dans ce contexte pré-humaniste, la figure du berger fait l’objet d’une recherche particulière et concentre des enjeux politiques, religieux et esthétiques. La dimension politique est une évidence dans les Bucoliques de Virgile, mais les églogues de nos auteurs en offrent une déclinaison singulière. Le monde pastoral permet en effet une réflexion sur la figure du roi-berger, incarné particulièrement par le roi de Naples Robert d’Anjou, doté, comme son modèle pastoral, de capacités fédératrices et régnant sur un vaste cheptel. S’appuyant sur les mêmes sources bibliques, le christianisme a particulièrement investi la métaphore pastorale, notamment le motif du bon-pasteur, de sorte que la transposition de références chrétiennes dans le cadre pastoral ne paraît absolument pas incongrue. Le message biblique se trouve alors développé grâce aux allégories pastorales dans un environnement initialement nourri de paganisme. Enfin, conformément à la tradition poétique consacrée dans l’Antiquité, le premier poète fut un berger, de sorte que le monde pastoral constitue un espace littéraire privilégié pour qui se réclame de la tradition antique. Cette recherche du modèle antique est au cœur des travaux de Pétrarque et Boccace qui contribuent ainsi à installer durablement le motif pastoral dans l’imaginaire poétique du XVème siècle.

International audience; Background High antimicrobial use (AMU) and antimicrobial resistance (AMR) in veal calves remain a source of concern. As part of the EFFORT project, the association between AMU and the abundance of faecal antimicrobial resistance genes (ARGs) in veal calves in three European countries was determined. Methods In 2015, faecal samples of veal calves close to slaughter were collected from farms located in France, Germany and the Netherlands (20 farms in France, 20 farms in the Netherlands and 21 farms in Germany; 25 calves per farm). Standardized questionnaires were used to record AMU and farm characteristics. In total, 405 faecal samples were selected for DNA extraction and quantitative polymerase chain reaction to quantify the abundance (16S normalized concentration) of four ARGs [aph(3’)-III, ermB, sul2 and tetW] encoding for resistance to frequently used antimicrobials in veal calves. Multiple linear mixed models with random effects for country and farm were used to relate ARGs to AMU and farm characteristics. Results A significant positive association was found between the use of trimethoprim/sulfonamides and the concentration of sul2 in faeces from veal calves. A higher weight of calves on arrival at the farm was negatively associated with aph(3’)-III and ermB. Lower concentrations of aph(3’)-III were found at farms with non-commercial animals present. Furthermore, farms using only water for the cleaning of stables had a significantly lower abundance of faecal ermB and tetW compared with other farms. Conclusion A positive association was found between the use of trimethoprim/sulfonamides and the abundance of sul2 in faeces in veal calves. Additionally, other relevant risk factors associated with ARGs in veal calves were identified, such as weight on arrival at the farm and cleaning practices.

La recherche bibliographique maximalisée réalisée dans le cadre de cette revue systématique de la littérature a permis de décrire le paysage de la connaissance existante sur les facteurs de risque de mortalité des espèces de moules M. edulis et M. galloprovincialis. Ces travaux ont abouti à la formalisation d’une méthodologie rigoureuse, transparente et reproductible pour la réalisation de revue systématique relative aux facteurs de risque de mortalité chez les coquillages marins.Cette revue a décrit la diversité des définitions de la mortalité des moules et ses facteurs de risque. Elle a également permis d’apprécier la quantité et la qualité des preuves recensées. Cette revue systématique a recensé 125 facteurs étudiés pour leur relation avec la mortalité des moules par 151 études issues de 116 documents. Mais, au regard de la grande hétérogénéité des études, peu de facteurs de risque ont été finalement identifiés.Chez les deux espèces de moules exploitées en France, une variation géographique du risque de mortalité a été mise en évidence de façon globale, sans que des caractéristiques particulières du site expliquant ces variations aient été identifiées. Seule la présence de prédateurs présente une responsabilité évidente en termes de mortalités mytilicoles. De même, une variation saisonnière du risque de mortalité a été mise en évidence, sans que des conditions climatiques particulières aient été identifiées à l’exception de vagues de chaleur. L’augmentation de la température de l’eau de mer (supérieure à 24°C pour M. galloprovincialis et supérieure à 20°C pour M. edulis) était le seul facteur d’exposition commun aux deux espèces de moules et identifié de façon consensuelle comme associé à un risque de mortalité des moules accru. Chez M. galloprovincialis, les facteurs d’exposition suivants ont été identifiés de façon consensuelle comme associés à une augmentation du risque de mortalité :-l’accumulation de sable ou de sédiment sur un gisement ;-la présence de fer dans l’eau de mer ;-la présence de plomb dans l’eau de mer ;-la présence de bactéries du genre Vibrio, de l’espèce aestuarianus ou du groupe Splendidus, associée à une température de l’eau de mer élevée et en conditions d’hypoxie.Chez M. edulis, les moules issues de parents ayant naturellement survécu à un épisode de mortalité, i.e. ayant un génotype intraspécifique « sélectionné », présentaient un risque de mortalité diminué. Les facteurs suivants ont été identifiés de façon consensuelle comme associés à une augmentation du risque de mortalité :-la présence, dans la population, d’une fréquence élevée de moules présentant plus de 10 % d’anomalies cytogénétiques dans leurs cellules hémocytaires (i.e. nombre anormal de chromosomes dans les hémocytes) ;-l’augmentation de la durée d’enfouissement des animaux sur un gisement ; -une augmentation de particules sédimentaires fines et la présence de vase ;-la présence d’un agent infectieux transmissible, non identifié.Si cette revue systématique a identifié plusieurs facteurs de risque de mortalité chez les moules exploitées en France, elle n’a pas permis de hiérarchiser ces facteurs de risque, ni leurs combinaisons. Par conséquent, ce bilan des connaissances existantes n’a pas permis de répondre à la question des commanditaires relative à l’identification et à la hiérarchisation des facteurs de risque de mortalité des moules exploitées en France. Toutefois, cette synthèse pourra orienter utilement la construction d’éventuelles futures études à mener sur le terrain pour compléter la connaissance des facteurs de risque de mortalité de moules. En particulier, elle a souligné la nécessité de prise en compte et d’exploration de l’action conjointe des nombreux facteurs d’exposition intervenant de manière simultanée dans le milieu naturel.Le CST a formulé des recommandations et des propositions pour les recherches à venir, visant à identifier des facteurs de risque de mortalité de moules.

Objectives To determine associations between farm- and flock-level antimicrobial usage (AMU), farm biosecurity status and the abundance of faecal antimicrobial resistance genes (ARGs) on broiler farms. Methods In the cross-sectional pan-European EFFORT study, conventional broiler farms were visited and faeces, AMU information and biosecurity records were collected. The resistomes of pooled faecal samples were determined by metagenomic analysis for 176 farms. A meta-analysis approach was used to relate total and class-specific ARGs (expressed as fragments per kb reference per million bacterial fragments, FPKM) to AMU (treatment incidence per DDD, TIDDDvet) per country and subsequently across all countries. In a similar way, the association between biosecurity status (Biocheck.UGent) and the resistome was explored. Results Sixty-six (38%) flocks did not report group treatments but showed a similar resistome composition and roughly similar ARG levels to antimicrobial-treated flocks. Nevertheless, we found significant positive associations between β-lactam, tetracycline, macrolide and lincosamide, trimethoprim and aminoglycoside antimicrobial flock treatments and ARG clusters conferring resistance to the same class. Similar associations were found with purchased products. In gene-level analysis for β-lactams and macrolides, lincosamides and streptogramins, a significant positive association was found with the most abundant gene clusters blaTEM and erm(B). Little evidence was found for associations with biosecurity. Conclusions The faecal microbiome in European broilers contains a high diversity of ARGs, even in the absence of current antimicrobial selection pressure. Despite this, the relative abundance of genes and the composition of the resistome is positively related to AMU in European broiler farms for several antimicrobial classes.

International audience

In the version of this Article originally published, the surname of author Oksana Lukjancenko was spelt incorrectly as ‘Lukjacenko’. This has now been corrected.

National audience; Antimicrobial resistance (AMR) is increasing worldwide in humans, animals and the environment. Integrons are genetic elements involved in the dissemination of AMR, mostly among Gram-negative bacteria. Integrons are able to capture and express antibiotic resistance genes embedded within mobile gene cassettes Prevalence of integrons is well documented in Enterobacteriaceae, but data are still relatively rare in Aeromonas. Due to its ecological and genetic capabilities, Aeromonas is now proposed as an indicator of AMR dissemination in aquatic environment, and is considered, as well as integrons, as a vehicle of dissemination of antibiotic resistance genes. The aim of this study was to evaluate the prevalence of integrons in Aeromonas isolates from fishes: wild freshwater fishes, trout (fish farming) and diseased fishes (fish farming). A total of 310 Aeromonas were collected in France from wild freshwater fishes (n=109, in 2014), diseased fishes (n=124, 1985-2014), and from healthy trout coming from fish farming (n= 77, in 2014/2015). Class 1, class 2 and class 3 integrons were detected by a multiplex qPCR. Antimicrobial susceptibility of the isolates was assessed using the broth microdilution method. Eighty-one isolates harbored integrons. No integron was detected in isolates from wild freshwater fishes. Integrons were present in 54.8 % of the isolates recovered from diseased fishes and in 16.9 % of those recovered from healthy trout. Class 1 integrons were the most often detected (n=80), only one isolate recovered from trout harbored a class 2 integron. No class 3 integron was detected. In this study, we observed the highest prevalence of integrons in Aeromonas from diseased fishes and a higher prevalence in trout (fish farming) compared to isolates from wild freshwater fishes. It is assumed that this trend could be linked to the antibiotic selection pressure in fish farms, but further evaluation is necessary to investigate this point. The susceptibility profiles of the isolates and the link with integrons are under characterization.