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Preventing the risk of epidemics has become a global health and economic issue, as demonstrated by the recent emergence of SARS-COV-2. This PhD aims to enhance knowledge about the space use of fruit bats (Pteropodidae) in human-modified environments. This work used satellite telemetry data from (i) the Lyle's fruit bat (Pteropus lylei), a reservoir species of the Nipah virus in Asia, and (ii) the hammer-headed bat (Hypsignathus monstrosus), involved in the circulation of the Ebola virus in Africa. The studied population of Lyle's fruit bat was already known to primarily forage in residential areas in a fragmented environment in Cambodia. The hammer-headed bat, for which patterns of habitat use was poorly understood, has been studied in a forest region in the Republic of Congo – an epicenter of a human Ebola epidemics in 2001–2005. In addition, data on direct catches of bats were collected in the latter region. This work highlights that the hammer-headed bat primarily forage in the agricultural lands that surround the small forestry villages. Individuals of Lyle's fruit bat visited more foraging areas in their preferred habitat during the night, while hammer-headed bats spent more time therein without increasing the number of areas visited. These two species benefited from human resources at the population level according to two individual movement strategies, which were likely adjusted according to the degree of environmental fragmentation. Individuals of hammerhead bat that spent more time in the mating site during the night avoided foraging areas in the forest, suggesting a role of agricultural lands in the establishment and the maintenance of the mating site. Over successive nights, both species had a higher probability to revisit a foraging area when they spent a lot of time therein during their last visit. In addition, a community of seven fruit bat species was identified in the studied region in Africa. The probability of occurrence of four species was higher in villages, while the other species were not influenced by the habitat. Overall, this work provides new insights into the space use of fruit bats during their nocturnal foraging and breeding activities. These data could be integrated into epidemiological modeling that aimed at improving knowledge on the interactions between fruit bats, humans or domestic animals, as well as pathogen transmission routes., Prévenir les risques d’épidémies est devenu un enjeu sanitaire et économique mondial, comme en témoigne l’émergence récente du SARS-COV-2. Cette Thèse vise à améliorer les connaissances sur l’utilisation de l’espace des chauves-souris frugivores (Pteropodidae) dans des environnements modifiés par l’homme. Ce travail mobilise des données de télémétrie satellitaire chez (i) la roussette de Lyle (Pteropus lylei), espèce réservoir du virus Nipah en Asie, et (ii) la chauve-souris à tête de marteau (Hypsignathus monstrosus), impliquée dans la circulation du virus Ebola en Afrique. La population étudiée de roussette de Lyle était déjà connue pour se nourrir préférentiellement dans les zones résidentielles d’un environnement fragmenté au Cambodge. La chauve-souris à tête de marteau, dont l’utilisation des habitats était méconnue, a été étudiée dans une région forestière en République du Congo – épicentre d’épidémies humaine d’Ebola en 2001–2005. De plus, des données de captures directes de chauves-souris ont été collectées dans cette dernière région. Il ressort de ces travaux que la chauve-souris à tête de marteau se nourrit préférentiellement dans les terres agricoles qui entourent les petits villages forestiers. Les individus de roussette de Lyle visitent davantage d’aires d’alimentation dans l’habitat préférentiel durant la nuit, tandis que les chauves-souris à tête de marteau y passent plus de temps sans multiplier le nombre d’aires visitées. Ces deux espèces bénéficient ainsi des ressources anthropiques à l’échelle de la population selon deux stratégies de déplacements individuels, qui sont possiblement ajustées selon le degré de fragmentation de l’environnement. Chez la chauve-souris à tête de marteau, les aires d’alimentation dans la forêt sont délaissées par les individus qui restent longtemps dans le site d’accouplement durant la nuit, ce qui suggère un rôle des terres agricoles dans l’établissement et le maintien des sites d’accouplement. Au cours de nuits successives, les deux espèces revisitent davantage une aire d’alimentation lorsqu’elles y ont passé beaucoup de temps lors de leur dernière visite. Par ailleurs, une communauté de sept espèces de chauves-souris frugivores a été identifiée dans la région étudiée en Afrique. La probabilité d’occurrence de quatre espèces était plus importante dans les villages, tandis que les autres espèces n’étaient pas influencées par l’habitat. L’ensemble de ces travaux fournit de nouvelles informations sur l’utilisation de l’espace des chauves-souris frugivores dans le cadre de leurs activités nocturnes d’alimentation et de reproduction. Ces données pourraient être intégrées dans des modélisations épidémiologiques visant à mieux comprendre les interactions entre les chauves-souris frugivores, les humains ou les animaux domestiques, ainsi que les voies de transmission de pathogènes.

Cet article examine la perception des frontières inter-espèces entre humains et chauves-souris au regard du dispositif de biosécurité déployé autour du virus Hendra (HeV) en Australie du nord-est. La zoonose hautement létale provoquée par le HeV circule entre les chauves-souris, les chevaux et les humains et reconfigure les relations entre ces trois espèces en désignant les chauves-souris comme des réservoirs de pathogènes, à l’origine de possibles épidémies. Pourtant, ces mammifères sont aussi considérés comme des espèces clés, jouant un rôle vital dans l’équilibre écologique de la forêt australienne. En s’appuyant sur l’anthropologie des zoonoses et les études interspécifiques, l’article analyse les pratiques et les représentations de différents groupes aborigènes et non aborigènes en contact avec les chauves-souris, et interroge la notion de distance aux animaux comme variable de contamination. Il apparaît que l’ontologie totémique, présente chez les Aborigènes, soutient des pratiques cynégétiques et médicinales qui remettent en cause certains principes de la biosécurité et font émerger une conception spatiale de la maladie, proche des agencements de la santé environnementale. This essay investigates the perception of interspecies frontiers, analysing the relations between humans and bats in the context of the Hendra zoonotic disease in north-eastern Australia. The Hendra virus (HeV) is responsible for a highly lethal zoonosis, moving between fruit bats, horses and humans, redefining the relations between these three species. In this configuration bats are designated as reservoirs for emerging infectious diseases. However, they are also a keystone protected species that plays a central role in the ecological balance of Australian forests. Based on the anthropology of zoonoses and interspecies studies, this research describes the perception of the indigenous and non-indigenous groups in close contact with flying-foxes. Distances between humans and animals and the way in which they are perceived have an impact on potential contamination. The human-animal proximity in local indigenous medicine, hunting practices and totemic references, reveals a complex entanglement that challenges several key concepts within the biosecurity paradigm.

Two types of methods currently make it possible to analyze the proximity of living things or viruses: automatic classification and phylogenetic trees. Automatic classification makes it possible to assess the distances between certain sequences of related genomes in order to establish the relative proximity of the elements that carry them. Phylogenetic trees are schematic representations of the evolution between different related species based on their genetic and physical similarities. Viruses are biological species that consist of nucleic acid sequences. They are subject to a wide range of evolutionary changes, including mutations in their sequences. The ability of these to accumulate changes through mutations or recombination with other species gives rise to new viral lines. The data available today make complex a definitive attribution of the SARS-Cov-2 species, at the origin of the CoVid-19 pandemic, and make it also difficult to answer the question of its origin. Certain peculiarities of the virus in particular cast doubt on its natural origin.; Deux types de méthodes permettent actuellement d’analyser la proxi- mité des vivants ou des virus : la classification automatique et les arbres phylogé- nétiques. La classification automatique permet d’évaluer la distances entre certaines séquences de génomes apparentés afin d’établir la proximité relative des éléments qui les portent. Les arbres phylogénétiques sont des représentations schématiques de l’évolution entre différentes espèces apparentées en fonction de leurs similitudes génétiques et physiques. Les virus sont des espèces biologiques qui comprennent des séquences d’acides nucléiques. Ils sont sujets à un large éventail de changements évolutifs, y compris des mutations de leurs séquences. La capacité de celles-ci à accu- muler des changements par mutations ou recombinaison avec d’autres espèces donne naissance à de nouvelles lignées virales. Les données dont on dispose aujourd’hui rendent complexes une attribution définitive de l’espèce SARS-Cov-2, à l’origine de la pandémie CoVid-19, et permettent difficilement de répondre à la question de son origine. Certaines particularités du virus laissent notamment planer un doute sur son origine naturelle.

The destruction and degradation of natural habitats, invasive species and overexploitation are the three main threats to biodiversity to date. There is an urgent need to accurately assess the threats to declining and even threatened species, particularly those that are exploited, and to develop evidence-based management solutions.. Here we present a study on tbe population status oftwo sympatric flying fox species, Pteropus ornatus (endemie) and P. tonganus (native), and the impact of hunting and predation by the ferai catFelis catus in New Caledonia. The study offlying fox roost occupancy in the North Province shows a 33% disapearance in 40 years. The flying fox population on Grande Terre is estimated at about 735,000 individuals (ofboth species) and the annual hunting rate at 7%. Integrated stochastic modelling of this population suggests tbat current harvesting levels could lead to a decline of up to 80% in the next 30 years. Temporary hunting ban and/or protected areas appear, in addition to being combinable, to be the most acceptable and effective management options for hunters. An analysis of tbe data available worldwide shows that ali forms of cats prey on bats in all habitats and tbat this tbreat is probably largely underestimated. Finally, initial results suggest tbat flying fox predation by ferai cats in New Caledonia is ofthe same order of magnitude as hunting. This study proposes a framework for assessing the sustainability of hunting game species in an integrated adaptive management approach, taking into account other threat factors such as invasive species.

La d��gradation des habitats naturels, les esp��ces exotiques envahissantes et la surexploitation sont les trois principales menaces pesant sur la biodiversit�� �� ce jour. Nous pr��sentons ici des travaux sur 1'��tat des populations de deux esp��ces de roussettes sympatriques, Pteropus ornatus (end��mique) et P. tonganus (native) et l'impact de la chasse et de la pr��dation par le chat haret Felis catus, en Nouvelle-Cal��donie. L'��tude de l'occupation des g��tes de roussettes en province Nord met en ��vidence une disparition de 33% en 40 ans. La population de roussettes sur la Grande Terre est estim��e �� environ 735 000 individus (des deux esp��ces confondues) et le taux de pr��l��vement de chasse annuel �� 7%. La mod��lisation stochastique int��gr��e de cette population sugg��re que les pr��l��vements actuels pourraient conduire �� un d��clin de pr��s de 80% dans les 30 prochaines ann��es. Les mises en place de moratoires temporaires et/ou de zones prot��g��es apparaissent, en plus d'��tre combinables, comme les options de gestion les plus acceptables pour les chasseurs mais aussi la plus efficaces. Une analyse des donn��es disponibles au niveau mondial montre que toutes les formes de chats s'attaquent aux chauves-souris dans l'ensemble des habitats et que cette menace est sans doute largement sous-estim��e. Enfin, des premiers r��sultats sugg��rent un taux pr��dation des roussettes par les chats harets en Nouvelle-Cal��donie de m��me ordre de grandeur que celui de la chasse. Cette ��tude propose un cadre d'��valuation de la soutenabilit�� �� la chasse d'esp��ces gibier dans une d��marche de gestion adaptative int��gr��e en prenant en compte d'autres facteurs de menace tels que les esp��ces invasives., Habitat degradation, invasive species and overexploitation are currently tbe three main threats to biodiversity. Here we present a study on tbe population status oftwo sympatric flying fox species, Pteropus ornatus (endemie) and P. tonganus (native), and the impact of hunting and predation by the ferai catFelis catus in New Caledonia. The study offlying fox roost occupancy in the North Province shows a 33% disapearance in 40 years. The flying fox population on Grande Terre is estimated at about 735,000 individuals (ofboth species) and the annual hunting rate at 7%. Integrated stochastic modelling of this population suggests tbat current harvesting levels could lead to a decline of up to 80% in the next 30 years. Temporary hunting ban and/or protected areas appear, in addition to being combinable, to be the most acceptable and effective management options for hunters. An analysis of tbe data available worldwide shows that ali forms of cats prey on bats in all habitats and tbat this tbreat is probably largely underestimated. Finally, initial results suggest tbat flying fox predation by ferai cats in New Caledonia is ofthe same order of magnitude as hunting. This study proposes a framework for assessing the sustainability of hunting game species in an integrated adaptive management approach, taking into account other threat factors such as invasive species.

Landscape anthropization through habitat loss and fragmentation is one of the main threats to biodiversity. This PhD (CIFRE funding) was carried out in at INRAE Toulouse (Dynafor lab) in collaboration with the Conservatoire des Espaces Naturels de Midi-Pyrénées (CENMP). It aimed at a better understanding of the impacts of light pollution and road expansion on bats, two major and inevitable elements of anthropization, using a landscape ecology framework applied to bat conservation. This work is structured in 4 sections: (i) by means of an exhaustive review of bat telemetry studies in Europe and North America, I explored how landscape anthropization influenced bat mobility through mean home range sizes and commuting distances; (ii) using simultaneous acoustic sampling of bat communities at both edge and interior forest patches in 172 landscapes varying in terms of forest amount and road density, I analyzed how forest fragmentation and road network shaped the taxonomic, functional and phylogenetic diversity of bat communities at multiple spatial scales; (iii) by developing models of species distribution and connectivity (least-cost path) at the scale of a large urban area, I assessed the effect of different street lighting extinction scenarios on landscape connectivity for three bat species; and(iv) using a field experiment, I tested the influence of landscape context around road underpasses on their use by bats and the efficiency of these structures in maintaining landscape connectivity while reducing the risk of collision with vehicles. While the first two sections of the PhD seek to better understand the mechanisms underlying the effects of landscape anthropization on bats, the last two axes are applied to their direct conservation by demonstrating how landscape ecology can contribute to improve existing measures.

Laude Hubert. Deux coronavirus entéropathogènes nouvellement identifiés chez le porc sont apparentés a des virus de chauve-souris ou d’oiseaux. In: Bulletin de l'Académie Vétérinaire de France tome 173, 2020. pp. 58-60.

Zoonoses account for 60% of emerging infectious diseases, among which 70% originate from wildlife. Bats host many infectious agents, including viruses responsible for zoonoses in humans such as Ebola, Nipah or Hendraus. For the last two decades, new bat viruses have emerged in human and animal populations, causing major threats for public and animal health. Coronaviruses (CoV) such as Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS), Middle East Respiratory Syndrome (MERS) and Acute Acute Diarrhea Syndrome (SADS) are responsible for thousands of deaths in humans and pigs. Although many studies have described bat CoVs around the world, current knowledge about the diversity and risks associated with emerging CoVs in island ecosystems remain to be precisely assessed.In this work, we investigated the ecology and evolution of coronaviruses in bats by assessing the level of bat exposure to CoVs, and the evolutionary history in the phylogeographic context of the islands of the Western Indian Ocean. Based on the molecular screening of 1088 samples, we report, for the first time the presence of CoVs in insectivorous bats on Mayotte, on Madagascar, in Mozambique and on Reunion Island. The overall prevalence of bats positive for CoV was 8.0% ± 1.2%, with significant variation between continental Africa and islands, as well as between bat families. We found a large diversity of α-CoVs and β-CoVs, some being genetically related to those detected in human (e.g. HCoV-NL63, HCoV-229E, MERS-CoV). These CoVs were phylogenetically structured by bat family, supporting a long history of co-evolution between bats and their associated CoVs in the region. We then focused on the Reunion free tailed bat (Mormopterus francoismoutoui), an endemic species on this island, and investigated temporal infection dynamics in a maternal colony, during two consecutive years. Results highlighted a major variation in the prevalence of infected bats during the maternity season, with patterns similar for both years and the presence of two peaks of infection. Indeed, one pic occurs during the colonization of the maternity colony (associated to an increase in host density), and another about a month after the beginning of parturition (potentially associated to a loss of maternal antibodies in newborns). This work provides strong support for a long history of coevolution between bats and their CoVs in the Western Indian ocean, although within-island speciation for each bat families also occurs. Ecological and biological factors influencing the infection dynamics highlights a different level of CoV transmission risks to other hosts, including humans, associated to bat communities inhabiting each island, as well as to temporal variations in host population structure., Les zoonoses représentent 60% des maladies infectieuses émergentes, et 70% de ces zoonoses proviennent de la faune sauvage. Les chauves-souris sont les hôtes de nombreux agents infectieux, notamment de virus responsables de zoonoses chez l’Homme comme le virus Ebola, le virus Nipah ou le virus Hendra. Au cours des deux dernières décennies, de nouveaux virus issus des chauves-souris ont émergé dans les populations humaines et animales, avec des conséquences importantes pour la santé publique, vétérinaire, mais également pour l’économie. C’est notamment le cas des coronavirus (CoVs) tels que le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) et le syndrome de diarrhée aiguë du porc (SADS), responsables de plusieurs milliers de décès humains ainsi que d’une mortalité élevée dans les élevages porcins. Bien que de nombreuses études aient identifié des CoVs de chauves-souris dans le monde, les connaissances actuelles sur la diversité et les risques associés à l'émergence de CoVs dans les écosystèmes insulaires tropicaux restent à évaluer avec précision. L’objectif de cette thèse était d’étudier l’écologie et l’évolution de coronavirus dans des populations de chauves-souris. Dans un premier temps, nous nous sommes intéressés au niveau d’exposition des hôtes aux CoVs, et à l’histoire évolutive de ces virus dans le contexte phylogéographique des îles de l’ouest de l’Océan Indien. Basée sur l’analyse de 1088 échantillons par biologie moléculaire, cette étude a mis en évidence, pour la première fois, la présence de CoV chez des chauves-souris insectivores à Mayotte, au Mozambique, à l’île de La Réunion, et à Madagascar. La prévalence globale de chauves-souris infectées par les CoVs était de 8,0% ± 1,2% avec une variation significative entre l’Afrique continentale et les îles, mais aussi entre familles de chauves-souris. Nous avons identifié une grande diversité génétique de α-CoVs et de β-CoVs, dont certains sont phylogénétiquement proches de CoVs humains (e.g. HCoV-NL63, HCoV-229E, MERS-CoV). Enfin, ces CoVs sont structurés phylogénétiquement par famille de chauves-souris, supportant une longue histoire de coévolution entre chauves-souris et leurs CoVs dans l’Océan Indien occidental. Nous avons dans un second temps réalisé une étude longitudinale sur la dynamique d’infection de CoV dans une colonie de maternité de Petit Molosse (Mormopterus francoismoutoui), espèce endémique de La Réunion. Basé sur la détection du génome viral dans des prélèvements environnementaux (fèces et guano), nous avons exploré l’effet de la structure de la population sur la dynamique d’infection pendant deux années consécutives. Les résultats montrent une variation très marquée des prévalences d’infection chez les chauves-souris au cours de la saison, avec la présence de deux pics d’infection : lors de la colonisation de la grotte de maternité (associé à une augmentation de la densité des hôtes), et environ un mois après le début de la parturition (associé à la perte d’immunité chez les nouveaux-nés). L’ensemble de ces travaux montre que l’évolution des CoVs des chauves-souris de l’ouest de l’Océan Indien est majoritairement due à de la coévolution entre les hôtes et leurs virus, bien que le contexte insulaire puisse également induire de la spéciation intra-île, au sein des familles de chauves-souris. La mise en évidence de facteurs écologiques et biologiques influant sur la dynamique d’infection à l’échelle d’une population souligne que les risques de transmission de CoVs à d’autres hôtes diffèrent en fonction des communautés de chauves-souris présentes sur chaque île, mais aussi de la structure des populations des hôtes et de sa variation temporelle.

Community stability has been extensively studied both theoretically and experimentally, especially in plant communities to examine the relationship between species diversity and stability of biomass. But the diversity – stability relationship has received less attention in natural communities, particularly in animals. However, in the context of global changes and given the ecosystem services provided by animal communities such as seed dispersal, pollination or pest control, it is of a primary importance to understand the drivers of community, hence ecosystem services, stability and the impact of habitat degradation or climate change. In this thesis, I first focused on the diversity – stability relationship in natural communities of bats, birds and butterflies, and I studied the impact of habitat degradation. For these three taxa, I found a negative effect of diversity loss, urbanization and agricultural intensification on the temporal stability of community abundance, through different mechanisms. Second, I focused on one of the main drivers of community stability: synchrony among species temporal fluctuations. We showed that trait similarity between butterfly species such as food resources of adult flight period affect synchrony among species, in addition to the impact of environmental conditions such as landscape and climate. Finally, I studied the synchrony among species at a regional scale, with the aim to link groups of synchronous species to species temporal trends. This approach allowed me to assess the effect of potential extinction of declining species on compensatory dynamics at regional scale.; La stabilité des communautés est un sujet qui a largement été abordé théoriquement et expérimentalement, notamment chez les plantes pour comprendre la relation entre la diversité d’une communauté et la stabilité de sa biomasse. Il existe cependant beaucoup moins d’études de la relation diversité/stabilité dans les communautés naturelles, notamment lorsqu’il s’agit de communautés animales. Or, dans le contexte actuel de changements globaux, et du fait des services écosystémiques apportés par les communautés animales, à travers notamment la dispersion des graines, la pollinisation ou encore le contrôle des ravageurs, il devient primordial de comprendre quels mécanismes régissent la stabilité des communautés animales et donc la stabilité des fonctions et services écosystémiques, ainsi que les impacts de la dégradation des habitats ou encore du changement climatique. Lors de cette thèse, je me suis d’abord intéressé à la relation diversité – stabilité dans des communautés naturelles de chauves-souris, d’oiseaux et de papillons et à l’impact de la dégradation des habitats sur cette relation. Chez ces trois taxons différents, j’ai pu mettre en évidence que la perte de diversité, ainsi que la dégradation des habitats via l’urbanisation et l’intensification agricole, sont liées à une diminution de la stabilité temporelle de l’abondance des communautés, et ce via des mécanismes distincts. Dans un second temps, je me suis intéressé à l’un des principaux mécanismes de la stabilité des communautés : la synchronie entre les fluctuations temporelles des espèces. J’ai pu montrer que la similarité de traits entre espèces de papillons, comme les ressources utilisées ou la période de vol des adultes, ainsi que la variabilité climatique augmentent la synchronie, en interaction avec le contexte paysager. Enfin, j'ai étudié le lien entre la synchronie entre espèces à l’échelle régionale et les tendances temporelles d’abondance des espèces, dans l’objectif de relier des groupes d’espèces synchrones aux tendances temporelles des espèces. Cette approche nous a permis d’évaluer l’impact des potentielles extinctions des espèces en déclin sur la synchronie entre espèces à l’échelle régionale et donc sur les dynamiques compensatoires à cette échelle.

Community stability has been extensively studied both theoretically and experimentally, especially in plant communities to examine the relationship between species diversity and stability of biomass. But the diversity – stability relationship has received less attention in natural communities, particularly in animals. However, in the context of global changes and given the ecosystem services provided by animal communities such as seed dispersal, pollination or pest control, it is of a primary importance to understand the drivers of community, hence ecosystem services, stability and the impact of habitat degradation or climate change. In this thesis, I first focused on the diversity – stability relationship in natural communities of bats, birds and butterflies, and I studied the impact of habitat degradation. For these three taxa, I found a negative effect of diversity loss, urbanization and agricultural intensification on the temporal stability of community abundance, through different mechanisms. Second, I focused on one of the main drivers of community stability: synchrony among species temporal fluctuations. We showed that trait similarity between butterfly species such as food resources of adult flight period affect synchrony among species, in addition to the impact of environmental conditions such as landscape and climate. Finally, I studied the synchrony among species at a regional scale, with the aim to link groups of synchronous species to species temporal trends. This approach allowed me to assess the effect of potential extinction of declining species on compensatory dynamics at regional scale.; La stabilité des communautés est un sujet qui a largement été abordé théoriquement et expérimentalement, notamment chez les plantes pour comprendre la relation entre la diversité d’une communauté et la stabilité de sa biomasse. Il existe cependant beaucoup moins d’études de la relation diversité/stabilité dans les communautés naturelles, notamment lorsqu’il s’agit de communautés animales. Or, dans le contexte actuel de changements globaux, et du fait des services écosystémiques apportés par les communautés animales, à travers notamment la dispersion des graines, la pollinisation ou encore le contrôle des ravageurs, il devient primordial de comprendre quels mécanismes régissent la stabilité des communautés animales et donc la stabilité des fonctions et services écosystémiques, ainsi que les impacts de la dégradation des habitats ou encore du changement climatique. Lors de cette thèse, je me suis d’abord intéressé à la relation diversité – stabilité dans des communautés naturelles de chauves-souris, d’oiseaux et de papillons et à l’impact de la dégradation des habitats sur cette relation. Chez ces trois taxons différents, j’ai pu mettre en évidence que la perte de diversité, ainsi que la dégradation des habitats via l’urbanisation et l’intensification agricole, sont liées à une diminution de la stabilité temporelle de l’abondance des communautés, et ce via des mécanismes distincts. Dans un second temps, je me suis intéressé à l’un des principaux mécanismes de la stabilité des communautés : la synchronie entre les fluctuations temporelles des espèces. J’ai pu montrer que la similarité de traits entre espèces de papillons, comme les ressources utilisées ou la période de vol des adultes, ainsi que la variabilité climatique augmentent la synchronie, en interaction avec le contexte paysager. Enfin, j'ai étudié le lien entre la synchronie entre espèces à l’échelle régionale et les tendances temporelles d’abondance des espèces, dans l’objectif de relier des groupes d’espèces synchrones aux tendances temporelles des espèces. Cette approche nous a permis d’évaluer l’impact des potentielles extinctions des espèces en déclin sur la synchronie entre espèces à l’échelle régionale et donc sur les dynamiques compensatoires à cette échelle.

Nipah virus (NiV), from Henipavirus genus, is a zoonotic paramyxovirus, which emerged in 1998. In humans, it causes acute respiratory distress and encephalitis with a high lethality. Conversely, the natural hosts of NiV, bats from the Pteropodidae family, are asymptomatic. The mechanisms by which the Pteropodidae control infection are unknown to date. NiV produces non-structural proteins, V, W and C, which are virulence factors. V, W and C inhibit the type 1 interferon pathways. Moreover, W inhibits the production of chemokines in vitro and modulates the inflammatory response in vivo, but its mechanism remains unknown. The NF-κB pathway being the main regulator of the inflammatory response, we hypothesized that W could modulate the NF-κB pathway. We demonstrated that protein W inhibits the activation of the NF-κB canonical pathway induced by TNFα and IL-1β. The specific C-terminal region of W is necessary for this effect. We have also identified which nuclear import and export signals of W are necessary for its inhibitory effect and thus highlight the importance of the nucleo-cytoplasmic trafficking of W for the inhibition of NF-κB. The study of the interactions of W with the cellular proteins allowed us to identify a promising partner known for its role in the negative feedback of NF-κB. Finally, the role of W in the inhibition of the NF-κB pathway was demonstrated during the infection with NiV. The results obtained open the way to understanding the mechanism by which W modulates the inflammatory response. Finally, to better understand the control of the infection of NiV by its natural host, we generated primary and immortalized cell lines of Pteropus giganteus bat. These cells should provide a better understanding of the mechanisms by which these bats control viral infection.; Le virus Nipah (NiV) est un paramyxovirus zoonotique du genre Henipavirus, qui a émergé en 1998. NiV infecte l'homme et cause des troubles respiratoires et des encéphalites avec une forte létalité. A l’inverse, chez les hôtes naturels de NiV, les chauves-souris de la famille des Pteropodidae, l’infection est asymptomatique. Cependant, les mécanismes permettant aux Pteropodidae de contrôler l’infection sont inconnus à ce jour. NiV produit des protéines non structurales, V, W et C, qui sont des facteurs de virulence. V, W et C inhibent les voies de l’interféron de type 1. De plus, la protéine W inhibe la production de chimiokines in vitro et module la réponse inflammatoire in vivo, mais son mécanisme d’action reste inconnu. La voie NF-κB étant le principal régulateur de la réponse inflammatoire, nous avons émis l’hypothèse que W pourrait moduler la voie NF-κB. Nous avons démontré que la protéine W inhibe l'activation de la voie canonique de NF-κB induite par TNFα et IL-1β, effet pour lequel sa région C-terminale spécifique est nécessaire. Nous avons également identifié quels signaux d’import et d’export nucléaires de W sont nécessaires à son effet inhibiteur et ainsi mis en évidence l’importance du trafic nucléo-cytoplasmique de W pour l’inhibition de NF-κB. L’étude des interactions de W avec les protéines cellulaires nous a permis d’identifier un partenaire prometteur connu pour son rôle dans le rétrocontrôle négatif de NF-κB. Enfin, le rôle de W dans l'inhibition de la voie NF-κB a été démontré pendant l'infection par NiV. Les résultats obtenus ouvrent la voie à la compréhension du mécanisme par lequel W module la réponse inflammatoire. Finalement, afin de mieux comprendre le contrôle de l’infection de NiV par son hôte naturel, nous avons généré des lignées cellulaires primaires et immortalisées de chauve-souris Pteropus giganteus. Ces cellules devraient permettre de mieux comprendre les mécanismes par lesquels ces chauves-souris contrôlent l’infection virale.

Résumé En 2012, une nouvelle maladie virale émergente est apparue au Moyen-Orient, le MERS, abréviation en anglais pour « Syndrome respiratoire du Moyen-Orient ». Au 9 janvier 2014, elle avait déjà touché 178 personnes dans le monde, dont 75 étaient décédées dans un tableau d’insuffisance respiratoire et de diarrhée. La nouvelle maladie ressemblait cliniquement au SRAS (2002–2003), de sinistre mémoire, et comme le SRAS, était provoquée par un Betacoronavirus nouveau. On a donc pensé que des chiroptères pouvaient être à l’origine du MERS. D’ailleurs, de nouvelles études ont montré qu’en Arabie Saoudite un exemplaire de la chauve-souris Taphozous perforatus hébergeait un segment de quelques nucléotides identique au segment homologue de la souche isolée du cas-index de l’épidémie. De plus, de nombreuses souches de Betacoronavirus, plus ou moins proches génétiquement de celles responsables du MERS chez l’Homme, ont été isolées de chauves-souris en Afrique, en Asie et en Europe. Mais, une autre hypothèse a été proposée simultanément incriminant le dromadaire (Camelus dromedarius L) comme acteur très vraisemblable dans la transmission de la maladie. Elle est basée sur des observations épidémiologiques et les résultats de plusieurs enquêtes sérologiques. Un bilan des autres zoonoses virales dans lesquelles le dromadaire est plus ou moins impliqué renforce cette hypothèse: le MERS-CoV, l’agent étiologique du nouveau syndrome, pourrait bien être véhiculé par cet animal.

The man's ecological mark on natural forest environments of central Africa has been increasing in recent decades, and only few natural areas remain non exploited yet. Thus, even supposedly hostile environments such as caves meet the primary needs of surrounding populations (hunting, fishing, shamanic practices), or economical needs (mining and ecotourism). That anthropization is likely to increase the exposure of human populations to multiple infectious agents carried by cave fauna. The presence of wild or domestic animals in the surroundings of caves also increase that risk. Among these infectious agents, some can be transmitted by direct contact with animal reservoirs, whereas others may require the involvement of blood-sucking insects. The role of these insects in the epidemiology of many pathogens is well known in Africa, particularly in epigeic environments, but remains largely investigated in caves. In this thesis work, we proposed to address that issue. In six caves of Gabon we firstly explored the diversity of blood-sucking Diptera, and we studied temporal dynamics of species assemblages. Secondly, we undertook a molecular screening of haemosporidia, bacteria and viruses using nested PCR and high-throughput sequencing.The work carried out has enable to make a taxonomic inventory of the Diptera fauna of the investigated caves. Our study revealed a significant diversity of the blood-sucking Diptera fauna, accounting for more than 60 percent of blood-sucking Diptera species currently known in Gabon, in all types of areas. Our data showed that the composition of Diptera communities was different from one cave to another, and that Diptera assemblages varied over time according to micro-climate fluctuations within caves. The screening of infectious agents in Diptera collected helped 1) to explore the parasitic, viral and bacterial diversity they host, and 2) to assess their involvement in transmission.; L’empreinte écologique de l’homme sur les milieux naturels forestiers d’Afrique centrale n’a cessé de s’accroître au cours des dernières décennies, et rares sont les écosystèmes qui ne sont pas exploités. Ainsi, même des milieux a priori hostiles comme les grottes constituent des ressources répondant aux besoins primaires des populations environnantes (chasse, pêche, lieu de culte), mais permettant également le développement d’activités économiques (exploitation minière et écotourisme). Cette anthropisation est susceptible d’augmenter l’exposition des populations humaines à une multitude d'agents infectieux circulant au sein de la faune cavernicole. La présence d'animaux sauvages ou domestiques dans l'environnement immédiat des grottes contribue également à augmenter un tel risque. Parmi ces agents infectieux, certains peuvent être transmis par contact direct avec le réservoir animal, d’autres peuvent nécessiter l’intervention d’insectes hématophages. Le rôle de ces insectes dans l'épidémiologie de nombreux pathogènes est bien connu en Afrique en milieux épigés, mais demeure largement sous-investigué dans les environnements cavernicoles. Dans ce travail de thèse, nous nous sommes proposés de réponde à cette problématique. Dans six grottes du Gabon nous avons entrepris une étude de la diversité des diptères hématophages, en réalisant un inventaire taxonomique et l'étude de la dynamique temporelle des assemblages d'espèces. Dans un second temps, nous avons entrepris un criblage moléculaire d'agents infectieux parasitaires, bactériens et viraux en ayant recours à des techniques de détection par PCR nichée et séquençage à haut débit.Les travaux menés nous ont permis de réaliser un inventaire taxonomique de la faune diptérienne hématophage colonisant les grottes explorées. Notre étude a permis de découvrir une part importante de sa diversité de diptères hématophages cavernicoles, représentant plus de 60% des espèces de diptères (tout milieux confondus) actuellement au Gabon. Nos données ont montré que la composition des communautés de diptères était différente d'une grotte à une autre, et que ces dernières présentaient des variations au cours du temps en lien avec les variations microclimatiques des grottes. Le criblage d'agents infectieux chez les diptères collectés a permis 1) d'explorer la diversité parasitaire, virale et bactérienne qu'ils hébergent et 2) d'évaluer leur implication dans la transmission

Greater Horseshoe bats and Geoffroy's bats suffered by a very hard pressures, in the last decade. In order to improve knowledges on bats for the Action Plan of Chiroptera in the Nord-Pas de Calais, a radiotracking was realized on these two species. The radiotracking permitted to discover a new roost of Greater Horseshoe bats. This is the second roost known this day in the region. This great discover is an advance for the protection's actions for this species. This study is lightening about the homeranges and foraging habitats of the individuals followed . Moreover it's highlight the use of the roost environment. Complementary studies of radiotracking and diet will help us to know more about threats and stakes which impact the species. Now, it's necessary to improve knowledge about this roost. It would permit to save the population of Rhinolophus ferrumequinum by appropriated action of protection.; Le Grand Rhinolophe et le Murin à oreilles échancrées ont souffert d'un fort déclin dans le siècle dernier. Dans le cadre de la mise en oeuvre du Plan Régional de Restauration Chiroptère, un suivi télémétrique a été réalisé sur ces deux espèces. Le radiopistage a permis de trouver une nouvelle colonie de Grand Rhinolophe, la seconde connue à ce jour dans le Nord-Pas de Calais. Cette découverte est non négligeable pour la protection de l'espèce dans la région. L'étude a permis d'identifier les domaines vitaux et les terrains de chasse des individus suivis, et de mettre en évidence l'utilisation des habitats de la colonie. Cependant des études complémentaires des terrains de chasse ou du régime alimentaire de la colonie pourront être réalisées afin de mieux appréhender les menaces et enjeux qui pèsent sur l'espèce. Le but est maintenant d'améliorer les connaissances sur cette colonie afin d'assurer la pérennité de la population par le biais de moyens de protection adaptés.

Insectivorous bats are increasingly recognized as potential regulators of pest insect populations.They also represent the group of European mammals with the most unfavorable conservation status. Forests are key habitats for many bat species but are currently under threat from climate change and fragmentation. It is therefore urgent to better understand the relationships between the bats, their prey and their habitats in forests. Our main objective was to quantify the effects, at multiple spatial scales, of the main attributes of forest habitats on the activity, species richness, functional diversity and composition of European bat communities. They were studied using manipulative experiments in Aquitaine plantation forests and automatic recordings in the network of exploratory plots set up in six European countries by the FunDivEurope project. From the plot to the continent scale, increasing tree diversity, amount of broad leaved trees and dead wood, had positive effects on bat communities through an increase in prey and roost resources. However these effects were not stationary, being stronger at higher latitudes, probably due to lower habitat carrying capacity in relation to harsher climatic conditions. In addition we experimentally demonstrated that the numerical and functional responses of bats to prey density could result in effective regulation of pine processionary moth populations. Forest management strategies aim at enhancing key habitat structures, are eventually proposed in order to improve the conservation of bats and to increase the service of pest regulation they can provide.; Les chiroptères sont reconnus comme de potentiels régulateurs des populations d’insectes. Ce sont aussi les mammifères européens pour lesquels les enjeux de conservation sont les plus importants. Ils trouvent dans les forêts des habitats favorables qui sont cependant menacés par les changements climatiques et la fragmentation. Il convient donc de mieux comprendre lesrelations entre les communautés de chiroptères, leurs habitats et leurs proies en forêt. L'objectif de cette thèse est de quantifier les effets, à différentes échelles spatiales, desprincipales composantes de l’habitat forestier sur l’activité, la richesse spécifique, la diversité fonctionnelle et la composition des communautés de chiroptères européens. Les résultats reposent sur des données collectées grâce à des protocoles expérimentaux en Aquitaine et dans les six pays du réseau de placettes forestières organisé par le projet FunDivEurope. De la parcelle au continent, l'accroissement de la diversité des essences forestières, de la proportion de feuillus et du bois mort, en augmentant les ressources en proies et en gîtes, ont des effets positifs sur les communautés de chiroptères. Ces effets, non stationnaires, se renforcent vers le nord avec la rigueur du climat. Nous confirmons également que les chiroptères forestiers, par leur réponse numérique et fonctionnelle aux densités de proie, peuvent limiter la démographie d’un insecte défoliateur. Des mesures de gestion, visant le renforcement des structures-clés des habitats forestiers, sont proposées pour favoriser la conservation des communautés de chiroptères et leur capacité de régulation des insectes ravageurs.

Agricultural intensification and landscape oversimplification would be the two major causes of european population bats declines. This study aim to find what variable of agricultural practices and landscape elements (AEI) influence strongly the diversity of bats on meadows. The taxonomic and functional diversity has been established with records sampled between June and July 2013. The plots of land were define along a gradient of land-use intensity and landscape structure and were chosen among 35 farmlands, designated in three different regions. A seasonal variation of plot visiting by bats were reported in comparison with the records taped in August/September 2012, due to a peak of activity during this stage. The bat activity measures (number of bat calls per hour) allow to classify the factors which have an effect on bat visiting. The activity of bat specialists could that way be fixed by the grass use of pasture land, one of the variables which has a significant impact on bat diversity. The frequence of mowing and the fertilization are also powerful elements for diversity. The AEI presence, in particular pond, hedgerow, scattered trees and forest density, seems to promote bat diversity.; L’intensification de l’agriculture et l’homogénéisation des paysages seraient les deux principales causes de déclin des populations de chauves-souris d’Europe. Cette étude a pour objectif de déterminer quelles variables associées aux pratiques agricoles et aux infrastructures agro-écologiques (IAE) influencent fortement la diversité des chauves-souris en prairies. La diversité taxonomique et fonctionnelle a été déterminée à partir d’enregistrements effectués en juin-juillet 2013. Les parcelles, définies selon un gradient d’intensité d’utilisation et de structuration du paysage, sont choisies sur 35 exploitations, sélectionnées dans trois régions distinctes. Une variation saisonnière de la fréquentation des parcelles par les chiroptères a été constatée par rapport aux enregistrements effectués en aoûtseptembre 2012, due à un pic d’activité à cette période. Les mesures de l’activité (nombre de contacts/heure) permettent de hiérarchiser les facteurs influençant cette fréquentation. L’activité des spécialistes pourrait ainsi être déterminée par l’intensité de pâturage, une des variables qui a un effet significatif sur la diversité. Le nombre de fauches et la fertilisation sont également des éléments importants. La présence d’IAE, en particulier la densité de mares, de haies, d’arbres isolés et de forêts, semblent favoriser la diversité des chiroptères.

With more than 1 200 species, bats and flying foxes (Order Chiroptera) constitute the most important and diverse order of Mammals after Rodents. Many species of bats are insectivorous while others are frugivorous and few of them are hematophagous. Some of these animals fly during the night, others are crepuscular or diurnal. Some fly long distances during seasonal migrations. Many species are colonial cave-dwelling, living in a rather small home range while others are relatively solitary. However, in spite of the importance of bats for terrestrial biotic communities and ecosystem ecology, the diversity in their biology and lifestyles remain poorly known and underappreciated. More than sixty viruses have been detected or isolated in bats; these animals are therefore involved in the natural cycles of many of them. This is the case, for instance, of rabies virus and other Lyssavirus (Family Rhabdoviridae), Nipah and Hendra viruses (Paramyxoviridae), Ebola and Marburg viruses (Filoviridae), SARS-CoV and MERS-CoV (Coronaviridae). For these zoonotic viruses, a number of bat species are considered as important reservoir hosts, efficient disseminators or even directly responsible of the transmission. Some of these bat-borne viruses cause highly pathogenic diseases while others are of potential significance for humans and domestic or wild animals; so, bats are an important risk in human and animal public health. Moreover, some groups of viruses developed through different phylogenetic mechanisms of coevolution between viruses and bats. The fact that most of these viral infections are asymptomatic in bats has been observed since a long time but the mechanisms of the viral persistence are not clearly understood. The various bioecology of the different bat populations allows exchange of virus between migrating and non-migrating conspecific species. For a better understanding of the role of bats in the circulation of these viral zoonoses, epidemiologists must pay attention to some of their biologic properties which are not fully documented, like their extreme longevity, their diet, the population size and the particular densities observed in species with crowded roosting behavior, the population structure and migrations, the hibernation permitting overwintering of viruses, their particular innate and acquired immune response, probably related at least partially to their ability to fly, allowing persistent virus infections and preventing immunopathological consequences, etc. It is also necessary to get a better knowledge of the interactions between bats and ecologic changes induced by man and to attentively follow bat populations and their viruses through surveillance networks involving human and veterinary physicians, specialists of wild fauna, ecologists, etc. in order to understand the mechanisms of disease emergence, to try to foresee and, perhaps, to prevent viral emergences beforehand. Finally, a more fundamental research about immune mechanisms developed in viral infections is essential to reveal the reasons why Chiroptera are so efficient reservoir hosts. Clearly, a great deal of additional work is needed to document the roles of bats in the natural history of viruses.

Les chiroptères sont reconnus comme de potentiels régulateurs des populations d’insectes. Ce sont aussi les mammifères européens pour lesquels les enjeux de conservation sont les plus importants. Ils trouvent dans les forêts des habitats favorables qui sont cependant menacés par les changements climatiques et la fragmentation. Il convient donc de mieux comprendre lesrelations entre les communautés de chiroptères, leurs habitats et leurs proies en forêt. L'objectif de cette thèse est de quantifier les effets, à différentes échelles spatiales, desprincipales composantes de l’habitat forestier sur l’activité, la richesse spécifique, la diversité fonctionnelle et la composition des communautés de chiroptères européens. Les résultats reposent sur des données collectées grâce à des protocoles expérimentaux en Aquitaine et dans les six pays du réseau de placettes forestières organisé par le projet FunDivEurope. De la parcelle au continent, l'accroissement de la diversité des essences forestières, de la proportion de feuillus et du bois mort, en augmentant les ressources en proies et en gîtes, ont des effets positifs sur les communautés de chiroptères. Ces effets, non stationnaires, se renforcent vers le nord avec la rigueur du climat. Nous confirmons également que les chiroptères forestiers, par leur réponse numérique et fonctionnelle aux densités de proie, peuvent limiter la démographie d’un insecte défoliateur. Des mesures de gestion, visant le renforcement des structures-clés des habitats forestiers, sont proposées pour favoriser la conservation des communautés de chiroptères et leur capacité de régulation des insectes ravageurs., Insectivorous bats are increasingly recognized as potential regulators of pest insect populations.They also represent the group of European mammals with the most unfavorable conservation status. Forests are key habitats for many bat species but are currently under threat from climate change and fragmentation. It is therefore urgent to better understand the relationships between the bats, their prey and their habitats in forests. Our main objective was to quantify the effects, at multiple spatial scales, of the main attributes of forest habitats on the activity, species richness, functional diversity and composition of European bat communities. They were studied using manipulative experiments in Aquitaine plantation forests and automatic recordings in the network of exploratory plots set up in six European countries by the FunDivEurope project. From the plot to the continent scale, increasing tree diversity, amount of broad leaved trees and dead wood, had positive effects on bat communities through an increase in prey and roost resources. However these effects were not stationary, being stronger at higher latitudes, probably due to lower habitat carrying capacity in relation to harsher climatic conditions. In addition we experimentally demonstrated that the numerical and functional responses of bats to prey density could result in effective regulation of pine processionary moth populations. Forest management strategies aim at enhancing key habitat structures, are eventually proposed in order to improve the conservation of bats and to increase the service of pest regulation they can provide.

Recent data on hantaviruses and perspectives for research The members of the genus Hantavirus are the only representatives of the family Bunyaviridae not transmitted by arthropod vectors but by small mammals. Hantaviruses transmitted by rodents (Order Rodentia) have been discovered at first because of their pathogenicity for humans. The first phylogenetic studies suggested a co-evolution between each hantavirus and its rodent reservoir species. However, further exploration of more animal reservoirs has evidenced that hantaviruses also circulate among insectivores (Order Soricomorpha) and bats (Order Chiroptera), without associated human pathology or even transmission demonstrated up to now. Documented co-circulation of the same hantavirus among sympatric rodent species and new phylogenetic data outlining host-switching events between closely related hantaviruses are currently weakening the concept of strict co-speciation. In addition, the closer analysis of clinical cases invites to moderate the dogma of a clearly distinct pathology in humans between Old World (Europe-Asia) hantaviruses that would provoke Haemorrhagic Fevers with Renal Syndrome (HFRS) and New World (Americas) hantaviruses that would result in a Cardio-Pulmonary Syndrome (HCPS). These topics are discussed because they open interesting perspectives for trans-disciplinary research, from compared immunology between mammals up to modelling of reservoir dynamics in natural environment and sociology of human populations at risk. The most recent data concerning the circulation and pathogenicity of hantaviruses in Europe and in the world are also presented as well as the new technologies for the serological and genetic investigations to discover without a priori new viruses «sleeping » in animal reservoirs and to evaluate their potential for future emergence(s) in man., Les virus du genre Hantavirus sont les seuls représentants de la famille des Bunyaviridae qui ne sont pas transmis par des vecteurs arthropodes mais par des petits mammifères. Les hantavirus transmis par les rongeurs (Ordre Rodentia) ont été les premiers découverts en raison de leur pouvoir pathogène chez l’homme. Les premières études phylogénétiques ont suggéré une coévolution entre chaque hantavirus et son espèce de rongeur réservoir. Toutefois, l’exploration d’autres réservoirs animaux a montré que des hantavirus circulent aussi chez les insectivores (Ordre Soricomorpha) et les chauvessouris (Ordre Chiroptera), sans qu’aucune transmission pathogène à l’homme n’ait pu être mise en évidence jusqu’à aujourd’hui. Des observations naturelles de cocirculation d’un même hantavirus au sein de plusieurs espèces de rongeurs sympatriques, ainsi que de nouvelles données phylogénétiques qui soulignent des changements d’hôte (host-switching) entre hantavirus très proches, remettent actuellement en cause la cospéciation stricte. De même, l’observation plus fine de cas cliniques suggère de modérer le dogme d’une maladie distincte chez l’homme, les hantavirus de l’Ancien Monde (Europe-Asie) provoquant une fièvre hémorragique à syndrome rénal (FHRS) et ceux du Nouveau Monde (Amériques) conduisant à une hantavirose à syndrome cardio-pulmonaire (HSCP). Ces points sont discutés car ils ouvrent d’importantes perspectives en matière de recherche transdisciplinaire, depuis l’immunologie comparée chez les mammifères jusqu’à la modélisation de la dynamique des réservoirs dans leur milieu naturel, en passant par la sociologie des populations à risque. Les données récentes sur la circulation et le pouvoir pathogène des hantavirus en Europe et dans le monde sont aussi présentées, ainsi que les nouveaux outils d’investigation sérologique et génétique permettant la découverte sans a priori de nouveaux virus «dormants» dans des réservoirs et l’évaluation de leur potentiel d’émergence chez l’homme., Tordo Noël, Castel Guillaume, Filippone Claudia, Marianneau Philippe. Données récentes sur les hantavirus et perspectives de recherche. In: Bulletin de l'Académie Vétérinaire de France tome 166 n°4, 2013. Séance thématique : Production et Santé animales dans les Pays du Sud. pp. 364-371.

L'étude du Vespertilion de Bechstein, prévue par l'action n°7 (Myotis bechsteinii et Barbastella barbastellus) du Plan de Restauration régional, porte sur deux années consécutives. Un premier suivi par radiopistage a été réalisé du 4 au 18 juillet 2011 et mon travail était, dans un premier temps, d'analyser les données récoltées. Par la suite, une nouvelle phase de terrain, à laquelle j'ai participé, a été réalisée du 24 juin au 7 juillet 2012 et les nouvelles données ont ensuite été traitées puis comparées à celles de l'année 2011, afin de mettre en évidence les caractéristiques des terrains de chasse préférentiellement exploités par l'espèce choisie. Le but de cette étude était de déterminer les critères biotiques qui influent dans le choix de l'aire de chasse de Myotis bechsteinii et ainsi d'émettre des prescriptions locales et de confronter nos résultats aux autres études réalisées ou en cours au niveau national. Note : 14

L'étude du peuplement Chiroptères troglophiles réalisé à l’extrême Ouest algérien entre octobre 2010 et juin 2011a permis de mettre en évidence l'existence de neuf espèces appartenant à trois familles et quatre genres Rhinolophus blasii, Rhinolophus euryale, Rhinolophus ferrumequimum, Rhinolophus hipposideros, Rhinolophus mehelyi, Myotis capacinii, Myotis punicus, Pipistrelhus pipistrelhus, Miniopterus schreibersi.