Search

Your search keyword '"Chaubet, Adeline"' showing total 21 results
Start Over Author "Chaubet, Adeline"
21 results on '"Chaubet, Adeline"'

3. Machine Learning-Based Urine Peptidome Analysis to Predict and Understand Mechanisms of Progression to Kidney Failure

Author

ALENCAR DE PINHO, Natalia, AYAV, Carole, CANNET, Dorothée, COMBE, Christian, DELEUZE, Jean-François, FOUQUE, Denis, FRIMAT, Luc, HERPE, Yves-Edouard, JACQUELINET, Christian, LAVILLE, Maurice, LIABEUF, Sophie, MASSY, Ziad A., PASCAL, Christophe, ROBINSON, Bruce, PECOITS-FILHO, Roberto, SCHANSTRA, Joost, STENGEL, Bénédicte, LANGE, Céline, METZGER, Marie, SPEYER, Elodie, Massy, Ziad A., Lambert, Oriane, Metzger, Marie, Sedki, Mohammed, Chaubet, Adeline, Breuil, Benjamin, Jaafar, Acil, Tack, Ivan, Nguyen-Khoa, Thao, Alves, Melinda, Siwy, Justyna, Mischak, Harald, Verbeke, Francis, Glorieux, Griet, Herpe, Yves-Edouard, Schanstra, Joost P., Stengel, Bénédicte, and Klein, Julie

Published
2023
Full Text
View/download PDF

5. Fine-Tuning Levels of Filamins A and B as a Specific Mechanism Sustaining Th2 Lymphocyte Functions

Author

Lutz, Pierre, primary, Maire, Kilian, additional, Ghazali, Samira, additional, Carratala-Lasserre, Manon, additional, Zahm, Margot, additional, Bouisset, Clément, additional, Métais, Arnaud, additional, Combes-Soia, Lucie, additional, Fuente-Vizuete, Lidia de la, additional, Trad, Hussein, additional, Chaubet, Adeline, additional, Savignac, Magali, additional, Gonzalez-de-Peredo, Anne, additional, Subramaniam, Arun, additional, Joffre, Olivier, additional, and Lamsoul, Isabelle, additional

Published
2024
Full Text
View/download PDF

6. Eomes-dependent mitochondrial regulation promotes survival of pathogenic CD4+ T cells during inflammation

Author

Joulia, Emeline, primary, Michieletto, Michaël F., additional, Agesta, Arantxa, additional, Peillex, Cindy, additional, Girault, Virginie, additional, Le Dorze, Anne-Louise, additional, Peroceschi, Romain, additional, Bucciarelli, Florence, additional, Szelechowski, Marion, additional, Chaubet, Adeline, additional, Hakim, Nawad, additional, Marrocco, Rémi, additional, Lhuillier, Emeline, additional, Lebeurrier, Manuel, additional, Argüello, Rafael J., additional, Saoudi, Abdelhadi, additional, El Costa, Hicham, additional, Adoue, Veronique, additional, Walzer, Thierry, additional, Sarry, Jean-Emmanuel, additional, and Dejean, Anne S., additional

Published
2024
Full Text
View/download PDF

7. Machine Learning-Based Urine Peptidome Analysis to Predict and Understand Mechanisms of Progression to Kidney Failure

Author

Massy, Ziad A., primary, Lambert, Oriane, additional, Metzger, Marie, additional, Sedki, Mohammed, additional, Chaubet, Adeline, additional, Breuil, Benjamin, additional, Jaafar, Acil, additional, Tack, Ivan, additional, Nguyen-Khoa, Thao, additional, Alves, Melinda, additional, Siwy, Justyna, additional, Mischak, Harald, additional, Verbeke, Francis, additional, Glorieux, Griet, additional, Herpe, Yves-Edouard, additional, Schanstra, Joost P., additional, Stengel, Bénédicte, additional, Klein, Julie, additional, ALENCAR DE PINHO, Natalia, additional, AYAV, Carole, additional, CANNET, Dorothée, additional, COMBE, Christian, additional, DELEUZE, Jean-François, additional, FOUQUE, Denis, additional, FRIMAT, Luc, additional, HERPE, Yves-Edouard, additional, JACQUELINET, Christian, additional, LAVILLE, Maurice, additional, LIABEUF, Sophie, additional, MASSY, Ziad A., additional, PASCAL, Christophe, additional, ROBINSON, Bruce, additional, PECOITS-FILHO, Roberto, additional, SCHANSTRA, Joost, additional, STENGEL, Bénédicte, additional, LANGE, Céline, additional, METZGER, Marie, additional, and SPEYER, Elodie, additional

Published
2022
Full Text
View/download PDF

8. Sunflower Hybrids and Inbred Lines Adopt Different Physiological Strategies and Proteome Responses to Cope with Water Deficit.

Author

Duruflé, Harold, Balliau, Thierry, Blanchet, Nicolas, Chaubet, Adeline, Duhnen, Alexandra, Pouilly, Nicolas, Blein-Nicolas, Mélisande, Mangin, Brigitte, Maury, Pierre, Langlade, Nicolas Bernard, and Zivy, Michel

Subjects
SUNFLOWERS, CROPPING systems, QUANTITATIVE genetics, SYSTEMS biology, DROUGHTS, INBREEDING, DEFICIT irrigation
Abstract

Sunflower is a hybrid crop that is considered moderately drought-tolerant and adapted to new cropping systems required for the agro-ecological transition. Here, we studied the impact of hybridity status (hybrids vs. inbred lines) on the responses to drought at the molecular and eco-physiological level exploiting publicly available datasets. Eco-physiological traits and leaf proteomes were measured in eight inbred lines and their sixteen hybrids grown in the high-throughput phenotyping platform Phenotoul-Heliaphen. Hybrids and parental lines showed different growth strategies: hybrids grew faster in the absence of water constraint and arrested their growth more abruptly than inbred lines when subjected to water deficit. We identified 471 differentially accumulated proteins, of which 256 were regulated by drought. The amplitude of up- and downregulations was greater in hybrids than in inbred lines. Our results show that hybrids respond more strongly to water deficit at the molecular and eco-physiological levels. Because of presence/absence polymorphism, hybrids potentially contain more genes than their parental inbred lines. We propose that detrimental homozygous mutations and the lower number of genes in inbred lines lead to a constitutive defense mechanism that may explain the lower growth of inbred lines under well-watered conditions and their lower reactivity to water deficit. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2023
Full Text
View/download PDF

10. Long-Read Genome Sequence of the Sugar Beet Rhizosphere Mycoparasite Pythium oligandrum

Author

Faure, Charlène, primary, Veyssière, Marine, additional, Boëlle, Betty, additional, San Clemente, Hélène, additional, Bouchez, Olivier, additional, Lopez-Roques, Céline, additional, Chaubet, Adeline, additional, Martinez, Yves, additional, Bezouška, Karel, additional, Suchánek, Martin, additional, Gaulin, Elodie, additional, Rey, Thomas, additional, and Dumas, Bernard, additional

Published
2020
Full Text
View/download PDF

11. Whole metagenome analysis with metagWGS

Author

Fourquet, Joanna, Chaubet, Adeline, Chiapello, Hélène, Gaspin, Christine, Haenni, Marisa, Klopp, Christophe, Lupo, Agnese, Mainguy, Jean, Noirot, Celine, Rochegue, Tony, Zytnicki, Matthias, Ferry, Tristan, Hoede, Claire, Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Unité Antibiorésistance et Virulence Bactériennes, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), International Center for Infectiology Research, Labex ECOFECT, Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)

Subjects
metagenomics, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, gut microbiota, workflow, [SDV]Life Sciences [q-bio], [INFO]Computer Science [cs], [MATH]Mathematics [math], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2019

12. Sunflower hybrids and inbred lines adopt different molecular and physiological strategies to respond to water deficit

Author

Duruflé, Harold, Balliau, Thierry, BLANCHET, Nicolas, Blein-Nicolas, Melisande, Chaubet, Adeline, Mangin, Brigitte, Langlade, Nicolas, Maury, Pierre, Zivy, Michel, Biologie intégrée pour la valorisation de la diversité des Arbres et de la Forêt (BioForA), Office National des Forêts (ONF)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Végétale (GV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National Agronomique Paris-Grignon (INA P-G)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Interactions Plantes Microbes Environnement (LIPME), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroParisTech-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Département Génétique Animale (DEPT GA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agrosystèmes Cultivés et Herbagers (ARCHE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, and Duruflé, Harold

Subjects
[SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2019

13. A systems biology approach to study the genetic variability of proteome responses to water deficit in sunflower

Author

Duruflé, Harold, Balliau, Thierry, Blanchet, Nicolas, Blein-Nicolas, Mélisande, Chaubet, Adeline, Mangin, Brigitte, Maury, Pierre, Zivy, Michel, Langlade, Nicolas, Laboratoire des interactions plantes micro-organismes (LIPM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroParisTech-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, CNRS and INSERM are the main sponsors of iPSB2018 meeting through their Jacques Monod action., zegar family foundation, NYU University, Université Paris-Saclay, Agro Paris Tech, and Duruflé, Harold

Subjects
[SDV.SA.AGRO] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDV.GEN.GPL]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Plants genetics, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SDV.GEN.GPL] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Plants genetics, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.SA.AGRO]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDV.BIO] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology
Abstract

International audience; Climate change is a current issue of major concern because of its potential effects on biodiversity and the agricultural sector. Better understanding the adaptation of plants to this recent phenomenon is therefore a major interest for crop science and society. The domesticated sunflower, Helianthus annuus L., is the fourth most important oilseed crop in the world and has promise for agriculture adaptation because it can maintain stable yields across a wide variety of environmental conditions, especially during drought stress. As drought stress response involves a large number of molecular pathways and subsequent physiological processes, it constitutes an archetypical systems biology model. Here, we studied the responses of eight parental lines (four males and four females) and their 16 hybrids cultivating with the outdoors high-throughput automated phenotyping platform Heliaphen. Multi-omics analyses combining transcriptomics, metabolomics, proteomics and ecophysiological data were carried out in order to perform an integrative study. Statistical modelling of relationships between these datasets aimed at establishing the molecular players of drought stress response with the integration of some genetic diversity and heterotic behaviours.

Published
2018

14. Proteome responses to water deficit in sunflower: genetic variability, heterosis and links with phenotypic traits

Author

Duruflé, Harold, Balliau, Thierry, Blein-Nicolas, Melisande, BLANCHET, Nicolas, Chaubet, Adeline, Maury, Pierre, Mangin, Brigitte, Langlade, Nicolas, Zivy, Michel, Biologie intégrée pour la valorisation de la diversité des Arbres et de la Forêt (BioForA), Office National des Forêts (ONF)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Végétale (GV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National Agronomique Paris-Grignon (INA P-G)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroParisTech-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire des Interactions Plantes Microbes Environnement (LIPME), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Génétique Animale (DEPT GA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agrosystèmes Cultivés et Herbagers (ARCHE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, and Duruflé, Harold

Subjects
[SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2018

16. First microbial gene catalog and antibiotic resistome of rabbit gut microbiota established by metagenomic sequencing

Author

Achard, Caroline, RAMAYO CALDAS, Yuliaxis, Ghozlane, Amine, Almeida, Mathieu, Ballester, Maria, Boucher, Samuel, Chatellier, Stéphane, Chaubet, Adeline, Combes, Sylvie, Denis, Catherine, Dile, Benoit, Esquerré, Diane, Gabinaud, Beatrice, Le Normand, Bernadette, Pons, Nicolas, Ruppe, Etienne, Estellé, Jordi, Zemb, Olivier, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, MetaGenoPolis, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Center for Bioinformatics and Computational Biology, University of Delaware [Newark], LABOVET Conseil, Réseau Cristal, Clinique Vétérinaire des Marchés de Bretagne, Genomic Research Laboratory, and Geneva University Hospital (HUG)

Subjects
[SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, microbiote, antibiotic, [SDV]Life Sciences [q-bio], rabbit, [INFO]Computer Science [cs], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2016

17. First rabbit gut microbial gene catalog and metagenomic insights into the resistome : links with antibiotic use

Author

Achard, Caroline, RAMAYO CALDAS, Yuliaxis, Ghozlane, Amine, Almeida, Mathieu, Boucher, Samuel, Chatellier, Stéphane, Chaubet, Adeline, Combes, Sylvie, Denis, Catherine, Dile, Benoit, Esquerré, Diane, Gabinaud, Beatrice, Le Normand, Bernadette, Pons, Nicolas, Ruppe, Etienne, Estelle Fabrellas, Jordi, Zemb, Olivier, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, MetaGenoPolis, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Center for Bioinformatics and Computational Biology, University of Delaware [Newark], LABOVET Conseil, Réseau Cristal, and Clinique Vétérinaire des Marchés de Bretagne

Subjects
resistance, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, antibiotic, [SDV]Life Sciences [q-bio], rabbit, microbiota, [INFO]Computer Science [cs], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2016

18. Etat des lieux de l'antibiorésistance en élevage cunicole français et application du concept d'exclusion compétitive pour limiter la transmission d'un microbiote maternal antibiorésistant

Author

Achard, Caroline, Dupouy-Guiraute, Véronique, Siviglia, Susanna, Arpaillange, Nathalie, Gabinaud, Beatrice, Combes, Sylvie, RAMAYO CALDAS, Yuliaxis, Denis, Catherine, Ballester, Maria, Boucher, Stéphane, Dile, B., Chatellier, S., Le Normand, Bernadette, Chaubet, Adeline, Esquerre, Diane, Ghozlane, Amine, Ruppe, Etienne, Bousquet‐Mélou, Alain, Estelle, Jordi, Zemb, Olivier, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, ToxAlim (ToxAlim), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Labovet Conseil, Clinique Vétérinaire des Marchés de Bretagne, Département de Génétique Animale [Toulouse], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), MetaGenoPolis, Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
antibiotique, microbiote, élevage cunicole, [SDV]Life Sciences [q-bio], antibiorésistance, transmission, [INFO]Computer Science [cs], résistance
Abstract

National audience; In order to fight against antibiotic resistance in livestock, we need to know which antibiotic resistance genes (ARGs) are relevant in France and then lower their abundance. Out of the 102 ARGs identified by metagenomics across 30 French rabbit husbandries, 5 genes leading to tetracycline resistance belonged to the 10 most abundant ARGs. Quantitative PCR on tetO confirmed that the abundance using metagenomics is relevant. To lower ARGs abundance in kits, a control group was raised in standard conditions (n=5), a NF group had the maternal feces removed from the nest (n=4) and 3 groups were inoculated regularly with suspensions of fecal bacteria originating from farms using less antibiotics. The proportion of enterobacteria resistant to tetracyline was lower in the inoculated groups (45%, 48% and 10%) than in the control group (94%). This trend has to be confirmed in a second trial but competitive exclusion opens interesting means to fight against antibiotic resistant bacteria in livestock.; Afin de proposer un système de maîtrise de l'antibiorésistance microbienne en élevage cunicole, nous avons identifié les gènes d'antibiorésistance stratégiques en France et testé une solution potentielle pour limiter le niveau d’antibiorésistance dans la flore digestive des lapins d’élevage. 102 gènes d’antibiorésistance ont été identifiés par analyse métagénomique des gènes microbiens issus de fèces de 30 lapines provenant d’élevages différents. Cinq des 10 gènes d’antibiorésistance les plus abondants confèrent une résistance à la tétracycline, antibiotique le plus utilisé dans le panel d’élevages. Les gènes de résistance aux tétracyclines sont plus abondants dans les échantillons issus d’élevages consommateurs d’antibiotiques. Les résultats de la PCR quantitative du gène tetO sont cohérents avec l’analyse métagénomique. Nous avons utilisé l'exclusion compétitive pour limiter la transmission d’antibiorésistance. Les lapereaux de 24 mères traitées à la tétracycline ont été utilisés dans les conditions standards d’élevage (n=5), dans des conditions de retrait des fèces maternelles (n=4) et dans le cas d’inoculation de 3 suspensions fécales pauvres en bactéries résistantes (n=5, 5 et 5). Le taux d’entérobactéries résistantes à la tétracycline dans les fèces de lapereaux après sevrage est moindre (45%, 48% et 10%) dans les lapereaux inoculés que dans le groupe contrôle (94%). Cette tendance doit être confirmée à l’aide d’un deuxième essai. L’exclusion compétitive appliquée pour limiter le niveau de résistance aux antibiotiques de la flore fécale ouvre des perspectives d’action en termes de techniques d’élevages reposant sur la coprophagie.

Published
2015

19. Resistome of pig and rabbit gut microbiota using high-troughput sequencing and qPCR approaches

Author

Achard, Caroline, Dupouy-Guiraute, Véronique, RAMAYO CALDAS, Yuliaxis, Gabinaud, Beatrice, Denis, Catherine, Ballester, Maria, Dile, Benoit, Boucher, Samuel, Chatellier, Stéphane, Le Normand, Bernadette, Manceau, Patrick, Ferchaud, Stephane, Chaubet, Adeline, Esquerre, Diane, Combes, Sylvie, Le Floc'h, Natalie, Bousquet-Mélou, Alain, Zemb, Olivier, Estelle, Jordi, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, LABOVET Conseil, Réseau Cristal, Clinique Vétérinaire des Marchés de Bretagne, UE 1372 Génétique, Expérimentation et Système Innovants, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Génétique animale (G.A.)-Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (PHASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Génétique, Expérimentation et Système Innovants (GenESI), Département Génétique Animale (DEPT GA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Génétique, Expérimentation et Système Innovants (GenESI), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, digestive system, humanities
Abstract

Resistome of pig and rabbit gut microbiota using high-troughput sequencing and qPCR approaches. 6. Symposium on Antimicrobial Résistance in Animals and the Environment (ARAE)

Published
2015

20. A Genomic Map of Climate Adaptation in <italic>Arabidopsis thaliana</italic> at a Micro-Geographic Scale.

Author

Frachon, Léa, Bartoli, Claudia, Carrère, Sébastien, Bouchez, Olivier, Chaubet, Adeline, Gautier, Mathieu, Roby, Dominique, and Roux, Fabrice

Subjects
ARABIDOPSIS thaliana, CLIMATE change, PHYTOGEOGRAPHY, PHYSIOLOGY
Abstract

Understanding the genetic bases underlying climate adaptation is a key element to predict the potential of species to face climate warming. Although substantial climate variation is observed at a micro-geographic scale, most genomic maps of climate adaptation have been established at broader geographical scales. Here, by using a Pool-Seq approach combined with a Bayesian hierarchical model that control for confounding by population structure, we performed a genome–environment association (GEA) analysis to investigate the genetic basis of adaptation to six climate variables in 168 natural populations of Arabidopsis thaliana distributed in south-west of France. Climate variation among the 168 populations represented up to 24% of climate variation among 521 European locations where A. thaliana inhabits. We identified neat and strong peaks of association, with most of the associated SNPs being significantly enriched in likely functional variants and/or in the extreme tail of genetic differentiation among populations. Furthermore, genes involved in transcriptional mechanisms appear predominant in plant functions associated with local climate adaptation. Globally, our results suggest that climate adaptation is an important driver of genomic variation in A. thaliana at a small spatial scale and mainly involves genome-wide changes in fundamental mechanisms of gene regulation. The identification of climate-adaptive genetic loci at a micro-geographic scale also highlights the importance to include within-species genetic diversity in ecological niche models for projecting potential species distributional shifts over short geographic distances. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2018
Full Text
View/download PDF

21. Long-Read Genome Sequence of the Sugar Beet Rhizosphere Mycoparasite Pythium oligandrum .

Author

Faure C, Veyssière M, Boëlle B, San Clemente H, Bouchez O, Lopez-Roques C, Chaubet A, Martinez Y, Bezouška K, Suchánek M, Gaulin E, Rey T, and Dumas B

Subjects
Genome, Proteome, Pythium metabolism, RNA-Seq, Rhizosphere, Beta vulgaris parasitology, Pythium genetics
Abstract

Pythium oligandrum is a soil born free living oomycete able to parasitize fungi and oomycetes prey, including important plant and animals pathogens. Pythium oligandrum can colonize endophytically the root tissues of diverse plants where it induces plant defenses. Here we report the first long-read genome sequencing of a P. oligandrum strain sequenced by PacBio technology. Sequencing of genomic DNA loaded onto six SMRT cells permitted the acquisition of 913,728 total reads resulting in 112X genome coverage. The assembly and polishing of the genome sequence yielded180 contigs (N50 = 1.3 Mb; L50 = 12). The size of the genome assembly is 41.9 Mb with a longest contig of 2.7 Mb and 15,007 predicted protein-coding genes among which 95.25% were supported by RNAseq data, thus constituting a new Pythium genome reference. This data will facilitate genomic comparisons of Pythium species that are commensal, beneficial or pathogenic on plant, or parasitic on fungi and oomycete to identify key genetic determinants underpinning their diverse lifestyles. In addition comparison with plant pathogenic or zoopathogenic species will illuminate genomic adaptations for pathogenesis toward widely diverse hosts., (Copyright © 2020 Faure et al.)

Published
2020
Full Text
View/download PDF

Catalog

Books, media, physical & digital resources
See catalog results