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Since 2014 in France, in Charente maritime and Vendée, farmed and stocks of blue mussels experienced strong mortality events. In this context, the « MORBLEU » research project (DPMA-Ifremer agreement) was initiated to explore potentially aggravating factors, associated or correlated with mortality of mussels. Here, the work is to study biotic factors in mussels environment, looking for describe diversity and evolution of microbial communities (water column) before, during and after mortality events using NGS technology (metabarcoding) for environmental DNA analysis. We present, sampling strategy used from 2015 to 2018, Material & Methods and some preliminary results., Dans le cadre d’une étude associée aux épisodes de mortalité des moules bleues en France, visant à décrire et comprendre les facteurs qui peuvent favoriser ces mortalités, un panel de paramètres biotiques et abiotiques ont été suivis sur différents sites entre 2015 et 2018. Ce projet a été cofinancé par Ifremer et la DPMA (étude MORBLEU, MORtalité des moules BLEUes). Parmi les facteurs biotiques évalués, une approche basée sur l’ADN environnemental de la colonne d’eau a permis de décrire dans l’espace et dans le temps l’évolution de la dynamique et de la diversité des communautés microbiennes planctoniques, procaryotes et eucaryotes (NGS, metarbarcoding). Nous détaillons la stratégie d’échantillonnage utilisée, les matériels et méthodes mis en œuvre au cours du projet, du prélèvement au séquençage ADNe et quelques résultats préliminaires.

In France, today, more than 80% of farmed blue mussel seed collection is based on larvae fixation on collector ropes. Mussels are traditionally grown on bouchot, which are rows of wooden poles placed perpendicularly to the shore, stuck in the ground within the gently sloping intertidal strip. Mussels are transferred either as seed attached on collecting ropes or as juveniles placed in net sockings and then wound up around the poles or suspended to longlines, where they will fatten and grow (Garen et al., 2004). In order to optimize seed collection and to limit unwanted biofouling on ropes, mussel growers local organizations identify best timing of seed collector ropes deployment by monitoring the number and size of planktonic mussel larvae from water column. Then, number of mussel seed collected on rope per meter is estimated every two weeks and for 4-5 months to establish initial reference data of « quality collection » according origin site (Centre Régional Expérimentation et Application Aquacole –CREAA-, 2017). In Charente Maritime-Vendée, first shellfish-producing region (Agreste, 2012), monitoring of seed collection with this method over the last ten years showed that more than 50% of mussel seed collected on rope disappeared within May to July. The main deficiency of this method is that these high losses, from seeding to thinning, cannot be clearly attributed to mortalities, stalling, predation, spatial competition…? Here, we present the development of an original tool and method to assess precisely level of survival of mussel seed (1-5mm) collected on rope within the first months after spawning period. Our approach is based on little repeated pieces of rope put in semi-closed conditions witch prevent the loss of animals or empty shells. Our study allowed to assess and compare survival level of seed from three different origins, placed in three stations from Pertuis Charentais (Bay of Biscay). In this region, although adults mussels suffered heavy mortalities (>60%, Normand 2017), average mortality estimated with the present method in seed was around 10% suggesting a less sensitivity of seed and spat to the phenomenon. This work took place in 2016, in the context of massive mortality events of blue mussels in France since 2014, as a part of a specific project (MORBLEU) dedicated to identify the factors favoring the development of massive mortalities in farmed adult mussels.

We report in this work data of two independent studies carried out in the Pertuis Charentais for which a link might exist? A 30-years local time series study of hydro-climatic variations in water temperature and salinity, which show a significant warming of the water masses in the Marennes Oleron bay (+ 1.5 °C) associated with a significant drop ( > -15%) of freshwater intakes by nearby rivers. In this changing local climate context several major epizootics have appeared, severely affecting farmers and the production of Pacific oysters and mussels, from the first French shellfish-producing department (catching and growing, Agreste, 2012). Following massive mortality event of blue mussels in 2014, a specific study (MORBLEU) is conducted, trying to identify the factors favoring the development of the phenomenon which, furthermore, involves pathogenic bacteria. First analyzes of environmental conditions suggest that there may be a link between: i) the local climate context, ii) a downward trend in phytoplankton diversity indices, iii) imbalances in the dynamics of bacterial community composition. These last two points are concomitant with the recent emergence of spring mortalities of mussels. The hypothesis of this link asks the question of evolution in the interactions between the plankton communities of the water column, mussel microbiota and the emergence of pathogenic microbial flora in bivalve mollusks as underlying the recent shellfish mortality events. Such question requires performing functional ecology approach with long term monitoring at different scales, involving particularly NGS technology (metabarcoding) for environmental DNA research. Such a study is under way.

Le réseau national Mytilobs est implanté dans les principales régions mytilicoles du littoral atlantique : Normandie, Bretagne Nord, Bretagne Sud, Pays de Loire et Poitou-Charentes. Les sites d’Agon (Ouest Cotentin), du Vivier (baie du Mont Saint-Michel), de Pont Mahé (baie de Vilaine), de l’Aiguillon (pertuis Breton), d’Yves (pertuis d’Antioche) représentent l'élevage sur bouchot du Nord au Sud. Le site Filière (pertuis Breton) représente l’élevage sur corde, en pleine eau. La mise à l’eau des cheptels sur l’ensemble des sites du réseau, en septembre 2013, s’est faite à partir d’un même lot de moules calibrées (23,97 +/- 0,7mm), captées sur corde dans le pertuis Breton. Les prélèvements de la campagne 2014 (septembre 2013-décembre 2014) sont trimestriels. La biométrie et la mortalité sont effectuées à chaque sortie. Cette campagne 2014 a été marquée par des événements climatiques remarquables avec un 3ème rang d’indices NAO+ cumulés depuis 150 ans pour la période automne 2013 - hiver 2014. L’hiver 2014 est également l’hiver le plus excédentaire en précipitations depuis 1954, marqué également par de nombreuses périodes de tempêtes et coups de vent (Météo France). Ces conditions ont favorisé des dessalures, des températures de l’eau élevées et des turbidités importantes pendant l’hiver 2014, à l’échelle de la façade Atlantique - Manche Ouest. Des mortalités massives sont apparues dans le pertuis Breton sur le site Filière. Les hypothèses relatives à l’émergence de ces mortalités se concentrent sur ce point de départ qui représente plus de 4000 tonnes de moules en élevage et où la mortalité a détruit 100% du cheptel. Alors que la baisse de salinité hivernale (25) n’est pas un facteur déclenchant de mortalité sur ce site, une rivière proche, la Sèvre, semble avoir joué le rôle de barrière dynamique au début de la diffusion des mortalités. Les températures supérieures à 10°C en janvier (pendant 20 jours) ont pu favoriser la maturation et la pontes de moules, particulièrement sur le site Filières. Ces observations, en lien avec les conditions climatiques difficiles évoquées ci dessus, conduisent à émettre l’hypothèse d’une fragilité des moules autour de la période de maturation, facilitant d’éventuelles intrusions bactériennes (affaiblissement hémocytaire, MOREST, 2007 cas de l’huître Crassostrea gigas). La diminution de l'intensité des mortalités, entre mars et juin, l'observation d'un captage régulier dans les deux pertuis (source Creaa), le constat de l'absence de mortalités des naissains en élevage jusqu'en décembre 2014 et l’identification d’une bactérie pathogène de type Vibrio splendidus (Travers, 2014) confortent cette hypothèse. Aucun parasite (Martelia), ni virus n’ont été identifiés. Par ailleurs, les pertes importantes de poids sec de chair en hiver, et les croissances en longueur réduites, relèguent l’indice de Walne et Mann sur les bouchots de l'Aiguillon et Yves à des valeurs de 78 et 72, parmi les plus faibles enregistrées dans les pertuis Charentais (Remoula 2000-2010). Contrairement aux sites océaniques du Vivier et d’Agon, ces indices révèlent probablement une "souffrance physiologique" plus importante sur ces sites durant l’hiver 2014. Apparues mi-mars, dans le Nord du pertuis Breton les mortalités ont diffusé vers le Sud où elles persistaient encore dans le pertuis d’Antioche en juin. L’importance des mortalités diminue au fur et à mesure que l’on s’écarte du foyer d’origine Filière du pertuis Breton et que l’on s’éloigne de la période de maturation (mars-juin). Le gradient de mortalité s’étale du Nord : Filière (98%), au Sud : Yves (50%), Boyard (20%). Les mortalités dans les pertuis Charentais sont estimées à 7000 à 9000 tonnes. D’autres mortalités importantes ont eu lieu sur le site d’Agon ; 50% au mois décembre. Cette mortalité, régulière dans le temps a pour origine les bigorneaux perceurs Nucella lapillus. Pour la campagne 2014, le réseau Mytilobs a joué son rôle de sentinelle active. Il a complété et renforcé l’expertise environnementale sur les mortalités massives de moules, engagée en 2014 (Bechemin 2014, Travers 2014). Pour 2015, il doit s’activer comme interface efficace, s’associer et accompagner les programmes de recherche qui se développent pour comprendre ce phénomène de mortalités massives de moules dans les pertuis Charentais et au-delà sur le littoral atlantique.

La conchyliculture, et principalement l’élevage de l’huître creuse, Crassostrea gigas, constitue la principale activité aquacole française. Cette activité repose, en grande partie, sur le recrutement naturel de l’espèce qui assure 70% des besoins en jeunes huîtres (naissain) : cette activité de collecte s’appelle le captage. Les deux principaux centres de captage en France sont les bassins d’Arcachon et de Marennes-Oléron. Or, depuis une dizaine d'années, sur le bassin d'Arcachon, le captage devient très variable: à des années de captage nul (par exemple les années 2002, 2005, 2007) ou faible (2009, 2010, 2011) succèdent des années excellentes voire pléthoriques (les années 2003, 2006, 2008, 2012, 2013). A Marennes-Oléron, cette variabilité existe, mais s’avère beaucoup moins marquée. En outre, à la faveur du lent réchauffement des eaux, le captage peut désormais se pratiquer de plus en plus vers le nord. Ainsi, la baie de Bourgneuf, mais aussi la rade de Brest sont devenues, depuis quelques années, des secteurs où un nombre croissant d’ostréiculteurs pratiquent avec succès le captage, mais avec, là aussi, des irrégularités dans le recrutement qu’il convient de comprendre. Enfin, depuis la crise des mortalités de 2008, il se développe aussi sur l’étang de Thau une volonté de pratiquer le captage. Afin de mieux comprendre les facteurs de variations du captage, l’Ifremer a mis en place, à la demande du Comité National de la Conchyliculture, un réseau national de suivi de la reproduction : le Réseau VELYGER. Créé en 2008 sur fonds européens et financé désormais par la Direction des Pêches Maritimes et de l’Aquaculture, ce réseau apporte, chaque année, sur les écosystèmes cités précédemment, une série d’indicateurs biologiques (maturation, fécondité, date de ponte, abondance et survie larvaire, intensité du recrutement, survie du naissain) dont l’analyse croisée avec des indicateurs hydrologiques et climatiques permet progressivement de mieux appréhender les causes de variabilité du recrutement de l’huître creuse en France, modèle biologique et espèce clé de la conchyliculture française. Ce rapport présente donc les résultats 2014 de ce réseau d’observation et fait appel, pour la partie hydro-climatique, à des observations acquises par d’autres réseaux régionaux et nationaux. Il détaille toutes les caractéristiques par secteur du cycle de reproduction de l’huitre creuse : maturation et fécondité des adultes, période de ponte, abondance et survie des larves, intensité du captage et mortalités précoces. Il fournit ensuite une interprétation et une synthèse des résultats 2014 par secteur et à la lueur des résultats des années antérieures. Ainsi, pour l’année 2014, on retiendra les faits majeurs suivants : • Sur le plan hydro-climatique, cette année se caractérise par un hiver et un printemps particulièrement doux et humides, avec des épisodes de crues marquées sur la façade atlantique suivis d’un été ensoleillé et relativement chaud (mais sans épisode caniculaire). On observe des dessalures importantes en fin d’hiver, puis un retour dans les normales au printemps. Le phytoplancton est relativement abondant de la rade de Brest aux pertuis Charentais et plutôt déficitaire dans le bassin d’Arcachon et la lagune de Thau. • En termes de biologie, ces conditions hydro-climatiques se sont traduites, chez les populations d’huîtres adultes, par des indices de condition généralement élevés, avec toujours l’existence d’un gradient Nord-Sud observé chaque année, corrélativement à la concentration en phytoplancton. En outre, l’excédent thermique enregistré depuis l’hiver et tout au long du printemps s’est traduit par une ponte dés la mi juillet sur l’ensemble des écosystèmes de la côte atlantique et encore plus précocement dans la lagune de Thau. • Grâce à des températures très favorables en juillet et encore favorables en août, la plupart des cohortes larvaires observées ont eu une survie normale à bonne (e.g. 0.2 à 1.4 %), ce qui s’est généralement traduit par un captage modéré à excellent voire exceptionnel dans certains cas bien précis : la baie de Bourgneuf et le bassin d’Arcachon. Par contre, en rade de Brest, le captage est en deçà des valeurs auxquelles on aurait pu s’attendre, et la question de l’effet de certaines algues toxiques présentes en abondance au cours de cette saison de reproduction est posée. C’est aussi le cas dans la lagune de Thau, mais sur cet écosystème sans marée les aspects zootechniques liés à la gestion des collecteurs (localisation par rapport aux tables ostréicoles et technique d’exondation) constituent le facteur déterminant des performances du captage. • En conséquence, l’année 2014, se caractérise par un captage très variable géographiquement : « faible à modéré » en rade de Brest et dans la lagune de Thau (1 à 30 naissains/coupelle), modéré dans les pertuis Charentais (~200 naissains/coupelle) et excellent à exceptionnel dans le bassin d’Arcachon et en baie de Bourgneuf (de 200 à 2000 naissains/coupelle).

Ce rapport rend compte des résultats acquis entre 2008 et 2013 sur les paramètres hydrologiques et le phytoplancton, dans le cadre des réseaux REPHY et ARCHYD (pour les points du Bassin d’Arcachon), et celui du contrôle de surveillance des masses d'eau du district Adour-Garonne qui ne faisaient pas l’objet de suivi avant la mise en œuvre de la DCE. Ce document contient des résultats concernant les éléments de qualité physico-chimique (oxygène dissous et nutriments pour les deux types de masses d’eau, température et transparence pour les masses d’eau côtières exclusivement) selon des méthodes présentées dans une annexe de ce rapport. Sont également inclues dans ce document les données d'évaluation de la qualité des masses d'eau vis-à-vis de l'indicateur « phytoplancton » sur la base des données contenues dans la base Quadrige pour la période comprise entre le 01/01/2008 et le 31/12/2013 . L'explication des modes de calcul de cet indicateur et des différents indices qui président à son élaboration est rapportée en annexe.

La conchyliculture, et principalement l’élevage de l’huître creuse, Crassostrea gigas, constitue la principale activité aquacole française. Cette activité repose, en grande partie, sur le recrutement naturel de l’espèce qui assure 70% des besoins en jeunes huîtres (naissain) : cette activité de collecte s’appelle le captage. Les deux principaux centres de captage en France sont les bassins d’Arcachon et de Marennes-Oléron. Or, depuis une dizaine d'années, sur le bassin d'Arcachon, le captage devient très variable: à des années de captage nul (par exemple les années 2002, 2005, 2007) ou faible (2009, 2010, 2011) succèdent des années excellentes voire pléthoriques (les années 2003, 2006, 2008, 2012, 2013). A Marennes-Oléron, cette variabilité existe, mais s’avère beaucoup moins marquée. En outre, à la faveur du lent réchauffement des eaux, le captage peut désormais se pratiquer de plus en plus vers le nord. Ainsi, la baie de Bourgneuf, mais aussi la rade de Brest sont devenues, depuis quelques années, des secteurs où un nombre croissant d’ostréiculteurs pratiquent avec succès le captage, mais avec, là aussi, des irrégularités dans le recrutement qu’il convient de comprendre. Enfin, depuis la crise des mortalités de 2008, il se développe aussi sur l’étang de Thau une volonté de pratiquer le captage. Afin de mieux comprendre les facteurs de variations du captage, l’Ifremer a mis en place, à la demande du Comité National de la Conchyliculture, un réseau national de suivi de la reproduction : le Réseau VELYGER. Créé en 2008 sur fonds européens et financé désormais par la Direction des Pêches Maritimes et de l’Aquaculture, ce réseau apporte, chaque année, sur les écosystèmes cités précédemment, une série d’indicateurs biologiques (maturation, fécondité, date de ponte, abondance et survie larvaire, intensité du recrutement, survie du naissain) dont l’analyse croisée avec des indicateurs hydrologiques et climatiques permet progressivement de mieux appréhender les causes de variabilité du recrutement de l’huître creuse en France, modèle biologique et espèce clé de la conchyliculture française. Ce rapport présente donc les résultats 2013 de ce réseau d’observation et fait appel, pour la partie hydro-climatique, à des observations acquises par d’autres réseaux régionaux et nationaux. Il détaille toutes les caractéristiques par secteur du cycle de reproduction de l’huitre creuse : maturation et fécondité des adultes, période de ponte, abondance et survie des larves, intensité du captage et mortalités précoces. Il fournit ensuite une interprétation et une synthèse des résultats 2013 par secteur et à la lueur des résultats des années antérieures. Ainsi, pour l’année 2013, on retiendra les faits majeurs suivants : • L’année 2013 a été très contrastée. Un printemps particulièrement frais et généralement humide (mois de juin inclus) a fait suite à un hiver tardif alors que l’été a été ensoleillé et plutôt chaud. Les concentrations en phytoplancton ont été dans les normes avec toujours l’existence d’un gradient Nord-Sud : elles sont plutôt élevées en rade de Brest, baie de Bourgneuf et bassin de Marennes Oléron et plutôt faible dans le bassin d’Arcachon et l’étang de Thau. En outre, tout au long du printemps et jusqu’au mois de juillet, les températures de l’eau ont été toujours inférieures aux normales (excepté dans l’étang de Thau). • Ces conditions hydro-climatiques ont imprimé un gradient dans la maturation et la fécondité des huitres adultes avec un indice de condition très élevé en rade de Brest, en baie de Bourgneuf, et dans le bassin de Marennes Oléron et plutôt faible dans le bassin d’Arcachon et l’étang de Thau. En outre, le déficit thermique marqué jusqu’en juillet s’est traduit par une ponte très tardive sur l’ensemble des écosystèmes de la côte atlantique : par exemple, elle est survenue au 25 août en baie de Bourgneuf, ce qui constitue une valeur record. Malgré tout, quelques pontes partielles et asynchrones ont été observées sur certains écosystèmes en juillet. • Grâce à des températures très favorables en juillet et favorables en août, la plupart des cohortes larvaires présentes à cette période (rade de Brest, bassin d’Arcachon et étang de Thau) ont eu une survie normale à bonne (e.g. 0.2 à plus de 1 %), ce qui s’est traduit par un captage bon à excellent, avec une forte variabilité dans l’étang de Thau (cf paragraphe ci-dessous). Par contre, pour la baie de Bourgneuf et les pertuis Charentais, l’arrivée trop tardive des larves à la fin août dans une eau fraiche (< 20°C) n’a pas permis une survie favorable (autour de 0.01 %) ce qui s’est traduit par un captage tout juste modéré, faible voir nul selon les secteurs. • En conséquence, l’année 2013, se caractérise par un captage très variable géographiquement : « bon voire excellent » en rade de Brest (de 138 à 245 naissains/coupelle) et dans le bassin d’Arcachon (de 177 à 429 naissains/coupelle), modéré dans le bassin de Marennes-Oléron (de 25 à 52 naissains/coupelle) et faible en baie de Bourgneuf (< 5 naissains/coupelle). Ce rapport montre aussi que l’étang de Thau joue un rôle d’exception. Malgré une ponte d’intensité normale, des abondances de larves élevées et une bonne survie des cohortes, le captage 2013 y est très variable ce qui positionne l’étang de Thau en dehors du modèle de fonctionnement admis pour le cycle de reproduction de l’huître creuse sur la façade atlantique. Il semble que, sur ce site, la métamorphose constitue un verrou biologique qui peut être levé en utilisant des pratiques zootechniques adaptées à ce site particulier. Cette optimisation des pratiques zootechniques fait l’objet d’un projet régional : le projet PRONAMED.

Ce rapport rend compte des résultats acquis entre 2007 et 2012 sur les paramètres hydrologiques et le phytoplancton, dans le cadre des réseaux REPHY et ARCHYD (pour les points du Bassin d’Arcachon), et celui du contrôle de surveillance des masses d'eau du district Adour-Garonne qui ne faisaient pas l’objet de suivi avant la mise en œuvre de la DCE. Ce document contient des résultats concernant les éléments de qualité physico-chimique (oxygène dissous et nutriments pour les deux types de masses d’eau, température et transparence pour les masses d’eau côtières exclusivement) selon des méthodes présentées dans quatre documents (Daniel, 2009 a et b ; Daniel et Soudant, 2010, 2011), qui sont rapportées dans une annexe de ce rapport. Sont également inclues dans ce document les données d'évaluation de la qualité des masses d'eau vis-à-vis de l'indicateur « phytoplancton » récemment calculées par Soudant et Belin (2012), sur la base des données contenues dans la base Quadrige pour la période comprise entre le 01/01/2007 et le 31/12/2012 . L'explication des modes de calcul de cet indicateur et des différents indices qui président à son élaboration est rapportée en annexe.

En réponse aux interrogations et enjeux soulevés par les gestionnaires de l'estuaire de la Charente (EPTB, CG17, AEAG), un projet scientifique partenarial (Ifremer, ULR) a été élaboré pour tenter d'apporter des éléments de réponse souhaités. Les enjeux sont grossièrement de trois ordres : * de gestion, à court et moyen terme, du barrage de Saint Savinien, du Port de Rochefort, de la qualité de l'eau potable. * de connaissances et outils d'aide à la gestion : conditions favorisant l'envasement, continuité écologique, qualité des eaux côtières... * de connaissances scientifiques : bilans hydriques et sédimentaires, impacts des apports dans les pertuis. Les attendus pour cette première phase du projet en 2011 sont surtout la connaissance ou évaluation des intrusions salines et sédimentaires, et l'harmonisation de la perception des différents acteurs (SAUR-UNIMA)des intrusions salines. Des suivis de salinité, turbidité, et courants ont été réalisés lors de l'étiage 2011 et permettent de tirer les conclusions suivantes : Flux au niveau du barrage de Saint Savinien ? Les vitesses de courant, sur la période où les résultats sont disponibles, dépassent juste le mètre par seconde en jusant, et 0,70 en flot, pour des coefficients de marée de 80 à 90. Les bilans hydriques estimés (amont vers aval) sont de l'ordre de 0,5 à 0,6 millions de m3 par marée. Les matières en suspension sont très importantes en aval du barrage en début de saison, puis semblent passer de l'aval à l'amont du barrage au cours de la période, dont les conditions sont propices à ce phénomène : • coefficients supérieurs à 80, • débit faible, QMJ inférieurs à 10 m3 par seconde à Chaniers-Beillant. Au cours de la campagne, la vase en amont du barrage est montée de 0,9 à 1 m, recouvrant le courantomètre Doppler. Intrusions salines • Le point le plus amont impacté par les eaux marines l’été 2011 se situe en amont de l’Houmée, mais en aval de saint Savinien (10 km plus amont) • La norme pour les eaux potables d'un maximum 1,055 mS n'a jamais été atteinte, le maximum atteint en amont du barrage étant de 0,76 mS, et en aval : 1,01 mS, en pic et en mortes eaux à l'aval. • Les conditions de l'étiage 2011 sont suffisamment drastiques pour conclure à l’absence de risque réel de contamination des eaux potables situées encore plus en amont (3,5 et 5,3 Km. de Saint Savinien), sauf conditions hors normes (ouragans estival..). • l'intercalibration des systèmes de mesure Ifremer/Unima/Saur montre qu celles-ci sont cohérentes, voire identiques sur Pont Rouge (Unima) avec celles validées par la métrologie Ifremer

De 2007 à 2010, deux études ont été menées sur le Havre du Payré pour recueillir des éléments permettant de mieux appréhender les épisodes de pollution microbiologique menaçant la zone ostréicole. L’objectif est de fournir aux collectivités des informations en vue d’appuyer la politique de reconquête de la qualité du milieu et d’aider la profession à optimiser la gestion de sa production. Ces études ont montré le caractère particulier de l’hydraulique de ce site avec une forte réactivité vis à vis des apports du bassin versant et un fonctionnement estuarien favorisant la rétention de l’eau selon certaines conditions de marée et lors de circonstances météorologiques particulières. Elles ont également permis de hiérarchiser les flux bactériens provenant des principaux sous bassins versants et de mieux cerner les conditions environnementales favorisant l’apparition des contaminations dans les zones de production. A partir de ces constats, il a été possible d’établir des propositions visant d’une part à orienter les démarches destinées à réduire les sources de contamination, et d’autre part à anticiper les périodes les plus à risque.

Créé en 1992, le réseau REPAMO (REseau de PAthologie des MOllusques) est un réseau de surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français. Son activité s'inscrit dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Les objectifs du réseau sont de prévenir l'introduction et la propagation d'organismes pathogènes, en particulier ceux à déclaration obligatoire et de surveiller l'évolution de ceux déjà présents sur le territoire national. Ces activités font parties des missions institutionnelles de l'IFREMER. La surveillance assurée par le réseau vise en premier lieu les infections à déclaration obligatoire présentes en France, la bonamiose à Bonamia ostreae chez l'huître plate Ostrea edulis et la marteiliose à Marteilia refringens chez l'huître plate Ostrea edulis et les moules Mytilus edulis et M. galloprovincialis. Le secteur en attente d'agrément vis à vis de ces deux maladies est la zone X. En accord avec l'autorité compétente, il a été décidé de suspendre cette surveillance depuis 2007 (difficulté d'accès à la ressource et très faible densité en huîtres plates en zone X). L'étude des cas des hausses de mortalités a été poursuivie; le nombre d'évènements en 2008 est supérieur à celui de 2007 (57 évènements, 75 lots analysés, 28 constats rédigés). Des hausses de mortalités d'huîtres creuses (Crassostrea gigas) ont été recensées dans l'ensemble des bassins de production, principalement en période estivale. Au sein de cette espèce, le naissain et les huîtres juvéniles ont été principalement atteints, avec des taux de mortalité calculés pour ces catégories d'animaux particulièrement élevés (80 % à 100 % pour de nombreux lots). Des agents viraux (Herpès virus OsHV-1) et bactériens (Vibrio splendidus, V. aestuarianus, bactéries du groupe de V. harveyi) ont été détectés seuls ou en association dans de nombreux échantillons prélevés au cours des épisodes de mortalité en 2008. Des hausses de mortalités ont également affecté d'autres espèces de mollusques (huîtres plates, moules, coques, palourdes, flions tronqués), marquées par la détection du parasite protozoaire Marteilia refringens de type M dans des échantillons de moules et du protozoaire à déclaration obligatoire Bonamia exitiosa dans un échantillon d'huîtres plates en mer Méditerranée. En 2008, la surveillance zoosanitaire des populations élevées et sauvages de mollusques a visé à caractériser les espèces des parasites Bonamia chez l'huître plate Ostrea edulis dans les principaux sites français de captage et de production. Il ressort que le parasite Bonamia ostreae est présent sur tous les secteurs conchylicoles échantillonnés, en baie de Cancale, en rade de Brest et en baie de Quiberon. Le parasite Bonamia exitiosa n'a pas été détecté dans ces secteurs dans le cadre de la surveillance zoosanitaire des populations élevées et sauvages de mollusques menée en 2008. Les trois protocoles d'épidémiosurveillance ont été complétés par une étude particulière avec l'accord de l'autorité compétente. En 2007, faisant suite à la déclaration par l'Espagne et l'Irlande de cas d'infections à Candidatus Xenohaliotis californiensis chez des ormeaux d'élevage, il a été décidé d'effectuer une recherche de cet organisme à déclaration obligatoire (Organisation Mondiale de la Santé Animale) dans les ormeaux, Haliotis tuberculata, produits en France.

Created in 1992, the REPAMO network (Network of mollusc pathology), is a national zoosanitary surveillance network of shellfish health status along the French coasts. Ils activities are in keeping with two European Directives, 91167/EEC and 95170/EC and are a part of the institutional tasks of Ifremer. The aims of the network are to prevent the introduction and spread of exotic pathogens and to sm'vey the evolution of notifiable pathogens already present in France. The network focused on the survey of listed diseases (bonamiosis and marteiliosis of flat oyster) in two areas under agreement process (Granville bed and zone X). In 2005, only samples of the Granville bed could be analysed due to the difflculty to obtain flat oysters (sparse oyster beds, beds no easy accessible). The notifiable parasite Bonamia ostreae was observed in two oysters of Granville bed; an inquiry was conducted and it revealed that oysters came from an area outside of the wild bed. In 2005, the study of abnormal mortalities has been carried on and the number of reported cases was lower than 2004. Mortality occurred mostly in summer and affected the main production areas. Majority reports concemed Pacific oyster, Crassostrea gigas. OsHV-1 was detected in several mortality cases of oyster spat like previous years. The notifiable parasite Haplosporidium nelsoni was frequentiy observed in 2005 but the detection frequency remains low (, Créé en 1992, le réseau REPAMO (REseau de PAthologie des MOllusques) est un réseau de surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français. Son activité s' inscrit dans le cadre de deux Directives Européennes, les Directives 91 /67/CEE et 95170/CE. Les objectifs du réseau sont de prévenir l'introduction et la propagation d'agents pathogènes, en particulier ceux à déclaration obligatoire et de surveiller l'évolution de ceux déjà présents sur le territoire national. Ces activités font parties des missions institutionnelles de l'IFREMER. En 2005, la surveillance assurée par le réseau a consisté en un suivi des maladies à déclaration obligatoire présentes en France (la bonamiose et la marteiliose de l'huître plate). Cette surveillance est restreinte aux deux secteurs en demande d'agrément, le banc de Granville et la zone X. En raison de difficultés d'approvisionnement en huîtres plates sur ces deux secteurs (gisements épars et difficiles d'accès), seuls des prélèvements sur le banc de Granville ont été réalisés. Le parasite à déclaration obligatoire Bonamia ostreae a été détecté chez deux huîtres de ce gisement. Après enquête auprès des pêcheurs ayant réalisé les prélèvements, il s'est avéré que les huîtres avaient été prélevées en dehors des limites supposées du gisement. L'étude des cas de mortalités anormales a été poursuivie; le nombre de cas en 2005 est inférieur à celui de 2004. Les mortalités ont principalement eu lieu en période estivale et ont touché la plupart des bassins de production. La plupart des déclarations concernait l'huître creuse. Comme les armées précédentes, OsHV -1 a été détecté par PCR dans de nombreux cas de mortalités de naissain. Il est à noter qu'en 2005, le parasite à déclaration obligatoire Haplosporidium nelsoni a été observé de manière plus fréquente chez l'huître creuse contrairement aux années précédentes. Toutefois, sa fréquence de détection reste faible (inférieure à 1%). Des mortalités d'ormeaux ont été observées en Normandie comme ce fut le cas en 2004 ; elles ont touché les ormeaux des gisements naturels du nord Cotentin contrairement à 2004 où elles avaient essentiellement été observées dans des fermes d'élevage. Des agents pathogènes ont été détectés dans certains cas de mortalités anormales mais tous les cas ne peuvent pas être expliqués par la présence d'agents pathogènes. Des facteurs environnementaux, zootechniques et physiologiques peuvent également intervenir de manière directe ou indirecte dans les mortalités. Pour les armées 2004-2005, la surveillance zoosanitaire des populations élevées et sauvages de mollusques a ciblé les deux espèces de palourde, Ruditapes decussatus et Ruditapes philippinarum et particulièrement leur infestation par le parasite Perkinsus olseni. En 2005, 3 secteurs supplémentaires ont été suivis par rapport à 2004 soit un total de 9 secteurs étudiés. Une analyse globale des premiers résultats des deux armées d'étude a été faite mais reste à affiner. Il en ressort que Perkinsus olseni est présent sur tout le littoral étudié y compris en Manche. Les secteurs fortement infectés (bassin d'Arcachon, Méditerranée) en 2004 le sont également en 2005 ; en revanche, la prévalence apparente du parasite est très faible dans les Abers et en Charente Maritime. D'une manière générale, l' infestation par Perkinsus olseni est moindre sur l'ensemble des secteurs en 2005 comparé à 2004. Cependant, aucune mortalité de palourdes n'a été déclarée en 2004 et en 2005 ce qui pose des questions quant à l'impact réel de ce parasite sur les stocks de palourdes.

Le Bassin ostréicole de Marennes-Oléron, et globalement la Charente-Maritime, sont marqués depuis les années 80 (Héral, 1986), par un net recul des rendements de production qui engendrent une diminution de la rentabilité économique et un accroissement des coûts de production. La démonstration de la surcharge biologique du Bassin de Marennes-Oléron est faite depuis 1985. Cette situation a évolué depuis cette date, par une diminution des cheptels en élevage et par une augmentation des cheptels sauvages ce qui a abouti à des plans d'entretien et de restructuration du DPM. Cependant, la situation défavorable pour la majorité des zones charentaises en terme de croissance-production est annuellement confirmée, depuis 1993 au moyen des réseaux de croissance régional (Le Moine, 2000) et national REMORA (rapports nationaux annuels de 1993 à 2000). L' objectif principal de ce programme n'est pas de développer une technique produire plus, mais pour produire mieux à des coûts plus compétitifs La possibilité de développer des cultures au large constitue un des éléments d'une meilleure gestion spatialisée des élevages conchylicoles, visant à désaturer les élevages sur estran. Initié en 1993 et repris en 1995 et 1998, le projet d' élevage et de suivi expérimental de culture d'huîtres en eaux profondes sur le littoral Charentais a été mis en place au cours de l'été 2000 suite à l'attribution par arrêté préfectoral de deux concessions expérimentales de 50 hectares. Elles se situent dans le Pertuis d'Antioche, sur le plateau d'Angoulins au nord de l'île d'Aix, et sont attribuées pour une durée de 5 ans. Pendant cette période expérimentale un volet "expérimentations de terrain", doit être développé. Il a pour objectif d'acquérir les données biologiques de base sur l'évolution des cheptels (taux de croissance, survie, mortalité, caractéristiques des cheptels). Des comparaisons seront également effectuées avec les cycles d'élevage traditionnels sur estran et sur filières ostréicoles en collaboration avec le CREAA.

La densité d'élevage des mollusques est un des facteurs importants qui conditionnent la qualité de la production. Dans le bassin de Thau, une réflexion est actuellement en cours pour mettre en place un schéma des structures encadrant les pratiques conchylicoles de manière à améliorer et régulariser la qualité des huîtres. L'objectif de ce travail est de proposer, sur la base de données les plus objectives possibles, des recommandations en terme de densité d'élevage qui permettraient d'éviter une surcharge aussi bien locale que globale sur le bassin. Une première étude a consisté à réaliser une expérience, à l'échelle d'une table d'élevage, pour tester l'influence de la densité de population sur la croissance et la qualité de l'huître creuse (Crassostrea gigas) élevée en suspension par collage sur cordes dans le bassin de Thau. Les résultats ont montré que la croissance pondérale des huîtres et les indices de condition, choisis pour représenter la qualité des huîtres, étaient affectés pat· le nombre de cordes : ralentissement de la croissance et huîtres moins "pleines" avec un nombre croissant de cordes. En revanche, nous n'avons pas mis en évidence d'effet significatif du nombre d'huîtres par corde sur la croissance et la qualité des huîtres durant l'expérience. Cette étude permet de proposer, pour cette table particulière, des mesures de limitation de densité en termes de nombre de cordes par table, charge et longueur de ces cordes, de manière à obtenir une qualité optimale des huîtres en élevage. L'extension des recommandations à l'échelle de l'ensemble du bassin a nécessité l'utilisation de résultats issus d'études complémentaires : estimation de la qualité de la production in silu et commercialisée par les ostréiculteurs, évaluation des stocks en élevage et de la variabilité spatiale de la croissance. De plus, la nécessité de prévention des crises anoxiques a conduit à moduler certaines recommandations. Une description de la qualité des huîtres produites dans le bassin de Thau a montré des disparités en fonction des techniques d'élevage et des zones de production. Les indices de qualité des huîtres détroquées ou "en pignes" sont en moyenne inférieurs à ceux des huîtres collées. Une extension des élevages d'huîtres collées devrait améliorer la qualité globale des huîtres du bassin. La qualité des huîtres aussi bien en taux de remplissage qu'en qualité de coquille est en moyenne inférieure en zone de Bouzigues. La qualité de coquille est affectée par un phénomène de chambrage à gélatine est caractéristique d'une pollution par les peintures antisalissures au tributylétain (TBT). Ce chambrage est d'autant plus important que le port de Sète est proche. Les problèmes de qualité en terme de taux de remplissage pourraient en revanche provenir d'une surcharge des élevages, particulièrement en zone de Bouzigues. Ces résultats confirment la nécessité de réguler les densités d'élevage. L'ensemble des éléments dont nous disposons à l'heure actuelle permet de préconiser des mesures de limitation de densité pour l'ensemble du bassin et pour les diverses techniques d'élevage. Elles concernent le nombre de cordes par tables, leur charge et leur longueur.

We grew Pacific oysters (Crassostrea gigas) in a French Mediterranean coastal breeding area, the Thau lagoon, to examine the influence of stocking density on their growth and quality (i.e. condition index and biochemical composition). Oysters were reared on ropes suspended on a culture table for 15 months between March 1999 to June 2000 at 8 different densities involving two cross factors: the number of ropes per square (NR, i.e. 30, 50,65 and 100 ropes) and the number of oysters per rope (NO, i.e. 78 and 120 oysters). Environmental variables (temperature, salinity, dissolved O2) and trophic conditions (chlorophyll a, suspended particulate matter) were estimated fortnightly to characterise conditions prevailing inside as well as around the experimental table. Growth in total wet mass, shell mass, and wet and dry flesh mass was negatively affected by the number of ropes per square (NR), but not by NO. Condition index (Walne & Mann's index, AFNOR) were also influenced by the stocking density, i.e. the number of ropes per square (NR). Oysters exhibited a lower condition index at high (65 and 100 ropes per square) than at low NR (30 and 50). But, the growth in oyster shell lenght and their biochemical composition (carbohydrate, lipid and protein contents) did not change among the density treatments. Water temperature, salinity, dissolved O2 were found to be homogeneous around the experimental table. The available food for oysters, however, varied significantly around the experimental table which may account for the increasing growth gradient observed between the NW and the SE position on the table. We provide evidence for small-scale patterns of density-dependent growth and quality of C. gigas in Thau. But further predictions of density effects at the basin-scale are still needed. A population dynamics model for the bivalves cultivated in Thau is presently tested and will be useful to assess density effects at the scale of the whole basin culture. Our results, however, suggest that shellfish producers who are concerned about the quality of oysters in Thau should limit the rearing density to preserve and optimise the Mediterranean oyster production., Nous avons réalisé une expérience pour tester l'influence de la densité de population sur la croissance et la qualité de l'huître creuse (Crassostrea gigas) élevée en suspension par collage sur cordes dans le bassin de Thau. Des huîtres ont été mises en élevage pendant 15 mois, de mars 1999 à juin 2000, sur une table expérimentale située dans une zone du bassin habituellement qualifiée de "moyenne" en terme de performances de croissance. Sur cette table divisée en 20 carrés de 5 m de côté, huit densités d'élevage par carré ont été testées, en faisant varier le nombre de cordes par carré (NC = 30, 50, 65 et 100 cordes) et le nombre d'huîtres par corde (NH = 78 et 120 huîtres). Un suivi de croissance des huîtres a été couplé à l'enregistrement bimensuel des caractéristiques physicochimiques et trophiques régnant autour et à l'intérieur de la table expérimentale. Les résultats ont montré que la croissance pondérale des huîtres (poids de chair humide et sèche, poids total humide et poids de coquille) était affectée par le nombre de cordes par carré (NC) et ralentissait avec un nombre croissant de cordes. Par ailleurs, la croissance des huîtres, quelle que soit la variable utilisée pour la caractériser, n'était pas homogène d'un endroit à l'autre de la table. Elle s'est révélée meilleure au large (position SE de la table) qu'à terre (position NW) selon un gradient conforme aux disparités observées dans la répartition de la ressource trophique (seston principalement) autour de la table expérimentale. Les deux indices de condition, choisis pour représenter la qualité des huîtres (indices de Walne et Mann et indice Afnor), ont également été affectés par le nombre de cordes par carré: à forte densité (nombre élevé de cordes par carré), les huîtres se sont révélées moins "pleines" qu'à faible densité. En revanche, la composition biochimique des huîtres (teneur en protéines, lipides, glycogène et sucres totaux de la chair d'huîtres) n'a pas varié avec la densité d'élevage. Enfin, nous n'avons pas pu mettre en évidence d'effet significatif du nombre d'huîtres par corde (NH) sur la croissance et la qualité des huîtres durant l'expérience. Cette étude a permis de vérifier et de quantifier l'influence de la densité d'élevage en terme de nombre de cordes par carré au niveau d'une table conchylicole du bassin de Thau. Elle montre qu'à l'échelle d'une table d'élevage, il est important de contrôler la densité (nombre de cordes par carré) pour éviter qu'elle n'ait des effets négatifs sur la croissance et la qualité des huîtres. Ce résultat devrait constituer un point important pour l'établissement d'une politique de maîtrise de la charge en élevage à Thau. Par ailleurs, grâce aux outils de modélisation actuellement mis au point et avec des données complémentaires sur les performances de croissance des huîtres dans les différentes zones conchylicoles, il devrait être possible de prévoir l'effet de la densité à l'échelle du bassin d'élevage.

Synthèse des travaux antérieurs : Depuis 1970, l’I.S.T.P.M. puis l'IFREMER (Equipe Diversification Conchylicole en Mer Ouverte, puis Laboratoire Conchylicole de Méditerranée) ont effectué de nombreux travaux pour tenter de développer la culture locale de l'huître plate. La problématique de cette filière d'élevage, pour laquelle existe une demande importante, se situe à deux niveaux : l'approvisionnement en naissain et la mortalité durant l'élevage dans l'étang de Thau. Pendant la période 1982-1991 : les études ont porté essentiellement sur l'approvisionnement en naissain, avec l'évaluation du potentiel offert par le captage naturel. Une attention particulière a été également portée à la définition des structures et des supports les mieux adaptés aux conditions méditerranéennes. Cependant, l'exploitation de cette filière s'est révélée décevante, avec des résultats aléatoires et des rendements utiles souvent faibles, induisant des coûts de main d'œuvre et de moyens à la mer trop élevés. Le captage naturel ne semble pas intégrable dans une stratégie d'exploitation commerciale autrement que comme un complément. De 1990 à 1993 : les objectifs ont été de s'affranchir des aléas du captage naturel en appliquant à cette espèce la technique du télécaptage, déjà utilisée pour l'huître creuse. Faute de trouver les larves œillées nécessaires en production commerciale, des installations expérimentales d'écloserie et d'élevage larvaire ont été réalisées à la Station IFREMER de Palavas. Le bilan de ces trois années d'expérimentation fait ressortir la faisabilité du télécaptage sur l'huître plate, malgré des rendements à la fixation faibles (l0 à 20 %) et l'impossibilité de fournir des larves viables sur une partie de l'année. Parallèlement à ces études, les efforts ont porté sur la définition d'un parcours d'élevage optimal, permettant de combiner les possibilités offertes par la mer ouverte et l'étang de Thau. En 1994 et 1995 : les expérimentations ont porté sur la maîtrise du calendrier des émissions larvaires, à partir d'un stock de géniteurs conservé à basse température et en alimentation réduite, dans le but de ralentir leur métabolisme et de bloquer la maturation sexuelle. Les lots d'animaux conditionnés ensuite par remontée progressive de la température et du niveau de rationnement alimentaire, selon un calendrier programmé de mars à novembre, ont permis d'obtenir des larves viables présentant un niveau de réserves biochimiques considéré comme compatible avec un élevage. A partir de 1996 : le problème de la mortalité des élevages a été abordé au travers du suivi de 4 lots d'huîtres plates mis en place sur des tables de production réparties dans les trois zones conchylicoles. Les premiers résultats ont mis en évidence une infestation par Bonamia, parasite spécifique de l'huître plate, dans des proportions différentes selon les sites, ainsi qu'une relation des pics de mortalité avec les variations brutales de la température. Programme de recherche des causes de mortalité : L'étude menée en 1997-1998 dans le cadre du programme diversification des élevages en Languedoc Roussillon a permis de mieux cerner les causes de mortalité et de proposer une stratégie d'élevage pour cette espèce. L'hypothèse de l'influence des brusques montées en température, à un moment du cycle où les huîtres sont fragilisées par l'effort de reproduction, semble confirmée, alors que le parasite Bonamia n'aurait qu'un rôle secondaire. Un parcours d'élevage mixte mer-étang est proposé pour éviter les conditions défavorables de l'étang de Thau en été. Un test sur différentes souches d'huîtres plates a montré que la souche locale de Méditerranée est mieux adaptée aux conditions environnementales de Thau. Ces travaux laissent donc penser qu'une production de naissain d'écloserie à partir de cette souche fournirait un matériel favorable à la production d'huîtres plates en Languedoc Roussillon.

L'expérimentation mise en œuvre dans l'étang de Thau a permis de comparer, à une échelle la plus proche possible de celle des exploitations commerciales, les performances zootechniques d'une population d'huîtres triploïdes à celles d'une population témoin diploïde d'écloserie ainsi qu'à celles d'une population issue du captage naturel. Le gain moyen de poids total sur 6 mois entre février et septembre 1998 est respectivement de 100, 70 et 62 g pour les huîtres triploïdes, diploïdes témoins d'écloserie et diploïdes naturelles, confirmant la nette supériorité de croissance des huîtres triploïdes. Du point de vue de la qualité de la chair, le taux de remplissage des triploïdes est resté moyen (indice AFNOR de 8 à 10) comparable à celui des diploïdes témoins et intérieur à celui des huîtres de captage. La maturation sexuelle des triploïdes a été réduite et leur taux de glycogène est resté supérieur à celui des autres populations durant la période estivale. Les résultats d'une analyse sensorielle effectuée en été, au moment où les huîtres diploïdes sont en gamétogenèse avancée, montrent que les huîtres triploïdes se sont révélées plus présentables et plus goûteuses que les huîtres diploïdes. Ces résultats confirment l'intérêt de ces huîtres en production complémentaire, sur le marché estival local, sous réserve de quelques aménagements des calendriers d'élevage. Il ressort également de cette étude que des travaux complémentaires seraient à mener, notamment en ce qui concerne l'amélioration de la qualité de la coquille.

The monitoring network IFREMER /REMORA is assessing, on a yearly basis, mortality, growth and quality criteria of two oyster batches ("juveniles" = one-year old ; and "adults" = two-years old), distributed among various stations of the main French oyster areas. Samplings are carried out in February, June, September and December (late November in 1999). This network is a tool for trend estimations (geographic and chronological, on the national scale) ; it must not be considered as an accurate estimation of professional oyster ongrowings. Based on REMORA results, generally tallied with professional observations, and with comparison to previous years, 1999 exhibited mortality in adults (23%) and poor growth in both adults (63.0 g in late November) and juveniles (27.3 g). However, as usual, results differed widely from one station to the other. The lowest mortality rates were observed in bay of Quiberon, in Vendée and in Arcachon. Although better than 1998, the year 1999 displayed low growth, mainly because of a lack of growth in Autumn, especially along the Atlantic coast from Pen-Bé to Marennes. This lack of growth induced poor quality indices, with several stations in the lowest class of the Afnor classification, which have been very rare in the network history, since 1993. The infestation of the worm Polydora. in oysters was still increasing, and very few areas remained lowly infested in both adult and juvenile oysters. The infestation in juveniles spread out in spring in Normandy, and in summer in the other areas. The evolution in autumn was more variable. A specific report will be written on this subject., Le réseau IFREMER /REMORA évalue chaque année la mortalité, la croissance et des critères de qualité de 2 lots d'huîtres ("juvéniles" = 1 an ; et "adultes" = 2 ans) qui sont répartis entre différentes stations dans les principaux secteurs ostréicoles français. Des échantillonnages sont effectués en février, juin, septembre et décembre (fin novembre en 1999). Ce réseau est un outil d'évaluation des tendances (géographiques et chronologiques, globales à l'échelle nationale) ; il ne doit pas être perçu comme un estimateur précis des croissances obtenues chez les producteurs. Au vu des résultats du réseau, en général corroborés par ceux des professionnels, et comparée aux années antérieures, 1999 apparaît en moyenne comme une année à mortalité sur les adultes (23%) et à faible croissance tant sur les adultes (63,0 g fin novembre) que sur les juvéniles (27,3 g). Cependant, comme toujours, les résultats sont très variables d'une station à une autre. Les mortalités les plus faibles sont obtenues en baie de Quiberon, en Vendée et à Arcachon. Bien que meilleure que 1998, l'année 1999 reste encore une année de faible croissance qui est due souvent à un défaut de pousse en automne, particulièrement dans les stations atlantiques, entre Pen-Bé et Marennes. Ce manque de croissance se retrouve dans les indices de qualité, certaines stations donnant des huîtres "non classées" au niveau de la norme Afnor, ce qui est assez exceptionnel dans l'histoire du réseau REMORA, en place depuis 1993 (quelques cas aussi en 1998). L'infestation par le ver Polydora continue sa progression, et seuls quelques secteurs restent peu contaminés tant sur les juvéniles que sur les adultes. L'infestation des juvéniles se développe au printemps en Normandie, et en été dans les autres secteurs. L'évolution ultérieure est beaucoup plus variable ; des régressions automnales par recalcification des galeries et des chambres sont observées sur certains lots d'adultes. Ce suivi fera l'objet d'un rapport spécifique plus détaillé.

The monitoring network IFREMER /REMORA is assessing on a yearly basis, from February to December, mortality, growth and quality criteria of two oyster batches ("juveniles" = one-year class ; and "adults" = two-years class), deployed among various stations of the main French oyster areas. This network is a tool for trend estimations (geographic and chronological, on the national scale) ; it must not be considered as an accurate estimation of professional oyster ongrowings. Based on REMORA results, generally tallied with professional observations, 1998 on the whole was a second year of low mortality. However several areas remained affected by significant mortalities : the baie des Veys (in Normandy), Morlaix and Pen-Bé (in Brittany) and Marennes (in Charente-Maritime). The year 1998 was overall a very poor year for growth : the mean oyster weight reached 60.9 grammes. This lack of growth was also recorded in the quality indexes (fresh and dry meat weight) which were clearly below the average values. Another problem of quality is the steady increase, from year to year, of the infestation of oysters by the Annelid worm Polydora, which was particularly important in 1998 in the Arcachon bay., Le réseau IFREMER /REMORA suit chaque année, de février à décembre, la mortalité, la croissance et des critères de qualité de 2 lots d'huîtres ("juvéniles" = 1 an ; et "adultes" = 2 ans) qui sont répartis entre différentes stations dans les principaux secteurs ostréicoles français. Ce réseau est un outil d'évaluation des tendances (géographiques et chronologiques, globales à l'échelle nationale) ; il ne doit pas être perçu comme un estimateur précis des croissances obtenues chez les producteurs. Au vu des résultats du réseau, en général corroborés chez les professionnels, 1998 confirme, dans l'ensemble, la régression des phénomènes de mortalité des animaux, régreesion déjà observée en 1997. Des secteurs restent néanmoins le lieu de fortes mortalités : la baie des Veys (en Normandie), Pen-Bé (en Bretagne) et Marennes (en Charente-Maritime). L'année 1998 se caractérise surtout par une très mauvaise croissance : le poids moyen atteint au relevage par le réseau REMORA est de 60,9 grammes. Ce déficit de pousse s'accompagne d'une faiblesse des indices de qualité des huîtres (norme Afnor ou taux de matière sèche) qui sont bien en-dessous des valeurs habituelles. Un autre problème de qualité est l'augmentation régulière, d'année en année, de l'infestation des huîtres par le ver annélide Polydora qui atteint particulièrement cette année le bassin d'Arcachon

1. Introduction: network organisation in 1997. The REMORA network - REseau MOIIusques du département Ressources Aquacoles de l'Ifremer - (Ifremer's Aquaculture Resources Department Mollusc Network) has been evaluating, since 1993, hollow oysters' growth (Crassostrea gigas) in major French oyster beds. In order to do so, it has followed up on a yearly basis the growth of a unique oyster batch shared among different stations in the main French raising areas. Releasing takes place in February and picking happens in November or December; intermediary sampling is done in June and September. All operations happen on the same dates for all stations. A national report is published each year. 'Regional' stations are sometimes added to the national network, but they are not taken into account in the national report, so that year after year, regional and national averages remain calculated on the same basis. Results can be found in regional reports. The advantage of a national yearly and standard follow up, lays in being able to compare sites and years and be as free as possible from local cultural practices (culture set up, variation dates, different spat origins, etc). The REMORA network is therefore a tendency evaluation tool (geographical and annual, global on a national scale); it should not be perceived as a precise growth estimator obtained by the growers. Since 1995 two age classes are being followed up (one and two years old)., 1. introduction : l'organisation du réseau en 1997. Le réseau REMORA (REseau MOIIusques du département Ressources Aquacoles de l'Ifremer) évalue depuis 1993 les performances de croissance des huîtres creuses Crassostrea gigas dans les principaux bassins ostréicoles français. Pour cela, il suit chaque année la croissance d'un lot unique d'huîtres partagé entre différentes stations dans les principaux secteurs d'élevage français. La mise à l'eau se fait en février ou mars et le relevage en novembre ou décembre ; des échantillonnages intermédiaires sont réalisés en juin et septembre. Toutes ces opérations sont réalisées aux mêmes dates sur toutes les stations. Un rapport national est publié chaque année. Des stations "régionales" sont parfois ajoutées au réseau national. Mais elles ne sont pas prises en compte dans le rapport national, afin que d'année en année les moyennes régionales et nationales restent calculées sur les mêmes bases. On en trouvera les résultats dans les rapports régionaux. L'intérêt du suivi national, annuel et standard, réside dans la possibilité de comparer les sites entre eux et les années entre elles en s'affranchissant au maximum des variations de pratiques culturales locales (variations de dates de mise en élevage, origines différentes de naissain, etc.). Le réseau REMORA est donc un outil d'évaluation des tendances (géographiques et annuelles, globales à l'échelle nationale) ; il ne doit pas être perçu comme un estimateur précis des croissances obtenues chez les producteurs.Depuis 1995 deux classes d'âge (1 an et 2 ans) sont suivies.

Depuis 1991, différents aspects de l'élevage de l'huître plate Ostrea edulis ont été étudiés dans le cadre des programmes de Diversification Conchylicole de la Station IFREMER de Palavas. Après avoir abordé successivement le potentiel du captage naturel, la technique du télécaptage, la mise au point d'un parcours d'élevage mixte mer-étang et le cycle de reproduction de cette espèce dans le milieu naturel, les travaux ont porté, en 1994, sur le contrôle de la maturation en captivité et la maîtrise du calendrier des émissions larvaires. Les mêmes expérimentations, répétées en 1995, ont été complétées par des essais portant sur la compression du cycle de reproduction. Une installation thermorégulée de conditionnement en circuit fermé a permis d'obtenir un décalage retard des émissions larvaires jusqu'en novembre, sans dégradation des caractéristiques biométriques et biochimiques des larves. Les élevages larvaires de validation ont permis de démontrer la viabilité des larves émises tardivement, mais ont mis en évidence la difficulté de maîtriser la technique d'élevage larvaire en s'affranchissant des conditions environnementales. La compression du cycle de reproduction, basée sur le raccourcissement de la période de reconstitution des produits gonadiques par vernalisation des géniteurs, n'a pas donné de résultats probants.

Afin de vérifier sur un site régional la présence d'une qualité d'eau de mer permettant la réalisation d'élevages larvaires d'huîtres creuses Crassostrea gigas (et/ou d'huîtres plates Ostrea edulis) sur une base régulière tout au long de l'année, une série d'élevages comparatifs a été réalisée à la Station IFREMER de Palavas, de mars 1995 à septembre 1995. Le matériel biologique nécessaire à cette comparaison est constitué de larves d'huîtres creuses Crassostrea gigas et en algues unicellulaires provenant de l'éc1oserie commerciale de la SATMAR. Les résultats obtenus démontrent la capacité de l'eau de mer du site étudié sur Leucate à supporter la production de larves d'huîtres creuses compétentes à se métamorphoser et à se fixer. Cette étude s'inscrit dans la démarche de la Région Languedoc-Roussillon et du CEPRALMAR visant à favoriser l'implantation d'une écloserie de production de Mollusques Bivalves sur le littoral méditerranéen.

A study of pearl oysters Pinctada margaritifera growth and mortality was done on a monthly basis between June 1990 and September 1991 in Takapoto atoll (Tuamotu archipelago). Meanwhile, sampling parameters representative of bivalves food showed a remarquable spatial stability whithin the lagoon. The amplitude of temporal variability varied in the order of some days. Carrying capacity appears low : energetic content of particulate material in waters is about 2 joules/liter, ten times lower than in temperate areas. On the opposite, seasonal effect is reduced and particulate food is always available. Oysters rearing conditions were appropriate during the studied period with a low mortality rate and a regular growth in size (from 97 mm to 136 mm). Pearls oysters regularly used the available energy without accumulating tissue reserves. Gonad maturation was continue during the year with a strong variability between individuals. Growth of reared oysters was faster than the growth of natural stock oysters. Two kinds of methods for a optimized management of pearl oyster culture are presented : regular acquisition on growth, rearing stocks and environnement data and direct determination of carrying capacity by analytic methods, Une étude de la croissance et de la mortalité d'un stock expérimental d'huîtres perlières Pinctada margaritifera a été menée dans l'atoll de Takapoto (archipel des Tuamotu) selon un rythme mensuel entre juin 1990 et septembre 1991. En parallèle, l'échantillonnage des paramètres représentatifs de la nourriture des bivalves sur un cycle annuel a montré une remarquable stabilité spatiale du milieu. L'échelle de variation temporelle se situe dans de courts intervalles de temps, de l'ordre de quelques jours. La capacité nutritive du milieu paraît peu importante : le contenu énergétique de l'eau relatif au matériel particulaire, avec une valeur moyenne de 2 joules/1, est d'un ordre de grandeur 10 fois plus faible que dans les zones tempérées. En revanche, l'effet saisonnier est réduit et la nourriture particulaire est toujours disponible. Les conditions d'élevage des huîtres perlières se sont révélées favorables avec une mortalité faible et une croissance en taille régulière sur les 16 mois de l'étude (de 97 mm à 136 mm). Les huîtres profitent de la stabilité des conditions de milieu en utilisant régulièrement l'énergie disponible, sans accumuler de réserves. Il y a une maturation continue tout au long de l'année avec une forte variabilité inter-individus. Les huîtres en élevage ont une croissance et un engraissement supérieur à celles du milieu naturel. Deux métodes complémentaires pour gérer rationnellement les stocks en élevage sont proposées : mise en place d'un réseau de suivi biologique de la perliculture et détermination de la capacité biotique des atolls grace à une approche analytique des conditions de fonctionnement de l'écosystème conchylicole.

Depuis 1991, différents aspects de l’élevage de l’huître plate Ostrea edulis ont été étudiés dans le cadre des programmes de Diversification Conchylicole de la Station IFREMER de Palavas. Après avoir abordé successivement le potentiel du captage naturel, la technique du télécaptage, la mise au point d'un parcours d’élevage mixte mer-étang et le cycle de reproduction de cette espèce dans le milieu naturel, les travaux ont porté, en 1994, sur le contrôle de la maturation en captivité et la maîtrise du calendrier des émissions larvaires.Ces travaux se sont déroulés dans le cadre d’un contrat de recherche, établi pour 1994 et 1995, entre IFREMER et la Région LANGUEDOC-ROUSSILLON (CEPRALMAR).Une installation thermorégulée de conditionnement en circuit fermé a permis d’obtenir un décalage retard des émissions larvaires jusqu’en novembre, sans dégradation des caractéristiques biométriques et biochimiques des larves. Les élevages larvaires de validation ont permis de démontrer la viabilité des larves émises tardivement, mais ont mis en évidence la difficulté de maîtriser la technique d’élevage larvaire en s’affranchissant des conditions environnementales.

This fifth part of the polyploidisation program reports the experiments that were conducted in 1993 and that were devoted to : - monitoring growth performance of Ostrea edulis diploids and triploids in La Trinité sur Mer and Palavas - monitoring growth performance of Crassostrea gigas diploids and triploids in Port en Bessin, Marennes Oleron (2 locations), Arcachon and Palavas - comparative study of gametogenesis for C. gigas diploids and triploids - comparative study of C. gigas diploids and triploids using sensorial analysis At the end of fifth year, it was clear that triploids are advantageous although such a statement must be moderated according to locations. The gametogenesis stydy showed that triploidy is associated with partial to complete sterility. The inconclusive results of the sensorial analysis still have to be confirmed, Cinquième volet du programme de polyploïdisation de mollusques bivalves, ce rapport présente les actions et les résultats de l'année 1993 qui a été consacrée: - au suivi des performances de croissance de populations diploïdes et triploïdes d'Ostrea edulis à La Trinité sur Mer et à Palavas - au suivi des performances de croissance de populations di et triploïdes de Crassostrea gigas à Port en Bessin, Marennes Oléron (en claire et sur estran), à Arcachon et à Palavas - à l'étude de la gamétogenèse comparée de diploïdes et de triploïdes de C. gigas - à l'étude comparée par analyse sensorielle de diploïdes et de triploïdes de C. gigas Au terme de cette cinquième année d'étude, les différences de performances entre les diploïdes et les triploïdes apparaissent de façon nette, la supériorité des triploïdes est variable selon les localités. L'étude de la gamétogénèse montre que la triploïdie s'accompagne d'une stérilité partielle à totale. Les résultats, non concluants, de l'analyse sensorielle demandent à être confirmés ou infirmés sur des huîtres plus âgées.

Cette réunion des membres du Réseau Génétique Mollusques avait pour objet de faire un bilan provisoire des actions en cours et surtout de mettre en place les protocoles et les calendriers du début de l'année 1994. La première demi-journée a été réservée à un exposé de Yamama NACIRI sur les bases de la Génétique Quantitative et ses applications dans le cadre des programmes de sélection des mollusques.La deuxième demi-journée a été consacrée au bilan des actions de 1993. Les représentants de chaque site, intervenant dans une opération du réseau en 1993, ont fait une présentation orale de leurs résultats. Un résumé de chaque intervention vous est fourni dans ce document. Il est important de souligner que tous ces bilans sont provisoires, en premier lieu parce que toutes les analyses biochimiques et les contrôles de ploïdie par imagerie numérique ne sont pas achevés, et que d'autre part, les contrôles des performances des populations diploïdes et triploïdes doivent se poursuivre en 1994. En conséquence, il serait hasardeux de statuer sur les avantages ou les inconvénients de la triploïdie sans avoir un suivi complet sur deux années. Actuellement seul le site d'Arcachon, où l'impact de la reproduction a été le plus fort, présente dès la première année des différences significatives entre diploïdes et triploïdes. Ces observations ne sont pas surprenantes puisque les performances des triploïdes ne deviennent théoriquement supérieures à celles des diploïdes, qu'après une réelle période de reproduction. Rappelons que selon Héral & Deslous-Paoli (1989), le poids des gamètes représente 7% de celui de la chair pour l'huître de 1 an, 60% pour celle de 2 ans et 80% à 3 ans. Les présentations ont portées sur: • Bilan des expériences réalisées dans le cadre du programme sélection huître plate Ostrea edulis. • Bilan des expériences réalisées dans le cadre du programme CEE-AIR1 sur l'induction de la triploïdie par rétention du premier ou du deuxième globule polaire. • Recherche de marqueurs génétiques: ~ Clonage et identification de marqueurs génétiques hypervariables (microsatellites) chez Ostrea edulis. ~ Déterminisme génétique du polymorphisme de la pigmentation chez Ruditapes philippinarum. . • Bilan de l'acclimatation et des essais d'hybridation de Crassostrea virginica. • Le prégrosssissement de juvéniles en nurserie intensive. • Bilan de l'acclimatation et des essais d'hybridation de Crassostrea virginica. • L'influence de la polyploïdisation sur les performances de l'huître creuse élevée à différents niveaux trophiques. • Contrôle des performances biologiques de populations diploïdes et triploïdes d'huître plate Ostrea edulis en site profond. • Contrôle des performances biologiques de populations diploïdes et triploïdes d'huître creuse Crassostrea gigas en site profond. • Contrôle des performances biologiques de populations diploïdes et triploïdes d'huître creuse Crassostrea gigas sur estran. • Contrôle des performances biologiques de populations diploïdes et triploïdes d'huître creuse Crassostrea gigas en claire et sur estran. • Bilan des expériences réalisées dans le cadre du programme sélection huître plate Ostrea edulis. • Contrôle des performances biologiques de populations diploïdes et triploïdes d'huître plate Ostrea edulis en site profond. • Contrôle des performances biologiques de populations diploïdes et triploïdes d'huître creuse Crassostrea gigas sur estran. Après un tour de table destiné à faire le bilan du matériel biologique encore vivant dans chaque site, la troisième demi-journée a été consacrée à l'élaboration du calendrier et des protocoles pour l'année 1994.

Créé en 1992, le réseau REPAMO (REseau de PAthologie des MOllusques) est un réseau de surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français. Son activité s'inscrit dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Les objectifs du réseau sont de prévenir l'introduction et la propagation d'organismes pathogènes, en particulier ceux à déclaration obligatoire et de surveiller l'évolution de ceux déjà présents sur le territoire national. Ces activités font parties des missions institutionnelles de l'IFREMER. La surveillance assurée par le réseau vise en premier lieu les infections à déclaration obligatoire présentes en France, la bonamiose à Banamia ostreae chez l'huître plate Ostrea edulis et la marteiliose à Marteilia refringens chez l'huître plate Ostrea edulis et les moules Mytilus edulis et M. galloprovincialis. Le secteur en attente d'agrément vis à vis de ces deux maladies est la zone X. En accord avec l'autorité compétente, il a été décidé de suspendre cette surveillance depuis 2007 (difficulté d'accès à la ressource et très faible densité en huîtres plates en zone X). L'étude des cas des hausses de mortalités a été poursuivie avec 69 évènements recensés, 69 lots prélevés et analysés, 22 constats rédigés). Comme en 2008, des hausses de mortalités d'huîtres creuses (Crassostrea gigas) ont été recensées dans l'ensemble des bassins de production principalement en période estivale (60 évènements, 63 lots prélevés et analysés, 18 constats). Le naissain d'huîtres creuses (50/63 lots) a été principalement atteint avec des taux de mortalité calculés particulièrement élevés. Aucun agent à déclaration obligatoire n'a été détecté dans les lots d'huîtres creuses analysés. Des agents viraux (herpèsvirus OsHV -1) et bactériens (bactéries du groupe de Vibrio splendidus, principalement) ont été détectés seuls ou en association dans de nombreux échantillons prélevés au cours des épisodes de mortalité 2009 aussi bien chez les huîtres creuses prélevées chez les producteurs que sur les animaux de l'observatoire conchylicole Ifremer ; Il est à noter que les analyses en biologie moléculaire pour la recherche de l'herpès virus OsHV-1 et des bactéries Vibrio aestuarianus et V. splendidus sur les échantillons d'huîtres creuses prélevés au cours des épisodes de mortalité 2009 ont été réalisés par la cellule analytique du Laboratoire de Génétiques et de Pathologie (LGP) et par des laboratoires d'analyses externes, pour lesquels deux sessions de transfert de méthodes diagnostiques ont été réalisées en 2009. Des hausses de mortalités ont également affecté d'autres espèces de mollusques en élevage (moules de bouchot sur la côte Ouest du Cotentin et en baie de Somme) et en gisement (moules en baie de Seine; palourdes dans le pertuis d'Antioche et dans l'estuaire de la Gironde; coquilles Saint-Jacques dans le pertuis breton et la baie de Quiberon; coques près du Conquet; flions tronqués en baie de Quiberon). L'agent Marteilia refringens a été détecté dans un échantillon de moules prélevé en baie de Seine avec une localisation atypique dans les tissus de l'hôte (présence de M. refringens dans le tissu conjonctif du manteau, des palpes labiaux et des branchies de la moule M. edulis). L'agent Perkinsus olseni a été détecté dans un échantillon de palourdes prélevé en estuaire de la Gironde. La surveillance zoosanitaire des populations élevées et sauvages de mollusques visant à caractériser les espèces de parasites Bonamia chez l'huître plate Ostrea edulis a été poursuivie en 2009. Les nouveaux sites échantillonnés ont été la rivière de la Rance (dept. 35), le pertuis d'Antioche (dept. 17), le golfe de Fos (dept. 13) et le golfe du Morbihan (dept.56), complétant l'échantillonnage réalisé en 2008 à l' issu duquel Bonamia ostreae avait été détecté en baie de Cancale, en rade de Brest et en baie de Quiberon. Enfin, un projet de recherche visant à étudier le cycle du parasite Marteilia refringens a contribué à mettre en évidence l'agent Bonamia exitiosa en co-détection avec Bonamia ostreae dans un échantillon d'huîtres plates Ostrea edulis prélevé dans l'étang de Diana en Corse.