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253 results on '"Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris"'

1. Detection of Metabolite–Protein Interactions in Complex Biological Samples by High-Resolution Relaxometry: Toward Interactomics by NMR

Author: Jean-Max Tyburn, Simone Pisano, Ziqing Wang, Veronica Ghini, Philippe Pelupessy, Morgan Kazmierczak, Giacomo Parigi, Thorsten Marquardsen, Fabien Ferrage, Guillaume Bouvignies, Claudio Luchinat, Pavel Kadeřávek, Milan Zachrdla, Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Consorzio Interuniversitario Risonanze Magnetiche di Metallo Proteine (CIRMMP), Università degli Studi di Siena = University of Siena (UNISI)-Università degli Studi di Firenze = University of Florence (UniFI)-University of Bologna/Università di Bologna-Partenaires INRAE, Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), Bruker BioSpin MRI GmbH [Ettlingen, Germany], Università degli Studi di Firenze = University of Florence (UniFI), Gestionnaire, HAL Sorbonne Université 5, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Università degli Studi di Siena = University of Siena (UNISI)-Università degli Studi di Firenze = University of Florence [Firenze] (UNIFI)-University of Bologna-Partenaires INRAE, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, and Università degli Studi di Firenze = University of Florence [Firenze] (UNIFI)
Subjects: Relaxometry, Human blood, Chemistry, Metabolite, High resolution, General Chemistry, Computational biology, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Biochemistry, Small molecule, Catalysis, NMR, 0104 chemical sciences, Protein–protein interaction, chemistry.chemical_compound, Colloid and Surface Chemistry, Metabolomics, [CHIM] Chemical Sciences, [CHIM]Chemical Sciences, Interactomics, Macromolecule
Abstract: International audience; Metabolomics, the systematic investigation of metabolites in biological fluids, cells or tissues, reveals essential information about metabolism and diseases. Metabolites have functional roles in myriads of biological processes, as substrates and products of enzymatic reactions, but also as cofactors and regulators of large numbers of biochemical mechanisms. These functions involve interactions of metabolites with macromolecules. Yet, methods to systematically investigate these interactions are hitherto still scarce. In particular, there is a need for techniques suited to identify and characterize weak metabolite-macromolecule interactions directly in complex media such as biological fluids. Here, we introduce a method to investigate weak interactions between metabolites and macromolecules in biological fluids. Our approach is based on high-resolution NMR relaxometry and does not require any invasive procedure or separation step. We show that we can detect interactions between small and large molecules in human blood serum and quantify the size of the complex. Our work opens the way for investigations of metabolite-(or other small molecules) protein interactions in biological fluids for interactomics or pharmaceutical applications.
Published: 2021
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2. An easy-to-implement combinatorial approach involving an activity-based assay for the discovery of a peptidyl copper complex mimicking superoxide dismutase

Author: Anne-Sophie Bernard, Philippe Pelupessy, Koudedja Coulibaly, Elodie Quévrain, Christelle Hureau, Nicolas Delsuc, Katalin Selmeczi, Ágnes Dancs, Elodie Tauziet, Amandine Vincent, Jennifer Rodon Fores, Philippe Seksik, Amandine Conte-Daban, Clotilde Policar, Peptides, glycoconjugués et métaux en biologie (LBM-E1), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Laboratoire Lorrain de Chimie Moléculaire (L2CM), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de chimie de coordination (LCC), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), ANR-05-GANI-0001,GenOvul,Exploitation de la variabilité génétique intra et inter-espèces pour l'étude du déterminisme génétique du taux d'ovulation(2005), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - 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Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), delsuc, nicolas, Réseau de Génomique des animaux d'élevage GENANIMAL - Exploitation de la variabilité génétique intra et inter-espèces pour l'étude du déterminisme génétique du taux d'ovulation - - GenOvul2005 - ANR-05-GANI-0001 - GANI - VALID, Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Lipopolysaccharides, Antioxidant, Intrinsic activity, Colon, medicine.medical_treatment, Copper metabolism, Biocompatible Materials, 010402 general chemistry, medicine.disease_cause, 01 natural sciences, Redox, Catalysis, Superoxide dismutase, [CHIM] Chemical Sciences, Materials Chemistry, medicine, Humans, [CHIM]Chemical Sciences, [CHIM.COOR]Chemical Sciences/Coordination chemistry, Amino Acid Sequence, Peptide sequence, Copper complex, biology, Superoxide Dismutase, 010405 organic chemistry, Chemistry, Interleukin-8, Metals and Alloys, General Chemistry, [CHIM.COOR] Chemical Sciences/Coordination chemistry, 0104 chemical sciences, Surfaces, Coatings and Films, Electronic, Optical and Magnetic Materials, Oxidative Stress, Biochemistry, Ceramics and Composites, biology.protein, Peptides, HT29 Cells, Copper, Oxidative stress
Abstract: International audience; A combinatorial approach using a One-Bead-One-Compound method and a screening based on an SOD-activity assay was set up for the discovery of an efficient peptidyl copper complex. The complex exhibited good stability constants, suitable redox potentials and excellent intrinsic activity. This complex was further assayed in cells for its antioxidant properties and showed beneficial effect when cells were submitted to oxidative stress.
Published: 2020

3. Time-Resolved Protein Side-Chain Motions Unraveled by High-Resolution Relaxometry and Molecular Dynamics Simulations

Author: Lei Bruschweiler-Li, Yina Gu, Rafael Brüschweiler, Jean-Max Tyburn, Thorsten Marquardsen, Nicolas Bolik-Coulon, Cyril Charlier, Pavel Kadeřávek, Samuel F. Cousin, Ludovic Carlier, Fabien Ferrage, Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Bruker Biospin GmbH, bruker, Bruker BioSpin [Wissembourg], Department of Chemistry and Biochemistry, and National High Magnetic Field Laboratory, Florida State University [Tallahassee] (FSU), Cousin, Samuel, Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Relaxometry, 010405 organic chemistry, Chemistry, General Chemistry, Conformational entropy, 01 natural sciences, Biochemistry, Catalysis, 0104 chemical sciences, Protein–protein interaction, 03 medical and health sciences, Molecular dynamics, 030104 developmental biology, Colloid and Surface Chemistry, Solid-state nuclear magnetic resonance, Chemical physics, [CHIM] Chemical Sciences, Side chain, [CHIM]Chemical Sciences, Molecule, Conformational isomerism, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: Motions of proteins are essential for the performance of their functions. Aliphatic protein side chains and their motions play critical roles in protein interactions: for recognition and binding of partner molecules at the surface or serving as an entropy reservoir within the hydrophobic core. Here, we present a new NMR method based on high-resolution relaxometry and high-field relaxation to determine quantitatively both motional amplitudes and time scales of methyl-bearing side chains in the picosecond-to-nanosecond range. We detect a wide variety of motions in isoleucine side chains in the protein ubiquitin. We unambiguously identify slow motions in the low nanosecond range, which, in conjunction with molecular dynamics computer simulations, could be assigned to transitions between rotamers. Our approach provides unmatched detailed insight into the motions of aliphatic side chains in proteins and provides a better understanding of the nature and functional role of protein side-chain motions.
Published: 2018

4. TGR5-dependent hepatoprotection through the regulation of biliary epithelium barrier function

Author: Jose Ursic-Bedoya, Isabelle Doignon, Hayat Simerabet, Dominique Rainteau, Doris Cassio, Nicolas Kahale, Anne Davit-Spraul, Thierry Tordjmann, Grégory Merlen, Lydie Humbert, Catherine Guettier, Julien Gautherot, Valeska Bidault-Jourdainne, Christoph Ullmer, Isabelle Garcin, Noémie Péan, Klaus Ebnet, Zahra Tanfin, Intéractions cellulaires et physiopathologie hépathique (Orsay, Essonne) UMRS 1174 (ICPH ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris-Sud - Paris 11 - Faculté de médecine (UP11 UFR Médecine), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Service de Biochimie [AP-HP Hôpital Bicêtre], AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Service d’Anatomopathologie [Le Kremlin-Bicêtre], ER_7, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Microorganismes, Molécules Bioactives et Physiopathologie Intestinale (LBM-E4), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Microorganismes et physiopathologie intestinale (ERL INSERM U1157 - CNRS UMR 7203), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Zentrum für Molekularbiologie der Entzündung - Center for Molecular Biology of Inflammation [Münster, Germany] (ZMBE), Westfälische Wilhelms-Universität Münster (WWU), F. Hoffmann-La Roche [Basel], Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Westfälische Wilhelms-Universität Münster = University of Münster (WWU), and Salvy-Córdoba, Nathalie
Subjects: Biliary epithelium, MESH: Signal Transduction, Stimulation, MESH: Receptors, G-Protein-Coupled, MESH: Mice, Knockout, Epithelium, Receptors, G-Protein-Coupled, MESH: Isonipecotic Acids, 0302 clinical medicine, MESH: Biliary Tract, Oximes, Electric Impedance, Bile, MESH: Animals, Phosphorylation, Biliary Tract, Cells, Cultured, Barrier function, MESH: Receptors, Cell Surface, Mice, Knockout, Liver injury, 0303 health sciences, Bile acid, Tight junction, Chemistry, Gastroenterology, MESH: Oximes, G protein-coupled bile acid receptor, Paracellular transport, MESH: Permeability, Cholestaticliver diseases, MESH: Cell Adhesion Molecules, 030211 gastroenterology & hepatology, Signal Transduction, MESH: Cells, Cultured, medicine.drug_class, MESH: Tight Junction Proteins, Receptors, Cell Surface, Cholestasis, Intrahepatic, MESH: Bile Acids and Salts, Permeability, Bile Acids and Salts, 03 medical and health sciences, Isonipecotic Acids, In vivo, MESH: Mice, Inbred C57BL, medicine, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Animals, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, MESH: Electric Impedance, MESH: Bile, 030304 developmental biology, Tight Junction Proteins, MESH: Phosphorylation, MESH: Cholestasis, Intrahepatic, [SDV.MHEP.HEG]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology, medicine.disease, Molecular biology, [SDV.MHEP.HEG] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology, Mice, Inbred C57BL, MESH: Epithelium, Cell Adhesion Molecules
Abstract: ObjectiveWe explored the hypothesis that TGR5, the bile acid (BA) G-protein-coupled receptor highly expressed in biliary epithelial cells, protects the liver against BA overload through the regulation of biliary epithelium permeability.DesignExperiments were performed under basal and TGR5 agonist treatment. In vitro transepithelial electric resistance (TER) and FITC-dextran diffusion were measured in different cell lines. In vivo FITC-dextran was injected in the gallbladder (GB) lumen and traced in plasma. Tight junction proteins and TGR5-induced signalling were investigated in vitro and in vivo (wild-type [WT] and TGR5-KO livers and GB). WT and TGR5-KO mice were submitted to bile duct ligation or alpha-naphtylisothiocyanate intoxication under vehicle or TGR5 agonist treatment, and liver injury was studied.ResultsIn vitro TGR5 stimulation increased TER and reduced paracellular permeability for dextran. In vivo dextran diffusion after GB injection was increased in TGR5-knock-out (KO) as compared with WT mice and decreased on TGR5 stimulation. In TGR5-KO bile ducts and GB, junctional adhesion molecule A (JAM-A) was hypophosphorylated and selectively downregulated among TJP analysed. TGR5 stimulation induced JAM-A phosphorylation and stabilisation both in vitro and in vivo, associated with protein kinase C-ζ activation. TGR5 agonist-induced TER increase as well as JAM-A protein stabilisation was dependent on JAM-A Ser285 phosphorylation. TGR5 agonist-treated mice were protected from cholestasis-induced liver injury, and this protection was significantly impaired in JAM-A-KO mice.ConclusionThe BA receptor TGR5 regulates biliary epithelial barrier function in vitro and in vivo through an impact on JAM-A expression and phosphorylation, thereby protecting liver parenchyma against bile leakage.
Published: 2019

5. Rates of Chemical Reactions Embedded in a Metabolic Network by Dissolution Dynamic Nuclear Polarisation NMR

Author: Aditya Jhajharia, Aude Sadet, Daniel Abergel, Dennis Kurzbach, Emeric Miclet, Geoffrey Bodenhausen, Emmanuelle M. M. Weber, Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)
Subjects: 0301 basic medicine, Magnetic Resonance Spectroscopy, Metabolic network, 010402 general chemistry, Gluconates, 01 natural sciences, Chemical reaction, Catalysis, Pentose Phosphate Pathway, Reaction rate, 03 medical and health sciences, Hydrolysis, Computational chemistry, [CHIM]Chemical Sciences, Dissolution, Chemistry, Organic Chemistry, Dynamic nuclear polarisation, General Chemistry, 0104 chemical sciences, Kinetics, 030104 developmental biology, Solubility, Scientific method, Isomerization, Metabolic Networks and Pathways
Abstract: International audience; The isomerisation of 6-phosphogluconolactones and their hydrolyses into 6-phosphogluconic acid form a non enzymatic side cycle of the pentose-phosphate pathway (PPP) in cells. We show that dissolution dynamic nuclear polarization can be used for determining the kinetic rates of the involved transformations in real time. It is found that the hydrolysis of both lactones is significantly slower than the isomeration process, thereby shedding new light onto this subtle chemical process.
Published: 2018

6. Monitoring bicosomes containing antioxidants in normal and irradiated skin

Author: Alfonso de la Maza, Mercedes Cócera, Clotilde Policar, Sarah Hostachy, Estibalitz Fernández, Sylvain Clède, Christophe Sandt, Hélène Bertrand, Gelen Rodríguez, François Lambert, Olga López, Institute for Advanced Chemistry of Catalonia, Peptides, glycoconjugués et métaux en biologie (LBM-E1), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Synchrotron SOLEIL, bicosome, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: Water transport, integumentary system, biology, General Chemical Engineering, Phospholipid, Analytical chemistry, General Chemistry, Penetration (firestop), [CHIM.INOR]Chemical Sciences/Inorganic chemistry, Permeation, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, 0104 chemical sciences, Superoxide dismutase, 030207 dermatology & venereal diseases, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, chemistry, Dynamic light scattering, biology.protein, Biophysics, Irradiation, Lipid vesicle, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: This study evaluates the penetration of bicosome systems incorporating two different antioxidants into normal skin and skin exposed to ultraviolet-visible radiation (UV-VIS) by Fourier-transform infrared microspectroscopy (FT-IR) using synchrotron radiation. Bicosomes are phospholipid assemblies based on mixtures of discoidal lipid structures protected by spherical lipid vesicles able to incorporate different molecules. In the current work, the antioxidants incorporated in these systems were β-carotene and a Mn complex as a superoxide dismutase (SOD) mimic. Additionally, a rhenium tri-carbonyl derivative was incorporated in the bicosome systems in order to map their penetration following the tag specific carbonyl signal by FT-IR microspectroscopy. The characterization of bicosome systems using the dynamic light scattering technique (DLS) showed a modification in the size of the systems containing β-carotene (Bcβ) or MnII complex (BcMn). After skin permeation, FT-IR results indicated a higher and deeper penetration of the BcMn system than the Bcβ system into the skin. Likely, the different physicochemical properties of both antioxidants could be responsible for this effect. Moreover, the penetration of both bicosome systems in irradiated skin was lower in comparison with the normal skin. This fact could be a consequence of the alteration of water transport in the skin during the irradiation process. In conclusion, these results indicated the effectiveness of bicosome systems as skin carriers, and provide information to protect skin under radiation using antioxidants.
Published: 2016

7. Theoretical and computational framework for the analysis of the relaxation properties of arbitrary spin systems. Application to high-resolution relaxometry

Author: Samuel F. Cousin, Pavel Kadeřávek, Philippe Pelupessy, Nicolas Bolik-Coulon, Jean-Nicolas Dumez, Fabien Ferrage, Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, Chimie Et Interdisciplinarité : Synthèse, Analyse, Modélisation (CEISAM), Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST), and Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)
Subjects: Nuclear and High Energy Physics, Relaxometry, Biophysics, FOS: Physical sciences, High resolution, Longitudinal Relaxation Rate, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Biochemistry, High-Resolution Relaxometry, 030218 nuclear medicine & medical imaging, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Physics - Chemical Physics, Nuclear Spin Relaxation, [CHIM]Chemical Sciences, Statistical physics, Spin (physics), Chemical Physics (physics.chem-ph), Physics, Analytical expressions, Analytical Relaxation Computation, Condensed Matter Physics, Polarization (waves), 3. Good health, 0104 chemical sciences, Magnetic field
Abstract: A wide variety of nuclear magnetic resonance experiments rely on the prediction and analysis of relaxation processes. Recently, innovative approaches have been introduced where the sample travels through a broad range of magnetic fields in the course of the experiment, such as dissolution dynamic nuclear polarization or high-resolution relaxometry. Understanding the relaxation properties of nuclear spin systems over orders of magnitude of magnetic fields is essential to rationalize the results of these experiments. For example, during a high-resolution relaxometry experiment, the absence of control of nuclear spin relaxation pathways during the sample transfers and relaxation delays leads to systematic deviations of polarization decays from an ideal mono-exponential decay with the pure longitudinal relaxation rate. These deviations have to be taken into account to describe quantitatively the dynamics of the system. Here, we present computational tools to (1) calculate analytical expressions of relaxation rates for a broad variety of spin systems and (2) use these analytical expressions to correct the deviations arising in high-resolution relaxometry experiments. These tools lead to a better understanding of nuclear spin relaxation, which is required to improve the sensitivity of many pulse sequences, and to better characterize motions in macromolecules., 39 pages (and 22 pages of Supplementary Materials), 10 figures
Published: 2020

8. High-Resolution NMR of Folded Proteins in Hyperpolarized Physiological Solvents

Author: Dennis Kurzbach, Geoffrey Bodenhausen, Pavel Kadeřávek, Fabien Ferrage, Central European Institute of Technology [Brno] (CEITEC MU), Brno University of Technology [Brno] (BUT), Masaryk University [Brno] (MUNI), Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: 0301 basic medicine, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Chemistry, Organic Chemistry, General Chemistry, 010402 general chemistry, Photochemistry, 01 natural sciences, Catalysis, Spectral line, 0104 chemical sciences, Solvent, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, 030104 developmental biology, Amide, Molecule, Target protein, Hyperpolarization (physics), Two-dimensional nuclear magnetic resonance spectroscopy, Dissolution
Abstract: International audience; Hyperpolarized 2D exchange spectroscopy (HYPEX) to obtain high‐resolution nuclear magnetic resonance (NMR) spectra of folded proteins under near‐physiological conditions is reported. The technique is based on hyperpolarized water, which is prepared by dissolution dynamic nuclear polarization and mixed in situ in an NMR spectrometer with a protein in a physiological saline buffer at body temperature. Rapid exchange of labile protons with the hyperpolarized solvent, combined with cross‐relaxation effects (NOEs), leads to boosted signal intensities for many amide 1H–15N correlations in the protein ubiquitin. As the introduction of hyperpolarization to the target protein is mediated via the solvent, the method is applicable to a broad spectrum of target molecules.
Published: 2018

9. Graftable SCoMPIs enable the labeling and X-ray fluorescence imaging of proteins

Author: Takayuki Miki, Sarah Hostachy, Olivier Lequin, Itaru Hamachi, Clotilde Policar, Nicolas Delsuc, Marie Masuda, Andrea Somogyi, Kadda Medjoubi, Sandrine Sagan, Peptides, glycoconjugués et métaux en biologie (LBM-E1), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Kyoto University [Kyoto], Analyse, Interactions Moléculaires et Cellulaires (LBM-E2), Synchrotron SOLEIL (SSOLEIL), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], 010405 organic chemistry, Chemistry, Fluorescence microscope, Biophysics, [CHIM]Chemical Sciences, X-ray fluorescence, Context (language use), General Chemistry, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Fluorescence, 0104 chemical sciences
Abstract: International audience; Bio-imaging techniques alternative to fluorescence microscopy are gaining increasing interest as complementary tools to visualize and analyze biological systems. Among them, X-ray fluorescence microspectroscopy provides information on the local content and distribution of heavy elements (Z $ 14) in cells or biological samples. In this context, similar tools to those developed for fluorescence microscopy are desired, including chemical probes or tags. In this work, we study rhenium complexes as a convenient and sensitive probe for X-ray fluorescence microspectroscopy. We demonstrate their ability to label and sense exogenously incubated or endogenous proteins inside cells. Bio-imaging enables the direct visualization of labeled biomolecules of interest, offering valuable insights into biological processes. Fluorescence microscopy is widely used and offers numerous advantages, including good spatial resolution ($10 2 Â 10 2 nm 2) and availability of numerous probes and tags with high quantum yield and diverse spectroscopic properties. However, uorescence techniques suffer from some drawbacks such as photobleaching. Quantum yields are dependent on the environment, with large variations upon polarity or possible quenching at high concentrations. 1-4 For that reason, absolute quantication using classical uorescence can be tricky. Complementary methods for bio-imaging are now emerging. Microspectroscopies that provide simultaneous information on the local cellular environment can be of particular interest. Recently, vibrational techniques such as infrared microspectros-copies have become more popular, providing spatially resolved chemical information. 5-7 Synchrotron-based X-ray uorescence (SXRF) and absorbance microspectroscopies have also been used for the detection of metal centers in biological samples. 8 Using synchrotron based X-uorescence microspectroscopy (SXRF-MS), the simultaneous collection of data for a large range of elements is carried out, provided their edge energy is lower than the incident energy. Metal-based probes can be imaged using this technique and information on their elemental environment is also immediately available. Moreover, the spatial resolution of this technique is in the 10 nm to 1 mm range, which is relevant for sub-cellular imaging. Finally, XRF is a quantitative technique: 2D-quantication is possible using commercially available standards. Accessibility to new probes for this emerging technique would bolster its use for further investigation of biological mechanisms. Studies have been performed in this direction with the development of particles, quantum dots, polymers containing lanthanide and carbon nanotubes. 9-13 However no graable molecular tag suitable for protein imaging by XRF has been designed so far. Policar's group is strongly interested in the development and use of Re(I) tricarbonyl complexes as multi-modal probes for uorescence microscopy and infrared micro-spectroscopy. 14,15 They display good biocompatibility and stability features, as well as unique spectroscopic properties, and they have been widely used for imaging using a single modality-mainly luminescence 16,17 or as efficient bimodal probes in the mid-IR range and luminescence. 18-27 In the present work, we have investigated the potential of these SCoMPIs (Single Core Multimodal Probes for Imaging) for a new modality, namely X-ray uorescence. The rhenium center displays two intense signals at 8.6 and 10.28 keV, corresponding to its L-bands. Re has a very low natural abundance, 28 which would ease the detection of the SCoMPI-labeled molecule with a high signal-to-noise ratio. Very recently, Massi and Harris have shown that Re complexes can be mapped at the single cell level by XRF. 29 However, X-ray uorescence molecular tags or probes that can be graed onto target biomolecules and that do not modify to a large extent their physico-chemical properties are still needed.
Published: 2018

10. Labeling of Hyaluronic Acids with a Rhenium-Tricarbonyl Tag and Percutaneous Penetration Studied by Multimodal Imaging

Author: Nicolas Delsuc, Lucas Henry, François Lambert, Arlette Baillet-Guffroy, Sarah Hostachy, Clotilde Policar, Hélène Bertrand, Laurence Grimaud, Anne-Sophie Bernard, Cécile Laugel, Christophe Sandt, Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Chimie Analytique Pharmaceutique - Faculté de Pharmacie (Lip(Sys)2), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Synchrotron SOLEIL, Peptides, glycoconjugués et métaux en biologie (LBM-E1), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, Processus d'Activation Sélective par Transfert d'Energie Uni-électronique ou Radiatif (UMR 8640) (PASTEUR), Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Fluorescence-lifetime imaging microscopy, Infrared Rays, Skin Absorption, Biomedical Engineering, Pharmaceutical Science, chemistry.chemical_element, Bioengineering, Human skin, Percutaneous penetration, [CHIM.INOR]Chemical Sciences/Inorganic chemistry, 010402 general chemistry, Multimodal Imaging, 01 natural sciences, Spectroscopy, Fourier Transform Infrared, Microscopy, Humans, Molecule, Hyaluronic Acid, Fluorescent Dyes, Skin, Pharmacology, Multimodal imaging, integumentary system, 010405 organic chemistry, Chemistry, Optical Imaging, Organic Chemistry, Penetration (firestop), Rhenium, 3. Good health, 0104 chemical sciences, Microscopy, Fluorescence, Biotechnology, Biomedical engineering
Abstract: International audience; Hyaluronic acids were labeled with a rhenium-tricarbonyl used as single core multimodal probe for imaging and their penetration into human skin biopsies was studied using IR microscopy and fluorescence imaging (labeled SCoMPI). The penetration was shown to be dependent on the molecular weight of the molecule and limited to the upper layer of the skin.
Published: 2018

11. Validity and reliability of different techniques of neck-shaft angle measurement

Author: Ziad Bakouny, Ismat Ghanem, Joeffroy Otayek, Elie Saghbini, W. Skalli, Joe Ghanimeh, Aren Joe Bizdikian, Fares Yared, G. E. Bakhos, Ayman Assi, Christophe Sauret, Nour Khalil, S. Esber, Laboratoire de Biotechnologie et Microbiologie Appliquée (LBMA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Laboratoire de Biologie Moléculaire et Cellulaire des Eucaryotes (LBMCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de biologie physico-chimique (IBPC (FR_550)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU), Laboratoire de biomécanique (LBM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris 13 (UP13), Université Saint-Joseph de Beyrouth (USJ), Institut de Biomecanique Humaine Georges Charpak, Université Paris 13 (UP13)-Arts et Métiers ParisTech, Laboratoire de Biomécanique et Mécanique des Chocs (LBMC UMR T9406), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux (IFSTTAR), Microorganismes, Molécules Bioactives et Physiopathologie Intestinale (LBM-E4), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Peptides, glycoconjugués et métaux en biologie (LBM-E1), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de biologie physico-chimique (IBPC (FR_550)), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris 13 (UP13)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris- Chimie ParisTech-PSL (ENSCP)-ESPCI ParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris- Chimie ParisTech-PSL (ENSCP)-ESPCI ParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Administrateur Ensam, Compte De Service, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769)
Subjects: Adult, Male, Radiography, Validity, Patient Positioning, 030218 nuclear medicine & medical imaging, 03 medical and health sciences, Femoral head, Young Adult, 0302 clinical medicine, Imaging, Three-Dimensional, [SPI.MECA.BIOM] Engineering Sciences [physics]/Mechanics [physics.med-ph]/Biomechanics [physics.med-ph], medicine, Humans, Radiology, Nuclear Medicine and imaging, Femur, Mécanique: Biomécanique [Sciences de l'ingénieur], Reliability (statistics), Femoral neck, Aged, Orthodontics, Aged, 80 and over, 030222 orthopedics, business.industry, Femur Neck, [SPI.MECA.BIOM]Engineering Sciences [physics]/Mechanics [physics.med-ph]/Biomechanics [physics.med-ph], Reproducibility of Results, Femur Head, General Medicine, Middle Aged, Reference Standards, medicine.anatomical_structure, Lesser Trochanter, Female, Tomography, Diaphyses, business, Tomography, X-Ray Computed
Abstract: International audience; is an open access repository that collects the work of Arts et Métiers ParisTech researchers and makes it freely available over the web where possible. This is an author-deposited version published in: https://sam.ensam.eu Handle ID; AIM: To determine a valid and reliable neck-shaft angle (NSA) measurement method while rotating the pelvises in increments of 5° in order to simulate patient malpositioning.MATERIALS AND METHODS: CT images of 17 patients were used to produce digitally reconstructed radiographs in frontal and lateral views and three-dimensional (3D)-reconstructions of the femurs, considered to be the reference standard. Malpositioning was simulated by axially rotating the frontal radiographs from 0° to 20°. Three operators measured in two-dimensions the NSA using four different methods, three times each, at each axial rotation (AR) position. Method 1 (femoral neck axis drawn by joining the centre of the femoral head (CFH) to the median of the femoral neck base; femoral diaphysis axis drawn by joining the median of two lines passing through the medial and lateral edges of the femoral axis below the lesser trochanter) and method 2 (femoral axis taken as the median of a triangle passing through base of femoral neck and medial and lateral head-neck junction; femoral diaphysis as previous) were described for the first time; method 3 was based on a previous study; method 4 was a free-hand technique. Reliability, validity, and global uncertainty were assessed.RESULTS: Method 1 showed the best reliability and validity. The global uncertainty also showed minimal values for method 1, ranging from 7.4° to 14.3° across AR positions.CONCLUSION: Method 1, based on locating the CFH, was the most reliable and valid method and should be considered as a standardised two-dimensional NSA measurement method for clinical application.
Published: 2017

12. CD4CD8αα Lymphocytes, A Novel Human Regulatory T Cell Subset Induced by Colonic Bacteria and Deficient in Patients with Inflammatory Bowel Disease

Author: Guillaume Meurette, Chantal Bridonneau, Nathalie Labarrière, Anne Jarry, Francine Jotereau, Laurence Preisser, Joe-Marc Chauvin, Frédéric Altare, Karim Asehnoune, Guillaume Sarrabayrouse, Harry Sokol, Elodie Quévrain, Céline Bossard, Université de Nantes (UN), University of Pittsburgh School of Medicine, Pennsylvania Commonwealth System of Higher Education (PCSHE), Biomarqueurs prédictifs de la progression des metaplasies et dysplasies des epitheliums (Biométadys), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Microorganismes, Molécules Bioactives et Physiopathologie Intestinale (LBM-E4), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université d'Angers (UA), Thérapeutiques cliniques et expérimentales des infections (EA 3826) (EA 3826), Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Jarry, Anne, Centre de Recherche en Cancérologie Nantes-Angers (CRCNA), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-Hôtel-Dieu de Nantes-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hôpital Laennec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Faculté de Médecine d'Angers-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Neuropathies du système nerveux entérique et pathologies digestives, implication des cellules gliales entériques, Université de Nantes (UN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Inflammation intestinale, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), The work was supported by grants from FP7, ANR and Cancéropôle Grand Ouest 2009. The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript., Centre de Recherche en Cancérologie / Nantes - Angers (CRCNA), CHU Saint-Antoine [APHP], Bernardo, Elizabeth, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: [SDV.IMM] Life Sciences [q-bio]/Immunology, Regulatory T cell, QH301-705.5, [SDV]Life Sciences [q-bio], réponse immunitaire, Faecalibacterium prausnitzii, cytométrie de flux, chemical and pharmacologic phenomena, Biology, Gut flora, lymphocyte, Inflammatory bowel disease, digestive system, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Immune system, Intestinal mucosa, lymphocyte t, medicine, Biology (General), 030304 developmental biology, 0303 health sciences, General Immunology and Microbiology, General Neuroscience, FOXP3, hemic and immune systems, medicine.disease, biology.organism_classification, maladie inflammatoire intestinale, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], régulateur de réponse, medicine.anatomical_structure, 030220 oncology & carcinogenesis, Immunology, monocyte, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, clostridium, General Agricultural and Biological Sciences, Dysbiosis
Abstract: How the microbiota affects health and disease is a crucial question. In mice, gut Clostridium bacteria are potent inducers of colonic interleukin (IL)-10-producing Foxp3 regulatory T cells (Treg), which play key roles in the prevention of colitis and in systemic immunity. In humans, although gut microbiota dysbiosis is associated with immune disorders, the underlying mechanism remains unknown. In contrast with mice, the contribution of Foxp3 Treg in colitis prevention has been questioned, suggesting that other compensatory regulatory cells or mechanisms may exist. Here we addressed the regulatory role of the CD4CD8 T cells whose presence had been reported in the intestinal mucosa and blood. Using colonic lamina propria lymphocytes (LPL) and peripheral blood lymphocytes (PBL) from healthy individuals, and those with colon cancer and irritable bowel disease (IBD), we demonstrated that CD4CD8 (DP8) T lymphocytes expressed most of the regulatory markers and functions of Foxp3 Treg and secreted IL-10. Strikingly, DP8 LPL and PBL exhibited a highly skewed repertoire toward the recognition of Faecalibacterium prausnitzii, a major Clostridium species of the human gut microbiota, which is decreased in patients with IBD. Furthermore, the frequencies of DP8 PBL and colonic LPL were lower in patients with IBD than in healthy donors and in the healthy mucosa of patients with colon cancer, respectively. Moreover, PBL and LPL from most patients with active IBD failed to respond to F. prausnitzii in contrast to PBL and LPL from patients in remission and/or healthy donors. These data (i) uncover a Clostridium-specific IL-10-secreting Treg subset present in the human colonic LP and blood, (ii) identify F. prausnitzii as a major inducer of these Treg, (iii) argue that these cells contribute to the control or prevention of colitis, opening new diagnostic and therapeutic strategies for IBD, and (iv) provide new tools to address the systemic impact of both these Treg and the intestinal microbiota on the human immune homeostasis. Author Summary It has become evident that bacteria in our gut affect health and disease, but less is known about how they do this. Recent studies in mice showed that gut Clostridium bacteria and their metabolites can activate regulatory T cells (Treg) that in turn mediate tolerance to signals that would ordinarily cause inflammation. In this study we identify a subset of human T lymphocytes, designated CD4CD8 T cells that are present in the surface lining of the colon and in the blood. We demonstrate Treg activity and show these cells to be activated by microbiota; we identify F. prausnitzii, a core Clostridium strain of the human gut microbiota, as a major inducer of these Treg cells. Interestingly, there are fewer F. prausnitzii in individuals suffering from inflammatory bowel disease (IBD), and accordingly the CD4CD8 T cells are decreased in the blood and gut of patients with IBD. We argue that CD4CD8 colonic Treg probably help control or prevent IBD. These data open the road to new diagnostic and therapeutic strategies for the management of IBD and provide new tools to address the impact of the intestinal microbiota on the human immune system.
Published: 2014

13. Challenges and Methods for the Study of CPP Translocation Mechanisms

Author: Astrid Walrant, Nicolas Rodriguez, Françoise Illien, Sandrine Sagan, Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, Bilayer, [SDV]Life Sciences [q-bio], Peptide, Biological membrane, 02 engineering and technology, 021001 nanoscience & nanotechnology, Fluorescence, Fluorescence spectroscopy, Cell membrane, 03 medical and health sciences, Membrane, medicine.anatomical_structure, chemistry, Biophysics, medicine, 0210 nano-technology, Tropism, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology
Abstract: Fluorescence-based methods are widely used to detect crossing of peptides across model or biological membranes. For membrane-active peptides, i.e., peptides that have strong membrane tropism, fluorescence experiments must be accompanied by relevant controls, otherwise they can lead to inconsistent interpretation and underestimation of their limitations. Here we describe how to prepare samples to study fluorescent peptide crossing droplet interface bilayer (model membrane) or cell membrane (biological membrane) and the pitfalls that can affect observational qualitative and quantitative data.
Published: 2022

14. Phenyl Silicates with Substituted Catecholate Ligands: Synthesis, Structural Studies and Reactivity

Author: Heng-Rui Zhang, Etienne Derat, Louis Fensterbank, Aurélie Bernard, Etienne Levernier, Khaoula Jaouadi, Geoffrey Gontard, Laurence Grimaud, Cyril Ollivier, Vincent Corcé, Claire Troufflard, Institut Parisien de Chimie Moléculaire (IPCM), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Méthodes et Application en Chimie Organique (MACO), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), and Ollivier, Cyril
Subjects: chemistry.chemical_classification, 010405 organic chemistry, Chemistry, Ligand, Aryl, Radical, Organic Chemistry, Photoredox catalysis, General Chemistry, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Medicinal chemistry, Catalysis, 0104 chemical sciences, [CHIM.THEO]Chemical Sciences/Theoretical and/or physical chemistry, [CHIM.THEO] Chemical Sciences/Theoretical and/or physical chemistry, chemistry.chemical_compound, Moiety, Reactivity (chemistry), Alkyl
Abstract: International audience; While the generation of aryl radicals by photoredox catalysis is well-documented under reductive conditions, it has remained challenging under an oxidative pathway. Because of the easy photooxidation of alkyl bis-catecholato silicates, a general study on phenyl silicates bearing substituted catecholate ligands has been achieved. The newly synthesized phenyl silicates have been fully characterized and their reactivity has been explored. It was found that thanks to the substitution of the catecholate moiety and notably with the 4-cyanocatecholato ligand, the phenyl radical could be generated and trapped. Computational studies provided a rationale for these findings.
Published: 2021

15. Dissection of the anti-Candida albicans mannan immune response using synthetic oligomannosides reveals unique properties of β-1,2 mannotriose protective epitopes

Author: Sébastien Damiens, Faustine Dubar, Samir Jawhara, Boualem Sendid, Mayeul Collot, Karine Lecointe, Jean-Maurice Mallet, Anne-Sophie Drucbert, Daniel Poulain, Chantal Fradin, Pierre-Marie Danzé, Jean-Pierre Vilcot, Jérôme de Ruyck, Frédéric Grenouillet, Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Facteurs de Risque et Déterminants Moléculaires des Maladies liées au Vieillissement - U 1167 (RID-AGE), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Institut d’Électronique, de Microélectronique et de Nanotechnologie - UMR 8520 (IEMN), Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Polytechnique Hauts-de-France (UPHF)-JUNIA (JUNIA), Université catholique de Lille (UCL)-Université catholique de Lille (UCL), Optoélectronique - IEMN (OPTO - IEMN), INSA Institut National des Sciences Appliquées Hauts-de-France (INSA Hauts-De-France), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut d’Électronique, de Microélectronique et de Nanotechnologie - UMR 8520 (IEMN), Université catholique de Lille (UCL)-Université catholique de Lille (UCL)-Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Polytechnique Hauts-de-France (UPHF)-JUNIA (JUNIA), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), We thank the European Union for funding through the INTERREG V France—Wallonie—Vlaanderen program—SmartBioControl-BIOSENS project and the Programme Hospitalier de Recherche Clinique, CandiGene, 2011–1918., Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire des biomolécules [LBM UMR 7203], Institut de Pathologie [CHU Lille], Laboratoire de Bioimagerie et Pathologies [LBP], Médicaments et biomatériaux à libération contrôlée: mécanismes et optimisation - Advanced Drug Delivery Systems - U 1008 [MBLC - ADDS], Lille Inflammation Research International Center - U 995 [LIRIC], Institut d’Électronique, de Microélectronique et de Nanotechnologie - UMR 8520 [IEMN], Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) [LCE], Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 [UGSF], and Collot, Mayeul
Subjects: Antigens, Fungal, medicine.drug_class, [SDV]Life Sciences [q-bio], Science, Immunology, Oligosaccharides, Monoclonal antibody, Biochemistry, Microbiology, Article, Epitope, Mannans, 03 medical and health sciences, Antigen, Antibody Specificity, Candida albicans, medicine, 030304 developmental biology, Mannan, 0303 health sciences, Multidisciplinary, biology, 030306 microbiology, Chemistry, [CHIM.ORGA]Chemical Sciences/Organic chemistry, Candidiasis, Antibodies, Monoclonal, Surface Plasmon Resonance, [CHIM.ORGA] Chemical Sciences/Organic chemistry, biology.organism_classification, Chemical biology, Corpus albicans, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], Polyclonal antibodies, biology.protein, Medicine, Antibody, Trisaccharides, Epitope Mapping
Abstract: Candida albicans mannan consists of a large repertoire of oligomannosides with different types of mannose linkages and chain lengths, which act as individual epitopes with more or less overlapping antibody specificities. Although anti-C. albicans mannan antibody levels are monitored for diagnostic purposes nothing is known about the qualitative distribution of these antibodies in terms of epitope specificity. We addressed this question using a bank of previously synthesized biotin sulfone tagged oligomannosides (BSTOs) of α and β anomery complemented with a synthetic β-mannotriose described as a protective epitope. The reactivity of these BSTOs was analyzed with IgM isotype monoclonal antibodies (MAbs) of known specificity, polyclonal sera from patients colonized or infected with C. albicans, and mannose binding lectin (MBL). Surface plasmon resonance (SPR) and multiple analyte profiling (MAP) were used. Both methods confirmed the usual reactivity of MAbs against either α or β linkages, excepted for MAb B6.1 (protective epitope) reacting with β-Man whereas the corresponding BSTO reacted with anti-α-Man. These results were confirmed in western blots with native C. albicans antigens. Using patients’ sera in MAP, a significant correlation was observed between the detection of anti-mannan antibodies recognizing β- and α-Man epitopes and detection of antibodies against β-linked mannotriose suggesting that this epitope also reacts with human polyclonal antibodies of both specificities. By contrast, the reactivity of human sera with other α- and β-linked BSTOs clearly differed according to their colonized or infected status. In these cases, the establishment of an α/β ratio was extremely discriminant. Finally SPR with MBL, an important lectin of innate immunity to C. albicans, classically known to interact with α-mannose, also interacted in an unexpected way with the protective epitope. These cumulative data suggest that structure/activity investigations of the finely tuned C. albicans anti-mannose immune response are worthwhile to increase our basic knowledge and for translation in medicine.
Published: 2021

16. How wide is the window opened by high-resolution relaxometry on the internal dynamics of proteins in solution?

Author: Nicolas Bolik-Coulon, Matthias Ernst, Fabien Ferrage, Albert A. Smith, Beat H. Meier, Universität Leipzig [Leipzig], Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Eidgenössische Technische Hochschule - Swiss Federal Institute of Technology [Zürich] (ETH Zürich)
Subjects: Relaxometry, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Biochemistry, Article, [CHIM]Chemical Sciences, Isoleucine, Nuclear Magnetic Resonance, Biomolecular, Spectroscopy, Detector analysis, Ubiquitin, 010405 organic chemistry, Chemistry, Protein dynamics, Resolution (electron density), Relaxation (NMR), Dynamics (mechanics), Detector, Proteins, Rotational diffusion, Nanosecond, Dynamics, 0104 chemical sciences, Solutions, Chemical physics, Solution-state NMR
Abstract: The dynamics of molecules in solution is usually quantified by the determination of timescale-specific amplitudes of motions. High-resolution nuclear magnetic resonance (NMR) relaxometry experiments—where the sample is transferred to low fields for longitudinal (T1) relaxation, and back to high field for detection with residue-specific resolution—seeks to increase the ability to distinguish the contributions from motion on timescales slower than a few nanoseconds. However, tumbling of a molecule in solution masks some of these motions. Therefore, we investigate to what extent relaxometry improves timescale resolution, using the “detector” analysis of dynamics. Here, we demonstrate improvements in the characterization of internal dynamics of methyl-bearing side chains by carbon-13 relaxometry in the small protein ubiquitin. We show that relaxometry data leads to better information about nanosecond motions as compared to high-field relaxation data only. Our calculations show that gains from relaxometry are greater with increasing correlation time of rotational diffusion., Journal of Biomolecular NMR, 75 (2-3), ISSN:0925-2738, ISSN:1573-5001
Published: 2021

17. Fluorogenic Protein Probes with Red and Near‐Infrared Emission for Genetically Targeted Imaging**

Author: Blaise Dumat, Nicolas Pietrancosta, Sylvestre P. J. T. Bachollet, Cyril Addi, Jean-Maurice Mallet, Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and ANR-18-CE44-0006,DIPimaging,Sondes fluorogéniques à double détection pour l'imagerie biphotonique localisée(2018)
Subjects: Diagnostic Imaging, Infrared Rays, Quantum yield, Molecular Dynamics Simulation, Conjugated system, Ligands, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Fluorescence, Catalysis, Humans, [CHIM]Chemical Sciences, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], Fluorescent Dyes, High contrast, 010405 organic chemistry, Chemistry, Organic Chemistry, Near-infrared spectroscopy, Proteins, General Chemistry, Ligand (biochemistry), Fusion protein, In vitro, 0104 chemical sciences, [SDV.BBM.BP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biophysics, HEK293 Cells, Biophysics, HeLa Cells
Abstract: International audience; Fluorogenic probes are important tools to image proteins with high contrast and no wash protocols. In this work, we rationally designed and synthesized a small set of four protein fluorogens with red or near-infrared emission. The fluorophores were characterized in the presence of albumin as a model protein environment and exhibited good fluorogenicity and brightness (fluorescence quantum yield up to 36 %). Once conjugated to a haloalkane ligand, the probes reacted with the protein self-labeling tag HaloTag with a high fluorescence enhancement (up to 156-fold). The spectroscopic properties of the fluorogens and their reaction with HaloTag were investigated in vitro experimentally and with the help of molecular dynamics. The two most promising probes, one in the red and one in the near-infrared range, were finally applied to image the nucleus or actin in live-cell and in wash-free conditions using fluorogenic and chemogenetic targeting of HaloTag fusion proteins.
Published: 2020

18. A DFT Protocol for the Prediction of 31P NMR Chemical Shifts of Phosphine Ligands in First-Row Transition-Metal Complexes

Author: Luca Alessandro Perego, Ilaria Ciofini, Laurence Grimaud, Pierre-Adrien Payard, Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institute of Chemistry for Life and Health Sciences (iCLeHS), Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 010405 organic chemistry, Chemical shift, Organic Chemistry, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, 0104 chemical sciences, Inorganic Chemistry, chemistry.chemical_compound, Transition metal, chemistry, Computational chemistry, [CHIM]Chemical Sciences, Physical and Theoretical Chemistry, Phosphine
Abstract: International audience; While 31P NMR is a major technique to characterize phosphine-ligated transition-metal complexes—which are ubiquitous in catalysis—31P NMR chemical shifts are difficult to predict using empirical rules or tabulated data. Aiming at filling this gap, we propose here guidelines enabling their prediction at a modest computational cost. Rooted in density functional theory, our protocol features structural optimization and magnetic shielding tensor calculations performed at a global hybrid level using a tailored locally dense basis set. Validation on an experimental data series revealed that while a careful conformational analysis is required in the case of flexible phosphines, the use of the free ligand or another complex as a reference for chemical shifts often allows solving this drawback. Applicability to various diamagnetic complexes of first-row transition metals is demonstrated, including large systems relevant to contemporary catalysis.
Published: 2020

19. Understanding the g-tensors of perchlorotriphenylmethyl and Finland-type trityl radicals

Author: Régis Guillot, Leandro C. Tabares, Paul Demay-Drouhard, H. Y. Vincent Ching, Clotilde Policar, Sun Un, Christophe Decroos, Hélène Bertrand, Yun Li, Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), RPE Haut Champ des systèmes biologiques (BHFMR), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences Moléculaires de Marseille (ISM2), Aix Marseille Université (AMU)-École Centrale de Marseille (ECM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Chimie Moléculaire et des Matériaux d'Orsay (ICMMO), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Laboratoire de Chimie des Processus Biologiques (LCPB), Collège de France (CdF (institution))-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Chimie du CNRS (INC), Université Paris sciences et lettres (PSL), Sorbonne Université (SU), Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), and Decroos, Christophe
Subjects: 010405 organic chemistry, Physics, Radical, Heteroatom, General Physics and Astronomy, Protonation, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, 0104 chemical sciences, law.invention, Chemistry, chemistry.chemical_compound, Crystallography, Delocalized electron, chemistry, law, [CHIM] Chemical Sciences, [CHIM]Chemical Sciences, Carboxylate, Physical and Theoretical Chemistry, Methylene, Spin (physics), Electron paramagnetic resonance
Abstract: International audience; The 285 GHz EPR spectra of perchlorotriphenylmethyl and tetrathiatriarylmethyl radicals in frozen solution have been accurately measured. The relationship between their molecular structures and their g-tensors has been investigated with the aid of DFT calculations, revealing that the degree of spin density delocalization away from the central methylene carbon is an important determining factor of the g-anisotropy. In particular, the small amount of spin densities on the Cl or S heteroatoms at the 2 and 6 positions with respect to the central carbon have the strongest influence. Furthermore, the amount of spin densities on these heteroatoms and thus the anisotropy can be modulated by the protonation (esterification) state of the carboxylate groups at the 4 position. These results provide unique insights into the g-anisotropy of persistent trityl radicals and how it can be tuned.
Published: 2020

20. Lipophilic quinolone derivatives: Synthesis and in vitro antibacterial evaluation

Author: Sadowski, Elodie, Bercot, Beatrice, Chauffour, Aurélie, Gomez, Catherine, Varon, Emmanuelle, Mainardis, Mary, Sougakoff, Wladimir, Mayer, Claudine, Sachon, Emmanuelle, Anquetin, Guillaume, Aubry, Alexandra, Centre d'Immunologie et des Maladies Infectieuses (CIMI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Laboratoire Génomique, bioinformatique et chimie moléculaire (GBCM), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Centre Hospitalier Intercommunal de Créteil (CHIC), Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (ICube), École Nationale du Génie de l'Eau et de l'Environnement de Strasbourg (ENGEES)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Strasbourg (INSA Strasbourg), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Matériaux et Nanosciences Grand-Est (MNGE), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Réseau nanophotonique et optique, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Microbiologie structurale - Structural Microbiology (Microb. Struc. (UMR_3528 / U-Pasteur_5)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Spectrométrie de masse de Sorbonne Université [IBPS] (MS3U), Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Interfaces, Traitements, Organisation et Dynamique des Systèmes (ITODYS (UMR_7086)), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Université Paris Cité (UPCité), The work was supported by grants from the order of Malta Grants for Leprosy Research, QUIET Lutech MA077/SL00091 – ref UPMCX13042 from the SATT LUTECH and ANR DETONATOR., ANR-20-CE18-0030,DETONATOR,Décryptage du mode d'action de nouveaux antituberculeux prometteurs(2020), Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses (CIMI), Centre National de Référence des Mycobactéries et de la Résistance aux Antituberculeux [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Université Sorbonne Paris Nord, Service de Bactériologie et d'Hygiène Hospitalière [CHU Pitié-Salpêtrière], Institut National des Sciences Appliquées - Strasbourg (INSA Strasbourg), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale du Génie de l'Eau et de l'Environnement de Strasbourg (ENGEES)-Réseau nanophotonique et optique, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Matériaux et nanosciences d'Alsace (FMNGE), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Université de Paris (UP), Noel, Anne-Laure, Décryptage du mode d'action de nouveaux antituberculeux prometteurs - - DETONATOR2020 - ANR-20-CE18-0030 - AAPG2020 - VALID, and Centre National de Référence des Mycobactéries et de la Résistance aux Antituberculeux [CHU Pitié-Salpêtrière] (CNR-MyRMA)
Subjects: Dose-Response Relationship, Drug, Molecular Structure, [CHIM.THER] Chemical Sciences/Medicinal Chemistry, ESKAPE, Microbial Sensitivity Tests, [CHIM.THER]Chemical Sciences/Medicinal Chemistry, Quinolones, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Neisseria gonorrhoeae, Anti-Bacterial Agents, Antibacterial, Structure-Activity Relationship, Synthesis, [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Hydrophobic and Hydrophilic Interactions, Fluoroquinolones
Abstract: International audience; This paper reports on the design of a series of 10 novel lipophilic piperazinyl derivatives of the 1-cyclopropyl-6-fluoro-8-methoxy-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxylic acid, their synthesis, their characterisation by 1H, 13C and 19F NMR, IR spectroscopy and HRMS, as well as their biological activity against bacteria of medical interest. Among these derivatives, 2 were as potent as the parent quinolone against Neisseriagonorrhoeae whereas all the compounds displayed lower activity than the parent quinolone against other bacteria of medical interest. Our results showing that the increased lipophilicity was deleterious for antibacterial activity may help to design new quinolone derivatives in the future, especially lipophilic quinolones which have been poorly investigated previously.
Published: 2022

21. Selective Capture of Anti-N-glucosylated NTHi Adhesin Peptide Antibodies by a Multivalent Dextran Conjugate

Author: Jean-Maurice Mallet, Roberta Lanzillo, Francesca Nuti, Feliciana Real Fernández, Anna Maria Papini, Vincenzo Brescia Morra, Paolo Dambruoso, Antonio Mazzoleni, Paolo Rovero, Monica Bertoldo, Mazzoleni, Antonio, Real-Fernandez, Feliciana, Nuti, Francesca, Lanzillo, Roberta, Brescia Morra, Vincenzo, Dambruoso, Paolo, Bertoldo, Monica, Rovero, Paolo, Mallet, Jean-Maurice, Papini, Anna Maria, Università degli Studi di Firenze = University of Florence [Firenze] (UNIFI), Università degli studi di Napoli Federico II, Istituto per la Sintesi Organica e la Fotoreattività, Consiglio Nazionale delle Ricerche, Viale dell'Università, Istituto per la Sintesi Organica e la Fotoreattività - ISOF (Bologne, Italie), Consiglio Nazionale delle Ricerche [Bologna] (CNR), Università degli Studi di Ferrara (UniFE), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Université Paris sciences et lettres (PSL)
Subjects: Glycosylation, dextran conjugate, Peptide, 02 engineering and technology, 01 natural sciences, Biochemistry, Epitope, Sepharose, PE5_7, chemistry.chemical_classification, biology, Molecular Structure, [CHIM.ORGA]Chemical Sciences/Organic chemistry, Microbial Sensitivity Test, Bacterial, Dextrans, 021001 nanoscience & nanotechnology, Adhesins, Autoantibodie, peptide, Anti-Bacterial Agents, Molecular Medicine, ELISA, Antibody, 0210 nano-technology, Human, multivalence, Microbial Sensitivity Tests, 010402 general chemistry, Adhesins, Bacterial, Autoantibodies, Haemophilus influenzae, Humans, Peptides, NO, Antigen, Anti-Bacterial Agent, Avidity, antibody capture, Molecular Biology, Dextran, Organic Chemistry, Molecular biology, 0104 chemical sciences, Bacterial adhesin, chemistry, biology.protein, antibody caption, Conjugate
Abstract: International audience; Tentacle-like polymers decorated with several copies of peptide antigens can be interesting tools to increase the ability to capture circulating antibodies in patient sera, using cooperative effects for stronger avidity. We previously showed that antibodies from multiple sclerosis (MS) patient sera preferentially recognize hyperglucosylated adhesin protein HMW1 of non-typeable Haemophilus influenzae (NTHi) . We selected the C-terminal HMW1(1347-1354) minimal epitope and prepared the diglucosylated analogue Ac-KAN(Glc)VTLN(Glc)TTG-K(N 3 )-NH 2 to graft a 40 kDa dextran scaffold modified with glycidyl-propargyl moieties to perform a copper catalysed alkyne-azide coupling reaction (CuAAC). Quantitative NMR measurements allowed to characterize the peptide loading (19.5%) on the multivalent dextran conjugate. This novel polymeric structure displayed optimal capturing properties of both IgG and, more interestingly, IgM antibodies in MS sera. Specific antibodies from a representative MS serum, were successfully depleted using a sepharose resin bearing the new glucosylated multivalent conjugate, as confirmed by ELISA. These results may offer a promising proof-of-concept for the selective purification of high affinity autoantibodies from sera of patients affected by autoimmune patients, in general, and of specific high affinity antibodies against a minimal glycosylated epitope Asn(Glc) from sera of multiple sclerosis (MS) patients, in particular.
Published: 2022

22. Rational De Novo Design of a Cu Metalloenzyme for Superoxide Dismutation

Author: Audrey E. Tolbert, Emilie Mathieu, Vincent L. Pecoraro, James E. Penner-Hahn, Cédric Tard, Clotilde Policar, Karl J. Koebke, Olga Iranzo, Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris sciences et lettres (PSL), Sorbonne Université (SU), Department of Chemistry, University of Michigan, University of Michigan [Ann Arbor], University of Michigan System-University of Michigan System, Laboratoire de chimie moléculaire (LCM), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X), Institut des Sciences Moléculaires de Marseille (ISM2), Aix Marseille Université (AMU)-École Centrale de Marseille (ECM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and École polytechnique (X)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Stereochemistry, Protein design, chemistry.chemical_element, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Article, Catalysis, Metal, Superoxide dismutase, chemistry.chemical_compound, Metalloproteins, Metalloprotein, [CHIM]Chemical Sciences, Amino Acid Sequence, Enzyme Assays, chemistry.chemical_classification, biology, Protein Stability, Superoxide Dismutase, 010405 organic chemistry, Superoxide, Organic Chemistry, Electron Spin Resonance Spectroscopy, Temperature, Active site, Bioinorganic chemistry, General Chemistry, Copper, 3. Good health, 0104 chemical sciences, chemistry, visual_art, biology.protein, visual_art.visual_art_medium, Thermodynamics, Peptides
Abstract: Superoxide dismutases (SODs) are highly efficient enzymes for superoxide dismutation and the first line of defense against oxidative stress. These metalloproteins contain a redox-active metal ion in their active site (Mn, Cu, Fe, Ni) with a tightly controlled reduction potential found in a close range around the optimal value of 0.36 V versus the normal hydrogen electrode (NHE). Rationally designed proteins with well-defined three-dimensional structures offer new opportunities for obtaining functional SOD mimics. Here, we explore four different copper-binding scaffolds: H3 (His3 ), H4 (His4 ), H2 DH (His3 Asp with two His and one Asp in the same plane) and H3 D (His3 Asp with three His in the same plane) by using the scaffold of the de novo protein GRα3 D. EPR and XAS analysis of the resulting copper complexes demonstrates that they are good CuII -bound structural mimics of Cu-only SODs. Furthermore, all the complexes exhibit SOD activity, though three orders of magnitude slower than the native enzyme, making them the first de novo copper SOD mimics.
Published: 2019

23. The small molecule inhibitor anle145c thermodynamically traps human islet amyloid peptide in the form of non-cytotoxic oligomers

Author: Saravanan, Manikam S, Ryazanov, Sergey, Leonov, Andrei, Nicolai, Janine, Praest, Patrique, Giese, Armin, Winter, Roland, Khemtemourian, Lucie, Griesinger, Christian, Killian, J Antoinette, Sub Membrane Biochemistry & Biophysics, Membrane Biochemistry and Biophysics, Sub Membrane Biochemistry & Biophysics, Membrane Biochemistry and Biophysics, Utrecht University [Utrecht], Max Planck Institute for Biophysical Chemistry (MPI-BPC), Max-Planck-Gesellschaft, Georg-August-University [Göttingen], Technische Universität Dortmund [Dortmund] (TU), University Medical Center [Utrecht], University-Hospital Munich-Großhadern [München], Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Chimie et Biologie des Membranes et des Nanoobjets (CBMN), École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Prions, lcsh:Medicine, Peptide, Protein aggregation, 010402 general chemistry, Fibril, 01 natural sciences, Biophysical Phenomena, Article, Cell Line, Small Molecule Libraries, Protein Aggregates, 03 medical and health sciences, Animals, Humans, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, oligomers, anle145c, Amino Acid Sequence, Cytotoxicity, Mode of action, General, lcsh:Science, Peptide sequence, chemistry.chemical_classification, geography, Multidisciplinary, geography.geographical_feature_category, Intrinsically disordered proteins, Cell Death, lcsh:R, [CHIM.MATE]Chemical Sciences/Material chemistry, Islet, Small molecule, Islet Amyloid Polypeptide, Rats, 0104 chemical sciences, Kinetics, 030104 developmental biology, chemistry, Biophysics, Thermodynamics, lcsh:Q, Protein Multimerization
Abstract: Type 2 diabetes (T2DM) is associated with aggregation of the human islet amyloid polypeptide (hIAPP) into cytotoxic amyloid species. Here we tested the effect of a diphenylpyrazole (DPP)-derived small molecule inhibitor, anle145c, on cytotoxicity and on aggregation properties of hIAPP. We demonstrate that incubation of hIAPP with the inhibitor yields ~10 nm-sized non-toxic oligomers, independent of the initial aggregation state of hIAPP. This suggests that anle145c has a special mode of action in which anle145c-stabilized oligomers act as a thermodynamic sink for the preferred aggregation state of hIAPP and anle145c. We also demonstrate that the inhibitor acts in a very efficient manner, with sub-stoichiometric concentrations of anle145c being sufficient to (i) inhibit hIAPP-induced death of INS-1E cells, (ii) prevent hIAPP fibril formation in solution, and (iii) convert preformed hIAPP fibrils into non-toxic oligomers. Together, these results indicate that anle145c is a promising candidate for inhibition of amyloid formation in T2DM.
Published: 2019

24. Identification and Quantification of Glycans in Whole Cells: Architecture of Microalgal Polysaccharides Described by Solid-State Nuclear Magnetic Resonance

Author: Tuo Wang, Artur Muszyński, Alexandre A. Arnold, Malitha C. Dickwella Widanage, Parastoo Azadi, Dror E. Warschawski, Isabelle Marcotte, Alexandre Poulhazan, Université du Québec à Montréal = University of Québec in Montréal (UQAM), Louisiana State University (LSU), University of Georgia [USA], Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), EADS Innovation Works [Toulouse], EADS - European Aeronautic Defense and Space, Département de Chimie [Montréal], Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Gestionnaire, HAL Sorbonne Université 5
Subjects: [CHIM.POLY] Chemical Sciences/Polymers, Glycan, glycolipids, [CHIM.ANAL] Chemical Sciences/Analytical chemistry, carbohydrates, Chlorella, 010402 general chemistry, Polysaccharide, 01 natural sciences, Biochemistry, Catalysis, Article, Cell wall, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Colloid and Surface Chemistry, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Polysaccharides, Bioproducts, Carbohydrate Conformation, Microalgae, [CHIM]Chemical Sciences, Glycosyl, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Nuclear Magnetic Resonance, Biomolecular, 030304 developmental biology, mass spectrometry, chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, biology, Chemistry, starch, General Chemistry, biology.organism_classification, Xylan, 0104 chemical sciences, [CHIM.POLY]Chemical Sciences/Polymers, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Solid-state nuclear magnetic resonance, biology.protein, solid-state NMR, cell wall
Abstract: International audience; Microalgae are photosynthetic organisms widely distributed in nature and serve as a sustainable source of bioproducts. Their carbohydrate components are also promising candidates for bioenergy production and bioremediation, but the structural characterization of these heterogeneous polymers in cells remains a formidable problem. Here we present a widely applicable protocol for identifying and quantifying the glycan content using magic-angle-spinning (MAS) solid-state NMR (ssNMR) spectroscopy, with validation from glycosyl linkage and composition analysis deduced from mass-spectrometry (MS). Two-dimensional 13 C− 13 C correlation ssNMR spectra of a uniformly 13 C-labeled green microalga Parachlorella beijerinckii reveal that starch is the most abundant polysaccharide in a naturally cellulose-deficient strain, and this polymer adopts a well-organized and highly rigid structure in the cell. Some xyloses are present in both the mobile and rigid domains of the cell wall, with their chemical shifts partially aligned with the flat-ribbon 2-fold xylan identified in plants. Surprisingly, most other carbohydrates are largely mobile, regardless of their distribution in glycolipids or cell walls. These structural insights correlate with the high digestibility of this cellulose-deficient strain, and the in-cell ssNMR methods will facilitate the investigations of other economically important algae species.
Published: 2021

25. Impact of anti-tumor necrosis factor agents on the risk of colorectal cancer in patients with ulcerative colitis: nationwide French cohort study Short title: Colorectal cancer and anti-TNF in UC

Author: Charkaoui, Maeva, Hajage, David, Tubach, Florence, Laurent, Beaugerie, Kirchgesner, Julien, Service d'Hépato-Gastro-Entérologie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Service de Département de santé publique, CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service de Gastroentérologie et nutrition [CHU Saint-Antoine], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Département de santé publique [CHU Pitié-Salpêtrière], CHU Saint-Antoine [AP-HP], Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Gestionnaire, HAL Sorbonne Université 5
Subjects: inflammatory bowel disease, colorectal cancer, [SDV.MHEP.HEG]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology, [SDV.MHEP.HEG] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology, ulcerative colitis
Abstract: International audience; Background and Aims: Patients with ulcerative colitis (UC) are at increased risk of colorectal cancer. Anti-tumor necrosis factor agents (anti-TNF) aim to reduce chronic colonic inflammation and may lower the risk of colorectal cancer (CRC), but the impact of anti-TNF exposure has not yet been assessed in population-based cohort studies. The aim of this nationwide study was to assess the risk of CRC in patients with UC exposed to anti-TNF. Methods: Based on the French health insurance database, patients aged 18 years or older with a diagnosis of UC, previously exposed to or initiating immunosuppressive treatment were followed from 1 January 2009 until 31 December 2018. The risk of CRC associated with anti-TNF exposure was assessed using marginal structural Cox proportional hazard models adjusting for baseline and time-varying comorbidities including primary sclerosing cholangitis, UC disease activity, colonoscopic surveillance, and other medications. Results: Among 32,403 patients with UC, 15,542 (48.0%) were exposed to anti-TNF. During a median follow-up of 6.1 years (198,249 person-years), 246 incident CRC occurred (incidence rate per 1000 person-years, 1.24; 95% CI, 1.10-1.41). While the risk of CRC associated with anti-TNF exposure was not decreased in the overall group of patients with UC (HR, 0.85; 95% CI, 0.58-1.26), anti-TNF exposure was associated with a decreased risk of CRC in patients with long-standing colitis (disease duration ≥ 10 years) (HR, 0.41; 95% CI, 0.20-0.86). Conclusions: In a nationwide cohort of patients with UC, anti-TNF exposure was associated with a decreased risk of CRC in patients with long-standing colitis.
Published: 2021

26. Growth-phase dependence of bacterial membrane lipid profile and labeling for in-cell solid-state NMR applications

Author: Jean-Philippe Bourgouin, Florent Laydevant, Mahsa Mahabadi, Alexandre A. Arnold, Laurence Caron, Isabelle Marcotte, Pierre Llido, Dror E. Warschawski, Université du Québec à Montréal = University of Québec in Montréal (UQAM), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: Magnetic Resonance Spectroscopy, Lipid Bilayers, Biophysics, Phospholipid, Palmitic Acid, Bacillus subtilis, 030204 cardiovascular system & hematology, Bacterial growth, medicine.disease_cause, Biochemistry, Palmitic acid, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Membrane Lipids, 0302 clinical medicine, medicine, Escherichia coli, Phospholipids, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Growth medium, Bacteria, biology, Cell Membrane, Cell Biology, biology.organism_classification, Deuterium, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Membrane, chemistry, GCMS
Abstract: International audience; Cell labeling is a preliminary step in multiple biophysical approaches, including the solid-state nuclear magnetic resonance (NMR) study of bacteria in vivo. Deuterium solid-state NMR has been used in the past years to probe bacterial membranes and their interactions with antimicrobial peptides, following a standard labeling protocol. Recent results from our laboratory on a slow-growing bacterium has shown the need to optimize this protocol, especially the bacterial growth time before harvest and the concentration of exogenous labeled fatty acids to be used for both Escherichia coli and Bacillus subtilis. It is also essential for the protocol to remain harmless to cells while providing optimal labeling. We have therefore developed a fast and facile approach to monitor the lipid composition of bacterial membranes under various growth conditions, combining solution 31P NMR and GCMS. Using this approach, the optimized labeling conditions of Escherichia coli and Bacillus subtilis with deuterated palmitic acid were determined. Our results show a modification of B. subtilis phospholipid profile as a function of the growth stage, as opposed to E. coli. Our protocol recommends low concentrations of exogenous palmitic acid in the growth medium, and bacteria harvest after the exponential phase.
Published: 2021

27. Antitumor Activity and Mechanism of Action of Hormonotoxin, an LHRH Analog Conjugated to Dermaseptin-B2, a Multifunctional Antimicrobial Peptide

Author: Couty, Mickael, Dusaud, Marie, Miro-Padovani, Mickael, Zhang, Liuhui, Zadigue, Patricia, Zargarian, Loussiné, Lequin, Olivier, Taille, Alexandre de la, Delbe, Jean, Hamma-Kourbali, Yamina, Amiche, Mohamed, Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Laboratoire de biologie et pharmacologie appliquée (LBPA), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Normale Supérieure Paris-Saclay (ENS Paris Saclay), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biosynthèse des Signaux Peptidiques [IBPS] (IBPS-BIOSIPE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Amiche, Mohamed, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: frog skin peptides, Cell Survival, QH301-705.5, antimicrobial peptide (AMP), Mice, Nude, Antineoplastic Agents, Apoptosis, Phyllomedusa bicolor, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, [SDV.MHEP.UN]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Urology and Nephrology, Amphibian Proteins, Article, LHRH, Gonadotropin-Releasing Hormone, Mice, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, therapeutic peptides, Cell Movement, Cell Line, Tumor, Neoplasms, Animals, Humans, Immunologic Factors, anticancer drug, Amino Acid Sequence, Biology (General), QD1-999, dermaseptin, prostate cancer, Xenograft Model Antitumor Assays, [SDV.MHEP.UN] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Urology and Nephrology, Anti-Bacterial Agents, Chemistry, [SDV.SP.PHARMA] Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences/Pharmacology, [SDV.SP.PHARMA]Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences/Pharmacology, Antimicrobial Peptides, Antimicrobial Cationic Peptides
Abstract: International audience; Prostate cancer is the most common cancer in men. For patients with advanced or metastatic prostate cancer, available treatments can slow down its progression but cannot cure it. The development of innovative drugs resulting from the exploration of biodiversity could open new therapeutic alternatives. Dermaseptin-B2, a natural multifunctional antimicrobial peptide isolated from Amazonian frog skin, has been reported to possess antitumor activity. To improve its pharmacological properties and to decrease its peripheral toxicity and lethality we developed a hormonotoxin molecule composed of dermaseptin-B2 combined with d-Lys6-LHRH to target the LHRH receptor. This hormonotoxin has a significant antiproliferative effect on the PC3 tumor cell line, with an IC50 value close to that of dermaseptin-B2. Its antitumor activity has been confirmed in vivo in a xenograft mouse model with PC3 tumors and appears to be better tolerated than dermaseptin-B2. Biophysical experiments showed that the addition of LHRH to dermaseptin-B2 did not alter its secondary structure or biological activity. The combination of different experimental approaches indicated that this hormonotoxin induces cell death by an apoptotic mechanism instead of necrosis, as observed for dermaseptin-B2. These results could explain the lower toxicity observed for this hormonotoxin compared to dermaseptin-B2 and may represent a promising targeting approach for cancer therapyY
Published: 2021

28. Impact of milk polar lipid supplementation on postprandial bile acid composition

Author: Le Barz, Mélanie, Vors, Cecile, L, Humbert, Gauliard, Emilie, Gaborit, Paul, Lambert Porcheron, Stéphanie, Ouchchane, Lemlih, Vidal, Hubert, Malpuech Brugère, Corinne, Rainteau, Dominique, Michalski, Marie-Caroline, Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre de Recherche en Nutrition Humaine Rhône-Alpes (CRNH-RA), Université de Lyon-Université de Lyon-CHU Grenoble-Hospices Civils de Lyon (HCL)-CHU Saint-Etienne-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA), Laboratoire de Physique de l'ENS Lyon (Phys-ENS), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), ACTALIA [Villers-Bocage], Université Clermont Auvergne (UCA), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne] (CHU ST-E)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-CHU Grenoble-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Actalia [Saint-Lô], Université de Lyon-Université de Lyon-CHU Grenoble-Hospices Civils de Lyon (HCL)-CHU Saint-Etienne-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and BOGUAIS, SANDRINE
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: International audience; Bile acids (BA) are the end products of cholesterol catabolism and may act as signalling molecules and metabolic regulators of energy homeostasis. Disorders in BA metabolism can lead to liver and cardiovascular diseases. In a 4-week double-blind RCT, we demonstrated that the daily consumption of a cream cheese enriched with 3 or 5g of milk polar lipids (PL) improved lipid metabolism by reducing hypercholesterolemia in overweight postmenopausal women. Postprandial (pp) metabolic explorations (0-480 min) were performed before and after the intervention, including a standardized high fat-high sucrose breakfast at fasting and a standardized lunch containing the test cream cheese at 240min. We aimed to determine the effect of milk PL on circulating BA in the fasting and pp state. Before intervention, serum concentration of total fasting BA in the 3 groups was within physiological concentrations (
Published: 2021

29. Spin relaxation: under the sun, anything new?

Author: Bogdan A. Rodin, Daniel Abergel, nternational Tomography Center (ITC), Novosibirsk State University, Pirogova St. 2, Novosibirsk 630090, Russia, Novosibirsk State University (NSU), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Abergel, Daniel, Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Physics, [PHYS]Physics [physics], Quantum mechanics, Relaxation (NMR), Master equation, Core (graph theory), [CHIM] Chemical Sciences, Spectral density, [CHIM]Chemical Sciences, Spin relaxation, Quantum, [PHYS] Physics [physics]
Abstract: Spin relaxation has been at the core of many studies since the early days of NMR, and the undelying theory worked out by its founding fathers. However, this theory has been recently questioned (Bengs and Levitt (2020)) in the light of Linblad theory of quantum Markovian master equations. In this article, we review the conventional approach of quantum mechanical theory of NMR relaxation and show that under the usual assumptions, it is equivalent to the Linblad formulation. We also comment on the debate over semi-classical versus quantum versions of spectral density functions involved in relaxation.
Published: 2021

30. Investigating the action of the microalgal pigment marennine on Vibrio splendidus by in vivo 2H and 31P solid-state NMR

Author: Alexandre A. Arnold, Dror E. Warschawski, Réjean Tremblay, Jean-Sébastien Deschênes, Jean-Luc Mouget, Isabelle Marcotte, Zeineb Bouhlel, Université du Québec à Montréal = University of Québec in Montréal (UQAM), Mer, molécules et santé EA 2160 (MMS), Université de Nantes - UFR des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques, Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Le Mans Université (UM)-Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: 0301 basic medicine, 030102 biochemistry & molecular biology, biology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Biophysics, Phospholipid, Cell Biology, Antimicrobial, biology.organism_classification, Biochemistry, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, 030104 developmental biology, Membrane, Marine bacteriophage, chemistry, In vivo, [SDE]Environmental Sciences, Membrane fluidity, medicine, [CHIM]Chemical Sciences, Bacteria, Polymyxin B, medicine.drug
Abstract: International audience; This work investigates the potential probiotic effect of ma rennine-a natural pigme nt produ ced by the diatom Haslea ostrearia-on Vibrio splendidus. These ma rine bacteria are often considered a threat for aquacu lture; therefore, ch em ical antibiotics can be required to redu ce bacterial outbreaks. In vi vo 2 H solid-state NMR was used to probe the effects of ma rennine on the bacterial me mbrane in the exponential and stationary ph ases. Comparisons were ma de with polymyxin B (PxB)-an antibiotic used in aquacu lture and known to interact with Gram (−) bacteria me mbranes. We also investigated the effect of ma rennine using 31 P solidstate NMR on model me mbranes. Our results show that ma rennine has little effect on ph osph olipid headgroups dynamics, bu t redu ces the acyl ch ain fluidity. Our data suggest that the two antimicrobial agents perturb V. splendidus me mbranes through different me ch anism s. While PxB would alter the bacterial outer and inner me mbranes, ma rennine would act through a me mbrane stiffening me ch anism , without affecting the bilayer integrity. Our stud y proposes this microalgal pigme nt, wh ich is harm less for hu ma ns, as a potential treatme nt against vibriosis.
Published: 2021

31. Inverse Conformational Selection in Lipid–Protein Binding

Author: Matti Javanainen, Salla I. Virtanen, Fernando Favela-Rosales, Chris Papadopoulos, Antonio Peón, Amélie Bacle, Anne M. Kiirikki, Patrick F.J. Fuchs, O. H. Samuli Ollila, Pavel Buslaev, Ángel Piñeiro, Rebeca García-Fandiño, Paula Milán Rodríguez, Tiago Mendes Ferreira, Markus S. Miettinen, Jesper J. Madsen, Josef Melcr, Ivan Gushchin, Thomas J. Piggot, Lipotoxicity and Channelopathies - ConicMeds (LitCh), Signalisation et Transports Ioniques Membranaires (STIM), Université de Poitiers-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Poitiers-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Nanoscience Center [Jyväskylä Univ] (NSC@JYU), University of Jyväskylä (JYU), Moscow Institute of Physics and Technology [Moscow] (MIPT), Centro de Investigación en Química Biolóxica e Materiais Moleculares (CIQUS ), Universidade de Santiago de Compostela [Spain] (USC ), Universidade do Porto = University of Porto, Tecnológico Nacional de México (TecNM), Martin-Luther-University Halle-Wittenberg, Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), UFR Sciences du Vivant [Sciences] - Université Paris Cité (UFR SDV UPCité), Université Paris Cité (UPCité), Institute of Organic Chemistry and Biochemistry of the Czech Academy of Sciences (IOCB / CAS), Czech Academy of Sciences [Prague] (CAS), HiLIFE - Institute of Biotechnology [Helsinki] (BI), Helsinki Institute of Life Science (HiLIFE), Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki-Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki, University of Chicago, University of South Florida [Tampa] (USF), Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB), University of Groningen [Groningen], Max Planck Institute of Colloids and Interfaces, Max-Planck-Gesellschaft, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Southampton, Molecular Dynamics, Institute of Biotechnology, Biophysical chemistry, Gestionnaire, Hal Sorbonne Université, Université Paris Cité - UFR Sciences du Vivant [Sciences] (UPCité - UFR SDV), Université de Poitiers-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Poitiers-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universidade do Porto, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Paris - UFR Sciences du Vivant [Sciences] (UP - UFR SDV), Université de Paris (UP), University of Helsinki-University of Helsinki, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: DYNAMICS, ELECTRIC CHARGE, BILAYERS, PHOSPHATIDYLCHOLINE HEADGROUP, Membrane lipids, DEUTERIUM, Plasma protein binding, Molecular Dynamics Simulation, lipidit, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Biochemistry, biomolekyylit, Catalysis, 03 medical and health sciences, Molecular dynamics, kemialliset sidokset, Colloid and Surface Chemistry, Protein structure, PHOSPHOLIPID-BINDING, MAGNETIC-RESONANCE, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, SEGMENTAL ORDER, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Conformational ensembles, Nuclear Magnetic Resonance, Biomolecular, 030304 developmental biology, chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, Chemistry, Biomolecule, MEMBRANE-LIPIDS, Proteins, Phosphatidylglycerols, General Chemistry, computer.file_format, Protein Data Bank, Lipids, 0104 chemical sciences, Biophysics, Phospholipid Binding, Phosphatidylcholines, MAS NMR, 1182 Biochemistry, cell and molecular biology, lipids (amino acids, peptides, and proteins), proteiinit, computer, Protein Binding
Abstract: International audience; Interest in lipid interactions with proteins and other biomolecules is emerging not only in fundamental biochemistry but also in the field of nanobiotechnology where lipids are commonly used, for example, in carriers of mRNA vaccines. The outward-facing components of cellular membranes and lipid nanoparticles, the lipid headgroups, regulate membrane interactions with approaching substances, such as proteins, drugs, RNA, or viruses. Because lipid headgroup conformational ensembles have not been experimentally determined in physiologically relevant conditions, an essential question about their interactions with other biomolecules remains unanswered: Do headgroups exchange between a few rigid structures, or fluctuate freely across a practically continuous spectrum of conformations? Here, we combine solid-state NMR experiments and molecular dynamics simulations from the NMRlipids Project to resolve the conformational ensembles of headgroups of four key lipid types in various biologically relevant conditions. We find that lipid headgroups sample a wide range of overlapping conformations in both neutral and charged cellular membranes, and that differences in the headgroup chemistry manifest only in probability distributions of conformations. Furthermore, the analysis of 894 protein-bound lipid structures from the Protein Data Bank suggests that lipids can bind to proteins in a wide range of conformations, which are not limited by the headgroup chemistry. We propose that lipids can select a suitable headgroup conformation from the wide range available to them to fit the various binding sites in proteins. The proposed inverse conformational selection model will extend also to lipid binding to targets other than proteins, such as drugs, RNA, and viruses.
Published: 2021

32. How to best estimate the viscosity of lipid bilayers

Author: Gamal Rayan, Martin Picard, Wladimir Urbach, Vladimir Adrien, Isabelle Broutin, Ksenia Astafyeva, Nicolas Taulier, Patrick F.J. Fuchs, Laboratoire de physique de l'ENS - ENS Paris (LPENS), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-Département de Physique de l'ENS-PSL, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), Cibles Thérapeutiques et conception de médicaments (CiTCoM - UMR 8038), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire de biologie physico-chimique des protéines membranaires (LBPC-PM (UMR_7099)), Institut de biologie physico-chimique (IBPC (FR_550)), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Mécanismes Moléculaires Membranaires, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-Département de Physique de l'ENS-PSL, Laboratoire d'Imagerie Biomédicale (LIB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Taulier, Nicolas, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP)-Sorbonne Université (SU)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de physique de l'ENS - ENS Paris (LPENS (UMR_8023)), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP)
Subjects: Fluorescence-lifetime imaging microscopy, FLIM, Diffusion, [PHYS.PHYS.PHYS-BIO-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Biological Physics [physics.bio-ph], Lipid Bilayers, Biophysics, 02 engineering and technology, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Biochemistry, lipids, Viscosity, Lipid bilayer, Molecular diffusion, [PHYS.PHYS.PHYS-BIO-PH] Physics [physics]/Physics [physics]/Biological Physics [physics.bio-ph], Chemistry, Bilayer, Organic Chemistry, Fluorescence recovery after photobleaching, 021001 nanoscience & nanotechnology, 0104 chemical sciences, Membrane, Microscopy, Fluorescence, Chemical physics, FRAP, Hydrodynamics, fluorescence, 0210 nano-technology, bilayers
Abstract: The viscosity of lipid bilayers is a property relevant to biological function, as it affects the diffusion of membrane macromolecules. To determine its value, and hence portray the membrane, various literature-reported techniques lead to significantly different results. Herein we compare the results issuing from two widely used techniques to determine the viscosity of membranes: the Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy (FLIM), and Fluorescence Recovery After Photobleaching (FRAP). FLIM relates the time of rotation of a molecular rotor inserted into the membrane to the macroscopic viscosity of a fluid. Whereas FRAP measures molecular diffusion coefficients. This approach is based on a hydrodynamic model connecting the mobility of a membrane inclusion to the viscosity of the membrane. We show that: - The first method is very sensitive to local changes in viscosity; however, most often it would only provide the viscosity of the hydrophobic part of the membrane. - The membrane viscosity is adequately estimated when the hydrodynamic model approach is applied to the mobility of micrometric size membrane inclusion but not for nanometric size inclusions such as lipids or proteins. In this case, the calculated value extracted from the same hydrodynamic model characterizes the interaction of the given nano-inclusion with the bilayer instead of the bilayer viscosity. This article emphasizes the pitfalls to be avoided and the rules to be observed in order to obtain a value of the bilayer viscosity that characterizes the bilayer instead of interactions between the bilayer and the embedded probe.
Published: 2021

33. Finding Adapted Quinones for Harvesting Electrons from Photosynthetic Algae Suspensions

Author: Luca Alessandro Perego, Benjamin Bailleul, Marc Arderiu Romero, Louis Escudero, Frédéric Lemaître, Adnan Sayegh, Jérôme Delacotte, Manon Guille-Collignon, Laurence Grimaud, Processus d'Activation Sélective par Transfert d'Energie Uni-électronique ou Radiatif (UMR 8640) (PASTEUR), Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Biologie du chloroplaste et perception de la lumière chez les micro-algues, Institut de biologie physico-chimique (IBPC (FR_550)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and HAL-SU, Gestionnaire
Subjects: Photocurrent, 0303 health sciences, quinones, photosynthesis, biology, Chemistry, Electron, Chlamydomonas reinhardtii algae, 010402 general chemistry, biology.organism_classification, Electrochemistry, Photochemistry, Photosynthesis, photocurrent, 01 natural sciences, Catalysis, 0104 chemical sciences, 03 medical and health sciences, Algae, electrochemistry, [CHIM] Chemical Sciences, [CHIM]Chemical Sciences, 030304 developmental biology
Abstract: International audience; Among all the chemical and biotechnological strategies implemented to extract energy from oxygenic photosynthesis, several concern the use of intact photosynthetic organisms (algae, cyanobacteria…). This means rerouting (fully or partially) the electron flow from the photosynthetic chain to an outer collecting electrode thus generating a photocurrent. While diverting photosynthetic electrons from living biological systems is an encouraging approach, this strategy is limited by the need to use an electron shuttle. Redox mediators that are able to interact with an embedded photosynthetic chain are rather scarce. In this respect, exogenous quinones are the most frequently used. Unfortunately, some of them also act as poisoning agents within relatively long timeframes. It thus raises the question of the best quinone. In this work, we use a previously reported electrochemical device to analyze the performance of different quinones. Photocurrents (maximum photocurrent, stability) were measured from suspensions of Chlamydomonas reinhardtii algae/quinones by chronoamperometry and compared to parameters like quinone redox potentials or cytotoxic concentration. From these results, several quinones were synthesized and analyzed in order to find the best compromise between bioelectricity production and toxicity.
Published: 2021

34. A Scoring System to Determine Patients' Risk of Colectomy Within 1 Year After Hospital Admission for Acute Severe Ulcerative Colitis Short title: Predictors of colectomy in patients with ASUC

Author: Le Baut, Guillaume, Kirchgesner, Julien, Amiot, Aurélien, Lefevre, Jérémie, Chafai, Najim, Landman, Cécilia, Nion, Isabelle, Bourrier, Anne, Delattre, Charlotte, Martineau, Chloé, Sokol, Harry, Seksik, Phillipe, Nguyen, Yann, Marion, Yoann, Lebreton, Gil, Carbonnel, Franck, Viennot, Stéphanie, Beaugerie, Laurent, Institut de sciences exactes et appliquées (ISEA), Université de la Nouvelle-Calédonie (UNC), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHI Créteil, Service de chirurgie générale et digestive [CHU Saint-Antoine], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Service de Gastroentérologie et nutrition [CHU Saint-Antoine], Institut Lavoisier de Versailles (ILV), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Beaujon [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Service d'Hépato-gastro-entérologie [APHP Kremlin-Bicêtre], AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Saint Antoine IBD Network: Lionel Arrive, Laurent Beaugerie, Anne Bourrier, Marine Camus, Najim Chafai, Ulriikka Chaput, Chloé Martineau, Laurence Cholley Monnier, Clotilde Debove, Xavier Dray, Jean-François Fléjou, Guillaume Le Gall, Nadia Hoyeau, Julien Kirchgesner, Cecilia Landman, Jérémie H Lefevre, Philippe Marteau, Isabelle Nion-Larmurier, Violaine Ozenne, Yann Parc, Philippe Seksik, Harry Sokol, Magali Svrcek, Emmanuel Tiret, Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre de Recherche Saint-Antoine (CRSA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), and Gestionnaire, HAL Sorbonne Université 5
Subjects: IBD Outcome, Predictors, Prognostic Factor, [SDV.MHEP.HEG]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology, CDI, [SDV.MHEP.HEG] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology
Abstract: International audience; Background & AimsThere is consensus on the criteria used to define acute severe ulcerative colitis (ASUC) and on patient management, but it has been a challenge to identify patients at risk for colectomy based on data collected at hospital admission. We aimed to develop a system to determine patients’ risk of colectomy within 1 y of hospital admission for ASUC based on clinical, biomarker, and endoscopy data.MethodsWe performed a retrospective analysis of consecutive patients with ASUC treated with corticosteroids, ciclosporin, or tumor necrosis factor (TNF) antagonists and admitted to 2 hospitals in France from 2002 through 2017. Patients were followed until colectomy or loss of follow up. A total of 270 patients with ASUC were included in the final analysis, with a median follow-up time of 30 months (derivation cohort). Independent risk factors identified by Cox multivariate analysis were used to develop a system to identify patients at risk for colectomy 1 y after ASUC. We developed a scoring system based on these 4 factors (1 point for each item) to identify high-risk (score 3 or 4) vs low-risk (score 0) patients. We validated this system using data from an independent cohort of 185 patients with ASUC treated from 2006 through 2017 at 2 centers in France.ResultsIn the derivation cohort, the cumulative risk of colectomy was 12.3% (95% CI, 8.6–16.8). Based on multivariate analysis, previous treatment with TNF antagonists or thiopurines (hazard ratio [HR], 3.86; 95% CI, 1.82–8.18), Clostridioides difficile infection (HR, 3.73; 95% CI, 1.11–12.55), serum level of C-reactive protein above 30 mg/L (HR, 3.06; 95% CI, 1.11–8.43), and serum level of albumin below 30 g/L (HR, 2.67; 95% CI, 1.20–5.92) were associated with increased risk of colectomy. In the derivation cohort, the cumulative risks of colectomy within 1 y in patients with scores of 0, 1, 2, 3, or 4 were 0.0%, 9.4% (95% CI, 4.3%–16.7%), 10.6% (95% CI, 5.6%–17.4%), 51.2% (95% CI, 26.6%–71.3%), and 100%. Negative predictive values ranged from 87% (95% CI, 82%–91%) to 92% (95% CI, 88%–95.0%). Findings from the validation cohort were consistent with findings from the derivation cohort.ConclusionsWe developed a scoring system to identify patients at low-risk vs high-risk for colectomy within 1 y of hospitalization for ASUC, based on previous treatment with TNF antagonists or thiopurines, C difficile infection, and serum levels of CRP and albumin. The system was validated in an external cohort.
Published: 2021

35. Corrigendum to 'Binding and crossing: Methods for the characterization of membrane-active peptides interactions with membranes at the molecular level' [Arch. Biochem. Biophys. 699 (2021) 108751]

Author: Sandrine Sagan, Emmanuelle Sachon, Astrid Walrant, Sophie Cribier, Nicolas Rodriguez, Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and SAGAN, Sandrine
Subjects: 0303 health sciences, Chemistry, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030302 biochemistry & molecular biology, Biophysics, Biochemistry, [SDV] Life Sciences [q-bio], 03 medical and health sciences, Membrane, Molecular level, Arch, Molecular Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology
Abstract: International audience; No abstract available
Published: 2021

36. Tryptophan, an Amino-Acid Endowed with Unique Properties and Its Many Roles in Membrane Proteins

Author: Khemaissa, Sonia, Sagan, Sandrine, Walrant, Astrid, Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and HAL-SU, Gestionnaire
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], noncovalent interactions, Crystallography, QD901-999, [SDV]Life Sciences [q-bio], tryptophan, membrane proteins
Abstract: International audience; Tryptophan is an aromatic amino acid with unique physico-chemical properties. It is often encountered in membrane proteins, especially at the level of the water/bilayer interface. It plays a role in membrane protein stabilization, anchoring and orientation in lipid bilayers. It has a hydrophobic character but can also engage in many types of interactions, such as π–cation or hydrogen bonds. In this review, we give an overview of the role of tryptophan in membrane proteins and a more detailed description of the underlying noncovalent interactions it can engage in with membrane partners.
Published: 2021

37. Mimes peptidiques du domaine C-terminal de la thrombospondine-1 ciblant l'axe TSP1-CD47 : analyse de leur potentiel thérapeutique pour déclencher une mort immunogène des cellules cancéreuses

Author: Gómez-Morales, Luis, Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Sorbonne Université, Universidad autónoma de Nuevo León, Philippe Karoyan, and Ana Carolina Martínez Torres
Subjects: Mort cellulaire immunogène, Mimes peptidiques, Calcium, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Mort cellulaire régulée, [CHIM.THER]Chemical Sciences/Medicinal Chemistry, Peptides thérapeutiques, CD47, Thrombospondine-1, Immunogenic cell death, Therapeutic peptides, Peptide mimics, Thrombospondin-1
Abstract: Our team developed PKHB1, a peptide mimic of TSP1 able to induce caspase independent and Ca2+ dependent cell death in chronic lymphocytic leukemia (CLL), involving the activity of PLCG1, which overexpression correlates with CLL progression. In the present thesis, the therapeutic potential of PKHB1 against T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL), breast, and lung cancer was assessed. PKHB1 induced Ca2+ dependent cancer cell death. PKHB1 was not toxic to human nor murine peripheral blood mononuclear cells, nor to mouse cells from primary or secondary lymphoid organs. In immunocompetent mice, PKHB1 reduced the growth of T-ALL and breast cancer as it promoted immune cell recruitment to the tumor site. PKHB1 induced immunogenic cell death, as demonstrated by the release of damage-associated molecular patterns by dying cells, mechanistic ex vivo experiments using co-cultures of PKHB1-killed cells, dendritic cells, and T cells, prevention of tumor establishment by prophylactic vaccination, remission in tumor-bearing mice after therapeutic vaccination with PKHB1-killed cells, and prevention of tumor establishment in mice in remission after rechallenged with viable cancer cells. Moreover, optimization of PKHB1 potency using a homotrimerization approach to mimic the homotrimeric nature of TSP1 was assessed. Structure-activity-relationship studies led to the discovery of a homotrimer, [PKT16]3, ten times more potent than PKHB1 to induce Ca2+-dependent cell death in CLL and lung cancer cells, proving that structural modifications can improve the potency of TSP1 peptide mimics.; Nuestro equipo desarrolló PKHB1, un péptido mimético de la TSP1 capaz de inducir muerte celular independiente de caspasas y dependiente de Ca2+ en leucemia linfocítica crónica (CLL) que involucra la actividad de la PLCγ1, cuya sobreexpresión correlaciona con la progresión de la CLL. En la presente tesis, se evaluó el potencial terapéutico de PKHB1 contra la leucemia linfoblástica aguda de células T (T-ALL), cáncer de mama y de pulmón. PKHB1 indujo la muerte de células cancerosas de manera dependiente de Ca2+. PKHB1 no fue tóxico en células mononucleares de sangre periférica humana ni murina, ni en células de órganos linfoides primarios o secundarios de ratón. En ratones inmunocompetentes, PKHB1 redujo el crecimiento de tumores de T-ALL y de cáncer de mama, y promovió el reclutamiento de células del sistema inmune al sitio del tumor. PKHB1 indujo muerte celular inmunogénica, como lo demuestran la liberación de patrones moleculares asociados daño por las células moribundas, experimentos mecanísticos ex vivo utilizando co-cultivos de células muertas por PKHB1, células dendríticas y células T, la prevención del establecimiento de tumores mediante vacunación profiláctica, la remisión en ratones portadores de tumores tras la vacunación terapéutica con células muertas con PKHB1, y la prevención del establecimiento de tumores en ratones en remisión después de un re-reto con células cancerosas viables. Además, se evaluó la optimización de la potencia de PKHB1 usando un enfoque de homotrimerización para imitar la naturaleza homotrimérica de TSP1. Estudios de relación estructuraactividad llevaron al descubrimiento de un homotrímero, [PKT16]3, diez veces más potente que PKHB1 para inducir muerte celular dependiente de Ca2+ en células de CLL y de cáncer de pulmón, lo que demuestra que las modificaciones estructurales pueden mejorar la potencia de los péptidos miméticos de la TSP1.; Notre équipe a développé peptide mimant de la TSP1, i.e. PKHB1, capable d’activer une mort caspases-indépendante et Ca2+-dépendante de cellules de leucémie lymphoïde chronique (LLC). Le mécanisme implique la PLCG1 dont les niveaux d'expression corrèlent avec la progression de la maladie. Dans cette thèse, nous avons exploré le potentiel thérapeutique de PKHB1 contre la leucémie lymphoblastique aiguë à cellules T (T-ALL), le cancer du sein et du poumon. PKHB1 n'est pas toxique pour les cellules saines humaines ou murines et induit une mort des lignées tumorales Ca2+-dépendante. Chez les souris immunocompétentes, PKHB1 réduit la masse des tumeurs (T-ALL et cancer du sein) en favorisant le recrutement des cellules immunitaires au niveau du site tumoral. PKHB1 induit une mort cellulaire immunogène, démontrée par la libération des «DAMPS» (ensemble de molécules relarguées par les cellules endommagées), par des études mécanistiques ex vivo utilisant des co-cultures des cellules cancéreuses tuées par PKHB1 (PKHB-1-TCL), des cellules dendritiques et de lymphocytes T, par la vaccination prophylactique avec PKHB1-TCL prévenant l'établissement des tumeurs, la rémission des tumeurs avec la vaccination thérapeutique par les PKHB1-TCL, et par la prévention de l'établissement des tumeurs chez la souris en rémission après une réexposition au cellules tumorales. De plus, une étude de relation structure-activité nous a permis d’optimiser nos peptides. Un analogue homotrimerique, [PKT16]3, à l’image de la TSP1, s’est révélé dix fois plus puissant que PKHB1 pour induire la mort cellulaire dans la LLC et le cancer du poumon, démontrant que l’optimisation des mimes peptidiques de la TSP1 est possible.
Published: 2021

38. Foreword to: Biophysical studies of membrane systems and interactions - Commemorative issue in honour of Professor Michèle Auger

Author: K. V. Lakshmi, Dror E. Warschawski, Isabelle Marcotte, Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Université du Québec à Montréal = University of Québec in Montréal (UQAM)
Subjects: media_common.quotation_subject, Membrane lipids, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030303 biophysics, Lipid Bilayers, Biophysics, Biochemistry, Auger, 03 medical and health sciences, Magnetics, Humans, [CHIM]Chemical Sciences, Nuclear Magnetic Resonance, Biomolecular, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, media_common, 0303 health sciences, Chemistry, Membrane structure, Proteins, Cell Biology, Research Personnel, Honour, Crystallography, Membrane, Solid-state nuclear magnetic resonance, [SDE]Environmental Sciences
Abstract: International audience
Published: 2021

39. Influence of the Dabcyl group on the cellular uptake of cationic peptides: short oligoarginines as efficient cell-penetrating peptides

Author: Levente E. Dókus, Zsuzsa Baranyai, Ildikò Szabò, Shiroh Futaki, Kenichi Kawano, Ferenc Hudecz, Sandrine Sagan, Zoltán Bánóczi, Shoko Ise, Françoise Illien, Mo'ath Yousef, Szilvia Bősze, Eötvös Loránd University (ELTE), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Kyoto University [Kyoto], École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Kyoto University, and HAL-SU, Gestionnaire
Subjects: 0301 basic medicine, Drug conjugates, Clinical Biochemistry, Cell, Antineoplastic Agents, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Biochemistry, p-Dimethylaminoazobenzene, 03 medical and health sciences, Cations, Neoplasms, Tumor Cells, Cultured, medicine, Cationic cell-penetrating peptides, Humans, Distribution (pharmacology), [CHIM]Chemical Sciences, [SDV.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Cell Proliferation, Antitumor activity, Chemistry, Organic Chemistry, Cationic polymerization, Cell-penetrating peptides, [SDV.SP]Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences, Oligoarginine, 0104 chemical sciences, [SDV.SP] Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences, Vesicular transport protein, Cytosol, 030104 developmental biology, medicine.anatomical_structure, Förster resonance energy transfer, Biophysics, Original Article, Peptides, Oligopeptides, Conjugate
Abstract: Cell-penetrating peptides (CPPs) are promising delivery vehicles. These short peptides can transport wide range of cargos into cells, although their usage has often limitations. One of them is the endosomatic internalisation and thus the vesicular entrapment. Modifications which increases the direct delivery into the cytosol is highly researched area. Among the oligoarginines the longer ones (n > 6) show efficient internalisation and they are well-known members of CPPs. Herein, we describe the modification of tetra- and hexaarginine with (4–((4–(dimethylamino)phenyl)azo)benzoyl) (Dabcyl) group. This chromophore, which is often used in FRET system increased the internalisation of both peptides, and its effect was more outstanding in case of hexaarginine. The modified hexaarginine may enter into cells more effectively than octaarginine, and showed diffuse distribution besides vesicular transport already at low concentration. The attachment of Dabcyl group not only increases the cellular uptake of the cell-penetrating peptides but it may affect the mechanism of their internalisation. Their conjugates with antitumor drugs were studied on different cells and showed antitumor activity. Supplementary Information The online version contains supplementary material available at 10.1007/s00726-021-03003-w.
Published: 2021

40. A di-Copper Peptidyl Complex Mimics the Activity of Catalase, a Key Antioxidant Metalloenzyme

Author: Marion Thauvin, Clara Testard, Evangelia Trigoni, Nicolas Delsuc, Martin J. Stillman, Clotilde Policar, Amandine Vincent, Sophie Vriz, Koudedja Coulibaly, Adyn Melenbacher, Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB), Labex MemoLife, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU), University of Western Ontario (UWO), Université Paris Cité (UPCité), Delsuc, Nicolas, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), and Université de Paris (UP)
Subjects: Antioxidant, antioxidant, medicine.medical_treatment, [CHIM.THER] Chemical Sciences/Medicinal Chemistry, electrospray ionization mass spectrometry, Peptide, [CHIM.THER]Chemical Sciences/Medicinal Chemistry, 010402 general chemistry, medicine.disease_cause, 01 natural sciences, Antioxidants, Inorganic Chemistry, HeLa, Metalloproteins, [CHIM] Chemical Sciences, medicine, Tumor Cells, Cultured, Humans, [CHIM]Chemical Sciences, Catalase mimic, Physical and Theoretical Chemistry, Overproduction, copper complex, chemistry.chemical_classification, reactive oxygen species, Reactive oxygen species, biology, 010405 organic chemistry, Hydrogen Peroxide, biology.organism_classification, Catalase, Fluorescence, peptide, 0104 chemical sciences, Biochemistry, chemistry, biology.protein, Peptides, Oxidative stress, Copper, combinatorial chemistry, HeLa Cells
Abstract: International audience; Catalases (CAT) are antioxidant metalloenzymes necessary for life in oxygen-metabolizing cells to regulate H 2 O 2 concentration by accelerating its dismutation. Many physio-pathological situations are associated with oxidative stress resulting from H 2 O 2 overproduction during which antioxidant defenses are overwhelmed. We have used a combinatorial approach associated with an activity-based screening to discover a first peptidyl di copper complex mimicking CAT. The complex was studied in detail and characterized for its CAT activity both in solution and in cells using different analytical methods. The complex exhibited CAT activity in solution and, more interestingly, on HyPer HeLa cells which possess a genetically encoded ratiometric fluorescent sensors of H 2 O 2. These results highlight the efficiency of a combinatorial approach for the discovery of peptidyl complexes that exhibit catalytic activity.
Published: 2021

41. Early Days of Two-Dimensional Ion Cyclotron Resonance

Author: Geoffrey Bodenhausen, Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), Gestionnaire, Hal Sorbonne Université, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: analytical_chemistry, parent ions, [SDV]Life Sciences [q-bio], precursor ions, Pharmaceutical Science, Context (language use), Bibliometrics, 010402 general chemistry, Atmosphere (architecture and spatial design), 01 natural sciences, Analytical Chemistry, QD241-441, Political science, Drug Discovery, Applied research, Physical and Theoretical Chemistry, two-dimensional Fourier-transform (2D FT) spectroscopy, 010401 analytical chemistry, Organic Chemistry, daughter ions, 0104 chemical sciences, Epistemology, [SDV] Life Sciences [q-bio], ion cyclotron resonance (ICR), nuclear magnetic resonance, Chemistry (miscellaneous), Perspective, Molecular Medicine, Theoretical psychology, Ion cyclotron resonance
Abstract: This contribution is an attempt to reconstruct the favorable atmosphere that prevailed in Lau-sanne in 1986-87 and provided the backdrop of our invention of two-dimensional ion cyclotron resonance mass spectroscopy (2D ICR-MS). To avoid a self-centered histoire d’ancien combattant, we shall try to emphasize the context, the contributions of key players within our nascent research group at UNIL and the established group of Tino Gäumann at EPFL, the role of external speakers, and the open atmosphere that was not yet polluted by bibliometrics, obsessive concern with im-pact factors, and top-down management of research. We shall also explain why the idea of 2D ICR-MS has been ignored for many years and still has a limited impact: different scientific cul-tures in the ICR and NMR communities, different concerns with fundamental vs. applied research, different status of theory and numerical simulations, different levels of commitment of instrument manufacturers, not to mention many theoretical problems that appear to be at least as challenging in ICR as in NMR.
Published: 2021

42. Mannose-Coated Fluorescent Lipid Microparticles for Specific Cellular Targeting and Internalization via Glycoreceptor-Induced Phagocytosis

Author: Pascal Matton, Blaise Dumat, Laurent Cattiaux, Léa Pinon, Lorraine Montel, Jean-Maurice Mallet, Jacques Fattaccioli, Dumat, Blaise, Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Processus d'Activation Sélective par Transfert d'Energie Uni-électronique ou Radiatif (UMR 8640) (PASTEUR), Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pierre-Gilles de Gennes pour la Microfluidique, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Physique des Solides (LPS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)
Subjects: fluorescent glycolipids, Phagocytosis, media_common.quotation_subject, Biomedical Engineering, Mannose, Cellular targeting, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Biomaterials, oil-in-water emulsion droplets, carbohydrateslectins interactions, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Cell surface receptor, [SDV.IB.BIO]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Biomaterials, Internalization, mannose receptor, 030304 developmental biology, media_common, 0303 health sciences, biology, [CHIM.ORGA]Chemical Sciences/Organic chemistry, Biochemistry (medical), phagocytosis, Lectin, General Chemistry, [CHIM.ORGA] Chemical Sciences/Organic chemistry, Fluorescence, 0104 chemical sciences, Cell biology, [SDV.IB.BIO] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Biomaterials, [CHIM.THEO]Chemical Sciences/Theoretical and/or physical chemistry, [CHIM.THEO] Chemical Sciences/Theoretical and/or physical chemistry, chemistry, biology.protein, Mannose receptor
Abstract: International audience; In this work we report on the development of mannose-coated fluorescent lipid microparticles to study the role of C-type lectin membrane receptor in phagocytosis. The micrometric droplets of soybean oil in water emulsion were functionalized with a tailor-made fluorescent mannolipid. The amphiphilic ligand was built from a mannose unit, a lipid C11 spacer and a naphthalimide fluorophore. The droplets functionalization was monitored by fluorescence microscopy as well as the interaction with concanavalin A which was used as a model lectin in vitro. The use of a monovalent ligand on the surface of emulsion droplets yielded particles with an affinity approximately 40 times higher than that of free mannose. In cellulo, the coated droplets were shown to be specifically internalized by macrophages in a receptor-dependent phagocytic pathway. The naked droplets on the other hand display very little internalization due to their low immunogenicity. This work thus brings evidence that C-type lectin membrane receptors may act as phagocytic receptors. The droplets functionalization with the tailored amphiphilic fluorescent ligand and the droplets functionalization also provides insights into the development of organic fluorescent particles that may prove useful for developing targeted imaging and delivery tools.
Published: 2019

43. Protein Dynamics from Accurate Low-Field Site-Specific Longitudinal and Transverse Nuclear Spin Relaxation

Author: Jean-Nicolas Dumez, Jean-Max Tyburn, Samuel F. Cousin, Fabien Ferrage, Pavel Kadeřávek, Nicolas Bolik-Coulon, Thorsten Marquardsen, Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Bruker Biospin GmbH, bruker, Bruker BioSpin [Wissembourg], Chimie Et Interdisciplinarité : Synthèse, Analyse, Modélisation (CEISAM), Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Dumez, Jean-Nicolas
Subjects: 0301 basic medicine, 030103 biophysics, Relaxometry, Field (physics), [SDV.BBM.BP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biophysics, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Molecular physics, Motion, 03 medical and health sciences, low-field NMR spectroscopy, General Materials Science, Physical and Theoretical Chemistry, Nuclear Magnetic Resonance, Biomolecular, Larmor precession, Physics, Carbon Isotopes, Ubiquitin, Protein dynamics, Demagnetizing field, Relaxation (NMR), Proteins, Nanosecond, 0104 chemical sciences, Magnetic field, high-field NMR spectroscopy, [CHIM.THEO]Chemical Sciences/Theoretical and/or physical chemistry, [SDV.BBM.BP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biophysics, [CHIM.THEO] Chemical Sciences/Theoretical and/or physical chemistry, nuclear magnetic resonance, Kinetics, Magnetic Fields, NMR relaxation, protein dynamics, Protons
Abstract: International audience; Nuclear magnetic relaxation provides invaluable quantitative site-specific information on the dynamics of complex systems. Determining dynamics on nanosecond timescales requires relaxation measurements at low magnetic fields, incompatible with high-resolution NMR. Here, we use a two-field NMR spectrometer to measure carbon-13 transverse and longitudinal relaxation rates at a field as low as 0.33 T (proton Larmor frequency 14 MHz) in specifically labeled sidechains of the protein ubiquitin. The use of radiofrequency pulses enhances the accuracy of measurements as compared to high-resolution relaxometry approaches, where the sample is moved in the stray field of the superconducting magnet. Importantly, we demonstrate that accurate measurements at a single low magnetic field provide enough information to characterize complex motions on low nanosecond timescales, which opens a new window for the determination of site-specific nanosecond motions in complex systems such as proteins.
Published: 2019

44. CYP46A1 gene therapy deciphers the role of brain cholesterol metabolism in Huntington’s disease

Author: Antonin Lamaziere, Coline Mounier, Wilhelm Christaller, Sandrine Betuing, Peter Vanhoutte, Satish Sasidharan Nair, Jocelyne Caboche, Nicolas Heck, Radhia Kacher, Vincent Kappes, Nathalie Cartier, Valérie Messent, Gaëtan Despres, Elodie Perrin, Laurent Venance, Frédéric Saudou, Yulia Dembitskaya, Christian Neri, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Signalisation Neuronale et Régulations Géniques = Neuronal Signaling and Gene Regulation (NPS-02), Neurosciences Paris Seine (NPS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Neurobiologie des processus adaptatifs (NPA), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Team Dynamic and Pathophysiology of Neuronal Networks, Center for Interdisciplinary Research in Biology (CIRB), Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB), Labex MemoLife, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), [GIN] Grenoble Institut des Neurosciences (GIN), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA), Genetique et Biotherapies des Maladies Degeneratives et Proliferatives du Systeme Nerveux (Inserm U745), Institut des sciences du Médicament -Toxicologie - Chimie - Environnement (IFR71), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - 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Paris 5 (UPD5)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Neurobiologie pharmacologique, Collège de France (CdF)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Curie-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Thérapie génique, Génomique et Epigénomique (U 1169), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Dynamics and Pathophysiology of neuronal networks, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Vanhoutte, Peter, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Institut du Cerveau = Paris Brain Institute (ICM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: 0301 basic medicine, Huntingtin, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Tropomyosin receptor kinase B, Disease, Axonal Transport, Mice, 0302 clinical medicine, Neural Pathways, Medicine, Gene Knock-In Techniques, Cells, Cultured, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Cerebral Cortex, Huntingtin Protein, Membrane Glycoproteins, Brain, Oxysterols, Dependovirus, Protein-Tyrosine Kinases, 3. Good health, Huntington Disease, Neuroprotective Agents, neuroprotection, [SDV.NEU]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC], Proteasome Endopeptidase Complex, autophagy, Genetic Vectors, Mice, Transgenic, Endosomes, Protein Aggregation, Pathological, Neuroprotection, 03 medical and health sciences, Huntington's disease, mental disorders, Cholesterol 24-Hydroxylase, Animals, Humans, synaptic transmission, [SDV.NEU] Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC], Brain-derived neurotrophic factor, business.industry, Brain-Derived Neurotrophic Factor, Autophagy, cholesterol, Genetic Therapy, medicine.disease, Corpus Striatum, Mice, Inbred C57BL, 030104 developmental biology, Proteasome, Rotarod Performance Test, Neurology (clinical), business, transcriptome, Neuroscience, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: Dysfunctions in brain cholesterol homeostasis have been extensively related to brain disorders. The main pathway for brain cholesterol elimination is its hydroxylation into 24S-hydroxycholesterol by the cholesterol 24-hydrolase, CYP46A1. Increasing evidence suggests that CYP46A1 has a role in the pathogenesis and progression of neurodegenerative disorders, and that increasing its levels in the brain is neuroprotective. However, the mechanisms underlying this neuroprotection remain to be fully understood. Huntington’s disease is a fatal autosomal dominant neurodegenerative disease caused by an abnormal CAG expansion in huntingtin’s gene. Among the multiple cellular and molecular dysfunctions caused by this mutation, altered brain cholesterol homeostasis has been described in patients and animal models as a critical event in Huntington’s disease. Here, we demonstrate that a gene therapy approach based on the delivery of CYP46A1, the rate-limiting enzyme for cholesterol degradation in the brain, has a long-lasting neuroprotective effect in Huntington’s disease and counteracts multiple detrimental effects of the mutated huntingtin. In zQ175 Huntington’s disease knock-in mice, CYP46A1 prevented neuronal dysfunctions and restored cholesterol homeostasis. These events were associated to a specific striatal transcriptomic signature that compensates for multiple mHTT-induced dysfunctions. We thus explored the mechanisms for these compensations and showed an improvement of synaptic activity and connectivity along with the stimulation of the proteasome and autophagy machineries, which participate to the clearance of mutant huntingtin (mHTT) aggregates. Furthermore, BDNF vesicle axonal transport and TrkB endosome trafficking were restored in a cellular model of Huntington’s disease. These results highlight the large-scale beneficial effect of restoring cholesterol homeostasis in neurodegenerative diseases and give new opportunities for developing innovative disease-modifying strategies in Huntington’s disease.
Published: 2019

45. Benzophenone Photoreactivity in a Lipid Bilayer To Probe Peptide/Membrane Interactions: Simple System, Complex Information

Author: Gilles Clodic, Emmanuelle Sachon, Lucrèce Matheron, Carla Kirschbaum, Leïla Bechtella, Marine Cosset, Gérard Bolbach, Astrid Walrant, Sandrine Sagan, Institut de Biologie Intégrative (IFR-BI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Chimie Structurale Organique et Biologique (CSOB), Institut Parisien de Chimie Moléculaire (IPCM), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), University of Cambridge [UK] (CAM), Analyse, Interactions Moléculaires et Cellulaires (LBM-E2), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris
Subjects: Ultraviolet Rays, Lipid Bilayers, Peptide, Cell-Penetrating Peptides, 010402 general chemistry, Mass spectrometry, 01 natural sciences, Analytical Chemistry, Benzophenones, chemistry.chemical_compound, Tandem Mass Spectrometry, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Benzophenone, Non-covalent interactions, Amino Acid Sequence, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], Lipid bilayer, Phospholipids, chemistry.chemical_classification, Chemistry, Fatty Acids, 010401 analytical chemistry, Combinatorial chemistry, 0104 chemical sciences, [SDV.BBM.BP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biophysics, Cholesterol, Cross-Linking Reagents, Membrane, Oxidation-Reduction
Abstract: International audience; Affinity photo-cross-linking coupled to mass spec-trometry, using benzophenone (Bzp)-functionalized peptides, was used to study the noncovalent interactions of cell-penetrating peptides and lipid membranes. Using biomimetic lipid vesicles composed of saturated and unsaturated negatively charged lipids, DMPG (14:0), DPPG (16:0), DOPG (18:1 cis Δ 9), 18:1 (trans Δ 9) PG, and DLoPG (18:2 cis Δ 9, 12), allowed observation of all the classical and less common reactivities of Bzp described in the literature by direct MS analysis: CC double bond formation on saturated fatty acids, covalent adducts formation via classical C−C bond, and Paterno-Buchi oxetane formation followed or not by fragmentation (retro-Paterno-Buchi) as well as photosensitization of unsaturated lipids leading to lipid dimers. All these reactions can occur concomitantly in a single complex biological system: a membrane-active peptide inserted within a phospholipid bilayer. We also detect oxidation species due to the presence of radical oxygen species. This work represents a noteworthy improvement for the characterization of interacting partners using Bzp photo-cross-linking, and it shows how to exploit in an original way the different reactivities of Bzp in the context of a lipid membrane. We propose an analytical workflow for the interpretation of MS spectra, giving access to information on the CPP/lipid interaction at a molecular level such as depth of insertion or membrane fluidity in the CPP vicinity. An application of this workflow illustrates the role of cholesterol in the CPP/lipids interaction.
Published: 2019

46. Intrications organo-psychiatriques : le concept de troubles psychiatriques complexes, quels examens complémentaires ?

Author: Antonin Lamaziere, Jérôme Guéchot, Jean Capron, Julien Rossignol, Alaina Borden, Florian Ferreri, Bluenn Quillerou, Arsène Mekinian, Philippe Nuss, Alexis Bourla, Stéphane Mouchabac, Sorbonne Université (SU), Service de psychiatrie adulte [CHU Saint-Antoine], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Service de Neurologie [CHU Saint-Antoine], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre de Ressources Biologiques HUEP-UPMC (CRB HUEP-UPMC), UMS omique (OMIQUE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Microorganismes et physiopathologie intestinale (ERL INSERM U1157 - CNRS UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Service de Médecine Interne [CHU Saint-Antoine], and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)
Subjects: medicine.medical_specialty, Recall, Heart disease, business.industry, MEDLINE, General Medicine, Depressive Syndrome, medicine.disease, 3. Good health, 030227 psychiatry, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, [SDV.MHEP.PSM]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Psychiatrics and mental health, Psychiatric diagnosis, Medicine, business, Psychiatry, 030217 neurology & neurosurgery, Anxiety disorder
Abstract: International audience; The purpose of this article is to describe complex psychiatric disorders, to recall “minimal classical” explorations in psychiatry, to describe the concept of “complex psychiatric disorders” and to propose a systematized method of exploration.Some organic diseases are well known for their links with psychiatric disorders (manic syndrome and hyperthyroidism, depressive syndrome and corticotropic insufficiency, anxiety disorder and heart disease, etc.).Many other neurological, autoimmune, metabolic, paraneoplastic or endocrine pathologies can have essentially psycho-behavioral manifestations before being neurological or systemic.A large number of factors (nutritional, toxic, immunological, etc.), often ignored, influence the links between organicity and psychiatric pathologies.It is necessary to optimize the medical management of these patients in whom the psychiatric diagnosis masks a curable organo-psychiatric cause.; Cet article a pour objectifs de décrire des troubles psychiatriques complexes, de rappeler les explorations « classiques minimales » en psychiatrie, de décrire le concept de « troubles psychiatriques complexes » et de proposer une méthode d’exploration systématisée.Certaines pathologies organiques sont bien connues pour leurs liens avec les troubles psychiatriques (syndrome maniaque et hyperthyroïdie, syndrome dépressif et insuffisance corticotrope, trouble anxieux et maladie cardiaque, etc.).De nombreuses autres pathologies neurologiques, auto-immunes, métaboliques, paranéoplasiques ou endocriniennes peuvent avoir des manifestations essentiellement psycho-comportementales avant d’être neurologiques ou systémiques.Un grand nombre de facteurs (nutritionnels, toxiques, immunologiques, etc.), souvent ignorés, exercent une influence sur les liens existants entre organicité et pathologies psychiatriques.Il est nécessaire d’optimiser la prise en charge médicale de ces patients chez qui le diagnostic psychiatrique masque une cause organo-psychiatrique curable.
Published: 2019

47. Reprogramming Escherichia coli for the production of prenylated indole diketopiperazine alkaloids

Author: Nicolas Canu, Muriel Gondry, Isabelle Correia, Pascal Belin, Robert Thai, Olivier Lequin, Isabelle Jacques, Pavlina Dubois, Steven G. DuBois, Fabien Le Chevalier, Mireille Moutiez, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service d'Ingénierie Moléculaire pour la Santé (ex SIMOPRO) (SIMoS), Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), This work was supported by the French Alternative Energies and Atomic Energy Commission (CEA), the French National Centre for Scientific Research (CNRS), the Sorbonne University and the French National Research Agency (grant ANR-16-CE29-0026)., We thank Dr Taek Soon Lee and Melanya Gudzeva from the Lawrence Berkeley National Laboratory for providing us with plasmids pJBEI-3085 and pJBEI-3122., ANR-16-CE29-0026,DKP-COMBIBIO,L'utilisation des voies de biosynthèse dépendant des synthases de cyclodipeptides pour obtenir de nouvelles 2,5-dicétopipérazines bioactives(2016), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Institute of Neurosciences and Psychology [Glasgow], University of Glasgow, Institut de Neurosciences de la Timone (INT), and Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Stereochemistry, [SDV]Life Sciences [q-bio], lcsh:Medicine, Context (language use), Diketopiperazines, medicine.disease_cause, Article, Indole Alkaloids, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, medicine, Escherichia coli, Moiety, [CHIM]Chemical Sciences, Author Correction, lcsh:Science, 2. Zero hunger, chemistry.chemical_classification, Indole test, Prenylation, Multidisciplinary, Chemistry, Alkaloid, lcsh:R, Bioproduction, 030104 developmental biology, Enzyme, Biocatalysis, lcsh:Q, Mevalonate pathway, Genetic Engineering, Metabolic engineering, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: Prenylated indole diketopiperazine (DKP) alkaloids are important bioactive molecules or their precursors. In the context of synthetic biology, efficient means for their biological production would increase their chemical diversification and the discovery of novel bioactive compounds. Here, we prove the suitability of the Escherichia coli chassis for the production of prenylated indole DKP alkaloids. We used enzyme combinations not found in nature by co-expressing bacterial cyclodipeptide synthases (CDPSs) that assemble the DKP ring and fungal prenyltransferases (PTs) that transfer the allylic moiety from the dimethylallyl diphosphate (DMAPP) to the indole ring of tryptophanyl-containing cyclodipeptides. Of the 11 tested combinations, seven resulted in the production of eight different prenylated indole DKP alkaloids as determined by LC-MS/MS and NMR characterization. Two were previously undescribed. Engineering E. coli by introducing a hybrid mevalonate pathway for increasing intracellular DMAPP levels improved prenylated indole DKP alkaloid production. Purified product yields of 2–26 mg/L per culture were obtained from culture supernatants. Our study paves the way for the bioproduction of novel prenylated indole DKP alkaloids in a tractable chassis that can exploit the cyclodipeptide diversity achievable with CDPSs and the numerous described PT activities.
Published: 2019

48. Cross-term Splittings Due to the Orientational Inequivalence of Proton Magnetic Shielding Tensors: Do Water Molecules Trapped in Crystals Hop or Tunnel?

Author: Diego Carnevale, Geoffrey Bodenhausen, Philippe Pelupessy, Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: Materials science, Proton, 02 engineering and technology, Atmospheric temperature range, 010402 general chemistry, 021001 nanoscience & nanotechnology, 01 natural sciences, Molecular physics, 0104 chemical sciences, Hop (networking), [CHIM.THEO]Chemical Sciences/Theoretical and/or physical chemistry, chemistry.chemical_compound, chemistry, Electromagnetic shielding, Cross term, Molecule, General Materials Science, Physical and Theoretical Chemistry, 0210 nano-technology, Spinning, Barium chlorate
Abstract: International audience; Water molecules trapped in crystals of barium chlorate monohydrate have been investigated by magic-angle spinning (MAS) proton NMR spectroscopy in the temperature range 110−300 K. At high temperatures, a single spinning sideband pattern is observed. Below 150 K, however, two interleaved spinning sideband manifolds appear, with distinct centerbands that do not coincide with the average isotropic chemical shift seen at high temperatures. This hitherto unknown "cross-term splitting" results from the interplay of the homonuclear dipole−dipole coupling and two anisotropic proton shielding tensors that have identical principal components but nonequivalent orientations. The resulting cross terms cannot be averaged out by rotation about the magic angle. The analysis of the exchange-induced broadening, coalescence, and narrowing of the cross-term splitting in MAS spectra allows one to estimate the rate of exchange of the two protons between 140 and 190 K. The experimental data is compared with 2 H and 1 H NMR studies of the same sample reported in the literature. Density functional theory methods are utilized to estimate the thermal activation energy for a 2-fold hopping process of proton exchange about the H− O−H bisector. The Bell−Limbach model allows one to take into account contributions due to incoherent quantum tunneling in the low-temperature regime.
Published: 2019

49. Vedolizumab Therapy is Ineffective for Primary Sclerosing Cholangitis in Patients With Inflammatory Bowel Disease: A GETAID Multicentre Cohort Study

Author: Vered Abitbol, Stephanie Viennot, Catherine Reenaers, Jean-Marie Reimund, Lucine Vuitton, Mélanie Serrero, Philippe Seksik, Jérôme Filippi, Mathurin Fumery, Guillaume Savoye, David Laharie, Bénédicte Caron, Caroline Trang-Poisson, Jean-Pierre Bronowicki, Guillaume Bouguen, Benjamin Pariente, Maud Reymond, Laurent Peyrin-Biroulet, Stéphane Nancey, Romain Altwegg, L Caillo, Franck Carbonnel, Yoram Bouhnik, Aurelien Amiot, Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], Interface de Recherche Fondamentale et Appliquée en Cancérologie (IRFAC - Inserm U1113), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC)-Fédération de Médecine Translationelle de Strasbourg (FMTS), Nutrition-Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux (NGERE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Service de gastro-entérologie et assistance nutritive, Hôpital Beaujon [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Service de Gastroentérologie et nutrition [CHU Saint-Antoine], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Pontchaillou [Rennes], Hôpital Universitaire Carémeau [Nîmes] (CHU Nîmes), Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes (CHU Nîmes), Service d'Hépato-Gastro-Entérologie, CHU Bordeaux [Bordeaux]-Hôpital Saint-André, Agents pathogènes et inflammation - UFC (EA 4266) (API), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Service d'Hépato-gastro-entérologie [APHP Kremlin-Bicêtre], AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Département d'Hépato-Gastroentérologie et de Transplantation Hépatique [CHU Saint-Eloi], Université de Montpellier (UM)-CHU Saint-Eloi, Université de Liège, Hôpital Nord [CHU - APHM], Institut des maladies de l'appareil digestif [Nantes] (IMAD), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Service d'hépato-gastroentérologie, Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice), Service de Gastro-entérologie et hépatologie [AP-HP Hôpital Cochin], Sorbonne Paris Cité-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Service d'Hépato-Gastroentérologie [CHU Rouen], Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Rouen, Normandie Université (NU), Nutrition, inflammation et dysfonctionnement de l'axe intestin-cerveau (ADEN), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institute for Research and Innovation in Biomedicine (IRIB), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), UNIROUEN - UFR Santé (UNIROUEN UFR Santé), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Service d'Hépato-Gastro-Enterologie et Nutrition [CHU Caen], Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Service d'Hépato Gastroenterologie [CHU Amiens-Picardie], CHU Amiens-Picardie, Service d'Hépatologie Gastro-entérologie [CHU Clermont-Ferrand], CHU Estaing [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, Service d'hépato-gastro-entérologie [APHP Henri Mondor], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), douville, sabine, Service d'Hépato-gastro-entérologie [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Hôpital Beaujon [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Saint Eloi (CHRU Montpellier), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Université de Montpellier (UM), Centre Hospitalier Universitaire de Liège (CHU-Liège), Institut des Maladies de l'Appareil Digestif, Université de Nantes (UN), Service d'Hépatologie et de Gastroentérologie [Lyon], Service de Gastro-entérologie [CHU Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Hôpital Charles Nicolle [Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Early detection of Colon Cancer using Molecular Markers and Microbiota (EA 7375) (EC2M3), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université-Sorbonne Université, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Sorbonne Paris Cité-CHU Cochin [AP-HP]-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon), Department of Hepato-Gastroenterology, University Hospital Estaing of Clermont-Ferrand, Université d'Auvergne (Clermont Ferrand 1) (UdA), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Fédération de Médecine Translationelle de Strasbourg (FMTS)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Hôpital Henri Mondor-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen
Subjects: Adult, Male, Crohn’s disease, vedolizumab, medicine.medical_specialty, Adolescent, Cholangitis, Sclerosing, Population, Antibodies, Monoclonal, Humanized, Malignancy, Gastroenterology, Inflammatory bowel disease, Primary sclerosing cholangitis, Vedolizumab, Young Adult, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Gastrointestinal Agents, inflammatory bowel disease, Internal medicine, medicine, Humans, education, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Retrospective Studies, ulcerative colitis, education.field_of_study, Crohn's disease, business.industry, primary sclerosing cholangitis, [SDV.MHEP.HEG]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology, Retrospective cohort study, General Medicine, Inflammatory Bowel Diseases, medicine.disease, Ulcerative colitis, [SDV.MHEP.HEG] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology, 3. Good health, Treatment Outcome, 030220 oncology & carcinogenesis, Female, 030211 gastroenterology & hepatology, business, medicine.drug
Abstract: Background Whether vedolizumab may be effective as a treatment for primary sclerosing cholangitis [PSC] in patients with inflammatory bowel disease [IBD] remains controversial. Methods We performed a retrospective observational study of consecutive patients with IBD and PSC, treated with vedolizumab for at least 30 weeks in 22 centres of GETAID from January 2015 to June 2016. The outcomes included a decrease in the serum alkaline phosphatase [ALP] concentration of at least 50% from baseline to Week 30 or 54, a change in any serum liver enzymes concentrations, and an assessment of the efficacy and safety of vedolizumab in IBD. Results Among 75 patients with active IBD and PSC treated with vedolizumab, 21 patients discontinued vedolizumab before Week 30 [due to lack of efficacy in 19 and malignancy in two patients]. In the remaining 54 patients, a decrease in the serum ALP concentration of at least 50% from baseline to Weeks 30 and 54 was observed in four [7%] and four [11%] patients, respectively. No significant change was observed in serum liver enzyme concentrations at week 30 or 54. After a median follow-up period of 19.4 [14.0–29.9] months, nine cases of digestive neoplasia [colorectal neoplasia in seven and cholangiocarcinoma in two] were reported. Conclusions In patients with IBD and PSC, vedolizumab did not improve serum liver enzyme concentrations at week 30 or 54. Nine cases of digestive cancer occurred during the follow-up period, confirming the need for a tight surveillance programme in this population.
Published: 2019

50. The IBD-disk is a reliable tool to assess the daily-life burden of patients with inflammatory bowel disease

Author: Tadbiri, Sara, Nachury, Maria, Bouhnik, Yoram, Serrero, Melanie, Hébuterne, Xavier, Roblin, Xavier, Kirchgesner, Julien, Bouguen, Guillaume, Franchimont, Denis, Savoye, Guillaume, Buisson, Anthony, Louis, Edouard, Nancey, Stephane, ABitbol, Vered, Reimund, Jean-Marie, DeWit, Olivier, Vuitton, Lucine, Matthieu, Nicolas, Peyrin-Biroulet, Laurent, Gilletta, Cyrielle, Allez, Matthieu, Viennot, Stephanie, Trang-Poisson, Caroline, Dib, Nina, Brixi, Hedia, Boualit, Medina, Plastaras, Laurianne, Boivineau, Lucile, Fumery, Mathurin, Caillo, Ludovic, Laharie, David, Amiot, Aurelien, GETAID-IBD-disk study group, Early detection of Colon Cancer using Molecular Markers and Microbiota (EA 7375) (EC2M3), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Service de Gastroentérologie [Hôpital Beaujon], Hôpital Beaujon [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Hôpital Nord [CHU - APHM], Hôpital Pasteur [Nice] (CHU), Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne] (CHU ST-E), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Nutrition, Métabolismes et Cancer (NuMeCan), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), CHU Pontchaillou [Rennes], Hôpital Erasme [Bruxelles] (ULB), Faculté de Médecine [Bruxelles] (ULB), Université libre de Bruxelles (ULB)-Université libre de Bruxelles (ULB), CHU Rouen, Normandie Université (NU), Nutrition, inflammation et dysfonctionnement de l'axe intestin-cerveau (ADEN), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), UNIROUEN - UFR Santé (UNIROUEN UFR Santé), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Institute for Research and Innovation in Biomedicine (IRIB), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Estaing [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand, Centre Hospitalier Universitaire de Liège (CHU-Liège), Autophagie infection et immunité - Autophagy Infection Immunity (APY), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Voies de Signalisation du Développement et du Stress Cellulaire dans les Cancers Digestifs et Urologiques, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain (UCL), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Département d'hépato-gastroentérologie, CHU Grenoble-Université Grenoble Alpes (UGA), Nutrition-Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux (NGERE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL), Service d'Hépato-gastro-entérologie [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Institut des Maladies de l'Appareil Digestif, Université de Nantes (UN), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Centre hospitalier [Valenciennes, Nord], Hôpital pasteur [Colmar], Département d'Hépato-Gastroentérologie et de Transplantation Hépatique [CHU Saint-Eloi], Hôpital Saint Eloi (CHRU Montpellier), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Université de Montpellier (UM), CHU Amiens-Picardie, Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes (CHU Nîmes), CIC Bordeaux, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), This study was supported by Abbvie, CHU Saint-Etienne, Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Jonchère, Laurent, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Toulouse [Toulouse], Université de Montpellier (UM)-CHU Saint-Eloi, UCL - SSS/IREC/GAEN - Pôle d'Hépato-gastro-entérologie, UCL - (SLuc) Service de gastro-entérologie, Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Adult, Male, Crohn’s disease, medicine.medical_specialty, Visual analogue scale, [SDV]Life Sciences [q-bio], Population, Disease, patient-reported outcome, Inflammatory bowel disease, digestive system, 03 medical and health sciences, Disability Evaluation, 0302 clinical medicine, Belgium, inflammatory bowel disease, Internal medicine, Medicine, Humans, education, Irritable bowel syndrome, ulcerative colitis, education.field_of_study, Crohn's disease, business.industry, Gastroenterology, General Medicine, Middle Aged, medicine.disease, Inflammatory Bowel Diseases, Ulcerative colitis, digestive system diseases, [SDV] Life Sciences [q-bio], Cross-Sectional Studies, disability, 030220 oncology & carcinogenesis, 030211 gastroenterology & hepatology, Patient-reported outcome, Female, France, business
Abstract: Background and Aim The inflammatory bowel disease [IBD]-disk is a 10-item self-questionnaire that is used to assess IBD-related disability. The aim of the present study was to evaluate this tool in the assessment of IBD daily-life burden. Methods A 1-week cross-sectional study was conducted in 42 centres affiliated in France and Belgium. Patients were asked to complete the IBD-disk [best score: 0, worst score: 100] and a visual analogue scale [VAS] of IBD daily-life burden [best score: 0, worst score: 10]. Analyses included internal consistency, correlation analysis, and diagnostic performance assessment. Results Among the 2011 IBD outpatients who responded to the survey [67.8% of the patients had Crohn’s disease], 49.9% were in clinical remission. The IBD-disk completion rate was 73.8%. The final analysis was conducted in this population [n = 1455 patients]. The mean IBD-disk score and IBD daily-life burden VAS were 39.0 ± 23.2 and 5.2 ± 2.9, respectively. The IBD-disk score was well correlated with the IBD daily-life burden VAS [r = 0.67; p 5] was 0.81 (95% confidence interval [CI]: 0.79–0.83; p Conclusions In a large cohort of patients, the IBD-disk score was well correlated with IBD daily-life burden, and it could be used in clinical practice.
Published: 2021

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