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1. TOward a Better Understanding of the autoPhagy Machinery for the Identification of Potential Novel Biomarkers and Therapeutic Targets in Crohn's Disease - TOPIC Study (TOPIC)

Author: Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI)
Published: 2024

2. Mortality following Clostridioides difficile infection in Europe

Author: Czepiel, Jacek, Krutova, Marcela, Mizrahi, Assaf, Khanafer, Nagham, Enoch, David A., Patyi, Márta, Deptuła, Aleksander, Agodi, Antonella, Nuvials, Xavier, Pituch, Hanna, Wójcik-Bugajska, Małgorzata, Filipczak-Bryniarska, Iwona, Brzozowski, Bartosz, Krzanowski, Marcin, Konturek, Katarzyna, Fedewicz, Marcin, Michalak, Mateusz, Monpierre, Lorra, Vanhems, Philippe, Gouliouris, Theodore, Jurczyszyn, Artur, Goldman-Mazur, Sarah, Wultańska, Dorota, Kuijper, Ed J., Skupień, Jan, Biesiada, Grażyna, Garlicki, Aleksander, Universitat Autònoma de Barcelona, Uniwersytet Jagielloński w Krakowie = Jagiellonian University (UJ), Charles University [Prague] (CU), ESCMID Study Group for Clostridioides Difficile (ESGCD), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Groupe Hospitalier Paris Saint-Joseph (hpsj), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hospices Civils de Lyon (HCL), Addenbrooke's Hospital, Cambridge University NHS Trust, Bács-Kiskun County Teaching Hospital, Nicolaus Copernicus University [Toruń], University of Catania [Italy], Vall d'Hebron University Hospital [Barcelona], Medical University of Warsaw - Poland, University Hospital of Cracow/Szpital Uniwersytecki w Krakowie [Poland] (SUK), Józef Babinski Hospital, Ludwik Rydygier Hospital, Leiden University Medical Center (LUMC), Universiteit Leiden, Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM), Institut Català de la Salut, [Czepiel J] Department of Infectious and Tropical Diseases, Jagiellonian University Medical College, Krakow, Poland. [Krutova M] Department of Medical Microbiology, Charles University, 2nd Faculty of Medicine and Motol University Hospital, Prague, Czech Republic. ESCMID Study Group for Clostridioides Difficile (ESGCD), Basel, Switzerland. [Mizrahi A] ESCMID Study Group for Clostridioides Difficile (ESGCD), Basel, Switzerland. Service de Microbiologie Clinique, Groupe Hospitalier Paris Saint-Joseph, Paris, France. Institut Micalis UMR 1319, Université Paris-Saclay, INRAe, AgroParisTech, Châtenay Malabry, France. [Khanafer N] ESCMID Study Group for Clostridioides Difficile (ESGCD), Basel, Switzerland. Unité d’Hygiène, Epidémiologie et Prévention, Groupement Hospitalier Centre, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France. Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), Public Health, Epidemiology and Evolutionary Ecology of Infectious Diseases (PHE3ID), Université de Lyon, Lyon, France. [Enoch DA] Clinical Microbiology & Public Health Laboratory, Public Health England, Addenbrooke’s Hospital, Hills Road, Cambridge CB2 0QQ, UK. [Patyi M] Hygienic Department, Bács-Kiskun County Teaching Hospital, Bács-Kiskun, Hungary. [Nuvials X] Servei de Medicina Intensiva, Vall d’Hebron Hospital Universitari, Barcelona, Spain. Grup de recerca SODIR, Vall d’Hebron Institut de Recerca (VHIR), Barcelona, Spain. Universitat Autònoma de Barcelona, Bellaterra, Spain, Vall d'Hebron Barcelona Hospital Campus, Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Casal, Bérengère
Subjects: 0301 basic medicine, genetic structures, Clostridioides difficile infection, [SDV]Life Sciences [q-bio], Antibiotics, técnicas de investigación::métodos epidemiológicos::características de los estudios epidemiológicos::estudios epidemiológicos::estudios de casos y controles [TÉCNICAS Y EQUIPOS ANALÍTICOS, DIAGNÓSTICOS Y TERAPÉUTICOS], Logistic regression, Biochemistry, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, Bacterial Infections and Mycoses::Bacterial Infections::Gram-Positive Bacterial Infections::Clostridium Infections [DISEASES], risk factors, Pharmacology (medical), 030212 general & internal medicine, Co-morbidities, General Pharmacology, Toxicology and Pharmaceutics, Outcome, Investigative Techniques::Epidemiologic Methods::Epidemiologic Study Characteristics::Epidemiologic Studies::Case-Control Studies [ANALYTICAL, DIAGNOSTIC AND THERAPEUTIC TECHNIQUES, AND EQUIPMENT], Clostridi - Europa, [SDV] Life Sciences [q-bio], Infectious Diseases, Absolute neutrophil count, outcome, localizaciones geográficas::Europa (continente) [DENOMINACIONES GEOGRÁFICAS], Microbiology (medical), medicine.medical_specialty, infecciones bacterianas y micosis::infecciones bacterianas::infecciones por bacterias grampositivas::infecciones por Clostridium [ENFERMEDADES], medicine.drug_class, 030106 microbiology, Malignancy, Geographic Locations::Europe [GEOGRAPHICALS], Microbiology, Cachexia, 03 medical and health sciences, Internal medicine, Other subheadings::Other subheadings::Other subheadings::/mortality [Other subheadings], medicine, Mortality, Creatinine, Clostridioides Clostridioides difficile infection, Otros calificadores::Otros calificadores::Otros calificadores::/mortalidad [Otros calificadores], business.industry, lcsh:RM1-950, Case-control study, medicine.disease, mortality, co-morbidities, lcsh:Therapeutics. Pharmacology, chemistry, Risk factors, co–morbidities, Malalties bacterianes - Estudi de casos, business, Clostridioides, malignancy
Abstract: We aimed to describe the clinical presentation, treatment, outcome and report on factors associated with mortality over a 90-day period in Clostridioides difficile infection (CDI). Descriptive, univariate, and multivariate regression analyses were performed on data collected in a retrospective case-control study conducted in nine hospitals from seven European countries. A total of 624 patients were included, of which 415 were deceased (cases) and 209 were still alive 90 days after a CDI diagnosis (controls). The most common antibiotics used previously in both groups were β-lactams, previous exposure to fluoroquinolones was significantly (p = 0.0004) greater in deceased patients. Multivariate logistic regression showed that the factors independently related with death during CDI were older age, inadequate CDI therapy, cachexia, malignancy, Charlson Index, long-term care, elevated white blood cell count (WBC), C-reactive protein (CRP), bacteraemia, complications, and cognitive impairment. In addition, older age, higher levels of WBC, neutrophil, CRP or creatinine, the presence of malignancy, cognitive impairment, and complications were strongly correlated with shortening the time from CDI diagnosis to death. CDI prevention should be primarily focused on hospitalised elderly people receiving antibiotics. WBC, neutrophil count, CRP, creatinine, albumin and lactate levels should be tested in every hospitalised patient treated for CDI to assess the risk of a fatal outcome.
Published: 2021

3. Expression and purification of native and functional influenza A virus matrix 2 proton selective ion channel

Author: Lorraine Benier, Sebastien Balme, Stéphane Audebert, Aurélien Traversier, Elodie Desuzinges Mandon, Anne Champagne, Emmanuel Dejean, Manuel Rosa Calatrava, Anass Jawhari, Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille ( CRCM ), Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut Paoli-Calmettes-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut Européen des membranes ( IEM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier ( ENSCM ) -Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques ( UM2 ) -Université de Montpellier ( UM ), CALIXAR, Virpath-Grippe, de l'émergence au contrôle -- Virpath-Influenza, from emergence to control (Virpath), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon] (IBCP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Aix Marseille Université (AMU), Institut Européen des membranes (IEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier (ENSCM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Montpellier (UM), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Aix Marseille Université (AMU)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier (ENSCM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Lysine, Oligomeric state, Gene Expression, Biology, medicine.disease_cause, [ CHIM ] Chemical Sciences, Ion Channels, Virus, Madin Darby Canine Kidney Cells, Lipid bilayer, Viral Matrix Proteins, 03 medical and health sciences, Dogs, Influenza A Virus, H1N1 Subtype, Viral envelope, Influenza A virus, medicine, [CHIM]Chemical Sciences, Animals, Humans, Purification, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Ion channel, Native solubilization, 030102 biochemistry & molecular biology, Influenza infection, Proton selective ion channel, Cell Membrane, Matrix 2 influenza, Recombinant Proteins, 3. Good health, AMDCK expression, 030104 developmental biology, Membrane protein, Biochemistry, Current/voltage, Ion channel blocker, Biotechnology
Abstract: International audience; Influenza A virus displays one of the highest infection rates of all human viruses and therefore represents a severe human health threat associated with an important economical challenge. Influenza matrix protein 2 (M2) is a membrane protein of the viral envelope that forms a proton selective ion channel. Here we report the expression and native isolation of full length active M2 without mutations or fusions. The ability of the influenza virus to efficiently infect MDCK cells was used to express native M2 protein. Using a Calixarene detergents/surfactants based approach; we were able to solubilize most of M2 from the plasma membrane and purify it. The tetrameric form of native M2 was maintained during the protein preparation. Mass spectrometry shows that M2 was phosphorylated in its cytoplasmic tail (serine 64) and newly identifies an acetylation of the highly conserved Lysine 60. ELISA shows that solubilized and purified M2 was specifically recognized by M2 antibody MAB65 and was able to displace the antibody from M2 MDCK membranes. Using a bilayer voltage clamp measurement assay, we demonstrate a pH dependent proton selective ion channel activity. The addition of the M2 ion channel blocker amantadine allows a total inhibition of the channel activity, illustrating therefore the specificity of purified M2 activity. Taken together, this work shows the production and isolation of a tetrameric and functional native M2 ion channel that will pave the way to structural and functional characterization of native M2, conformational antibody development, small molecules compounds screening towards vaccine treatment.
Published: 2017

4. Rapid protection induced by a single-shot Lassa vaccine in male cynomolgus monkeys

Author: Mathieu Mateo, Stéphanie Reynard, Natalia Pietrosemoli, Emeline Perthame, Alexandra Journeaux, Kodie Noy, Clara Germain, Xavier Carnec, Caroline Picard, Virginie Borges-Cardoso, Jimmy Hortion, Hélène Lopez-Maestre, Pierrick Regnard, Lyne Fellmann, Audrey Vallve, Stéphane Barron, Ophélie Jourjon, Orianne Lacroix, Aurélie Duthey, Manon Dirheimer, Maïlys Daniau, Catherine Legras-Lachuer, Caroline Carbonnelle, Hervé Raoul, Frédéric Tangy, Sylvain Baize, Biologie des Infections Virales Émergentes - Biology of Emerging Viral Infections (UBIVE), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Université de Strasbourg (UNISTRA), Simian Laboratory Europe (SILABE), Laboratoire P4 Jean Mérieux-Inserm [Lyon] (Unité de service 3), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Européen de Recherche en Virologie et Immunologie [Lyon] (Tour Inserm CERVI), Délégation régionale Auvergne Rhône-Alpes [Bron, France], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), ViroScan3D SAS [Trévoux, France], Laboratoire d’innovation : vaccins – Innovation lab : vaccines, This study was funded by a grant from the Coalition for Epidemic Preparedness and Innovations (CEPI-CfP-001) to S. Baize and by a grant from the Agence Nationale de la Recherche (ANR-21-CE18-0004-01) to M. Mateo., and ANR-21-CE18-0004,EXPUNGER,Vaccins post exposition contre les virus emergents(2021)
Subjects: Multidisciplinary, [SDV]Life Sciences [q-bio], General Physics and Astronomy, General Chemistry, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
Abstract: Lassa fever hits West African countries annually in the absence of licensed vaccine to limit the burden of this viral hemorrhagic fever. We previously developed MeV-NP, a single-shot vaccine protecting cynomolgus monkeys against divergent strains one month or more than a year before Lassa virus infection. Given the limited dissemination area during outbreaks and the risk of nosocomial transmission, a vaccine inducing rapid protection could be useful to protect exposed people during outbreaks in the absence of preventive vaccination. Here, we test whether the time to protection can be reduced after immunization by challenging measles virus pre-immune male cynomolgus monkeys sixteen or eight days after a single shot of MeV-NP. None of the immunized monkeys develop disease and they rapidly control viral replication. Animals immunized eight days before the challenge are the best controllers, producing a strong CD8 T-cell response against the viral glycoprotein. A group of animals was also vaccinated one hour after the challenge, but was not protected and succumbed to the disease as the control animals. This study demonstrates that MeV-NP can induce a rapid protective immune response against Lassa fever in the presence of MeV pre-existing immunity but can likely not be used as therapeutic vaccine.
Published: 2023

5. An inventory of adjuvants used for vaccination in horses: the past, the present and the future

Author: Flora Carnet, Laure Perrin-Cocon, Romain Paillot, Vincent Lotteau, Stéphane Pronost, Pierre-Olivier Vidalain, Biologie, génétique et thérapies ostéoarticulaires et respiratoires (BIOTARGEN), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), LABÉO, Pôle d’analyses et de recherche de Normandie (LABÉO), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Writtle University College (WUC), Fonds Eperon (OVERLORD N12-2017), Normandy County Council (17E01598/17EP04324), and IFCE (Institut Françaisdu Cheval et de l’Equitation) grant number 2022- 015 (VACADEq Project)
Subjects: emulsion, aluminium salt, carbomer, General Veterinary, vaccines, ISCOM, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, immunostimulant, Adjuvants, saponin, equine, horse
Abstract: Vaccination is one of the most widely used strategies to protect horses against pathogens. However, available equine vaccines often have limitations, as they do not always provide effective, long-term protection and booster injections are often required. In addition, research efforts are needed to develop effective vaccines against emerging equine pathogens. In this review, we provide an inventory of approved adjuvants for equine vaccines worldwide, and discuss their composition and mode of action when available. A wide range of adjuvants are used in marketed vaccines for horses, the main families being aluminium salts, emulsions, polymers, saponins and ISCOMs. We also present veterinary adjuvants that are already used for vaccination in other species and are currently evaluated in horses to improve equine vaccination and to meet the expected level of protection against pathogens in the equine industry. Finally, we discuss new adjuvants such as liposomes, polylactic acid polymers, inulin, poly-ε-caprolactone nanoparticles and co-polymers that are in development. Our objective is to help professionals in the horse industry understand the composition of marketed equine vaccines in a context of mistrust towards vaccines. Besides, this review provides researchers with a list of adjuvants, either approved or at least evaluated in horses, that could be used either alone or in combination to develop new vaccines.
Published: 2023

6. Ultraviolet exposure regulates skin metabolome based on the microbiome

Author: Vijaykumar Patra, Natalie Bordag, Yohann Clement, Harald Köfeler, Jean-Francois Nicolas, Marc Vocanson, Sophie Ayciriex, Peter Wolf, Medical University Graz, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Medical University of Graz, CheMod, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANABIO-MS - Analyse biomoléculaire par spectrométrie de masse - Biological Analysis by Mass Spectrometry, BioTechMed-Graz, Graz University of Technology [Graz] (TU Graz)-Karl-Franzens-Universität Graz-Medical University Graz, and Austrian Science Fund (FWF, W1241)
Subjects: [STAT]Statistics [stat], Multidisciplinary, [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: Skin metabolites (
Published: 2023

7. HSP110 sustains chronic NF-κB signaling in activated B cell diffuse large B cell lymphoma through MyD88 stabilization

Author: Thierry Fest, Catherine Chassagne-Clément, Olaf-Oliver Wolz, Selim Ramla, Fabrice Jardin, Céline Pangault, Laurent Martin, Gaëtan Jego, Rana Mhaidly, Leila Salmi, Carmen Garrido, Alexander N.R. Weber, Christophe Boudesco, Els Verhoeyen, Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] (LNC), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Equipe 'Contrôle Métabolique des Morts Cellulaires' (INSERM U1065 - C3M), Centre méditerranéen de médecine moléculaire (C3M), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Virus enveloppés, vecteurs et immunothérapie – Enveloped viruses, Vectors and Immuno-therapy (EVIR), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Pathologie [CHU de Dijon], Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Département d'anatomopathologie, biopathologie, Centre Léon Bérard [Lyon], Microenvironment, Cell Differentiation, Immunology and Cancer (MICMAC), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Etablissement Français du Sang Bretagne, EFS, Service d’Hématologie Clinique [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Groupe d'étude des proliférations lymphoïdes (GPL), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Génomique et Médecine Personnalisée du Cancer et des Maladies Neuropsychiatriques (GPMCND), University of Tuebingen, Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), UNICANCER, Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Côte d'Azur (UCA), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] ( LNC ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ), CHU Dijon, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Centre méditérannéen de médecine moléculaire ( C3M ), Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Microenvironment, Cell Differentiation, Immunology and Cancer ( MICMAC ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Groupe d'étude des proliférations lymphoïdes ( GPL ), Université de Rouen Normandie ( UNIROUEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), and Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc ( CRLCC - CGFL )
Subjects: 0301 basic medicine, Immunology, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Biochemistry, [ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Cohort Studies, 03 medical and health sciences, immune system diseases, hemic and lymphatic diseases, medicine, Tumor Cells, Cultured, Gene silencing, Humans, HSP110 Heat-Shock Proteins, B cell, Chemistry, Protein Stability, Wild type, breakpoint cluster region, NF-kappa B, Cell Biology, Hematology, medicine.disease, 3. Good health, Lymphoma, 030104 developmental biology, medicine.anatomical_structure, Cell culture, Myeloid Differentiation Factor 88, Cancer research, Lymphoma, Large B-Cell, Diffuse, Signal transduction, Diffuse large B-cell lymphoma, Signal Transduction
Abstract: International audience; Activated B cell diffuse large B cell lymphoma (ABC-DLBCL) is an aggressive lymphoproliferative disorder involving chronic NF-κB activation. Several mutations in the BCR and the MyD88 signaling pathway components, such as MyD88 L265P, are implicated in this aberrant activation. Among heat-shock proteins, HSP110 has recently been identified as a pro- survival and/or proliferation factor in many cancers but its role in ABC-DLBCL survival mechanisms remained to be established. We observed that shRNA-mediated HSP110 silencing decreased the survival of several ABC-DLBCL cell lines, decreased IgM-MyD88 co-localization and subsequent NF-κB signaling. Conversely, over-expression of HSP110 in ABC-DLBCL or non-DLBCL cell lines increased NF-κB signaling, indicating a tight interplay between HSP110 and the NF-κB pathway. Using immunoprecipitation and proximity ligation assays, we identified an interaction between HSP110 and both wild type MyD88 and MyD88 L265P. HSP110 stabilized both MyD88 forms with a stronger effect on MyD88 L265P, therefore facilitating chronic NF-κB activation. Finally, HSP110 expression was higher in lymph-node biopsies of patients with ABC-DLBCL than in normal reactive lymph nodes and a strong correlation was found between the level of HSP110 and MyD88. In conclusion, we identified HSP110 as a regulator of NF-κB signaling through MyD88 stabilization in ABC-DLBCL. This finding reveals HSP110 as a new potential therapeutic target in ABC-DLBCL.
Published: 2018

8. Étude du rôle de l’inflammasome et de la kinase Styk1 dans la régulation des lymphocytes cytotoxiques

Author: Fauteux-Daniel, Sébastien, Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Lyon, Thierry Walzer, Réponse immunitaire innée dans les maladies infectieuses et auto-immunes – Innate immunity in infectious and autoimmune diseases, Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and STAR, ABES
Subjects: Syndrome d’activation macrophagique, [SDV.IMM] Life Sciences [q-bio]/Immunology, Perforin, Lymphocytes cytotoxiques, Hemophagocytic lymphohistiocytosis, ASC, Inflammasome, Auto-inflammation, Cytotoxic lymphocytes, Macrophage activation syndrome, Caspase-1, Lymphohistiocytose hémophagocytique, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, Auto-inflammatory disorders, Perforine, [ SDV.IMM ] Life Sciences [q-bio]/Immunology
Abstract: Upon recognition of infected or target cells, CD8+ T and Natural Killer (NK) lymphocytes initiate a polarized degranulation of vesicle storing cytotoxic molecules (perforin: PRF1 and granzyme B). By altering the target cell’s cellular membrane integrity, perforine allows granzyme B to translocate to its cytosol. Genetic anomalies may affect normal cytotoxic functions and severely hamper the control of intracellular pathogens. In this context, the pathogenic signal remains uninterrupted and both cytotoxic lymphocytes and macrophages are continuously stimulated. This auto-inflammatory pathological condition is named hemophagocytic lymphohistiocytosis (HLH) and is fatal without therapeutic intervention. HLH can also occur secondary to infection with viruses from the herpesviridae family, or be concomitant to important immune alterations such as systemic onset juvenile idiopathic arthritis (SoJIA), with no clear etiological cause identified. In 2014, a case of HLH mediated by the constitutive activation of the NLRC4 inflammasome receptor was first described. The inflammasome is a multimeric structure involving a cytosolic receptor, a scaffold protein – ASC – and Caspase-1. In the immune system, the inflammasome is expressed in macrophages and dendritic cells and senses pathogenic (PAMP) and danger (DAMP) associated signals. Once activated, inflammasome’s protein Caspase-1 catalyzes the maturation of pro-IL-1b and pro-IL-18 and leads to their secretion. Since NLRC4 constitutive activation appears to be sufficient for triggering HLH, we aimed to understand if the inflammasome structure was essential to the development of the syndrome. In order to address this question, we invalidated the inflammasome through the abrogation of ASC or Caspase-1 in PRF1 -/- HLH mouse model. We also tested the hypothesis that an altered cytotoxic function could explain the high prevalence of HLH in the proinflammatory context of SoJIA. The results we present here show that the inflammasome is responsible for the elevated levels of IL-18 in the serum of HLH patients. However, the inflammasome is facultative for its development. We also demonstrate that in patients suffering from SoJIA, NK cells show normal cytotoxicity, suggesting that immunological mechanisms involved in FHL and secondary HLH are distinct. In the second part of this manuscript, we aim at understanding the role of Styk1 serine/threonine/tyrosine kinase in NK cells’ regulation. NK cells are in charge of eliminating stressed, virally infected or transformed cells. Upon activation, they secrete large amounts of IFN-γ and TNF-α, thus bridging innate and adaptive immunity. Capabilities for recognition of target cells is endowed by the expression of numerous stochastically expressed activating and inhibitory receptors. The balance between activating and inhibitory signal allows for self-tolerance or activation upon engagement of abnormal cells. Activating and inhibitory receptor are germline encoded in two dense, large complexes, the Natural Killer Complex (NKC) and the Leukocyte Receptor Complex (LRC). At the moment of starting this work, we had recently identified that Styk1 was a signature transcript of NK cells. However, its function in NK cells and more generally in the immune system remains unknown. Nevertheless, its genetic localisation near the NKC and its potential implication in the PI3K-AKT pathway prompt that it may play a role in NK cell development and/or functions. In order to evaluate the role of Styk1 in NK cells’ regulation, we generated a mouse model in which its expression is abrogated. Our data confirms that amongst all immune subsets, Styk1 is specifically expressed by NK cells. Styk1 was also able to discriminate NK cells from other ILCs. In this study, we show that Styk1 invalidation lead to a decrease of activity in the AKT/mTOR pathway. However, NK cells development, homeostasis and function were surprisingly normal in Styk1 -/- mice, Le dysfonctionnement de l'exocytose des granules cytotoxiques est responsable d'une susceptibilité accrue aux pathogènes intracellulaires qui s'accompagne de l'activation continue et anarchique des lymphocytes cytotoxiques et des macrophages. Ce phénomène conduit à la lymphohistiocytose hémophagocytique (HLH), un syndrome auto-inflammatoire fatal en absence d'intervention thérapeutique. Les mutations des gènes codant pour la perforine (PRF-1) ou pour certaines des protéines impliquées dans la biogénèse ou le transport vésiculaire des granules cytotoxiques sont causales des formes familiales ou primaires de la HLH (FHL). La HLH fait également partie des complications secondaires aux infections à herpesviridae et à certains désordres immunologiques importants tels que l'arthrite juvénile idiopathique (SoJIA). Au moment d'entreprendre les travaux présentés dans ce manuscrit, le premier cas de HLH induite par une mutation menant à l'activation constitutive de la composante NLRC4 de l'inflammasome était décrit. L'inflammasome est une structure multimérique composée d'un récepteur cytosolique, de la protéine échafaud ASC et de la Caspase-1. Son activation mène à la maturation des pro-formes de l'IL-1β et l'IL-18 ainsi qu'à leur sécrétion. L'activation constitutive de NLRC4 étant suffisante au déclenchement de la HLH, nous avons tenté de comprendre si cette structure y était essentielle dans le cadre des défauts génétiques de cytotoxicité. Nous avons donc invalidé la protéine ASC ou Caspase-1 dans le modèle murin de HLH déficient pour la perforine (PRF1 -/-). Nous avons également testé l'hypothèse qu'un déficit de cytotoxicité pouvait expliquer le développement de la HLH chez les patients souffrant de SoJIA. Nos résultats montrent que l'inflammasome est nécessaire à la production d'IL-18 lors de la HLH mais qu'il n'est pas essentiel au développement de la maladie dans le cadre des FHL. Par ailleurs, nous montrons que la cytotoxicité des cellules NK semble normale chez les patients atteints de SoJIA, ce qui suggère que les mécanismes immunologiques à l'origine de la HLH dans les FHL et dans les maladies autoinflammatoires comme la SoJIA sont distincts. Dans la seconde partie de ce manuscrit, nous avons étudié sur le rôle de la sérine/thréonine/tyrosine kinase Styk1 dans la régulation des lymphocytes cytotoxiques NK. Ces derniers sont responsables du contrôle immunitaire précoce des pathogènes intracellulaires et contribuent à l'immunosurveillance des cellules tumorales. Suite à leur activation, ils relâchent de très grandes quantités d'IFN-y et de TNF-α, faisant ainsi le lien entre l'immunité innée et adaptative. La reconnaissance des cellules cibles par les lymphocytes NK est gouvernée par l'expression d'un éventail de récepteurs qui transduisent des signaux, activateurs ou inhibiteurs, et dont la balance se traduit par l'activation ou la tolérance. Ces récepteurs sont codés au sein de deux complexes génétiques très denses, le complexe de cytotoxicité naturelle (NCR) et le complexe des récepteurs des leucocytes (LRC). Au moment de commencer ces travaux, nous avions révélé que l'expression de la kinase Styk1 fait partie de la signature transcriptionnelle des lymphocytes NK. Sa fonction dans le système immunitaire demeure toutefois inconnue. Néanmoins, la localisation génétique favorable de Styk1, près du NCR, ainsi que son implication dans la voie PI3K-AKT, en faisaient un candidat potentiel de régulation des lymphocytes NK. Afin de connaître le rôle de Styk1 dans le développement et les fonctions effectrices des lymphocytes NK, nous avons donc généré une souris pour laquelle Styk1 est invalidé. Nos résultats confirment que Styk1 est exprimée de façon spécifique par les cellules NK. Nous avons également détecté une diminution de l'activité constitutive de la voie AKT/mTOR dans les cellules NK, mais le développement, l'homéostasie et la fonction des cellules NK sont cependant normaux dans les souris déficientes en Styk1
Published: 2018

9. Evidence for rRNA 2′-O-methylation plasticity: Control of intrinsic translational capabilities of human ribosomes

Author: Virginie Marchand, Yohann Couté, Yuri Motorin, Jenny Erales, Virginie Marcel, Pierre Bertin, Marat Yusupov, Agnès Baudin-Baillieu, Jean-Jacques Diaz, Florian Laforêts, Gabriel Therizols, Annie Adrait, Frédéric Catez, Olivier Namy, Melanie Meyer, Sandra Gillot, Stephane Belin, Baptiste Panthu, Sandra E. Ghayad, Théophile Ohlmann, Maxime Garcia, Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon ( CRCL ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre Léon Bérard [Lyon]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Bioingénierie Moléculaire, Cellulaire et Thérapeutique ( BMCT ), Université de Lorraine ( UL ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ), Laboratoire de Biologie à Grande Échelle ( BGE - UMR S1038 ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Grenoble Alpes [Saint Martin d'Hères]-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ), Institut de Biosciences et Biotechnologies de Grenoble ( BIG ), Université de Grenoble-Alpes-Commissariat à l'Énergie Atomique et aux Énergies Alternatives (CEA) - Grenoble-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire ( IGBMC ), Université de Strasbourg ( UNISTRA ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de génétique et microbiologie [Orsay] ( IGM ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Ingénierie Moléculaire et Physiopathologie Articulaire ( IMoPA ), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques [Lyon] (ISPB), Bioingénierie Moléculaire, Cellulaire et Thérapeutique (BMCT), Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Contrôle traductionnel des ARNm eucaryotes et viraux – Translational control of Eukaryotic and Viral RNAs, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Etude de la dynamique des protéomes (EDyP ), Laboratoire de Biologie à Grande Échelle (BGE - UMR S1038), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ingénierie Moléculaire et Physiopathologie Articulaire (IMoPA), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lorraine (UL), Bertacchi Griffi, Nathalie, École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)
Subjects: 0301 basic medicine, Chromosomal Proteins, Non-Histone, [SDV]Life Sciences [q-bio], 5.8S ribosomal RNA, [ SDV.BBM.BM ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, Biology, Methylation, RNA epigenetics, 03 medical and health sciences, 23S ribosomal RNA, Humans, Ribosome profiling, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Multidisciplinary, [ SDV.BC ] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, fibrillarin, RRNA 2'-O-methylation, translational control, 2′-O-methylation, Translation (biology), Ribosomal RNA, Biological Sciences, Molecular biology, Cell biology, [SDV] Life Sciences [q-bio], Internal ribosome entry site, 030104 developmental biology, Gene Expression Regulation, RNA, Ribosomal, Gene Knockdown Techniques, Protein Biosynthesis, Eukaryotic Ribosome, ribosomal RNA, HeLa Cells
Abstract: Ribosomal RNAs (rRNAs) are main effectors of messenger RNA (mRNA) decoding, peptide-bond formation, and ribosome dynamics during translation. Ribose 2′-O-methylation (2′-O-Me) is the most abundant rRNA chemical modification, and displays a complex pattern in rRNA. 2′-O-Me was shown to be essential for accurate and efficient protein synthesis in eukaryotic cells. However, whether rRNA 2′-O-Me is an adjustable feature of the human ribosome and a means of regulating ribosome function remains to be determined. Here we challenged rRNA 2′-O-Me globally by inhibiting the rRNA methyl-transferase fibrillarin in human cells. Using RiboMethSeq, a nonbiased quantitative mapping of 2′-O-Me, we identified a repertoire of 2′-O-Me sites subjected to variation and demonstrate that functional domains of ribosomes are targets of 2′-O-Me plasticity. Using the cricket paralysis virus internal ribosome entry site element, coupled to in vitro translation, we show that the intrinsic capability of ribosomes to translate mRNAs is modulated through a 2′-O-Me pattern and not by nonribosomal actors of the translational machinery. Our data establish rRNA 2′-O-Me plasticity as a mechanism providing functional specificity to human ribosomes.
Published: 2017

10. Cuticle architecture and mechanical properties: a functional relationship delineated through correlated multimodal imaging

Author: Nicolas Reynoud, Nathalie Geneix, Angelina D’Orlando, Johann Petit, Jeremie Mathurin, Ariane Deniset-Besseau, Didier Marion, Christophe Rothan, Marc Lahaye, Bénédicte Bakan, Unité de recherche sur les Biopolymères, Interactions Assemblages (BIA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), BioInformatique et BioStatistiques (BIBS), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Chimie Physique (ICP), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), INRAE and Region Pays de la Loire (Fr)., and ANR-21-CE11-0035,COPLAnAR,COPLAnAR : cartography corrélative pour élucider les relations structure-propriétés de la cuticule des plantes(2021)
Subjects: hyperspectral, plant cuticle, Solanum lycopersicum, Physiology, nanomechanical, AFM PF-QNM, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, correlated multimodal imaging, Plant Science, Raman
Abstract: Cuticle are multifunctional hydrophobic biocomposites that protect aerial organs of plants. Along plant development, plant cuticle must accommodate different mechanical constraints combining extensibility and stiffness, the corresponding structure-function relationships are unknown. Recent data showed a fine architectural tuning of the cuticle architecture and the corresponding chemical clusters along fruit development which raise the question of their impact on the mechanical properties of the cuticle.We investigated the in-depth nanomechanical properties of tomato fruit cuticle from early development to ripening, in relation to chemical and structural heterogeneities by developing a correlative multimodal imaging approach.Unprecedented sharps heterogeneities were evidenced with the highlighting of an in-depth mechanical gradient and a ‘soft’ central furrow that were maintained throughout the plant development despite the overall increase in elastic modulus. In addition, we demonstrated that these local mechanical areas are correlated to chemical and structural gradients.This study shed light on a fine tuning of mechanical properties of cuticle through the modulation of their architecture, providing new insight for our understanding of structure-function relationships of plant cuticle and for the design of biosinpired material.
Published: 2023

11. HLA-DR expression on monocytes and outcome of anti-CD19 CAR T-cell therapy for large B-cell lymphoma

Author: Estelle Bourbon, Pierre Sesques, Morgane Gossez, Jérémie Tordo, Emmanuelle Ferrant, Violaine Safar, Florent Wallet, Guillaume Aussedat, Alizée Maarek, Fadhela Bouafia, Lionel Karlin, Dana Ghergus, Camille Golfier, Hélène Lequeu, Anne Lazareth, Vérane Schwiertz, Sébastien Viel, Maryam Idlhaj, Hervé Ghesquières, Guillaume Monneret, Emmanuel Bachy, Fabienne Venet, Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Hospices Civils de Lyon (HCL), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Laboratoire Interuniversitaire de Biologie de la Motricité (LIBM ), and Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], Hematology
Abstract: Despite their unprecedented success in relapsed/refractory (R/R) large B-cell lymphoma (LBCL), anti-CD19 CAR T cells are associated with significant toxicity, and more than half of patients relapse. As monocytes emerged as key players in CAR therapy, we sought to evaluate the evolution of HLA-DR expression on monocytes (mHLA-DR) before and after commercial anti-CD19 CAR T-cell infusion in a large cohort (n = 103) of patients with R/R LBCL and its association with adverse events and treatment response. Cy-Flu-based lymphodepletion (LD) upregulated mHLA-DR in 79% of the cases, whereas in 2l% of cases (15 patients), the mHLA-DR level decreased after LD, and this decrease was associated with poorer outcome. Low mHLA-DR at day minus 7 (D−7) (
Published: 2023

12. Hepatitis C Virus Envelope Glycoprotein E1 Forms Trimers at the Surface of the Virion

Author: Claire Montpellier, Gilles Duverlie, Marc le Maire, Cédric Montigny, Yann Ciczora, François-Loïc Cosset, Jean Dubuisson, Birke Andrea Tews, Pierre Falson, Laura Riva, Eve-Isabelle Pécheur, Antoine Loquet, Birke Bartosch, Khaled Alsaleh, François Penin, Bases moléculaires et structurales des systèmes infectieux (BMSSI), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Virus enveloppés, vecteurs et immunothérapie – Enveloped viruses, Vectors and Immuno-therapy (EVIR), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Protéines et Systèmes Membranaires (LPSM), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Virologie clinique et fondamentale (UVCF), Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie, Virology Research Unit EA4294, Université de Picardie Jules Verne (UPJV), ANR-11-BINF-0003,MAPPING,Vers une cartographie haute résolution des interactions protéiques à l'échelle du génome.(2011), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université de Lille-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon] ( IBCP ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre d’Infection et d’Immunité de Lille (CIIL) - U1019 - UMR 8204 ( CIIL ), Réseau International des Instituts Pasteur ( RIIP ) -Réseau International des Instituts Pasteur ( RIIP ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -IFR142-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire des Protéines et Systèmes Membranaires ( LPSM ), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale ( B3S ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Unité de Virologie clinique et fondamentale EA 4294, CHU Amiens-Picardie, Jules Verne University of Picardie, Bases moléculaires et structurales des systèmes infectieux ( BMSSI ), and ANR-11-BINF-0003/11-BINF-0003,MAPPING,MAPPING ( 2011 )
Subjects: Models, Molecular, Recombinant Fusion Proteins, [SDV]Life Sciences [q-bio], Amino Acid Motifs, Molecular Sequence Data, Immunology, Gene Expression, Hepacivirus, Plasma protein binding, Biology, Microbiology, Protein structure, Viral Envelope Proteins, Viral entry, Virology, Escherichia coli, chemistry.chemical_classification, Binding Sites, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Protein Stability, Virus Assembly, Structure and Assembly, Virion, Virus Internalization, Fusion protein, Molecular biology, Transmembrane protein, Protein Structure, Tertiary, 3. Good health, Cell biology, Transmembrane domain, chemistry, Virion assembly, Insect Science, Mutation, Protein Multimerization, Glycoprotein, Sequence Alignment, Protein Binding
Abstract: In hepatitis C virus (HCV)-infected cells, the envelope glycoproteins E1 and E2 assemble as a heterodimer. To investigate potential changes in the oligomerization of virion-associated envelope proteins, we performed SDS-PAGE under reducing conditions but without thermal denaturation. This revealed the presence of SDS-resistant trimers of E1 in the context of cell-cultured HCV (HCVcc) as well as in the context of HCV pseudoparticles (HCVpp). The formation of E1 trimers was found to depend on the coexpression of E2. To further understand the origin of E1 trimer formation, we coexpressed in bacteria the transmembrane (TM) domains of E1 (TME1) and E2 (TME2) fused to reporter proteins and analyzed the fusion proteins by SDS-PAGE and Western blotting. As expected for strongly interacting TM domains, TME1–TME2 heterodimers resistant to SDS were observed. These analyses also revealed homodimers and homotrimers of TME1, indicating that such complexes are stable species. The N-terminal segment of TME1 exhibits a highly conserved GxxxG sequence, a motif that is well documented to be involved in intramembrane protein-protein interactions. Single or double mutations of the glycine residues (Gly354 and Gly358) in this motif markedly decreased or abrogated the formation of TME1 homotrimers in bacteria, as well as homotrimers of E1 in both HCVpp and HCVcc systems. A concomitant loss of infectivity was observed, indicating that the trimeric form of E1 is essential for virus infectivity. Taken together, these results indicate that E1E2 heterodimers form trimers on HCV particles, and they support the hypothesis that E1 could be a fusion protein. IMPORTANCE HCV glycoproteins E1 and E2 play an essential role in virus entry into liver cells as well as in virion morphogenesis. In infected cells, these two proteins form a complex in which E2 interacts with cellular receptors, whereas the function of E1 remains poorly understood. However, recent structural data suggest that E1 could be the protein responsible for the process of fusion between viral and cellular membranes. Here we investigated the oligomeric state of HCV envelope glycoproteins. We demonstrate that E1 forms functional trimers after virion assembly and that in addition to the requirement for E2, a determinant for this oligomerization is present in a conserved GxxxG motif located within the E1 transmembrane domain. Taken together, these results indicate that a rearrangement of E1E2 heterodimer complexes likely occurs during the assembly of HCV particles to yield a trimeric form of the E1E2 heterodimer. Gaining structural information on this trimer will be helpful for the design of an anti-HCV vaccine.
Published: 2015

13. Using a manifold-based approach to extract clinical codes associated with winter respiratory viruses at an emergency department

Author: Péalat, Clément, Bouleux, Guillaume, Cheutet, Vincent, Maignan, Maxime, Provoost, Luc, Pillet, Sylvie, Mory, Olivier, Décision et Information pour les Systèmes de Production (DISP), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), CHU Grenoble, Physiopathologie et biothérapies des infections muqueuses (GIMAP), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne] (CHU ST-E)
Subjects: Time Series Clustering, Stiefel manifold, Healthcare management, Monitoring Emergency Departments, Delay coordinate embedding, [INFO.INFO-AI]Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI]
Abstract: International audience; Every winter, respiratory viruses put most Emergency Departments (ED) around the world under intense pressure. To reduce the consequent stress for hospitals, anticipation of the massive increase of intakes for illness-based symptoms is essential. As the Covid-19 2020 pandemic clearly illustrates, patients are not systematically tested. The ED staff therefore has no real-time knowledge of the presence of the virus in the patients flow. To address this issue, we propose here to use the hospital's laboratory-confirmed database as an attractor for the manifold-based approach for clustering the clinical codes associated with respiratory viruses. We propose a new framework based on the embedding of time series onto the Stiefel manifold, coupled with a density-based clustering algorithm (HDBSCAN) enhanced by a reduction of dimension (UMAP) for the clustering on that manifold. In particular, we show, based on real data sets of two academic hospitals in France, the significant benefits of using geometrical approaches for time series clustering as compared to traditional methods.
Published: 2023

14. Structure, Morphology, and Surface Chemistry of Surgical Masks and Their Evolution up to 10 Washing Cycles

Author: Louise Wittmann, Joseph Garnier, Naomi Sakata, Elisabeth Auzias, Martin Dumoulin, Nathanaël Barlier, Théotime Bergese, Lara Leclerc, Florence Grattard, Paul O. Verhoeven, Jérémie Pourchez, Claude Botella, Jean-Marie Bluet, Béatrice Vacher, José Penuelas, Institut des Nanotechnologies de Lyon (INL), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Santé Ingénierie Biologie Saint-Etienne (SAINBIOSE), Centre Ingénierie et Santé (CIS-ENSMSE), École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Physiopathologie et biothérapies des infections muqueuses (GIMAP), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), INL - Matériaux Fonctionnels et Nanostructures (INL - MFN), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Laboratoire de Tribologie et Dynamique des Systèmes (LTDS), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Ecole Nationale d'Ingénieurs de Saint Etienne (ENISE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Lyon
Subjects: [CHIM.POLY]Chemical Sciences/Polymers, Polymers and Plastics, pandemic, Process Chemistry and Technology, Organic Chemistry, washing, surgical masks, decontamination, Covid-19, polypropylene
Abstract: International audience; The Covid-19 crisis has led to a massive surge in the use of surgical masks worldwide, causing risks of shortages and high pollution. Various decontamination techniques are currently being studied to reduce these risks by allowing the reuse of masks. In this study, surgical masks were washed up to 10 times, each cycle under the same conditions. The consequences of the washing cycles on the structure, fiber morphology, and surface chemistry have been studied through several characterization techniques: scanning electron microscopy, wetting angle measurements, infrared spectroscopy, X-ray diffraction, and X-ray photoelectrons spectroscopy. The washing process did not induce large changes in the hydrophobicity of the surface, the contact angle remaining constant throughout the cycles. The composition observed in the IR spectrum also remained unchanged for washed masks up to 10 cycles. Some slight variations were observed during X-ray analysis: the crystallinity of the fibers as well as the size of the crystals increases with the number of wash cycles. The XPS analysis shows that after 10 cycles, the surface of the masks underwent a slight oxidation. In the SEM images, changes were observed in the arrangement of the fibers, which are more visible the more times the mask has been washed: they align themselves in bundles, form areas with holes in the mask layer, and are crushed in some areas.
Published: 2023

15. The conformation of glutenin polymers in wheat grain: some genetic and environmental factors associated with this important characteristic

Author: Gérard Branlard, Angelina d’Orlando, Ayesha Tahir, Marc Schmutz, Larbi Rhazi, Annie Faye, Thierry Aussenac, Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Unité de recherche sur les Biopolymères, Interactions Assemblages (BIA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), BioInformatique et BioStatistiques (BIBS), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), COMSATS University Islamabad (CUI), Institut Charles Sadron (ICS), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Matériaux et Nanosciences Grand-Est (MNGE), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Réseau nanophotonique et optique, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Transformations et Agro-ressources (UT&A), and UniLaSalle
Subjects: Physiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Plant Science
Abstract: In a previous study we used asymmetric-flow field-flow fractionation to determine the polymer mass (Mw), gyration radius (Rw) and the polydispersity index of glutenin polymers (GPs) in wheat (Triticum aestivum). Here, using the same multi-location trials (4 years, 11 locations, and 192 cultivars), we report the factors that are associated with the conformation (Conf) of the polymers, which is the slope of Log(Rw) versus a function of Log(Mw). We found that Conf varied between 0.285 and 0.740, it had low broad-sense heritability (H2=16.8), and it was significantly influenced by the temperature occurring over the last month of grain filling. Higher temperatures were found to increase Rw and the compactness and sphericity of GPs. Alleles for both high- and low-molecular-weight glutenin subunits had a significant influence on the Conf value. Assuming a Gaussian distribution for Mw, the number of polymers present in wheat grains was computed for different kernel weights and protein concentrations, and it was found to exceed 1012 GPs per grain. Using atomic force microscopy and cryo-TEM, images of GPs were obtained for the first time. Under higher average temperature, GPs became larger and more spherical and consequently less prone to rapid hydrolysis. We propose some orientations that could be aimed at potentially reducing the impact of numerous GPs on people suffering from non-celiac gluten sensitivity.
Published: 2023

16. Efficacy and safety of combination targeted therapies in immune-mediated inflammatory disease: the COMBIO study

Author: Lucas Guillo, Benoit Flachaire, Jérôme Avouac, Catherine Dong, Maria Nachury, Guillaume Bouguen, Anthony Buisson, Ludovic Caillo, Mathurin Fumery, Cyrielle Gilletta, Xavier Hébuterne, Pierre Lafforgue, David Laharie, Emmanuel Mahé, Hubert Marotte, Stéphane Nancey, Sébastien Ottaviani, Jean-Hugues Salmon, Guillaume Savoye, Mélanie Serrero, Mathieu Uzzan, Manuelle Viguier, Christophe Richez, Laurent Peyrin-Biroulet, Philipe Seksik, Thao Pham, Philippe Ah-Soune, Nadia Arab, Laurent Beaugerie, Loïs Bolko, Joelle Bonnet, Yoram Bouhnik, Anne Bourrier, Franck Brazier, Franck Carbonnel, Maeva Charkaoui, Isabelle Charlot-Lambrecht, Antoine Chupin, Alice Combier, Marion Couderc, Fabienne Coury-Lucas, Ariadne Desjeux, Nicolas Duveau, Anne Grasland, Jean-Charles Grimaud, Xavier Guennoc, Cécilia Landman, Isabelle Nion-Larmurier, Catherien Leberre, Romain Leenhardt, Aude Le Goffic, Henri Montaudie, Jacques Morel, Thierry Passeron, Jeanne-Marie Perotin Collard, Elodie Poisnel, Vincent Pradel, Martin Soubrier, Harry Sokol, Eric Toussirot, Caroline Trang, My-Linh Trans Minh, Sophie Trijau, Frank Verhoeven, Stéphanie Viennot, Daniel Wendling, Hôpital Nord [CHU - APHM], Rhumatologie [Sainte- Marguerite - APHM] ( Hôpitaux Sud), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Hôpital Sainte-Marguerite [CHU - APHM] (Hôpitaux Sud ), Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service d'Hépato-gastro-entérologie [APHP Kremlin-Bicêtre], AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Institute for Translational Research in Inflammation - U 1286 (INFINITE (Ex-Liric)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Nutrition, Métabolismes et Cancer (NuMeCan), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), CHU Pontchaillou [Rennes], Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Clermont-Ferrand, Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte (M2iSH), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes (CHU Nîmes), Périnatalité et Risques Toxiques - UMR INERIS_I 1 (PERITOX), Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques (INERIS)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie, CHU Amiens-Picardie, Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice), Institut du Mouvement et de l’appareil Locomoteur [Hôpital Sainte-Marguerite - APHM] (IML), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Hôpital Sainte-Marguerite [CHU - APHM] (Hôpitaux Sud )-Rhumatologie [Sainte- Marguerite - APHM] ( Hôpitaux Sud), Hôpital Haut-Lévêque [CHU Bordeaux], CHU Bordeaux [Bordeaux], Centre Hospitalier Victor Dupouy, Santé Ingénierie Biologie Saint-Etienne (SAINBIOSE), Centre Ingénierie et Santé (CIS-ENSMSE), École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Vieillissement, Fragilité (VIEFRA - EA 3797), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Nutrition, Inflammation et axe Microbiote-Intestin-Cerveau (ADEN), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institute for Research and Innovation in Biomedicine (IRIB), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institute for Research and Innovation in Biomedicine (IRIB), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), UNIROUEN - UFR Santé (UNIROUEN UFR Santé), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Service d'Hépato-Gastroentérologie [CHU Rouen], Hôpital Charles Nicolle [Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), Hôpital Beaujon [AP-HP], Immuno-Régulation dans les Maladies Auto-Immunes Inflammatoires et le Cancer - EA 7509 (IRMAIC), Hôpital universitaire Robert Debré [Reims], Immunology from Concept and Experiments to Translation (ImmunoConcept), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Rhumatologie [CHU Pellegrin], Groupe hospitalier Pellegrin, Centre National de Référence des Maladies Auto-Immunes Systémiques Rares de l'Est et du Sud-Ouest (RESO), Nutrition-Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux (NGERE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL), Service d'Hépato-gastro-entérologie [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Centre de Recherche Saint-Antoine (CRSA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Toulouse [Toulouse], INSERM U1059, SAINBIOSE - Santé, Ingénierie, Biologie, Saint-Etienne (SAINBIOSE-ENSMSE), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen
Subjects: Adult, Cohort Studies, Immunomodulating Agents, Crohn Disease, Immune-mediated inflammatory diseases, Hepatology, Gastroenterology, Humans, Tumor Necrosis Factor Inhibitors, Ustekinumab, Molecular targeted therapy, Combination therapy, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: International audience; BACKGROUND: Use of a combination of targeted therapies (COMBIO) in patients with refractory/overlapping immune-mediated inflammatory diseases (IMIDs) has increased, but reported data remain scarce. We aimed to assess effectiveness and safety of COMBIO in patients with IMIDs. METHODS: We conducted a French ambispective multicenter cohort study from September 2020 to May 2021, including adults' patients with 1 or 2 IMIDs and treated at least 3-month with COMBIO. RESULTS: Overall, 143 patients were included. The most common IMIDs were Crohn's disease (63.6%), axial spondyloarthritis (37.7%), and ulcerative colitis (14%). Half of patients had only one IMID, of which 60% were Crohn's disease. Mean duration of COMBIO was 274.5±59.3 weeks, and COMBIO persistence at 104 weeks was estimated at 64.1%. The most frequent COMBIOs combined anti-TNF agents with vedolizumab (30%) or ustekinumab (28.7%). Overall, 50% of patients achieved significant and 27% mild-to-moderate improvement in patient-reported outcomes. Extended duration of COMBIO (aOR=1.09; 95% CI: 1.03-1.14; p=0.002) and diagnoses of two IMIDs (aOR=3.46; 95%CI: 1.29-9.26; p=0.013) were associated with significant improvement in patient-reported outcomes. Incidence of serious infection during COMBIO was 4.51 per 100 person-years (95% CI 2.20-8.27) and 5 COMBIOs were discontinued due to adverse events. CONCLUSIONS: COMBIO can be effective and safe in patients with refractory/overlapping IMIDs.
Published: 2023

17. Low 2016/17 season vaccine effectiveness against hospitalised influenza A(H3N2) among elderly: awareness warranted for 2017/18 season

Author: Rondy, M., Gherasim, A., Casado, I., Launay, O., Rizzo, C., Pitigoi, D., Mickiene, A., Marbus, S. D., Machado, A., Syrjanen, R. K., Pem-Novose, I., Horvath, J. K., Larrauri, A., Castilla, J., Vanhems, P., Alfonsi, V., Ivanciuc, A. E., Kuliese, M., Van Gageldonk-Lafeber, R., Gomez, V., Ikonen, N., Lovric, Z., Ferenczi, A., Moren, A., Pozo, F., Garcia, M., Latorre, M., Omenaca, M., Oribe Amores, M., Munoz, N., Cilla, G., Fernandino, L., Martinez-Baz, I., Navascues, A., Perez-Garcia, A., Aguinaga, A., Ezpeleta, C., Bella, A., Appelgren, E. C., Castrucci, M. R., Puzelli, S., Chironna, M., Germinario, C., Ansaldi, F., Manini, I., Montomoli, E., Lupulescu, E., Lazar, M., Mihai, M. E., Cherciu, C. M., Dinu, S., Tecu, C., Nitescu, M., Bacruban, R., Azamfire, D., Dumitrescu, A., Ianosik, E., Ceausu, E., Popescu, C. P., Florescu, S. A., Tardei, G., Bejan, C., Teodor, A., Juganariu, G., Plesca, C., Duca, E., Lenzi, N., Lesieur, Z., Loulergue, P., Galtier, F., Agostini, C., Ray, M., Merle, C., Foulongne, V., Lina, B., Laine, F., De Guibert, S., Lagathu, G., Tattevin, P., Jouneau, S., Esvant, A., Le Gallou, T., Carrat, F., Mawuvi, G., Chau, F., Nohynek, H., Haveri, A., Gefenaite, G., Velyvyte, D., Jancoriene, L., Zablockiene, B., Ambrozaitis, A., Grimalauskaite, R., Damuleviciene, G., Lesauskaite, V., Bagdonas, A., Nunes, B., Kislaya, I., Rodrigues, A. P., Gomes, V., Corte-Real, R., Pocas, J., Peres, M. J., Bernard, K., Kurecic-Filipovic, S., Visekruna Vucina, V., Topic, A., Papic, N., Budimir, J., Oroszi, B., Meijer, A., Van Der Hoek, W., Schneeberger, P. M., EpiConcept [Paris], Institute of Health 'Carlos III', CIBER de Epidemiología y Salud Pública (CIBERESP), IDISNA, Pamplona, CIC Cochin Pasteur (CIC 1417), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôtel-Dieu-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Groupe hospitalier Broca-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), F-CRIN, Innovative clinical research network in vaccinology (I-REIVAC), Istituto Superiore di Sanità (ISS), University of Medicine and Pharmacy 'Carol Davila' Bucharest (UMPCD), Lithuanian University of health Sciences, National Institute for Public Health and the Environment [Bilthoven] (RIVM), Instituto Nacional de Saùde Dr Ricardo Jorge [Portugal] (INSA), National Institute for Health and Welfare [Helsinki], Croatian Institute of Public Health [Zagreb] (CIPH), Office of the Chief Medical Officer, Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL), Laboratoire des pathogènes émergents -- Emerging Pathogens Laboratory (LPE-Fondation Mérieux), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institute of Biology Bucharest of Romanian Academy, Epidemiology Department, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Groupe hospitalier Broca-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Hôtel-Dieu-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Istituto Superiore di Sanità Rome, Rome, Italy, Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), EpiConcept, Unión Europea, CIC Cochin Pasteur ( CIC 1417 ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Cochin [AP-HP]-Hôtel-Dieu-Groupe hospitalier Broca-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), F-CRIN, I-REIVAC, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), National Center for Epidemiology Surveillance and Health Promotion, Istituto Superiore di Sanita [Rome], 'Carol Davila' University of Medicine and Pharmacy, National Institute for Public Health and the Environment [Bilthoven] ( RIVM ), Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Croatian Institute of Public Health, Zagreb, Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ), Istituto Superiore de Sanita, HAL-UPMC, Gestionnaire, École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Male, 0301 basic medicine, Pediatrics, Epidemiology, Efetividade da Vacina Antigripal, A(H3N2), Influenza, cases control, elderly, hospitalisation, vaccine effectiveness, Elderly, 0302 clinical medicine, vaccine, Outcome Assessment, Health Care, Influenza A Virus, Hospitalisation, awareness, 030212 general & internal medicine, media_common, Vaccine effectiveness, virus diseases, [ SDV.SPEE ] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Middle Aged, Hospitals, 3. Good health, Hospitalization, Influenza Vaccines, H3N2 Subtype, Female, Seasons, influenza, Rapid Communication, Human, Adult, medicine.medical_specialty, Adolescent, Influenza vaccine, 030106 microbiology, Outcome Assessment (Health Care), 03 medical and health sciences, [SDV.IMM.VAC] Life Sciences [q-bio]/Immunology/Vaccinology, Virology, Influenza, Human, medicine, Aged, European Union, Humans, Influenza A Virus, H3N2 Subtype, media_common.cataloged_instance, Vacina Antigripal, European union, Cases control, Cases Control, business.industry, Public health, Cuidados de Saúde, Public Health, Environmental and Occupational Health, Case-control study, Influenza a, Confidence interval, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Emergency medicine, [ SDV.IMM.VAC ] Life Sciences [q-bio]/Immunology/Vaccinology, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDV.IMM.VAC]Life Sciences [q-bio]/Immunology/Vaccinology, Prevention control, business
Abstract: Members of the I-Move+hospital working group - Portugal: B. Nunes, I. Kislaya, A.P. Rodrigues (National Health Institute Doutor Ricardo Jorge, Lisbon), V. Gomes, R. Côrte-Real (Centro Hospitalar de Lisboa Central, Lisbon), J. Poças, M.J. Peres (Centro Hospitalar de Setúbal, Setúbal). In a multicentre European hospital study we measured influenza vaccine effectiveness (IVE) against A(H3N2) in 2016/17. Adjusted IVE was 17% (95% confidence interval (CI): 1 to 31) overall; 25% (95% CI: 2 to 43) among 65-79-year-olds and 13% (95% CI: -15 to 30) among those ≥ 80 years. As the A(H3N2) vaccine component has not changed for 2017/18, physicians and public health experts should be aware that IVE could be low where A(H3N2) viruses predominate. Funding: The I-MOVE+ project has received funding from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under grant agreement No 634446. The Lithuanian I-MOVE+ study sites were supported by a grant from the Research Council of Lithuania (SEN-03/2015). info:eu-repo/semantics/publishedVersion
Published: 2017

18. Early estimates of 2016/17 seasonal influenza vaccine effectiveness in primary care in France

Author: Martine Valette, Sylvie van der Werf, Alessandra Falchi, Cécile Souty, Bruno Lina, Thomas Hanslik, Lisandru Capai, Thierry Blanchon, Ana-Maria Vilcu, Sylvie Behillil, Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique ( iPLESP ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), EA Bioscope Corse Méditerranée : Dynamique des infections virales en milieu insulaire, Université Pascal Paoli ( UPP ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Génétique Moléculaire des Virus à ARN, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre National de Référence des virus influenzae (Grippe)-Génétique moléculaire des virus à ARN ( CNR ), Institut Pasteur [Paris], Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Virologie, Groupement Hospitalier Nord des HCL, Service de Médecine Interne, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Ambroise Paré, UFR des sciences de la santé Simone Veil, Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines ( UVSQ ), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Pascal Paoli (UPP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Référence des virus influenzae (Grippe) (CNR), Institut Pasteur [Paris] (IP), Virpath-Grippe, de l'émergence au contrôle -- Virpath-Influenza, from emergence to control (Virpath), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Virologie [GH Nord HCL, Lyon] (CNR des virus influenza), Institut des Agents Infectieux [Lyon] (IAI), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Groupement Hospitalier Nord des HCL [Lyon], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Ambroise Paré [AP-HP], Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines - UFR Sciences de la santé Simone Veil (UVSQ Santé), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Groupement Hospitalier Nord des HCL [Lyon]-Institut des Agents Infectieux [Lyon] (IAI), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Hôpital Ambroise Paré [AP-HP]-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut Pasteur [Paris], Centre National de Référence des virus influenzae (Grippe)-Génétique moléculaire des virus à ARN (CNR), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Agents Infectieux [GH Nord HCL, Lyon]-Groupement Hospitalier Nord des HCL [Lyon], and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Ambroise Paré
Subjects: Male, 0301 basic medicine, [SDV]Life Sciences [q-bio], Target groups, Seasonal influenza, 0302 clinical medicine, Screening method, 030212 general & internal medicine, Aged, 80 and over, Vaccination, virus diseases, Middle Aged, 3. Good health, Hospitalization, Infectious Diseases, Influenza Vaccines, Female, France, Seasons, Medical emergency, influenza, Adult, Adolescent, Influenza vaccine, 030106 microbiology, influenza-like illness, Primary care, Young Adult, 03 medical and health sciences, primary care, Virology, Influenza, Human, medicine, Humans, Epidemics, Pandemics, Vaccine Potency, Aged, Influenza-like illness, Primary Health Care, vaccine effectiveness, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], business.industry, Influenza A Virus, H3N2 Subtype, medicine.disease, Confidence interval, Vaccine mismatch, business, Sentinel Surveillance, Demography
Abstract: International audience; Background: The ongoing 2016/17 influenza epidemic in France is characterized by the circulation of A(H3N2) viruses, known to cause more severe illness among at risk populations.Objectives: The purpose of our study was to provide early influenza vaccine effectiveness (IVE) estimates for the ongoing influenza epidemic in France and compare these estimates over the six post-pandemic IVE.Study design: We used clinical and virological data collected in primary care by the French Sentinelles network. IVE in preventing influenza infection was estimated by the test-negative design method. The screening method was used to estimate IVE in preventing medically-attended influenza-like illness among target groups (
Published: 2017

19. How order and disorder within paramyxoviral nucleoproteins and phosphoproteins orchestrate the molecular interplay of transcription and replication

Author: Louis Marie Bloyet, Sonia Longhi, Denis Gerlier, Stefano Gianni, Architecture et fonction des macromolécules biologiques ( AFMB ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Department of Chemistry [Cambridge, UK], University of Cambridge [UK] ( CAM ), Architecture et fonction des macromolécules biologiques (AFMB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Immunobiologie des infections virales – Immunobiology of Viral Infections, Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CNR, Dipartimento di Scienze Biochimiche, Università degli Studi di Roma 'La Sapienza' [Rome]-Istituto di Biologia e Patologia Molecolari, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Immunobiologie des infections virales – Immunobiology of Viral Infections (IbIV), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Università degli Studi di Roma 'La Sapienza' = Sapienza University [Rome]-Istituto di Biologia e Patologia Molecolari, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Università degli Studi di Roma 'La Sapienza' = Sapienza University [Rome] (UNIROMA)-CNR Istituto di Biologia e Patologia Molecolari [Roma] (CNR | IBPM), and National Research Council of Italy | Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR)-National Research Council of Italy | Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR)
Subjects: 0301 basic medicine, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, MESH: Protein Structure, Quaternary, [SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, viruses, Protein–protein interactions, [ SDV.MP.BAC ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Virus Replication, [SDV.IMM.II]Life Sciences [q-bio]/Immunology/Innate immunity, [ SDV.BBM.BC ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Paramyxoviruses, nucleoprotein, phosphoprotein, intrinsic structural disorder, induced folding, fuzzy complexes, protein–protein interactions, antiviral approaches, Intrinsic structural disorder, Transcription (biology), [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Induced folding, MESH : Viral Proteins, [ SDV.BIBS ] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], MESH: Evolution, Molecular, MESH: Intrinsically Disordered Proteins, [SDV.MHEP.ME]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], [ SDV.MHEP.ME ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Sendai virus, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], MESH : Antiviral Agents, MESH : Virus Replication, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], [ SDV.MHEP.MI ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, MESH: RNA, Viral, Phosphoprotein, [ SDV.NEU.NB ] Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Paramyxoviridae, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Order and disorder, Molecular Medicine, Functional significance, RNA, Viral, MESH: Molecular Chaperones, MESH : Paramyxoviridae, MESH: Antiviral Agents, Computational biology, MESH : Nucleoproteins, Biology, Antiviral Agents, MESH: Phosphoproteins, [ SDV.MP.VIR ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Protein–protein interaction, Evolution, Molecular, 03 medical and health sciences, Cellular and Molecular Neuroscience, Viral Proteins, MESH : Protein Structure, Quaternary, MESH : RNA, Viral, MESH : Evolution, Molecular, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], Protein Structure, Quaternary, Molecular Biology, MESH : Intrinsically Disordered Proteins, Nucleoprotein, Pharmacology, [ SDV.IMM.II ] Life Sciences [q-bio]/Immunology/Innate immunity, 030102 biochemistry & molecular biology, MESH: Virus Replication, MESH : Molecular Chaperones, MESH: Paramyxoviridae, [ SDV.BIO ] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [ SDV.SP.PHARMA ] Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences/Pharmacology, Cell Biology, biology.organism_classification, Phosphoproteins, Virology, MESH: Viral Proteins, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Antiviral approaches, Intrinsically Disordered Proteins, 030104 developmental biology, Nucleoproteins, Fuzzy complexes, MESH: Nucleoproteins, [SDV.SP.PHARMA]Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences/Pharmacology, MESH : Phosphoproteins, Molecular Chaperones, [ SDV.BBM.BS ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM]
Abstract: International audience; In this review, we summarize computational and experimental data gathered so far showing that structural disorder is abundant within paramyxoviral nucleoproteins (N) and phosphoproteins (P). In particular, we focus on measles, Nipah, and Hendra viruses and highlight both commonalities and differences with respect to the closely related Sendai virus. The molecular mechanisms that control the disorder-to-order transition undergone by the intrinsically disordered C-terminal domain (NTAIL) of their N proteins upon binding to the C-terminal X domain (XD) of the homologous P proteins are described in detail. By having a significant residual disorder, NTAIL-XD complexes are illustrative examples of "fuzziness", whose possible functional significance is discussed. Finally, the relevance of N-P interactions as promising targets for innovative antiviral approaches is underscored, and the functional advantages of structural disorder for paramyxoviruses are pinpointed.
Published: 2017

20. Two ribosome recruitment sites direct multiple translation events within HIV1 Gag open reading frame

Author: Bruno Sargueil, Sylvain de Breyne, Théophile Ohlmann, Yann Ponty, Afaf Saaidi, Nathalie Ulryck, Melissa Ameur, Jules Deforges, Nathalie Chamond, Laboratoire de cristallographie et RMN biologiques (LCRB - UMR 8015), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Contrôle traductionnel des ARNm eucaryotes et viraux – Translational control of Eukaryotic and Viral RNAs, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'informatique de l'École polytechnique [Palaiseau] (LIX), École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Algorithms and Models for Integrative Biology (AMIB ), École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Algorithms and Models for Integrative BIOlogy (AMIBIO), Inria Saclay - Ile de France, Fondation pour la recherche médicale (DBI20141231337), Laboratoire de cristallographie et RMN biologiques ( LCRB - UMR 8015 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ), Laboratoire d'informatique de l'École polytechnique [Palaiseau] ( LIX ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École polytechnique ( X ), Algorithms and Models for Integrative Biology ( AMIB ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École polytechnique ( X ) -Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Laboratoire de Recherche en Informatique ( LRI ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -CentraleSupélec-Laboratoire d'informatique de l'École polytechnique [Palaiseau] ( LIX ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École polytechnique ( X ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), SAAIDI, AFAF, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X)-Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI), CentraleSupélec-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CentraleSupélec-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Saclay - Ile de France, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Models, Molecular, viruses, 5.8S ribosomal RNA, translation, Computational biology, Biology, Internal Ribosome Entry Sites, Ribosome, gag Gene Products, Human Immunodeficiency Virus, [ SDV.MP.VIR ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Jurkat Cells, Open Reading Frames, 03 medical and health sciences, Eukaryotic translation, 0302 clinical medicine, Genes, Reporter, IRES, [ INFO.INFO-BI ] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Genetics, Initiation factor, Humans, Luciferases, Peptide Chain Initiation, Translational, [INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], 030304 developmental biology, RNA structure modeling, Ribosome Subunits, Small, Eukaryotic, [SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, 0303 health sciences, fungi, HIV, Translation (biology), Virology, 3. Good health, Open reading frame, Internal ribosome entry site, Kinetics, 030104 developmental biology, ribosome, Ribosome Subunits, 030220 oncology & carcinogenesis, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, HIV-1, RNA, Nucleic Acid Conformation, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Corrigendum
Abstract: International audience; In the late phase of the HIV virus cycle, the full length unspliced genomic RNA is exported to the cytoplasm and serves as mRNA to translate the Gag and Gag-pol polyproteins. Three different translation initiation mechanisms responsible for Gag production have been described. However a rationale for the involvement of as many translation pathways in gRNA translation is yet to be defined. The Gag-IRES has the singularity to be located within the Gag open reading frame and to directly recruit the 40S ribosomal subunit. To further characterize this interaction, we first probed the Gag-IRES RNA structure. We then developed an innovative integrative modelling approach and propose a novel secondary structure model for the Gag-IRES. The minimal 40S ribosomal subunit binding site was further mapped using different assays. To our surprise, we found that at least two regions within Gag-IRES can independently recruit the ribosome. Next, we validated that these two regions influence Gag translation both in vitro and in cellulo. These binding sites are mostly unstructured and highly A-rich, such sequences have previously been shown to be sufficient to recruit the ribosome and to support an IRES function. A combination of biochemical and functional data give insight into the Gag-IRES molecular mechanism and provide compelling evidences for its importance. Hypothesis about its physiological role reflecting its conservation amongst primate lentiviruses are proposed.
Published: 2017

21. Hsp110 Sustains Myd88-Dependent Nfkb Signaling in Activated B Cell Diffuse Large B Cell Lymphoma

Author: Boudesco , C., Causse , S., Hamman , A., Verhoeyen , E., Martin , L., Jardin , F., Fest , T., Wolz , O., Weber , A., Garrido , C., Jego , G., Université de Bourgogne (UB), Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] (LNC), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Virus enveloppés, vecteurs et immunothérapie – Enveloped viruses, Vectors and Immuno-therapy (EVIR), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Groupe d'étude des proliférations lymphoïdes (GPL), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Génomique et Médecine Personnalisée du Cancer et des Maladies Neuropsychiatriques (GPMCND), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), University of Tübingen, Université de Bourgogne ( UB ), Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] ( LNC ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Groupe d'étude des proliférations lymphoïdes ( GPL ), Université de Rouen Normandie ( UNIROUEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and université de Bourgogne, LNC
Subjects: [SDV.MHEP.HEM] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hematology, [ SDV.MHEP.HEM ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hematology, [SDV.MHEP.HEM]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hematology
Abstract: IF 7.702; International audience
Published: 2017

22. Interplay between 4-Hydroxy-3-Methyl-2-Alkylquinoline and N-Acyl-Homoserine Lactone Signaling in a Burkholderia cepacia Complex Clinical Strain

Author: Marie-Christine Groleau, Servane Le Guillouzer, Eric Déziel, Annelise Chapalain, Aurélie Miomandre, Ludovic Vial, Sylvain Milot, Pathogenèse des légionelles- Legionella pathogenesis (LegioPath), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Armand Frappier (INRS-IAF), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Recherche Scientifique [Québec] (INRS), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was supported by grants MOP-97888 and MOP-142466 from the Canadian Institutes of Health Research (CIHR) to ED. ED holds the Canada Research Chair in Sociomicrobiology, Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut Armand Frappier ( INRS-IAF ), Institut National de la Recherche Scientifique [Québec] ( INRS ) -Réseau International des Instituts Pasteur ( RIIP ) -Institut Armand Frappier, Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), Courcelles, Michel, Institut National de la Recherche Scientifique [Québec] (INRS)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Pathogenèse des légionelles- Legionella pathogenesis, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)
Subjects: 0301 basic medicine, Microbiology (medical), Operon, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030106 microbiology, lcsh:QR1-502, Virulence, Biology, medicine.disease_cause, Microbiology, lcsh:Microbiology, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, quorum sensing, gene regulation, burkholderia ambifaria, medicine, gène régulateur, Original Research, Phase variation, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Pseudomonas aeruginosa, Microbiology and Parasitology, Burkholderia ambifaria, food and beverages, burkholderia, biology.organism_classification, Microbiologie et Parasitologie, [SDV] Life Sciences [q-bio], Quorum sensing, Burkholderia cepacia complex, N-Acyl homoserine lactone, chemistry
Abstract: International audience; Species from the Burkholderia cepacia complex (Bcc) share a canonical LuxI/LuxR quorum sensing (QS) regulation system named CepI/CepR, which mainly relies on the acyl-homoserine lactone (AHL), octanoyl-homoserine lactone (C8-HSL) as signaling molecule. Burkholderia ambifaria is one of the least virulent Bcc species, more often isolated from rhizospheres where it exerts a plant growth-promoting activity. However, clinical strains of B. ambifaria display distinct features, such as phase variation and higher virulence properties. Notably, we previously reported that under laboratory conditions, only clinical strains of the B. ambifaria species produced 4-hydroxy-3-methyl-2-alkylquinolines (HMAQs) via expression of the hmqABCDEFG operon. HMAQs are the methylated counterparts of the 4-hydroxy-2-alkylquinolines (HAQs) produced by the opportunistic human pathogen Pseudomonas aeruginosa, in which they globally contribute to the bacterial virulence and survival. We have found that unlike P. aeruginosa's HAQs, HMAQs do not induce their own production. However, they indirectly regulate the expression of the hmqABCDEFG operon. In B. ambifaria, a strong link between CepI/CepR-based QS and HMAQs is proposed, as we have previously reported an increased production of C8-HSL in HMAQ-negative mutants. Here, we report the identification of all AHLs produced by the clinical B. ambifaria strain HSJ1, namely C6-HSL, C8-HSL, C10-HSL, 3OHC8-HSL, 3OHC10-HSL, and 3OHC12-HSL. Production of significant levels of hydroxylated AHLs prompted the identification of a second complete LuxI/LuxR-type QS system relying on 3OHC10-HSL and 3OHC12-HSL, that we have named CepI2/CepR2. The connection between these two QS systems and the hmqABCDEFG operon, responsible for HMAQs biosynthesis, was investigated. The CepI/CepR system strongly induced the operon, while the second system appears moderately involved. On the other hand, a HMAQ-negative mutant overproduces AHLs from both QS systems. Even if HMAQs are not classical QS signals, their effect on AHL-based QS system still gives them a part to play in the QS circuitry in B. ambifaria and thus, on regulation of various phenotypes.
Published: 2017

23. L’autophagie garante de l’immunité et de l’inflammation : 'Tout est bien, tout va bien, tout va pour le mieux quil soit possible'

Author: Lapaquette, Pierre, Thi Thu Nguyen, Hang, Faure, Mathias, Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte - Clermont Auvergne (M2iSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne), Autophagie infections immunité – Autophagy Infection Immunity, Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte - Clermont Auvergne ( M2iSH ), Université Clermont Auvergne ( UCA ), Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte (M2iSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne), Autophagie infection et immunité - Autophagy Infection Immunity (APY), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Inflammation, Crohn Disease, Inflammasomes, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Autophagy, NF-kappa B, Animals, Humans, Interferons, Immunity, Innate
Abstract: International audience; Autophagy is a lysosomal degradation mechanism which helps to control intracellular infections and contributes to the regulation of innate and adaptive immune responses. Defects in autophagy lead to exacerbated proliferation of microorganisms and/or to excessive immune responses which are both highly deleterious. Thus, infectious and chronic inflammatory human diseases, such as Crohn's disease, are often associated with inappropriate modulation of autophagy, which is mainly linked to autophagy-associated gene polymorphisms. In this review, we highlight the current understanding of role of autophagy in infections and immunity.; L’autophagie est un mécanisme de dégradation lysosomale qui contribue au contrôle des agents infectieux intracellulaires et à la régulation de réponses immunitaires innées et adaptatives. Des dysfonctionnements de l’autophagie conduisent à une persistance accrue de microorganismes dans les cellules infectées et à des excès de réponses immunitaires fortement préjudiciables pour l’organisme. Ainsi, des pathologies infectieuses, ou inflammatoires chroniques (comme la maladie de Crohn), sont liées à des modulations inappropriées de l’autophagie, souvent associées chez l’homme à des polymorphismes de gènes contribuant au processus autophagique.
Published: 2017

24. Clinical characteristics and outcome of respiratory syncytial virus infection among adults hospitalized with influenza-like illness in France

Author: I. Sadler, J. Bernard, A. Cloppet-Fontaine, N. Fidouh, M. Boisseau, P. Géraud, C. Le Pape, H. Mal, A. Leleu, Paul Loubet, E. Munier, Sélilah Amour, H. Bodilis, A. Konaté, A. Justet, V. Driss, Pierre Loulergue, S. Noslier, D. Fruit, M. Sebbane, M. Ranaivoson, M. Servera-Miyalou, Gisèle Lagathu, Florence Galtier, X. Duval, T. Goulenok, M. Valette, R. Kanaan, Isabelle Goderel, M. Ray, Enrique Casalino, Olivier Brugière, Pierre Tattevin, A. Bretagnol, M.S. Léglise, Christophe Rioux, P. Pradere, E. Couve-Deacon, Christine Vallejo, C. Fenerol, R. Jouenne, Anne Laure Pelletier, S. Loeffert, J.F. Alexandra, Sophie Alain, Bruno Lina, Fabrice Lainé, F. Letois, M. Lachatre, P. Chavance, Z. Lesieur, Y.E. Claessens, K. Seddik, Isabelle Bonmarin, Julien Charpentier, Alexandre Bleibtreu, Charles Burdet, Flore Rozenberg, Fabrice Daviaud, Christophe Choquet, N. Houhou, E. Dupeyrat, P. Vanhems, Odile Launay, M. Lilamand, Nicolas Mongardon, S. Momcilovic, Sylvie Rogez, N. Lenzi, A. Raynaud-Simon, K. Becheur, D. Postil, Yazdan Yazdanpanah, S. Harent, P. Fillatre, M. Aubier, A. Bourdin, K. Belghalem, Vincent Foulongne, Stéphane Jouneau, K. Francourt, L. Beuzit, F. Beaumale, E. Thébault, N. Emeyrat, Anne Krivine, P. Blanche, T. Papo, V. Verry, L. Pereira, Corinne Merle, P. Ralaimazava, A. Debit, L. Colosi, N. Coolent, Yolande Costa, F. Chau, Fabrice Carrat, F. Betend, K. Klouche, K. Tan Boun, Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), F-CRIN, Innovative clinical research network in vaccinology (I-REIVAC), Laboratoire de Virologie [GH Nord HCL, Lyon] (CNR des virus influenza), Institut des Agents Infectieux [Lyon] (IAI), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Groupement Hospitalier Nord des HCL [Lyon], Pathogénèse et contrôle des infections chroniques (PCCI), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), AP-HP - Hôpital Cochin Broca Hôtel Dieu [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Laboratoire de Virologie [Rennes] = Virology [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Service de Bactériologie, Virologie, Hygiène [CHU Limoges], CHU Limoges, INSERA CIC, Hôpital Bichat - Claude Bernard, CIC Montpellier, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Hôpital Saint Eloi (CHRU Montpellier), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre d'Investigation Clinique de Limoges (CIC1435), CHU Limoges-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], Laboratoire des pathogènes émergents -- Emerging Pathogens Laboratory (LPE-Fondation Mérieux), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service d'Hygiène, Epidémiologie et Prévention [Hôpital Edouard Herriot - HCL], Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Virpath-Grippe, de l'émergence au contrôle -- Virpath-Influenza, from emergence to control (Virpath), Infection, Antimicrobiens, Modélisation, Evolution ( IAME ), Université Paris 13 ( UP13 ) -Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Université Sorbonne Paris Cité ( USPC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier ( CHU Montpellier ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier ( CHU Montpellier ), CHU Saint-Eloi, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] ( CHRU Montpellier ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -CHU Saint-Eloi, Centre d'Investigation Clinique de Limoges ( CIC1435 ), CHU Limoges-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale, Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou, Centre d'Investigation Clinique [Rennes] ( CIC ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Unité de Santé Publique, Assistance publique - Hôpitaux de Paris - AP-HP (FRANCE)-CHU Saint-Antoine [APHP], Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique ( iPLESP ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), CIC Cochin Pasteur ( CIC 1417 ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Cochin [AP-HP]-Hôtel-Dieu-Groupe hospitalier Broca-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier (CHU Montpellier ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-CHU Saint-Eloi-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Groupement Hospitalier Nord des HCL [Lyon]-Institut des Agents Infectieux [Lyon] (IAI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Subjects: 0301 basic medicine, Male, Comorbidity, Respiratory syncytial virus, [SDV.MHEP.PSR]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Pulmonology and respiratory tract, law.invention, 0302 clinical medicine, Elderly, law, Risk Factors, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Diagnosis, 80 and over, Odds Ratio, Influenza-like illness, 030212 general & internal medicine, Hospital Mortality, Child, Aged, 80 and over, Mortality rate, virus diseases, General Medicine, Middle Aged, Intensive care unit, 3. Good health, Hospitalization, Intensive Care Units, Infectious Diseases, Child, Preschool, Female, France, Seasons, Human, Microbiology (medical), Adult, medicine.medical_specialty, Adolescent, 030106 microbiology, Respiratory Syncytial Virus Infections, Article, Virus, Diagnosis, Differential, 03 medical and health sciences, Young Adult, Internal medicine, Influenza, Human, medicine, Humans, Adults, Preschool, Aged, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], business.industry, Infant, Odds ratio, Pneumonia, medicine.disease, Influenza, Patient Outcome Assessment, Respiratory failure, Respiratory Syncytial Virus, Human, Immunology, Differential, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, business
Abstract: International audience; OBJECTIVES: The aim of this study was to analyse characteristics and outcome of respiratory syncytial virus (RSV) infection in adults hospitalized with influenza-like illness (ILI). METHODS: Patients hospitalized with ILI were included in this prospective, multicentre study carried out in six French hospitals during three consecutive influenza seasons (2012-2015). RSV and other respiratory viruses were detected by multiplex PCR in nasopharyngeal swabs. Risk factors for RSV infection were identified by backward stepwise logistic regression analysis. RESULTS: A total of 1452 patients hospitalized with ILI were included, of whom 59% (861/1452) were >65 years and 83% (1211/1452) had underlying chronic illnesses. RSV was detected in 4% (59/1452), and influenza virus in 39% (566/1452). Risk factors for RSV infection were cancer (adjusted OR 2.1, 95% CI 1.1-4.1, p 0.04), and immunosuppressive treatment (adjusted OR 2.0, 95% CI 1.1-3.8, p 0.03). Patients with RSV had a median length of stay of 9 days (6-25), and 57% of them (30/53) had complications, including pneumonia (23/53, 44%) and respiratory failure (15/53, 28%). Fifteen per cent (8/53) were admitted to an intensive care unit, and the in-hospital mortality rate was 8% (4/53). Pneumonia was more likely to occur in patients with RSV than in patients with RSV-negative ILI (44% (23/53) versus 26% (362/1393), p 0.006) or with influenza virus infection (44% versus 28% (157/560), p 0.02). CONCLUSION: RSV is an infrequent cause of ILI during periods of influenza virus circulation but can cause severe complications in hospitalized adults. Risk factors for RSV detection in adults hospitalized with ILI include cancer and immunosuppressive treatment. Specific immunization and antiviral therapy might benefit patients at risk.
Published: 2017

25. Strong incidence of pseudomonas aeruginosa on bacterial rrs and ITS genetic structures of cystic fibrosis sputa

Author: Philippe Reix, François Vandenesch, Carine Commun, Hélène Meugnier, Isabelle Durieu, Laurence Pages-Monteiro, Benoit Cournoyer, Anne Doléans-Jordheim, Claire Bardel, Nolwenn Alliot, Jean Freney, Stéphane Durupt, Michele Perouse-de-Montclos, Romain Marti, Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Laboratoire de Bactériologie, Centre de Biologie et Pathologie Est, Hospices Civils de Lyon (HCL), Biostatistiques santé, Département biostatistiques et modélisation pour la santé et l'environnement [LBBE], Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Pathogénie des Staphylocoques – Staphylococcal Pathogenesis (StaPath), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Bactériologie, Centre hospitalier Lyon Sud, Centre de Ressources et de Compétences (CRCM) adulte, Centre de ressources et Compétences (CRCM) enfant, Hopital Femme Mère Enfant, U851, Equipe de recherche Pathogènie des Staphylocoques, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Pathogénie des Staphylocoques – Staphylococcal Pathogenesis, Doleans-Jordheim, Anne, Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), Institut d'Enseignement Supérieur et de Recherche en Alimentation, Santé Animale, Sciences Agronomiques et de l'Environnement, Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive ( LBBE ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM )
Subjects: 0301 basic medicine, Cystic Fibrosis, Pulmonology, lung-function, [SDV]Life Sciences [q-bio], lcsh:Medicine, medicine.disease_cause, Pathology and Laboratory Medicine, Polymerase Chain Reaction, law.invention, law, Antibiotics, RNA, Ribosomal, 16S, Prevotella, Medicine and Health Sciences, Cluster Analysis, stenotrophomonas-maltophilia, lcsh:Science, DNA extraction, Polymerase chain reaction, Multidisciplinary, biology, Antimicrobials, staphylococcus-aureus, Incidence, Microbiota, intergenic spacer analysis, microbial diversity, airway microbiota, pulmonary exacerbation, young-children, communities, pathogens, Pseudomonas Aeruginosa, Drugs, Genomics, 3. Good health, Anti-Bacterial Agents, Electrophoresis, Gel, Pulsed-Field, Bacterial Pathogens, Stenotrophomonas maltophilia, Medical Microbiology, Genetic Diseases, Stenotrophomonas, Neisseria, Research Article, DNA, Bacterial, 030106 microbiology, Haemophilus, Microbial Sensitivity Tests, Microbial Genomics, Microbiology, 03 medical and health sciences, Extraction techniques, Autosomal Recessive Diseases, Pseudomonas, Microbial Control, medicine, Genetics, Humans, Pseudomonas Infections, Microbial Pathogens, Pharmacology, Clinical Genetics, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Bacteria, Pseudomonas aeruginosa, lcsh:R, Sputum, Organisms, Genetic Variation, Biology and Life Sciences, biology.organism_classification, Fibrosis, Research and analysis methods, Burkholderia, RNA, Ribosomal, Antibiotic Resistance, lcsh:Q, Metagenomics, Microbiome, Antimicrobial Resistance, Developmental Biology
Abstract: Cystic fibrosis (CF) lungs harbor a complex community of interacting microbes, including pathogens like Pseudomonas aeruginosa. Meta-taxogenomic analysis based on V5-V6 rrs PCR products of 52 P. aeruginosa-positive (Pp) and 52 P. aeruginosa-negative (Pn) pooled DNA extracts from CF sputa suggested positive associations between P. aeruginosa and Stenotrophomonas and Prevotella, but negative ones with Haemophilus, Neisseria and Burkholderia. Internal Transcribed Spacer analyses (RISA) from individual DNA extracts identified three significant genetic structures within the CF cohorts, and indicated an impact of P. aeruginosa. RISA clusters Ip and IIIp contained CF sputa with a P. aeruginosa prevalence above 93%, and of 24.2% in cluster IIp. Clusters Ip and IIIp showed lower RISA genetic diversity and richness than IIp. Highly similar cluster IIp RISA profiles were obtained from two patients harboring isolates of a same P. aeruginosa clone, suggesting convergent evolution in the structure of their microbiota. CF patients of cluster IIp had received significantly less antibiotics than patients of clusters Ip and IIIp but harbored the most resistant P. aeruginosa strains. Patients of cluster IIIp were older than those of Ip. The effects of P. aeruginosa on the RISA structures could not be fully dissociated from the above two confounding factors but several trends in these datasets support the conclusion of a strong incidence of P. aeruginosa on the genetic structure of CF lung microbiota.
Published: 2017

26. Marburgvirus Hijacks Nrf2-Dependent Pathway by Targeting Nrf2-Negative Regulator Keap1

Author: Philip Lawrence, Audrey Bagnaud-Baule, Sina Bavari, Shyam Biswal, Kirill Nemirov, Valentina A. Volchkova, Michèle Ottmann, Mathieu Mateo, Saint Patrick Reid, Oliver Reynard, Vincent Lotteau, Amy C. Shurtleff, Viktor E. Volchkov, Rajesh K. Thimmulappa, Audrey Page, Bases moléculaires de la pathogénicité virale – Molecular Basis of Viral Pathogenicity (BMPV), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), U.S. Army Medical Research Institute of Infectious Diseases (USAMRIID), Biologie cellulaire des infections virales – Cell biology of viral infection, Department of Environmental Health Sciences [JHU Baltimore], Johns Hopkins University (JHU) School of Public Health, Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), U.S. Army Medical Research Institute of Infectious Diseases, Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: biology, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], HEK 293 cells, Inflammation, respiratory system, Marburgvirus, biology.organism_classification, Virology, KEAP1, environment and public health, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 3. Good health, Viral replication, lcsh:Biology (General), medicine, Ectopic expression, medicine.symptom, Signal transduction, Transcription factor, lcsh:QH301-705.5
Abstract: International audience; Marburg virus (MARV) has a high fatality rate in humans, causing hemorrhagic fever characterized by massive viral replication and dysregulated inflammation. Here, we demonstrate that VP24 of MARV binds Kelch-like ECH-associated protein 1 (Keap1), a negative regulator of nuclear transcription factor erythroid-derived 2 (Nrf2). Binding of VP24 to Keap1 Kelch domain releases Nrf2 from Keap1-mediated inhibition promoting persistent activation of a panoply of cytoprotective genes implicated in cellular responses to oxidative stress and regulation of inflammatory responses. Increased expression of Nrf2-dependent genes was demonstrated both during MARV infection and upon ectopic expression of MARV VP24. We also show that Nrf2-deficient mice can control MARV infection when compared to lethal infection in wild-type animals, indicating that Nrf2 is critical for MARV infection. We conclude that VP24-driven activation of the Nrf2-dependent pathway is likely to contribute to dysregulation of host antiviral inflammatory responses and that it ensures survival of MARV-infected cells despite these responses.
Published: 2014
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27. Nivolumab and interferon-γ rescue therapy to control mixed mould and bacterial superinfection after necrotizing fasciitis and septic shock

Author: Anne-Claire Lukaszewicz, Fabienne Venet, André Boibieux, Mathilde Lherm, Bertrand Devigne, Guillaume Monneret, Physiopathologie de l'immunodépression associée aux réponses inflammatoires systémiques / Pathophysiology of Injury-induced Immunosuppression (PI3), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [Hôpital de la Croix-Rousse - HCL], Hôpital de la Croix-Rousse [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), and Centre de Traitement des Brûlés [Hôpital E. Herriot - CHU - HCL] (CTB)
Subjects: Infectious Diseases, [SDV]Life Sciences [q-bio], Microbiology
Abstract: Immunosuppression is a major feature of septic shock and patients are at increased risk for opportunistic infections. We describe a successful use of immunostimulation to treat mixed mould and bacterial superinfection in a previously healthy 38-year-old female patient admitted for severe extensive fasciitis. Interferon gamma associated with nivolumab reversed successfully deactivation of immune cells assessed by altered expressions of monocyte human leukocyte antigen-DR (HLA-DR) and lymphocyte programmed death receptor-1 (PD-1). Immunosuppressed patients in ICU with invasive bacterial and fungal infections may benefit from immunostimulation.
Published: 2022

28. COVID-19 clusters in a teaching hospital during the second wave of the SARS-CoV-2 pandemic in France: A descriptive study and lessons learned for waves to come

Author: Cédric Dananché, Christelle Elias, Nicolas Guibert, Sophie Gardes, Christine Barreto, Marie-Agnès Denis, Pascal Fascia, Solweig Gerbier, Béatrice Grisi, Nagham Khanafer, Amélie Massardier-Pilonchéry, Élodie Munier-Marion, Claudine Pasquet, Jean-Baptiste Fassier, Philippe Vanhems, Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité Mixte de Recherche Epidémiologique et de Surveillance Transport Travail Environnement (UMRESTTE UMR_T9405), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Université Gustave Eiffel
Subjects: HEALTHCARE-ASSOCIATED INFECTION, EPIDEMIOLOGIE, Epidemiology, Health Personnel, Health Policy, Public Health, Environmental and Occupational Health, COVID-19, CLUSTER, TRAITEMENT DE L'INFORMATION, SARS-COV-2, PREVENTION, COMMUNITY INCIDENCE, MEDECINE, Infectious Diseases, SANTE, Humans, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Hospitals, Teaching, Pandemics, Aged
Abstract: A total of 92 coronavirus disease 2019 clusters involving 1,156 individuals (729 patients and 427 healthcare workers) occurred in Lyon University Hospital between September 1, 2020 and March 31, 2021, mostly on medical and geriatric wards. The number of clusters was closely correlated to the trend in coronavirus disease 2019 community incidence over time; in-hospital clusters did not persist when community incidence decreased. Recommended preventive measures were not fully applicable due to specific ward-associated determinants and patient characteristics.
Published: 2022

29. C/EBPα Confers Dependence to Fatty Acid Anabolic Pathways and Vulnerability to Lipid Oxidative Stress–Induced Ferroptosis in FLT3 -Mutant Leukemia

Author: Marie Sabatier, Rudy Birsen, Laura Lauture, Sarah Mouche, Paolo Angelino, Jonas Dehairs, Lea Goupille, Ismael Boussaid, Mael Heiblig, Emeline Boet, Ambrine Sahal, Estelle Saland, Juliana C. Santos, Marc Armengol, Miranda Fernandez-Serrano, Thomas Farge, Guillaume Cognet, Federico Simonetta, Corentin Pignon, Antoine Graffeuil, Celine Mazzotti, Herve Avet-Loiseau, Oceane Delos, Justine Bertrand-Michel, Amelie Chedru, Vilma Dembitz, Paolo Gallipoli, Natasha S. Anstee, Sun Loo, Andrew H. Wei, Martin Carroll, Armelle Goubard, Remy Castellano, Yves Collette, Francois Vergez, Veronique Mansat-De Mas, Sarah Bertoli, Suzanne Tavitian, Muriel Picard, Christian Recher, Nathalie Bourges-Abella, Fanny Granat, Olivier Kosmider, Pierre Sujobert, Benoit Colsch, Carine Joffre, Lucille Stuani, Johannes V. Swinnen, Herve Guillou, Gael Roue, Nawad Hakim, Anne S. Dejean, Petros Tsantoulis, Clement Larrue, Didier Bouscary, Jerome Tamburini, Jean-Emmanuel Sarry, Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Faculté de médecine [Genève], Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne] (SIB), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Leuven Cancer Institute [Leuven, Belgium] (LKI), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Josep Carreras Leukaemia Research Institute (IJC), MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Queen Mary University of London (QMUL), The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research (WEHI), University of Melbourne, Peter MacCallum Cancer Center, Perelman School of Medicine, University of Pennsylvania, Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC), Institut Universitaire du Cancer de Toulouse - Oncopole (IUCT Oncopole - UMR 1037), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Régional d'Exploration Fonctionnelle et Ressources Expérimentales (CREFRE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Leuven Cancer Institute (LKI), Leuven, Belgium, ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Toulousain des Maladies Infectieuses et Inflammatoires (Infinity), Université de Genève = University of Geneva (UNIGE), and 2018/Ligue Nationale de Lutte contre le Cancer C57799/A27964/Cancer Research UK (CRUK) Institut National Du Cancer (INCa)
Subjects: Oncology, [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: Although transcription factor CCAAT-enhancer binding protein α (C/EBPα) is critical for normal and leukemic differentiation, its role in cell and metabolic homeostasis is largely unknown in cancer. Here, multiomics analyses uncovered a coordinated activation of C/EBPα and Fms-like tyrosine kinase 3 (FLT3) that increased lipid anabolism in vivo and in patients with FLT3-mutant acute myeloid leukemia (AML). Mechanistically, C/EBPα regulated the fatty acid synthase (FASN)–stearoyl-CoA desaturase (SCD) axis to promote fatty acid (FA) biosynthesis and desaturation. We further demonstrated that FLT3 or C/EBPα inactivation decreased monounsaturated FA incorporation to membrane phospholipids through SCD downregulation. Consequently, SCD inhibition enhanced susceptibility to lipid redox stress that was exploited by combining FLT3 and glutathione peroxidase 4 inhibition to trigger lipid oxidative stress, enhancing ferroptotic death of FLT3-mutant AML cells. Altogether, our study reveals a C/EBPα function in lipid homeostasis and adaptation to redox stress, and a previously unreported vulnerability of FLT3-mutant AML to ferroptosis with promising therapeutic application. Significance: FLT3 mutations are found in 30% of AML cases and are actionable by tyrosine kinase inhibitors. Here, we discovered that C/EBPα regulates FA biosynthesis and protection from lipid redox stress downstream mutant-FLT3 signaling, which confers a vulnerability to ferroptosis upon FLT3 inhibition with therapeutic potential in AML. This article is highlighted in the In This Issue feature, p. 1501
Published: 2023

30. Antiviral drugs in hospitalized patients with COVID-19 - the DisCoVeRy trial

Author: Bruno Mourvillier, François-Xavier Lescure, Dominique Costagliola, Alain Makinson, Valérie Pourcher, Odile Launay, Clément Dubost, Saad Nseir, Emmanuel Faure, Yazdan Yazdanpanah, Jean-Christophe Richard, Lila Bouadma, Kevin Bouiller, Juliette Saillard, Jean Reignier, Claire Andrejak, Alpha Diallo, Lionel Piroth, Jean-Philippe Lanoix, Violaine Tolsma, Christelle Delmas, Gilles Peytavin, André Cabié, Marion Noret, Karine Lacombe, Elisabeth Botelho-Nevers, Thérèse Staub, Johan Courjon, Florence Ader, Nathan Peiffer-Smadja, Jean-Christophe Navellou, Maya Hites, Jean Reuter, Noemie Mercier, Maude Bouscambert-Duchamp, François Danion, S. Gallien, Julien Poissy, Florent Wallet, Guillaume Martin-Blondel, Raphaël Clere-Jehl, Bruno Lina, Amandine Gagneux-Brunon, Antoine Kimmoun, Rostane Gaci, Olivier Epaulard, Axelle Dupont, François Raffi, Aline Dechanet, François Goehringer, Joy Mootien, Stéphane Jauréguiberry, Sylvie Leroy, Charles Burdet, Toni Alfaiate, Drifa Belhadi, Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Lille, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hospices Civils de Lyon (HCL), Virology and human respiratory Pathologies - Virology and human respiratory Pathologies (VirPath), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), ANRS - Maladies infectieuses émergentes (ANRS - MIE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Santé Publique, Université de Médecine Carol Davila, Centre d'investigation Clinique [CHU Bichat] - Épidémiologie clinique (CIC 1425), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), ANRS France Recherche Nord & sud Sida-hiv hépatites, Département d'Epidemiologie, Biostatistique et Recherche Clinique (DEBRC), Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Défaillance Cardiovasculaire Aiguë et Chronique (DCAC), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL), Cardiovascular and Renal Clinical Trialists [Vandoeuvre-les-Nancy] (INI-CRCT), Institut Lorrain du Coeur et des Vaisseaux Louis Mathieu [Nancy], Service de Réanimation Médicale [CHRU Nancy], AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), CHU Amiens-Picardie, Agents infectieux, résistance et chimiothérapie - UR UPJV 4294 (AGIR ), and Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie
Subjects: medicine.medical_specialty, Coronavirus disease 2019 (COVID-19), business.industry, Hospitalized patients, Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), Lopinavir, Hydroxychloroquine, Odds ratio, law.invention, Randomized controlled trial, law, Internal medicine, medicine, Ritonavir, business, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, medicine.drug
Abstract: BackgroundLopinavir/ritonavir, lopinavir/ritonavir-interferon (IFN)-β-1a and hydroxychloroquine efficacy for COVID-19 have been evaluated, but detailed evaluation is lacking.ObjectiveTo determine the efficacy of lopinavir/ritonavir, lopinavir/ritonavir-IFN-β-1a, hydroxychloroquine or remdesivir for improving the clinical, virological outcomes in COVID-19 inpatients.DesignOpen-label, randomized, adaptive, controlled trial.SettingMulti-center trial with patients from France.Participants583 COVID-19 inpatients requiring oxygen and/or ventilatory supportInterventionStandard of care (SoC, control), SoC plus lopinavir/ritonavir (400 mg lopinavir and 100 mg ritonavir every 12h for 14 days), SoC plus lopinavir/ritonavir plus IFN-ß-1a (44 μg of subcutaneous IFN-ß-1a on days 1, 3, and 6), SoC plus hydroxychloroquine (400 mg twice on day 1 then 400 mg once daily for 9 days) or SoC plus remdesivir (200 mg intravenously on day 1 then 100 mg once-daily for hospitalization duration or 10 days).MeasurementsThe primary outcome was the clinical status at day 15, measured by the WHO 7-point ordinal scale. Secondary outcomes included SARS-CoV-2 quantification in respiratory specimens and safety analyses.ResultsAdjusted Odds Ratio (aOR) for the WHO 7-point ordinal scale were not in favor of investigational treatments: lopinavir/ritonavirversuscontrol, aOR 0.83, 95%CI, 0.55 to 1.26, P=0.39; lopinavir/ritonavir-IFN-β-1aversuscontrol, aOR 0.69, 95%CI, 0.45 to 1.04, P=0.08; hydroxychloroquineversuscontrol, aOR 0.93, 95%CI, 0.62 to 1.41, P=0.75. No significant effect on SARS-CoV-2 RNA clearance in respiratory tract was evidenced. Lopinavir/ritonavir-containing treatments were significantly associated with more SAE.LimitationsNot a placebo-controlled, no anti-inflammatory agents tested.ConclusionNo improvement of the clinical status at day 15 nor SARS-CoV-2 RNA clearance in respiratory tract specimens by studied drugs. This comforts the recent Solidarity findings.RegistrationNCT04315948.FundingPHRC 2020, Dim OneHealth, REACTing
Published: 2023

31. Distinct subsets of multi-lymphoid progenitors support ontogeny-related changes in human lymphopoiesis

Author: Keita, Seydou, Diop, Samuel, Lekiashvili, Shalva, Chabaane, Emna, Nelson, Elisabeth, Strullu, Marion, Arfeuille, Chloé, Guimiot, Fabien, Domet, Thomas, Duchez, Sophie, Evrard, Bertrand, Darde, Thomas, Larghero, Jerome, Verhoeyen, Els, Cumano, Ana, Macintyre, Elizabeth, Kasraian, Zeinab, Jouen, François, Goodhardt, Michele, Garrick, David, Chalmel, Frederic, Alhaj Hussen, Kutaiba, Canque, Bruno, Immunologie humaine, physiopathologie & immunothérapie (HIPI (UMR_S_976 / U976)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL), Institut de Recherche Saint-Louis - Hématologie Immunologie Oncologie (Département de recherche de l’UFR de médecine, ex- Institut Universitaire Hématologie-IUH) (IRSL), Université Paris Cité (UPCité), Cognitions Humaine et ARTificielle (CHART), Université Paris 8 Vincennes-Saint-Denis (UP8)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Nanterre (UPN)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Hématopoïèse normale et pathologique : émergence, environnement et recherche translationnelle [Paris] ((UMR_S1131 / U1131)), AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Maladies neurodéveloppementales et neurovasculaires (NeuroDiderot (UMR_S_1141 / U1141)), Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), SciLicium [Rennes], Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre méditerranéen de médecine moléculaire (C3M), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Côte d'Azur (UCA), Lymphopoïèse (Lymphopoïèse (UMR_1223 / U1223 / U-Pasteur_4)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Université Paris-Saclay, Hôpital Paul Brousse, and This work was supported by the Agence de la Biomédecine, Agence National de la Recherche (ANR EpiDev), the Institut National Du Cancer (InCA B-REC), the Fondation Ramsay Générale de Santé, and by the INSERM HuDeCA network.
Subjects: adaptative immunity, [SDV]Life Sciences [q-bio], aging, early lymphoid progenitors, human lymphopoiesis, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, CP: Immunology, CP: Developmental biology, multi-lymphoid progenitors, development, lymphoid development architecture
Abstract: International audience; Changes in lymphocyte production patterns occurring across human ontogeny remain poorly defined. In this study, we demonstrate that human lymphopoiesis is supported by three waves of embryonic, fetal, and postnatal multi-lymphoid progenitors (MLPs) differing in CD7 and CD10 expression and their output of CD127-/+ early lymphoid progenitors (ELPs). In addition, our results reveal that, like the fetal-to-adult switch in erythropoiesis, transition to postnatal life coincides with a shift from multilineage to B lineage-biased lymphopoiesis and an increase in production of CD127+ ELPs, which persists until puberty. A further developmental transition is observed in elderly individuals whereby B cell differentiation bypasses the CD127+ compartment and branches directly from CD10+ MLPs. Functional analyses indicate that these changes are determined at the level of hematopoietic stem cells. These findings provide insights for understanding identity and function of human MLPs and the establishment and maintenance of adaptative immunity.
Published: 2023

32. Vaccin grippe équine : Vers une meilleure protection ?

Author: Carnet, Flora, Paillot, Romain, Fortier, Christine, Hue, Erika, Briot, Laurie, de Geoffroy, Frédéric, Vidalain, Pierre-Olivier, Pronost, Stéphane, LABÉO, Pôle d’analyses et de recherche de Normandie (LABÉO), Biologie, génétique et thérapies ostéoarticulaires et respiratoires (BIOTARGEN), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), School of Equine and Veterinary Physiotherapy, Writtle University College (WUC), La Jumenterie du Pin [IFCE], Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut français du cheval et de l'équitation, and VacAdEq
Subjects: [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health
Abstract: National audience; Contexte: Le virus de la grippe équine (VIE) est fréquemment décrit dans de nombreuses parties du globe. Il est responsable de troubles respiratoires caractérisés par l'apparition de fièvre, toux et d'écoulement nasal. Fortement contagieux, le VIE se transmet d'un animal à l'autre par aérosols. La grippe équine peut, de ce fait, avoir d'importantes conséquences aussi bien au niveau santé et bien-être animal qu'en terme d'impact économique. La lutte contre ce virus repose essentiellement sur la mise en place de mesures préventives telle que la vaccination. Cependant, des infections par le VIE sont régulièrement observées de nombreux cas de grippe équine ont été recensés dans plusieurs pays d'Europe en 2022. La France semble avoir été épargnée avec seulement 2 cas déclarés par le RESPE (Réseau d’Épidémio-Surveillance en Pathologies Équines). Une bonne couverture vaccinale pour lutter contre la grippe équine en France est fort probablement un des éléments clés en termes de biosécurité contre ce virus. Cependant, depuis Juillet 2022, l’Agence National du Médicament Vétérinaire (ANMV-Anses) signale une rupture d’approvisionnement des vaccins contre la grippe équine en France. Ces ruptures d’approvisionnement peuvent entrainer des décalages dans les calendriers vaccinaux et impacter la protection des chevaux face au VIE. En effet, la durée de la protection que procure le vaccin est un élément essentiel. Si l’efficacité des vaccins est suivie par un contrôle des souches circulant dans les différents pays, il demeure important de poursuivre les recherches afin d’apporter des solutions d’améliorations de protocoles applicables sur le terrain. Objectif : Afin d'améliorer l'efficacité des vaccins, nous proposons l'utilisation d'un composé aux propriétés immunostimulantes : le parapoxvirus ovis inactivé (iPPVO). En effet, une des possibilités pour augmenter l’efficacité des vaccins pourrait être de stimuler la réponse innée au moment de la vaccination. Méthode : Une population de 20 chevaux a été sélectionnée sur la base de leur réponse en anticorps suite à un rappel vaccinal afin de pouvoir mesurer un gain de protection. Un vaccin antigrippal équin entier inactivé avec adjuvant ISCOMatrix a été administré seul (n = 10) ou combiné avec des injections d'iPPVO (n = 10) à J0, J2 et J4 après la vaccination à des chevaux adultes. L'étude a nécessité un rappel vaccinal 6 mois après la dernière vaccination, comme le recommande désormais l'Organisation Mondiale de la Santé Animale (OMSA). Les niveaux d'anticorps ont été mesurés à l'aide du test d'hémolyse radiale simple (SRH) à 1, 3 et 6 mois après la vaccination. Cette méthode, recommandée par l'OMSA, permet de connaitre le niveau de protection du cheval grâce aux corrélats de protection précédemment décrits. Résultats : Les résultats ont révélé que le groupe de chevaux ayant reçu l’iPPVO présentait des taux d'anticorps plus élevés que le groupe témoin auquel on avait injecté le vaccin seul et ce groupe pouvait donc bénéficier d’une meilleure protection. L'étude a également montré que l'iPPVO d'augmenter le niveau de protection des chevaux en amplitude mais également dans la durée. De plus, bien que le vaccin utilisé ne contienne qu'une souche de clade 1 et de lignée européenne, l'augmentation des anticorps protecteurs a également été observée contre une souche de clade 2. Conclusion et Applications pratiques : l'iPPVO étant dérivé d'un virus qui a été inactivé, il ne s'agit pas d'un composé synthétisé chimiquement, ce qui constitue un avantage au regard des composés synthétiques souvent sujets à controverse. Ainsi, la stimulation du système immunitaire avec l'iPPVO, une substance déjà commercialisée en tant qu’immunostimulant, pourrait constituer une voie amélioration des protocoles de vaccination chez les chevaux et potentiellement chez d'autres espèces.
Published: 2023

33. Emergence, spread and characterisation of the SARS-CoV-2 variant B.1.640 circulating in France, October 2021 to February 2022

Author: Picard, Gwenola, Fournier, Lucie, Maisa, Anna, Grolhier, Claire, Chent, Souhaila, Huchet-Kervalla, Caroline, Sudour, Jeanne, Pretet, Maël, Josset, Laurence, Behillil, Sylvie, Schaeffer, Justine, Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France], Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique moléculaire des virus à ARN, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité)
Subjects: genomic surveillance, whole genome sequencing, [SDV.MHEP.ME]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, B.1.640, SARS-CoV-2, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, emerging variant, COVID-19
Abstract: International audience; BackgroundSuccessive epidemic waves of COVID-19 illustrated the potential of SARS-CoV-2 variants to reshape the pandemic. Detecting and characterising emerging variants is essential to evaluate their public health impact and guide implementation of adapted control measures.AimTo describe the detection of emerging variant, B.1.640, in France through genomic surveillance and present investigations performed to inform public health decisions.MethodsIdentification and monitoring of SARS-CoV-2 variant B.1.640 was achieved through the French genomic surveillance system, producing 1,009 sequences. Additional investigation of 272 B.1.640-infected cases was performed between October 2021 and January 2022 using a standardised questionnaire and comparing with Omicron variant-infected cases.ResultsB.1.640 was identified in early October 2021 in a school cluster in Bretagne, later spreading throughout France. B.1.640 was detected at low levels at the end of SARS-CoV-2 Delta variant’s dominance and progressively disappeared after the emergence of the Omicron (BA.1) variant. A high proportion of investigated B.1.640 cases were children aged under 14 (14%) and people over 60 (27%) years, because of large clusters in these age groups. B.1.640 cases reported previous SARS-CoV-2 infection (4%), anosmia (32%) and ageusia (34%), consistent with data on pre-Omicron SARS-CoV-2 variants. Eight percent of investigated B.1.640 cases were hospitalised, with an overrepresentation of individuals aged over 60 years and with risk factors.ConclusionEven though B.1.640 did not outcompete the Delta variant, its importation and continuous low-level spread raised concerns regarding its public health impact. The investigations informed public health decisions during the time that B.1.640 was circulating.
Published: 2023

34. Devenir intracellulaire des vecteurs AAV dans les cellules dendritiques humaines et conséquences sur le transfert de gène

Author: Rossi, Axel, Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Center for Molecular Medicine [Cologne] (CMMC), University of Cologne, NUCLEOVIR, Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Equipe virus AAV et vecteurs AAV (INSERM U758/ ENS de Lyon), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre de génétique et de physiologie moléculaire et cellulaire (CGPhiMC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, Anna Salvetti, Hildegard Büning, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de génétique et de physiologie moléculaire et cellulaire (CGPhiMC), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Equipe virus AAV et vecteurs AAV (INSERM U758/ ENS de Lyon), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: Ingénierie de capside, viruses, Gene Transfer, Transport intracellulaire, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Réponses Immunitaires, Uncoating, AAV vector, Adeno-associated virus, Décapsidation, Immune Responses, Tolérance, Capsid Engineering, Tolerance, Intracellular trafficking, Transfert de gène
Abstract: Vectors derived from the Adeno-associated virus (AAV) have emerged as an efficient system for in vivo gene transfer. However, despite their low immunogenicity and good tolerance in vivo, a better characterization of the host-AAV interaction is required to be able to fully exploit AAV’s potential fora gene therapy or gene vaccination. In this PhD project, we have used an in vitro directed evolution strategy to select an AAV capsid variant able to transduce human dendritic cell (DC), a non-permissive cell type which plays a critical role in the initiation of immune responses and, consequently, on the persistence of the expression of transgene in vivo. This procedure allowed us to identify an AAV variant characterized by a decreased stability of the capsid in vitro. The use of this mutant as a vector to transduce human DC resulted in an improved uncoating of the vector genome in the cell nucleus, thus identifying this step as major barrier toward DC transduction. Interestingly, the selected variant also displayed an increased transduction efficiency not only in DC but also in different primary human and animal cell types, poorly or non-permissive to AAV. Finally, when injected in mice, this AAV variant resulted in a higher expression of the transgene, associated to a low level of immune responses, suggesting the induction of tolerant state. The remarkable features suggest that our selected variant capsid is a promising candidate for medical applications.; Les vecteurs viraux dérivés du virus adéno-associé (AAV) apparaissent depuis deux décennies, comme des outils efficaces pour le transfert de gène in vivo. Cependant, malgré une faible immunogénicité et une absence de toxicité in vivo, leur optimisation requiert encore un effort important vers une meilleure compréhension de leur biologie et, en particulier, de leur interaction avec le système immunitaire. Au cours de ce travail de thèse, nous avons utilisé une méthode de sélection dirigée in vitro dans le but d’obtenir un variant de capside capable de transduire efficacement un type cellulaire non-permissif aux vecteurs AAV : les cellules dendritiques (DC). En effet, ces cellules jouent un rôle primordial dans l’établissement de la réponse immunitaire et, par conséquent, dans la persistance de l’expression du transgène in vivo. Cette technologie, très répandue dans la communauté AAV, a permis de sélectionner un variant de capside aux propriétés très intéressantes. La mutation sélectionnée, caractérisée in vitro comme induisant une instabilité de la capside, a permis d’identifier et de surmonter un point de blocage majeur dans le processus de transduction des DC par les vecteurs AAV consistant dans l’étape de décapsidation du génome du vecteur dans le noyau cellulaire. De manière intéressante, le variant obtenu exhibe un avantage en terme de transduction non seulement dans les DC mais aussi dans différents modèles de cellules primaires humaines (e.g. HUVEC) ou animales (OBC), peu ou pas permissive à l’AAV. De plus, des expériences de transfert de gène in vivo réalisées dans un modèle murin, indiquent que le variant sélectionné conduit à une meilleure expression du transgène, possiblement due à la mise en place d’un processus de tolérisation. Les propriétés remarquables de ce variant de capside, font de lui un candidat intéressant pour des applications médicales.
Published: 2016

35. Severe Pulmonary Fibrosis as the First Manifestation of Interferonopathy (TMEM173 Mutation)

Author: Christelle Ménard, Martine Reynaud-Gaubert, Cécile Picard, Nadia Jeremiah, Bruno Crestani, Philippe Reix, Frédéric Rieux-Laucat, Alexandre Belot, Jean-Christophe Dubus, Françoise Thivolet-Béjui, Véronique Secq, Caroline Kannengiesser, Guillaume Thouvenin, Etablissement Français du Sang - Alpes-Méditerranée ( EFS - Alpes-Méditerranée ), Etablissement Français du Sang, Anthropologie bio-culturelle, Droit, Ethique et Santé ( ADES ), Aix Marseille Université ( AMU ) -EFS ALPES MEDITERRANEE-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Service de Pneumologie Pédiatrique, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Trousseau [APHP], Centre de Recherche Saint-Antoine ( CR Saint-Antoine ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre de recherche sur l'Inflammation ( CRI ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratory of Excellence GR-Ex ' The red cell : from genesis to death ', PRES Sorbonne Paris Cité, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes ( URMITE ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -IFR48, INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Developpement Normal et Pathologique du Système Immunitaire, Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Imagine - Institut des maladies génétiques ( IMAGINE - U1163 ), Service de Pneumologie et Centre de Compétence des Maladies Pulmonaires Rares [AP-HP Hôpital Bichat, Paris], AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Physiopathologie et Epidémiologie des Maladies Respiratoires, Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Genetic Medicine, University of Manchester [Manchester]-Faculty of Human and Medical Sciences, Service de néphrologie, rhumatologie et dermatologie pédiatriques, Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Hôpital Mère Enfant, Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre national référent cancers rares - mésothéliomes malins pleuraux et tumeurs péritonéales rares ( MESOPATH ), CHU Caen-Hôpital côte de nacre, Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille ( CRCM ), Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), APHP Service de Génétique, Hôpital Bichat, Hôpital Nord [CHU - APHM], Service de pneumologie [Centre Hospitalier Lyon Sud - HCL], Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] ( CHLS ), Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Hôpital Femme Mère Enfant [CHU - HCL] (HFME), Hospices Civils de Lyon (HCL), Réponse immunitaire innée dans les maladies infectieuses et auto-immunes – Innate immunity in infectious and autoimmune diseases, Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre de Recherche Saint-Antoine (CR Saint-Antoine), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Hopital Bichat, Departement de Genetique, Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Physiopathologie et Epidémiologie des Maladies Respiratoires (PHERE (UMR_S_1152 / U1152)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hôpital Mère Enfant, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche Saint-Antoine (CRSA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), RespiRare - Centre pédiatrique de pneumologie et de référence pour les maladies pulmonaires rares [AP-HP Hôpital Armand-Trousseau], AP-HP Hôpital Armand-Trousseau [Paris], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: 0301 basic medicine, Pulmonary and Respiratory Medicine, Adult, Male, medicine.medical_specialty, Pathology, medicine.medical_treatment, Pulmonary Fibrosis, Primary Graft Dysfunction, Disease, Critical Care and Intensive Care Medicine, Gastroenterology, Severity of Illness Index, Autoimmune Diseases, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Fatal Outcome, Fibrosis, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Internal medicine, Pulmonary fibrosis, medicine, Lung transplantation, Humans, Child, 030203 arthritis & rheumatology, Inflammation, business.industry, Interstitial lung disease, Infant, Membrane Proteins, medicine.disease, 3. Good health, Transplantation, Chilblains, [ SDV.MHEP.MI ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, 030104 developmental biology, Mutation, Female, Cardiology and Cardiovascular Medicine, business, Vasculitis, Tomography, X-Ray Computed
Abstract: International audience; We report three cases of pulmonary disease suggesting fibrosis in two familial and one sporadic case. Pulmonary symptoms were associated with various clinical features of systemic inflammation and vasculitis involving the skin, and appeared at different ages. A strong interferon signature was found in all three cases. Disease was not responsive to corticosteroids, and lung transplantation was considered for all three subjects at an early age. One of them underwent double-lung transplantation, but she immediately experienced a primary graft dysfunction and died soon after. Recognized causes of familial interstitial lung disease were all excluded. All three subjects had a mutation in the previously described autoinflammatory disease called SAVI (stimulator of interferon genes [STING]-associated vasculopathy with onset in infancy). These cases emphasize the need to consider this possibility in children and young adults with lung fibrosis after common causes have been ruled out.
Published: 2016

36. Francisella tularensis IglG Belongs to a Novel Family of PAAR-Like T6SS Proteins and Harbors a Unique N-terminal Extension Required for Virulence

Author: Mélanie Rigard, Claire Lays, Olivier Walker, Laurent Terradot, Amandine Martin, Anders Sjöstedt, Lena Lindgren, Wayne Conlan, Maggy Hologne, Philippe Telouk, Claire Punginelli, Thomas Henry, Amandine Mosnier, Jeanette E. Bröms, Alain Charbit, Inflammasome, Infections bactériennes et autoinflammation, Inflammasome, Bacterial Infections and Autoinflammation (I2BA), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Medical Biochemistry and Biophysics and Laboratory for Molecular Infection Medicine Sweden (MIMS), Umeå University, Umeå, Immunologie de l'allergie cutanée et vaccination – Immunology of skin allergy and vaccination, Biophysics of complex systems, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Géologie de Lyon - Terre, Planètes, Environnement [Lyon] (LGL-TPE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), National Research Council of Canada (NRC), Microbiologie moléculaire et biochimie structurale / Molecular Microbiology and Structural Biochemistry (MMSB), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work is supported by a FINOVI grant to TH, an ANR grant to TH and AC (ANR-12-ASTR-0018), Direction Generale de l'Armemen (DGA) and Fondation pour la recherche medicale (FRM) (#FDT20150532668) fellowships to MR and a collaborative grant from the Swedish Research Agency K2013-4581 and K2013-8621. The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript., ANR-12-ASTR-0018,TulareDrug,Identification de nouvelles molécules ciblant les effecteurs sécrétés de Francisella tularensis(2012), Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ), Umeå University, Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Pathogénie des infections systémiques ( Inserm U1002 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Sorbonne Paris Cité ( USPC ), Laboratoire de Géologie de Lyon - Terre, Planètes, Environnement [Lyon] ( LGL-TPE ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), National Research Council Canada - Human Hlth Therapeut Portfolio, Molecular Microbiology and Structural Biochemistry, Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon, ANR-12-ASTR-0018,TulareDrug,Identification de nouvelles molécules ciblant les effecteurs sécrétés de Francisella tularensis ( 2012 ), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Géologie de Lyon - Terre, Planètes, Environnement (LGL-TPE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bussy, Agnès, Accompagnement spécifique des travaux de recherches et d’innovation Défense - Identification de nouvelles molécules ciblant les effecteurs sécrétés de Francisella tularensis - - TulareDrug2012 - ANR-12-ASTR-0018 - ASTRID - VALID, and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Applied Microbiology, type VI secretion system, Pathology and Laboratory Medicine, Biochemistry, Animal Cells, Microbial Physiology, Genomic island, Bacterial Physiology, Amino Acids, Francisella tularensis, lcsh:QH301-705.5, Tularemia, Organic Compounds, Effector, Type VI Secretion Systems, Bacterial Pathogens, Zinc, T6SS, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Medical Microbiology, Physical Sciences, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Cellular Types, Chemical Elements, [SDV.IMM] Life Sciences [q-bio]/Immunology, Virulence Factors, Immune Cells, 030106 microbiology, Immunology, Virulence, Sequence alignment, Microbiology, 03 medical and health sciences, Bacterial Proteins, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Genetics, Sulfur Containing Amino Acids, Amino Acid Sequence, DUF4280, Microbial Pathogens, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Molecular Biology, Secretion, Type VI secretion system, Blood Cells, Bacteria, Macrophages, Organisms, Chemical Compounds, Biology and Life Sciences, Proteins, Protein Secretion, Pathogenicity island, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Parasitology, [ CHIM.ANAL ] Chemical Sciences/Analytical chemistry, Physiological Processes, lcsh:RC581-607, Biokemi och molekylärbiologi, 0301 basic medicine, Models, Molecular, Physiology, Secretion Systems, White Blood Cells, PF14107, [ SDV.MP ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Medicine and Health Sciences, phage, Francisella, Sequence Deletion, [SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, biology, Biochemistry and Molecular Biology, Chemistry, Protein Transport, Cell Processes, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, Pathogens, Research Article, lcsh:Immunologic diseases. Allergy, [CHIM.ANAL] Chemical Sciences/Analytical chemistry, Genomic Islands, Virology, Animals, Cysteine, PAAR, Organic Chemistry, Bacteriology, Cell Biology, Gene Expression Regulation, Bacterial, biology.organism_classification, lcsh:Biology (General), [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Sequence Alignment
Abstract: The virulence of Francisella tularensis, the etiological agent of tularemia, relies on an atypical type VI secretion system (T6SS) encoded by a genomic island termed the Francisella Pathogenicity Island (FPI). While the importance of the FPI in F. tularensis virulence is clearly established, the precise role of most of the FPI-encoded proteins remains to be deciphered. In this study, using highly virulent F. tularensis strains and the closely related species F. novicida, IglG was characterized as a protein featuring a unique α-helical N-terminal extension and a domain of unknown function (DUF4280), present in more than 250 bacterial species. Three dimensional modeling of IglG and of the DUF4280 consensus protein sequence indicates that these proteins adopt a PAAR-like fold, suggesting they could cap the T6SS in a similar way as the recently described PAAR proteins. The newly identified PAAR-like motif is characterized by four conserved cysteine residues, also present in IglG, which may bind a metal atom. We demonstrate that IglG binds metal ions and that each individual cysteine is required for T6SS-dependent secretion of IglG and of the Hcp homologue, IglC and for the F. novicida intracellular life cycle. In contrast, the Francisella-specific N-terminal α-helical extension is not required for IglG secretion, but is critical for F. novicida virulence and for the interaction of IglG with another FPI-encoded protein, IglF. Altogether, our data suggest that IglG is a PAAR-like protein acting as a bi-modal protein that may connect the tip of the Francisella T6SS with a putative T6SS effector, IglF., Author Summary Francisella tularensis is a highly pathogenic bacterium causing tularemia. Its ability to cause disease is linked to its ability to replicate in the macrophage cytosol. The intracellular life cycle of Francisella is controlled by a type VI secretion system (T6SS), which is thought to inject effectors into the host cell to allow bacterial escape into the host cytosol. The molecular mechanisms behind this process are still largely unclear. In this work, we identify IglG as a protein with two important domains, one conserved in proteins from more than 250 bacterial species (DUF4280, renamed here as PAAR-like domain) and one specific for the Francisella genus. Using protein sequence analysis and three-dimensional structure predictions, comparative modeling and biochemistry approaches, our data demonstrate that IglG is a metal-binding protein that based on its PAAR-like domain might cap the VgrG spike of the T6SS and act as a membrane-puncturing protein. Furthermore, we identified that the Francisella-specific domain is directly involved in forming a protein complex with another virulence protein, IglF. This work, in addition to enhancing the molecular understanding of the Francisella T6SS, defines the features of the conserved DUF4280, a novel PAAR-like domain involved in type VI secretion (T6S) of many bacterial species.
Published: 2016

37. Triggering the TCR Developmental Checkpoint Activates a Therapeutically Targetable Tumor Suppressive Pathway in T-cell Leukemia

Author: David-Alexandre Gross, Melania Tesio, Amélie Trinquand, Mohamed Belhocine, Hervé Dombret, Norbert Ifrah, Benedetta Zaniboni, Lucienne Chatenoud, Vahid Asnafi, Francesca Rocchetti, François-Loïc Cosset, Nuno R. dos Santos, Christine Tran Quang, Ludovic Lhermitte, Jacques Ghysdael, Elizabeth Macintyre, Michael Dussiot, Françoise Pflumio, Olivier Hermine, Els Verhoeyen, Cindy Da Costa de Jesus, Salvatore Spicuglia, Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Algarve [Portugal], Stress génotoxiques et cancer, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Curie [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Technologies avancées pour le génôme et la clinique (TAGC), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratory of molecular mechanisms of hematologic disorders and therapeutic implications (ERL 8254 - Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Virus enveloppés, vecteurs et immunothérapie – Enveloped viruses, Vectors and Immuno-therapy (EVIR), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Equipe 'Contrôle Métabolique des Morts Cellulaires' (INSERM U1065 - C3M), Centre méditerranéen de médecine moléculaire (C3M), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Côte d'Azur (UCA), Laboratoire de Recherche sur les Cellules Souches Hématopoiétiques et Leucémiques (LSHL), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherche en Cancérologie Nantes-Angers (CRCNA), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-Hôtel-Dieu de Nantes-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hôpital Laennec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Faculté de Médecine d'Angers-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Institut Universitaire d'Hématologie (IUH), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Tolérance immunitaire et présentation antigénique: impact en auto-immunité et en transplantation, CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service d'immuno-hématologie pédiatrique [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut Necker Enfants-Malades (INEM) ( INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151) ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Technologies avancées pour le génôme et la clinique ( TAGC ), Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratory of Excellence GR-Ex, Sorbonne Paris Cité-Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Imagine Institute, Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Boehringer Ingelheim RCV, Service de Chimie Moléculaire ( SCM ), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Hematology Department, Université d'Angers ( UA ), Centre de Recherche en Cancérologie / Nantes - Angers ( CRCNA ), CHU Angers-Centre hospitalier universitaire de Nantes ( CHU Nantes ) -Hôtel-Dieu de Nantes-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Hôpital Laennec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Faculté de Médecine d'Angers, Hôpital Saint-Louis, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ), Imagine - Institut des maladies génétiques ( IMAGINE - U1163 ), Service d'hématologie-immunologie-oncologie pédiatrique, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Curie-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Virus enveloppés, vecteurs et immunothérapie – Enveloped viruses, Vectors and Immuno-therapy (Equipe EVIR), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherche en Cancérologie / Nantes - Angers (CRCNA), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes)-Faculté de Médecine d'Angers-Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Hôpital Laennec-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hôtel-Dieu de Nantes, Service d'hématologie-immunologie-oncologie pédiatrique [CHU Trousseau], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Curie [Paris]-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Trousseau [APHP], and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)
Subjects: 0301 basic medicine, Leukemia, T-Cell, CD3 Complex, medicine.medical_treatment, CD3, T-Lymphocytes, [SDV]Life Sciences [q-bio], T-cell leukemia, Receptors, Antigen, T-Cell, Antigen-Presenting Cells, Apoptosis, Biology, Lymphocyte Activation, Targeted therapy, Immunophenotyping, 03 medical and health sciences, Mice, medicine, Animals, Humans, Clonal Selection, Antigen-Mediated, Mice, Knockout, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], T-cell receptor, Antibodies, Monoclonal, medicine.disease, 3. Good health, Leukemia, Disease Models, Animal, 030104 developmental biology, Oncology, Tumor progression, Immunology, Cancer cell, biology.protein, Female, Signal Transduction
Abstract: Cancer onset and progression involves the accumulation of multiple oncogenic hits, which are thought to dominate or bypass the physiologic regulatory mechanisms in tissue development and homeostasis. We demonstrate in T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL) that, irrespective of the complex oncogenic abnormalities underlying tumor progression, experimentally induced, persistent T-cell receptor (TCR) signaling has antileukemic properties and enforces a molecular program resembling thymic negative selection, a major developmental event in normal T-cell development. Using mouse models of T-ALL, we show that induction of TCR signaling by high-affinity self-peptide/MHC or treatment with monoclonal antibodies to the CD3ϵ chain (anti-CD3) causes massive leukemic cell death. Importantly, anti-CD3 treatment hampered leukemogenesis in mice transplanted with either mouse- or patient-derived T-ALLs. These data provide a strong rationale for targeted therapy based on anti-CD3 treatment of patients with TCR-expressing T-ALL and demonstrate that endogenous developmental checkpoint pathways are amenable to therapeutic intervention in cancer cells. Significance: T-ALLs are aggressive malignant lymphoid proliferations of T-cell precursors characterized by high relapse rates and poor prognosis, calling for the search for novel therapeutic options. Here, we report that the lineage-specific TCR/CD3 developmental checkpoint controlling cell death in normal T-cell progenitors remains switchable to induce massive tumor cell apoptosis in T-ALL and is amenable to preclinical therapeutic intervention. Cancer Discov; 6(9); 972–85. ©2016 AACR. See related commentary by Lemonnier and Mak, p. 946. This article is highlighted in the In This Issue feature, p. 932
Published: 2016

38. Mouse and Human Liver Contain Immunoglobulin A–Secreting Cells Originating From Peyer's Patches and Directed Against Intestinal Antigens

Author: Pascal Blanc, Thierry Defrance, Morgan Taillardet, Ludovic Moro-Sibilot, Bertrand Dubois, Dominique Kaiserlian, Gilles Boschetti, Emilie Bardel, Coline Couillault, Alexandra Traverse-Glehen, Mucosal Immunity, Vaccination, and Biometrics -- Immunité des muqueuses, vaccinations et biothérapies, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Lymphocytes B effecteurs et à mémoire – Effector and memory B cells, Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'anatomie et de cytopathologie - Centre hospitalier Lyon Sud, Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Cytokines, hématopoïèse et réponse immune ( CHRI ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon ( CRCL ), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon] ( IBCP ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute ( ICM ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de la Mémoire et de la Maladie d'Alzheimer [Paris] ( IM2A ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: 0301 basic medicine, Immunoglobulin A, Serum, Alcoholic liver disease, Gut-associated lymphoid tissue, [SDV]Life Sciences [q-bio], Plasma cell, Hepatitis, [ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer, surgery, Peyer's Patches, Mice, 0302 clinical medicine, Hepatic, Homeostasis, injuries, Liver injury, B-Lymphocytes, Mice, Inbred BALB C, Microbiota, Gastroenterology, Flow Cytometry, 3. Good health, Intestines, medicine.anatomical_structure, Liver, 030220 oncology & carcinogenesis, France, Patients, Lymphoid Tissue, Cells, Biology, methods, Injections, 03 medical and health sciences, Antigen, blood, medicine, Animals, Humans, Antigens, Humoral Response, Homostasis, S1PR1, Hepatology, Carcinoma, Peyer's patch, medicine.disease, Mice, Inbred C57BL, Gastrointestinal Tract, 030104 developmental biology, Immunoglobulin A, Secretory, Immunology, Hepatocytes, biology.protein
Abstract: International audience; BACKGROUND & AIMS: The liver receives blood from the gastrointestinal tract through the portal vein, and thereby is exposed continuously to dietary antigens and commensal bacteria. Alcoholic liver disease (ALD) is associated with intestinal dysbiosis, increased intestinal permeability, release of microbes into the portal circulation, and increased serum levels and liver deposits of IgA. We characterized B-cell production of IgA in livers of mice at homeostasis, after oral immunization, in a mouse model of ALD and in human liver samples. METHODS: We performed studies with Balb/c and C57BL/6-Ly5.1 mice, as well as transgenic mice (quasimonoclonal, activation-induced [cytidine] deaminase-Cre-tamoxifen-dependent estrogen receptor 2 [ERT2], Blimp-1-green fluorescent protein [GFP]). C57BL/6-Ly5.1 mice were fed chronic plus binge ethanol to create a model of ALD. Some mice also were given repeated injections of FTY720, which prevents egress of IgA-secreting cells from Peyer's patches. We obtained nontumor liver tissues from patients with colorectal carcinoma undergoing surgery for liver metastases or hepatocellular carcinoma. B cells were isolated from mouse and human liver tissues and analyzed by flow cytometry and enzyme-linked ImmunoSpot (ELISpot). In wild-type and transgenic mice, we traced newly generated IgA-secreting cells at steady state and after oral immunization with 4-hydroxy-3-nitrophenylacetyl (NP)-Ficoll or cholera toxin. IgA responses were also evaluated in our model of ALD. RESULTS: Livers of control mice contained proliferative plasmablasts that originated from Peyer's patches and produced IgAs reactive to commensal bacteria. After oral immunization with cholera toxin or a thymus-independent antigen, a substantial number of antigen-specific IgA-secreting cells was found in the liver. Mice fed ethanol had features of hepatitis and increased numbers of IgA-secreting cells in liver, compared with mice given control diets, as well as higher levels of serum IgA and IgA deposits in liver sinusoids. Injection of FTY720 during ethanol feeding reduced liver and serum levels of IgA and IgA deposits in liver and prevented liver injury. Human liver tissues contained a significant proportion of IgA-producing plasma cells that shared phenotypic and functional attributes with those from mouse liver, including reactivity to commensal bacteria. CONCLUSIONS: Based on studies of mice and human liver tissues, we found the liver to be a site of IgA production by B cells, derived from gut-associated lymphoid tissues. These IgAs react with commensal bacteria and oral antigens. Livers from mice with ethanol-induced injury contain increased numbers of IgA-secreting cells and have IgA deposits in sinusoids. IgAs in the liver could mediate clearance of gut-derived antigens that arrive through portal circulation at homeostasis and protect these organs from pathogens
Published: 2016

39. Atad2 is a generalist facilitator of chromatin dynamics in embryonic stem cells

Author: Morozumi, Yuichi, Boussouar, Fayçal, Tan, Minjia, Chaikuad, Apirat, Jamshidikia, Mahya, Colak, Gozde, He, Huang, Nie, Litong, Petosa, Carlo, De Dieuleveult, Maud, Curtet, Sandrine, Vitte, Anne-Laure, Rabatel, Clothilde, Debernardi, Alexandra, François-Loïc, Cosset, Verhoeyen, Els, Emadali, Anouk, Schweifer, Norbert, Gianni, Davide, Gut, Marta, Guardiola, Philippe, Rousseaux, Sophie, Gérard, Matthieu, Knapp, Stefan, Zhao, Yingming, Khochbin, Saadi, Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble (INSERM U823), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), The Chemical Proteomics Center and State Key Laboratory of Drug Research, Shanghai Institute of Materia Medica, Structural Genomics Consortium, University of Oxford, Nuffield Department of Clinical Medicine [Oxford], Ben May Department of Cancer Research, The University of Chicago Medicine, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Virus enveloppés, vecteurs et immunothérapie – Enveloped viruses, Vectors and Immuno-therapy (EVIR), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Equipe 'Contrôle Métabolique des Morts Cellulaires' (INSERM U1065 - C3M), Centre méditerranéen de médecine moléculaire (C3M), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Côte d'Azur (UCA), Boehringer Ingelheim RCV, Centre for Genomic Regulation [Barcelona] (CRG), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF)-Centro Nacional de Analisis Genomico [Barcelona] (CNAG), Centre de Recherche en Cancérologie Nantes-Angers (CRCNA), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-Hôtel-Dieu de Nantes-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hôpital Laennec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Faculté de Médecine d'Angers-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble ( INSERM U823 ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), University of Oxford [Oxford], Target Discovery Institute (TDI), Nuffield Department of Clinical Medicine, Institut de biologie structurale ( IBS - UMR 5075 ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ), Centre for Genomic Regulation [Barcelona] ( CRG ), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona]-Centro Nacional de Analisis Genomico [Barcelona] ( CNAG ), Inserm u892, Centre de Recherches en Cancérologie, Nantes, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-EFS-CHU Grenoble-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), and COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: Adenosine Triphosphatases, Male, Proteomics, histone turnover, Chromatin Immunoprecipitation, germ cells, Genome, Pax3, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], FACT, epidrug, Acetylation, Cell Differentiation, Article, Chromatin, Nucleosomes, DNA-Binding Proteins, histone chaperone, ATPases Associated with Diverse Cellular Activities, Humans, cancer drug target, Embryonic Stem Cells, Cell Proliferation, Protein Binding
Abstract: International audience; Although the conserved AAA ATPase and bromodomain factor, ATAD2, has been described as a transcriptional co-activator upregulated in many cancers, its function remains poorly understood. Here, using a combination of ChIP-seq, ChIP-proteomics, and RNA-seq experiments in embryonic stem cells where Atad2 is normally highly expressed, we found that Atad2 is an abundant nucleosome-bound protein present on active genes, associated with chromatin remodelling, DNA replication, and DNA repair factors. A structural analysis of its bromodomain and subsequent investigations demonstrate that histone acetylation guides ATAD2 to chromatin, resulting in an overall increase of chromatin accessibility and histone dynamics, which is required for the proper activity of the highly expressed gene fraction of the genome. While in exponentially growing cells Atad2 appears dispensable for cell growth, in differentiating ES cells Atad2 becomes critical in sustaining specific gene expression programmes, controlling proliferation and differentiation. Altogether, this work defines Atad2 as a facilitator of general chromatin-templated activities such as transcription.
Published: 2016

40. Human T-Lymphotropic Virus Type 1-Induced Overexpression of Activated Leukocyte Cell Adhesion Molecule (ALCAM) Facilitates Trafficking of Infected Lymphocytes through the Blood-Brain Barrier

Author: Philippe V. Afonso, Olivier Gout, Thomas Montange, Antoine Gessain, Danielle Seilhean, Luis Cartier, Florent Percher, Pierre-Emmanuel Ceccaldi, Patricia Jeannin, Céline Curis, Pierre-Olivier Couraud, Sébastien A Chevalier, Cellule Pasteur, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-PRES Sorbonne Paris Cité, Epidémiologie et Physiopathologie des Virus Oncogènes (EPVO (UMR_3569 / U-Pasteur_3)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Oncogenèse rétrovirale – Retroviral Oncogenesis (OR), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Departamento de Ciencias Neurologicas, Facultad de Medicina, Universidad de Chile, Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fondation Ophtalmologique Adolphe de Rothschild [Paris], This work, including the efforts of Philippe V Afonso, was funded by Ville de Paris (Emergence). This work, including the efforts of Florent Percher, was funded by Region Ile de France (DIMMALINF).This work, including the efforts of Celine Curis, was funded by Ministère de l’Education Nationale (Ministry of Education, France), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -PRES Sorbonne Paris Cité, Epidémiologie et Physiopathologie des Virus Oncogènes, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute ( ICM ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut Cochin ( UM3 (UMR 8104 / U1016) ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Afonso, Philippe
Subjects: [SDV.MHEP.HEM] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hematology, CD4-Positive T-Lymphocytes, Fetal Proteins, 0301 basic medicine, [SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, 0302 clinical medicine, Cell Movement, immune system diseases, Tropical spastic paraparesis, [ SDV.MHEP.HEM ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hematology, Human T-lymphotropic virus 1, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, biology, Tight junction, NF-kappa B, Activated-Leukocyte Cell Adhesion Molecule, virus diseases, [SDV.MHEP.HEM]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hematology, Gene Products, tax, Virus-Cell Interactions, 3. Good health, medicine.anatomical_structure, Blood-Brain Barrier, Blood brain barrier, 030220 oncology & carcinogenesis, [ SDV.NEU.NB ] Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Host-Pathogen Interactions, Cell Adhesion Molecules, Neuronal, Immunology, Central nervous system, Blood–brain barrier, Microbiology, Cell Line, 03 medical and health sciences, Antigens, CD, Virology, [ SDV.MHEP ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, medicine, Humans, ALCAM, [SDV.NEU.NB] Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Endothelial Cells, medicine.disease, biology.organism_classification, 030104 developmental biology, HTLV-1, Insect Science, Cancer research, Immunoglobulin superfamily, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: Human T-lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) is the etiological agent of a slowly progressive neurodegenerative disease, HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis (HAM/TSP). This disease develops upon infiltration of HTLV-1-infected lymphocytes into the central nervous system, mostly the thoracic spinal cord. The central nervous system is normally protected by a physiological structure called the blood-brain barrier (BBB), which consists primarily of a continuous endothelium with tight junctions. In this study, we investigated the role of activated leukocyte cell adhesion molecule (ALCAM/CD166), a member of the immunoglobulin superfamily, in the crossing of the BBB by HTLV-1-infected lymphocytes. We demonstrated that ALCAM is overexpressed on the surface of HTLV-1-infected lymphocytes, both in chronically infected cell lines and in primary infected CD4 + T lymphocytes. ALCAM overexpression results from the activation of the canonical NF-κB pathway by the viral transactivator Tax. In contrast, staining of spinal cord sections of HAM/TSP patients showed that ALCAM expression is not altered on the BBB endothelium in the context of HTLV-1 infection. ALCAM blockade or downregulation of ALCAM levels significantly reduced the migration of HTLV-1-infected lymphocytes across a monolayer of human BBB endothelial cells. This study suggests a potential role for ALCAM in HAM/TSP pathogenesis. IMPORTANCE Human T-lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) is the etiological agent of a slowly progressive neurodegenerative disease, HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis (HAM/TSP). This disease is the consequence of the infiltration of HTLV-1-infected lymphocytes into the central nervous system (CNS), mostly the thoracic spinal cord. The CNS is normally protected by a physiological structure called the blood-brain barrier (BBB), which consists primarily of a continuous endothelium with tight junctions. The mechanism of migration of lymphocytes into the CNS is unclear. Here, we show that the viral transactivator Tax increases activated leukocyte cell adhesion molecule (ALCAM/CD166) expression. This molecule facilitates the migration of lymphocytes across the BBB endothelium. Targeting this molecule could be of interest in preventing or reducing the development of HAM/TSP.
Published: 2016

41. Outbreak of pulmonary Pseudomonas aeruginosa and Stenotrophomonas maltophilia infections related to contaminated bronchoscope suction valves, Lyon, France, 2014

Author: Pierre Cassier, Philippe Vanhems, Xavier Bertrand, Olivier Dauwalder, Anne Regard, Cédric Dananché, Jullien Crozon-Clauzel, Marine Guy, Thomas Bénet, Laurent Argaud, Bernard Floccard, Michel Perraud, Monique Hulin, Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon ( HCL ), service pharmaceutique Hôpital Edouard Herriot, Hospices Civils de Lyon, Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), Agence Nationale de Sécurité Sanitaire, de l'Alimentation, de l'environnement et du Travail ( ANSES ), ANSES, Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Service de réanimation chirurgicale, Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Centre Léon Bérard [Lyon], Hygiène Hospitalière et Epidémiologie, Hospices Civils de Lyon (HCL), Laboratoire des pathogènes émergents -- Emerging Pathogens Laboratory (LPE-Fondation Mérieux), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Pathogénie des Staphylocoques – Staphylococcal Pathogenesis (StaPath), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Cholley, Pascal
Subjects: MESH: Bronchoscopes, MESH : Molecular Typing, MESH : Stenotrophomonas maltophilia, Endoscope, Epidemiology, Stenotrophomonas maltophilia, MESH : Aged, pulmonary infection, MESH : Gram-Negative Bacterial Infections, 030501 epidemiology, medicine.disease_cause, MESH: Stenotrophomonas maltophilia, Disease Outbreaks, 0302 clinical medicine, [ SDV.MP ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, bronchoscope, MESH: Gram-Negative Bacterial Infections, 030212 general & internal medicine, MESH: Disease Outbreaks, MESH: Aged, MESH: Middle Aged, biology, MESH: Molecular Typing, Coinfection, MESH: Pseudomonas Infections, Middle Aged, MESH : Adult, MESH : Pseudomonas aeruginosa, MESH : Pseudomonas Infections, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Bronchoscopes, MESH : Bronchoscopes, MESH: Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas aeruginosa, France, 0305 other medical science, MESH: Equipment Contamination, Suction (medicine), Adult, medicine.medical_specialty, suction valve contamination, 03 medical and health sciences, Virology, Intensive care, medicine, Humans, Pseudomonas Infections, MESH : Middle Aged, MESH : Disease Outbreaks, MESH : France, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Aged, MESH: Humans, outbreak, business.industry, MESH : Humans, Public Health, Environmental and Occupational Health, Retrospective cohort study, MESH: Adult, biology.organism_classification, medicine.disease, Surgery, MESH: Coinfection, MESH: France, Molecular Typing, Pneumonia, MESH : Coinfection, MESH : Equipment Contamination, Equipment Contamination, business, Gram-Negative Bacterial Infections
Abstract: In April 2014, pulmonary Pseudomonas aeruginosa and Stenotrophomonas maltophilia co-infections potentially related to bronchoscopic procedures were identified in the intensive care units of a university hospital in Lyon, France. A retrospective cohort of 157 patients exposed to bronchoscopes from 1 December 2013 to 17 June 2014 was analysed. Environmental samples of suspected endoscopes were cultured. Bronchoscope disinfection was reviewed. Ten cases of pulmonary P. aeruginosa/S. maltophilia co-infections were identified, including two patients with secondary pneumonia. Eight cases were linked to bronchoscope A1 and two to bronchoscope A2. Cultures deriving from suction valves were positive for P. aeruginosa/S. maltophilia. Exposure to bronchoscopes A1 and A2 was independently coupled with increased risk of co-infection (adjusted odds ratio (aOR) = 84.6; 95% confidence interval (CI): 9.3–771.6 and aOR = 11.8, 95% CI: 1.2–121.3). Isolates from suction valves and clinical samples presented identical pulsotypes. The audit detected deficiencies in endoscope disinfection. No further cases occurred after discontinuation of the implicated bronchoscopes and change in cleaning procedures. This outbreak of pulmonary P. aeruginosa/S. maltophilia co-infections was caused by suction valve contamination of two bronchoscopes of the same manufacturer. Our findings underscore the need to test suction valves, in addition to bronchoscope channels, for routine detection of bacteria.
Published: 2016

42. TLR9 re-expression in cancer cells extends the S-phase and stabilizes p16(INK4a) protein expression

Author: Parroche , P., Roblot , G., Le Calvez-Kelm , F., Tout , I., Marotel , M., Malfroy , M., Durand , G., McKay , J., Ainouze , M., Carreira , C., Allatif , O., Traverse-Glehen , A., Mendiola , M., Pozo-Kreilinger , J.J., Caux , Christophe, Tommasino , M., Goutagny , N., Hasan , U.A., Immunité et lymphocytes cytotoxiques – Immunity and cytotoxic lymphocytes, Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Réponse immunitaire innée dans les maladies infectieuses et auto-immunes – Innate immunity in infectious and autoimmune diseases, Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer (CIRC - IARC), Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire d'anatomie et de cytopathologie - Centre hospitalier Lyon Sud, Hospices Civils de Lyon (HCL), Hospital Universitario La Paz-IdiPAZ and Facultad de Medicina [Madrid, Spain], La Paz University Hospital, Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Sect Mech Carcinogenesis, international Agency for Research on Cancer - IARC, Institut des Sciences Chimiques de Rennes ( ISCR ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Rennes-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon ( CRCL ), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Carcinogenesis, analysis, Cells, Gene Expression Profiling, Cell Cycle, Gene Expression, hemic and immune systems, chemical and pharmacologic phenomena, Epithelial Cells, Apoptosis, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Dna, Growth, [ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Time, Necrosis, Original Article, genetics, pathology, France, Cell Proliferation
Abstract: International audience; Toll-like receptor 9 (TLR9) recognizes bacterial, viral or cell damage-associated DNA, which initiates innate immune responses. We have previously shown that TLR9 expression is downregulated in several viral induced cancers including HPV16-induced cervical neoplasia. Findings supported that downregulation of TLR9 expression is involved in loss of anti-viral innate immunity allowing an efficient viral replication. Here we investigated the role of TLR9 in altering the growth of transformed epithelial cells. Re-introducing TLR9 under the control of an exogenous promoter in cervical or head and neck cancer patient-derived cells reduced cell proliferation, colony formation and prevented independent growth of cells under soft agar. Neither TLR3, 7, nor the TLR adapter protein MyD88 expression had any effect on cell proliferation, indicating that TLR9 has a unique role in controlling cell growth. The reduction of cell growth was not due to apoptosis or necrosis, yet we observed that cells expressing TLR9 were slower in entering the S-phase of the cell cycle. Microarray-based gene expression profiling analysis highlighted a strong interferon (IFN) signature in TLR9-expressing head and neck cancer cells, with an increase in IFN-type I and IL-29 expression (IFN-type III), yet neither IFN-type I nor IL-29 production was responsible for the block in cell growth. We observed that the protein half-life of p16(INK4a) was increased in TLR9-expressing cells. Taken together, these data show for the first time that TLR9 affects the cell cycle by regulating p16(INK4a) post-translational modifications and highlights the role of TLR9 in the events that lead to carcinogenesis
Published: 2016

43. CD1d-restricted peripheral T cell lymphoma in mice and humans

Author: Olivier Hermine, Philippe Gaulard, Paul Mondière, Martine Ffrench, Thierry Defrance, Mitchell Kronenberg, Tayla Heavican, Laurent Genestier, Archana Khurana, Rémy Robinot, Alexandra Traverse-Glehen, Marco Herling, Thierry Lamy, Nadine Martin, Emmanuel Bachy, Javeed Iqbal, Mikael Roussel, Mirjam Urb, Gabriel Bricard, Lucile Baseggio, Shilpi Chandra, Simon de Bernard, Laurent Buffat, Patrice N. Marche, Gilles Salles, Vahid Asnafi, Joël Lachuer, Alexandra Schrader, Olivier Blond, Stéphane Dalle, Olivier Thaunat, Sophie Gazzo, Giuliano Crispatzu, Morgan Taillardet, Magali Le Garff-Tavernier, Lymphocytes B effecteurs et à mémoire – Effector and memory B cells, Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), La Jolla Institute for Immunology [La Jolla, CA, États-Unis], AltraBio [Lyon], Laboratoire de biologie et modélisation de la cellule (LBMC UMR 5239), Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble (INSERM U823), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), University of Nebraska Medical Center, University of Nebraska System, Laboratoire d'Hématologie Cellulaire, Hospices Civils de Lyon (HCL), Laboratoire de Biologie Moléculaire de la Cellule (LBMC), University of Cologne, Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Centre de Recherche des Cordeliers (CRC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de référence des mastocytoses (CEREMAST), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service d'Hématologie Adulte, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Hematologie, CHU Pontchaillou [Rennes], Microenvironnement et cancer (MiCa), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Département de pathologie [Mondor], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, Association Instituts Carnot, HE-3553/4-1, Deutsche Forschungsgemeinschaft, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-EFS-CHU Grenoble-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), La Jolla Institute for Allergy and Immunology (LIA), La Jolla Institute for Allergy & Immunology, Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre Léon Bérard [Lyon]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de référence des mastocytoses, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] ( CHLS ), Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Biologie Moléculaire de la Cellule ( LBMC ), Service d'Anatomie Pathologique, Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble ( INSERM U823 ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Service de Transplantation Rénale et d'Immunologie Clinique, Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Université de Lyon, Institut Mondor de Recherche Biomédicale ( IMRB ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 ( UPEC UP12 ), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon ( CRCL ), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Centre de Recherche des Cordeliers ( CRC ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -École pratique des hautes études ( EPHE ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Imagine - Institut des maladies génétiques ( IMAGINE - U1163 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut Necker Enfants-Malades (INEM) ( INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151) ), Microenvironnement et cancer ( MiCa ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Department of Pathology and Microbiology, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 ( UPEC UP12 ), Service d'hématologie, Hospices Civils de Lyon, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) - Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) - École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), S P Jain School of Global Management (.) (SPJ), Laboratoire d'anatomie et de cytopathologie - Centre hospitalier Lyon Sud, École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon) - Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble, Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF) - CHU Grenoble - EFS - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Physique des Particules de Marseille (CPPM), Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2 - Aix Marseille Université (AMU) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) - Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3), Universität zu Lübeck [Lübeck], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) - Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) - Centre Léon Bérard [Lyon], Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7) - École pratique des hautes études (EPHE) - Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5) - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) - Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Service de Radio-Oncologie [Lyon], Hospices Civils de Lyon - Centre Hospitalier Lyon Sud [Pierre Bénite], Institut Imagine (UMR 1163), Laboratory of Cellular and Molecular Mechanisms of Hemathological Disorders and Therapeutic Implication, Institut Necker Enfants-Malades (INEM), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5) - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Universitaire du Cancer de Toulouse - Oncopole (IUCT Oncopole), Université de Rennes 1 (UR1) - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) - Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris (IEES), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) - Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12) - Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC) - Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut Albert Bonniot, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) - Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12) - IFR10, and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) - Hôpital Henri Mondor - Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)
Subjects: Male, 0301 basic medicine, T cell, [SDV]Life Sciences [q-bio], Immunology, Receptors, Antigen, T-Cell, chemical and pharmacologic phenomena, Article, Mice, 03 medical and health sciences, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Antigen, Blocking antibody, medicine, Animals, Antigens, Ly, Humans, Immunology and Allergy, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Research Articles, Mice, Knockout, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], biology, Lymphoma, T-Cell, Peripheral, hemic and immune systems, Natural killer T cell, medicine.disease, Peripheral T-cell lymphoma, 3. Good health, Lymphoma, [SDV] Life Sciences [q-bio], Streptococcus pneumoniae, 030104 developmental biology, medicine.anatomical_structure, CD1D, biology.protein, Female, Antigens, CD1d, Tumor Suppressor Protein p53, Antibody, NK Cell Lectin-Like Receptor Subfamily B, Signal Transduction
Abstract: Genestier et al. shed light on the cellular origin of peripheral T cell lymphoma (PTCL), showing that in both mice and humans, unconventional CD1d-restricted T cells may give rise to PTCL., Peripheral T cell lymphomas (PTCLs) are a heterogeneous entity of neoplasms with poor prognosis, lack of effective therapies, and a largely unknown pathophysiology. Identifying the mechanism of lymphomagenesis and cell-of-origin from which PTCLs arise is crucial for the development of efficient treatment strategies. In addition to the well-described thymic lymphomas, we found that p53-deficient mice also developed mature PTCLs that did not originate from conventional T cells but from CD1d-restricted NKT cells. PTCLs showed phenotypic features of activated NKT cells, such as PD-1 up-regulation and loss of NK1.1 expression. Injections of heat-killed Streptococcus pneumonia, known to express glycolipid antigens activating NKT cells, increased the incidence of these PTCLs, whereas Escherichia coli injection did not. Gene expression profile analyses indicated a significant down-regulation of genes in the TCR signaling pathway in PTCL, a common feature of chronically activated T cells. Targeting TCR signaling pathway in lymphoma cells, either with cyclosporine A or anti-CD1d blocking antibody, prolonged mice survival. Importantly, we identified human CD1d-restricted lymphoma cells within Vδ1 TCR-expressing PTCL. These results define a new subtype of PTCL and pave the way for the development of blocking anti-CD1d antibody for therapeutic purposes in humans.
Published: 2016

44. The VIRSTA score, a prediction score to estimate risk of infective endocarditis and determine priority for echocardiography in patients with Staphylococcus aureus bacteremia

Author: Pierre Tattevin, Vincent Le Moing, Jean-Philippe Lavigne, Xavier Duval, Bruno Hoen, François Alla, François Vandenesch, Marie-Line Erpelding, Bernard Iung, Lionel Piroth, Catherine Chirouze, François Delahaye, Christine Selton-Suty, Sarah Tubiana, Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), CIC Hôpital Bichat, AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-UFR de Médecine, Maladies chroniques, santé perçue, et processus d'adaptation (APEMAC), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université de Lorraine (UL), Centre d'Investigation Clinique - Epidemiologie Clinique/essais Cliniques Nancy, Cancéropôle du Grand Est-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou, Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Hopital Cardio-Thoracique et Vasculaire Louis Pradel, Hôpital Louis Pradel [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Département d'infectiologie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Service des maladies infectieuses et tropicales, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon)-Hôpital Saint-Jacques, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon), Virulence bactérienne et maladies infectieuses (VBMI), Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe], Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU de Montpellier, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Programme hospitalier de Recherche clinique (PHRC, French ministry of Health) and Inserm., Cholley, Pascal, Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-UFR de Médecine, Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Hôpital Saint-Jacques, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infection, Antimicrobiens, Modélisation, Evolution ( IAME ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Université Paris 13 ( UP13 ) -Université Sorbonne Paris Cité ( USPC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -UFR de Médecine-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Maladies chroniques, santé perçue, et processus d'adaptation ( APEMAC ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Université de Lorraine ( UL ), Cancéropôle du Grand Est-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy ( CHRU Nancy ), Centre d'Investigation Clinique [Rennes] ( CIC ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou, Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ) -Hôpital Saint-Jacques, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ), Virulence bactérienne et maladies infectieuses, Université de Montpellier ( UM ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] ( CHRU Montpellier ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-UFR de Médecine-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, medicine.medical_treatment, Bacteremia, Hospitals, University, 0302 clinical medicine, [ SDV.MP ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Interquartile range, Vertebral osteomyelitis, 030212 general & internal medicine, Longitudinal Studies, Prospective Studies, Child, biology, Endocarditis, Heart, Middle Aged, Staphylococcal Infections, Implantable cardioverter-defibrillator, 3. Good health, Infectious Diseases, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Echocardiography, Infective endocarditis, Child, Preschool, Prognostic score, France, Meningitis, VIRSTA score, Microbiology (medical), Adult, medicine.medical_specialty, Staphylococcus aureus, Adolescent, 030106 microbiology, Risk Assessment, Decision Support Techniques, 03 medical and health sciences, Young Adult, Internal medicine, medicine, Humans, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Aged, business.industry, C-reactive protein, medicine.disease, Confidence interval, Surgery, biology.protein, Staphylococcus aureus bacteremia, business
Abstract: International audience; Objectives - To develop and validate a prediction score, to quantify, within 48 h of Staphylococcus aureus bacteremia (SAB) diagnosis, the risk of IE, and therefore determine priority for urgent echocardiography. Methods - Consecutive adult patients with SAB in 8 French university hospitals between 2009 and 2011 were prospectively enrolled and followed-up 3 months. A predictive model was developed and internally validated using bootstrap procedures. Results - Among the 2008 patients enrolled, 221 (11.0%) had definite IE of whom 39 (17.6%) underwent valve surgery, 25% of them within 6 days of SAB diagnosis. Ten predictors independently associated with IE were used to build up the prediction score: intracardiac device or previous IE, native valve disease, intravenous drug use, community or non-nosocomial-acquisition, cerebral or extracerebral emboli, vertebral osteomyelitis, severe sepsis, meningitis, C-reactive protein above 190 mg/L, and H48-persistent bacteremia. Patients with a score ≤2 (n = 792, 39.4%) were at low IE-risk (1.1%; negative predictive value: 98.8% (95% CI, 98.4-99.4)) compared to those ≥3 who were at higher risk (17.4%). Conclusions - Physicians must be strongly encouraged to urgently perform echocardiography in SAB patients with a score ≥3 to establish IE diagnosis, to orient antimicrobial therapy and to help determine the need for valvular surgery.
Published: 2016

45. Demography and Intercontinental Spread of the USA300 Community-Acquired Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Lineage

Author: Michèle Bes, Anne Tristan, Adrien Villain, François Vandenesch, Philippe Glaser, Maxime Barbier, Laurence Ma, Didier Guillemot, Christiane Bouchier, Patricia Martins-Simoes, Frédéric Laurent, Thierry Wirth, Biologie des Bactéries pathogènes à Gram-positif, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Pathogénie des Staphylocoques – Staphylococcal Pathogenesis (StaPath), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Reference des Staphylocoques, Université de Lyon, Centre de Bioinformatique, Biostatistique et Biologie Intégrative (C3BI), Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Génomique (Plate-Forme) - Genomics Platform, Institut Pasteur [Paris] (IP), Biostatistique, Biomathématique, Pharmacoépidémiologie et Maladies Infectieuses (B2PHI), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infrastructure d’Avenir France Genomique provided funding to PhilippeGlaser under grant number ANR10-IBNS-09-08. Institut de Veille Sanitaire provided funding to François Vandenesch. Fondation pour la Recherche Médicale (FRM) provided funding to Patricia Martins Simõesunder grant number ING20111223510., ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris], Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Génétique des génomes, Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ), Centre de Bioinformatique, Biostatistique et Biologie Intégrative ( C3BI ), Biologie Intégrative des Populations, École pratique des hautes études ( EPHE ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Génomique (Plate-Forme), Unité expérimentale de Pech-Rouge, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Biostatistique, Biomathématique, Pharmacoépidémiologie et Maladies Infectieuses ( B2PHI ), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines ( UVSQ ) -Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Hospices Civils de Lyon ( HCL ), ANR : ANR10-IBNS-09-08, HAL UPMC, Gestionnaire, Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique - - France-Génomique2010 - ANR-10-INBS-0009 - INBS - VALID, and Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-École pratique des hautes études (EPHE)
Subjects: Adult, DNA, Bacterial, Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus, 0301 basic medicine, Staphylococcus aureus, Lineage (genetic), Virulence Factors, Bacterial Toxins, 030106 microbiology, Clone (cell biology), Exotoxins, Microbial Sensitivity Tests, [ SDV.MP.BAC ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Biology, medicine.disease_cause, Microbiology, Coalescent theory, 03 medical and health sciences, Antibiotic resistance, Leukocidins, Virology, Arginine catabolic mobile element, medicine, Humans, Child, Gene, Phylogeny, Demography, Genetics, Phylogenetic tree, Sequence Analysis, DNA, Staphylococcal Infections, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, bacterial infections and mycoses, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Methicillin-resistant Staphylococcus aureus, United States, QR1-502, Anti-Bacterial Agents, 3. Good health, Community-Acquired Infections, Europe, Phylogeography, North America, France, [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Genome, Bacterial, Research Article
Abstract: Community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus (CA-MRSA) was recognized worldwide during the 1990s; in less than a decade, several genetically distinct CA-MRSA lineages carrying Panton-Valentine leukocidin genes have emerged on every continent. Most notably, in the United States, the sequence type 18-IV (ST8-IV) clone known as USA300 has become highly prevalent, outcompeting methicillin-susceptible S. aureus (MSSA) and other MRSA strains in both community and hospital settings. CA-MRSA bacteria are much less prevalent in Europe, where the European ST80-IV European CA-MRSA clone, USA300 CA-MRSA strains, and other lineages, such as ST22-IV, coexist. The question that arises is whether the USA300 CA-MRSA present in Europe (i) was imported once or on very few occasions, followed by a broad geographic spread, anticipating an increased prevalence in the future, or (ii) derived from multiple importations with limited spreading success. In the present study, we applied whole-genome sequencing to a collection of French USA300 CA-MRSA strains responsible for sporadic cases and micro-outbreaks over the past decade and United States ST8 MSSA and MRSA isolates. Genome-wide phylogenetic analysis demonstrated that the population structure of the French isolates is the product of multiple introductions dating back to the onset of the USA300 CA-MRSA clone in North America. Coalescent-based demography of the USA300 lineage shows that a strong expansion occurred during the 1990s concomitant with the acquisition of the arginine catabolic mobile element and antibiotic resistance, followed by a sharp decline initiated around 2008, reminiscent of the rise-and-fall pattern previously observed in the ST80 lineage. A future expansion of the USA300 lineage in Europe is therefore very unlikely., IMPORTANCE To trace the origin, evolution, and dissemination pattern of the USA300 CA-MRSA clone in France, we sequenced a collection of strains of this lineage from cases reported in France in the last decade and compared them with 431 ST8 strains from the United States. We determined that the French CA-MRSA USA300 sporadic and micro-outbreak isolates resulted from multiple independent introductions of the USA300 North American lineage. At a global level, in the transition from an MSSA lineage to a successful CA-MRSA clone, it first became resistant to multiple antibiotics and acquired the arginine catabolic mobile element and subsequently acquired resistance to fluoroquinolones, and these two steps were associated with a dramatic demographic expansion. This expansion was followed by the current stabilization and expected decline of this lineage. These findings highlight the significance of horizontal gene acquisitions and point mutations in the success of such disseminated clones and illustrate their cyclic and sporadic life cycle.
Published: 2016

46. Plasmacytoid dendritic cells are dispensable for noninfectious intestinal IgA responses in vivo

Author: Moro-Sibilot , L., This , S., Blanc , P., Sanlaville , A., Sisirak , V., Bardel , E., Boschetti , G., Bendriss-Vermare , N., Defrance , T., Dubois , B., Kaiserlian , D., Mucosal Immunity, Vaccination, and Biometrics -- Immunité des muqueuses, vaccinations et biothérapies, Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Lymphocytes B effecteurs et à mémoire – Effector and memory B cells, Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), New York University Langone Medical Center (NYU Langone Medical Center), NYU System (NYU), Autophagie infection et immunité - Autophagy Infection Immunity (APY), Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Cytokines, hématopoïèse et réponse immune ( CHRI ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon ( CRCL ), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute ( ICM ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de la Mémoire et de la Maladie d'Alzheimer [Paris] ( IM2A ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon] ( IBCP ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: T-Lymphocytes, Cells, Plasma Cells, Mice, Transgenic, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, [ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Mice, Transcription Factor 4, Immune Tolerance, Animals, Humans, Homeostasis, Intestinal Mucosa, Antigens, Mice, Knockout, B-Lymphocytes, Basic Helix-Loop-Helix Leucine Zipper Transcription Factors, hemic and immune systems, Dendritic Cells, Immunoglobulin Class Switching, Immunoglobulin A, Mice, Inbred C57BL, Medicine, Immunization, pathology, France, Infection
Abstract: International audience; Intestinal DCs orchestrate gut immune homeostasis by dampening proinflammatory T-cell responses and inducing anti-inflammatory IgA responses. Although no specific DC subset has been strictly assigned so far to govern IgA response, some candidate subsets emerge. In particular, plasmacytoid DCs (pDCs), which notoriously promote anti-viral immunity and T-cell tolerance to innocuous antigens (Ags), contribute to IgA induction in response to intestinal viral infection and promote T-cell-independent IgA responses in vitro. Here, using two transgenic mouse models, we show that neither short-term nor long-term pDC depletion alters IgA class switch recombination in Peyer's patches and frequency of IgA plasma cells in intestinal mucosa at steady state, even in the absence of T-cell help. In addition, pDCs are dispensable for induction of intestinal IgA plasma cells in response to oral immunization with T-cell-dependent or T-cell-independent Ags, and are not required for proliferation and IgA switch of Ag-specific B cells in GALT. These results show that pDCs are dispensable for noninfectious IgA responses, and suggest that various DC subsets may play redundant roles in the control of intestinal IgA responses
Published: 2016

47. Factors associated with poor outcomes among adults hospitalised for influenza in France: A three-year prospective multicenter study

Author: Z. Lesieur, Pierre Tattevin, Corinne Régis, Nezha Samih-Lenzi, Florence Galtier, Martine Valette, Philippe Vanhems, D. Postil, Xavier Duval, Stéphane Jouneau, Yolande Costa, Fabrice Carrat, Bruno Lina, Corinne Merle, Odile Launay, Paul Loubet, Pierre Loulergue, Sylvie Rogez, Service des Maladies Infectieuses, Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CIC Cochin Pasteur (CIC 1417), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Groupe hospitalier Broca-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Hôtel-Dieu-Hôpital Cochin [AP-HP], F-CRIN, Innovative clinical research network in vaccinology (I-REIVAC), CIC Montpellier, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-CHU Saint-Eloi-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Saint-Eloi, Service d'Hygiène, Epidémiologie et Prévention [Hôpital Edouard Herriot - HCL], Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Laboratoire des pathogènes émergents -- Emerging Pathogens Laboratory (LPE-Fondation Mérieux), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CIC Hôpital Bichat, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-UFR de Médecine-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Service de pneumologie [Rennes] = Pneumology [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Service de Bactériologie, Virologie, Hygiène [CHU Limoges], CHU Limoges, Centre National de Référence Virus Influenza (Région Sud), Hospices Civils de Lyon (HCL), Virpath-Grippe, de l'émergence au contrôle -- Virpath-Influenza, from emergence to control (Virpath), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), The study sites received funding from Sanofi Pasteur and Sanofi Pasteur MSD for the FLUVAC study. Vaccine producers had no role in the study design, data analysis, decision to publish or preparation of the manuscript., CHU Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Cochin [AP-HP]-Hôtel-Dieu-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Groupe hospitalier Broca-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Saint-Eloi, AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-UFR de Médecine, Service de Pneumologie, Rennes, Service des maladies infectieuses et réanimation médicale, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou, CHU Saint-Antoine [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôtel-Dieu-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Groupe hospitalier Broca-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Hôpital Saint Eloi (CHRU Montpellier), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Saint Eloi (CHRU Montpellier), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-UFR de Médecine, Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Jonchère, Laurent, École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique ( iPLESP ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), CIC Cochin Pasteur ( CIC 1417 ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Cochin [AP-HP]-Hôtel-Dieu-Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Groupe hospitalier Broca-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] ( CHRU Montpellier ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -CHU Saint-Eloi, Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Infection, Antimicrobiens, Modélisation, Evolution ( IAME ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Université Paris 13 ( UP13 ) -Université Sorbonne Paris Cité ( USPC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -UFR de Médecine-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Institut de recherche, santé, environnement et travail ( Irset ), Université d'Angers ( UA ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] ( EHESP ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ) -Université des Antilles ( UA ), Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive ( LBBE ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre d'Investigation Clinique [Rennes] ( CIC ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou, Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), French National Enterovirus/Parechovirus Reference centre, Département de santé publique, Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité ( CRESS (U1153 / UMR_A 1125) ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Sorbonne Paris Cité ( USPC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM )
Subjects: 0301 basic medicine, Male, Pediatrics, [SDV]Life Sciences [q-bio], Comorbidity, law.invention, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, law, Risk Factors, Hospitalisation, 030212 general & internal medicine, Prospective Studies, [SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Aged, 80 and over, Mortality rate, Vaccination, Age Factors, Middle Aged, Intensive care unit, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], Hospitalization, Infectious Diseases, Treatment Outcome, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Population study, Female, France, Adult, Oseltamivir, medicine.medical_specialty, Adolescent, 030106 microbiology, [ SDV.MP.VIR ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, 03 medical and health sciences, Young Adult, Virology, Influenza, Human, medicine, Humans, Adults, Risk factor, Antiviral, Aged, Severe, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], business.industry, medicine.disease, Survival Analysis, Influenza, Pneumonia, Epidemiologic Studies, Respiratory failure, chemistry, business
Abstract: International audience; Background: Influenza is an important cause of serious illness and death, particularly in elderly and high-risk groups. Objectives Aim of this study was to identify factors associated with poor outcomes among adults hospitalized in France for laboratory-confirmed seasonal influenza. Study design Patients hospitalized for influenza were identified in a prospective, multicenter study carried out in French hospitals during three consecutive influenza seasons (2012–2015). Influenza virus infection was confirmed by reverse transcription polymerase chain reaction. Sociodemographic and clinical variables were compared according to the virus type and subtype. Risk factors for complications, intensive care unit (ICU) admission and death were analyzed by backward stepwise logistic regression. Results The study population consisted of 566 patients, of whom 56% were older than 65 years and 82% had underlying chronic illnesses. Type A influenza viruses infected 422 patients (75%), including subtype H3N2 in 239 patients (57%). The prior vaccine coverage rate was 38%. Complications occurred in 255 patients (45%), consisting mainly of pneumonia (n = 143, 30%) and respiratory failure (n = 116, 20%). Eighty-three patients (15%) were admitted to an ICU, and the in-hospital mortality rate was 4% (n = 21). Sixty-six patients (12%) received oseltamivir. Age over 65 years was the only identified risk factor for complications. Risk factors for ICU admission were an absence of vaccination, no oseltamivir administration before admission, pre-existing chronic respiratory disease, and current smoking. Age over 65 years and ICU admission were risk factors for death. Conclusions Older individuals and patients with underlying conditions are most at risk of influenza complications. Vaccination and early oseltamivir administration, both of which are recommended for these patients, appear to reduce ICU admissions
Published: 2016

48. Outbreak of Achromobacter xylosoxidans and Ochrobactrum anthropi Infections after Prostate Biopsies, France, 2014

Author: Skerdi Haviari, Olivier Rouvière, Pierre Cassier, Michel Perraud, Thomas Bénet, Olivier Dauwalder, Monique Hulin, Xavier Bertrand, Philippe Vanhems, Cédric Dananché, Hospices Civils de Lyon (HCL), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, Pathogenèse des légionelles- Legionella pathogenesis (LegioPath), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Pathogénie des Staphylocoques – Staphylococcal Pathogenesis (StaPath), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Laboratoire des pathogènes émergents -- Emerging Pathogens Laboratory (LPE-Fondation Mérieux), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Thrombose : Épidémiologie, Physiopathologie et Thérapeutiques Innovantes ( UMR_S 765 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université Sorbonne Paris Cité ( USPC ), Centre Léon Bérard [Lyon], service pharmaceutique Hôpital Edouard Herriot, Hospices Civils de Lyon, Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Agence Nationale de Sécurité Sanitaire, de l'Alimentation, de l'environnement et du Travail ( ANSES ), ANSES - Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail ( ANSES ), Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Department of Urinary and Vascular Radiology, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ), Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), Hygiène Hospitalière et Epidémiologie, Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], ANSES, Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), and Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC )
Subjects: 0301 basic medicine, Male, Ochrobactrum anthropi, Epidemiology, 030232 urology & nephrology, Prevalence, lcsh:Medicine, 0302 clinical medicine, [ SDV.MP ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Infection control, bacteria, prostate, biology, prostatic diseases, diagnostic techniques, clinical laboratory techniques, Achromobacter denitrificans, Achromobacter xylosoxidans, gram-negative bacteria, 3. Good health, Infectious Diseases, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, France, Microbiology (medical), medicine.medical_specialty, 030106 microbiology, Prostatitis, Asepsis, lcsh:Infectious and parasitic diseases, Surgical Equipment, 03 medical and health sciences, surgical, prostatitis, Internal medicine, medicine, Humans, lcsh:RC109-216, biopsy, business.industry, Research, lcsh:R, Outbreak, medicine.disease, biology.organism_classification, Outbreak of Achromobacter xylosoxidans and Ochrobactrum anthropi Infections after Prostate Biopsies, France, 2014, Surgery, Case-Control Studies, disease outbreaks, Equipment Contamination, business, Gram-Negative Bacterial Infections
Abstract: Multiple cases of prostatitis resulted from improper infection control measures., We report an outbreak of healthcare-associated prostatitis involving rare environmental pathogens in immunocompetent patients undergoing transrectal prostate biopsies at Hôpital Édouard Herriot (Lyon, France) during August 13–October 10, 2014. Despite a fluoroquinolone-based prophylaxis, 5 patients were infected with Achromobacter xylosoxidans and 3 with Ochrobactrum anthropi, which has not been reported as pathogenic in nonimmunocompromised persons. All patients recovered fully. Analysis of the outbreak included case investigation, case–control study, biopsy procedure review, microbiologic testing of environmental and clinical samples, and retrospective review of hospital records for 4 years before the outbreak. The cases resulted from asepsis errors during preparation of materials for the biopsies. A low-level outbreak involving environmental bacteria was likely present for years, masked by antimicrobial drug prophylaxis and a low number of cases. Healthcare personnel should promptly report unusual pathogens in immunocompetent patients to infection control units, and guidelines should explicitly mention asepsis during materials preparation.
Published: 2016

49. Étude du rôle de récepteurs autophagiques lors de l'infection par le virus de la rougeole

Author: Petkova, Denitsa, Autophagie infection et immunité - Autophagy Infection Immunity (APY), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Claude Bernard - Lyon I, Mathias Faure, Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Virus de la rougeole, Measles virus, Autophagy receptor, Récepteur autophagique, Autophagy maturation, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Autophagy, Autophagie, Maturation autophagique, [ SDV.MP.VIR ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology
Abstract: Macroautophagy ensures cell homeostasis through the recycling of obsolete or deleterious cytosolic components and its deregulation is associated with several pathologies. It is also a defense mechanism as it allows the elimination of intracellular pathogens. The most important autophagic step is maturation, during which the cytosolic substrate-containing vesicle, the autophagosome, fuses with lysosomes and the degradation occurs. We study autophagy regulation and the consequences of its disruption during infections and in particular by measles virus (MeV). Our team has shown that MeV induces and exploits all steps of autophagy, to replicate more efficiently. My results indicate that viral proteins can interact with at least two cellular proteins, NDP52 and T6BP, which are autophagy receptors (cytosolic proteins that carry an autophagosome-binding domain and a domain binding substrates that would be degraded, such as intracellular pathogens). I then studied the role of autophagic receptors T6BP, NDP52 and OPTINEURIN in viral replication. I also took part in a study describing NDP52 and OPTINEURIN as autophagosome maturation regulators. My work depicts the same dual role for T6BP. However, only T6BP and NDP52 are necessary for MeV replication even though it requires autophagosome maturation. Thus, my results suggest that the three autophagy receptors might regulate distinct autophagosome maturation on one hand. On the other, MeV could individually exploit autophagosomes, the maturation of which is regulated by T6BP or NDP2 to replicate efficiently; La macroautophagie assure l'homéostasie cellulaire en recyclant du matériel cytosolique obsolète ou délétère et sa dérégulation est associée à plusieurs pathologies. Elle constitue aussi un mécanisme de défense car elle peut éliminer des pathogènes intracellulaires. L'étape cruciale de l'autophagie est la maturation lors de laquelle la vésicule renfermant des substrats cytosoliques, l'autophagosome, fusionne avec des lysosomes et la dégradation a lieu. Nous nous intéressons à la régulation de l'autophagie et aux conséquences de sa perturbation lors des infections, notamment par le virus de la rougeole (VR). Les données de l'équipe montrent qu'il induit et utilise toutes les étapes de l'autophagie, afin de se répliquer efficacement. Mes travaux montrent que des protéines du virus peuvent interagir avec au moins deux protéines cellulaires NDP52 et T6BP qui sont des récepteurs autophagiques (protéines cytosoliques ayant un domaine de liaison aux autophagosomes et un domaine de liaison au substrat à dégrader, par exemple des pathogènes). J'ai alors étudié le rôle des récepteurs autophagiques T6BP, NDP52 et Optineurine dans la réplication virale. J'ai aussi participé à une étude décrivant que NDP52 et Optineurine régulent en plus la maturation. Mes travaux de thèse démontrent un tel double rôle pour T6BP. Cependant, seuls T6BP et NDP52 sont nécessaires à la réplication du VR bien qu'elle requiert la maturation autophagique. Ainsi mes résultats suggèrent d'une part que les trois récepteurs puissent réguler la maturation d'autophagosomes distincts.D'autre part, le VR pourrait exploiter individuellement les autophagosomes dont la maturation dépend de T6BP et NDP52 pour se répliquer
Published: 2015

50. Daptomycin Physiology-Based Pharmacokinetic Modeling to Predict Drug Exposure and Pharmacodynamics in Skin and Bone Tissues

Author: Romain Garreau, Damien Montange, Antoine Grillon, François Jehl, Tristan Ferry, Laurent Bourguignon, Sylvain Goutelle, Hospices Civils de Lyon (HCL), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Pharmacologie Clinique et Toxicologie [CHRU Besancon], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Marqueurs pronostiques et facteurs de régulations des pathologies cardiaques et vasculaires - UFC ( UR 3920) (PCVP / CARDIO), CHU Strasbourg, Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [Hôpital de la Croix-Rousse - HCL], Hôpital de la Croix-Rousse [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Université de Lyon, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques (ISPB), Université de Lyon-Université de Lyon, Evaluation et modélisation des effets thérapeutiques, Département biostatistiques et modélisation pour la santé et l'environnement [LBBE], Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE)
Subjects: Pharmacology, MESH: Microbial Sensitivity Tests, MESH: Humans, MESH: Staphylococcal Infections / drug therapy, MESH: Daptomycin / pharmacology, Microbial Sensitivity Tests, Staphylococcal Infections, MESH: Bone and Bones, [SDV.SP]Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Bone and Bones, Anti-Bacterial Agents, Daptomycin, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, MESH: Anti-Bacterial Agents, Humans, Pharmacology (medical), MESH: Staphylococcal Infections / microbiology
Abstract: International audience; Background and objective: Daptomycin has been recommended in the treatment of bone and joint infection. Previous work showed that the approved dosage of daptomycin may be insufficient to achieve optimal exposure in patients with bone and joint infection. However, those studies assumed that bone exposure was similar to steady-state daptomycin-free plasma concentrations. We sought to establish a physiologically based pharmacokinetic (PBPK) model of daptomycin to describe the dynamics of daptomycin disposition in bone and skin tissue.Methods: a PBPK model of daptomycin was built using PK-Sim®. Daptomycin concentrations in plasma and bone were obtained from three previously published studies. Physicochemical drug characteristics, mass balance, anthropometrics, and experimental data were used to build and refine the PBPK model. Internal validation of the PBPK model was performed using the usual diagnostic plots. The final PBPK model was then used to run simulations with doses of 6, 8, 10, and 12 mg/kg/24 h. Pharmacokinetic profiles were simulated in 1.000 subjects and the probabilities of target attainment for the area under the concentration-time curve over the bacterial minimum inhibitory concentration were computed in blood, skin, and bone compartments.Results: the final model showed a good fit of all datasets with an absolute average fold error between 0.5 and 2 for all pharmacokinetic quantities in blood, skin and bone tissues. Results of dosing simulations showed that doses ≥10 mg/kg should be used in the case of bacteremia caused by Staphylococcus aureus with a minimum inhibitory concentration >0.5 mg/L or Enterococcus faecalis with a minimum inhibitory concentration >1 mg/L, while doses ≥12 mg/kg should be used in the case of bone and joint infection or complicated skin infection. When considering a lower minimum inhibitory concentration, doses of 6-8 mg/kg would likely achieve a sufficient success rate. However, in the case of infections caused by E. faecalis with a minimum inhibitory concentration >2 mg/L, a higher dosage and combination therapy would be necessary to maximize efficacy.Conclusions: we developed the first daptomycin PBPK/pharmacodynamic model for bone and joint infection, which confirmed that a higher daptomycin dosage is needed to optimize exposure in bone tissue. However, such higher dosages raise safety concerns. In this setting, therapeutic drug monitoring and model-informed precision dosing appear necessary to ensure the right exposure on an individual basis.
Published: 2022

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