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Introduction : Nous avons comparé les effets secondaires liés aux anti-infectieux à ceux liés aux autres classes thérapeutiques en analysant leur impact sur la morbi-mortalité.Méthode : Étude de cohorte monocentrique d’un service d’Infectiologie de 34 lits. La morbi-mortalité était évaluée par la durée de séjour, le recours à la réanimation et la survenue du décès.Résultats : 10137 séjours étaient analysés de janvier 2006 à décembre 2017 ; moyenne d’âge 63±19 ans, sexe-ratio H/F 1,6 0. Un total de 1128 séjours (11%) concernait des patients sans comorbidité traitée. Un total de 1362 effets secondaires (13%). Les 2 molécules antibiotiques les plus fréquemment en cause étaient la rifampicine (147 cas) et les pénicillines (108 cas). Le total des effets secondaires des autres thérapeutiques était de 542 (5,3%). Les plus fréquemment en cause étaient les thérapeutiques des comorbidités cardiaques (268 cas) et les antalgiques (104 cas). La durée moyenne de séjour était de 11 ± 9 jours, de 17 ±14 jours en cas d’effet secondaire d’un anti-infectieux et de 13±9 jours en cas d’effet secondaire d’une autre thérapeutique (p < 0,001). Le taux de recours à la réanimation était de 2,93%, de 3,48% en cas d’effet secondaire d’un anti-infectieux et de 2,59% en cas d’effet secondaire d’un autre médicament. Le taux de décès était respectivement 3,47%, 2,36% et 1,65%.Conclusion : En infectiologie, les effets secondaires liés aux anti-infectieux sont plus fréquents que ceux liés aux autres thérapeutiques. La morbidité associée implique leur prévention par les choix thérapeutiques.