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Objetivo. Determinar los factores asociados a sífilis congénita en recién nacidos del INMP entre 2018-2021. Materiales y métodos. Estudio cuantitativo, observacional, analítico, de casos-controles, transversal y retrospectivo, el grupo de casos fueron 214 neonatos con sífilis congénita y 214 controles; se usó una ficha de recolección de datos y para determinar el grado de asociación se aplicó la prueba Chi cuadrado y el cálculo de Odds ratio (OR) con intervalo de confianza al 95% (IC95%) y posteriormente un análisis de regresión logística bivariado y multivariado. Resultados. El 64.02% de las madres tuvieron entre 20 a 35 años, 82.71% nivel educativo hasta secundaria, 99.1% no tuvo tratamiento completo, 59.3% menos de 6 controles prenatales, 51.4% nacieron por parto vaginal; 6.07% trastorno hipertensivo del embarazo, 3.74% infección del tracto urinario, 3.74% corioamnionitis, 2.34% prueba VIH positiva, 2.80% ruptura prematura de membranas mayor de 24 horas. Las características neonatales fueron 54.2% sexo femenino, 19.2% prematuridad, 11.2% cumplió criterio laboratorial relación títulos materno neonatal y 1.4% fallecieron. El 10.3% presentó brote maculopapular, 8.9% ictericia, 18.7% bajo peso al nacer, 6.5% compromiso óseo, 44.9% compromiso general, 3.3% neumonía y 3.3% sepsis. El bajo peso (OR: 6,434), educación materna hasta nivel superior (OR= 0.119), tratamiento materno completo (OR=0.002) y ruptura prematura de membranas mayor 24 horas (OR= 0.140) tuvieron asociación significativa. Conclusión. Los factores asociados a sífilis congénita en el recién nacido encontrados fueron menor nivel educativo materno, menor edad y tratamiento materno incompleto.