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12 pages, 5 figures, 2 tables, The identification of fish species using otolith shape has been common in many fields of the marine science. Different analytical processes can be applied for the morphological discrimination, but reviewing the literature we have found conceptual and statistical limitations in the use of shape indices and wavelets (contour analysis), being specially worrying in the first case due to their widespread routine use. In the present study, 42 species were classified using otolith shape indices and wavelets and applying traditional and machine learning classifiers and performance measures (accuracy, Cohen’s kappa statistic, sensitivity, and precision). Our results were conclusive; wavelets were a more adequate option for the classification of species than shape indices, independently of classifiers and performance measures considered. The artificial neural network and support vector machine provided the highest values for all performance measures using wavelets. In all cases, the measures of sensitivity and precision pointed out a higher confusion between some otolith patterns using shape indices. Therefore, we strongly discourage the routine use of shape indices for the identification of species, This study was supported by the Catalan Government project PESCAT (FEM/DARP/1256/2018). With the funding support of the ‘Severo Ochoa Centre of Excellence’ accreditation (CEX2019-000928-S), of the Spanish Research Agency (AEI)

To complement the series of manuscripts published as "Atlas of Teleostei Otoliths of the Southeastern-Southern Brazil", in this volume we present results for species of Siluriformes (two species) and Pleuronectiformes (thirteen species) orders. Considering that the sagittae of Siluriformes are very small we analyzed the left lapillus. Due to the asymmetry of the Pleuronectiformes otoliths, were analysed both left and right structures, being the circumsulcal depression the most important feature to diagnose these species. Resumo Em complemento à série de manuscritos publicados como "Atlas de Otólitos para os Teleósteos da região Sudeste-Sul do Brasil", neste volume apresentamos os resultados obtidos para espécies das ordens Siluriformes (duas espécies) e Pleuronectiformes (treze espécies). Tendo em vista que os sagittae dos Siluriformes são muito pequenos, foram analisados os lapilli esquerdos. Devido a assimetria dos Pleuronectiformes, foram analisados tanto sagittae esquerdos quanto direitos, sendo a depressão circumsulcal a feição mais importante para diagnosticar as espécies desta ordem.

This thesis is part of the project \"Biodiversity and functioning of a subtropical coastal ecosystem: a contribution to integrated management\" funded by FAPESP - São Paulo Research Foundation - Process 2011/50317-5. Known as Biota Araçá, this project was performed in order to evaluate the diversity and the functionality of a subtropical tidal flat located at the northern coast of São Paulo State, a high diversity area. Our study, based on landmark analysis of fish body shape and otoliths shape, was conducted at the University of São Paulo in collaboration with researchers from the Institut de Ciències del Mar (Consejo Superior de Investigaciones Cientificas, Barcelona, Spain). The thesis was organized in five chapters. In the first one, we present a historical review about the use of morphology as a tool for the Science. Initially this theme was to supply my curiosity about \"how the shape of organisms contributed to the development of biodiversity studies\". The second chapter shows the dependence of the fish assemblages\' morphological structure according to the samplers utilized. For that, nine fishing gears were used to sample the Araçá fish assemblages and we determined which samplers are more useful to represent the total fish morphological variability of the area. Given the heterogeneity and complexity of habitats of Araçá Bay, we supposed that some habitats have major influence in the morphological diversity. Therefore, the aim of the third chapter was to determine how fish diversity techniques reveal the ichthyofauna of the three main habitats of Araçá Bay: intertidal, inner/outer sublittoral, marginal shallow sublittoral (elected as results of the previous chapter). Here we emphasize the importance of abundance data and morpho-functional approaches to understand fish habitat complexities, and consequently, the ecosystem functioning. Thus, we present the more sensible habitats in case of the Araçá\'s environmental degradation. During the development of our study, one question emerged: \"are sagittae landmarks able to describe the fish assemblage biodiversity as well as are fish body shapes?\" To answer this question, in the fourth chapter, the morphological correspondence between fish body shapes and otolith sagittae shapes were assessed. We investigated 43 species using different shape descriptors, attempting to habit, diet, swimming type, and hearing capabilities. Other specific questions were answered: 1- which method: shape indices, wavelets or landmarks, better discriminate species classification and, 2- which one shows the ecological significance of otoliths? In the last chapter, considerations are presented taking in account our initial question \"Are landmarks analysis adequate to identify fish assemblages in a subtropical ecosystem?\" The conclusion is that the method is a useful tool to describe fish body and otolith shapes as well as to define fish assemblages in highly diverse ecosystems. Esta tese é parte do projeto \"Biodiversidade e funcionamento de um ecossistema subtropical: uma contribuição ao manejo integrado\" financiado pela FAPESP - Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de São Paulo - Processo 2011/ 50317-5. Conhecido como Biota Araçá, este projeto foi desenvolvido com o objetivo de avaliar a diversidade e a funcionalidade de uma planície de maré subtropical localizada no litoral norte do Estado de São Paulo, uma área de alta diversidade. Nosso estudo, baseado na análise de pontos homólogos relacionados à forma dos corpos de peixes e à forma de otólitos, foi conduzido na Universidade de São Paulo com a colaboração de pesquisadores do Institut de Ciències del Mar (Consejo Superior de Investigaciones Cientificas, Barcelona, Espanha). A tese está organizada em cinco capítulos. No primeiro, apresentamos uma revisão histórica sobre o uso da morfologia como ferramenta para a Ciência. Inicialmente, este tema surgiu a partir da nossa curiosidade sobre \"como a forma dos organismos contribuiu para o desenvolvimento dos estudos de biodiversidade\". O segundo capítulo mostra a dependência da estrutura morfológica das assembléias de peixes de acordo com os amostradores utilizados. Para isso, nove artes de pesca foram empregadas para amostrar as assembléias de peixes do Araçá e, foi analisado quais delas foram mais úteis para representar a variabilidade morfológica total das espécies presentes na área. Dada a heterogeneidade e complexidade dos habitats da Baía do Araçá, supusemos que alguns deles apresentariam maior influência na diversidade morfológica da ictiofauna. Assim, o objetivo do terceiro capítulo foi analisar como as técnicas utilizadas na avaliação da diversidade de peixes revelam esta diversidade nos três principais habitats da Baía do Araçá: entremarés, sublitoral interno/externo, sublitoral marginal raso (eleitos a partir dos resultados obtidos no capítulo anterior). Aqui, enfatizamos a importância dos dados de abundância e de abordagens morfofuncionais para entender as complexidades dos habitats para os peixes e, consequentemente, o funcionamento do ecossistema. Ainda aqui, apresentamos os habitats mais sensíveis no caso de uma degradação ambiental do Araçá. Durante o desenvolvimento do estudo, uma questão emergiu: \"pontos homólogos em sagittae são capazes de descrever a biodiversidade da assembléia de peixes, assim como o são as formas corporais?\" Para responder esta questão, no quarto capítulo, avaliamos a correspondência morfológica entre formas corporais de peixes e formas de otólitos sagittae. Nós investigamos 43 espécies utilizando diferentes descritores de forma, com vistas aos hábitos, dieta, tipo de natação e capacidades auditivas. Outras questões específicas foram respondidas: 1- qual método: índices de forma, wavelets ou landmarks, melhor discriminam as espécies para classificação e, 2- qual deles mostra a significância ecológica dos otólitos? No último capítulo, são apresentadas considerações levando em conta nossa pergunta inicial \"A análise de pontos homólogos é adequada para identificar assembléias de peixes em um ecossistema subtropical?\" A conclusão é que o método é uma ferramenta útil para descrever formas de corpos de peixes e otólitos, bem como definir associações de peixes em ecossistemas altamente diversificados.

This work reports the second record of the Indo-Pacific invasive mud sleeper, Butis koilomatodon, for coastal São Paulo in southeastern Brazil, and represents the southernmost record for this species in the southwestern Atlantic Ocean. The risks of a potential invasion mediated by anthropogenic impacts on the area of occurrence are also discussed. Neste trabalho, reportamos o segundo registro do peixe invasor, Butis koilomatodon, na costa de São Paulo (Sudeste do Brasil), o que representa, também, o registro mais ao sul no sudoeste do Oceano Atlântico. Discutimos os riscos de uma potencial invasão mediada pelos impactos antrópicos na área de ocorrência.

In addition to the series of documents that we have been publishing on the "Atlas of Teleostei Otoliths for the Southeastern-Southern Brazilian region", in this volume we present the results of species of the orders Atheriniformes (1 species), Beloniformes (5), Beryciformes (2), Zeiformes (2), Syngnathiformes (2), Scorpaeniformes (9) and Tetraodontiformes (6). Features, measurements and indices were analyzed according to methodology used in anterior series. Three otoliths of each species have been illustrated and photographed whenever possible. The frequency of occurrence of each characteristic was calculated by total length classes (TL), and differences within and among classes have been analyzed applying the multiple χ2 test (significance 0.05). Resumo Em adição à série de documentos que estamos publicando sobre o "Atlas de Otólitos para os peixes Teleósteos da região Sudeste-Sul do Brasil", neste volume apresentamos os resultados obtidos para espécies das ordens Atheriniformes (1 espécie), Beloniformes (5), Beryciformes (2), Zeiformes (2), Syngnathiformes (2), Scorpaeniformes (9) e Tetraodontiformes (6). Foram analisadas as feições, medidas e índices usualmente empregados conforme metodologia apresentada nas séries anteriores. Três otólitos de cada espécie foram desenhados e fotografados, sempre que possível. A frequência de ocorrência de cada característica por classe de comprimento total foi calculada (CT) e as diferenças dentro de cada classe e entre classes foram analisadas aplicando teste χ2 múltiplo (significância 0,05).

This publication is part of a series prepared with the purpose to constitute an Atlas of Teleostei Otoliths for the Southeastern-Southern Brazilian area. Here we present the results of 15 morphological features and six shape indices for 33 Perciformes species of 20 families. Whenever available in out collection, three otoliths of each species were illustrated and photographed. The frequency of occurrence of each feature was calculated inside and among total length classes being the differences analyzed through multiple χ2 tests (significance level 0.05). Based on otoliths measurements, six shape indices values were obtained being the minimum, maximum, mean and standard deviations values presented. RESUMO Esta publicação é a continuação de uma série que deverá resultar em um Atlas de Otólitos de Teleósteos da Região Sudeste-Sul brasileira. Aqui apresentamos os resultados de análises morfológicas relativas a 15 características e seis índices usualmente utilizados para a caracterização dessas estruturas. Neste estudo são apresentados os raesultados obtidos para 33 espécies de Percifomes de 20 famílias. Sempre que possível, foram desenhados e fotografados três otólitos de cada espécie. A frequência de ocorrência de cada característica morfológica foi calculada por classes de comprimento total (TL) e para toda a amostra, sendo as diferenças, dentro de cada classe e, ao longo do desenvolvimento do peixe, analisadas por meio de testes de χ2 múltiplo (nível de significância 0,05). A partir de medidas dos otólitos, foram calculados valores de seis índices de forma, sendo aqui apresentados seus valores mínimo, máximo, média e desvio padrão.

We report, for the first time, the occurrence of the muzzled blenny,Omobranchus punctatus, on the coast of São Paulo, South-Eastern Brazil, partially filling a record gap within the species’ expected distribution in Brazil. One individual was found on 16 June 2014 in a sand-bottom tide pool of a tidal flat ecosystem, adjacent to the port of São Sebastião.

The drawings, detailed pictures, precise descriptions and measurements that characterize otoliths must be made available for studies in various areas, including taxonomy, phylogeny, ecology, fisheries, paleontology, diversity, predator-prey relationships and modeling. The Collection of Teleostei Fish Otoliths of Southeastern-Southern Brazil (COSS-Brasil) of IOUSP contains 45,000 pairs of otoliths from 210 species. This publication is the first in a series that will constitute an atlas of Teleostei otoliths for southeastern-southern Brazil and presents the results of the morphologic and morphometric analyses of 11 Gadiformes and 36 Perciformes species by means of the most commonly used features, measurements and indices. Three otoliths of each species were illustrated and photographed whenever possible. The frequency of occurrence was calculated for each characteristic by total length classes (TL), and the ontogenetic differences were analyzed (multiple χ2 test; significance 0.05). Morphometric analyses were conducted for each characteristic per total length (TL) class and for the whole sample, and the ontogenetic differences were analyzed. A disponibilidade de desenhos, fotos detalhadas, descrições precisas e medidas que caracterizem os otólitos são ferramentas imprescindíveis para diversas áreas: taxonomia, filogenia, ecologia, pesca, paleontologia, diversidade, relações presa/predador e modelagem. Da Coleção de Otólitos de Peixes Teleósteos da Região Sudeste-Sul do Brasil (COSS-Brasil), IOUSP, constam quarenta e cinco mil pares relativos a 210 espécies. Esta publicação é a primeira de uma série que constituirá um atlas de otólitos para Teleostei da região sudeste-sul brasileira e apresenta os resultados de análises morfológicas e morfométricas de 11 espécies de Gadiformes e 36 de Perciformes das medidas e índices usualmente realizados. Foram desenhados e fotografados três otólitos de cada espécie sempre que possível. A frequência de ocorrência foi calculada por classes de comprimento total (TL) e para toda a amostra, e diferenças ontogenéticas foram analisadas.

Polymixia lowei é uma espécie de habito demersal que habita fundos moles sobre a plataforma continental e o talude superior, nos continentes e ilhas do oceano Atlântico Ocidental. No Brasil, P. lowei é considerada um recurso potencial desde o início da década de 70 e, atualmente, compõem a lista de espécies alvo de frotas pesqueiras que utilizam o arrasto de fundo. Considerando a necessidade de estudos sobre a biologia da espécie, foram pesquisados sua idade e crescimento, fornecendo informações para avaliação e manejo de seu estoque. A amostra compreende 2171 exemplares coletados durante cruzeiros de prospecção pesqueira com rede de arrasto de fundo ocorridos no âmbito do Programa REVIZEE, em 2001 e 2002. Foram analisados 403 otólitos (52mm < Ls < 227mm), submetidos a técnicas de corte (eixo transversal), sendo realizadas três leituras sob estereomicroscópio. A validação da periodicidade na formação dos anéis foi verificada através da análise da porcentagem de tipo de borda e do incremento marginal. Para o ajuste do modelo de Von Bertalanffy, foi utilizado o método de Ford-Walford. As análises dos otólitos revelaram até seis anéis (núcleo + R1 a R6), que apresentaram os seguintes raios médios: N = 1,56, R1 = 1,94 mm, R2 = 2,51 mm, R3 = 3,05 mm, R4 = 3,57 mm, R5 = 4,01 mm e R6 = 4,48. A formação de anel é anual, ocorrendo no final do outono princípio de inverno (junho/julho). Os parâmetros obtidos pelo ajuste do modelo de Von Bertalanffy foram: Ls = 301*[ 1 e 0.13 (t (-2.33)] (para todos os exemplares), Ls = 257 *[ 1 e 0.19 (t (-1.75) ] (para machos), Ls = 340 *[ 1 e 0.13 (t (-1.84) ] (para fêmeas). P. lowei é uma espécie k estrategista, de crescimento lento e longo ciclo de vida, vivendo até 20 anos. Os resultados são consistentes com os comprimentos observados na amostra de P. lowei, descrevendo adequadamente o crescimento da espécie e fornecendo informações para a avaliação de seu estoque e manejo de sua pescaria, na região sudeste-sul do Brasil. The beardfish Polymixia lowei is a demersal species which lives in the outer continental shelf and upper slope of the continents and islands of the Western Atlantic Ocean. In Brazilian waters, it is considered a potential resource since the early 70s and now a component of the list of species submitted to the fishing fleets operating with bottom trawling. Considering the need of biology studies for the species, its age and growth were studied, providing information for the evaluation and management of its stock. The analyzed sample comprised 2171 specimens collected during the exploration cruises of fishing with bottom-trawl nets (REVIZEE Program) in 2001 and 2002. The otoliths of 403 fishes (52 mm < Ls < 227 mm), were submitted to cutting techniques (horizontal axis), and the number of rings carried out under stereomicroscope. The time of rings deposition was analyzed through the frequency of translucent/opaque edge zones and marginal increment along the year. In order to estimate the growth parameters of von Bertalanffy model, Ford-Walford method was applied to the data of average length at age. The otoliths analyses revealed six rings (nucleus + R1 to R6), that showed the following averages: Nucleus = 1,56; R1 = 1,94 mm, R2 = 2,51 mm, R3 = 3,05 mm, R4 = 3,57 mm, R5 = 4,01 mm e R6 = 4,48 mm. The ring formation is annual, occurring at the end of autumn beginning of winter (june/july), and specimens with one to six years was found. The parameters obtained with von Bertalanffy model were: Ls = 301*[ 1 e 0.13 (t (-2.33)] (all specimens), Ls = 257 *[ 1 e 0.19 (t (-1.75) ] (males), Ls = 340 *[ 1 e 0.13 (t (-1.84) ] (females). P. lowei is a k strategist species showing slow growth and long life cycle and reaching until twenty years old. The results are consistent with the lengths observed in the sample of P. lowei, describing adequately the species growth and providing adequate information to its stock assessment and its fishery management in the Southeast-South of Brazil.

The spatial distribution of small pelagic fishes off the Southeastern Brazilian coastal area (22°-29°S) was investigated over six periods, from 1995 to 2010, in the context of the Program "Prospection and Assessment of the Biomass of the Sardine, Sardinella brasiliensis " in order to provide data about their pattern of distribution and biomass. A checklist of the species collected is presented herein with data on geographic position and depth of captures. Such information is intended to be a reference about the fauna that occupied the region in the period under investigation, and allow future comparisons about the resilience of the local fauna, i.e., the detection of future changes caused by environmental factors or human activities. Sampling was conducted during hydroacoustic surveys with mid water trawling plus a few purse seine operations between 10 m and 100 m depth. A total of 86 species were collected.

This publication is part of a series that will constitute an Atlas of Teleostei Otoliths for the Southeastern-Southern Brazilian area. It presents the results of the morphological and morphometric analyses of 31 Perciformes (two species of Centropomidae; two of Acropomatidae; two of Serranidae; two of Priacanthidae; two of Malacanthidae; one of Pomatomidae; six of Carangidae; three of Lutjanidae; five of Gerreidae and six of Haemulidae). Whenever available in the collection, otoliths from three distinct specimen sizes were illustrated and photographed in order to show their variation during development. For each characteristic the frequency of occurrence was calculated within each length class (TL) and among length classes (during development) and differences were analyzed by a multiple χ² test (significance 0.05). RESUMO Esta publicação é parte de uma série que constituirá um Atlas de Otólitos para os Teleostei da Região Sudeste-Sul brasileira. Nela são apresentados os resultados de análises morfológicas e morfométricas de 31 espécies de peixes Perciformes (duas espécies de Centropomidae; duas de Acropomatidae; duas de Serranidae; duas de Priacanthidae; duas de Malacanthidae; uma de Pomatomidae; seis de Carangidae; três de Lutjanidae; cinco de Gerreidae e seis de Haemulidae). Três otólitos de tamanhos distintos de cada espécie foram desenhados e fotografados, sempre que possível. Para cada característica foram calculadas as frequências de ocorrência dentro de cada classe de comprimento total (TL) e entre classes distintas (diferenças ontogenéticas) através de um Teste χ² múltiplo (significância 0,05).

This publication is the second in a series that will together constitute an Atlas of Teleostei Otoliths for the Southeastern-Southern Brazilian area. Here we present results of morphologic and morphometric analyses of 12 Clupeiform species (3 Clupeidae, 7 Engraulidae and 2 Pristigasteridae) by means of the most commonly used features, measurements and indices. Three otoliths of each species have been illustrated and photographed whenever possible. The frequency of occurrence has been calculated for each characteristic by total length class (TL), and the ontogenetic differences have been analyzed (multiple χ² test; significance 0.05). RESUMO Esta publicação é a segunda de uma série que constituirá um Atlas de Otólitos para os Teleostei da região Sudeste-Sul brasileira. Nela são apresentados os resultados de análises morfológicas e morfométricas de 12 espécies de Clupeiformes (3 Clupeidae, 7 Engraulidae e 2 Pristigasteridae) através de feições, medidas e índices usualmente utilizados. Três otólitos de cada espécie foram desenhados e fotografados, sempre que possível. A frequência de ocorrência foi calculada para cada característica por classes de comprimento total dos peixes (CT) e as diferenças ontogenéticas foram analisadas (Teste χ² múltiplo; significância 0,05).

This publication is part of a series that will constitute an Atlas of Teleostei Otoliths of the Southeastern-Southern Brazilian region. In this article, we present the results of sagittae's morphologic and morphometric analyses from fishes remaining to the orders: Albuliformes (one species), Anguiliformes (four), Osmeriformes (one), Stomiiformes (one), Aulopiformes (five), Myctophiformes (nine), Ophidiiformes (three), Polimixiiformes (one), Batrachoidiformes (one) and Lophiformes (three). Features, measurements and indices were analyzed according to methodology used in anterior series. Whenever possible three otoliths of each species have been illustrated and photographed. The frequency of occurrence of each characteristic was calculated by total length classes (TL) and differences within and among them have been analyzed applying multiple χ² test (significance 0.05). RESUMO Esta publicação é sequência de uma série que constituirá um Atlas de Otólitos de Teleostei da região Sudeste-Sul brasileira. Neste artigo são apresentados resultados de análises morfológicas e morfométricas dos sagittae de peixes pertencentes às ordens: Albuliformes (uma espécie), Anguiliformes (quatro), Osmeriformes (uma), Stomiiformes (uma), Aulopiformes (cinco), Myctophiformes (nove), Ophidiiformes (três), Polimixiiformes (uma), Batrachoidiformes (uma) e Lophiformes (três). Foram analisadas feições, medidas e índices usualmente empregados conforme metodologia apresentada nas séries anteriores. Três otólitos de cada espécie foram desenhados e fotografados, sempre que possível. A frequência de ocorrência de cada característica por classe de comprimento total foi calculada (CT) e as diferenças dentro de cada classe e entre elas foram analisadas aplicando o Teste χ² múltiplo (significância 0,05).