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116 results on '"Calevro F"'

4. The transposable element-rich genome of the cereal pest Sitophilus oryzae

Author

Parisot, N, Vargas-Chavez, C, Goubert, C, Baa-Puyoulet, P, Balmand, S, Beranger, L, Blanc, C, Bonnamour, A, Boulesteix, M, Burlet, N, Calevro, F, Callaerts, P, Chancy, T, Charles, H, Colella, S, Barbosa, ADS, Dell'Aglio, E, Di Genova, A, Febvay, G, Gabaldon, T, Ferrarini, MG, Gerber, A, Gillet, B, Hubley, R, Hughes, S, Jacquin-Joly, E, Maire, J, Marcet-Houben, M, Masson, F, Meslin, C, Montagne, N, Moya, A, Ribeiro de Vasconcelos, AT, Richard, G, Rosen, J, Sagot, M-F, Smit, AFA, Storer, JM, Vincent-Monegat, C, Vallier, A, Vigneron, A, Zaidman-Remy, A, Zamoum, W, Vieira, C, Rebollo, R, Latorre, A, Heddi, A, Parisot, N, Vargas-Chavez, C, Goubert, C, Baa-Puyoulet, P, Balmand, S, Beranger, L, Blanc, C, Bonnamour, A, Boulesteix, M, Burlet, N, Calevro, F, Callaerts, P, Chancy, T, Charles, H, Colella, S, Barbosa, ADS, Dell'Aglio, E, Di Genova, A, Febvay, G, Gabaldon, T, Ferrarini, MG, Gerber, A, Gillet, B, Hubley, R, Hughes, S, Jacquin-Joly, E, Maire, J, Marcet-Houben, M, Masson, F, Meslin, C, Montagne, N, Moya, A, Ribeiro de Vasconcelos, AT, Richard, G, Rosen, J, Sagot, M-F, Smit, AFA, Storer, JM, Vincent-Monegat, C, Vallier, A, Vigneron, A, Zaidman-Remy, A, Zamoum, W, Vieira, C, Rebollo, R, Latorre, A, and Heddi, A

Abstract

BACKGROUND: The rice weevil Sitophilus oryzae is one of the most important agricultural pests, causing extensive damage to cereal in fields and to stored grains. S. oryzae has an intracellular symbiotic relationship (endosymbiosis) with the Gram-negative bacterium Sodalis pierantonius and is a valuable model to decipher host-symbiont molecular interactions. RESULTS: We sequenced the Sitophilus oryzae genome using a combination of short and long reads to produce the best assembly for a Curculionidae species to date. We show that S. oryzae has undergone successive bursts of transposable element (TE) amplification, representing 72% of the genome. In addition, we show that many TE families are transcriptionally active, and changes in their expression are associated with insect endosymbiotic state. S. oryzae has undergone a high gene expansion rate, when compared to other beetles. Reconstruction of host-symbiont metabolic networks revealed that, despite its recent association with cereal weevils (30 kyear), S. pierantonius relies on the host for several amino acids and nucleotides to survive and to produce vitamins and essential amino acids required for insect development and cuticle biosynthesis. CONCLUSIONS: Here we present the genome of an agricultural pest beetle, which may act as a foundation for pest control. In addition, S. oryzae may be a useful model for endosymbiosis, and studying TE evolution and regulation, along with the impact of TEs on eukaryotic genomes.

Published
2021

5. The genome sequence of the grape phylloxera provides insights into the evolution, adaptation, and invasion routes of an iconic pest

Author

Rispe, C, Legeai, F, Nabity, PD, Fernandez, R, Arora, AK, Baa-Puyoulet, P, Banfill, CR, Bao, L, Barbera, M, Bouallegue, M, Bretaudeau, A, Brisson, JA, Calevro, F, Capy, P, Catrice, O, Chertemps, T, Couture, C, Deliere, L, Douglas, AE, Dufault-Thompson, K, Escuer, P, Feng, H, Forneck, A, Gabaldon, T, Guigo, R, Hilliou, F, Hinojosa-Alvarez, S, Hsiao, Y-M, Hudaverdian, S, Jacquin-Joly, E, James, EB, Johnston, S, Joubard, B, Le Goff, G, Le Trionnaire, G, Librado, P, Liu, S, Lombaert, E, Lu, H-L, Maibeche, M, Makni, M, Marcet-Houben, M, Martinez-Torres, D, Meslin, C, Montagne, N, Moran, NA, Papura, D, Parisot, N, Rahbe, Y, Lopes, MR, Ripoll-Cladellas, A, Robin, S, Roques, C, Roux, P, Rozas, J, Sanchez-Gracia, A, Sanchez-Herrero, JF, Santesmasses, D, Scatoni, I, Serre, R-F, Tang, M, Tian, W, Umina, PA, van Munster, M, Vincent-Monegat, C, Wemmer, J, Wilson, ACC, Zhang, Y, Zhao, C, Zhao, J, Zhao, S, Zhou, X, Delmotte, F, Tagu, D, Rispe, C, Legeai, F, Nabity, PD, Fernandez, R, Arora, AK, Baa-Puyoulet, P, Banfill, CR, Bao, L, Barbera, M, Bouallegue, M, Bretaudeau, A, Brisson, JA, Calevro, F, Capy, P, Catrice, O, Chertemps, T, Couture, C, Deliere, L, Douglas, AE, Dufault-Thompson, K, Escuer, P, Feng, H, Forneck, A, Gabaldon, T, Guigo, R, Hilliou, F, Hinojosa-Alvarez, S, Hsiao, Y-M, Hudaverdian, S, Jacquin-Joly, E, James, EB, Johnston, S, Joubard, B, Le Goff, G, Le Trionnaire, G, Librado, P, Liu, S, Lombaert, E, Lu, H-L, Maibeche, M, Makni, M, Marcet-Houben, M, Martinez-Torres, D, Meslin, C, Montagne, N, Moran, NA, Papura, D, Parisot, N, Rahbe, Y, Lopes, MR, Ripoll-Cladellas, A, Robin, S, Roques, C, Roux, P, Rozas, J, Sanchez-Gracia, A, Sanchez-Herrero, JF, Santesmasses, D, Scatoni, I, Serre, R-F, Tang, M, Tian, W, Umina, PA, van Munster, M, Vincent-Monegat, C, Wemmer, J, Wilson, ACC, Zhang, Y, Zhao, C, Zhao, J, Zhao, S, Zhou, X, Delmotte, F, and Tagu, D

Abstract

Background Although native to North America, the invasion of the aphid-like grape phylloxera Daktulosphaira vitifoliae across the globe altered the course of grape cultivation. For the past 150 years, viticulture relied on grafting-resistant North American Vitis species as rootstocks, thereby limiting genetic stocks tolerant to other stressors such as pathogens and climate change. Limited understanding of the insect genetics resulted in successive outbreaks across the globe when rootstocks failed. Here we report the 294-Mb genome of D. vitifoliae as a basic tool to understand host plant manipulation, nutritional endosymbiosis, and enhance global viticulture. Results Using a combination of genome, RNA, and population resequencing, we found grape phylloxera showed high duplication rates since its common ancestor with aphids, but similarity in most metabolic genes, despite lacking obligate nutritional symbioses and feeding from parenchyma. Similarly, no enrichment occurred in development genes in relation to viviparity. However, phylloxera evolved > 2700 unique genes that resemble putative effectors and are active during feeding. Population sequencing revealed the global invasion began from the upper Mississippi River in North America, spread to Europe and from there to the rest of the world. Conclusions The grape phylloxera genome reveals genetic architecture relative to the evolution of nutritional endosymbiosis, viviparity, and herbivory. The extraordinary expansion in effector genes also suggests novel adaptations to plant feeding and how insects induce complex plant phenotypes, for instance galls. Finally, our understanding of the origin of this invasive species and its genome provide genetics resources to alleviate rootstock bottlenecks restricting the advancement of viticulture.

Published
2020

6. The genome sequence of the grape phylloxera provides insights into the evolution, adaptation, and invasion routes of an iconic pest (vol 18, 90, 2020)

Author

Rispe, C, Legeai, F, Nabity, PD, Fernandez, R, Arora, AK, Baa-Puyoulet, P, Banfill, CR, Bao, L, Barbera, M, Bouallegue, M, Bretaudeau, A, Brisson, JA, Calevro, F, Capy, P, Catrice, O, Chertemps, T, Couture, C, Deliere, L, Douglas, AE, Dufault-Thompson, K, Escuer, P, Feng, H, Forneck, A, Gabaldon, T, Guigo, R, Hilliou, F, Hinojosa-Alvarez, S, Hsiao, Y-M, Hudaverdian, S, Jacquin-Joly, E, James, EB, Johnston, S, Joubard, B, Le Goff, G, Le Trionnaire, G, Librado, P, Liu, S, Lombaert, E, Lu, H-L, Maibeche, M, Makni, M, Marcet-Houben, M, Martinez-Torres, D, Meslin, C, Montagne, N, Moran, NA, Papura, D, Parisot, N, Rahbe, Y, Lopes, MR, Ripoll-Cladellas, A, Robin, S, Roques, C, Roux, P, Rozas, J, Sanchez-Gracia, A, Sanchez-Herrero, JF, Santesmasses, D, Scatoni, I, Serre, R-F, Tang, M, Tian, W, Umina, PA, van Munster, M, Vincent-Monegat, C, Wemmer, J, Wilson, ACC, Zhang, Y, Zhao, C, Zhao, J, Zhao, S, Zhou, X, Delmotte, F, Tagu, D, Rispe, C, Legeai, F, Nabity, PD, Fernandez, R, Arora, AK, Baa-Puyoulet, P, Banfill, CR, Bao, L, Barbera, M, Bouallegue, M, Bretaudeau, A, Brisson, JA, Calevro, F, Capy, P, Catrice, O, Chertemps, T, Couture, C, Deliere, L, Douglas, AE, Dufault-Thompson, K, Escuer, P, Feng, H, Forneck, A, Gabaldon, T, Guigo, R, Hilliou, F, Hinojosa-Alvarez, S, Hsiao, Y-M, Hudaverdian, S, Jacquin-Joly, E, James, EB, Johnston, S, Joubard, B, Le Goff, G, Le Trionnaire, G, Librado, P, Liu, S, Lombaert, E, Lu, H-L, Maibeche, M, Makni, M, Marcet-Houben, M, Martinez-Torres, D, Meslin, C, Montagne, N, Moran, NA, Papura, D, Parisot, N, Rahbe, Y, Lopes, MR, Ripoll-Cladellas, A, Robin, S, Roques, C, Roux, P, Rozas, J, Sanchez-Gracia, A, Sanchez-Herrero, JF, Santesmasses, D, Scatoni, I, Serre, R-F, Tang, M, Tian, W, Umina, PA, van Munster, M, Vincent-Monegat, C, Wemmer, J, Wilson, ACC, Zhang, Y, Zhao, C, Zhao, J, Zhao, S, Zhou, X, Delmotte, F, and Tagu, D

Abstract

An amendment to this paper has been published and can be accessed via the original article.

Published
2020

8. Genome sequence of the pea aphid Acyrthosiphon pisum

Author

Richards, S, Gibbs, RA, Gerardo, NM, Moran, N, Nakabachi, A, Stern, D, Tagu, D, Wilson, ACC, Muzny, D, Kovar, C, Cree, A, Chacko, J, Chandrabose, MN, Dao, MD, Dinh, HH, Gabisi, RA, Hines, S, Hume, J, Jhangian, SN, Joshi, V, Lewis, LR, Liu, Y-S, Lopez, J, Morgan, MB, Nguyen, NB, Okwuonu, GO, Ruiz, SJ, Santibanez, J, Wright, RA, Fowler, GR, Hitchens, ME, Lozado, RJ, Moen, C, Steffen, D, Warren, JT, Zhang, J, Nazareth, LV, Chavez, D, Davis, C, Lee, SL, Patel, BM, Pu, L-L, Bell, SN, Johnson, AJ, Vattathil, S, Jr, WRL, Shigenobu, S, Dang, PM, Morioka, M, Fukatsu, T, Kudo, T, Miyagishima, S-Y, Jiang, H, Worley, KC, Legeai, F, Gauthier, J-P, Collin, O, Zhang, L, Chen, H-C, Ermolaeva, O, Hlavina, W, Kapustin, Y, Kiryutin, B, Kitts, P, Maglott, D, Murphy, T, Pruitt, K, Sapojnikov, V, Souvorov, A, Thibaud-Nissen, F, Camara, F, Guigo, R, Stanke, M, Solovyev, V, Kosarev, P, Gilbert, D, Gabaldon, T, Huerta-Cepas, J, Marcet-Houben, M, Pignatelli, M, Moya, A, Rispe, C, Ollivier, M, Quesneville, H, Permal, E, Llorens, C, Futami, R, Hedges, D, Robertson, HM, Alioto, T, Mariotti, M, Nikoh, N, McCutcheon, JP, Burke, G, Kamins, A, Latorre, A, Moran, NA, Ashton, P, Calevro, F, Charles, H, Colella, S, Douglas, A, Jander, G, Jones, DH, Febvay, G, Kamphuis, LG, Kushlan, PF, Macdonald, S, Ramsey, J, Schwartz, J, Seah, S, Thomas, G, Vellozo, A, Cass, B, Degnan, P, Hurwitz, B, Leonardo, T, Koga, R, Altincicek, B, Anselme, C, Atamian, H, Barribeau, SM, de Vos, M, Duncan, EJ, Evans, J, Ghanim, M, Heddi, A, Kaloshian, I, Vincent-Monegat, C, Parker, BJ, Perez-Brocal, V, Rahbe, Y, Spragg, CJ, Tamames, J, Tamarit, D, Tamborindeguy, C, Vilcinskas, A, Bickel, RD, Brisson, JA, Butts, T, Chang, C-C, Christiaens, O, Davis, GK, Duncan, E, Ferrier, D, Iga, M, Janssen, R, Lu, H-L, McGregor, A, Miura, T, Smagghe, G, Smith, J, van der Zee, M, Velarde, R, Wilson, M, Dearden, P, Edwards, OR, Gordon, K, Hilgarth, RS, Jr, RSD, Srinivasan, D, Walsh, TK, Ishikawa, A, Jaubert-Possamai, S, Fenton, B, Huang, W, Rizk, G, Lavenier, D, Nicolas, J, Smadja, C, Zhou, J-J, Vieira, FG, He, X-L, Liu, R, Rozas, J, Field, LM, Ashton, PD, Campbell, P, Carolan, JC, Douglas, AE, Fitzroy, CIJ, Reardon, KT, Reeck, GR, Singh, K, Wilkinson, TL, Huybrechts, J, Abdel-latief, M, Robichon, A, Veenstra, JA, Hauser, F, Cazzamali, G, Schneider, M, Williamson, M, Stafflinger, E, Hansen, KK, Grimmelikhuijzen, CJP, Price, DRG, Caillaud, M, van Fleet, E, Ren, Q, Gatehouse, JA, Brault, V, Monsion, B, Diaz, J, Hunnicutt, L, Ju, H-J, Pechuan, X, Aguilar, J, Cortes, T, Ortiz-Rivas, B, Martinez-Torres, D, Dombrovsky, A, Dale, RP, Davies, TGE, Williamson, MS, Jones, A, Sattelle, D, Williamson, S, Wolstenholme, A, Cottret, L, Sagot, MF, Heckel, DG, Hunter, W, Consortium, IAG, Universitat de Barcelona, Princeton University, Biologie des organismes et des populations appliquées à la protection des plantes (BIO3P), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Baylor College of Medicine (BCM), Baylor University, An algorithmic view on genomes, cells, and environments (BAMBOO), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), IAGC, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Eisen, Jonathan A., and Eisen, Jonathan A

Subjects
0106 biological sciences, TANDEM REPEATS, Genome, Insect, Gene Transfer, RRES175, Sequència genòmica, Faculty of Science\Computer Science, CPG METHYLATION, 01 natural sciences, Genome, Medical and Health Sciences, International Aphid Genomics Consortium, Biologiska vetenskaper, Biology (General), GENE-EXPRESSION, 2. Zero hunger, Genetics, 0303 health sciences, Aphid, Afídids, General Neuroscience, GENOME SEQUENCE, food and beverages, DROSOPHILA CIRCADIAN CLOCK, Biological Sciences, Genetics and Genomics/Microbial Evolution and Genomics, INSECTE, Genètica microbiana, puceron, APIS-MELLIFERA, General Agricultural and Biological Sciences, Infection, symbiose, Biotechnology, Research Article, VIRUS VECTORING, 175_Genetics, SYMBIOTIC BACTERIA, Gene Transfer, Horizontal, QH301-705.5, ACYRTHOSIPHON PISUM, Biology, HOLOMETABOLOUS INSECTS, HOST-PLANT, 010603 evolutionary biology, PEA APHID, INSECT-PLANT, PHENOTYPIC PLASTICITY, RAVAGEUR DES CULTURES, SOCIAL INSECT, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Horizontal, 03 medical and health sciences, Buchnera, Gene family, Life Science, Animals, Symbiosis, Gene, 030304 developmental biology, Whole genome sequencing, General Immunology and Microbiology, Annotation, Genome sequence, Agricultural and Veterinary Sciences, 175_Entomology, Genètica animal, Bacteriocyte, génome, gène, Human Genome, Biology and Life Sciences, 15. Life on land, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, biology.organism_classification, REPETITIVE ELEMENTS, DNA-SEQUENCES, Acyrthosiphon pisum, Genome Sequence, Genetics and Genomics/Genome Projects, Aphids, PHEROMONE-BINDING, Insect, Developmental Biology, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

The genome of the pea aphid shows remarkable levels of gene duplication and equally remarkable gene absences that shed light on aspects of aphid biology, most especially its symbiosis with Buchnera., Aphids are important agricultural pests and also biological models for studies of insect-plant interactions, symbiosis, virus vectoring, and the developmental causes of extreme phenotypic plasticity. Here we present the 464 Mb draft genome assembly of the pea aphid Acyrthosiphon pisum. This first published whole genome sequence of a basal hemimetabolous insect provides an outgroup to the multiple published genomes of holometabolous insects. Pea aphids are host-plant specialists, they can reproduce both sexually and asexually, and they have coevolved with an obligate bacterial symbiont. Here we highlight findings from whole genome analysis that may be related to these unusual biological features. These findings include discovery of extensive gene duplication in more than 2000 gene families as well as loss of evolutionarily conserved genes. Gene family expansions relative to other published genomes include genes involved in chromatin modification, miRNA synthesis, and sugar transport. Gene losses include genes central to the IMD immune pathway, selenoprotein utilization, purine salvage, and the entire urea cycle. The pea aphid genome reveals that only a limited number of genes have been acquired from bacteria; thus the reduced gene count of Buchnera does not reflect gene transfer to the host genome. The inventory of metabolic genes in the pea aphid genome suggests that there is extensive metabolite exchange between the aphid and Buchnera, including sharing of amino acid biosynthesis between the aphid and Buchnera. The pea aphid genome provides a foundation for post-genomic studies of fundamental biological questions and applied agricultural problems., Author Summary Aphids are common pests of crops and ornamental plants. Facilitated by their ancient association with intracellular symbiotic bacteria that synthesize essential amino acids, aphids feed on phloem (sap). Exploitation of a diversity of long-lived woody and short-lived herbaceous hosts by many aphid species is a result of specializations that allow aphids to discover and exploit suitable host plants. Such specializations include production by a single genotype of multiple alternative phenotypes including asexual, sexual, winged, and unwinged forms. We have generated a draft genome sequence of the pea aphid, an aphid that is a model for the study of symbiosis, development, and host plant specialization. Some of the many highlights of our genome analysis include an expanded total gene set with remarkable levels of gene duplication, as well as aphid-lineage-specific gene losses. We find that the pea aphid genome contains all genes required for epigenetic regulation by methylation, that genes encoding the synthesis of a number of essential amino acids are distributed between the genomes of the pea aphid and its symbiont, Buchnera aphidicola, and that many genes encoding immune system components are absent. These genome data will form the basis for future aphid research and have already underpinned a variety of genome-wide approaches to understanding aphid biology.

Published
2010
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9. AcypiCyc (Acyrthosiphon pisum Cyc database) and CycADS (Cyc Annotation Database System): moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses

Author

Stefano Colella, Vellozo, A., Cottret, L., Febvay, G., Calevro, F., Yvan Rahbé, Sagot, M. F., Hubert CHARLES, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), An algorithmic view on genomes, cells, and environments (BAMBOO), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon

Subjects
1-1-4 Communication congrès (résultats originaux), ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

5-COM (communications sans actes)

Published
2009

10. Transcriptomique

Author

Boulicaut, Jean-François, Calevro, F., Charles, H., Fayard, J.M., Febvay, G., Gandrillon, Olivier, Gautier, Christian, Rahbé, Yvan, Robardet, Céline, Rome, S., Sagot, M.F., Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Computer science and genomics (HELIX), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
1-1-4 Communication congrès (résultats originaux), ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

5-COM (communications sans actes)

Published
2008

11. Caractérisation et modélisation de la « fonction symbiotique » de Buchnera aphidicola chez le puceron du pois Acyrthosiphon pisum

Author

Hubert CHARLES, Calevro, F., Stefano Colella, Fayard, J. M., Febvay, G., Yvan Rahbé, Duport, G., Laroche, S., Vinuelas, J., Brinza, L., Rabatel, A., Vellozo, A., Ahmed, A., Sagot, M. F., Cottret, L., Christian Gautier, Lacroix, V., Genieys, S., Vitaly Volpert, Pujo-Menjouet, L., Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Computer science and genomics (HELIX), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité mixte de recherche interactions plantes-microorganismes, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
2-1-6 Transfert/animation de la recherche proceedings congrès, Buchnera aphidicola, puceron, fonction symbiotique, Acyrthosiphon pisum, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

HAL : hal-00391273; National audience

Published
2008

12. Evolution des organismes bactériens

Author

Beslon, G., Calevro, F., Hubert CHARLES, Fayard, J. M., Knibbe, C., Genieys, S., Sagot, M. F., Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Laboratoire Bf2i, Insa, ProdInra, Migration, Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon

Subjects
[SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, 1-1-4 Communication congrès (résultats originaux), [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

5-COM (communications sans actes)

Published
2008

13. Les réseaux métaboliques et génétiques

Author

Hubert CHARLES, Beslon, G., Calevro, F., Jean-François Boulicaut, Fayard, J. M., Febvay, G., Christian Gautier, Yvan Rahbé, Sagot, M. F., Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Computer science and genomics (HELIX), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)

Subjects
[SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], réseaux métaboliques, [SDV]Life Sciences [q-bio], 1-1-4 Communication congrès (résultats originaux), [INFO]Computer Science [cs], réseaux métaboliques, réseaux génétiques, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, réseaux génétiques
Abstract

id HAL hal-003912715-COM (communications sans actes)

Published
2008

14. Interactions trophiques dans la symbiose puceron - Buchnera : Régulations transcriptionnelles de la réponse à la carence en acides aminés essentiels

Author

Calevro, F., Hubert CHARLES, Fayard, J. M., Febvay, G., Yvan Rahbé, Duport, G., Vinuelas, J., Rabatel, A., Stefano Colella, Laroche, S., Brinza, L., Cottret, L., Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Computer science and genomics (HELIX), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon

Subjects
1-1-4 Communication congrès (résultats originaux), ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

5-COM (communications sans actes)

Published
2008

15. Development of the Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc): from genome sequence to metabolic network analyses

Author

Vellozo, A., Stefano Colella, Cottret, L., Febvay, G., Calevro, F., Yvan Rahbé, Sagot, M. F., Hubert CHARLES, Computer science and genomics (HELIX), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], Acyrthosiphon pisum Cyc database, genome sequence, metabolic network, 1-1-4 Communication congrès (résultats originaux), Development, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

identifiant HAL : hal-00391519; National audience

Published
2008

16. Unis pour survivre : les pucerons et leurs bactéries symbiotiques

Author

Yvan Rahbé, Hubert CHARLES, Calevro, F., Jean-Christophe Simon, Rispe, C., Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Biologie des organismes et des populations appliquées à la protection des plantes (BIO3P), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, and Laboratoire Bf2i, Insa

Subjects
[SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 1-2-1 Synthèse scientifique périodique à comité de lecture, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

1-ACL (articles avec comité de lecture)

Published
2007

17. Conservation de la relation entre niveau d'expression des gènes et organisation du chromosome chez Buchnera aphidicola, symbiote primaire des pucerons : exemple d'un génome réduit mais non dégénéré

Author

Vinuelas, J., Calevro, F., Remond, D., Bernillon, J., Yvan Rahbé, Febvay, G., Fayard, J. M., Hubert CHARLES, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Laboratoire de Mécanique des Contacts et des Structures [Villeurbanne] (LaMCoS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Laboratoire Bf2i, Insa, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions ( BF2I ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), Laboratoire de Mécanique des Contacts et des Structures [Villeurbanne] ( LaMCoS ), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS )

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], 1-1-4 Communication congrès (résultats originaux), ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

5-COM (communications sans actes)

Published
2007

18. Comparative analysis of gene expression in the aphid-Buchnera symbiosis: the role of Buchnera in the nutrition of aphid embryos

Author

Bermingham, J., Calevro, F., Vinuelas, J., Hubert CHARLES, Wilkinson, T., Laboratoire Bf2i, Insa, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)

Subjects
1-1-4 Communication congrès (résultats originaux), [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

5-COM (communications sans actes)

Published
2007

19. IGOIM, une méthode d'inférence de réseaux génétiques utilisant l'information mutuelle

Author

Brinza, L., Calevro, F., Hubert CHARLES, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Laboratoire Bf2i, Insa, and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)

Subjects
1-1-4 Communication congrès (résultats originaux), [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

5-COM (communications sans actes)

Published
2007

20. Spatial transcriptomic patterns in the genome of the endosymbiotic bacterium Buchnera aphidicola

Author

Vinuelas, J., Calevro, F., Didier Remond, Bernillon, J., Yvan Rahbé, Febvay, G., M Fayard, J., Hubert CHARLES, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Laboratoire de Mécanique des Contacts et des Structures [Villeurbanne] (LaMCoS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions ( BF2I ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), Laboratoire de Mécanique des Contacts et des Structures [Villeurbanne] ( LaMCoS ), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), Colin, Anne-Marie, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), and Laboratoire Bf2i, Insa

Subjects
1-1-4 Communication congrès (résultats originaux), [ SDV.EE.IEO ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

5-COM (communications sans actes)

Published
2006

21. Régulation génétique et métabolique chez Buchnera aphidicola (AgroBi 2006)

Author

Cottret, L., Brinza, L., Vinuelas, J., Duport, G., Calevro, F., Febvay, G., Yvan Rahbé, Fayard, J. M., Hubert CHARLES, An algorithmic view on genomes, cells, and environments (BAMBOO), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon

Subjects
1-1-4 Communication congrès (résultats originaux), ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

5-COM (communications sans actes)5-COM (communications sans actes)

Published
2006

22. Buchnera aphidicola, endocytobiote du puceron : transcriptome d'un génome 'dégénéré'

Author

Hubert CHARLES, Calevro, F., Vinuelas, J., Febvay, G., Yvan Rahbé, Fayard, J. M., Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Laboratoire Bf2i, Insa, and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon

Subjects
1-1-4 Communication congrès (résultats originaux), [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

5-COM (communications sans actes)

Published
2006

23. Metabolic interactions between the bacterium Buchnera aphidicola and its obligate symbiotic partner, the pea aphid: nutritional studies combined with transcriptome analyses

Author

Calevro, F., Reymond, N., Vinuelas, J., Febvay, G., Yvan Rahbé, Douglas, A. E., Fayard, J. M., Hubert CHARLES, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, and Laboratoire Bf2i, Insa

Subjects
1-1-4 Communication congrès (résultats originaux), [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

5-COM (communications sans actes)

Published
2006

24. Relationships between gene expression and genome properties in Buchnera aphidicola, the primary endosymbiont of the pea aphid

Author

Vinuelas, J., Calevro, F., Bernillon, J., Didier Remond, Yvan Rahbé, Febvay, G., M Fayard, J., Hubert CHARLES, Colin, Anne-Marie, Laboratoire de Mécanique des Contacts et des Structures [Villeurbanne] (LaMCoS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Published
2006

25. Relationship between gene expression and genome properties in Buchnera aphidicola, the primary endosymbiont of the pea aphid Acyrthosiphon pisum

Author

Vinuelas, J., Calevro, F., Bernillon, J., Remond, D., Yvan Rahbé, Febvay, G., Fayard, J. M., Hubert CHARLES, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Laboratoire de Mécanique des Contacts et des Structures [Villeurbanne] (LaMCoS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Bf2i, Insa, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions ( BF2I ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), Laboratoire de Mécanique des Contacts et des Structures [Villeurbanne] ( LaMCoS ), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )

Subjects
1-1-4 Communication congrès (résultats originaux), [ SDV.EE.IEO ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

5-COM (communications sans actes)

Published
2006

26. Bioinformatics analysis of the nucleoid associated protein FIS in Buchnera aphidicola, the intracellular symbiotic bacteria of aphids

Author

Brinza, L., Armenise, C., Leproult, E., Paun, A., Da Silva, P., Calevro, F., Hubert CHARLES, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, and Laboratoire Bf2i, Insa

Subjects
1-1-4 Communication congrès (résultats originaux), [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

5-COM (communications sans actes)

Published
2006

27. Bioinformatique des puces à ADN et application à l'analyse du transcriptome de Buchnera aphidicola

Author

Hubert CHARLES, Calevro, F., Reymond, N., Yvan Rahbé, Febvay, G., Fayard, J. M., Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, and Laboratoire Bf2i, Insa

Subjects
[SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, 2-1-2 Transfert/animation de la recherche périodique sans comité de lecture, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

2-SCL (articles sans comité de lecture)

Published
2005

28. Analyse transcriptomique de la réponse de Buchnera aphidicola à un stress métabolique subi par son hôte le puceron du pois, Acyrthosiphon pisum

Author

Calevro, F., Reymond, N., Morin, N., Dumitru, A., Yvan Rahbé, Febvay, G., Bernillon, J., Laugier, C., Fayard, J. M., Hubert CHARLES, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions ( BF2I ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), and Laboratoire Bf2i, Insa

Subjects
1-1-4 Communication congrès (résultats originaux), [ SDV.EE.IEO ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

5-COM (communications sans actes)

Published
2005

29. Genomewide transcriptional changes associated with nutritional alterations affecting phenylalanine and tyrosine metabolism in Buchnera aphidicola

Author

Hubert CHARLES, Calevro, F., Reymond, N., Morin, N., Yvan Rahbé, Bernillon, J., Laugier, C., Febvay, G., Fayard, J. M., Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Laboratoire Bf2i, Insa, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions ( BF2I ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS )

Subjects
1-1-4 Communication congrès (résultats originaux), [ SDV.EE.IEO ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

5-COM (communications sans actes)

Published
2005

30. Of lice and plants: metabolite flows in the trophic pathway of phloem feeding insects as analysed through genomic and EST data from the aphid symbiosis

Author

Yvan Rahbé, Calevro, F., Hubert CHARLES, Febvay, G., Denis Tagu, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Biologie des organismes et des populations appliquées à la protection des plantes (BIO3P), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Laboratoire Bf2i, Insa, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST

Subjects
1-1-4 Communication congrès (résultats originaux), [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

3-INV (conférences invitées)3-INV (conférences invitées)

Published
2005

31. Genomic DNA: an attractive candidate for microarray data normalization

Author

Vinuelas, J., Calevro, F., Bernillon, J., Yvan Rahbé, Febvay, G., Fayard, J. M., Hubert CHARLES, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions ( BF2I ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), and Laboratoire Bf2i, Insa

Subjects
1-1-4 Communication congrès (résultats originaux), [ SDV.EE.IEO ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

5-COM (communications sans actes)

Published
2005

35. Assessment of a 16S rRNA amplicon Illumina sequencing procedure for studying the microbiome of a symbiont-rich aphid genus.

Author

Jousselin, E., Clamens, A. ‐ L., Galan, M., Bernard, M., Maman, S., Gschloessl, B., Duport, G., Meseguer, A. S., Calevro, F., and Coeur d'acier, A.

Subjects
RIBOSOMAL RNA, BACTERIAL communities, APHIDS, BACTERIAL DNA, ARTHROPODA
Abstract

The bacterial communities inhabiting arthropods are generally dominated by a few endosymbionts that play an important role in the ecology of their hosts. Rather than comparing bacterial species richness across samples, ecological studies on arthropod endosymbionts often seek to identify the main bacterial strains associated with each specimen studied. The filtering out of contaminants from the results and the accurate taxonomic assignment of sequences are therefore crucial in arthropod microbiome studies. We aimed here to validate an Illumina 16S rRNA gene sequencing protocol and analytical pipeline for investigating endosymbiotic bacteria associated with aphids. Using replicate DNA samples from 12 species (Aphididae: Lachninae, Cinara) and several controls, we removed individual sequences not meeting a minimum threshold number of reads in each sample and carried out taxonomic assignment for the remaining sequences. With this approach, we show that (i) contaminants accounted for a negligible proportion of the bacteria identified in our samples; (ii) the taxonomic composition of our samples and the relative abundance of reads assigned to a taxon were very similar across PCR and DNA replicates for each aphid sample; in particular, bacterial DNA concentration had no impact on the results. Furthermore, by analysing the distribution of unique sequences across samples rather than aggregating them into operational taxonomic units ( OTUs), we gained insight into the specificity of endosymbionts for their hosts. Our results confirm that Serratia symbiotica is often present in Cinara species, in addition to the primary symbiont, Buchnera aphidicola. Furthermore, our findings reveal new symbiotic associations with Erwinia- and Sodalis-related bacteria. We conclude with suggestions for generating and analysing 16S rRNA gene sequences for arthropod-endosymbiont studies. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2016
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37. Genomic insight into the amino acid relations of the pea aphid, Acyrthosiphon pisum, with its symbiotic bacterium Buchnera aphidicola

Author

Wilson, A. C. C., primary, Ashton, P. D., additional, Calevro, F., additional, Charles, H., additional, Colella, S., additional, Febvay, G., additional, Jander, G., additional, Kushlan, P. F., additional, Macdonald, S. J., additional, Schwartz, J. F., additional, Thomas, G. H., additional, and Douglas, A. E., additional

Published
2010
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44. Annotation of metabolism genes: towads the implementation of an Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) to perform metabolic network analyses

Author

Stefano Colella, Vellozo, A., Cottret, L., Febvay, G., Calevro, F., Yvan Rahbé, Macdonald, S. J., Ashton, P., Douglas, A. E., Thomas, G. H., Sagot, M. F., Hubert CHARLES, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Computer science and genomics (HELIX), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon

Subjects
[SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], metabolism genes, metabolic network, 1-1-4 Communication congrès (résultats originaux), Acyrthosiphon pisum, database, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

5-COM (communications sans actes)

45. ROSO : Research on Optimized Oligonucleotide Probes for Microarrays

Author

Reymond, N., Hubert CHARLES, Duret, L., Calevro, F., Beslon, G., M Fayard, J., Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bioinformatique, phylogénie et génomique évolutive (BPGE), Département PEGASE [LBBE] (PEGASE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE)

Subjects
[SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT]

46. Global transcriptional responses of Buchnera aphidicola to aromatic amino acid limitation in the diet of its symbiotic partner, the phloem sap-feeding insect Acyrthosiphon pisum

Author

Calevro, F., Reymond, N., Morin, N., Yvan Rahbé, Bernillon, J., Febvay, G., Laugier, C., Fayard, J. M., Hubert CHARLES, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Laboratoire Bf2i, Insa, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions ( BF2I ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS )

Subjects
1-1-4 Communication congrès (résultats originaux), [ SDV.EE.IEO ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

5-COM (communications sans actes)

48. Genomic analysis of the regulatory elements and links with intrinsic DNA structural properties in the shrunken genome of Buchnera

Author

Brinza Lilia, Calevro Federica, and Charles Hubert

Subjects
Buchnera aphidicola, Genome reduction, Transcription regulation, DNA-topology, Nucleoid associated proteins (NAPs), Biotechnology, TP248.13-248.65, Genetics, QH426-470
Abstract

Abstract Background Buchnera aphidicola is an obligate symbiotic bacterium, associated with most of the aphididae, whose genome has drastically shrunk during intracellular evolution. Gene regulation in Buchnera has been a matter of controversy in recent years as the combination of genomic information with the experimental results has been contradictory, refuting or arguing in favour of a functional and responsive transcription regulation in Buchnera. The goal of this study was to describe the gene transcription regulation capabilities of Buchnera based on the inventory of cis- and trans-regulators encoded in the genomes of five strains from different aphids (Acyrthosiphon pisum, Schizaphis graminum, Baizongia pistacea, Cinara cedri and Cinara tujafilina), as well as on the characterisation of some intrinsic structural properties of the DNA molecule in these bacteria. Results Interaction graph analysis shows that gene neighbourhoods are conserved between E. coli and Buchnera in structures called transcriptons, interactons and metabolons, indicating that selective pressures have acted on the evolution of transcriptional, protein-protein interaction and metabolic networks in Buchnera. The transcriptional regulatory network in Buchnera is composed of a few general DNA-topological regulators (Nucleoid Associated Proteins and topoisomerases), with the quasi-absence of any specific ones (except for multifunctional enzymes with a known gene expression regulatory role in Escherichia coli, such as AlaS, PepA and BolA, and the uncharacterized hypothetical regulators YchA and YrbA). The relative positioning of regulatory genes along the chromosome of Buchnera seems to have conserved its ancestral state, despite the genome erosion. Sigma-70 promoters with canonical thermodynamic sequence profiles were detected upstream of about 94% of the CDS of Buchnera in the different aphids. Based on Stress-Induced Duplex Destabilization (SIDD) measurements, unstable σ70 promoters were found specifically associated with the regulator and transporter genes. Conclusions This genomic analysis provides supporting evidence of a selection of functional regulatory structures and it has enabled us to propose hypotheses concerning possible links between these regulatory elements and the DNA-topology (i.e., supercoiling, curvature, flexibility and base-pair stability) in the regulation of gene expression in the shrunken genome of Buchnera.

Published
2013
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49. Structure and dynamics of the operon map of Buchnera aphidicola sp. strain APS

Author

Gautier Christian, Gaget Karen, Duport Gabrielle, Calevro Federica, Brinza Lilia, and Charles Hubert

Subjects
Biotechnology, TP248.13-248.65, Genetics, QH426-470
Abstract

Abstract Background Gene expression regulation is still poorly documented in bacteria with highly reduced genomes. Understanding the evolution and mechanisms underlying the regulation of gene transcription in Buchnera aphidicola, the primary endosymbiont of aphids, is expected both to enhance our understanding of this nutritionally based association and to provide an intriguing case-study of the evolution of gene expression regulation in a reduced bacterial genome. Results A Bayesian predictor was defined to infer the B. aphidicola transcription units, which were further validated using transcriptomic data and RT-PCR experiments. The characteristics of B. aphidicola predicted transcription units (TUs) were analyzed in order to evaluate the impact of operon map organization on the regulation of gene transcription. On average, B. aphidicola TUs contain more genes than those of E. coli. The global layout of B. aphidicola operon map was mainly shaped by the big reduction and the rearrangements events, which occurred at the early stage of the symbiosis. Our analysis suggests that this operon map may evolve further only by small reorganizations around the frontiers of B. aphidicola TUs, through promoter and/or terminator sequence modifications and/or by pseudogenization events. We also found that the need for specific transcription regulation exerts some pressure on gene conservation, but not on gene assembling in the operon map in Buchnera. Our analysis of the TUs spacing pointed out that a selection pressure is maintained on the length of the intergenic regions between divergent adjacent gene pairs. Conclusions B. aphidicola can seemingly only evolve towards a more polycistronic operon map. This implies that gene transcription regulation is probably subject to weak selection pressure in Buchnera conserving operons composed of genes with unrelated functions.

Published
2010
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50. Conservation of the links between gene transcription and chromosomal organization in the highly reduced genome of Buchnera aphidicola

Author

Febvay Gérard, Rahbé Yvan, Bernillon Jacques, Remond Didier, Calevro Federica, Viñuelas José, Fayard Jean-Michel, and Charles Hubert

Subjects
Biotechnology, TP248.13-248.65, Genetics, QH426-470
Abstract

Abstract Background Genomic studies on bacteria have clearly shown the existence of chromosomal organization as regards, for example, to gene localization, order and orientation. Moreover, transcriptomic analyses have demonstrated that, in free-living bacteria, gene transcription levels and chromosomal organization are mutually influenced. We have explored the possible conservation of relationships between mRNA abundances and chromosomal organization in the highly reduced genome of Buchnera aphidicola, the primary endosymbiont of the aphids, and a close relative to Escherichia coli. Results Using an oligonucleotide-based microarray, we normalized the transcriptomic data by genomic DNA signals in order to have access to inter-gene comparison data. Our analysis showed that mRNA abundances, gene organization (operon) and gene essentiality are correlated in Buchnera (i.e., the most expressed genes are essential genes organized in operons) whereas no link between mRNA abundances and gene strand bias was found. The effect of Buchnera genome evolution on gene expression levels has also been analysed in order to assess the constraints imposed by the obligate symbiosis with aphids, underlining the importance of some gene sets for the survival of the two partners. Finally, our results show the existence of spatial periodic transcriptional patterns in the genome of Buchnera. Conclusion Despite an important reduction in its genome size and an apparent decay of its capacity for regulating transcription, this work reveals a significant correlation between mRNA abundances and chromosomal organization of the aphid-symbiont Buchnera.

Published
2007
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