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Pink salmon, the most abundant Pacific salmon, have an obligate 2-year life cycle that leads to reproductively isolated even- and odd-year lineages. Using new and existing data, we examined the genetic structure of both lineages across their distributional range by genotyping 16 681 single-nucleotide polymorphisms for 383 individuals originating from seven pairs of even- and odd-year populations. Distinct differences in standing pools of genetic variation were identified between the lineages; we observed higher levels of heterozygosity, allelic richness, and significantly more private alleles in the odd-year lineage. However, the patterns of population structure were concordant between lineages: the Asian and northern Alaska populations displayed little differentiation but differed significantly from populations in southcentral Alaska and the Pacific Northwest. Our population structure results, in the context of known paleoecological information, suggest that both lineages occupied a northern Beringial refugium as well as a Cascadian refugium in North America during the Last Glacial Maximum. These results highlight the influence of historical patterns of habitat availability on contemporary population structure and support the hypothesis of a pre-glacial origin of the lineages. Le saumon rose, le plus abondant des saumons du Pacifique, a un cycle biologique fixe de deux ans qui se traduit par des lignees d'annees paires et impaires isolees les unes des autres du point de vue de la reproduction. En utilisant des donnees nouvelles et existantes, nous avons examine la structure genetique des deux lignees a la grandeur de leur aire de repartition en genotypant 16 681 polymorphismes mononucleotidiques pour 383 individus issus de sept paires de populations d'annees paires et impaires. Des differences claires dans les bassins de variation genetique existants ont ete cernees entre les lignees; nous avons observe des degres plus eleves d'heterozygotie et de richesse allelique et significativement plus d'alleles particuliers dans la lignee d'annees impaires. Les motifs de structure des populations concordent toutefois entre les deux lignees; les populations asiatiques et du nord de l'Alaska presentent peu de differenciation, mais sont significativement differentes des populations du centre-sud de l'Alaska et du Pacific Northwest. Nos resultats sur la structure des populations, dans le contexte d'information paleoecologique connue, donnent a penser que les deux lignees ont occupe un refuge beringien septentrional ainsi qu'un refuge cascadien en Amerique du Nord durant le dernier maximum glaciaire. Ces resultats soulignent l'influence de motifs de disponibilite d'habitat passes sur la structure actuelle des populations et appuient l'hypothese d'une origine preglaciaire des lignees. [Traduit par la Redaction], Introduction An enduring goal in evolutionary biology is to describe the dynamics that result in population structure, species distribution, and genetic diversity. Groups of organisms that use the same habitat [...]

We genotyped Chinook salmon (Oncorhynchus tshawytscha) from the Bering Sea and North Pacific Ocean for 43 single-nucleotide polymorphisms (SNPs) to investigate seasonal distribution and migration patterns. We analyzed 3563 immature fish from 22 spatiotemporal strata; composition analyses were performed using genotype data from spawning stocks spanning the species range. Substantial variation in stock composition existed among spatial and seasonal strata. We inferred patterns of seasonal migration based upon these data along with data from previous tag, scale, and parasite studies. We found that stocks from western Alaska and Yukon River overwinter on the Alaska continental shelf then travel to the middle and western Bering Sea during spring-fall. Stocks from California to Southeast Alaska were distributed in Gulf of Alaska year-round, with a substantial portion of this group migrating northward to the eastern Bering Sea during spring-fall. Proportions of Russian stocks increase when moving east to west in both the Bering Sea and North Pacific Ocean. These data can be used to better understand the impacts of fisheries and climate change on this valuable resource. Nous avons realise le genotypage de saumons quinnat (Oncorhynchus tshawytscha) de la mer de Bering et du Pacifique Nord pour 43 sites de polymorphisme mononucleotidique (SNPs) afin d'etudier la repartition saisonniere et les habitudes migratoires de ces saumons. Nous avons analyse 3563 poisons immatures issus de 22 strates spatiotemporelles; des analyses de la composition ont ete realisees a partir de donnees de genotypage pour des stocks reproducteurs recoupant toute l'aire de repartition de l'espece. Des variations importantes sur le plan de la composition des stocks des differentes strates spatiales et saisonnieres ont ete observees. Nous avons infere les habitudes de migration saisonnieres a la lumiere de ces donnees, ainsi que de donnees issues d'etudes de marquage, a l'echelle et de parasites. Nous avons constate que les stocks de l'ouest de l'Alaska et du fleuve Yukon passent l'hiver sur la plate-forme continentale de l'Alaska pour ensuite se diriger vers le milieu et l'ouest de la mer de Bering du printemps a l'automne. Des stocks provenant de la Californie au sud-est de l'Alaska sont presents dans le golfe d'Alaska a l'annee longue, une portion importante de ce groupe migrant vers le nord jusque dans la partie orientale de la mer de Bering, du printemps a l'automne. La proportion de stocks russes augmente d'est en ouest dans la mer de Bering et le Pacifique Nord. Ces donnees peuvent servir a etablir une meilleure comprehension des impacts de la peche et des changements climatiques sur cette ressource de grande valeur. [Traduit par la Redaction], Introduction Knowledge of the dynamics of migration and harvest of marine organisms is necessary to enable adequate conservation and management (Ruggerone and Goetz 2004; Welch et al. 2011). This critical [...]