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International audience; We report here the main characteristics of five new species, 'Marasmitruncus massiliensis' strain Marseille-P3646(T) (CSUR P3646), 'Clostridium culturomicum' strain Marseille-P3545(T) (CSUR P3545), 'Blautia provencensis' strain Marseille-P3502(T) (CSUR P3502), 'Bacillus caccae' strain Marseille-P3604(T) (CSUR P3604) and 'Ornithinibacillus massiliensis' strain Marseille-P3601(T) (CSUR P3601), which were isolated recently from undernourished children's stool samples from Niger using microbial culturomics.

International audience; Paenibacillus phocaensis sp. nov. strain mt24(T) (= CSUR P2238 = DSM 101777) is a Gram-negative, facultative anaerobic, spore-forming and motile bacilli. This strain was isolated from the stool sample of a healthy infant from Niger. Its genome was estimated to a size of 5 521 415 bp with a 53.54% GC content. It contains 4835 protein-coding genes and 89 RNAs, among which two were 16S rRNA genes. There were also 101 genes (2.09%) identified as ORFans.

There is a significant gap in our knowledge of the microbe–host relationship between urban and traditional rural populations. We conducted a large-scale study to examine the gut microbiota of different traditional rural and urban lifestyles in human populations. Using high-throughput 16S ribosomal RNA gene amplicon sequencing, we tested urban French, Saudi, Senegalese, Nigerian and Polynesian individuals as well as individuals living in traditional rural societies, including Amazonians from French Guiana, Congolese Pygmies, Saudi Bedouins and Algerian Tuaregs. The gut microbiota from individuals living in traditional rural settings clustered differently and presented significantly higher diversity than those of urban populations (p 0.01). The bacterial taxa identified by class analysis as contributing most significantly to each cluster were Phascolarctobacterium for traditional rural individuals and Bifidobacterium for urban individuals. Spirochaetae were only present in the gut microbiota of individuals from traditional rural societies, and the gut microbiota of all traditional rural populations was enriched with Treponema succinifaciens. Cross-transmission of Treponema from termites or swine to humans or the increased use of antibiotics in nontraditional populations may explain why Treponema is present only in the gut microbiota of traditional rural populations. Keywords: Geography, gut microbiota, metagenomics, probiotics, traditional living, treponema

Culturomics investigates microbial diversity of the human microbiome by combining diversified culture conditions, matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry and 16S rRNA gene identification. The present study allowed identification of four putative new Clostridium sensu stricto species: ‘Clostridium amazonitimonense’ strain LF2T, ‘Clostridium massilidielmoense’ strain MT26T, ‘Clostridium nigeriense’ strain Marseille-P2414T and ‘Clostridium merdae’ strain Marseille-P2953T, which we describe using the concept of taxonogenomics. We describe the main characteristics of each bacterium and present their complete genome sequence and annotation. Keywords: ‘Clostridium amazonitimonense’, ‘Clostridium massilidielmoense’, ‘Clostridium merdae’, ‘Clostridium nigeriense’, culturomics, emerging bacteria, human microbiota, taxonogenomics

But: L’objectif était de contribuer à l’étude épidémiologique et étiologique des grosses jambesMéthode: Il s’agissait d’une étude rétrospective et prospective sur 43 mois en service de Médecine Interne de l’Hôpital National de Niamey (HNN).Résultats: Au total, 74 patients ont été inclus soit une fréquence de 1,12%. L’âge moyen de nos patients est de 38,68 ans et la tranche d’âge la plus touchée est celle de 30 à 40 ans soit 29,7%. Les sujets de sexe féminin sont les plus touchés avec 60,8%. Les étiologies sont diverses et les principales sont représentées par la thrombophlébite avec 58,1% et l’envenimation par morsure de serpent avec 20,3%.Conclusion: Cette étude doit être poursuivi afin d’avoir des données de référence sur les étiologies de grosses jambes au Niger.Mots clés: Grosse jambe, thrombophlébite, envenimation, érysipèle, lymphoedème, NiameyEnglish Title: The big leg in the service of internal medicine in the National Hospital of Niamey (NHN)English AbstractObjective: the aim was and to contribute to the study of the epidemiological and etiological of big legs in Internal Medicine service of Niamey National Hospital.Method: We conducted a retrospective and prospective study during 43 months in Internal Medicine service of Niamey.Results: We included 74 patients during the study period. Thus, the frequency of big leg is 1.12%. The mean age of our patients is 38.68 years old. The age portion mostly affected is 30 to 40 years old with frequency of 29.7%. The causes are various and the principals etiologies were represented by thrombophlebitis (58.1% of big legs) followed by envenimation of snake bite with 20.3% frequency. The female gender is the most affected with 60.8%.Conclusion: This study should be continued to have references of big legs etiologies in Niger.Keywords: Big leg, thrombophlebitis, envenimation, erysipelas, lymphoedema, Niamey

Introduction: Le diabète est un problème majeur de santé publique par sa prévalence importante et croissante d’une part, et son impact socio-économique d’autre part.Méthodologie: Il s’agit d’une étude prospective de type transversal de Janvier 2013 à Septembre 2013, portant sur 152 patients vus en consultation ou hospitalisés à l’Hôpital National de Niamey (services de pôles de cardiologie, de médecine interne, et des urgences médicale et chirurgicale). Ont été inclus les patients admis dans les services cités ci-dessus, âgés d’au moins 15 ans, diabétiques connus pendant une durée supérieure à 1 an au moins.Résultats: Les femmes (58%) prédominent notre échantillon de 152 patients. l’Age moyenne a été de 53,82 ans (16 à 83 ans). Les patients résidant à Niamey sont plus représentés. L’acidocétose est la complication aigue la plus retrouvée dans 65,85%, tandis que les complications chroniques sont dominées par les complications cardiovasculaires dans 29,10% et les pieds diabétiques dans 29,10%. Le coût direct de la prise en charge est représenté par les frais mensuels des consultations, Examens complémentaires, médicaments, déplacement et hospitalisation a été de 23270,7 et 279298,2 annuellement.Les coûts indirects sont représentés par les absences répétées au travail pour cause de maladie ou de visite médicale, L’inaptitude au travail, Départ à la retraite anticipée pour cause d’invalidité, absences au travail de l’entourage, Le décès prématuré représentent respectivement 51,22% ; 23,2% ; 12,73% ; 8,55% ; 2%.Conclusion: le coût direct de la prise en charge du diabète reste élevé, alors que le revenu des patients est très bas. Les coûts indirects sont responsables d’une perte de productivité. Le coût de cette perte de productivité peut être aussi élevé, voire plus, que celui des coûts directs.Mots clés: Coût, diabète, NiameyEnglish Title: Study of the socio-economic impact of diabetesEnglish AbstractIntroduction: Diabetes is a major public health problem through its large and growing prevalence of hand, and its socio-economic impact on the other.Methodology: The survey forms have served us study materials. And we conducted a prospective, cross-sectional study from January 2013 to September 2013; covering 152 patients seen or admitted to the National Hospital of Niamey (service centers cardiology, internal medicine, and emergency medical and surgical). The inclusion criteria were: patients admitted to the services listed above, patients at least 15 years, known for a period greater than one year at least diabetic patients who agreed to participate in the survey.Results: The women (58%) prevail our sample of 152 patients. The Age averages was of 53.82 years (16 - 83 years old). The patients living in Niamey are more represented. The acidocetose is the acute (sharp) complication the most found in 65.85%, whereas the chronic complications are dominated by the cardiovascular complications in 29.10% and feet diabetics in 29.10%. The direct cost of the coverage (care) is represented by the monthly expenses of the consultations, complementary (additional) Examinations, the medicine, the travel (movement) and hospitalization was 23270.7 and 279298.2 annually.The indirect costs are represented by the absences repeated to the work because of illness or of medical examination. The unemployability, Retirement anticipated because of incapacity, absences in the work of the circle of acquaintances, The premature death Represent respectively 51.22%; 23.2%; 12.73%; 8.55%; 2%.Conclusion: In our study, the direct cost of managing diabetes is high. Indeed, the annual health expenditure ranges between 50.000 to 300.000 FCFA, 69% of the sample and indirect costs are responsible for a loss of productivity. The cost of this lost productivity can be as high as or more than the direct costs.Keywords: Cost, diabetes, Niamey

Il s’agit d’une étude rétrospective de 10 mois menée du 1er Novembre 2012 au 31 Aout 2013. Nous avons recensé 137 cas d’urticaires sur un total de 2288 patients reçus en consultation de dermato-vénérélogique soit une fréquence de 5,98%. Cent trente patients (130) avaient bénéficié du prick test dont 122 avaient présenté des tests positifs. L’âge des patients variait de 2 à 61 ans, avec une moyenne de 33,56 ans. La tranche d’âge de 21 à 50 était la plus représentée (66,16%). Le sex ratio F/H était de 1,88. L’urticaire était chronique dans 75,4% des cas ; l’atopie personnelle et/ou familiale était évoquée chez 67,69% de nos patients. Dix allergènes (10) étaient utilisés pour le test dont la réaction allergique était observée dans 93,84%. La fréquence de la réaction allergique pour chaque allergène était la suivante : Crevette 59,23% ; Blatte 59,23% ; Dermatophagoïde Pterisynus (DP) 50% ; Chat 47,69% ; Arachide 44,61% ; Chien 41,53% ; Dermatophagoïde Farinae (DF) 36,15%; OEuf 30% ; Pariétaire (pollen) 16,92% ; 5 graminer 14,61%. Quatorze patients(14) étaient sensibles à tous les allergènes testés ; cent seize (116) patients (89,23%) étaient sensibles à au moins un pneumallergène. Dix-sept (17) patients (13,07%) étaient sensibles à l’ensemble des pneumallergènes ; cent deux (102) patients (78.46%) étaient sensibles à au moins un trophallergène et vingt et huit (28) patients (21,53%) étaient sensibles à l’ensemble des trophallergènes testés. La conduite à tenir était l’éviction de l’allergène identifié dans la mesure du possible. L’évolution a été favorable dans tous les cas au bout de 28 jours de traitement.Mots clés : Urticaire, Prick-test, Allergie, Niamey, Niger.

Pré-requis: Les atteintes musculaires atypiques dans la maladie de Lyme peuvent poser le problème de l’imputabilité directe de la maladie de Lyme ou comme facteur déclenchant de la maladie musculaire méconnue.But: Montrer la difficulté du diagnostic différentiel entre les atteintes musculaires de la maladie de Lyme et certaines myopathiesObservation: Nous rapportons le cas clinique d’une patiente de 65 ans chez qui le diagnostic de la maladie de Lyme a été posé avec une symptomatologie musculaire mimant une dystrophie facio-scapulo-humérale (FSH) ou une myosite inflammatoire.Conclusion: Cette observation soulève l’intérêt du traitement antibiotique précoce dés la phase de l’érythème migrans même avec une sérologie Lyme douteuse ou négative.Mots clés: Lyme, amyotrophie, myosite, dystrophie scapulo-huméraleEnglish Title: Lyme disease or myopathy?English AbstractBackground: Atypical myopathy in Lyme disease can pose the problem of the direct accountability of the disease or as a triggering factor of a unknown muscle disease.Aim: Show the difficulty of differential diagnosis between myopathy of Lyme disease and certain myopathies.Observation: We report the case of a 65 years old woman in whom the diagnosis of Lyme disease was made with muscular symptoms mimicking facial scapular-humeral dystrophy or myositis.Conclusion: This raises the need of early antibiotic treatment dice the erythema migrans phase even with insignificant or negative lyme serology.Keywords: Lyme, amyotrophy, myositis, facial-scapular-humeral

Objectifs : Cette étude vise à décrire les caractéristiques épidémiologiques, cliniques et paracliniques de la maladie de Hodgkin (MdH). C’est la première étude nigérienne spécialement consacrée à cette maladie.Patients et méthodes : Il s’agit de patients suivis en service d’Onco-Hématologie de l’HNN pour MdH pendant une période de 10 ans (janvier 2000 à décembre 2009). Les données avaient été recueillies à partir des dossiers des malades.Résultats : Quarante (40) dossiers étaient retenus pour l’étude. L’âge moyen était de 25,4 ans et les extrêmes entre 5 et 65 ans. Le sex ratio hommes/femmes était de 3. Les adénopathies (ADP) superficielles constituaient le principal motif de consultation (97,50%). Les principales localisations des (ADP) étaient cervicales (60%). Le signe clinique d’évolutivité le plus fréquent était la fièvre (65%). Les stades III et IV représentaient 62,97% des cas. Sur le plan biologique, la cytologie mettait en évidence la cellule de Reed Sternberg dans 90% des cas et à l’histologie les types 3 et 4 représentaient 69% des cas (respectivement 38% et 31%). L’anémie était retrouvée dans 57% et l’hyperleucocytose dans 29% des cas. La vitesse de sédimentation accélérée dans 93,75% des cas était le signe biologique d’évolutivité le plus fréquent. La sérologie VIH était positive dans 5,60% des cas. A l’imagerie, le scanner était réalisé chez seulement 1 patient. La radiographie pulmonaire standard avait montré des adénopathies médiastinales dans 75% des cas et l’échographie avait objectivé la splénomégalie et l’hépatomégalie respectivement dans 42,85%, et 38,09% des cas.Conclusion : La MdH est une hémopathie maligne rencontrée au Niger plus souvent chez l’homme de jeune âge. La principale manifestation était les adénopathies cervicales. Le diagnostic était souvent réalisé à un stade avancé de la maladie. L’extension de la maladie est sous-estimée du fait de l’insuffisance du plateau technique.Mots clés : Hodgkin, Cellule de Reed Sternberg, adénopathie, cytologie, Niamey.HODGKIN DESEASE: STUDY OF 40 CASES AT THE NATIONAL HOSPITAL OF NIAMEY IN NIGER. ABSTRACTPurpose: The study aims to describe the epidemiological, clinical, and para-clinical characteristics of Hodgkin disease (HD). It is the first kind of study conducted which especially targets this disease in Niger.Patients and method: It is about patients followed at the Onco-Hematology service of the National Hospital of Niamey. The study was spanned on 10 years from January 2000 to December 2009. The data were obtained from patient files.Results: The mean age of the patients was 25.4 years. Males predominate with a sex ratio of 3. The extremes were 5 and 65 years. Superficial adenopathies were the most frequent symptoms (97.5%). The main localizations were cervical (60%). The most frequent clinical evolution signs were fever (65%). Stages III and IV represented 62.77% of the cases. The cytological exam highlights the Reed Sternberg cell (72.5% of cases). The histological exam revealed that types 3 and 4 represented 69% of the cases. The anemia was found in 57% and the hyperleucocytosis with 29% of the cases. The speed of sedimentation was up in 93.75% of the patients. It was the main sign of biological evolution. The HIV serology was positive in 5.60% of patients. The scanner has been realized to one patient. The chest radiography showed that mediastinal adenopathies were the most frequent deep localizations (75%). The echography showed that the splenomegaly and the hepatomegaly represented respectively 42.85% and 39.09% of cases.Conclusion: The Hodgkin disease is most often found among young males in Niger. The main manifestation was cervical adenopathies. The diagnosis was often done at an advance stage of the disease. The scope of the disease was underestimated due to the shortage of technical equipment.Keywords: Hodgkin, Reed Sternberg Cell, adenopathy, cytology, Niamey.

But : Etudier les complications du syndrome drépanocytaire majeur à l’Hôpital National de Niamey.Méthode : Nous avions conduit une étude prospective à l’Hôpital National de Niamey du 15 Janvier au 15 Septembre 2005 (9 mois).Résultats : Au total, 269 complications ont été colligées sur 204 drépanocytaires. Les complications vaso-occlusives (CVO) et les infections représentaient 44,28% et 29,37% soit 73,64% des complications et les anémies (mal tolérées ou inférieurs à 6 g/dl) 11,90%. Les douleurs ostéo-articulaires et abdominales constituaient 63,86% et 26,89 % des CVO et 40,14% de toutes les complications. L’ostéomyélite et la cholécystite aigue représentaient 30,38% et 20,25% des 79 infections et 14,86% des complications. Le paludisme a été diagnostiqué dans 31,65%.Conclusion : Les CVO, le paludisme, les anémies, la cholécystite et l’ostéomyélite étaient les complications les plus rencontrées chez les drépanocytaires à l’HNN.Mots clés : Drépanocytose, Complications, Niamey, Niger.ABSTRACTCOMPLICATIONS OF MAJOR SICKLE CELL SYNDROMES AT THE NATIONAL HOSPITAL OF NIAMEY (NIGER)Objective: Study the complications of major sickle cell syndromes in the National Hospital of Niamey (NHN).Method: We conducted a prospective survey in the HNN from 15 January to 15 September 2005 (9 months). Results: A total of 269 cases of complications were recorded in 204 SCD. Vasoocclusive complications (VOC) and infections represented 44.28% and 29.37% whether 73.64% of all complications and anemia (not tolerated or less than 6 g / dl) 11.90%. Musculoskeletal and abdominal pains represented 63.86 and 26.89% of the CVO and 40.14% of all complications. Osteomyelitis and cholecystitis were accounted in 30.38% and 20.25% of 79 infections and 14.86% complications. Malaria was diagnosed in 31.65% of infections.Conclusion: VOC, malaria, anemia, cholecystitis and osteomyelitis were the most frequently encountered complications in sickle cell disease in the HNN.Key words: Sickle cell disease, complications, Niamey, Niger.

L’objectif de ce travail a été de décrire le profil épidémiologique des différentes pathologies rachidiennes observées en consultation de neurologie.Méthode : Il s’agissait d’une étude rétrospective menée de janvier 2011 à décembre 2013. Les patients de rhumatologie sont reçus par défaut en neurologie. Cette étude aconcerné les patients admis pour un syndrome rachidien. Les informations recueillies ont concerné les données démographiques, les signes d’examen physique, la durée d’évolution de la maladie, les antécédents personnels, le bilan para clinique et le traitement.Résultats : Nous avons colligé 4078 cas avec 62,4% femmes et 37,6% hommes. La fréquence a été de 32,7%(4078/12480) avec une incidence de 1359,33 cas/an. La tranche d’âge de 41-60 ans était la plus touchée avec 49,5%. Les professions les plus impliquées étaient le ménage, 20,2%, le commerce 19,8% et les fonctions administratives avec 15,9%. Il n’y avait pas de différence statistiquement significative entre la pathologie rachidienne et la profession des patients, P>0,5. La lombalgie commune 46,8% et la lomboradiculalgie, 33,6% ont été les symptômes les plus fréquents. Certains patients ressentaient la douleur depuis plus de six mois dans 40%, 35,3% entre 3 et 6 mois, et 24,2% depuis moins de deux mois. L’origine était dégénérative dans 81,7%. Le traitement inflammatoire et /ou antalgique associé aux neuroleptiques a été efficace à plus de 80%.Conclusion : La pathologie rachidienne dégénérative est le premier motif de consultation des affections rhumatologiques colligées en consultation de neurologie. Cette étude pourra servir de bases de données pour l’implantation d’une unité de rhumatologie au CHU Campus.Mots clés : épidémiologie, pathologie dégénérative du rachis.

La sclérose latérale amyotrophique (SLA) est une maladie dégénérative des motoneurones. Elle évolue vers la perte d’autonomie et à la mort.Objectif : décrire les cas de SLA cliniques observés en milieu hospitalier tropical.Patients et Méthodes: Notre étude s’est déroulée dans le service de neurologie du CHU de Lomé au Togo. Nous rapportons l’observation de 6 patients sans antécédents particuliers. L’étude rétrospective a couvert une période de 10 ans (2003 à 2012) sur un effectif total de 10.128 patients. Il s’agit de cas où le diagnostic de SLA cliniquement définie avait été posé selon la classification d’El Escorial. Nous n’avons pas inclus 978 cas de SLA probables ou possibles.Résultats : L’âge moyen a été de 49 ans (24 et 67 ans), tous de sexe masculin, avec une fréquence de 0,49‰ et une incidence de 0,6 cas par an. Les signes cliniques sont marqués par le syndrome pyramidal et le syndrome neurogène périphérique. L’imagerie cérébrale et médullaire (scanner, IRM) a montré une atrophie du bulbe et de la moelle cervicale. L’EMG a montré des signes d’activités spontanées et de dénervation et rénervation. Une atrophie neurogène fasciculaire a été observée à l’histologie. La durée moyenne d’évolution vers le décès a été de 17,6 mois avec des extrêmes de 6 et 36 mois. La médiane de survie de tous les cas combinés a été de 42 semaines. Le traitement a été symptomatique associé à la rééducation. Le Riluzole a été institué malgré son coût très élevé mais sans succès.Conclusion : Cette observation soulève les grosses difficultés de prise en charge de cette pathologie et l’augmentation de sa fréquence en Afrique au sud du Sahara.Mots clés : sclérose latérale amyotrophique, maladie dégénérative du motoneurone.

Background: Many causes of portal vein thrombosis are described and most patients had a combination of local and systemic risk factors. In many studies, prtothombotic disorders investigations were conducted in various departments of haematologies and/or gastroenterology. In this study, we investigated the systemic risk factors associated or not to abdominal inflammation in a series of patients recruited in a department of Internal Medicine. Methods: We studied, retrospectively from 2005 to 2009, 21 cases of patients with portal vein thrombosis. Patients with cancer are not included in this study. Results: We reported 21 patients with portal vein thrombosis: 8 males (43%) and 13 females (57%). The average age of patients was 46, 6 years (20; 59). Eight (8) patients had abdominal inflammatory pathology and 21 (100%) patients had systemic prothrombotic factors. This etiologic investigation is rentable because in 18 cases, abdominal inflammation and/or prothombotic disorders are diagnosed. This diagnostic, however, can permit to discuss a specific management. Conclusion: Extensive investigation of prothrombotic disorders is necessary in portal vein thrombosis, although if local abdominal inflammation exist.

L’e-Pilly TROP est un ouvrage d’infectiologie tropicale destiné aux médecins et aux étudiants en médecine des pays francophones du Sud. La prise en compte des différents niveaux de la pyramide sanitaire dans ces pays le rend aussi accessible aux infirmiers des centres de santé communautaires urbains et des structures de santé intermédiaires des zones rurales. Par définition, les Pays En Développement accroissant progressivement leurs capacités de diagnostic biologique et de traitement, les outils de prise en charge correspondent aux moyens des niveaux périphériques comme à ceux des niveaux hospitaliers de référence.