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measurements. To address this, we conducted a two-year study using large lysimeters in an ecotron facility, continuously measuring ecosystem-level CO 2 , N 2 O, and H 2 O fluxes. We investigated the impact of endogeic and anecic earthworms on GHG emissions and ecosystem water use efficiency (WUE) in an agricultural setting. Although we observed transient stimulations of carbon fluxes in the presence of earthworms, cumulative fluxes over the study indicated no significant increase in CO 2 emissions. Endogeic earthworms marginally reduced N 2 O emissions during the wheat culture (-44.6%), but this effect was not sustained throughout the experiment. No consistent effects on ecosystem evapotranspiration or WUE were found. Our study suggests that earthworms do not significantly contribute to GHG emissions over a two-year period in experimental conditions that mimic an agricultural setting. These findings highlight the need for realistic experiments enabling continuous GHG measurements.

Despite the possible mitigation of carbon emissions by favoring carbon transfer to terrestrial carbon sinks, little is knownabout the capacity of different crop genotypes to enhance soil carbon sequestration. We hypothesize that carbon sequestrationpotential linked to old wheat varieties (released before 1960) is higher than the one linked to modern ones while old varietiesare known to develop bigger and deeper root systems. Moreover, modern varieties are often cultivated using syntheticchemical inputs known to modify soil carbon dynamics. We conducted a field experiment by cultivating four modern andfour old wheat varieties, with and without chemical inputs (nitrogen, herbicide and fungicide), in Calcaric Cambisolconditions. After root and soil sampling, root morphology was assessed by image analysis, whereas potential catabolicactivities by soil microbial communities was assessed by MicroResp ™ measurements. Additionally, CO2 emissionsmeasurements were done by incubating soil and roots from each agronomic modality. Results suggest that the genotype (oldversus modern varieties) did not affect root traits nor substrates respiration, but the soil from old variety modalities released6% more CO2 than the one from modern ones. Application of inputs did not affect root traits, but increased soil microbialrespiration by 11%. Inputs also increased the respiration of citric acid by 19.1%, while it decreased respiration of fructose andalanine by 8.84% and 16.79%, respectively. Taken together, our results invalidate the hypothesis that old varieties could bemore performant than modern ones in storing carbon in this specific soil.

Les racines des plantes vivent en interaction étroite avec des communautés microbiennes. La survie et la croissance des espèces végétales dépendent de cette symbiose, à tel point que les chercheurs envisagent de sélectionner ces communautés pour améliorer les plantes cultivées.On a souvent besoin d'un plus petit que soi ». L'adage de Jean de la Fontaine trouve un écho inattendu dans un champ de recherche qui en est encore à ses prémices : l'amélioration des cultures végétales par la sélection de leurs partenaires microscopiques, ces communautés microbiennes du sol regroupant bactéries, champignons et archées qui forment le microbiote racinaire.Prenons Brachypodium distachyon, une graminée modèle utilisée pour étudier la croissance des céréales en raison de son court cycle de vie. Notre équipe a démontré l'improbable : après cinq générations de sélection infructueuse du microbiote racinaire corrélé aux plantes les plus productives, la communauté microbienne finit par se stabiliser, et la croissance des plantes s'améliore significativement. Pour s'assurer du rôle exclusif du microbiote dans ce processus, nous avons transplanté celui-ci de génération en génération sur un même lot de graines : le microbiote évol ...

National audience; La sélection artificielle, à l'origine des espèces animales et végétales utilisées en agriculture, alongtemps été appliquée à l’échelle de l’individu. Il est possible de transposer cette procéduresur des holobiontes, communautés ou écosystèmes ; toutefois, cela ajoute un niveau decomplexité puisque le phénotype cible de la sélection résulte de la présence de plusieurs espèceset, potentiellement, de leurs interactions. L'ambition de ce projet est i) de déterminer si unediversité génétique microbienne élevée permet d'améliorer l'efficacité de la sélection artificiellede communautés microbiennes et ii) de déterminer si les interactions entre espèces sontimpliquées dans la mise en place du phénotype d’une communauté et si elles évoluent au coursde la sélection artificielle. Une première démarche de sélection artificielle de communautésbactériennes reconstruites en laboratoire a permis de mettre en évidence que l’effet d’unesélection pour une productivité élevée tend à être influencé par la richesse initiale de lacommunauté sélectionnée, de façon non linéaire. Dans une deuxième approche, la productivitéde communautés bactériennes composées d’espèces ayant une histoire évolutive commune ounon a été mesurée. L’analyse de ces résultats permettra de déterminer si les interactionsinterspécifiques peuvent être des unités de sélection et ainsi contribuer à l’évolution d’unecommunauté. Enfin, nous discuterons du rôle des interactions dans la mise en place duphénotype d’une communauté en analysant la prédictibilité du profil métabolique d'unecommunauté sur la base des capacités métaboliques des individus qui la composent. L'ensembledes résultats permettra de contribuer à la compréhension des dynamiques écologiques etévolutives à des niveaux d'organisation supérieurs à celui de l'individu