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La biznaga dulce, Echinocactus platyacanthus Link et Otto, es una cactácea endémica de México y empleada como una planta ornamental, forrajera y para consumo humano. Se encuentra catalogada como especie vulnerable y sujeta a protección especial. El objetivo del presente trabajo fue determinar la diversidad y estructura genética de cuatro poblaciones situadas dentro de su distribución disyunta. La diversidad genética se determinó a través de 6 microsatélites, en un total de 116 individuos. Se obtuvieron 45 alelos para los seis loci estudiados. El número promedio de alelos por locus y por población fue de 5.83. Los valores de HE fueron superiores a los de la HO para todas las poblaciones. La población Roberto (Puebla), presentó el valor más alto de HO, mientras que la de Galeana (Nuevo León) registró el valor más bajo. El análisis de las distancias genéticas sugirió dos subgrupos, en un primer grupo se incluyeron las poblaciones sureñas y en el segundo se ubicaron las poblaciones al Norte del Eje Neovolcánico Transversal, el cual potencialmente actúa como una barrera geográfica propiciando el aislamiento genético entre las poblaciones. Los datos obtenidos en este trabajo nos ayudarán a plantear estrategias de conservación para esta importante especie.