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1. La Massane, une forêt à l'épreuve du temps. Activités 2012, Projets 2013

Author: Réserve Naturelle Nationale de la Forêt de la Massane, ., Biodiversité, Gènes et Communautés (Biogeco), ., Réserve Naturelle Nationale de la Forêt de la Massane (RNN), Réserves Naturelles de France, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio]
Published: 2012

2. La liste rouge régionale des Amphibiens et Reptiles d'Aquitaine

Author: Institut National de Recherche Agronomique UMR 1202 Biodiversité, Gènes et Communautés and Le Moigne, Charlotte
Subjects: reptile, inventaire des espèces, amphibien, aquitaine
Published: 2013

3. Biodiversité urbaine: un campus vert dans la cité

Author: Consortium de chercheurs, d'animateurs scientifiques et de gestionnaires, Institut National de Recherche Agronomique UMR 1202 Biodiversité, Gènes et Communautés, Porte, Annabel, Delzon, Sylvain, Guengant, Yann, Eymeric, Camille, Société Linnéenne de Bordeaux, Cahuzac, Bruno, Laporte-Cru, Jean, Dauphin, Patrick, Association étudiante, Université des Sciences et Technologies (Bordeaux 1), and Centre National de la Recherche Scientifique
Subjects: faune, université, bordeaux, biomasse, espace vert, inventaire de la nature, flore, biodiversité
Published: 2013

4. Structuration spatiale des communautés: impact des différences de capacité de dispersion entre espèces dans un modèle quasi-neutre

Author: Interactions biotiques dans les communautés :théories et modèles (16 décembre 2004: UMR biodiversité, gènes et écosystèmes, Bordeaux, France), Hardy, Olivier J., Interactions biotiques dans les communautés :théories et modèles (16 décembre 2004: UMR biodiversité, gènes et écosystèmes, Bordeaux, France), and Hardy, Olivier J.
Abstract: info:eu-repo/semantics/nonPublished
Published: 2004

5. Méthodes linéaires de Réduction de Dimension

Author: Franc, Alain, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Inria Bordeaux Sud-Ouest, PlaFRIM, ADT Gordon, and ADT Diodon
Subjects: Apprentissage statistique, Principal Components Analysis, Analyse canonique, Réduction de dimension, Correspondence Analysis, Analyse Factorielle des Correspondances, Dimensionality reduction, Analyse avec variables instrumentales, Multivariate Data Analysis, Statistical Learning, Analysis with Instrumental Variables, [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Analyse de données multivariées, Canonical Analysis, Analyse en Composantes Principales, [MATH.MATH-NA]Mathematics [math]/Numerical Analysis [math.NA]
Abstract: These notes are an overview of some classical linear methods in Multivariate Data Analysis. This is a good old domain, well established since the 60's, and refreshed timely as a key step in statistical learning. It can be presented as part of statistical learning, or as dimensionality reduction with a geometric flavor. Both approaches are tightly linked: it is easier to learn patterns from data in low dimensional spaces than in high-dimensional spaces. It is shown how a diversity of methods and tools boil down to a single core methods, PCA with SVD, such that the efforts to optimize codes for analyzing massive data sets like distributed memory and task-based programming or to improve the efficiency of the algorithms like Randomised SVD can focus on this shared core method, and benefit to all methods.; Ce document brosse un panorama des méthodes linéaires de l'Analyse de données multivariées. Il s'agit d'un domaine ancien et classique, bien établi depuis les années 60, et redevenu d'actualité en tant qu'étape clé dans l'apprentissage statistique. On peut considérer ces méthodes comme faisant partie d'une approche algébrique de l'apprentissage statistique ou bien comme une réduction de dimension avec une tonalité plus géométrique. Ces deux approches sont étroitement liées : il est plus facile d'apprendre des patterns des données dans des espaces à faible dimension que dans des espaces à grande dimension. Nous montrons comment une apparente diversité de méthodes et outils se réduit en fait pour un tableau à une seule méthode : l'Analyse en Composantes Principales, avec la SVD (Singular Value Decomposition), de telle sorte que les efforts d'optimisation des codes pour l'analyse de jeux de données massives pourraient eut se focaliser sur cette méthode centrale partagée, au bénéfice de toutes les méthodes. Une extension à l'étude de plusieurs tableaux est présentée (Analyse canonique).
Published: 2023

6. On the Arithmetic Intensity of Distributed-Memory Dense Matrix Multiplication Involving a Symmetric Input Matrix (SYMM)

Author: Agullo, Emmanuel, Buttari, Alfredo, Coulaud, Olivier, Eyraud-Dubois, Lionel, Faverge, Mathieu, Franc, Alain, Guermouche, Abdou, Jego, Antoine, Peressoni, Romain, Pruvost, Florent, COmposabilité Numerique and parallèle pour le CAlcul haute performanCE (CONCACE), Centre Européen de Recherche et de Formation Avancée en Calcul Scientifique (CERFACS)-Airbus [France]-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Algorithmes Parallèles et Optimisation (IRIT-APO), Institut de recherche en informatique de Toulouse (IRIT), Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Toulouse Mind & Brain Institut (TMBI), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Outils et Optimisations pour le Calcul Haute Performance et l'Apprentissage (TOPAL), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut Polytechnique de Bordeaux (Bordeaux INP), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Service Expérimentation et Développement [Bordeaux] (SED), Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Région Nouvelle-Aquitaine (2018-1R50119 HPC scalable ecosystem), IEEE, and ANR-19-CE46-0009,SOLHARIS,Solveurs pour architectures hétérogènes utilisant des supports d'exécution, objectif scalabilité(2019)
Subjects: Matrix multiplication, Symmetric, GEMM, 2DBC, SYMM, task-based programming, TBC, [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], 2.5D, SBC, 3D
Abstract: International audience; Dense matrix multiplication involving a symmetric input matrix (SYMM) is implemented in reference distributed-memory codes with the same data distribution as its general analogue (GEMM). We show that, when the symmetric matrix is dominant, such a 2D block-cyclic (2D BC) scheme leads to a lower arithmetic intensity (AI) of SYMM than that of GEMM by a factor of 2. We propose alternative data distributions preserving the memory benefit of SYMM of storing only half of the matrix while achieving up to the same AI as GEMM. We also show that, in the case we can afford the same memory footprint as GEMM, SYMM can achieve a higher AI. We propose a task-based design of SYMM independent of the data distribution. This design allows for scalable A-stationary SYMM with which all discussed data distributions, may they be very irregular, can be easily assessed. We have integrated the resulting code in a reduction dimension algorithm involving a randomized singular value decomposition dominated by SYMM. An experimental study shows a compelling impact on performance.
Published: 2023

7. A digital twin of bacterial metabolism during cheese production

Author: Maxime Lecomte, Wenfan Cao, Julie Aubert, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe, Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf (STLO), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Mathématiques et Informatique Appliquées (MIA Paris-Saclay), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Inria Exploratory Action SLIMMEST., CNIEL, and ANR-22-PEAE-0011,MISTIC,France 2030 PEPR Agroé- cologie et Numérique MISTIC ANR-22-PEAE-0011
Subjects: Cheese, Fermentation, Microbial community, Flux Balance Analysis, Systems biology, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Digital twin, Metabolic modeling, Dynamics
Abstract: Cheese organoleptic properties result from complex metabolic processes occurring in microbial communities. A deeper understanding of such mechanisms makes it possible to improve both industrial production processes and end-product quality through the design of microbial consortia. In this work, we caracterise the metabolism of a three-species community consisting ofLactococcus lactis,Lactobacillus plantarumandPropionibacterium freudenreichiiduring a seven-week cheese production process. Using genome-scale metabolic models and omics data integration, we modeled and calibrated individual dynamics using monoculture experiments, and coupled these models to capture the metabolism of the community. This digital twin accurately predicted the dynamics of the community, enlightening the contribution of each microbial species to organoleptic compound production. Further metabolic exploration raised additional possible interactions between the bacterial species. This work provides a methodological framework for the prediction of community-wide metabolism and highlights the added-value of dynamic metabolic modeling for the comprehension of fermented food processes.
Published: 2023

8. Four functional profiles for fibre and mucin metabolism in the human gut microbiome

Author: Simon Labarthe, Sandra Plancade, Sebastien Raguideau, Florian Plaza Onate, Emmanuelle Le Chatelier, Marion Leclerc, Béatrice Laroche, from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRAE), Earlham Institute [Norwich], MetaGenoPolis (MGP (US 1367)), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Pendulum Therapeutics [San Francisco], Dynamiques de populations multi-échelles pour des systèmes physiologiques (MUSCA), Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ANR-11-DPBS-0001,MGP,MetaGenoPolis(2011), European Project: 609398,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2013-COFUND,AGREENSKILLSPLUS(2014), and Labarthe, Simon
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], [INFO.INFO-MO] Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM]
Abstract: Background With the emergence of metagenomic data, multiple links between the gut microbiome and the host health have been shown. Deciphering these complex interactions require evolved analysis methods focusing on the microbial ecosystem functions. Despite the fact that host or diet-derived fibres are the most abundant nutrients available in the gut, the presence of distinct functional traits regarding fibre and mucin hydrolysis, fermentation and hydrogenotrophic processes has never been investigated. Results After manually selecting 91 KEGG orthologies and 33 glycoside hydrolases further aggregated in 101 functional descriptors representative of fibre and mucin degradation pathways in the gut microbiome, we used non-negative matrix factorization to mine metagenomic datasets. Four distinct metabolic profiles were further identified on a training set of 1153 samples and thoroughly validated on a large database of 2571 unseen samples from 5 external metagenomic cohorts. Profiles 1 and 2 are the main contributors to the fibre-degradation-related metagenome: they present contrasted involvement in fibre degradation and sugar metabolism and are differentially linked to dysbiosis, metabolic disease and inflammation. Profile 1 takes over Profile 2 inhealthy samples, and unbalance of these profiles characterize dysbiotic samples. Furthermore, high fibre diet favours a healthy balance between Profiles 1 and Profile 2. Profile 3 takes over Profile 2 during Crohn’s disease, inducing functional reorientations towards unusual metabolism such as fucose and H2S degradation or propionate, acetone and butanediol production. Profile 4 gathers under-represented functions, like methanogenesis. Two taxonomic makes up of the profiles were investigated, using either the covariation of 203 prevalent genomes or metagenomic species, both providing consistent results in line with their functional characteristics. This taxonomic characterization showed that Profiles 1 and 2 were respectively mainly composed of bacteria from the phyla Bacteroidetes and Firmicutes while Profile 3 is representative of Proteobacteria and Profile 4 of methanogens.Conclusions Integrating anaerobic microbiology knowledge with statistical learning can narrow down the metagenomic analysis to investigate functional profiles. Applying this approach to fibre degradation in the gut ended with 4 distinct functional profiles that can be easily monitored as markers of diet, dysbiosis, inflammation and disease.
Published: 2023

9. Modelling the dynamics of Salmonella infection in the gut at the bacterial and the host level

Author: Muller, Coralie, Wortsman, Arie, Ugalde-Salas, Pablo, Frioux, Clémence, Labarthe, Simon, from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), and Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: Metamodelling, Biological system, Metabolic network, Gut microbiota, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [MATH]Mathematics [math], Numerical metabolic modelling, System of ODE, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM]
Abstract: International audience
Published: 2022

10. Extension de l'analyse des correspondances à des donnéees multi-dimensionnelles : un point de vue géométrique

Author: Iannacito, Martina, Coulaud, Olivier, Franc, Alain, COmposabilité Numerique and parallèle pour le CAlcul haute performanCE (CONCACE), Centre Européen de Recherche et de Formation Avancée en Calcul Scientifique (CERFACS)-Airbus [France]-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), and Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: [STAT.ME]Statistics [stat]/Methodology [stat.ME], [MATH.MATH-NA]Mathematics [math]/Numerical Analysis [math.NA]
Abstract: International audience; We present an extension of Correspondence Analysis (CA) to tensors through High Order Singular Value Decomposition (HOSVD) from a geometric viewpoint. Correspondence analysis is a well-known tool in data science, developed from principal component analysis and applied to contingency tables. Indeed, CA associates a two-ways contingency table with two point clouds, linked by a characteristic barycentric relation. Different algebraic extensions of CA to multi-way tables have been proposed over the years, nevertheless neglecting its geometric meaning, as far as we are aware. Relying on the Tucker model and the HOSVD, we propose a direct way to associate with each tensor mode a point cloud. We prove that the point clouds are related to each other. Specifically using the CA metrics we show that the barycentric relation is still true in the tensor framework. Finally, numerical examples are used to underline the advantages and the drawbacks of our strategy with respect to the classical matrix approaches.; Nous présentons une extension de l'analyse des correspondances (AC) aux tenseurs par la décomposition en valeurs singulières d'ordre élevé (HOSVD) d'un point de vue géométrique. L'analyse des correspondances est un outil bien connu en science des données, développé à partir de l'analyse en composantes principales et appliqué aux tableaux de contingence. En effet, l'AC associe un tableau de contingence à deux voies à deux nuages de points, liés par une relation barycentrique caractéristique. Différentes extensions algébriques de l'AC aux tableaux à plusieurs voies ont été proposées au fil des ans, sans toutefois négliger sa signification géométrique, pour autant que nous le sachions. En s'appuyant sur le modèle de Tucker et le HOSVD, nous proposons un moyen direct d'associer à chaque mode tensoriel un nuage de points. Nous prouvons que les nuages de points sont liés les uns aux autres. En utilisant spécifiquement la métrique CA, nous montrons que la relation barycentrique est toujours vraie dans le cadre tensoriel. Enfin, des exemples numériques sont utilisés pour souligner les avantages et les inconvénients de notre stratégie par rapport aux approches matricielles classiques.
Published: 2022

11. A multi-scale epidemic model of enteric infection with heterogeneous shedding resulting from host-microbiota-pathogen interactions

Author: Labarthe, Simon, Laroche, Béatrice, Polizzi, Bastien, Patout, Florian, Ribot, Magali, Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Dynamiques de populations multi-échelles pour des systèmes physiologiques (MUSCA), Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de Mathématiques de Besançon (UMR 6623) (LMB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP), Institut Denis Poisson (IDP), Université d'Orléans (UO)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and European Project: 773830,H2020-SFS-2017-1 ,MoMIR-PPC (a component of European Joint Programme One Health) (2018)
Subjects: [MATH.MATH-AP]Mathematics [math]/Analysis of PDEs [math.AP], [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation
Abstract: International audience; Enteric pathogens colonize the digestive tract of farm livestock, such as chickens or pigs and potentially infect food products, which results in a threat for human health and important economic losses. It has been shown that the ability to excrete the pathogen in the environment and contaminate other animals is variable. This heterogeneity in pathogen carriage and shedding results from interactions between the host’s immune response, the pathogen and the commensal intestinal microbiota and plays and important role in epidemic propagation and control. The objective here is to propose a theoretical model of pathogen excretion and transmission linking within and between host dynamic.
Published: 2022

12. Décomposition en valeurs singulières randomisée et positionnement multidimensionel à base de tâches

Author: Agullo, Emmanuel, Coulaud, Olivier, Denis, Alexandre, Faverge, Mathieu, Franc, Alain, Frigerio, Jean-Marc, Furmento, Nathalie, Guilbaud, Adrien, Jeannot, Emmanuel, Peressoni, Romain, Pruvost, Florent, Thibault, Samuel, COmposabilité Numerique and parallèle pour le CAlcul haute performanCE (CONCACE), Centre Européen de Recherche et de Formation Avancée en Calcul Scientifique (CERFACS)-Airbus [France]-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Topology-Aware System-Scale Data Management for High-Performance Computing (TADAAM), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, High-End Parallel Algorithms for Challenging Numerical Simulations (HiePACS), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), STatic Optimizations, Runtime Methods (STORM), Service Expérimentation et Développement [Bordeaux] (SED), Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Projet Région Nouvelle-Aquitaine 2018-1R50119 'HPC scalable ecosystem', Inria Bordeaux - Sud Ouest, Inrae - BioGeCo, and Agullo, Emmanuel
Subjects: random projection, distributed memory, projection aléatoire, moteur d’exécution, runtime system, multidimensional scaling (MDS), positionnement multidimensionel, heterogeneous machine, programmation à base de tâches, machine hétérogène, décomposition en valeur singulière randomisée, randomized singular value decomposition (RSVD), AMS 15A18, 65F15, 68W20, 65Y05, 65-04, [INFO.INFO-DC] Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], task-based programming, [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], mémoire distribuée
Abstract: The multidimensional scaling (MDS) is an important and robust algorithm for representing individual cases of a dataset out of their respective dissimilarities. However, heuristics, possibly trading-off with robustness, are often preferred in practice due to the potentially prohibitive memory and computational costs of the MDS. The recent introduction of random projection techniques within the MDS allowed it to be become competitive on larger testcases. The goal of this manuscript is to propose a high-performance distributed-memory MDS based on random projection for processing data sets of even larger size (up to one million items). We propose a task-based design of the whole algorithm and we implement it within an efficient software stack including state-of-the-art numerical solvers, runtime systems and communication layers. The outcome is the ability to efficiently apply robust MDS to large datasets on modern supercomputers. We assess the resulting algorithm and software stack to the point cloud visualization for analyzing distances between sequencesin metabarcoding., Le positionnement multidimensionnel (MDS) est un algorithme important et robuste pour représenter les cas individuels d’un ensemble de données en fonction de leurs dissimilarités respectives. Cependant, les heuristiques, qui peuvent être un compromis avec la robustesse, sont souvent préférées en pratique en raison de sa consommation mémoire et de ses coûts potentiellement prohibitifs. L’introduction récente de techniques de projection aléatoire dans le MDS lui a permis de devenir compétitif sur des cas test plus importants. L’objectif de ce manuscrit est de proposer un MDS haute performance basé sur la projection aléatoire pour le traitement d’ensembles de données de taille encore plus grande (jusqu’à un million d’éléments). Nous proposons une conception de l’algorithme et nous l’implémentons dans une pile logicielle efficace, comprenant des solveurs numériques de pointe ainsi des systèmes d’exécution et des couches de communication optimisés. L’aboutissement de ce travail résultat est la capacité d’appliquer efficacement le MDS robuste à de grands ensembles de données sur des super-ordinateurs modernes. Nous évaluons l’algorithme etla pile logicielle résultants à la visualisation de nuages de points pour l’analyse des distances entre séquences de metabarcoding.
Published: 2022

13. Modelling the dynamics of Salmonella infection in the gut at the bacterial and host levels

Author: Muller, Coralie, Worstman, Arie, Ugalde-Salas, Pablo, Frioux, Clémence, Labarthe, Simon, from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), and Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: Metamodelling, Metabolic network, [INFO]Computer Science [cs], Gut microbiota, [MATH]Mathematics [math], Numerical metabolic modelling, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Biological system System of ODE
Abstract: International audience
Published: 2022

14. Accelerating metabolic models evaluation with statistical metamodels: application to Salmonella infection models

Author: Frioux, Clémence, Huet, Sylvie, Labarthe, Simon, Martinelli, Julien, Malou, Thibault, Sherman, David James, Taupin, Marie-Luce, Ugalde-Salas, Pablo, from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre de Bioinformatique (CBIO), Mines Paris - PSL (École nationale supérieure des mines de Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), Computational systems biology and optimization (Lifeware), Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Institut de Mathématiques de Toulouse UMR5219 (IMT), Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Mathématiques et Modélisation d'Evry (LaMME), Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-ENSIIE-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris, Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)
Subjects: [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation
Abstract: Mathematical and numerical models are increasingly used in microbial ecology to model the fate of microbial communities in their ecosystem. These models allow to connect in a mechanistic framework species-level informations, such as the microbial genomes, with macro-scale features, such as species spatial distributions or metabolite gradients. Numerous models are built upon specieslevel metabolic models that predict the metabolic behaviour of a microbe by solving an optimization problem knowing its genome and its nutritional environment. However, screening the community dynamics with these metabolic models implies to solve such an optimization problem by species at each time step, leading to a significant computational load further increased by several orders of magnitude when spatial dimensions are added. In this paper, we propose a statistical framework based on Reproducing Kernel Hilbert Space (RKHS) metamodels that are used to provide fast approximations of the original metabolic model. The metamodel can replace the optimization step in the system dynamics, providing comparable outputs at a much lower computational cost. We will first build a system dynamics model of a simplified gut microbiota composed of a unique commensal bacterial strain in interaction with the host and challenged by a Salmonella infection. Then, the machine learning method will be introduced, and particularly the ANOVA-RKHS that will be exploited to achieve variable selection and model parsimony. A training dataset will be constructed with the original system dynamics model and hyper-parameters will be carefully chosen to provide fast and accurate approximations of the original model. Finally, the accuracy of the trained metamodels will be assessed, in particular by comparing the system dynamics outputs when the original model is replaced by its metamodel. The metamodel allows an overall relative error of 4.71% but reducing the computational load by a speed-up factor higher than 45, while correctly reproducing the complex behaviour occurring during Salmonella infection. These results provide a proof-of-concept of the potentiality of machine learning methods to give fast approximations of metabolic model outputs and pave the way towards PDEbased spatio-temporal models of microbial communities and host-microbiota-pathogen interactions.
Published: 2022

15. Inferring characteristics of bacterial swimming in biofilm matrix from time-lapse confocal laser scanning microscopy

Author: Guillaume Ravel, Michel Bergmann, Alain Trubuil, Julien Deschamps, Romain Briandet, Simon Labarthe, from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Modeling Enablers for Multi-PHysics and InteractionS (MEMPHIS), Institut de Mathématiques de Bordeaux (IMB), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Université de Bordeaux (UB)-Institut Polytechnique de Bordeaux (Bordeaux INP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Université de Bordeaux (UB)-Institut Polytechnique de Bordeaux (Bordeaux INP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Financial support was provided by the French National Research Agency ANR-12-ALID-0006., ANR-12-ALID-0006,GreenSwimmers,Sensibilisation de biofilms industriels à l'action de désinfectants par l'infiltration de bactéries hyper-motiles(2012), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université de Bordeaux (UB)-Institut Polytechnique de Bordeaux (Bordeaux INP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université de Bordeaux (UB)-Institut Polytechnique de Bordeaux (Bordeaux INP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université de Bordeaux (UB)-Institut Polytechnique de Bordeaux (Bordeaux INP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Chimie de la Matière Condensée de Bordeaux (ICMCB), Université de Bordeaux (UB)-Institut Polytechnique de Bordeaux-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Université de Bordeaux (UB)-Institut Polytechnique de Bordeaux (Bordeaux INP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Modélisation et calculs pour l'électrophysiologie cardiaque (CARMEN), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-IHU-LIRYC, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-CHU Bordeaux [Bordeaux]-CHU Bordeaux [Bordeaux], and Université Paris-Saclay
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], confocal microscopy, Time-Lapse Imaging, Quantitative Biology - Quantitative Methods, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, biofilm, modelling, computational biology, [MATH]Mathematics [math], Ecosystem, Swimming, Quantitative Methods (q-bio.QM), Microscopy, Confocal, General Immunology and Microbiology, Bacteria, Extracellular Polymeric Substance Matrix, General Neuroscience, systems biology, General Medicine, bacterial swimmers, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], biofilm + microswimmer + image processing + inferrence + system dynamics, microswinner : image processing, Biofilms, FOS: Biological sciences, inferrence, system dynamics
Abstract: Biofilms are spatially organized communities of microorganisms embedded in a self-produced organic matrix, conferring to the population emerging properties such as an increased tolerance to the action of antimicrobials. It was shown that some bacilli were able to swim in the exogenous matrix of pathogenic biofilms and to counterbalance these properties. Swimming bacteria can deliver antimicrobial agents in situ, or potentiate the activity of antimicrobial by creating a transient vascularization network in the matrix. Hence, characterizing swimmer trajectories in the biofilm matrix is of particular interest to understand and optimize this new biocontrol strategy in particular, but also more generally to decipher ecological drivers of population spatial structure in natural biofilms ecosystems. In this study, a new methodology is developed to analyze time-lapse confocal laser scanning images to describe and compare the swimming trajectories of bacilli swimmers populations and their adaptations to the biofilm structure. The method is based on the inference of a kinetic model of swimmer populations including mechanistic interactions with the host biofilm. After validation on synthetic data, the methodology is implemented on images of three different species of motile bacillus species swimming in aAnyone who has ever cleaned a bathroom probably faced biofilms, the dark, slimy deposits that lurk around taps and pipes. These structures are created by bacteria which abandon their solitary lifestyle to work together as a community, secreting various substances that allow the cells to organise themselves in 3D and to better resist external aggression. Unwanted biofilms can impair industrial operations or endanger health, for example when they form inside medical equipment or water supplies. Removing these structures usually involves massive application of substances which can cause long-term damage to the environment. Recently, researchers have observed that a range of small rod-shaped bacteria – or ‘bacilli’ – can penetrate a harmful biofilm and dig transient tunnels in its 3D structure. These ‘swimmers’ can enhance the penetration of anti-microbial agents, or could even be modified to deliver these molecules right inside the biofilm. However, little is known about how the various types of bacilli, which have very different shapes and propelling systems, can navigate the complex environment that is a biofilm. This knowledge would be essential for scientists to select which swimmers could be the best to harness for industrial and medical applications. To investigate this question, Ravel et al. established a way to track how three species of bacilli swim inside a biofilm compared to in a simple fluid. A mathematical model was created which integrated several swimming behaviors such as speed adaptation and direction changes in response to the structure and density of the biofilm. This modelling was then fitted on microscopy images of the different species navigating the two types of environments. Different motion patterns for the three bacilli emerged, each showing different degrees of adapting to moving inside a biofilm. One species, in particular, was able to run straight in and out of this environment because it could adapt its speed to the biofilm density as well as randomly change direction. The new method developed by Ravel et al. can be redeployed to systematically study swimmer candidates in different types of biofilms. This would allow scientists to examine how various swimming characteristics impact how bacteria-killing chemicals can penetrate the altered biofilms. In addition, as the mathematical model can predict trajectories, it could be used in computational studies to examine which species of bacilli would be best suited in industrial settings.
Published: 2022

16. Pest detection by inversion of a pheromone dispersion model

Author: Malou, Thibault, Labarthe, Simon, Laroche, Béatrice, Vergu, Elisabeta, Deslandes, François, Malou, Thibault, Early detection of pest insects using pheromone receptor-based olfactory sensors - - PheroSensor2020 - ANR-20-PCPA-0007 - PCPA - VALID, Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Dynamiques de populations multi-échelles pour des systèmes physiologiques (MUSCA), Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and ANR-20-PCPA-0007,PheroSensor,Early detection of pest insects using pheromone receptor-based olfactory sensors(2020)
Subjects: [MATH.MATH-AP]Mathematics [math]/Analysis of PDEs [math.AP], [MATH.MATH-OC] Mathematics [math]/Optimization and Control [math.OC], [MATH.MATH-OC]Mathematics [math]/Optimization and Control [math.OC], [INFO.INFO-MO] Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [MATH.MATH-AP] Mathematics [math]/Analysis of PDEs [math.AP], [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation
Abstract: International audience; One third of the annual world's crop production is directly or indirectly damaged by insects. Early detection of invasive insect pests is key for optimal treatment before infestation. Existing detection devices are based on pheromone traps: attracting pheromones are released to lure insects into the traps, with the number of captures indicating the population levels. Promising new sensors are now available to directly detect pheromones produced by the pests themselves and dispersed in the environment. Tracing the source of pheromone emission would allow locating the pest's habitat and performing pesticide-free elimination treatments, in a precision agriculture context.We formalized a 3D diffusion-convection model of pheromone concentration dispersion in the environment that include vegetation-dependant pheromone settling coefficients, in agreement with existing chemical transport models [1]. This model is converted into a 2D reaction-diffusion-convection model after integration. A sensitivity analysis of this direct dispersion (forward) model is performed. An inverse (backward) model is then derived to identify the sources of pheromone emission from signals produced by sensors spatially positioned in the landscape. A priori biological knowledge on pest behaviour (favourite habitat, insect clustering for reproduction...) is introduced to constrain the inverse problem towards biologically relevant solutions. The accuracy of the inverse solution is assessed on simulated noisy data. This work was carried out with the financial support of the French Research Agency (ANR), Pherosensor project (https://pherosensor.inrae.fr/).
Published: 2022

17. The functional microbiome of grapevine throughout plant evolutionary history and lifetime

Author: Fournier, Paola, Pellan, Lucile, Barroso-Bergadà, Didac, Bohan, David, Candresse, Thierry, Delmotte, François, Dufour, Marie-Cécile, Lauvergeat, Virginie, Le Marrec, Claire, Marais, Armelle, Martins, Guilherme, Masneuf-Pomarède, Isabelle, Rey, Patrice, Sherman, David James, This, Patrice, Frioux, Clémence, Labarthe, Simon, Vacher, Corinne, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE), Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Dijon, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne (UMR EGFV), Unité de Recherche Œnologie [Villenave d'Ornon] (OENO), Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut des sciences analytiques et de physico-chimie pour l'environnement et les materiaux (IPREM), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM), We are very grateful to Maureen Pellan for the design of Fig. 3. The authors acknowledge the support of the French National Research Agency (ANR) under the grants 20-PCPA-0010 (PPR VITAE) and ANR-17-CE32-0011 (NGB), and of FranceAgrimer and CNIV under the grant n°2018-52537 (Vitirhizobiome). LP received funding from Fondation Bordeaux Université, ANR-20-PCPA-0010,VITAE,Cultivating the grapevine without pesticides : towards agroecological wine-producing socio-ecosystems(2020), and ANR-17-CE32-0011,NGB,Biosurveillance Next-Gen des changements dans la structure et le fonctionnement des écosystèmes(2017)
Subjects: Oomycete, Biogeography, Bacteria, [SDV]Life Sciences [q-bio], Plant-microbe interaction, Fungi, Vitis, Metagenomics, Microbial network, Coevolution, Virus
Abstract: International audience; European grapevine is a complex holobiont composed of two plant genomes, that of the scion (Vitis vinifera L.) and the rootstock (Vitis spp.), and a multitude of microbial genomes that collectively form the microbiome. The grapevine microbiome has been extensively described over the last decade, primarily using metabarcoding approaches. Unfortunately, metabarcoding data alone provide little information on microbial functions and outcomes of plant-microbe interactions. Here we review knowledge about the microorganisms that have a demonstrated influence, positive or negative, on the performance of the grapevine holobiont. Our review encompasses bacteria, filamentous fungi, yeasts, oomycetes and viruses. It covers aboveground and belowground microorganisms, including arbuscular mycorrhizal and ectomycorrhizal fungi. We focus on taxa and functions that protect the plant against pathogens and pests, promote growth, increase tolerance to abiotic stresses and highlight those involved in disease and decline. As the outcomes of plant-microbe interactions are labile, we examine the dynamics and functions of grapevine-microbiome interactions over both the plant lifetime and the plant evolutionary history, beginning with plant domestication. Based on the knowledge and gaps we identify, we suggest field sampling designs, culture-based experiments, molecular tools and theoretical analysis methods, including shotgun metagenomics and network models, that could be used in future research to uncover and leverage the full functional potential of the grapevine microbiome.
Published: 2022

18. Does clustering of DNA barcodes agree with botanical classification directly at high taxonomic levels? Trees in French Guiana as a case study

Author: Mohamed Anwar Abouabdallah, Nathalie Peyrard, Alain Franc, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRAE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and ANR-10-LABX-0025,CEBA,CEnter of the study of Biodiversity in Amazonia(2010)
Subjects: French Guianan trees, Ward method, Biodiversity, barcoding, stochastic block model, French Guiana, Trees, taxonomy, [SDE]Environmental Sciences, Genetics, Cluster Analysis, DNA Barcoding, Taxonomic, Humans, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Phylogeny, Biotechnology, clustering
Abstract: International audience; Characterizing biodiversity is one of the main challenges for the coming decades. Most diversity has not been morphologically described, and barcoding is now complementing morphological-based taxonomy to further develop inventories. Both approaches have been cross-validated at the level of species and OTUs. However, many known species are not listed in reference databases. One path to speed up inventories using barcoding is to directly identify individuals at coarser taxonomic levels. We therefore studied in barcoding of plants whether morphological-based and molecular-based approaches are in agreement at genus, family and order levels. We used Agglomerative Hierarchical Clustering (with Ward, Complete and Single Linkage) and Stochastic Block Models (SBM), with two dissimilarity measures (Smith-Waterman scores, kmers). The agreement between morphological-based and molecular-based classifications ranges in most of the cases from good to very good at taxonomic levels above species, even though it decreases when taxonomic levels increase, or when using the tetramer-based distance. Agreement is correlated with the entropy of morphological-based classification and with the ratio of the mean within- and mean between-groups dissimilarities. The Ward method globally leads to the best agreement, whereas Single Linkage can show poor behaviours. SBM provides a useful tool to test whether or not the dissimilarities are structured by the botanical groups. These results suggest that automatic clustering and group identification at taxonomic levels above species are possible in barcoding.
Published: 2022

19. Between models and narratives: transitions in settlement systems

Author: Tannier, Cécile, Franc, Alain, Marie-Jeanne, Ouriachi, Zadora-Rio, Elisabeth, Théoriser et modéliser pour aménager (UMR 6049) (ThéMA), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Culture et Environnements, Préhistoire, Antiquité, Moyen-Age (CEPAM), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), Cités, Territoires, Environnement et Sociétés (CITERES), Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Léna Sanders, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours (UT), Université de Bourgogne Franche-Comté, Théoriser et modéliser pour aménager (UMR 6049), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours
Subjects: modelling, narrative, data, representation, [SHS.GEO] Humanities and Social Sciences/Geography, emergence, transition, [SHS] Humanities and Social Sciences, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, innovation, [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract: International audience
Published: 2021

20. Ecology, evolution, and epidemiology of zoonotic and vector-borne infectious diseases in French Guiana: Transdisciplinarity does matter to tackle new emerging threats

Author: Anne Lavergne, Marine Ginouves, Florian Binetruy, Claude Flamand, Mathieu Nacher, Emmanuel Roux, Roxane Schaub, Sébastien Gourbière, Benoit de Thoisy, Pierre Couppié, Arthur Kocher, Lise Musset, Philippe Quénel, Sourakhata Tirera, Luisiane Carvalho, Jérôme Murienne, Sébastien Briolant, Magalie Demar, Yanouk Epelboin, Ghislaine Prévot, Olivier Duron, Isabelle Dusfour, Benjamin Roche, Maylis Douine, Stéphane Pelleau, Luana Mathieu, Agathe Chavy, Loïc Epelboin, Alain Franc, Paul Le Turnier, Pauline Thill, Jean-François Guégan, Emeline Houël, Dominique Rousset, Stanislas Talaga, Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes [Cayenne, Guyane Française], Institut Pasteur de la Guyane, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Centre de Recherche en Ecologie et Evolution de la Santé (CREES), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Centre National de Référence du Paludisme [Cayenne, Guyane française] (CNR - laboratoire associé), Centre Collaborateur OMS pour la surveillance de la résistance aux antipaludiques [Cayenne, Guyane française] (CCOMS), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Laboratoire de Parasitologie [Cayenne, Guyane française], Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP), Centre de Recherches Ecologiques et Evolutives sur le Cancer (MIVEGEC-CREEC), Processus Écologiques et Évolutifs au sein des Communautés (PEEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA), Santé publique France Guyane, Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France], Université de Guyane (UG), Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'investigation clinique Antilles-Guyane (CIC - Antilles Guyane), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -CHU de la Martinique [Fort de France]-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Département de Santé Globale - Department Global Health, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire Génome et développement des plantes (LGDP), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Vectopôle Amazonien Emile Abonnenc [Cayenne, Guyane française], Unité d'Epidémiologie [Cayenne, Guyane française], Modélisation mathématique des maladies infectieuses - Mathematical modelling of Infectious Diseases, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biome Tropical et Immuno-Pathophysiologie = Tropical Biome and ImmunoPhysiopathology [Lille] (TBIP), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Guyane (UG), Ecologie des forêts de Guyane (UMR ECOFOG), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-AgroParisTech-Université de Guyane (UG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Max Planck Institute for the Science of Human History (MPI-SHH), Max-Planck-Gesellschaft, Evolution et Diversité Biologique (EDB), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d’Investigation Clinique de Nantes (CIC Nantes), Université de Nantes (UN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Malaria : parasites et hôtes - Malaria : parasites and hosts, Institut Pasteur [Paris] (IP), UMR 228 Espace-Dev, Espace pour le développement, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Avignon Université (AU)-Université de La Réunion (UR)-Université de Montpellier (UM)-Université de Guyane (UG)-Université des Antilles (UA), LMI Sentinela [Rio de Janeiro], Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Universidade de Brasilia [Brasília] (UnB)-Fundação Oswaldo Cruz / Oswaldo Cruz Foundation (FIOCRUZ), Service Universitaire des Maladies Infectieuses et du Voyageur [Tourcoing], Centre Hospitalier Tourcoing, Centre Hospitalier Gustave Dron [Tourcoing], Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), This work has benefited from three 'Investissement d’Avenir' grants managed by Agence Nationale de la Recherche (CEBA: ANR-10-LABX-25-01, TULIP: ANR-10-LABX-0041, DRIIHM: ANR-11-LABX-0010). The two lead coauthors received European funding through the European Regional Development Fund Operational Program FEDER RESERVOIRS Project (BdT) and a US NSF-NIH (NSF#1911457) Ecology of infectious diseases award (J-FG). J-FG is also supported by IRD, INRAE, and Université of Montpellier. OD thanks l’Office français de la biodiversité, le Groupe d'Étude et de Protection des Oiseaux en Guyane (GEPOG), la Direction de l'Alimentation, de l'Agriculture et de la Forêt de Guyane (DAAF). AL acknowledges European funding through the European Regional Development Fund Operational Program FEDER RESERVOIRS, CAROLLIA, EFAG and VIRUSES projects. LM is supported by European funding through the European Regional Development Fund Operational Program FEDER ELIMALAR project and Santé publique France as the National Reference Center for Malaria. PQ thanks Publique France/Cire Guyane, CNR sur les arboviroses, CNR du paludisme. EH and ID acknowledge European funding through the European Regional Development Fund Operational Program FEDER CONTROLE Projet, the French Guiana Regional Council and the Air Liquide Foundation. SB is supported by the French Army (Grant LR607e). ER is grateful for European funding through the European Regional Development Fund Operational Program FEDER OSE-Guyamapa project, the French Embassy in Brazil, the Guyamazon program ('GAPAM-Sentinela' project), CNES, and the Bill and Melinda Gates Foundation., ANR-10-LABX-0025,CEBA,CEnter of the study of Biodiversity in Amazonia(2010), ANR-10-LABX-0041,TULIP,Towards a Unified theory of biotic Interactions: the roLe of environmental(2010), ANR-11-LABX-0010,DRIIHM / IRDHEI,Dispositif de recherche interdisciplinaire sur les Interactions Hommes-Milieux(2011), Génétique et évolution des maladies infectieuses (GEMI), Centre National de Référence du Paludisme [Cayenne, Guyane française] (CNR), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Génétique et évolution des maladies infectieuses (GEMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Universidade de Brasilia [Brasília] (UnB)-Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ), Dusfour, Isabelle, Laboratoires d'excellence - CEnter of the study of Biodiversity in Amazonia - - CEBA2010 - ANR-10-LABX-0025 - LABX - VALID, Towards a Unified theory of biotic Interactions: the roLe of environmental - - TULIP2010 - ANR-10-LABX-0041 - LABX - VALID, Dispositif de recherche interdisciplinaire sur les Interactions Hommes-Milieux - - DRIIHM / IRDHEI2011 - ANR-11-LABX-0010 - LABX - VALID, Université d'Angers (UA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université de Lille-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur de Lille, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU de la Martinique [Fort de France]-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université de Lille-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Université de Guyane (UG), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Université de Guyane (UG)-Université des Antilles (UA)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Avignon Université (AU)-Université de La Réunion (UR)-Université de Montpellier (UM), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Université de Rennes 1 (UR1), and Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université d'Angers (UA)
Subjects: 0301 basic medicine, Microbiology (medical), Emerging and reemerging infectious diseases, Ecology (disciplines), media_common.quotation_subject, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, 030106 microbiology, Immigration, Interdisciplinary Research, Wildlife, Vector Borne Diseases, Animals, Wild, Anthropogenic pressures, Biology, Microbiology, 03 medical and health sciences, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Zoonoses, Genetics, Prevalence, Animals, Humans, Human Activities, Molecular Biology, Epidemiologic transition, Global change, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Ecosystem, media_common, Demography, [SDV.MHEP.ME] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, [SDV.MHEP.ME]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, Resistance (ecology), Ecology, Incidence, Outbreak, 15. Life on land, French Guiana, [SDV] Life Sciences [q-bio], Epidemiological transition, [SDE.MCG] Environmental Sciences/Global Changes, 030104 developmental biology, Infectious Diseases, Promiscuity, Vector (epidemiology), [SDV.MHEP.MI] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases
Abstract: International audience; French Guiana is a European ultraperipheric region located on the northern Atlantic coast of South America. It constitutes an important forested region for biological conservation in the Neotropics. Although very sparsely populated, with its inhabitants mainly concentrated on the Atlantic coastal strip and along the two main rivers, it is marked by the presence and development of old and new epidemic disease outbreaks, both research and health priorities. In this review paper, we synthetize 15 years of multidisciplinary and integrative research at the interface between wildlife, ecosystem modification, human activities and sociodemographic development, and human health. This study reveals a complex epidemiological landscape marked by important transitional changes, facilitated by increased interconnections between wildlife, land-use change and human occupation and activity, human and trade transportation, demography with substantial immigration, and identified vector and parasite pharmacological resistance. Among other French Guianese characteristics, we demonstrate herein the existence of more complex multi-host disease life cycles than previously described for several disease systems in Central and South America, which clearly indicates that today the greater promiscuity between wildlife and humans due to demographic and economic pressures may offer novel settings for microbes and their hosts to circulate and spread. French Guiana is a microcosm that crystallizes all the current global environmental, demographic and socioeconomic change conditions, which may favor the development of ancient and future infectious diseases.
Published: 2021

21. The influence of habitat on viral diversity in neotropical rodent hosts

Author: Anne Lavergne, Damien Donato, Alain Franc, Sourakhata Tirera, Benoit de Thoisy, Christiane Bouchier, Vincent Lacoste, Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes [Cayenne, Guyane Française], Institut Pasteur de la Guyane, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Institut Pasteur [Paris], Département de Virologie - Department of Virology, Arbovirus & Emerging Viral Diseases [Vientiane] (A&EVD), Institut Pasteur du Laos, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), S. Tirera was funded by the RESERVOIRS program, supported by European funds (PO FSE 2014-2020), an 'Investissement d’Avenir' grant managed by the Agence Nationale de la Recherche (CEBA, ref. ANR-10-LABX-25-01), a European Commission 'REGPOT-CT-2011-285837-STRonGer' grant within the FP7, and the Institut Pasteur de la Guyane. This study was conducted within the 'BioViRo' program, supported by an 'Investissement d’Avenir' grant managed by the Agence Nationale de la Recherche (CEBA, reference ANR-10-LABX-25-01). Field work conducted by BdT was funded by the ViRUSES program, supported by European funds (FEDER) and assistance from Région Guyane and Direction Régionale pour la Recherche et la Technologie, the ZNIEFF Guyane (DEAL Guyane) program, the GUYAMAZON II program, and Réseau des Observatoires Hommes-Milieux (OHM-Oyapok APR 2013, François Catzeflis). High-throughput sequencing was performed on the Biomics Platform, C2RT, Institut Pasteur, Paris, France, supported by France Génomique (ANR-10-INBS-09-09) and IBISA., ANR-10-LABX-0025,CEBA,CEnter of the study of Biodiversity in Amazonia(2010), ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), European Project: 285837,EC:FP7:REGPOT,FP7-REGPOT-2011-1,STRONGER(2011), Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), and Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest
Subjects: Viral ecology, Ecology (disciplines), viruses, Rodentia, Forests, Biology, Microbiology, Rodents, Article, Viral phylogenies, 03 medical and health sciences, Amazonia, Abundance (ecology), Zoonoses, Virology, Animals, Human virome, Alpha diversity, Ecosystem, Phylogeny, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Ecology, 030306 microbiology, Host (biology), Virome, Genetic Variation, 15. Life on land, QR1-502, 3. Good health, Infectious Diseases, Habitat, Metagenomics, Viruses, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDE]Environmental Sciences, Metagenome, Species richness
Abstract: Rodents are important reservoirs of numerous viruses, some of which have significant impacts on public health. Ecosystem disturbances and decreased host species richness have been associated with the emergence of zoonotic diseases. In this study, we aimed at (a) characterizing the viral diversity in seven neotropical rodent species living in four types of habitats and (b) exploring how the extent of environmental disturbance influences this diversity. Through a metagenomic approach, we identified 77,767 viral sequences from spleen, kidney, and serum samples. These viral sequences were attributed to 27 viral families known to infect vertebrates, invertebrates, plants, and amoeba. Viral diversities were greater in pristine habitats compared with disturbed ones, and lowest in peri-urban areas. High viral richness was observed in savannah areas. Differences in these diversities were explained by rare viruses that were generally more frequent in pristine forest and savannah habitats. Moreover, changes in the ecology and behavior of rodent hosts, in a given habitat, such as modifications to the diet in disturbed vs. pristine forests, are major determinants of viral composition. Lastly, the phylogenetic relationships of four vertebrate-related viral families (Polyomaviridae, Flaviviridae, Togaviridae, and Phenuiviridae) highlighted the wide diversity of these viral families, and in some cases, a potential risk of transmission to humans. All these findings provide significant insights into the diversity of rodent viruses in Amazonia, and emphasize that habitats and the host’s dietary ecology may drive viral diversity. Linking viral richness and abundance to the ecology of their hosts and their responses to habitat disturbance could be the starting point for a better understanding of viral emergence and for future management of ecosystems.
Published: 2021

22. Quantitative comparison of geological data and model simulations constrains early Cambrian geography and climate

Author: Alexandre Pohl, Pierre Sepulchre, Mark Williams, Thijs R.A. Vandenbroucke, Yannick Donnadieu, Christopher R. Scotese, Alain Franc, Thomas Wong Hearing, Thomas H. P. Harvey, Universiteit Gent = Ghent University (UGENT), University of Leicester, Biogéosciences [UMR 6282] (BGS), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of California [Riverside] (UC Riverside), University of California (UC), Centre européen de recherche et d'enseignement des géosciences de l'environnement (CEREGE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF (institution))-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Northwestern University [Evanston], Modélisation du climat (CLIM), Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette] (LSCE), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), This project began during TWWH’s PhD research, funded by NERC studentship NE/L0022493/1 within the Central England NERC Training Alliance (CENTA) with CASE partnership funding from the BGS (BUFI S266). It was finalised during TWWH’s Ghent University Special Research Fund (BOF) Fellowship 01P12419. This project has received funding from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under the Marie Sklodowska-Curie grant agreement No. 838373 to AP. Calculations were performed using HPC resources from DNUM CCUB (Centre de Calcul de l’Université de Bourgogne). TRAV was supported by Ghent University BOF grant BOF17/STA/013., Universiteit Gent = Ghent University [Belgium] (UGENT), Biogéosciences [UMR 6282] [Dijon] (BGS), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of California [Riverside] (UCR), University of California, Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), and Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest
Subjects: 010504 meteorology & atmospheric sciences, Range (biology), Science, Earth science, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, General Physics and Astronomy, PALEOCLIMATE MODEL, Palaeoclimate, 010502 geochemistry & geophysics, 01 natural sciences, Greenhouse climate, CHINA, Article, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, PALEOGEOGRAPHY, EARTH, Marine ecosystem, 14. Life underwater, ATMOSPHERIC CO2, Palaeogeography, 0105 earth and related environmental sciences, Multidisciplinary, Tectonics, PALEOBIOGEOGRAPHY, General Chemistry, Sedimentology, 15. Life on land, ORDOVICIAN, Animal groups, Geography, 13. Climate action, [SDU.STU.CL]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Climatology, Earth and Environmental Sciences, General Circulation Model, DRIVER, Ordovician, MARINE
Abstract: Marine ecosystems with a diverse range of animal groups became established during the early Cambrian (~541 to ~509 Ma). However, Earth’s environmental parameters and palaeogeography in this interval of major macro-evolutionary change remain poorly constrained. Here, we test contrasting hypotheses of continental configuration and climate that have profound implications for interpreting Cambrian environmental proxies. We integrate general circulation models and geological observations to test three variants of the ‘Antarctocentric’ paradigm, with a southern polar continent, and an ‘equatorial’ configuration that lacks polar continents. This quantitative framework can be applied to other deep-time intervals when environmental proxy data are scarce. Our results show that the Antarctocentric palaeogeographic paradigm can reconcile geological data and simulated Cambrian climate. Our analyses indicate a greenhouse climate during the Cambrian animal radiation, with mean annual sea-surface temperatures between ~9 °C to ~19 °C and ~30 °C to ~38 °C for polar and tropical palaeolatitudes, respectively., There is a lot of uncertainty about what Earth’s climate and geography were like in the early Cambrian, when animal life diversified throughout the oceans. Here we show that numeric comparisons of model simulations and climatically influenced rocks can help constrain geography and climate during this time.
Published: 2021

23. Simulating transition: an introduction to spatio-temporel models

Author: Banos, Arnaud, Le Néchet, Florent, Marie-Jeanne, Ouriachi, Franc, Alain, Identités et Différenciation de l'Environnement des Espaces et des Sociétés (IDEES), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Institut de Recherche Interdisciplinaire Homme et Société (IRIHS), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Culture et Environnements, Préhistoire, Antiquité, Moyen-Age (CEPAM), Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA), Identité et Différenciation de l’Espace, de l’Environnement et des Sociétés (IDEES), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire Homme et Société (IRIHS), Normandie Université (NU), Laboratoire Ville, Mobilité, Transport (LVMT), École des Ponts ParisTech (ENPC)-Université Gustave Eiffel, Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Léna Sanders, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire Homme et Société (IRIHS), and Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN)
Subjects: [SHS.ARCHEO]Humanities and Social Sciences/Archaeology and Prehistory, probability, diffusion, [MATH.MATH-DS]Mathematics [math]/Dynamical Systems [math.DS], interaction, transition, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, migration, simulation, [SHS]Humanities and Social Sciences, [INFO.INFO-AI]Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI], modelling, attractor, complexity, [SHS.HIST]Humanities and Social Sciences/History, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2021

24. Towards integrated systems of cities (France, 18th-19th centuries)

Author: Bretagnolle, Anne, Franc, Alain, Géographie-cités (GC (UMR_8504)), Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Sanders Lena, and Bretagnolle, Anne
Subjects: urbanisation, [SHS.GEO] Humanities and Social Sciences/Geography, COUV, route, speed, hierarchy, PARIS team, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, graph, system, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, innovation, road, information, modelling, city, network, [INFO.INFO-MO] Computer Science [cs]/Modeling and Simulation
Abstract: International audience
Published: 2021

25. Statistical methods for ecoviromics of rodent reservoirs of zoonoses in French Guiana

Author: Franc, Alain, Peyrard, Nathalie, Tirera, Sourakhata, de Thoisy, Benoit, Donato, Damien, Lavergne, Anne, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Pasteur de la Guyane, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Peyrard, Nathalie, Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, and Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRAE)
Subjects: [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [MATH] Mathematics [math], [MATH]Mathematics [math], [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2020

26. Modéliser les interactions du vivant, en lien avec les milieux et les contextes socio-économiques

Author: Chantal Gascuel, Francoise Lescourret, Herve Monod, Lionel Roques, David Bohan, Evelyne Costes, Pierre Courtois, Frédéric Fabre, Philippe Faverdin, Alain Franc, Thierry Hoch, Florence Phocas, Jean-Philippe Steyer, Marc Tchamitchian, Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département mathématiques, informatique, sciences de la donnée et technologies du numérique (MathNum), Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes méditerranéennes et Tropicales Corse - Antenne Corse (AGAP-Corse), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre d'Economie de l'Environnement - Montpellier (CEE-M), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE), Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale (BIOEPAR), École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de Biotechnologie de l'Environnement [Narbonne] (LBE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Unité de recherche d'Écodéveloppement (ECODEVELOPPEMENT), Caquet, Thierry Gascuel, Chantal Tixier-Boichard, Michèle Coordination éditoriale, EL Mjiyad, Noureddine, Caquet, Thierry Gascuel, Chantal Tixier-Boichard, Michèle Coordination éditoriale, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre d'Economie de l'Environnement - Montpellier - UMR 5211 (CEE-M), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Université Paris-Saclay-AgroParisTech-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)
Subjects: [SDE] Environmental Sciences, [SDE]Environmental Sciences
Abstract: International audience; L’agroécologie a été choisie par l’Inra comme l’un des chantiers de prospective interdisciplinaire destiné à identifier les fronts de recherche en réponse à de grands défis sociétaux. Quatre-vingt chercheurs ont dressé un bilan, et proposé des pistes de recherche pour l’agroécologie, et cet ouvrage en synthétise les principales conclusions. L’agroécologie, en tant que discipline scientifique, remettant l’écologie au centre de la conception des systèmes agricoles, est maintenant bien présente. Diversifier le vivant dans des agroécosystèmes est une visée à large spectre, pour les rendre plus robustes, plus résilients. Les recherches en génétique et en écologie du paysage sont mobilisées pour que l’agroécologie utilise des leviers de la parcelle au paysage. La modélisation des systèmes agroécologiques se développe pour mieux comprendre les interactions biotiques et abiotiques multiples, les prédire, et commencer à piloter certains systèmes. La diversification du vivant dans la production agricole (espèces, variétés, successions culturales, etc.) conduit à des produits plus variés. Les conséquences seront importantes sur les filières, ou plus exactement sur les systèmes agri-alimentaires, allant du mode de production aux produits consommés. Ces changements s’inscrivent sur le long terme. La transition agroécologique, adaptative, se coconstruisant avec les acteurs, est en soi un sujet de recherche, et pourra s’appuyer sur des dispositifs expérimentaux, des exploitations agricoles, des territoires d’innovation.
Published: 2020

27. A comprehensive, genus-level time-calibrated phylogeny of the tree flora of Mediterranean Europe and an assessment of its vulnerability

Author: Ilaria Spanu, Marcial Escudero, Anne Roig, Marwan Cheikh Albassatneh, Anne-Christine Monnet, Francesca Bagnoli, Agathe Leriche, Arndt Hampe, Frédéric Médail, Juan Arroyo, Giovanni G. Vendramin, Panayotis Dimopoulos, Gianluigi Bacchetta, Loic Ponger, Toni Nikolić, Bruno Fady, Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris (iEES Paris ), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Department of Plant Biology and Ecology, University of Seville, Structure et Instabilité des Génomes (STRING), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Faculty of Science [Zagreb], University of Zagreb, Centro Conservazione Biodiversità, Dipartimento di Scienze della Vita e dell’Ambiente, Università degli Studi di Cagliari, Institute of Biosciences and Bioressources (IBBR), Department of Biology, Division of Plant Biology, Laboratory of Botany, University of Patras, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Unité de Recherches Forestières Méditerranéennes (URFM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Erasmus Mundus ASSUR, Programme national PAUSE - Collège de France, ANR-11-LABX-0061,OTMed,Objectif Terre : Bassin Méditerranéen(2011), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Università degli Studi di Cagliari = University of Cagliari (UniCa), University of Patras [Patras], Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Aix Marseille Université (AMU)-Avignon Université (AU), Institute of Ecology and Environmental Sciences, Sorbonne University, Musée National d'Histoire Naturelle de Luxembourg (MNHN), Faculty of Science, University of Zagreb, UMR BioGeCo, INRA & Université Bordeaux, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Biodiversité, Gènes et Communautés, ANR: 11-LABX-0061,Labex OT- Med,ANR-11-LABEX-0061, and University of Patras
Subjects: 0106 biological sciences, Mediterranean climate, Flora, Plant Science, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Mediterranean Basin, Bayesian, DNA sequencing, 03 medical and health sciences, Tree (descriptive set theory), Genus, Molecular evolution, Phylogenetics, mating system, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Ecology, molecular evolution, Woody plants, conservation, plastid DNA, Maximum likelihood, 15. Life on land, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Geography, [SDE]Environmental Sciences
Abstract: International audience; We produced the first time-calibrated phylogeny of all 64 native tree genera occurring on the European side of the Mediterranean Basin. This phylogeny is based on 3 plastid DNA sequences (rbcL matK and trnH-psbA), 4 recognized fossil dates and 10 secondary calibrations. Based on the inferred topology, we then tested whether the investigated tree flora exhibits phylogenetic clustering in both life-history traits known to influence reproduction and species' vulnerability to extinction. Our topology and the estimated dates mostly conform to published partial phylogenies and are highly congruent with the Angiosperm Phylogeny Group classification except for some minor incongruences including the still debated phylogenetic position of Magnoliids. The four strictly endemic genera of the Mediterranean Basin (Chamaerops, Phillyrea, Spartium and Tetraclinis) all showed emergence dates (11-72 Ma) long before the onset of the Mediterranean climate. We did not find any imprints of phylogenetic sorting processes on the life-history traits we studied, except for the mode of seed dispersal, which showed a clustered distribution across our topology. The presence of species at risk of potential extinction within a given genus was randomly distributed along the phylogenetic tree. Species with deficient data were significantly nested within a few of the most recently evolved angiosperm genera. Our analysis closes knowledge gaps and provides a valuable basis for studying the biogeo-graphical and ecological processes that have generated the Mediterranean tree flora. It can also inform conservation planning strategies that aim at broadening traditional taxonomy-focused perspectives with components of evolutionary history and phylogenetic singularity.
Published: 2020

28. Key questions for next-generation biomonitoring

Author: Andreas Makiola, Zacchaeus G. Compson, Donald J. Baird, Matthew A. Barnes, Sam P. Boerlijst, Agnès Bouchez, Georgina Brennan, Alex Bush, Elsa Canard, Tristan Cordier, Simon Creer, R. Allen Curry, Patrice David, Alex J. Dumbrell, Dominique Gravel, Mehrdad Hajibabaei, Brian Hayden, Berry van der Hoorn, Philippe Jarne, J. Iwan Jones, Battle Karimi, Francois Keck, Martyn Kelly, Ineke E. Knot, Louie Krol, Francois Massol, Wendy A. Monk, John Murphy, Jan Pawlowski, Timothée Poisot, Teresita M. Porter, Kate C. Randall, Emma Ransome, Virginie Ravigné, Alan Raybould, Stephane Robin, Maarten Schrama, Bertrand Schatz, Alireza Tamaddoni-Nezhad, Krijn B. Trimbos, Corinne Vacher, Valentin Vasselon, Susie Wood, Guy Woodward, David A. Bohan, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Environment and Climate Change Canada, University of New Brunswick (UNB), Texas Tech University [Lubbock] (TTU), Naturalis Biodiversity Center [Leiden], Leiden University, Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques (CARRTEL), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Bangor University, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Molecular Ecology and Fisheries Genetics Laboratory, School of Biological Sciences, Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Université de Sherbrooke (UdeS), Department of Integrative Biology & Biodiversity Institute of Ontario, University of Guelph, Simon Fraser University (SFU.ca), School of Biological and Chemical Sciences, Queen Mary University of London (QMUL), Bowburn Consultancy, Évolution, Écologie et Paléontologie (Evo-Eco-Paleo) - UMR 8198 (Evo-Eco-Paléo), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Google Inc., Department of genetics and evolution, University of Geneva [Switzerland], Université de Montréal (UdeM), Plymouth Marine Laboratory (PML), PML, Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical (UMR PVBMT), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de La Réunion (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Syngenta, Institut National Agronomique Paris-Grignon (INA P-G), Department of Computing, Imperial College London, Bio-Protection Research Centre, Lincoln University, Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Biodiversité, Gènes et Communautés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Sherbrooke [Sherbrooke], Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Université de Montréal [Montréal], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Universiteit Leiden, Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Évolution, Écologie et Paléontologie (Evo-Eco-Paleo) - UMR 8198 (Evo-Eco-Paléo (EEP)), Université de Genève = University of Geneva (UNIGE), Natural Environment Research Council (NERC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3), INRAE UMR IGEPP RENNES FRA, Partenaires IRSTEA, and Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)
Subjects: 0106 biological sciences, Computer science, [SDV.SA.AGRO]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, DIVERSITY, 01 natural sciences, Field (computer science), TEXT, Biomonitoring, 0502 Environmental Science and Management, lcsh:Environmental sciences, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, General Environmental Science, lcsh:GE1-350, 0303 health sciences, Biodiversity assessment, Suite, SCIENCE, METRICS, artificial intelligence, NETWORKS, biodiversity assessment, PARADIGM, [SDE]Environmental Sciences, Évaluation des ressources, P01 - Conservation de la nature et ressources foncières, Biodiversité, Environmental risk management, Life Sciences & Biomedicine, Écosystème, INDEXES, Environmental Sciences & Ecology, 010603 evolutionary biology, Surveillance de l’environnement, 03 medical and health sciences, QH301, ecological networks, PLANT, QH426, 030304 developmental biology, Science & Technology, Frame (networking), [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, 15. Life on land, Data science, Ecological network, MICROBIOME, metabarcoding, Key (cryptography), eDNA, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ENVIRONMENTAL DNA, Environmental Sciences, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: International audience; Classical biomonitoring techniques have focused primarily on measures linked to various biodiversity metrics and indicator species. Next-generation biomonitoring (NGB) describes a suite of tools and approaches that allow the examination of a broader spectrum of organizational levels-from genes to entire ecosystems. Here, we frame 10 key questions that we envisage will drive the field of NGB over the next decade. While not exhaustive, this list covers most of the key challenges facing NGB, and provides the basis of the next steps for research and implementation in this field. These questions have been grouped into current- and outlook-related categories, corresponding to the organization of this paper.
Published: 2020

29. A global database for metacommunity ecology, integrating species, traits, environment and space

Author: Ramiro de Campos, Julia Ramos Miranda, Sandrine Pavoine, Sylvain Dolédec, Joshua Adam Drew, David Mouillot, Elizabeth C. Lowe, Robin J. Pakeman, Willem Renema, Heloise Gibb, Nicole J. de Voogd, Sen-Her Shieh, Triin Reitalu, Stéphane Chantepie, Jan Żarnowiec, Guillaume Fried, Roel van Klink, Núria Bonada, Sébastien Villéger, Daniel F. R. Cleary, Anthony Eallonardo, Damian Chmura, Bjorn J. M. Robroek, William K. Cornwell, Monika Staniaszek-Kik, Christoph F. J. Meyer, Martin J. Westgate, Valérie Raevel, Cédric Frenette-Dussault, Frank Dziock, Cajo J. F. ter Braak, Alienor Jeliazkov, Nadia Barsoum, Adrià López-Baucells, Philippe Choler, Darko Mijatovic, Anik Brind'Amour, Michal Stanko, Helena Castro, Mark C. Urban, Belinda Gallardo, Maxim Zolotarev, Francesco Pomati, Alessandro Ossola, Andrés Mellado-Díaz, Luc Barbaro, Raphaël Arlettaz, R.M.A. Wegman, Thiago Gonçalves-Souza, Melanie J. Edgar, Alena Bartonova, Francisco Leonardo Tejerina-Garro, Nigel R. Andrew, Burak K. Pekin, Myles H. M. Menz, Karen M. Chong-Seng, Joan Pino, Jonathan M. Chase, Elena Belskaya, Jean-Yves Humbert, Ignacio Ribera, Oliver Purschke, Koenraad Martens, Arnaud Pocheville, Jonas O. Wolff, Boris R. Krasnov, Peter Poschlod, Ricardo Rocha, Peter Meffert, Domingo Flores Hernandez, Rebecca Spake, A. Cormont, Janet Higuti, Rodrigo Assis de Carvalho, Eric Le Saux, Natalie Robinson, Zoë Lindo, Fábio Z. Farneda, Honor C. Prentice, Bryndís Marteinsdóttir, German Centre for Integrative Biodiversity Research, German Research Foundation, Fédération Île de France de Recherche en Environnement, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (Brasil), Swiss National Science Foundation, Centre d'Ecologie et des Sciences de la COnservation (CESCO), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), A.N. Severtsov Institute of Ecology and Evolution, Russian Academy of Sciences [Moscow] (RAS), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Alice Holt Research Station, Forest Research [Great Britain], University of South Bohemia, Grup de Recerca 'Freshwater Biology and Management' (FEM), Universitat de Barcelona (UB), Severtsov Institute of Ecology and Evolution, Biodiversité, Gènes et Communautés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Forest Research, Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer - Nantes (IFREMER Nantes), Université de Nantes (UN), Centre for Functional Ecology, University of Coimbra [Portugal] (UC), Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Université Grenoble Alpes (UGA), Naturalis Biodiversity Center [Leiden], Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Applied and Restoration Ecology Group, Pyrenean Institute of Ecology, Department of Ecology, State University of Maringá, Ramon Science Center and Mitrani Department of Desert Ecology, Ben-Gurion University of the Negev (BGU), University of Western Ontario (UWO), Aquatic and Terrestrial Ecology, Operational Directorate Natural Environment, Royal Belgian Institute of Natural Sciences (RBINS), Ecosystèmes lagunaires : organisation biologique et fonctionnement (ECOLAG), Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), The University of Sydney, Universität Regensburg (REGENSBURG), Universität Regensburg, Lund University [Lund], German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv), Laboratoire des Sciences de l'Environnement, Universitat Pompeu Fabra [Barcelona], Institute of Zoology, Slovak Academy of Science [Bratislava] (SAS), Université de Montpellier (UM), Peace Research Institute Frankfurt (PRIF), Hessische Stiftung Friedens- und Konfliktforschung, Martin-Luther-University Halle-Wittenberg, Universität Zürich [Zürich] = University of Zurich (UZH), University of New England (UNE), Institute of Ecology and Evolution [Bern, Switzerland], University of Bern, Dynamiques et écologie des paysages agriforestiers (DYNAFOR), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre for Ecosystems, Society and Biosecurity, Forest Research, Alice Holt Lodge, Biology Centre of the Czech Academy of Sciences (BIOLOGY CENTRE CAS), Czech Academy of Sciences [Prague] (CAS), Ural Branch of Russian Academy of Sciences (UB RAS), Institute of Plant and Animal Ecology, Institut de Recerca de la Biodiversitat - Biodiversity Research Institute [Barcelona, Spain] (IRBio UB), Department de Biologia Evolutiva, Ecologia i Ciències Ambientals, University of Barcelona, Écologie et Modèles pour l'Halieutique (IFREMER EMH), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer - Atlantique (IFREMER Atlantique), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Universidade Estadual de Goiás (UEG), University of Bielsko-Biala, Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA ), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), ARC Centre of Excellence for Coral Reef Studies (CoralCoE), James Cook University (JCU), Centro de Estudos do Ambiante e do Mar (CESAM), Universidade de Aveiro, National Penghu University of Science and Technology, Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), Wageningen Environmental Research, Evolution and Ecology Research Centre [UNSW Sydney], School of Biological, Earth and Environmental Sciences [Sydney] (BEES), University of New South Wales [Sydney] (UNSW)-University of New South Wales [Sydney] (UNSW), Laboratorio de Ictiología, Instituto Nacional de Limnología [Santa Fe] (INALI), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas [Buenos Aires] (CONICET)-Universidad Nacional del Litoral [Santa Fe] (UNL)-Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas [Buenos Aires] (CONICET)-Universidad Nacional del Litoral [Santa Fe] (UNL), Universidade Estadual de Maringà (UEM), Institute of Environmental Sciences [Leiden] (CML), Leiden University, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), SUNY College of Environmental Science and Forestry (SUNY-ESF), State University of New York (SUNY), Dresden University of Applied Sciences, OBG, Part of Ramboll, The Natural History Museum [London] (NHM), State University of Rio de Janeiro, Smithsonian Tropical Research Institute, Centre for Ecology - Evolution and Environmental Changes (cE3c), Universidade de Lisboa (ULISBOA), Universidad Autónoma de Campeche, Institut de Recherches en Biologie Végétale [Montréal] (IRBV), Université de Montréal (UdeM), Unité entomologie et plantes invasives, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Pyrenean Institute of Ecology (IPE), Spanish National Research Council (CSIC), La Trobe University [Melbourne], Rural Federal University of Pernambuco, The Jacob Blaustein Institutes for Desert Research (BIDR), Mitrani Department of Desert Ecology, Jacob Blaustein Institute for Desert Research, Museu de Ciencies Naturals de Granollers, Macquarie University [Sydney], The soil conservation service of Iceland (SCSI), Universiteit Gent = Ghent University [Belgium] (UGENT), Imprint, Universidad de Murcia, Departamento de Ecología e Hidrología. Facultad de Biología. Universidad de Murcia. 30100 Murcia. Spain, Max Planck Institute for Ornithology, Max-Planck-Gesellschaft, University of Salford, School of Environmental and Life Sciences, MARine Biodiversity Exploitation and Conservation (UMR MARBEC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), The James Hutton Institute, Istanbul Technical University (ITÜ), Avrasya Yer Bilimleri Enstitüsü = Eurasia Institute of Earth Sciences [Istanbul] (AYBE), CREAF - Centre for Ecological Research and Applied Forestries, Evolution et Diversité Biologique (EDB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Swiss Federal Insitute of Aquatic Science and Technology [Dübendorf] (EAWAG), University of Regensburg, Department of Ecology and Conservation Biology, Department of Physical Geography and Ecosystem Science [Lund], Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Tallinn University of Technology (TTÜ), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF), Institute of Evolutionary Biology (UPF-CSIC), CEXS-UPF-PRBB, National ecological observatory network, University of Colorado [Boulder], Department of Ecology and Evolutionary Biology [Boulder], University of Southampton, Providence University, School of Geography and Environmental Sciences, University of Lódź, Institute of Parasitology [České Budějovice] (BIOLOGY CENTRE CAS), Czech Academy of Sciences [Prague] (CAS)-Czech Academy of Sciences [Prague] (CAS), Institute of Zoology Slovak Academy of Sciences, Centro de Biologia Aquática, Escola de Ciências Agrárias e Biológicas, Pontifícia Universidade Católica de Goiás, Biometris, University of Connecticut (UCONN), Fenner School of Environment and Society, Australian National University (ANU), This work was funded by the German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv) Halle-Jena-Leipzig (funded by the German Research Foundation, DFG FZT 118). We thank Jitendra Gaikwad for his precious help with the technical aspects of the database storage and management through the iDiv Biodiversity Portal (https://idata.idiv.de/, https://doi.org/10.25829/idiv.286-21-2695) and the iDiv IT Support for their help in the CESTES website development (https://icestes.github.io/).The datasets provided by A. Jeliazkov were collected with financial support from the Federation d'Ile-de-France pour la Recherche en Environnement (FIRE FR-3020). The dataset provided by R. Carvalho and F.L. Tejerina-Garro had financial support from the Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientifico e Tecnologico (CNPq No. 471283/2006-1) granted to FLTG. The datasets provided by R. van Klink, J.-Y. Humbert, R. Arlettaz and M.H. M. Menz were collected with financial support from the Swiss National Science Foundation (grants 31003A_125398/2 and 31003A_149656) awarded to RA., Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Écologie et Modèles pour l'Halieutique (EMH), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Centre for Functional ecology, Universiteit Leiden, Universidade de Lisboa = University of Lisbon (ULISBOA), Unité entomologie et plantes invasives (LSV Montpellier), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Instituto Pirenaico de Ecologìa = Pyrenean Institute of Ecology [Zaragoza] (IPE - CSIC), Universiteit Gent = Ghent University (UGENT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Subjects: 0106 biological sciences, Biodiversity, DIVERSITY, computer.software_genre, 01 natural sciences, VARIABLES, Aardobservatie en omgevingsinformatica, Biodiversiteit en Beleid, Taxonomic rank, PLANT FUNCTIONAL TRAITS, lcsh:Science, Macroecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Database, Ecology, Statistics, Community structure, Plants, PE&RC, Biota, Computer Science Applications, Geography, Biometris, Trait, LIFE-HISTORY TRAITS, Statistics, Probability and Uncertainty, COMMUNITY STRUCTURE, Information Systems, Metacommunity, Statistics and Probability, Earth Observation and Environmental Informatics, Life on Land, Ecology (disciplines), BIOLOGICAL TRAITS, MODELS, Library and Information Sciences, 010603 evolutionary biology, Biodiversity and Policy, Life history theory, Education, Database management, ddc:570, Animals, Life Science, Community ecology, Author Correction, Gestió de bases de dades, SPERMONDE-ARCHIPELAGO, Community, 010604 marine biology & hydrobiology, 15. Life on land, Biodiversitat, Research data, Earth and Environmental Sciences, Dades de recerca, lcsh:Q, Probability and Uncertainty, BIODIVERSITY, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, computer, RESPONSES
Abstract: The use of functional information in the form of species traits plays an important role in explaining biodiversity patterns and responses to environmental changes. Although relationships between species composition, their traits, and the environment have been extensively studied on a case-by-case basis, results are variable, and it remains unclear how generalizable these relationships are across ecosystems, taxa and spatial scales. To address this gap, we collated 80 datasets from trait-based studies into a global database for metaCommunity Ecology: Species, Traits, Environment and Space; “CESTES”. Each dataset includes four matrices: species community abundances or presences/absences across multiple sites, species trait information, environmental variables and spatial coordinates of the sampling sites. The CESTES database is a live database: it will be maintained and expanded in the future as new datasets become available. By its harmonized structure, and the diversity of ecosystem types, taxonomic groups, and spatial scales it covers, the CESTES database provides an important opportunity for synthetic trait-based research in community ecology., This work was funded by the German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv) Halle-Jena-Leipzig (funded by the German Research Foundation; DFG FZT 118). We thank Jitendra Gaikwad for his precious help with the technical aspects of the database storage and management through the iDiv Biodiversity Portal (https://idata.idiv.de/, https://doi.org/10.25829/idiv.286-21-2695) and the iDiv IT Support for their help in the CESTES website development (https://icestes.github.io/). The datasets provided by A. Jeliazkov were collected with financial support from the Fédération d’Ile-de-France pour la Recherche en Environnement (FIRE FR-3020). The dataset provided by R. Carvalho and F.L. Tejerina-Garro had financial support from the Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq No. 471283/2006-1) granted to FLTG. The datasets provided by R. van Klink, J.-Y. Humbert, R. Arlettaz and M.H.M. Menz were collected with financial support from the Swiss National Science Foundation (grants 31003A_125398/2 and 31003A_149656) awarded to RA.
Published: 2020

30. The resilience of perennial grasses under two climate scenarios is correlated with carbohydrate metabolism in meristems

Author: Catherine Picon-Cochard, Annette Morvan-Bertrand, Marine Zwicke, Damien Landais, Marie-Lise Benot, Florence Volaire, Angela Augusti, Marie-Pascale Prud'homme, Jacques Roy, Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3), Ecophysiologie Végétale, Agronomie et Nutritions (EVA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biodiversité, Gènes et Communautés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Ecophysiologie Végétale, Agronomie et Nutritions NCS (EVA), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), CNR Institute of Ecosystem Study (ISE), National Research Council of Italy | Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR), Écotron Européen de Montpellier, Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Equipe Alimentation, Squelette et Métabolismes (INRA UMR1019 - UCA), Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Écotron Européen de Montpellier - UPS 3248
Subjects: 0106 biological sciences, Sucrose, 010504 meteorology & atmospheric sciences, Perennial plant, Physiology, Climate, Climate Change, [SDV]Life Sciences [q-bio], Holcus, Meristem, Plant Science, 01 natural sciences, Fructan, Species Specificity, Ecosystem, Extreme Weather, Dactylis, Relative species abundance, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 0105 earth and related environmental sciences, Holcus lanatus, 2. Zero hunger, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, biology, Resilience, food and beverages, Plant community, 15. Life on land, biology.organism_classification, Research Papers, Fructans, Plant Leaves, Dactylis glomerata, Agronomy, 13. Climate action, Plant—Environment Interactions, Carbohydrate Metabolism, Extreme climatic event, Elevated CO2, 010606 plant biology & botany
Abstract: Extreme climatic events (ECEs) such as droughts and heat waves affect ecosystem functioning and species turnover. This study investigated the effect of elevated CO2 on species’ resilience to ECEs. Monoliths of intact soil and their plant communities from an upland grassland were exposed to 2050 climate scenarios with or without an ECE under ambient (390 ppm) or elevated (520 ppm) CO2. Ecophysiological traits of two perennial grasses (Dactylis glomerata and Holcus lanatus) were measured before, during, and after ECE. At similar soil water content, leaf elongation was greater under elevated CO2 for both species. The resilience of D. glomerata increased under enhanced CO2 (+60%) whereas H. lanatus mostly died during ECE. D. glomerata accumulated 30% more fructans, which were more highly polymerized, and 4-fold less sucrose than H. lanatus. The fructan concentration in leaf meristems was significantly increased under elevated CO2. Their relative abundance changed during the ECE, resulting in a more polymerized assemblage in H. lanatus and a more depolymerized assemblage in D. glomerata. The ratio of low degree of polymerization fructans to sucrose in leaf meristems was the best predictor of resilience across species. This study underlines the role of carbohydrate metabolism and the species-dependent effect of elevated CO2 on the resilience of grasses to ECE., The contrasting resilience of two perennial grasses under future climate scenarios was associated with carbohydrate metabolism, such as fructan polymerization in leaf meristems, that could contribute to plant dehydration tolerance.
Published: 2020

31. Évaluation du risque simplifiée du tomato brown rugose fruit virus pour la France métropolitaine

Author: Eric Verdin, Pascal Gentit, Stéphan Steyer, Thierry Wetzel, Thomas Le Bourgeois, Marie-Helene Balesdent, Françoise Binet, Antonio Biondi, Philippe Castagnone, Péninna Deberdt, Nicolas Desneux, Marie Laure Desprez Loustau, Abraham ESCOBAR GUTIERREZ, Laurent Gentzbittel, Herve Jactel, David Makowski, Arnaud Monty, Maria Navajas, Xavier Nesme, Marie-Hélène Robin, François Verheggen, Christine Tayeh, Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Dienstleistungszentren Ländlicher Raum Rheinland-Pfalz, Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Catane, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Côte d'Azur (UCA), Fonctionnement agroécologique et performances des systèmes de cultures horticoles (UPR HORTSYS), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Centre International de Recherche sur l'Environnement et le Développement (CIRED), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-AgroParisTech-École des Ponts ParisTech (ENPC)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Liège, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Unité Entomologie fonctionnelle et évolutive, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail, Contrat : 2019-SA-0080, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Date de signature : 2019-04-25, Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fonctionnement agroécologique et performances des systèmes de cultures horticoles (Cirad-Persyst-UPR 103 HORTSYS), Département Performances des systèmes de production et de transformation tropicaux (Cirad-PERSYST), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Biodiversité, Gènes et Communautés, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École des Ponts ParisTech (ENPC)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-AgroParisTech, Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)
Subjects: risque phytosanitaire, virus phytopathogène, analyse de risques, description de symptomes, dissémination, tomato brown rugose fruit virus, état de l'art, semences, maladie émergente, culture legumiere, expertise scientifique, évaluation du risque, tobamovirus, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, piment, filière économique, tomate, phytopathogenic virus, outbreaks, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, emerging disease, résistance, pathologie végétale, épidémie
Abstract: Évaluation du risque simplifiée du tomato brown rugose fruit virus pour la France métropolitaine. Avis de l'Anses. Rapport d'expertise collective
Published: 2020

32. TRY plant trait database – enhanced coverage and open access

Author: Kattge, J., Bonisch, G., Diaz, S., Lavorel, S., Prentice, I. C., Leadley, P., Tautenhahn, S., Werner, G. D. A., Aakala, T., Abedi, M., Acosta, A. T. R., Adamidis, G. C., Adamson, K., Aiba, M., Albert, C. H., Alcantara, J. M., Alcazar, C C., Aleixo, I., Ali, H., Amiaud, B., Ammer, C., Amoroso, M. M., Anand, M., Anderson, C., Anten, N., Antos, J., Apgaua, D. M. G., Ashman, T. L., Asmara, D. H., Asner, G. P., Aspinwall, M., Atkin, O., Aubin, I., Baastrup-Spohr, L., Bahalkeh, K., Bahn, M., Baker, T., Baker, W. J., Bakker, J. P., Baldocchi, D., Baltzer, J., Banerjee, A., Baranger, A., Barlow, J., Barneche, D. R., Baruch, Z., Bastianelli, D., Battles, J., Bauerle, W., Bauters, M., Bazzato, E., Beckmann, M., Beeckman, H., Beierkuhnlein, C., Bekker, R., Belfry, G., Belluau, M., Beloiu, M., Benavides, R., Benomar, L., Berdugo-Lattke, M. L., Berenguer, E., Bergamin, R., Bergmann, J., Bergmann Carlucci, M., Berner, L., Bernhardt Romermann, M., Bigler, C., Bjorkman, A. D., Blackman, C., Blanco, C., Blonder, B., Blumenthal, D., Bocanegra Gonzalez, K. T., Boeckx, P., Bohlman, S., Bohning Gaese, K., Boisvert Marsh, L., Bond, W., Bond-Lamberty, B., Boom, A., Boonman, C. C. F., Bordin, K., Boughton, E. H., Boukili, V., Bowman, D. M. J. S., Bravo, S., Brende, l M. R., Broadley, M. R., Brown, K. A., Bruelheide, H., Brumnich, F., Bruun, H. H., Bruy, D., Buchanan, S. W., Bucher, S. F., Buchmann, N., Buitenwerf, R., Bunker, D. E., Burge, r J., Burrascano, S., Burslem, D. F. R. P., Butterfield, B. J., Byun, C., Marques, M., Scalon, M. C., Caccianiga, M., Cadotte, M., Cailleret, M., Camac, J., Camarero, J. J., Campany, C., Campetella, G., Campos, J. A., Cano Arboleda, L., Canullo, R., Carbognani, M., Carvalho, F., Casanoves, F., Castagneyrol, B., Catford, J. A., Cavender Bares, J., Cerabolini, B. E. L., Cervellini, M., Chacon Madrigal, E., Chapin, K., Chapin, F. S., Chelli, S., Chen, S. C., Chen, A., Cherubini, P., Chianucci, F., Choat, B., Chung, K. S., Chytry, M., Ciccarelli, D., Coll, L., Collins, C. G., Conti, L., Coomes, D., Cornelissen, J. H. C., Cornwell, W. K., Corona, P., Coyea, M., Craine, J., Craven, D., Cromsigt, J. P. G. M., Csecserits, A., Cufar, K., Cuntz, M., da Silva, A. C., Dahlin, K. M., Dainese, M., Dalke, I., Dalle Fratte, M., Dang Le, A. T., Danihelka, J., Dannoura, M., Dawson, S., de Beer, A. J., De Frutos, A., De Long, J. R., Dechant, B., Delagrange, S., Delpierre, N., Derroire, G., Dias, A. S., Diaz Toribio, M. H., Dimitrakopoulos, P. G., Dobrowolski, M., Doktor, D., Drevojan, P., Dong, N., Dransfield, J., Dressler, S., Duarte, L., Ducouret, E., Dullinger, S., Durka, W., Duursma, R., Dymova, O., E- Vojtko, A., Eckstein, R. L., Ejtehadi, H., Elser, J., Emilio, T., Engemann, K., Erfanian, M. B., Erfmeier, A., Esquivel Muelbert, A., Esser, G., Estiarte, M., Domingues, T. F., Fagan, W. F., Fagundez, J., Falster, D. S., Fan, Y., Fang, J., Farris, E., Fazlioglu, F., Feng, Y., Fernandez, Mendez, Ferrara, C., Ferreira, J., Fidelis, A., Finegan, B., Firn, J., Flowers, T. J., Flynn, D. F. B., Fontana, V., Forey, E., Forgiarini, C., Francois, L., Frangipani, M., Frank, D., Frenette Dussault, C., Freschet, G. T., Fry, E. L., Fyllas, N. M., Mazzochini, G. G., Gachet, S., Gallagher, R., Ganade, G., Ganga, F., Garcia Palacios, P., Gargaglione, V., Garnier, E., Garrido, J. L., de Gasper, A. L., Gea Izquierdo, G., Gibson, D., Gillison, A. N., Giroldo, A., Glasenhardt, M. C., Gleason, S., Gliesch, M., Goldberg, E., Goldel, B., Gonzalez Akre, E., Gonzalez Andujar, J. L., Gonzalez Melo, A., Gonzalez Robles, A., Graae, B. J., Granda, E., Graves, S., Green, W. A., Gregor, T., Gross, N., Guerin, G. R., Gunther, A., Gutierrez, A. G., Haddock, L., Haines, A., Hall, J., Hambuckers, A., Han, W., Harrison, S. P., Hattingh, W., Hawes, J. E., He, T., He, P., Heberling, J. M., Helm, A., Hempel, S., Hentschel, J., Herault, B., Heres, A. M., Herz, K., Heuertz, M., Hickler, T., Hietz, P., Higuchi, P., Hipp, A. L., Hirons, A., Hock, M., Hogan, J. A., Holl, K., Honnay, O., Hornstein, D., Hou, E., Hough Snee, N., Hovstad, K. A., Ichie, T., Igic, B., Illa, E., Isaac, M., Ishihara, M., Ivanov, L., Ivanova, L., Iversen, C. M., Izquierdo, J., Jackson, R. B., Jackson, B., Jactel, H., Jagodzinsk, A. M., Jandt, U., Jansen, S., Jenkins, T., Jentsch, A., Jespersen, J. R. P., Jiang, G. F., Johansen, J. L., Johnson, D., Jokela, E. J., Joly, C. A., Jordan, G. J., Joseph, G. S., Junaedi, D., Junker, R. R., Justes, E., Kabzems, R., Kane, J., Kaplan, Z., Kattenborn, T., Kavelenova, L., Kearsley, E., Kempel, A., Kenzo, T., Kerkhoff, A., Khalil, M. I., Kinlock, N. L., Kissling, W. D., Kitajima, K., Kitzberger, T., Kjoller, R., Klein, T., Kleyer, M., Klimesova, J., Klipel, J., Kloeppel, B., Klotz, S., Knops, J. M. H., Kohyama, T., Koike, F., Kollmann, J., Komac, B., Komatsu, K., Konig, C., Kraft, N. J. B., Kramer, K., Kreft, H., Kuhn, I., Kumarathune, D., Kuppler, J., Kurokawa, H., Kurosawa, Y., Kuyah, S., Laclau, J. P., Lafleur, B., Lallai, E., Lamb, E., Lamprecht, A., Larkin, D. J., Laughlin, D., Le Bagousse Pinguet, Y., le Maire, G., le Roux, P. C., le Roux, E., Lee, T., Lens, F., Lewis, S. L., Lhotsky, B., Li, Y., Li, X., Lichstein, J. W., Liebergesell, M., Lim, J. Y., Lin, Y. S., Linares, Y. C., Liu, C., Liu, D., Liu, U., Livingstone, S., Llusia, J., Lohbeck, M., Lopez Garcia, A., Lopez Gonzalez, G., Lososov, a Z., Louault, F., Lukacs, B. A., Lukes, P., Luo, Y., Lussu, M., Ma, S., Maciel Rabelo Pereira, C., Mack, M., Maire, V., Makela, A., Makinen, H., Malhado, A. C. M., Mallik, A., Manning, P., Manzoni, S., Marchetti, Z., Marchino, L., Marcilio Silva, V., Marcon, E., Marignani, M., Markesteijn, L., Martin, A., Martinez Garza, C., Martinez Vilalta, J., Maskova, T., Mason, K., Mason, N., Massad, T. J., Masse, J., Mayrose, I., Mccarthy, J., Mccormack, M. L., Mcculloh, K., Mcfadden, I., Mcgill, B. J., Mcpartland, M. Y., Medeiros, J., Medlyn, B., Meerts, P., Mehrabi, Z., Meir, P., Melo, F., P. L., Mencuccini, M., Meredieu, C., Messier, J., Meszaros, I., Metsaranta, J., Michaletz, S. T., Michelaki, C., Migalina, S., Milla, R., Miller, J., E. D., Minden, V., Ming, R., Mokany, K., Moles, A. T., Molnar, A., Molofsky, J., Molz, M., Montgomery, R. A., Monty, A., Moravcova, L., Moreno Martinez, A., Moretti, M., Mori, A. S., Mori, S., Morris, D., Morrison, J., Mucina, L., Mueller, S., Muir, C. D., Muller, S. C., Munoz, F., Myers Smith, I. H., Myster, R. W., Nagano, M., Naidu, S., Narayanan, A., Natesan, B., Negoita, L., Nelson, A. S., Neuschulz, E. L., Ni, J., Niedrist, G., Nieto, J., Niinemets, U., Nolan, R., Nottebrock, H., Nouvellon, Y., Novakovskiy, A., Nystuen, K. O., O'Grady, A., O'Hara, K., O'Reilly Nugent, A., Oakley, S., Oberhuber, W., Ohtsuka, T., Oliveira, R., Ollerer, K., Olson, M. E., Onipchenko, V., Onoda, Y., Onstein, R. E., Ordonez, J. C., Osada, N., Ostonen, I., Ottaviani, G., Otto, S., Overbeck, G. E., Ozinga, W. A., Pahl, A. T., Paine, C. E. T., Pakeman, R. J., Papageorgiou, A. C., Parfionova, E., Partel, M., Patacca, M., Paula, S., Paule, J., Pauli, H., Pausas, J., Peco, B., Penuelas, J., Perea, A., Peri, P. L., Petisco Souza, A. C., Petraglia, A., Petritan, A. M., Phillips, O. L., Pierce, S., Pillar, V. D., Pisek, J., Pomogaybin, A., Poorter, H., Portsmuth, A., Poschlod, P., Potvin, C., Pounds, D., Powell, A., Power, S. A., Prinzing, A., Puglielli, G., Pysek, P., Raevel, V., Rammig, A., Ransijn, J., Ray, C. A., Reich, P. B., Reichstein, M., Reid, D. E. B., Rejou Mechain, M., de Dios, V. R., Ribeiro, S., Richardson, S., Riibak, K., Rillig, M. C., Riviera, F., Robert, E. M. R., Roberts, S., Robroek, B., Roddy, A., Rodrigues, A. V., Rogers, A., Rollinson, E., Rolo, V., Romermann, C., Ronzhina, D., Roscher, C., Rosell, J. A., Rosenfield, M. F., Rossi, C., Roy, D. B., Royer Tardif, S., Ruger, N., Ruiz Peinado, R., Rumpf, S. B., Rusch, G. M., Ryo, M., Sack, L., Saldana, A., Salgado Negret, B., Salguero Gomez, R., Santa Regina, I., Santacruz Garcia, A. C., Santos, J., Sardans, J., Schamp, B., Scherer Lorenzen, M., Schleuning, M., Schmid, B., Schmidt, M., Schmitt, S., Schneider, J. V., Schowanek, S. D., Schrader, J., Schrodt, F., Schuldt, B., Schurr, F., Selaya Garvizu, G., Semchenko, M., Seymour, C., Sfair, J. C., Sharpe, J. M., Sheppard, C. S., Sheremetiev, S., Shiodera, S., Shipley, B., Shovon, T. A., Siebenkas, A., Sierra, C., Silva, V., Silva, M., Sitzia, T., Sjoman, H., Slot, M., Smith, N. G., Sodhi, D., Soltis, P., Soltis, D., Somers, B., Sonnier, G., Sorensen, M. V., Sosinski, E. E., Soudzilovskaia, N. A., Souza, A. F., Spasojevic, M., Sperandii, M. G., Stan, A. B., Stegen, J., Steinbauer, K., Stephan, J. G., Sterck, F., Stojanovic, D. B., Strydom, T., Suarez, M. L., Svenning, J. C., Svitkova, I., Svitok, M., Svoboda, M., Swaine, E., Swenson, N., Tabarelli, M., Takagi, K., Tappeiner, U., Tarifa, R., Tauugourdeau, S., Tavsanoglu, C., te Beest, M., Tedersoo, L., Thiffault, N., Thom, D., Thomas, E., Thompson, K., Thornton, P. E., Thuiller, W., Tichy, L., Tissue, D., Tjoelker, M. G., Tng, D. Y. P., Tobias, J., Torok, P., Tarin, T., Torres Ruiz, J. M., Tothmeresz, B., Treurnicht, M., Trivellone, V., Trolliet, F., Trotsiuk, V., Tsakalos, J. L., Tsiripidis, I., Tysklind, N., Umehara, T., Usoltsev, V., Vadeboncoeur, M., Vaezi, J., Valladares, F., Vamosi, J., van Bodegom, P. M., van Breugel, M., Van Cleemput, E., van de Weg, M., van der Merwe, S., van der Plas, F., van der Sande, M. T., van Kleunen, M., Van Meerbeek, K., Vanderwel, M., Vanselow, K. A., Varhammar, A., Varone, L., Vasquez Valderrama, M. Y., Vassilev, K., Vellend, M., Veneklaas, E. J., Verbeeck, H., Verheyen, K., Vibrans, A., Vieira, I., Villacis, J., Violle, C., Vivek, P., Wagner, K., Waldram, M., Waldron, A., Walker, A . P., Waller, M., Walther, G., Wang, H., Wang, F., Wang, W., Watkins, H., Watkins, J., Weber, U., Weedon, J. T., Wei, L., Weigelt, P., Weiher, E., Wells, A. W., Wellstein, C., Wenk, E., Westoby, M., Westwood, A., White, P. J., Whitten, M., Williams, M., Winkler, D. E., Winter, K., Womack, C., Wright, I. J., Wright, S. J., Wright, J., Pinho, B. X., Ximenes, F., Yamada, T., Yamaji, K., Yanai, R., Yankov, N., Yguel, B., Zanini, K. J., Zanne, A. E., Zeleny, D., Zhao, Y. P., Zheng, J., Zieminska, K., Zirbel, C. R., Zizka, G., Zo Bi, I. C., Zotz, G., Wirth, C., Systèmes d'élevage méditerranéens et tropicaux (UMR SELMET), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant - Clermont Auvergne (PIAF), Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), SILVA (SILVA), AgroParisTech-Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecologie des forêts de Guyane (UMR ECOFOG), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-Université de Guyane (UG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Ecologie fonctionnelle et biogéochimie des sols et des agro-écosystèmes (UMR Eco&Sols), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Unité Expérimentale Forêt Pierroton (UEFP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Max Planck Institute for Biogeochemistry Max Planck SocietyFoundation CELLEX German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv) Halle-Jena-Leipzig International Programme of Biodiversity Science (DIVERSITAS) International Geosphere-Biosphere Programme (IGBP) French Foundation for Biodiversity Research (FRB) GIS 'Climat, Environnement et Societe' France AXA Research Fund NERC Natural Environment Research Council Future Earth, Max Planck Institute for Biogeochemistry (MPI-BGC), Max-Planck-Gesellschaft, German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv), Instituto Multidisciplinario de Biología Vegetal [Córdoba] (IMBIV), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas [Buenos Aires] (CONICET)-Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales [Córdoba], Universidad Nacional de Córdoba [Argentina]-Universidad Nacional de Córdoba [Argentina], Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA ), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Imperial College London, Ecologie Systématique et Evolution (ESE), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Zoology [Oxford], University of Oxford, Balliol College, Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki, Tarbiat Modares University [Tehran], Università degli Studi Roma Tre = Roma Tre University (ROMA TRE), Department of Environment [Aegean], University of the Aegean, Institute of Ecology and Evolution [Bern, Switzerland], University of Bern, University of Tartu, Tohoku University [Sendai], Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universidad de Jaén (UJA), Instituto Alexander Von Humboldt, Bogota, Colombia, National Institute of Amazonian Research (INPA), Manaus, Brazil, Botany Department, Faculty of Science, Suez Canal University, Ismailia, Egypt, Laboratoire Agronomie et Environnement - Antenne Colmar (LAE-Colmar ), Laboratoire Agronomie et Environnement (LAE), Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Forest Sciences, University of Göttingen, Göttingen, Germany, Centre for Biodiversity and Sustainable Land-use [University of Göttingen] (CBL), Georg-August-University = Georg-August-Universität Göttingen, Instituto de Investigaciones en Recursos Naturales, Agroecología y Desarrollo Rural (IRNAD), Universidad Nacional de Río Negro, El Bolsón, Argentina, Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas [Buenos Aires] (CONICET), School of Environmental Sciences, University of Guelph, Pacific Northwest National Laboratory, Richland, WA, USA, University of Massachusetts [Amherst] (UMass Amherst), University of Massachusetts System (UMASS), Centre for Crop Systems Analysis, Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), University of Victoria [Canada] (UVIC), College of Science & Engineering, James Cook University, Smithfield, Qld, Australia, University of Pittsburgh, Pittsburgh, PA, USA, Centre for Forest Research, Institute for Integrative Systems Biology, Université Laval, Quebec, QC, Canada, Arizona State University, Tempe, AZ, USA, University of North Florida [Jacksonville] (UNF), Australian National University (ANU), Great Lakes Forestry Centre, Canadian Forest Service, Natural Resources Canada, Sault Ste. Marie, ON, Canada, Department of Biology [Copenhagen], Faculty of Science [Copenhagen], University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), Department of Ecology [Innsbruck], Leopold Franzens Universität Innsbruck - University of Innsbruck, University of Leeds, Royal Botanic Gardens Kew, Richmond, UK, Conservation Ecology, Groningen Institute for Evolutionary Life Sciences (GELIFES), University of Groningen, Groningen, The Netherlands, Lawrence Berkeley National Laboratory [Berkeley] (LBNL), Biology Department, Wilfrid Laurier University, Waterloo, ON, Canada, Department of Forest Resources, University of Minnesota, St. Paul, MN, USA, AgroParisTech, Lancaster Environment Centre, Lancaster University, University of Exeter, University of Adelaide, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Département Environnements et Sociétés (Cirad-ES), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), University of California [Berkeley] (UC Berkeley), University of California (UC), Department of Horticulture and Landscape Architecture, Colorado State University, Fort Collins, CO, USA, Universiteit Gent = Ghent University (UGENT), Università degli Studi di Cagliari = University of Cagliari (UniCa), Helmholtz Zentrum für Umweltforschung = Helmholtz Centre for Environmental Research (UFZ), Royal Museum for Central Africa, Tervuren, Belgium, Bayreuth Center of Ecology and Environmental Research (BayCEER), Groningen Institute of Archaeology (GIA), University of Groningen, Groningen, The Netherlands, Department of Biological Sciences, University of Tennessee, Knoxville, TN, USA, Rocky Mountain Biological Laboratory, Crested Butte, CO, USA, Département des Science, Université du Québec À Montréal, Montreal, QC, Canada, Department of Biogeography, University of Bayreuth, Bayreuth, Germany, Museo Nacional de Ciencias Naturales [Madrid] (MNCN), Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC), Université Laval, Quebec, QC, Canada, Instituto de Ciencias Naturales, Universidad Nacional de Colombia, Bogota, Colombia, Fundación Natura, Bogota, Colombia, Environmental Change Institute, Laboratório de Estudos em Vegetação Campestre (LEVCamp), Programa de Pós-Graduação em Botânica, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil, Freie Universität Berlin, Berlin-Brandenburg Institute of Advanced Biodiversity Research (BBIB), Berlin, Germany, Laboratório de Ecologia Funcional de Comunidades (LABEF), Departamento de Botânica, Universidade Federal do Paraná, Curitiba, Brazil, School of Informatics, Computing, and Cyber Systems (SICCS), Northern Arizona University [Flagstaff], Institute of Ecology and Evolution, Friedrich Schiller University Jena, Jena, Germany, ETH Zurich, Universitatstrasse 16, 8092 Zurich, Switzerland, University of Gothenburg (GU), Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant (PIAF), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Universidade Federal do Rio Grande do Sul [Porto Alegre] (UFRGS), School of Life Sciences, Arizona State University, Tempe, AZ, USA, USDA-ARS Rangeland Resources & Systems Research Unit, Fort Collins, CO, USA, Grupo de Investigación en Biodiversidad y Dinámica de Ecosistémas Tropicales - Universidad del Tolima, Ibagué, Colombia, Laboratory of Applied Physical Chemistry - ISOFYS (Gent, Belgium), School of Forest Resources and Conservation [Gainesville] (UF|IFAS|FFGS), Institute of Food and Agricultural Sciences [Gainesville] (UF|IFAS), University of Florida [Gainesville] (UF)-University of Florida [Gainesville] (UF), Senckenberg Biodiversity and Climate Research Centre, Frankfurt am Main, Germany, Department of Biological Sciences, Goethe Universität Frankfurt, Frankfurt am Main, Germany, Department of Biological Sciences, University of Cape Town, Cape Town, South Africa, SAEON Fynbos Node, Claremont, South Africa, Pacific Northwest National Laboratory, College Park, MD, USA, University of Leicester, Department of Environmental Science, Institute for Water and Wetland Research, Radboud University, Nijmegen, The Netherlands, Laboratório de Ecologia Vegetal (LEVEG), Programa de Pós-Graduação em Ecologia, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil, Archbold Biological Station’s Buck Island Ranch, FL, Lake Placid, USA, Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Connecticut, Storrs, CT, USA, University of Tasmania [Hobart, Australia] (UTAS), Facultad de Ciencias Forestales, Universidad Nacional de Santiago del Estero, Santiago del Estero, Argentina, Universität Hohenheim, School of Geography, University of Nottingham, Nottingham, UK, Department of Geography and Geology, Kingston University, Kingston upon Thames, UK, Martin-Luther-Universität Halle Wittenberg (MLU), Facultad de Ingeniería y Ciencias Hídricas, Universidad Nacional del Litoral (FICH-UNL), Santa Fe, Argentina, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [Nouvelle-Calédonie]), University of Toronto at Scarborough, Friedrich-Schiller-Universität = Friedrich Schiller University Jena [Jena, Germany], Section for Ecoinformatics and Biodiversity, Department of Bioscience, Aarhus University, Aarhus, Denmark, Center for Biodiversity Dynamics in a Changing World (BIOCHANGE), Department of Bioscience, Aarhus University, Aarhus, Denmark, New Jersey Institute of Technology [Newark] (NJIT), University of Rostock, Università degli Studi di Roma 'La Sapienza' = Sapienza University [Rome] (UNIROMA), School of Biological Sciences, University of Aberdeen, Aberdeen, UK, Center for Ecosystem Science and Society, Northern Arizona University, Flagstaff, AZ, USA, School of Civil and Environmental Engineering, Yonsei University, Seoul, Korea, Departamento de Botânica, SCB, UFPR – Federal University of Parana, Curitiba, Brazil, Centro Politécnico, Universidade Federal do Paraná, Curitiba, Brazil, Università degli Studi di Milano = University of Milan (UNIMI), Risques, Ecosystèmes, Vulnérabilité, Environnement, Résilience (RECOVER), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Department of Environmental Systems Science, ETH Zürich, Zürich, Switzerland, Swiss Federal Institute for Forest, Snow and Landscape Research WSL, Centre of Excellence for Bioscurity Risk Analysis, The University of Melbourne, Melbourne, Vic., Australia, Centro de Investigaciones Biológicas (CSIC), Colgate University, Hamilton, NY, USA, School of Biosciences and Veterinary Medicine, Plant Diversity and Ecosystems Management Unit, University of Camerino, Camerino, Italy, University of the Basque Country/Euskal Herriko Unibertsitatea (UPV/EHU), Departamento de Geociencias y Medio Ambiente, Universidad Nacional de Colombia, Medellin, Colombia, Università degli studi di Parma = University of Parma (UNIPR), Centro Agronómico Tropical de Investigación y Enseñanza - Tropical Agricultural Research and Higher Education Center (CATIE), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Department of Geography, King’s College London, London, UK, University of Minnesota [Twin Cities] (UMN), University of Minnesota System, Universitá degli Studi dell’Insubria = University of Insubria [Varese] (Uninsubria), Alma Mater Studiorum Università di Bologna [Bologna] (UNIBO), Universidad de Costa Rica (UCR), University of Arizona, Institute of Arctic Biology, University of Alaska [Fairbanks] (UAF), Royal Botanic Gardens [Kew], Department of Biology [Fort Collins], Colorado State University [Fort Collins] (CSU), WSL Swiss Federal Research Institute, Birmensdorf, Switzerland, Faculty of Forestry, University of British Columbia, Vancouver, BC, Canada, CREA – Research Centre for Forestry and Wood, Arezzo, Italy, Western Sydney University, ungwon University, Goesan, Chungbuk, Korea, Department of Botany and Zoology [Brno] (SCI / MUNI), Faculty of Science [Brno] (SCI / MUNI), Masaryk University [Brno] (MUNI)-Masaryk University [Brno] (MUNI), University of Pisa - Università di Pisa, Department of Agriculture and Forest Engineering (EAGROF), University of Lleida, Lleida, Spain, Joint Research Unit CTFC – AGROTECNIO, Solsona, Spain, University of California Riverside, Riverside, CA, USA, Faculty of Environmental Sciences, University of Life Sciences Prague, Institute of Botany of the Czech Academy of Sciences (IB / CAS), Czech Academy of Sciences [Prague] (CAS), University of Cambridge [UK] (CAM), Systems Ecology, Department of Ecological Science, Vrije Universiteit, Amsterdam, The Netherlands, School of Biological, Earth and Environmental Sciences, UNSW Sydney, Sydney, NSW, Australia, Faculté de foresterie, de géographie et de géomatique, Université Laval, Quebec, QC, Canada, Jonah Ventures, Boulder, CO, USA, Centro de Modelación y Monitoreo de Ecosistemas, Universidad Mayor, Santiago, Chile, Department of Wildlife, Fish and Environmental Studies, Swedish University of Agricultural Sciences (SLU), Centre for African Conservation Ecology, Department of Zoology, Nelson Mandela University, Port Elizabeth, South Africa, MTA Centre for Ecological Research [Tihany], Hungarian Academy of Sciences (MTA), University of Ljubljana, Santa Catarina State University, Lages, SC, Brazil, Department of Geography, Environment, and Spatial Sciences, Michigan State University, East Lansing, MI, USA, Eurac Research, Institute for Alpine Environment, Bozen-Bolzano, Italy, Institute of Biology of Komi Science Centre of the Ural Branch of the Russian Academy of Sciences, Syktyvkar, Komi Republic, Russia, University of Science – Vietnam National University Ho Chi Minh City, Ho Chi Minh City, Vietnam, Graduate School of Agriculture, Kyoto University, Kyoto, Japan, Graduate School of Global Environmental Studies, Kyoto University, Kyoto, Japan, Swedish Species Information Centre, University of Pretoria [South Africa], Helmholtz Centre for Environmental Research – UFZ, Leipzig, Germany, Department of Terrestrial Ecology, Netherlands Institute of Ecology, Wageningen, The Netherlands, Department Computational Landscape Ecology [UFZ Leipsig], Department Computational Hydrosystems, UFZ – Helmholtz Centre for Environmental Research, Leipzig, Germany, Seoul National University [Seoul] (SNU), Institute of Temperate Forest Sciences (ISFORT), Ripon, QC, Canada, UQO, Department of Natural Sciences, Ripon, QC, Canada, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-AgroParisTech-Université de Guyane (UG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Goethe-Universität Frankfurt am Main, University of Florida [Gainesville] (UF), The University of Western Australia (UWA), School of Biological Sciences, The University of Western Australia, Department of Biological Sciences, Macquarie University, Department of Botany and Molecular Evolution, Senckenberg Research Institute and Natural History Museum, Universität Wien, Karlstad University [Sweden], Ferdowsi University of Mashhad (FUM), Flathead Lake Biological Station, University of Montana, School of Sustainability, Arizona State University, Programa Nacional de Pós-Doutorado (PNPD), Programa de Pós Graduação em Ecologia, Institute of Biology, University of Campinas UNICAMP, Institute for Ecosystem Research/Geobotany, Kiel University, School of Geography, Earth and Environmental Sciences [Birmingham], University of Birmingham [Birmingham], Justus-Liebig-Universität Gießen = Justus Liebig University (JLU), Global Ecology Unit CREAF-CEAB-CSIC, Universitat Autònoma de Barcelona (UAB), FFCLRP-USP, Department of Biology [USA], University of Maryland [College Park], University of Maryland System-University of Maryland System, University of A Coruña (UDC), School of Physics [UNSW Sydney] (UNSW), University of New South Wales [Sydney] (UNSW), Icahn School of Medicine at Mount Sinai [New York] (MSSM), University of Peking, Peking University [Beijing], Università degli Studi di Sassari = University of Sassari [Sassari] (UNISS), Ordu University - Ordu Üniversitesi, Lanzhou University, Universidad del Tolima, Research Centre for Forestry and Wood, Consiglio per la Ricerca in Agricoltura e l’analisi dell’economia agraria = Council for Agricultural Research and Economics (CREA), Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa), Universidade de São Paulo = University of São Paulo (USP), Centro Agronomico Tropical de Investigacion y Ensenanza (CATIE), Queensland University of Technology [Brisbane] (QUT), University of Sussex, Harvard University, Institute for Alpine Environment, European Academy of Bozen-Bolzano (EURAC), Étude et compréhension de la biodiversité (ECODIV), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Laboratoire de Physique Atmosphérique et Planétaire (LPAP), Université de Liège, Université de Sherbrooke (UdeS), Station d'écologie théorique et expérimentale (SETE), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, University of Manchester [Manchester], Universidade Estadual de Campinas = University of Campinas (UNICAMP), Macquarie University, Universidade Federal do Rio Grande do Norte [Natal] (UFRN), Universidad Rey Juan Carlos [Madrid] (URJC), Universidad Nacional de la Patagonia Austral (UNPA), Universidade Regional de Blumenau (FURB), INIA-CIFOR, Southern Illinois University [Carbondale] (SIU), Center for Biodiversity Management, Instituto Federal de Educação Ciência e Tecnologia do Cearà, The Morton Arboretum, United States Department of Agriculture (USDA), Swiss Federal Institute of Technology, Aarhus University [Aarhus], Smithsonian Conservation Biology Institute, Centre Supérieur de la Recherche Scientifique (CSIC), Centre Supérieur de la Recherche Scientifique, Universidad del Rosario [Bogota], Norwegian University of Science and Technology [Trondheim] (NTNU), Norwegian University of Science and Technology (NTNU), Université Paris Sud (Paris 11), Senckenberg Research Institutes and Natural History Museums, Universidad de Chile = University of Chile [Santiago] (UCHILE), Joint Global Change Research Institute, Pacific Northwest National Laboratory (PNNL)-University of Maryland [College Park], Smithsonian Tropical Research Institute, University of Liege, Université de Liège - Gembloux, Institut Pasteur de Shanghai, Académie des Sciences de Chine - Chinese Academy of Sciences (IPS-CAS), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), University of Bristol [Bristol], University of the Witwatersrand [Johannesburg] (WITS), Norwegian University of Life Sciences (NMBU), Murdoch University, Carnegie Museum of Natural History [Pittsburgh], Transilvania University of Brasov, Martin-Luther-University Halle-Wittenberg, Senckenberg Biodiversity and Climate Research Centre (SBiK-F), Goethe-Universität Frankfurt am Main-Senckenberg – Leibniz Institution for Biodiversity and Earth System Research - Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung, Leibniz Association-Leibniz Association, Universität für Bodenkultur Wien = University of Natural Resources and Life [Vienne, Autriche] (BOKU), Santa Catarina State University (UDESC), University Centre Myerscough, Kiel University, Florida International University [Miami] (FIU), Division of Plant Ststematic and Ecology, Biology department, Université Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain (UCL), University of Applied Sciences of Weihenstephan, Four Peaks Environmental Science and Data Solutions, Norsk institutt for bioøkonomi=Norwegian Institute of Bioeconomy Research (NIBIO), Kochi University of Technology (KUT), University of Illinois [Chicago] (UIC), University of Illinois System, Universitat de Barcelona (UB), Kyoto University, Tyumen State University, Oak Ridge National Laboratory [Oak Ridge] (ORNL), UT-Battelle, LLC, Universitat Politècnica de Catalunya [Barcelona] (UPC), Stanford University, University of Edinburgh, Polish Academy of Sciences (PAN), Philips Research Europe - Hamburg, Sector Medical Imaging Systems, Philips Research, Institute for Systematic Botany and Ecology, Universität Ulm - Ulm University [Ulm, Allemagne], Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universität Bayreuth, University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), Guangxi Normal University, University College of London [London] (UCL), Hobart - Tasmania 7001, University of Venda [South Africa] (UNIVEN), University of Melbourne, Philipps Universität Marburg = Philipps University of Marburg, Agrosystèmes Cultivés et Herbagers (ARCHE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Natural Resource Operations and Rural Development, Humboldt State University (HSU), Charles University [Prague] (CU), Karlsruhe Institute of Technology (KIT), Samara National Research University, Institute of Plant Sciences, Forestry and Forest Products Research Institute (FFPRI), Kenyon College, University of Garmian, State University of New York (SUNY), Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics (IBED), University of Amsterdam [Amsterdam] (UvA), Universidad Nacional del Comahue [Neuquén] (UNCOMA), IT University of Copenhagen (ITU), Agricultural Research Organization, Landscape Ecology Group, University of Oldenburg, Western Carolina University, Xi'an Jiaotong-Liverpool University [Suzhou], Hokkaido University [Sapporo, Japan], Yokohama National University, Technische Universität Munchen - Université Technique de Munich [Munich, Allemagne] (TUM), Institut d Estudis Andorrans, Smithsonian Environmental Research Center (SERC), Humboldt University Of Berlin, University of California [Los Angeles] (UCLA), Department of Biodiversity, Macroecology and Biogeography, Yamagata University, Jomo Kenyatta University of Agriculture and Technology (JKUAT), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Université du Québec en Abitibi-Témiscamingue (UQAT), University of Saskatchewan [Saskatoon] (U of S), University of Natural Resources and Life Sciences, Institute of Mountain Risk Engineering - Vienna, Austria, University of Wyoming (UW), Département Performances des systèmes de production et de transformation tropicaux (Cirad-PERSYST), Nelson Mandela University [Port Elizabeth], University of Wisconsin - Eau Claire, Naturalis Biodiversity Center [Leiden], Département de biologie [Sherbrooke] (UdeS), Faculté des sciences [Sherbrooke] (UdeS), Université de Sherbrooke (UdeS)-Université de Sherbrooke (UdeS), Yangzhou University, Leipzig University, University Pablo de Olavide, Shanghai Jiao Tong University [Shanghai], Royal Botanical Gardens, Masaryk University [Brno] (MUNI), Department of Physiology, University of Debrecen Egyetem [Debrecen]-Research Centre for Molecular Medicine-Medical and Health Science Centre, Global Change Research Centre (CzechGlobe), Université du Québec à Trois-Rivières (UQTR), Natural Resources Institute Finland (LUKE), Universidade Federal de Alagoas = Federal University of Alagoas (UFAL), Lakehead University, Stockholm University, Universidad Nacional del Litoral [Santa Fe] (UNL), Universidade Federal do Paraná (UFPR), Bangor University, Universidad Autonoma del Estado de Morelos (UAEM), Manaaki Whenua – Landcare Research [Lincoln], Gorongosa National Park, Université de Montréal (UdeM), Tel Aviv University (TAU), University of Queensland [Brisbane], University of Wisconsin-Madison, University of Maine, Holden Arboretum, Hawkesbury Institute for he Environment, Laboratoire d'Ecologie Végétale et Biogéochimie, Université libre de Bruxelles (ULB), University of British Columbia (UBC), Research School of Biology, Universidade Federal de Pernambuco [Recife] (UFPE), School of Geosciences [Edinburgh], Ecology and Evolutionary Biology [Tucson] (EEB), University of Debrecen, Northern Forestry Centre, Canadian Forest Service - CFS (CANADA), University of Illinois at Urbana-Champaign [Urbana], Data61 [Canberra] (CSIRO), Australian National University (ANU)-Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation [Canberra] (CSIRO), University of Debrecen Egyetem [Debrecen], University of Vermont [Burlington], Fundação Zoobotânica do Rio Grande do Sul, University of Montana, Institut de RadioAstronomie Millimétrique (IRAM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Freiburg [Freiburg], University of Hawaii, Institut Français de Pondichéry (IFP), Ministère de l'Europe et des Affaires étrangères (MEAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Oklahoma State University [Stillwater] (OSU), Osaka City University, Charles Darwin Research Station (CDRS), Charles Darwin Foundation, Los Alamos National Laboratory (LANL), Zhejiang Normal University, European Academy of Bolzano, Universidad Distrital Francisco Jose de Caldas [Bogota], University of Bayreuth, Institute of Biology of Komi Scientific Centre of the Ural Branch of the Russian Academy of Sciences, Russian Academy of Sciences [Moscow] (RAS), CSIRO Land and Water, Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation [Canberra] (CSIRO), University of Canberra, CEH, Department of Systems and Science, Graduate School of Informatics, Kyoto University-Kyoto University, Departamento de Telemática, Faculdade de Engenharia Elétrica e de Computação (DT/FEEC), Universidad Nacional Autónoma de México = National Autonomous University of Mexico (UNAM), Moscow State University, Vrije Universiteit Amsterdam [Amsterdam] (VU), Meijo University, Institute of Ecology and Earth Sciences [Tartu], Astronomical Institute of the Czech Academy of Sciences (ASU / CAS), University of Nijmegen, University of New England (UNE), The James Hutton Institute, Democritus University of Thrace (DUTH), Institute of Ecology and Earth Sciences, University of Tartu, Spanish National Research Council (CSIC), Senckenberg Research Institute and Natural History Museum, University of Vienna [Vienna], Center for Desertification Research (CIDE), Universitat de València (UV), Universidad Autónoma de Madrid (UAM), Université de Jaén, National Institute for Research and Development in Forestry, Department of Plant Production (University of Milan), Tartu Observatory, Botanical Garden of the Samara University, Forschungszentrum Jülich GmbH, Tallinn University, Universität Regensburg (REGENSBURG), Universität Regensburg, School of Social Sciences [Cardiff], Cardiff University, Estonian University of Life Sciences (EMU), Sch Life Sci Weihenstephan, Arizona State University [Tempe] (ASU), Department of Forest Resources, University of Minnesota System-University of Minnesota System, Research Institute for Networks and Communications Engineering (RINCE), Dublin City University [Dublin] (DCU)-Science Foundation Ireland-Enterprise Ireland-Higher Education Authority-School of Electronic Engineering, Southwest University of Science and Technology [Mianyang] (SWUST), Universidade Federal do Acre (UFAC), Berlin-Brandenburg Institute of Advanced Biodiversity Research (BBIB), Centre méditérannéen de médecine moléculaire (C3M), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Mississippi State University [Mississippi], University of Southampton, Yale University [New Haven], Brookhaven National Laboratory [Upton, NY] (BNL), UT-Battelle, LLC-Stony Brook University [SUNY] (SBU), State University of New York (SUNY)-State University of New York (SUNY)-U.S. Department of Energy [Washington] (DOE), East Stroudsburg University, INDEHESA, Forestry School, Universidad de Extremadura - University of Extremadura (UEX), Institute of Physical Geography [Frankfurt am Main], Universität Zürich [Zürich] = University of Zurich (UZH), Lake Ecosystems Group [Lancaster, U.K.] (Centre for Ecology & Hydrology), Lancaster Environment Centre [Lancaster, U.K.], University of Valladolid, Norwegian Institute for Nature Research (NINA), Universidad Nacional de Colombia [Bogotà] (UNAL), Instituto de Recursos Naturales y Agrobiología de Salamanca (IRNASA), Universidade de Coimbra [Coimbra], Algoma University, Senckenberg biodiversität und klima forschungszentrum (BIK-F), Forschungsinstitut Senckenberg (SGN), University of Nottingham, UK (UON), University of Würzburg = Universität Würzburg, Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments (AFSSA), Herencia, Kirstenbosch Research Centre, South African National Biodiversity Institute, Federal University of Pernambuco [Recife], Sharplex Services, University of Hohenheim, Komarov Botanical Institute RAS, Center for Sustainability Science, Hokkaido, Département de Biologie, University of Regina (UR), Technische Universität Ilmenau (TU ), Universidade de Lisboa = University of Lisbon (ULISBOA), Universidade Federal de Lavras = Federal University of Lavras (UFLA), Università degli Studi di Padova = University of Padua (Unipd), Gothenburg Global Biodiversity Centre, Department of Biology [Gainesville] (UF|Biology), Texas Tech University [Lubbock] (TTU), Florida Museum of Natural History [Gainesville], KU Leuven, Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia [Brasília], Universiteit Leiden, University of California [Riverside] (UC Riverside), Pacific Northwest National Laboratory (PNNL), University of Natural Resources and Applied Life Sciences, Vienna, (BOKU) and Competence Centre Wood K plus, University of Novi Sad, Instituto Nacional de Investigaciones en Biodiversidad y Medioambiente [Bariloche] (INIBIOMA-CONICET), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas [Buenos Aires] (CONICET)-Universidad Nacional del Comahue [Neuquén] (UNCOMA), Slovak Academy of Sciences (SAS), Technical University in Zvolen (TUZVO), Faculty of Forestry and Wood Sciences, Czech University of Life Sciences Prague (CZU), University of Aberdeen, University of Maryland System, Universität Innsbruck [Innsbruck], Estacion Experimental de Zonas Aridas, Hacettepe University = Hacettepe Üniversitesi, Centre for Forest Research (CFR), Université du Québec à Montréal = University of Québec in Montréal (UQAM), Bioversity International [Montpellier], Bioversity International [Rome], Consultative Group on International Agricultural Research [CGIAR] (CGIAR)-Consultative Group on International Agricultural Research [CGIAR] (CGIAR), Department of Animal and Plant Sciences [Sheffield], University of Sheffield [Sheffield], The School for Field Studies, Quantum Optics and Laser Science, Blackett Laboratory, Blackett Laboratory, Imperial College London-Imperial College London, University of Delaware [Newark], Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Biodiversity and Ecosystem Services Research Group, Stellenbosch University, Czech University of Life Science, Aristotle University of Thessaloniki, Osaka Natural History Center, Ural State Forest Engineering University, University of New Hampshire (UNH), University of Calgary, Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), Hawkesbury Institute for the Environment [Richmond] (HIE), Computational & Applied Vegetation Ecology (CAVElab), Dept Forest & Water Management, Lab Forestry, Museu Paraense Emílio Goeldi, Federal University of Para - Universidade Federal do Pará - UFPA [Belém, Brazil] (UFPA), State Key Laboratory of Natural and Biomimetic Drugs, Fudan University [Shanghai], Department of Ecological Science [Amsterdam], Vrije Universiteit Brussel (VUB), Laboratoire de Biologie des Ligneux et des Grandes Cultures (LBLGC), Université d'Orléans (UO)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Department of Biology, Free University of Bozen-Bolzano, Dpt Biological Sciences, Macquarie University, Duke University [Durham], IFP Energies nouvelles (IFPEN), Department of Primary Industries, Graduate School of Integrated Arts and Sciences, Hiroshima University, Université de Tsukuba = University of Tsukuba, SUNY College of Environmental Science and Forestry (SUNY-ESF), Biological Sciences Department (BIOLOGICAL SCIENCES DEPARTMENT), Nanjing University (NJU), National Taiwan University [Taiwan] (NTU), Zhejiang University, Beijing Forestry University, Institut National Polytechnique Félix Houphouët-Boigny, Universität Leipzig, Max Planck Fellow Program for Christian Wirth, the International Programme of Biodiversity Science (DIVERSITAS), the International Geosphere‐Biosphere Programme (IGBP), Future Earth, the French Foundation for Biodiversity Research (FRB), and GIS ‘Climat, Environnement et Société’ France, JENS KATTGE, MAX PLANCK INSTITUTE FOR BIOGEOCHEMISTRY, GERMANY, ELLEN L. FRY, UNIVERSITY OF LIÈGE, BELGIUM, NIKOLAOS M. FYLLAS, UNIVERSITY OF THE AEGEAN, GREECE, GERHARD BÖNISCH, MAX PLANCK INSTITUTE FOR BIOGEOCHEMISTRY, GERMANY, SUSANNE TAUTENHAHN, MAX PLANCK INSTITUTE FOR BIOGEOCHEMISTRY, JENA, GERMANY, GIJSBERT D. A. WERNER, UNIVERSITY OF OXFORD, OXFORD, UK, TUOMAS AAKALA, UNIVERSITY OF HELSINKI, FINLAND, MEHDI ABEDI, TARBIAT MODARES UNIVERSITY, IRAN, ALICIA T. R. ACOSTA, UNIVERSITY OF ROMA TRE, ITALY, GEORGE C. ADAMIDIS, UNIVERSITY OF BERN, SWITZERLAND, KAIRI ADAMSON, UNIVERSITY OF TARTU, ESTONIA, MASAHIRO AIBA, TOHOKU UNIVERSITY, JAPAN., CÉCILE H. ALBERT, AIX MARSEILLE UNIV, UNIV AVIGNON, FRANCE., JULIO M. ALCÁNTARA, UNIVERSIDAD DE JAÉN, SPAIN, CAROLINA ALCÁZAR C, Instituto Alexander Von Humboldt, Colombia., HAMADA ALI, SUEZ CANAL UNIVERSITY, EGYPT, BERNARD AMIAUD, UNIVERSITÉ DE LORRAINE, FRANCE., CHRISTIAN AMMER, UNIVERSITY OF GÖTTINGEN, GERMANY, MARIANO M. AMOROSO, UNIVERSIDAD NACIONAL DE RÍO NEGRO, ARGENTINA, MADHUR ANAND, UNIVERSITY OF GUELPH, CANADA., MARIJN BAUTERS, GHENT UNIVERSITY, BELGIUM., ERIKA BAZZATO, UNIVERSITY OF CAGLIARI, ITALY., MICHAEL BECKMANN, Helmholtz Centre for Environmental Research, Germany., HANS BEECKMAN, ROYAL MUSEUM FOR CENTRAL AFRICA, BELGIUM., CARL BEIERKUHNLEIN, UNIVERSITY OF BAYREUTH, GERMANY., RENEE BEKKER, UNIVERSITY OF GRONINGEN, THE NETHERLANDS., JOANA BERGMANN, FREIE UNIVERSITÄT BERLIN, GERMANY., MARCOS BERGMANN CARLUCCI, UFPC, LOGAN BERNER, NORTHERN ARIZONA UNIVERSITY, USA., MARKUS BERNHARDT-RÖMERMANN, FRIEDRICH SCHILLER UNIVERSITY JENA, GERMANY., CHRISTOF BIGLER, ETH ZURICH, SWITZERLAND., FEDERICO BRUMNICH, UNIVERSIDAD NACIONAL DEL LITORAL (FICH-UNL), ARGENTINA, HANS HENRIK BRUUN, UNIVERSITY OF COPENHAGEN, DENMARK, DAVID BRUY, UNIVERSITÉ DE MONTPELLIER, FRANCE, SERRA W. BUCHANAN, UNIVERSITY OF TORONTO SCARBOROUGH, CANADA, ROBERT BUITENWERF, AARHUS UNIVERSITY, DENMARK, DANIEL E. BUNKER, NEW JERSEY INSTITUTE OF TECHNOLOGY, USA, JANA BÜRGER, UNIVERSITY OF ROSTOCK, GERMANY, SABINA BURRASCANO, SAPIENZA UNIVERSITY OF ROME, ITALY, DAVID F. R. P. BURSLEM, UNIVERSITY OF ABERDEEN, UK, BRADLEY J. BUTTERFIELD, NORTHERN ARIZONA UNIVERSITY, USA, CHAEHO BYUN, YONSEI UNIVERSITY, KOREA, MARINA C. SCALON, UFP, MARCO CACCIANIGA, UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI MILANO, ITALY, MARC CADOTTE, UNIVERSITY OF TORONTO SCARBOROUGH, CANADA, MAXIME CAILLERET, AIX?MARSEILLE UNIVERSITY, FRANCE, JAMES CAMAC, THE UNIVERSITY OF MELBOURNE, AUSTRALIA, JESÚS JULIO CAMARERO, INSTITUTO PIRENAICO DE ECOLOGÍA (IPE?CSIC), SPAIN, COURTNEY CAMPANY, COLGATE UNIVERSITY, USA, GIANDIEGO CAMPETELLA, UNIVERSITY OF CAMERINO, ITALY, JUAN ANTONIO CAMPOS, UNIVERSITY OF THE BASQUE COUNTRY UPV/EHU, SPAIN, LAURA CANO-ARBOLEDA, UNIVERSIDAD NACIONAL DE COLOMBIA, COLOMBIA, ROBERTO CANULLO, UNIVERSITY OF CAMERINO, ITALY, MICHELE CARBOGNANI, UNIVERSITY OF PARMA, ITALY, FABIO CARVALHO, LANCASTER UNIVERSITY, UK, BASTIEN CASTAGNEYROL, UNIV. BORDEAUX, FRANCE, JANE A. CATFORD, KING'S COLLEGE LONDON, UK, JEANNINE CAVENDER-BARES, UNIVERSITY OF MINNESOTA, USA, BRUNO E. L. CERABOLINI, UNIVERSITY OF INSUBRIA, ITALY, MARCO CERVELLINI, UNIVERSITY OF BOLOGNA, ITALY, EDUARDO CHACÓN-MADRIGAL, UNIVERSIDAD DE COSTA RICA, COSTA RICA, KENNETH CHAPIN, THE UNIVERSITY OF ARIZONA, USA, SAMANTHA DAWSON, SWEDISH UNIVERSITY OF AGRICULTURAL SCIENCES, AREND JACOBUS DE BEER, UNIVERSITY OF PRETORIA, SOUTH AFRICA, ANGEL DE FRUTOS, HELMHOLTZ CENTRE FOR ENVIRONMENTAL RESEARCH, GERMANY, LEANDRO DUARTE, UFRGS, EMILIE DUCOURET, UMR ECOFOG (AGROPARISTECH, CNRS, INRA, UNIVERSITÉ DES ANTILLES, UNIVERSITÉ DE LA GUYANE), FRANCE, STEFAN DULLINGER, UNIVERSITY OF VIENNA, AUSTRIA, DAN F. B. FLYNN, ARNOLD ARBORETUM OF HARVARD UNIVERSITY, USA, VERONIKA FONTANA, INSTITUTE FOR ALPINE ENVIRONMENT, ITALY, KYONG-SOOK CHUNG, JUNGWON UNIVERSITY, KOREA, MILAN CHYTRÝ, MASARYK UNIVERSITY, CZECH REPUBLIC, DANIELA CICCARELLI, UNIVERSITY OF PISA, ITALY, LLUÍS COLL, UNIVERSITY OF LLEIDA, SPAIN, COURTNEY G. COLLINS, UNIVERSITY OF CALIFORNIA RIVERSIDE, USA, LUISA CONTI, UNIVERSITY OF LIFE SCIENCES PRAGUE, CZECH REPUBLIC, DAVID COOMES, UNIVERSITY OF CAMBRIDGE, UK, JOHANNES H. C. CORNELISSEN, VRIJE UNIVERSITEIT, THE NETHERLANDS, WILLIAM K. CORNWELL, EARTH AND ENVIRONMENTAL SCIENCES, AUSTRALIA, PIERMARIA CORONA, CREA – RESEARCH CENTRE FOR FORESTRY AND WOOD, ITALY, MARIE COYEA, UNIVERSITÉ LAVAL, CANADA, JOSEPH CRAINE, JONAH VENTURES, USA, DYLAN CRAVEN, UNIVERSIDAD MAYOR, CHILE, JORIS P. G. M. CROMSIGT, SWEDISH UNIVERSITY OF AGRICULTURAL SCIENCES, SWEDEN, ANIKÓ CSECSERITS, MTA CENTRE FOR ECOLOGICAL RESEARCH, HUNGARY, KATARINA CUFAR, UNIVERSITY OF LJUBLJANA, SLOVENIA, MATTHIAS CUNTZ, UNIVERSITÉ DE LORRAINE, FRANCE, ANA CAROLINA DA SILVA, SANTA CATARINA STATE UNIVERSITY, BRAZIL, KYLA M. DAHLIN, MICHIGAN STATE UNIVERSITY, USA, MATTEO DAINESE, INSTITUTE FOR ALPINE ENVIRONMENT, ITALY, IGOR DALKE, INSTITUTE OF BIOLOGY OF KOMI SCIENCE CENTRE OF THE URAL BRANCH OF THE RUSSIAN ACADEMY OF SCIENCES, RUSSIA, MICHELE DALLE FRATTE, UNIVERSITY OF INSUBRIA, ITALY, ANH TUAN DANG-LE, UNIVERSITY HO CHI MINH CITY, VIETNAM, JIRÍ DANIHELKA, MASARYK UNIVERSITY, CZECH REPUBLIC, MASAKO DANNOURA, KYOTO UNIVERSITY, JAPAN, JONATHAN R. DE LONG, NETHERLANDS INSTITUTE OF ECOLOGY, THE NETHERLANDS, BENJAMIN DECHANT, SEOUL NATIONAL UNIVERSITY, REPUBLIC OF KOREA, SYLVAIN DELAGRANGE, INSTITUTE OF TEMPERATE FOREST SCIENCES (ISFORT), CANADA, NICOLAS DELPIERRE, UNIVERSITY OF PARIS?SUD, FRANCE, GÉRALDINE DERROIRE, UNIVERSITÉ DES ANTILLES, FRANCE, ARILDO S. DIAS, UNIVERSITÄT FRANKFURT, GERMANY, MILTON HUGO DIAZ-TORIBIO, UNIVERSITY OF FLORIDA, USA, PANAYIOTIS G. DIMITRAKOPOULOS, UNIVERSITY OF THE AEGEAN, GREECE, MARK DOBROWOLSKI, THE UNIVERSITY OF WESTERN AUSTRALIA, AUSTRALIA, DANIEL DOKTOR, HELMHOLTZ CENTRE FOR ENVIRONMENTAL RESEARCH – UFZ, GERMANY, PAVEL DREVOJAN, MASARYK UNIVERSITY, CZECH REPUBLIC, NING DONG, MACQUARIE UNIVERSITY, AUSTRALIA, JOHN DRANSFIELD, ROYAL BOTANIC GARDENS KEW, UK, STEFAN DRESSLER, DEPARTMENT OF BOTANY AND MOLECULAR EVOLUTION, GERMANY, WALTER DURKA, GERMAN CENTER FOR INTEGRATIVE BIODIVERSITY RESEARCH (IDIV) HALLE?JENA?LEIPZIG, GERMANY, REMKO DUURSMA, WESTERN SYDNEY UNIVERSITY, AUSTRALIA, OLGA DYMOVA, KOMI REPUBLIC, RUSSIA, E-VOJTKÓ, A., UNIVERSITY OF SOUTH BOHEMIA, CZECH REPUBLIC, ROLF LUTZ ECKSTEIN, KARLSTAD UNIVERSITY, SWEDEN, HAMID EJTEHADI, FERDOWSI UNIVERSITY OF MASHHAD, IRAN, JAMES ELSER, UNIVERSITY OF MONTANA, USA, THAISE EMILIO, UNIVERSITY OF CAMPINAS UNICAMP, BRAZIL, KRISTINE ENGEMANN, AARHUS UNIVERSITY, DENMARK, MOHAMMAD BAGHER ERFANIAN, FERDOWSI UNIVERSITY OF MASHHAD, IRAN, ALEXANDRA ERFMEIER, KIEL UNIVERSITY, KIEL, GERMANY, ADRIANE ESQUIVEL-MUELBERT, EARTH AND ENVIRONMENTAL SCIENCES, AUSTRALIA, GERD ESSER, JUSTUS LIEBIG UNIVERSITY, GERMANY, MARC ESTIARTE, SPANISH NATIONAL RESEARCH COUNCIL – CSIC, SPAIN, TOMAS F. DOMINGUES, DEPARTMENT OF BIOLOGY – FFCLRP/USP, BRAZIL, WILLIAM F. FAGAN, UNIVERSITY OF MARYLAND, USA, JAIME FAGÚNDEZ, UNIVERSITY OF A CORUÑA, SPAIN, DANIEL S. FALSTER, EVOLUTION & ECOLOGY RESEARCH CENTRE, AUSTRALIA, YING FAN, RUTGERS UNIVERSITY, USA, JINGYUN FANG, PEKING UNIVERSITY, CHINA, EMMANUELE FARRIS, UNIVERSITY OF SASSARI, ITALY, FATIH FAZLIOGLU, ORDU UNIVERSITY, TURKEY, YANHAO FENG, LANZHOU UNIVERSITY, CHINA, FERNANDO FERNANDEZ-MENDEZ, UNIVERSIDAD DEL TOLIMA, COLOMBIA, CARLOTTA FERRARA, CREA – RESEARCH CENTRE FOR FORESTRY AND WOOD, ITALY, JOICE NUNES FERREIRA, CPATU, ALESSANDRA FIDELIS, (UNESP), RIO CLARO, BRAZIL, BRYAN FINEGAN, CATIE-CENTRO AGRONÓMICO TROPICAL DE INVESTIGACIÓN Y ENSEÑANZA, COSTA RICA, JENNIFER FIRN, QUEENSLAND UNIVERSITY OF TECHNOLOGY (QUT), AUSTRALIA, TIMOTHY J. FLOWERS, UNIVERSITY OF SUSSEX, UK, ESTELLE FOREY, UNIVERSITÉ DE ROUEN, FRANCE, CRISTIANE FORGIARINI, UFRGS, BRAZIL., LOUIS FRANÇOIS, UNIVERSITY OF LIÈGE, BELGIUM., MARCELO FRANGIPANI, UFRGS, BRAZIL, DOROTHEA FRANK, MAX PLANCK INSTITUTE FOR BIOGEOCHEMISTRY, GERMANY, CEDRIC FRENETTE-DUSSAULT, GÉOPOLE DE L'UNIVERSITÉ DE SHERBROOKE, CANADA, GRÉGOIRE T. FRESCHET, PAUL SABATIER UNIVERSITY TOULOUSE, FRANCE, PAUL LEADLEY, UNIVERSITY OF PARIS-SUD, UNIVERSITÉ PARIS-SACLAY, ORSAY, FRANCE, IZABELA ALEIXO, NATIONAL INSTITUTE OF AMAZONIAN RESEARCH (INPA), BRAZIL, SANDRA DÍAZ, UNIVERSIDAD NACIONAL DE CÓRDOBA, ARGENTINA, SANDRA LAVOREL, UNIV. SAVOIE MONT BLANC, LECA, GRENOBLE, FRANCE, IAIN COLIN PRENTICE, IMPERIAL COLLEGE, UK., CAROLYN ANDERSON, UNIVERSITY OF MASSACHUSETTS AMHERST, USA, NIELS ANTEN, WAGENINGEN UNIVERSITY, THE NETHERLANDS, JOSEPH ANTOS, UNIVERSITY OF VICTORIA, CANADA, DEBORAH MATTOS GUIMARÃES APGAUA, JAMES COOK UNIVERSITY, AUSTRALIA, TIA-LYNN ASHMAN, UNIVERSITY OF PITTSBURGH, USA, DEGI HARJA ASMARA, UNIVERSITÉ LAVAL, CANADA, GREGORY P. ASNER, ARIZONA STATE UNIVERSITY, USA., MICHAEL ASPINWALL, UNIVERSITY OF NORTH FLORIDA, USA., OWEN ATKIN, AUSTRALIAN NATIONAL UNIVERSITY, AUSTRALIA., ISABELLE AUBIN, NATURAL RESOURCES CANADA, LARS BAASTRUP-SPOHR, UNIVERSITY OF COPENHAGEN, DENMARK., KHADIJEH BAHALKEH, TARBIAT MODARES UNIVERSITY, IRAN., MICHAEL BAHN, UNIVERSITY OF INNSBRUCK, AUSTRIA., TIMOTHY BAKER, UNIVERSITY OF LEEDS, LEEDS, UK., WILLIAM J. BAKER, ROYAL BOTANIC GARDENS KEW, UK., JAN P. BAKKER, UNIVERSITY OF GRONINGEN, THE NETHERLANDS., DENNIS BALDOCCHI, UNIVERSITY OF CALIFORNIA BERKELEY, USA., JENNIFER BALTZER, WILFRID LAURIER UNIVERSITY, CANADA, ARINDAM BANERJEE, UNIVERSITY OF MINNESOTA, USA., ANNE BARANGER, AGROPARISTECH, FRANCE., JOS BARLOW, LANCASTER UNIVERSITY, UK., DIEGO R. BARNECHE, UNIVERSITY OF EXETER, UK., ZDRAVKO BARUCH, THE UNIVERSITY OF ADELAIDE, AUSTRALIA., DENIS BASTIANELLI, UNIV MONTPELLIER, FRANCE., JOHN BATTLES, UNIVERSITY OF CALIFORNIA AT BERKELEY, USA, WILLIAM BAUERLE, COLORADO STATE UNIVERSITY, USA, SOLVEIG FRANZISKA BUCHER, FRIEDRICH?SCHILLER?UNIVERSITÄT JENA, GERMANY, GAVIN BELFRY, UNIVERSITY OF TENNESSEE, USA., MICHAEL BELLUAU, UNIVERSITÉ DU QUÉBEC À MONTRÉAL, CANADA., MIRELA BELOIU, UNIVERSITY OF BAYREUTH, GERMANY., RAQUEL BENAVIDES, MUSEO NACIONAL DE CIENCIAS NATURALES-CSIC, SPAIN., LAHCEN BENOMAR, UNIVERSITÉ LAVAL, CANADA., MARY LEE BERDUGO-LATTKE, UNIVERSIDAD NACIONAL DE COLOMBIA, COLOMBIA., ERIKA BERENGUER, UNIVERSITY OF OXFORD, UK., RODRIGO BERGAMIN, UFRS, NINA BUCHMANN, ETH ZURICH, ZURICH, SWITZERLAND, ANNE D. BJORKMAN, UNIVERSITY OF GOTHENBURG, SWEDEN., CHRIS BLACKMAN, UNIVERSITÉ CLERMONT-AUVERGNE, FRANCE., CAROLINA BLANCO, UFRGS, BENJAMIN BLONDER, ARIZONA STATE UNIVERSITY, USA., DANA BLUMENTHAL, USDA-ARS RANGELAND RESOURCES & SYSTEMS RESEARCH UNIT, USA., KELLY T. BOCANEGRA-GONZÁLEZ, UNIVERSIDAD DEL TOLIMA, COLOMBIA., PASCAL BOECKX, GHENT UNIVERSITY, BELGIUM., STEPHANIE BOHLMAN, UNIVERSITY OF FLORIDA, USA., KATRIN BÖHNING-GAESE, UNIVERSITÄT FRANKFURT, GERMANY., LAURA BOISVERT-MARSH, UNIVERSITÄT FRANKFURT, GERMANY., WILLIAM BOND, UNIVERSITY OF CAPE TOWN, SOUTH AFRICA., BEN BOND-LAMBERTY, COLLEGE PARK, USA., ARNOUD BOOM, UNIVERSITY OF LEICESTER, UK., COLINE C. F. BOONMAN, RADBOUD UNIVERSITY, THE NETHERLANDS., KAUANE BORDIN, UFRGS, ELIZABETH H. BOUGHTON, ARCHBOLD BIOLOGICAL STATION'S BUCK ISLAND RANCH, USA., VANESSA BOUKILI, UNIVERSITY OF CONNECTICUT, USA, DAVID M. J. S. BOWMAN, UNIVERSITY OF TASMANIA, AUSTRALIA., SANDRA BRAVO, UNIVERSIDAD NACIONAL DE SANTIAGO DEL ESTERO, MARCO RICHARD BRENDEL, UNIVERSITY OF HOHENHEIM, MARTIN R. BROADLEY, UNIVERSITY OF NOTTINGHAM, UK, KERRY A. BROWN, KINGSTON UNIVERSITY, UK., HELGE BRUELHEIDE, MARTIN LUTHER UNIVERSITY HALLE?WITTENBERG, GERMANY, FERNANDO CASANOVES, CATIE-CENTRO AGRONÓMICO TROPICAL DE INVESTIGACIÓN Y ENSEÑANZA, COSTA RICA, F. STUART CHAPIN, UNIVERSITY OF ALASKA FAIRBANKS, USA, STEFANO CHELLI, UNIVERSITY OF CAMERINO, ITALY, SI?CHONG CHEN, ROYAL BOTANIC GARDENS, UK, ANPING CHEN, COLORADO STATE UNIVERSITY, USA, PAOLO CHERUBINI, UNIVERSITY OF BRITISH COLUMBIA, CANADA, FRANCESCO CHIANUCCI, CREA – RESEARCH CENTRE FOR FORESTRY AND WOOD, ITALY, BRENDAN CHOAT, WESTERN SYDNEY UNIVERSITY, AUSTRALIA, GUILHERME G. MAZZOCHINI, UNIVERSITY OF CAMPINAS, CAMPINAS, BRAZIL, SOPHIE GACHET, UNIV AVIGNON, FRANCE, RACHAEL GALLAGHER, MACQUARIE UNIVERSITY, AUSTRALIA, GISLENE GANADE, UFRN, BRAZIL., MARY-CLAIRE GLASENHARDT, THE MORTON ARBORETUM, USA, ALAIN HAMBUCKERS, UNIVERSITY OF LIÈGE, BELGIUM, MASAE ISHIHARA, KYOTO UNIVERSITY, JAPAN, LEONID IVANOV, TYUMEN STATE UNIVERSITY, RUSSIA, LARISSA IVANOVA, TYUMEN STATE UNIVERSITY, RUSSIA., COLLEEN M. IVERSEN, OAK RIDGE NATIONAL LABORATORY, USA, JORDI IZQUIERDO, Universitat Politècnica de Catalunya, Spain, ROBERT B. JACKSON, STANFORD UNIVERSITY, USA, FRANCESCA GANGA, UNIVERSITY OF CAGLIARI, ITALY, PABLO GARCÍA-PALACIOS, UNIVERSIDAD REY JUAN CARLOS, SPAIN, VERÓNICA GARGAGLIONE, UNIVERSIDAD NACIONAL DE LA PATAGONIA AUSTRAL, ARGENTINA, ERIC GARNIER, UNIV. MONTPELLIER, FRANCE, JOSE LUIS GARRIDO, ESTACIÓN EXPERIMENTAL DEL ZAIDÍN, SPAIN, ANDRÉ LUÍS DE GASPER, UNIVERSIDADE REGIONAL DE BLUMENAU, BRAZIL, GUILLERMO GEAIZQUIERDO, INIA?CIFOR, SPAIN, DAVID GIBSON, SOUTHERN ILLINOIS UNIVERSITY CARBONDALE, USA, ANDREW N. GILLISON, CENTER FOR BIODIVERSITY MANAGEMENT, AUSTRALIA, AELTON GIROLDO, INSTITUTO FEDERAL DE EDUCAÇÃO CIÊNCIA E TECNOLOGIA DO CEARÁ, BRAZIL, SEAN GLEASON, WATER MANAGEMENT AND SYSTEMS RESEARCH UNIT, USA, MARIANA GLIESCH, INSTITUTE OF INTEGRATIVE BIOLOGY, SWITZERLAND, EMMA GOLDBERG, UNIVERSITY OF MINNESOTA, USA, BASTIAN GÖLDEL, AARHUS UNIVERSITY, DENMARK, ERIKA GONZALEZ-AKRE, NORWEGIAN UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY NTNU, NORWAY, JOSE L. GONZALEZ-ANDUJAR, CSIC-INSTITUTE FOR SUSTAINABLE AGRICULTURE (IAS), SPAIN, ANDRÉS GONZÁLEZ-MELO, UNIVERSIDAD DEL ROSARIO, COLOMBIA, ANA GONZÁLEZ-ROBLES, UNIVERSIDAD DE JAÉN, SPAIN, BENTE JESSEN GRAAE, NORWEGIAN UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY NTNU, NORWAY, ELENA GRANDA, UNIVERSITY OF ALCALÁ, SPAIN, SARAH GRAVES, UNIVERSITY OF FLORIDA, USA, WALTON A. GREEN, HARVARD UNIVERSITY, USA, THOMAS GREGOR, SENCKENBERG RESEARCH INSTITUTE AND NATURAL HISTORY MUSEUM, GERMANY, NICOLAS GROSS, UNIVERSIDAD REY JUAN CARLOS, SPAIN, GREG R. GUERIN, THE UNIVERSITY OF ADELAIDE, AUSTRALIA, ANGELA GÜNTHER, MAX PLANCK INSTITUTE FOR BIOGEOCHEMISTRY, GERMANY, ALVARO G. GUTIÉRREZ, UNIVERSIDAD DE CHILE, CHILE, LILLIE HADDOCK, COLLEGE PARK, USA, ANNA HAINES, THE UNIVERSITY OF MANCHESTER, UK, JEFFERSON HALL, SMITHSONIAN TROPICAL RESEARCH INSTITUTE, REPUBLIC OF PANAMA, WENXUAN HAN, CHINA AGRICULTURAL UNIVERSITY, CHINA, SANDY P. HARRISON, UNIVERSITY OF READING, UK, WESLEY HATTINGH, UNIVERSITY OF THE WITWATERSRAND, SOUTH AFRICA, JOSEPH E. HAWES, ANGLIA RUSKIN UNIVERSITY, UK, TIANHUA HE, CURTIN UNIVERSITY, AUSTRALIA, PENGCHENG HE, CHINESE ACADEMY OF SCIENCES, CHINA, JACOB MASON HEBERLING, CARNEGIE MUSEUM OF NATURAL HISTORY, USA, AVELIINA HELM, UNIVERSITY OF TARTU, ESTONIA, STEFAN HEMPEL, FREIE UNIVERSITÄT BERLIN, GERMANY, JÖRN HENTSCHEL, FRIEDRICH-SCHILLER-UNIVERSITÄT JENA, GERMANY, BRUNO HÉRAULT, UNIVERSITÉ DE MONTPELLIER, FRANCE, ANA-MARIA HERE, TRANSILVANIA UNIVERSITY OF BRASOV, ROMANIA, KATHARINA HERZ, MARTIN LUTHER UNIVERSITY HALLE?WITTENBERG, GERMANY, MYRIAM HEUERTZ, UNIV. BORDEAUX, FRANCE, THOMAS HICKLER, GOETHE UNIVERSITY, GERMANY, PETER HIETZ, UNIVERSITY OF NATURAL RESOURCES AND LIFE SCIENCES, AUSTRIA, PEDRO HIGUCHI, SANTA CATARINA STATE UNIVERSITY, BRAZIL, ANDREW L. HIPP, THE MORTON ARBORETUM, USA, ANDREW HIRONS, UNIVERSITY CENTRE MYERSCOUGH, UK, MARIA HOCK, INSTITUTE FOR ECOSYSTEM RESEARCH/GEOBOTANY, GERMANY, JAMES AARON HOGAN, FLORIDA INTERNATIONAL UNIVERSITY, USA, KAREN HOLL, UNIVERSITY OF CALIFORNIA, USA, OLIVIER HONNAY, PLANT CONSERVATION AND POPULATION BIOLOGY, BELGIUM, KNUT ANDERS HOVSTAD, DEPARTMENT OF LANDSCAPE AND BIODIVERSITY, NORWAY, TOMOAKI ICHIE, KOCHI UNIVERSITY, JAPAN, BORIS IGIC, UNIVERSITY OF ILLINOIS AT CHICAGO, USA, ESTELA ILLA, UNIVERSITAT DE BARCELONA, SPAIN, MARNEY ISAAC, UNIVERSITY OF TORONTO, CANADA, BENJAMIN JACKSON, UNIVERSITY OF EDINBURGH, SCOTLAND, HERVÉ JACTEL, UNIV. BORDEAUX, FRANCE, ANDRZEJ M. JAGODZINSKI, UNIVERSITY OF LIFE SCIENCES, POLAND, UTE JANDT, MARTIN LUTHER UNIVERSITY HALLE-WITTENBERG, GERMANY, STEVEN JANSEN, ULM UNIVERSITY, GERMANY, THOMAS, University of Oxford [Oxford], University of Helsinki, Tarbiat Modaras University, Roma Tre University, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Centre for Biodiversity and Sustainable Land-use, University of Göttingen, Göttingen, Germany, Department of Biology, University of North Florida, Jacksonville, FL, USA, University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU), Department of Range Management, Faculty of Natural Resources and Marine Sciences, Tarbiat Modares University, Noor, Iran, University of Innsbruck, School of Geography, University of Leeds, Leeds, UK, Centre for Ecology and Conservation, College of Life and Environmental Sciences, University of Exeter, Penryn, UK., School of Biological Sciences, The University of Adelaide, Adelaide, SA, Australia, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of California at Berkeley, Berkeley, CA, USA, Department of Green Chemistry and Technology, Ghent University, Gent, Belgium, Department of Environment, Ghent University, Gent, Belgium, Department of Life and Environmental Sciences, Botany Division, University of Cagliari, Cagliari, Italy, Museo Nacional de Ciencias Naturales-CSIC, Madrid, Spain, Environmental Change Institute, University of Oxford, Oxford, UK, Institut für Biologie, Freie Universität Berlin, Berlin, Germany, Department of Biological and Environmental Sciences, University of Gothenburg, Gothenburg, Sweden, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil, Universiteit Gent = Ghent University [Belgium] (UGENT), School of Geography, Geology and Environment, University of Leicester, Leicester, UK, Institute of Landscape and Plant Ecology, University of Hohenheim, Stuttgart, Germany, Institute of Biology/Geobotany and Botanical Garden, Martin Luther University Halle-Wittenberg, Halle, Germany, German Center for Integrative Biodiversity Research (iDiv) Halle-Jena- Leipzig, Leipzig, Germany, University of Toronto [Scarborough, Canada], Faculty of Agricultural and Environmental Sciences, University of Rostock, Rostock, Germany, Università degli Studi di Roma 'La Sapienza' = Sapienza University [Rome], Dipartimento di Bioscienze, Università degli Studi di Milano, Milano, Italy, Department of Plant Biology and Ecology, University of the Basque Country UPV/ EHU, Bilbao, Spain, Department of Chemistry, Life Sciences and Environmental Sustainability, University of Parma, Parma, Italy, Department of Biotechnology and Life Sciences, University of Insubria, Varese, Italy, BIGEA, Department of Biological, Geological and Environmental Sciences, Alma Mater Studiorum – University of Bologna, Bologna, Italy, Escuela de Biología, Universidad de Costa Rica, San José, Costa Rica, The University of Arizona, Tucson, AZ, USA, University of Alaska [Anchorage], Royal Botanic Gardens, Kew, Department of Biology, University of Pisa, Pisa, Italy, Department of Plant Sciences, University of Cambridge, Cambridge, UK, Biotechnical Faculty, University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL)-AgroParisTech, Department of Plant and Soil Sciences, University of Pretoria, Pretoria, South Africa, Department of Landscape Architecture and Rural Systems Engineering, Seoul National University, Seoul, Republic of Korea, Department of Botany and Biodiversity Research, University of Vienna, Department of Environmental and Life Sciences – Biology, Karlstad University, Quantitative Plant Ecology and Biodiversity Research Laboratory, Department of Biology, Faculty of Science, Ferdowsi University of Mashhad, Justus Liebig University, Justus-Liebig-Universität Gießen (JLU), University of Sassari, Consiglio per la Ricerca in Agricoltura e l’analisi dell’economia agraria (CREA), Universidade de São Paulo (USP), Harvard University [Cambridge], Federal University of Rio Grande do Sul, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), University of Campinas [Campinas] (UNICAMP), University of Cagliari, Universidad de Chile, University of Natural Resources and Life Sciences (BOKU), University of California, Norwegian Institute of Bioeconomy Research (NIBIO), Kyoto University [Kyoto], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU), University of Venda, Philipps University of Marburg, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, State University of New York, Stonybrook, IT University of Copenhagen, Smithsonian Environmental Research Center, Humboldt University of Berlin, Georg-August-University [Göttingen], Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Nelson Mandela Metropolitan University [Port Elizabeth, South Africa], Netherlands Centre for Biodiversity Naturalis, University of Leipzig [Leipzig, Allemagne], Unité d'Agronomie, University of Debrecen-Research Centre for Molecular Medicine-Medical and Health Science Centre, Global Change Research Institute, University of California [Berkeley], Natural resources institute Finland, Universita degli Studi di Cagliari [Cagliari], Tel Aviv University [Tel Aviv], Oklahoma State University [Stillwater], Kyoto University [Kyoto]-Kyoto University [Kyoto], Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP), Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), Vrije universiteit = Free university of Amsterdam [Amsterdam] (VU), Universidad Autonoma de Madrid (UAM), University of Parma = Università degli studi di Parma [Parme, Italie], University of Milan, Forschungszentrum Juelich, Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), U.S. Department of Energy [Washington] (DOE)-UT-Battelle, LLC-Stony Brook University [SUNY] (SBU), State University of New York (SUNY)-State University of New York (SUNY), University of Extremadura, University of Göttingen - Georg-August-Universität Göttingen, Universidade de Lisboa (ULISBOA), Federal University of Lavras, Universita degli Studi di Padova, Leiden University, University of California [Riverside] (UCR), Ferdowsi University of Mashhad, Museo Nacional de Ciencias Naturales (MNCN), Departments of Botany and Zoology, Federal University of Para - Universidade Federal do Para [Belem - Brésil], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Orléans (UO), Institut national polytechnique Félix Houphouët-Boigny, Universität Leipzig [Leipzig], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas, Instituto Multidisciplinario de Biología Vegetal (IMBIV), and Factulad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales, Universidad Nacional de Córdoba, Córdoba, Argentina, Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Université Grenoble Alpes (UGA), Imperial College London, London SW7 2AZ, UK., Department of Zoology, University of Oxford, Oxford, UK, Balliol College, University of Oxford, Oxford, UK, University of Roma Tre, Rome, Italy, Biodiversity Conservation Laboratory, Department of Environment, University of the Aegean, Mytilene, Greece, Institute of Ecology and Evolution, University of Bern, Bern, Switzerland, Tartu Observatory, University of Tartu, Tartumaa, Estonia, Graduate School of Life Sciences, Tohoku University, Sendai, Japan, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Aix Marseille Université (AMU)-Avignon Université (AU), Universidad de Jaén, Jaén, Spain, UMR Nancy-Université- INRA Agronomie et Environnement Nancy-Colmar, Nancy Université, Conicet-Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas, Buenos Aires, Argentina, Environmental Sciences, Guelph, University of Massachusetts Amherst, Amherst, MA, USA, Wageningen University and Research Center (WUR), University of Victoria, Victoria, BC, Canada, Department of Ecology, University of Innsbruck, Innsbruck, Austria, Department of Biological Sciences-Lancaster University, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Helmholtz Centre for Environmental Research (UFZ), School of Informatics, Computing, and Cyber Systems, Northern Arizona University, Flagstaff, AZ, USA, Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Universiteit Gent [Ghent], School of Forest Resources and Conservation, University of Florida, Gainesville, FL, USA, University of Tasmania, Hobart, Tas., Australia, AMAP, IRD, Herbier de Nouvelle-Calédonie, Nouméa, New Caledonia, Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Friedrich-Schiller-Universität Jena, Jena, Germany, Università degli Studi di Roma 'La Sapienza' [Rome], wiss Federal Institute for Forest, Snow and Landscape Research WSL, Birmensdorf, Switzerland, Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Spain] (CSIC), Tropical Agricultural Centre for Research and Higher Education (CATIE), Tropical Agricultural Centre for Research and Higher Education, Univ. Bordeaux, INRAE, BIOGECO, Cestas, France, Department of Ecology, Evolution, and Behavior, University of Minnesota, St. Paul, MN, USA, Royal Botanic Gardens, Kew, West Sussex, UK, Department of Biology, Colorado State University, Fort Collins, CO, USA, Hawkesbury Institute for the Environment, Western Sydney University, Sydney, NSW, Australia, Department of Botany and Zoology, Masaryk University, Brno, Czech Republic, Faculty of Environmental Sciences, University of Life Sciences Prague, Praha-Suchdol, Czech Republic, Institute of Botany, Czech Academy of Sciences, Třeboň, Czech Republic, Department of Wildlife, Fish and Environmental Studies, Swedish University of Agricultural Sciences, Umeå, Sweden, MTA Centre for Ecological Research, Tihany, Hungary, Swedish Species Information Centre, Swedish University of Agricultural Sciences, Uppsala, Sweden, Université des Antilles (UA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Guyane (UG)-AgroParisTech-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), University of Florida [Gainesville], UFZ - Helmholtz Centre for Environmental Research, School of Geography, Earth and Environmental Sciences – University of Birmingham, Universitat Autònoma de Barcelona [Barcelona] (UAB), University of Ordu, Council for Agricultural Research and Economics (CREA), Université de Sherbrooke [Sherbrooke], Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), United States Department of Agriculture - USDA (USA), Smithsonian Institution, Carnegie Museum of Natural History, Friedrich-Schiller-Universität Jena, Biodiversité, Gènes et Communautés, Goethe-Universität Frankfurt am Main-Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung, University of Natural Resources and Applied Life Sciences (BOKU), Florida International University (FIU), Université Catholique de Louvain (UCL), Stanford University [Stanford], Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Tasmania (UTAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Charles University [Prague], Ghent University [Belgium] (UGENT), Helmholtz Zentrum für Umweltforschung (UFZ), Hokkaido University, Technical University of Munich (TUM), Wageningen University and Research Centre [Wageningen] (WUR), Georg-August-Universität Göttingen, Western Sydney University (UWS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département de Biologie, Université de Sherbrooke, Sherbrooke, QC, Canada, Université de Sherbrooke, Masaryk University, Czech Academy of Sciences [Prague] (ASCR), Natural Resources Institute Finland, Landcare Research [Lincoln], Université de Montréal [Montréal], Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] (ULB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ministère de l'Europe et des Affaires étrangères (MEAE), French Institute of Pondicherry (IFP), Normal Zhejiang University, Estonian University of Life Sciences, Institute of Biology Bucharest, Romanian Academy, VU University Amsterdam, Astronomical Institute of the Czech Academy of Sciences, Technische Universität München [München] (TUM), University of Parma, Cardiff School of Social Sciences, University of Cardiff, University of Minnesota [Twin Cities], Manaaki Whenua Landcare Research, Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Brookhaven National Laboratory [Upton] (BNL), Stony Brook University [SUNY] (SBU), University of Zürich [Zürich] (UZH), Algoma University [Canada], University of Goettingen, University of Wuerzburg, University of Würzburg, AFSSA, Sherbrooke University, University of Lisbon, Department of Biology (University of Florida), Florida Museum of Natural History, Technical University in Zvolen, University of Zvolen, Fac Forestry & Wood Sci, Université du Québec à Montréal (UQAM), Bioversity International, Consultative Group on International Agricultural Research [CGIAR], Université Clermont Auvergne (UCA), Vrije Universiteit [Brussels] (VUB), University of Tsukuba, Kattge, Jen, Bönisch, Gerhard, Díaz, Sandra, Lavorel, Sandra, Prentice, Iain Colin, Leadley, Paul, Tautenhahn, Susanne, Werner, Gijsbert D A, Aakala, Tuoma, Abedi, Mehdi, Acosta, Alicia Teresa Rosario, Adamidis, George C, Adamson, Kairi, Aiba, Masahiro, Albert, Cécile H, Alcántara, Julio M, Alcázar C, Carolina, Aleixo, Izabela, Ali, Hamada, Amiaud, Bernard, Ammer, Christian, Amoroso, Mariano M, Anand, Madhur, Anderson, Carolyn, Anten, Niel, Antos, Joseph, Apgaua, Deborah Mattos Guimarãe, Ashman, Tia-Lynn, Asmara, Degi Harja, Asner, Gregory P, Aspinwall, Michael, Atkin, Owen, Aubin, Isabelle, Baastrup-Spohr, Lar, Bahalkeh, Khadijeh, Bahn, Michael, Baker, Timothy, Baker, William J, Bakker, Jan P, Baldocchi, Denni, Baltzer, Jennifer, Banerjee, Arindam, Baranger, Anne, Barlow, Jo, Barneche, Diego R, Baruch, Zdravko, Bastianelli, Deni, Battles, John, Bauerle, William, Bauters, Marijn, Bazzato, Erika, Beckmann, Michael, Beeckman, Han, Beierkuhnlein, Carl, Bekker, Renee, Belfry, Gavin, Belluau, Michael, Beloiu, Mirela, Benavides, Raquel, Benomar, Lahcen, Berdugo-Lattke, Mary Lee, Berenguer, Erika, Bergamin, Rodrigo, Bergmann, Joana, Bergmann Carlucci, Marco, Berner, Logan, Bernhardt-Römermann, Marku, Bigler, Christof, Bjorkman, Anne D, Blackman, Chri, Blanco, Carolina, Blonder, Benjamin, Blumenthal, Dana, Bocanegra-González, Kelly T, Boeckx, Pascal, Bohlman, Stephanie, Böhning-Gaese, Katrin, Boisvert-Marsh, Laura, Bond, William, Bond-Lamberty, Ben, Boom, Arnoud, Boonman, Coline C F, Bordin, Kauane, Boughton, Elizabeth H, Boukili, Vanessa, Bowman, David M J S, Bravo, Sandra, Brendel, Marco Richard, Broadley, Martin R, Brown, Kerry A, Bruelheide, Helge, Brumnich, Federico, Bruun, Hans Henrik, Bruy, David, Buchanan, Serra W, Bucher, Solveig Franziska, Buchmann, Nina, Buitenwerf, Robert, Bunker, Daniel E, Bürger, Jana, Burrascano, Sabina, Burslem, David F R P, Butterfield, Bradley J, Byun, Chaeho, Marques, Marcia, Scalon, Marina C, Caccianiga, Marco, Cadotte, Marc, Cailleret, Maxime, Camac, Jame, Camarero, Jesús Julio, Campany, Courtney, Campetella, Giandiego, Campos, Juan Antonio, Cano-Arboleda, Laura, Canullo, Roberto, Carbognani, Michele, Carvalho, Fabio, Casanoves, Fernando, Castagneyrol, Bastien, Catford, Jane A, Cavender-Bares, Jeannine, Cerabolini, Bruno E L, Cervellini, Marco, Chacón-Madrigal, Eduardo, Chapin, Kenneth, Chapin, F Stuart, Chelli, Stefano, Chen, Si-Chong, Chen, Anping, Cherubini, Paolo, Chianucci, Francesco, Choat, Brendan, Chung, Kyong-Sook, Chytrý, Milan, Ciccarelli, Daniela, Coll, Lluí, Collins, Courtney G, Conti, Luisa, Coomes, David, Cornelissen, Johannes H C, Cornwell, William K, Corona, Piermaria, Coyea, Marie, Craine, Joseph, Craven, Dylan, Cromsigt, Joris P G M, Csecserits, Anikó, Cufar, Katarina, Cuntz, Matthia, da Silva, Ana Carolina, Dahlin, Kyla M, Dainese, Matteo, Dalke, Igor, Dalle Fratte, Michele, Dang-Le, Anh Tuan, Danihelka, Jirí, Dannoura, Masako, Dawson, Samantha, de Beer, Arend Jacobu, De Frutos, Angel, De Long, Jonathan R, Dechant, Benjamin, Delagrange, Sylvain, Delpierre, Nicola, Derroire, Géraldine, Dias, Arildo S, Diaz-Toribio, Milton Hugo, Dimitrakopoulos, Panayiotis G, Dobrowolski, Mark, Doktor, Daniel, Dřevojan, Pavel, Dong, Ning, Dransfield, John, Dressler, Stefan, Duarte, Leandro, Ducouret, Emilie, Dullinger, Stefan, Durka, Walter, Duursma, Remko, Dymova, Olga, E-Vojtkó, Anna, Eckstein, Rolf Lutz, Ejtehadi, Hamid, Elser, Jame, Emilio, Thaise, Engemann, Kristine, Erfanian, Mohammad Bagher, Erfmeier, Alexandra, Esquivel-Muelbert, Adriane, Esser, Gerd, Estiarte, Marc, Domingues, Tomas F, Fagan, William F, Fagúndez, Jaime, Falster, Daniel S, Fan, Ying, Fang, Jingyun, Farris, Emmanuele, Fazlioglu, Fatih, Feng, Yanhao, Fernandez-Mendez, Fernando, Ferrara, Carlotta, Ferreira, Joice, Fidelis, Alessandra, Finegan, Bryan, Firn, Jennifer, Flowers, Timothy J, Flynn, Dan F B, Fontana, Veronika, Forey, Estelle, Forgiarini, Cristiane, François, Loui, Frangipani, Marcelo, Frank, Dorothea, Frenette-Dussault, Cedric, Freschet, Grégoire T, Fry, Ellen L, Fyllas, Nikolaos M, Mazzochini, Guilherme G, Gachet, Sophie, Gallagher, Rachael, Ganade, Gislene, Ganga, Francesca, García-Palacios, Pablo, Gargaglione, Verónica, Garnier, Eric, Garrido, Jose Lui, de Gasper, André Luí, Gea-Izquierdo, Guillermo, Gibson, David, Gillison, Andrew N, Giroldo, Aelton, Glasenhardt, Mary-Claire, Gleason, Sean, Gliesch, Mariana, Goldberg, Emma, Göldel, Bastian, Gonzalez-Akre, Erika, Gonzalez-Andujar, Jose L, González-Melo, André, González-Robles, Ana, Graae, Bente Jessen, Granda, Elena, Graves, Sarah, Green, Walton A, Gregor, Thoma, Gross, Nicola, Guerin, Greg R, Günther, Angela, Gutiérrez, Alvaro G, Haddock, Lillie, Haines, Anna, Hall, Jefferson, Hambuckers, Alain, Han, Wenxuan, Harrison, Sandy P, Hattingh, Wesley, Hawes, Joseph E, He, Tianhua, He, Pengcheng, Heberling, Jacob Mason, Helm, Aveliina, Hempel, Stefan, Hentschel, Jörn, Hérault, Bruno, Hereş, Ana-Maria, Herz, Katharina, Heuertz, Myriam, Hickler, Thoma, Hietz, Peter, Higuchi, Pedro, Hipp, Andrew L, Hirons, Andrew, Hock, Maria, Hogan, James Aaron, Holl, Karen, Honnay, Olivier, Hornstein, Daniel, Hou, Enqing, Hough-Snee, Nate, Hovstad, Knut Ander, Ichie, Tomoaki, Igić, Bori, Illa, Estela, Isaac, Marney, Ishihara, Masae, Ivanov, Leonid, Ivanova, Larissa, Iversen, Colleen M, Izquierdo, Jordi, Jackson, Robert B, Jackson, Benjamin, Jactel, Hervé, Jagodzinski, Andrzej M, Jandt, Ute, Jansen, Steven, Jenkins, Thoma, Jentsch, Anke, Jespersen, Jens Rasmus Plantener, Jiang, Guo-Feng, Johansen, Jesper Liengaard, Johnson, David, Jokela, Eric J, Joly, Carlos Alfredo, Jordan, Gregory J, Joseph, Grant Stuart, Junaedi, Decky, Junker, Robert R, Justes, Eric, Kabzems, Richard, Kane, Jeffrey, Kaplan, Zdenek, Kattenborn, Teja, Kavelenova, Lyudmila, Kearsley, Elizabeth, Kempel, Anne, Kenzo, Tanaka, Kerkhoff, Andrew, Khalil, Mohammed I, Kinlock, Nicole L, Kissling, Wilm Daniel, Kitajima, Kaoru, Kitzberger, Thoma, Kjøller, Rasmu, Klein, Tamir, Kleyer, Michael, Klimešová, Jitka, Klipel, Joice, Kloeppel, Brian, Klotz, Stefan, Knops, Johannes M H, Kohyama, Takashi, Koike, Fumito, Kollmann, Johanne, Komac, Benjamin, Komatsu, Kimberly, König, Christian, Kraft, Nathan J B, Kramer, Koen, Kreft, Holger, Kühn, Ingolf, Kumarathunge, Dushan, Kuppler, Jona, Kurokawa, Hiroko, Kurosawa, Yoko, Kuyah, Shem, Laclau, Jean-Paul, Lafleur, Benoit, Lallai, Erik, Lamb, Eric, Lamprecht, Andrea, Larkin, Daniel J, Laughlin, Daniel, Le Bagousse-Pinguet, Yoann, le Maire, Guerric, le Roux, Peter C, le Roux, Elizabeth, Lee, Tali, Lens, Frederic, Lewis, Simon L, Lhotsky, Barbara, Li, Yuanzhi, Li, Xine, Lichstein, Jeremy W, Liebergesell, Mario, Lim, Jun Ying, Lin, Yan-Shih, Linares, Juan Carlo, Liu, Chunjiang, Liu, Daijun, Liu, Udayangani, Livingstone, Stuart, Llusià, Joan, Lohbeck, Madelon, López-García, Álvaro, Lopez-Gonzalez, Gabriela, Lososová, Zdeňka, Louault, Frédérique, Lukács, Balázs A, Lukeš, Petr, Luo, Yunjian, Lussu, Michele, Ma, Siyan, Maciel Rabelo Pereira, Camilla, Mack, Michelle, Maire, Vincent, Mäkelä, Annikki, Mäkinen, Harri, Malhado, Ana Claudia Mende, Mallik, Azim, Manning, Peter, Manzoni, Stefano, Marchetti, Zuleica, Marchino, Luca, Marcilio-Silva, Viniciu, Marcon, Eric, Marignani, Michela, Markesteijn, Lar, Martin, Adam, Martínez-Garza, Cristina, Martínez-Vilalta, Jordi, Mašková, Tereza, Mason, Kelly, Mason, Norman, Massad, Tara Joy, Masse, Jacynthe, Mayrose, Itay, Mccarthy, Jame, Mccormack, M Luke, Mcculloh, Katherine, Mcfadden, Ian R, Mcgill, Brian J, Mcpartland, Mara Y, Medeiros, Juliana S, Medlyn, Belinda, Meerts, Pierre, Mehrabi, Zia, Meir, Patrick, Melo, Felipe P L, Mencuccini, Maurizio, Meredieu, Céline, Messier, Julie, Mészáros, Ilona, Metsaranta, Juha, Michaletz, Sean T, Michelaki, Chrysanthi, Migalina, Svetlana, Milla, Ruben, Miller, Jesse E D, Minden, Vanessa, Ming, Ray, Mokany, Karel, Moles, Angela T, Molnár, Attila, Molofsky, Jane, Molz, Martin, Montgomery, Rebecca A, Monty, Arnaud, Moravcová, Lenka, Moreno-Martínez, Alvaro, Moretti, Marco, Mori, Akira S, Mori, Shigeta, Morris, Dave, Morrison, Jane, Mucina, Ladislav, Mueller, Sandra, Muir, Christopher D, Müller, Sandra Cristina, Munoz, Françoi, Myers-Smith, Isla H, Myster, Randall W, Nagano, Masahiro, Naidu, Shawna, Narayanan, Ayyappan, Natesan, Balachandran, Negoita, Luka, Nelson, Andrew S, Neuschulz, Eike Lena, Ni, Jian, Niedrist, Georg, Nieto, Jhon, Niinemets, Ülo, Nolan, Rachael, Nottebrock, Henning, Nouvellon, Yann, Novakovskiy, Alexander, Nystuen, Kristin Odden, O'Grady, Anthony, O'Hara, Kevin, O'Reilly-Nugent, Andrew, Oakley, Simon, Oberhuber, Walter, Ohtsuka, Toshiyuki, Oliveira, Ricardo, Öllerer, Kinga, Olson, Mark E, Onipchenko, Vladimir, Onoda, Yusuke, Onstein, Renske E, Ordonez, Jenny C, Osada, Noriyuki, Ostonen, Ivika, Ottaviani, Gianluigi, Otto, Sarah, Overbeck, Gerhard E, Ozinga, Wim A, Pahl, Anna T, Paine, C E Timothy, Pakeman, Robin J, Papageorgiou, Aristotelis C, Parfionova, Evgeniya, Pärtel, Meeli, Patacca, Marco, Paula, Susana, Paule, Juraj, Pauli, Harald, Pausas, Juli G, Peco, Begoña, Penuelas, Josep, Perea, Antonio, Peri, Pablo Lui, Petisco-Souza, Ana Carolina, Petraglia, Alessandro, Petritan, Any Mary, Phillips, Oliver L, Pierce, Simon, Pillar, Valério D, Pisek, Jan, Pomogaybin, Alexandr, Poorter, Hendrik, Portsmuth, Angelika, Poschlod, Peter, Potvin, Catherine, Pounds, Devon, Powell, A Shafer, Power, Sally A, Prinzing, Andrea, Puglielli, Giacomo, Pyšek, Petr, Raevel, Valerie, Rammig, Anja, Ransijn, Johanne, Ray, Courtenay A, Reich, Peter B, Reichstein, Marku, Reid, Douglas E B, Réjou-Méchain, Maxime, de Dios, Victor Resco, Ribeiro, Sabina, Richardson, Sarah, Riibak, Kersti, Rillig, Matthias C, Riviera, Fiamma, Robert, Elisabeth M R, Roberts, Scott, Robroek, Bjorn, Roddy, Adam, Rodrigues, Arthur Viniciu, Rogers, Alistair, Rollinson, Emily, Rolo, Victor, Römermann, Christine, Ronzhina, Dina, Roscher, Christiane, Rosell, Julieta A, Rosenfield, Milena Fermina, Rossi, Christian, Roy, David B, Royer-Tardif, Samuel, Rüger, Nadja, Ruiz-Peinado, Ricardo, Rumpf, Sabine B, Rusch, Graciela M, Ryo, Masahiro, Sack, Lawren, Saldaña, Angela, Salgado-Negret, Beatriz, Salguero-Gomez, Roberto, Santa-Regina, Ignacio, Santacruz-García, Ana Carolina, Santos, Joaquim, Sardans, Jordi, Schamp, Brandon, Scherer-Lorenzen, Michael, Schleuning, Matthia, Schmid, Bernhard, Schmidt, Marco, Schmitt, Sylvain, Schneider, Julio V, Schowanek, Simon D, Schrader, Julian, Schrodt, Franziska, Schuldt, Bernhard, Schurr, Frank, Selaya Garvizu, Galia, Semchenko, Marina, Seymour, Colleen, Sfair, Julia C, Sharpe, Joanne M, Sheppard, Christine S, Sheremetiev, Serge, Shiodera, Satomi, Shipley, Bill, Shovon, Tanvir Ahmed, Siebenkäs, Alrun, Sierra, Carlo, Silva, Vasco, Silva, Mateu, Sitzia, Tommaso, Sjöman, Henrik, Slot, Martijn, Smith, Nicholas G, Sodhi, Darwin, Soltis, Pamela, Soltis, Dougla, Somers, Ben, Sonnier, Grégory, Sørensen, Mia Vedel, Sosinski, Enio Egon, Soudzilovskaia, Nadejda A, Souza, Alexandre F, Spasojevic, Marko, Sperandii, Marta Gaia, Stan, Amanda B, Stegen, Jame, Steinbauer, Klau, Stephan, Jörg G, Sterck, Frank, Stojanovic, Dejan B, Strydom, Tanya, Suarez, Maria Laura, Svenning, Jens-Christian, Svitková, Ivana, Svitok, Marek, Svoboda, Miroslav, Swaine, Emily, Swenson, Nathan, Tabarelli, Marcelo, Takagi, Kentaro, Tappeiner, Ulrike, Tarifa, Rubén, Tauugourdeau, Simon, Tavsanoglu, Cagatay, Te Beest, Mariska, Tedersoo, Leho, Thiffault, Nelson, Thom, Dominik, Thomas, Evert, Thompson, Ken, Thornton, Peter E, Thuiller, Wilfried, Tichý, Lubomír, Tissue, David, Tjoelker, Mark G, Tng, David Yue Phin, Tobias, Joseph, Török, Péter, Tarin, Tonantzin, Torres-Ruiz, José M, Tóthmérész, Béla, Treurnicht, Martina, Trivellone, Valeria, Trolliet, Franck, Trotsiuk, Volodymyr, Tsakalos, James L, Tsiripidis, Ioanni, Tysklind, Nikla, Umehara, Toru, Usoltsev, Vladimir, Vadeboncoeur, Matthew, Vaezi, Jamil, Valladares, Fernando, Vamosi, Jana, van Bodegom, Peter M, van Breugel, Michiel, Van Cleemput, Elisa, van de Weg, Martine, van der Merwe, Stephni, van der Plas, Fon, van der Sande, Masha T, van Kleunen, Mark, Van Meerbeek, Koenraad, Vanderwel, Mark, Vanselow, Kim André, Vårhammar, Angelica, Varone, Laura, Vasquez Valderrama, Maribel Yesenia, Vassilev, Kiril, Vellend, Mark, Veneklaas, Erik J, Verbeeck, Han, Verheyen, Kri, Vibrans, Alexander, Vieira, Ima, Villacís, Jaime, Violle, Cyrille, Vivek, Pandi, Wagner, Katrin, Waldram, Matthew, Waldron, Anthony, Walker, Anthony P, Waller, Martyn, Walther, Gabriel, Wang, Han, Wang, Feng, Wang, Weiqi, Watkins, Harry, Watkins, Jame, Weber, Ulrich, Weedon, James T, Wei, Liping, Weigelt, Patrick, Weiher, Evan, Wells, Aidan W, Wellstein, Camilla, Wenk, Elizabeth, Westoby, Mark, Westwood, Alana, White, Philip John, Whitten, Mark, Williams, Mathew, Winkler, Daniel E, Winter, Klau, Womack, Chevonne, Wright, Ian J, Wright, S Joseph, Wright, Justin, Pinho, Bruno X, Ximenes, Fabiano, Yamada, Toshihiro, Yamaji, Keiko, Yanai, Ruth, Yankov, Nikolay, Yguel, Benjamin, Zanini, Kátia Janaina, Zanne, Amy E, Zelený, David, Zhao, Yun-Peng, Zheng, Jingming, Zheng, Ji, Ziemińska, Kasia, Zirbel, Chad R, Zizka, Georg, Zo-Bi, Irié Casimir, Zotz, Gerhard, Wirth, Christian, AXA Research Fund, Commission of the European Communities, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-École pratique des hautes études (EPHE), Leydet, Michelle, Max Planck Institute for Biogeochemistry, German Center for Integrative Biodiversity Research (iDiv) Halle-Jena-Leipzig, Universidad Nacional de Córdoba, LECA, Imperial College, Université Paris-Saclay, Tarbiat Modares University, University of Roma Tre, Tohoku University, IMBE, Universidad de Jaén, Instituto Alexander Von Humboldt, National Institute of Amazonian Research (INPA), Suez Canal University, Université de Lorraine, University of Göttingen, Universidad Nacional de Río Negro, Conicet-Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas, Pacific Northwest National Laboratory, University of Massachusetts Amherst, Wageningen University, University of Victoria, James Cook University, University of Pittsburgh, Université Laval, Arizona State University, University of North Florida, Australian National University, Natural Resources Canada, University of Copenhagen, Royal Botanic Gardens Kew, University of Groningen, University of California Berkeley, Wilfrid Laurier University, University of Minnesota, The University of Adelaide, UMR SELMET, Univ Montpellier, University of California at Berkeley, Colorado State University, Ghent University, Helmholtz Centre for Environmental Research – UFZ, Royal Museum for Central Africa, University of Tennessee, Rocky Mountain Biological Laboratory, Université du Québec À Montréal, Museo Nacional de Ciencias Naturales-CSIC, Universidad Nacional de Colombia, Fundación Natura, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Northern Arizona University, Friedrich Schiller University Jena, ETH Zurich, University of Gothenburg, Université Clermont-Auvergne, USDA-ARS Rangeland Resources & Systems Research Unit, Grupo de Investigación en Biodiversidad y Dinámica de Ecosistémas Tropicales - Universidad del Tolima, University of Florida, Senckenberg Biodiversity and Climate Research Centre, Goethe Universität Frankfurt, University of Cape Town, SAEON Fynbos Node, Radboud University, Archbold Biological Station's Buck Island Ranch, University of Connecticut, University of Tasmania, Universidad Nacional de Santiago del Estero, University of Nottingham, Kingston University, Martin Luther University Halle-Wittenberg, Universidad Nacional del Litoral (FICH-UNL), Université de Montpellier, Herbier de Nouvelle-Calédonie, University of Toronto Scarborough, Aarhus University, New Jersey Institute of Technology, Sapienza University of Rome, Yonsei University, Università degli Studi di Milano, Aix-Marseille University, ETH Zürich, Snow and Landscape Research WSL, The University of Melbourne, Instituto Pirenaico de Ecología (IPE-CSIC), Colgate University, University of Camerino, University of the Basque Country UPV/EHU, CATIE-Centro Agronómico Tropical de Investigación y Enseñanza, BIOGECO, King's College London, University of Insubria, Alma Mater Studiorum – University of Bologna, Universidad de Costa Rica, The University of Arizona, University of Alaska Fairbanks, Royal Botanic Gardens, WSL Swiss Federal Research Institute, University of British Columbia, CREA – Research Centre for Forestry and Wood, Jungwon University, University of Pisa, University of Lleida, Joint Research Unit CTFC – AGROTECNIO, University of California Riverside, University of Life Sciences Prague, Czech Academy of Sciences, University of Cambridge, Vrije Universiteit, UNSW Sydney, Jonah Ventures, Universidad Mayor, Swedish University of Agricultural Sciences, Nelson Mandela University, MTA Centre for Ecological Research, UMR Silva, Santa Catarina State University, Michigan State University, Institute of Biology of Komi Science Centre of the Ural Branch of the Russian Academy of Sciences, University of Science – Vietnam National University Ho Chi Minh City, University of Pretoria, Netherlands Institute of Ecology, UFZ – Helmholtz Centre for Environmental Research, Seoul National University, Institute of Temperate Forest Sciences (ISFORT), UQO, Université de la Guyane), Goethe-Universität Frankfurt, Iluka Resources, The University of Western Australia, University of Vienna, University of South Bohemia, Karlstad University, Earth and Environmental Sciences – University of Birmingham, Spanish National Research Council – CSIC, CREAF, University of Maryland, University of A Coruña, Rutgers University, Peking University, Ordu University, Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA), Universidade Estadual Paulista (Unesp), Queensland University of Technology (QUT), Arnold Arboretum of Harvard University, Université de Rouen, University of Liège, Géopole de l'Université de Sherbrooke, Paul Sabatier University Toulouse, University of Manchester, Universidade Federal do Rio Grande do Norte – UFRN, Universidad Rey Juan Carlos, Universidad Nacional de La Patagonia Austral, Univ. Paul Valéry, Consejo Superior de Investigaciones Científicas, Universidade Regional de Blumenau, Southern Illinois University Carbondale, Instituto Federal de Educação Ciência e Tecnologia do Ceará, Agricultural Research Service, ETH Zürich (Swiss Federal Institute of Technology), CSIC – Institute for Sustainable Agriculture (IAS), Universidad del Rosario, Norwegian University of Science and Technology NTNU, University of Alcalá, UMR Ecosystème Prairial, The University of Manchester, China Agricultural University, Chinese Academy of Sciences, University of Reading, University of the Witwatersrand, Anglia Ruskin University, Norwegian University of Life Sciences, Curtin University, INP-HB, Scientific Campus of the University of the Basque Country, Goethe University, University of Natural Resources and Life Sciences, The Field Museum, Florida International University, US Department of Energy, Santa Cruz, Evolution and Biodiversity Conservation, Kochi University, University of Illinois at Chicago, Universitat de Barcelona, University of Toronto, Ural Branch of the Russian Academy of Sciences, Oak Ridge National Laboratory, Universitat Politècnica de Catalunya, Polish Academy of Sciences, Poznan University of Life Sciences, Ulm University, Guangxi University, Jl. Kebun Raya Cibodas, Philipps-University Marburg, University Salzburg, CIRAD, Humboldt State University, The Czech Academy of Sciences, Charles University, Karlsruhe Institute of Technology, Forestry and Forest Products Research Institute, State University of New York at Stony Brook, University of Amsterdam, CONICET, Universidad Nacional del Comahue, Weizmann Institute of Science, Helmholtz Centre for Environmental Research-UFZ, Xi'an Jiaotong Liverpool University, Technical University of Munich, Wageningen University & Research, Land Life Company, Coconut Research Institute of Sri Lanka, UMR Eco&Sols, University of Montpellier, Université du Québec en Abitibi-Témiscamingue, University of Saskatchewan, University of Natural Resources and Life Sciences Vienna, University of Wyoming, University of Wisconsin Eau Claire, Naturalis Biodiversity Center, University College London, Sun Yat-sen University, University of Leipzig, Shanghai Jiao Tong University, National Forestry and Grassland Administration, Universitat Autònoma de Barcelona, Wageningen University and Research, World Agroforestry (ICRAF), University of Jaén, DRI, Global Change Research Institute AS CR, Université du Québec à Trois-Rivières, Federal University of Alagoas, Bolin Centre for Climate Research, Universidad Autónoma del Estado de Morelos, Manaaki Whenua - Landcare Research, Institut de recherche en biologie végétale, Université de Montréal, Tel Aviv University, The University of Queensland, CSIRO, Manaaki Whenua – Landcare Research, Université Libre de Bruxelles, The Australian National University, The University of Edinburgh, Universidade Federal de Pernambuco (UFPE), ICREA, UEFP, University of Waterloo, Tulipan s/n, Vrije Universiteit Brussel, University of Illinois at Urbana-Champaign, University of Vermont, Centre for Northern Forest Ecosystem Research, Matieland, University of Freiburg, University of Hawai'i, Université Grenoble-Alpes, French Institute of Pondicherry, Oklahoma State University, Charles Darwin Research Station, University of Idaho, Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Universidad Distrital Francisco José de Caldas, NORD University, NTNU, Gifu University, Romanian Academy, Tercer Circuito s/n de Ciudad Universitaria, Universidad Nacional Autónoma de México, Moscow Lomonosov State University, Universidad de las Américas, Wageningen Environmental Research, Technische Universität München, University of New England, Democritus University of Thrace, Universidad Austral de Chile, Desertification Research Center (CIDE-CSIC), Universidad Autónoma de Madrid, Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA), National Institute for Research-Development in Forestry, University of Regensburg, McGill University, Morton Arboretum, Université Rennes 1/CNRS, Université Paul Valéry, Southwest University of Science and Technology, Universitat de Lleida, Universidade Federal do Acre, Manaaki Whenua-Landcare Research, Centre for Ecological Research and Forestry Applications (CREAF), Royal Museum for Central-Africa (RMCA), Mississippi State University, Radboud University Nijmegen, Yale University, Brookhaven National Laboratory, Ciudad Universitaria, University of Zurich, Chastè Planta-Wildenberg, Centre for Ecology & Hydrology (CEH), Canadian Forest Service, University of Valladolid-INIA, University of Lausanne, Norwegian Institute for Nature Research, Oxford University, Instituto de Recursos Naturales y Agrobiología de Salamanca (IRNASA-CSIC), Universidade de Coimbra, Senckenberg Biodiversität und Klima Forschungszentrum (SBiK-F), Palmengarten der Stadt Frankfurt am Main, Research Institute for Humanity and Nature, University of Regina, Technische Universität Ilmenau, Università degli Studi di Padova, Gothenburg Botanical Garden, Texas Tech University, Archbold Biological Station, Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Slovak Academy of Sciences, Czech University of Life Sciences, Estación Experimental de Zonas Áridas (CSIC), CIRAD-UMR SELMET-PZZS, Hacettepe University, Utrecht University, Canadian Wood Fibre Centre, University of Sheffield, Silwood Park, MTA-DE Lendület Functional and Restoration Ecology Research Group, University of Delaware, UMR PIAF, MTA-TKI Biodiversity and Ecosystem Services Research Group, University of Illinois, Botanical Garden of Ural Branch of Russian Academy of Sciences, University of New Hampshire, National University of Singapore, Edinburgh University, Florida Institute of Technology, University of Konstanz, Taizhou University, University of Erlangen-Nuremberg, Universidad de Concepcion, Bulgarian Academy of Sciences, Museu Paraense Emilio Goeldi, Universidad de las Fuerzas Armadas (ESPE), Goa University, Pondicherry University, Carl von Ossietzky University of Oldenburg, Cambridge Conservation Initiative, Tsinghua University, Chinese Academy of Forestry, Fujian Normal University, Vrije Universiteit Amsterdam, Maritime and Science Technology Academy, University of Winnipeg, King Saud University, University of California – Irvine, U. S. Geological Survey, Duke University, NSW Department of Primary Industries, SUNY-College of Environmental Science and Forestry, Sorbonne-Université, Laboratório de Ecologia Vegetal (LEVEG), George Washington University, National Taiwan University, Institut National Polytechnique Félix Houphouët-Boigny (INP-HB), University Oldenburg, and Biyoloji
Subjects: [SDE] Environmental Sciences, LIFE-HISTORY, Geography & travel, WOOD DENSITY, plant trait, Biodiversity & Conservation, 05 Environmental Sciences, Growth, 580 Plants (Botany), COMMUNITY COMPOSITION, ROOT TRAITS, Biologiska vetenskaper, Ecological modeling, data coverage, data integration, data representativeness, functional diversity, plant traits, TRY plant trait database, Biodiversity, Ecology, Plants, Access to Information, Ecosystem, data representativene, ddc:910, General Environmental Science, Global and Planetary Change, GLOBAL PATTERNS, food and beverages, LEAF PHOTOSYNTHETIC TRAITS, Biological Sciences, CAVElab, Data processing, ddc:580, [SDE]Environmental Sciences, Biodiversity Conservation, Life Sciences & Biomedicine, INCLINATION ANGLE DISTRIBUTION, Environmental Sciences & Ecology, Ecology and Environment, Database, LITTER DECOMPOSITION, ddc:570, Datenintegration, Environmental Chemistry, DDC 004 / Data processing & computer science, Intraspecific competition, Data integration (Computer science), Science & Technology, Biology and Life Sciences, Plant, 06 Biological Sciences, Environmental factor, Nutrient Network, Biology and Microbiology, FUNCTIONAL TRAITS, DDC 580 / Botanical sciences, Earth and Environmental Sciences, ddc:004, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Environmental Sciences, RELATIVE GROWTH-RATE
Abstract: Plant traits—the morphological, anatomical, physiological, biochemical and phenological characteristics of plants—determine how plants respond to environmental factors, affect other trophic levels, and influence ecosystem properties and their benefits and detriments to people. Plant trait data thus represent the basis for a vast area of research spanning from evolutionary biology, community and functional ecology, to biodiversity conservation, ecosystem and landscape management, restoration, biogeography and earth system modelling. Since its foundation in 2007, the TRY database of plant traits has grown continuously. It now provides unprecedented data coverage under an open access data policy and is the main plant trait database used by the research community worldwide. Increasingly, the TRY database also supports new frontiers of trait-based plant research, including the identification of data gaps and the subsequent mobilization or measurement of new data. To support this development, in this article we evaluate the extent of the trait data compiled in TRY and analyse emerging patterns of data coverage and representativeness. Best species coverage is achieved for categorical traits—almost complete coverage for ‘plant growth form’. However, most traits relevant for ecology and vegetation modelling are characterized by continuous intraspecific variation and trait–environmental relationships. These traits have to be measured on individual plants in their respective environment. Despite unprecedented data coverage, we observe a humbling lack of completeness and representativeness of these continuous traits in many aspects. We, therefore, conclude that reducing data gaps and biases in the TRY database remains a key challenge and requires a coordinated approach to data mobilization and trait measurements. This can only be achieved in collaboration with other initiatives., publishedVersion
Published: 2020

33. Diatom DNA metabarcoding for ecological assessment: Comparison among bioinformatics pipelines used in six European countries reveals the need for standardization

Author: Jean-Marc Frigerio, Martyn Kelly, Ana Baričević, Maria Kahlert, Sebastian Proft, Teofana Chonova, Demetrio Mora, Jonas Zimmermann, Martin Pfannkuchen, Laure Apothéloz-Perret-Gentil, Valentin Vasselon, Mathieu Ramon, Bonnie Bailet, Alain Franc, Swedish University of Agricultural Sciences (SLU), University of Geneva [Switzerland], Institut Ruđer Bošković (IRB), Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques (CARRTEL), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of Nottingham, UK (UON), Freie Universität Berlin, Fera Science Ltd, Stiftelsen Oscar och Lili Lamms Minne Swedish Agency for Marine andWater Management Ministry of Agriculture and Forestry in Finland Federal Ministry of Education and Research (German Barcode of Life 2 Diatoms (GBOL2)) 01LI1501ECroatian Science Foundation project: Life strategies of phytoplankton in the northern Adriatic UIP-2014-09-6563European COST-Action DNAqua Net CA15219, Université de Genève = University of Geneva (UNIGE), and Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest
Subjects: Environmental Engineering, 010504 meteorology & atmospheric sciences, Standardization, rbcL, 010501 environmental sciences, Bioinformatics, 01 natural sciences, Morphological identification, Rivers, Environmental Chemistry, DNA Barcoding, Taxonomic, Bacillariophyta, Waste Management and Disposal, Relative species abundance, 0105 earth and related environmental sciences, Biotic index, Diatoms, biology, Ecology, Comparability, Computational Biology, Ecological assessment, 500 Naturwissenschaften und Mathematik::570 Biowissenschaften, Biologie::570 Biowissenschaften, Biologie, biology.organism_classification, Pollution, Europe, Geography, Taxon, Diatom, Water Framework Directive, Biomonitoring, Metabarcoding, 18S-V4, [SDE]Environmental Sciences
Abstract: Ecological assessment of lakes and rivers using benthic diatom assemblages currently requires considerable taxonomic expertise to identify species using light microscopy. This traditional approach is also time-consuming. Diatom metabarcoding is a promising alternative and there is increasing interest in using this approach for routine assessment. However, until now, analysis protocols for diatom metabarcoding have been developed and optimised by research groups working in isolation. The diversity of existing bioinformatics methods highlights the need for an assessment of the performance and comparability of results of different methods. The aim of this study was to test the correspondence of outputs from six bioinformatics pipelines currently in use for diatom metabarcoding in different European countries. Raw sequence data from 29 biofilm samples were treated by each of the bioinformatics pipelines, five of them using the same curated reference database. The outputs of the pipelines were compared in terms of sequence unit assemblages, taxonomic assignment, biotic index score and ecological assessment outcomes. The three last components were also compared to outputs from traditional light microscopy, which is currently accepted for ecological assessment of phytobenthos, as required by the Water Framework Directive. We also tested the performance of the pipelines on the two DNA markers (rbcL and 185-V4) that are currently used by the working groups participating in this study. The sequence unit assemblages produced by different pipelines showed significant differences in terms of assigned and unassigned read numbers and sequence unit numbers. When comparing the taxonomic assignments at genus and species level, correspondence of the taxonomic assemblages between pipelines was weak. Most discrepancies were linked to differential detection or quantification of taxa, despite the use of the same reference database. Subsequent calculation of biotic index scores also showed significant differences between approaches, which were reflected in the final ecological assessment. Use of the rbcL marker always resulted in better correlation among molecular datasets and also in results closer to these generated using traditional microscopy. This study shows that decisions made in pipeline design have implications for the dataset's structure and the taxonomic assemblage, which in turn may affect biotic index calculation and ecological assessment. There is a need to define best-practice bioinformatics parameters in order to ensure the best representation of diatom assemblages. Only the use of similar parameters will ensure the compatibility of data from different working groups. The future of diatom metabarcoding for ecological assessment may also lie in the development of new metrics using, for example, presence/absence instead of relative abundance data. (C) 2020 The Authors. Published by Elsevier B.V.
Published: 2020
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34. Les routes de la poste à cheval et les petites villes en France (1632-1833)

Author: Bretagnolle, Anne, Franc, Alain, Géographie-cités (GC (UMR_8504)), Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ANR Transmondyn, and Céline Pérol et Jean-Luc Fray
Subjects: systèmes de peuplement, settlement systems, graph theory, XVIIe – XIXe centuries, COUV, urban hierarchy, PARIS team, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, accessibility, modelling, Historical geography, hiérarchie urbaine, XVIIe – XIXe siècles, Géohistoire, théorie des graphes, France, [MATH]Mathematics [math], accessibilité, modélisation
Abstract: International audience; The 18th century constitutes a major change in the relation between small cities and roads. This work is based on two different databases, the nodes of the postal roads digitalized at different dates between 1708 and 1833 and the populations of cities between 1700 and 1831 (the smallest cities being under-represented in these sources in the beginning of the period). Using different indicators or statistical models, we are interested in two different patterns that emerge in the second half of the 18th century: A dramatic change in the functional relation space, with the shrinking of the north of France and the circumvention of mountains; An integration city networks at a French scale, through a top-down process (the emergence of new hub cities that become necessary transport stages for luxury trade) and a bottom-up process (the emergence of the new administrative “chefs-lieux” after the Revolution). These different analyses are based on theoretical hypothesis suggested by historians, such as Bernard Lepetit.; Notre contribution s’attache à montrer que le 18ème siècle constitue un tournant majeur dans la relation entre les petites villes et la route. Nous nous appuyons sur l’exploration de deux bases de données : les relais des routes de la poste à cheval, numérisés dans un Système d’Information Géographique de 1708 à 1833 et la population des villes de 1700 à 1831 (les petites villes étant peu représentées dans ces sources en début de période). Par l’analyse de graphes et la modélisation, nous nous intéressons à deux changements principaux. Tout d’abord, une transformation forte de l’espace des échanges inter-urbains, caractérisée par la contraction du nord de la France et l’évitement des reliefs montagneux ; ensuite, une intégration progressive des réseaux de villes à l’échelon de la France entière, qui s’opère à la fois par le haut (émergence de grands carrefours nationaux permettant la circulation des produits du commerce de luxe) et par le bas (mise en place d’une trame dense et régulière de chefs-lieux de départements après la Révolution) ; Les principales hypothèses théoriques qui guident nos analyses sont issues des travaux des historiens, notamment Bernard Lepetit.
Published: 2020

35. Can Oak Powdery Mildew Severity be Explained by Indirect Effects of Climate on the Composition of the Erysiphe Pathogenic Complex?

Author: Damien Dezette, Benoit Marçais, Dominique Piou, Marie-Laure Desprez-Loustau, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Département de la Santé des Forêts, Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt (DGAL-SDQPV), Biodiversité, Gènes et Communautés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)
Subjects: 0106 biological sciences, Climate, education, Context (language use), Plant Science, Biology, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Invasive species, Ascomycota, Erysiphe alphitoides, Botany, épidémiologie végétale, Erysiphe, mildew, Overwintering, Plant Diseases, Mildew, Geography, Temperature, food and beverages, 15. Life on land, biology.organism_classification, ecology and epidemiology, Horticulture, Logistic Models, 13. Climate action, mildiou, Shoot, Seasons, quercus, erysiphe, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Introduced Species, Agronomy and Crop Science, Plant Shoots, Powdery mildew, 010606 plant biology & botany
Abstract: Coinfection by several pathogens is increasingly recognized as an important feature in the epidemiology and evolution of plant fungal pathogens. Oak mildew is induced by two closely related Erysiphe invasive species (Erysiphe alphitoides and E. quercicola) which differ in their mode of overwintering. We investigated how climate influences the co-occurrence of the two species in oak young stands and whether this is important for the disease epidemiology. We studied the frequency of flag-shoots (i.e., shoots developing from infected buds, usually associated with E. quercicola) in 95 oak regenerations over a 6-year period. Additionally, in 2012 and 2013, the oak mildew severity and the two Erysiphe spp. relative frequencies were determined in both spring and autumn in 51 regenerations and 43 1-year-old plantations of oaks. Both the frequency of flag-shoots and the proportion of Erysiphe lesions with E. quercicola presence were related to climate. We showed that survival of E. quercicola was improved after mild winters, with increase of both the flag-shoot frequency and the proportion of Erysiphe lesions with E. quercicola presence in spring. However, disease severity was not related to any complementarity effect between the two Erysiphe spp. causing oak powdery mildew. By contrast, increased E. alphitoides prevalence in spring was associated with higher oak mildew severity in autumn. Our results point out the critical role of between-season transmission and primary inoculum to explain disease dynamics which could be significant in a climate-warming context.
Published: 2017

36. Advances in ecological genomics in forest trees and applications to genetic resources conservation and breeding

Author: Margaret Staton, Jason A. Holliday, Santiago C. González-Martínez, Bruno Fady, Christophe Plomion, Christian Lexer, Ross W. Whetten, Myriam Heuertz, Sally N. Aitken, Janice E. K. Cooke, J. P. Jaramillo-Correa, Department of Forest Resources and Environmental Conservation [Blacksburg], Virginia Tech [Blacksburg], Department of Forest and Conservation Sciences, University of British Columbia (UBC), Department of Biological Sciences, University of Alberta, Ecologie des Forêts Méditerranéennes [Avignon] (URFM 629), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biodiversité, Gènes et Communautés, Institute of Ecology, Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), Department of Botany and Biodiversity Research, Faculty of Life Sciences, University of Vienna, Department of Entomology and Plant Pathology, The University of Tennessee [Knoxville], Department of Forestry and Environmental Resources, North Carolina State University [Raleigh] (NC State), University of North Carolina System (UNC)-University of North Carolina System (UNC), LabEx Arbre (ANR-11-LABX-0002-01), the Equipex Xyloforest (ANR-10-EQPX-16)/ IdEx Bordeaux (ANR No.-10-IDEX-03-02), European Project: 676876, Ecologie des Forêts Méditerranéennes (URFM), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), University of Vienna [Vienna], and Universidad Nacional Autónoma de México = National Autonomous University of Mexico (UNAM)
Subjects: 0301 basic medicine, Conservation genetics, arbre forestier, Range (biology), Population, Climate change, Genomics, adaptation, phylogeography, Biology, forest tree, 03 medical and health sciences, genomics/proteomics, évolution moléculaire, genomics, Genetics, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, education, génomique végétale, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, education.field_of_study, Land use, molecular evolution, Ecology, forestry, phylogéographie, 15. Life on land, Forest genetic resources, Phylogeography, 030104 developmental biology, conservation genetics, 13. Climate action, conservation des ressources génétiques
Abstract: Forest trees are an unparalleled group of organisms in their combined ecological, economic and societal importance. With widespread distributions, predominantly random mating systems and large population sizes, most tree species harbour extensive genetic variation both within and among populations. At the same time, demographic processes associated with Pleistocene climate oscillations and land-use change have affected contemporary range-wide diversity and may impinge on the potential for future adaptation. Understanding how these adaptive and neutral processes have shaped the genomes of trees species is therefore central to their management and conservation. As for many other taxa, the advent of high-throughput sequencing methods is expected to yield an understanding of the interplay between the genome and environment at a level of detail and depth not possible only a few years ago. An international conference entitled ‘Genomics and Forest Tree Genetics’ was held in May 2016, in Arcachon (France), and brought together forest geneticists with a wide range of research interests to disseminate recent efforts that leverage contemporary genomic tools to probe the population, quantitative and evolutionary genomics of trees. An important goal of the conference was to discuss how such data can be applied to both genome-enabled breeding and the conservation of forest genetic resources under land use and climate change. Here, we report discoveries presented at the meeting and discuss how the ecological genomic toolkit can be used to address both basic and applied questions in tree biology.
Published: 2017

37. Wood-derived-biochar combined with compost or iron grit for in situ stabilization of Cd, Pb, and Zn in a contaminated soil

Author: Gabriel Rosette, Lilian Marchand, Michel Mench, Nadège Oustriere, Wolfgang Friesl-Hanl, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Energy Department, Politecnico di Milano [Milan] (POLIMI), Biodiversité, Gènes et Communautés, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: phytomanagement, metal, sol contamine, Iron, Health, Toxicology and Mutagenesis, Amendment, 010501 environmental sciences, engineering.material, 01 natural sciences, Soil, Metals, Heavy, Biochar, Soil Pollutants, Environmental Chemistry, biochar, steel industry, Environmental Restoration and Remediation, 0105 earth and related environmental sciences, 2. Zero hunger, métallurgie, Compost, Chemistry, Phaseolus vulgaris L, phaseolus vulgaris, Soil classification, 04 agricultural and veterinary sciences, General Medicine, 15. Life on land, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, Wood, Pollution, Soil contamination, soil pore water, 6. Clean water, Soil conditioner, Horticulture, dépôt atmosphérique, Agronomy, Charcoal, Soil water, 040103 agronomy & agriculture, engineering, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, soil contamination
Abstract: In situ stabilization of Cd, Pb, and Zn in an Austrian agricultural soil contaminated by atmospheric depositions from a smelter plant was assessed with a pine bark chip-derived biochar, alone and in combination with either compost or iron grit. Biochar amendment was also trialed in an uncontaminated soil to detect any detrimental effect. The pot experiment consisted in ten soil treatments (% w/w): untreated contaminated soil (Unt); Unt soil amended with biochar alone (1%: B1; 2.5%: B2.5) and in combination: B1 and B2.5 + 5% compost (B1C and B2.5C), B1 and B2.5 + 1% iron grit (B1Z and B2.5Z); uncontaminated soil (Ctrl); Ctrl soil amended with 1 or 2.5% biochar (CtrlB1, CtrlB2.5). After a 3-month reaction period, the soil pore water (SPW) was sampled in potted soils and dwarf beans were grown for a 2-week period. The SPW Cd, Pb, and Zn concentrations decreased in all amended-contaminated soils. The biochar effects increased with its addition rate and its combination with either compost or iron grit. Shoot Cd and Zn removals by beans were reduced and shoot Cd, Pb, and Zn concentrations decreased to common values in all amended soils except the B1 soil. Decreases in the SPW Cd/Pb/Zn concentrations did not improve the root and shoot yields of plants as compared to the Ctrl soil.
Published: 2017

38. Emergence of an integrated city-system in France (XVIIth–XIXth centuries): Evidence from toolset in graph theory

Author: Alain Franc, Anne Bretagnolle, Géographie-cités (GC (UMR_8504)), Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Panthéon-Sorbonne (UP1)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest
Subjects: History, Economic growth, city-system, graph theory, ACL, [SDV]Life Sciences [q-bio], 050204 development studies, 05 social sciences, Urban hierarchy, urban hierarchy, analyse historique, route, Graph theory, PARIS team, 02 engineering and technology, Betweenness centrality, 020204 information systems, 11. Sustainability, 0502 economics and business, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, Regional science, postal roads, Industrial Revolution, paysage urbain
Abstract: International audience; In this article, the authors discuss the emergence of an integrated city-system in France one century before the Industrial Revolution, starting from two different databases, the postal roads relays and the cities and towns populations, between 1632 and 1833. They first model historical distances, weighted by elevation and connectivity (measured as a conductance). A major transformation of inter-urban exchange space is then enlightened, with new roads systematically privileged in the northern part of France and the largest cities, but avoiding mountains. They then study territorial integration processes on two different scales: the national, with the diffusion of hubs (characterized by a high betweenness centrality) all over French territory, and the regional, with the emergence of regional city-systems (modeled by a Reilly equation) in the northern part of France. The role of medium-sized cities as necessary links for connecting local and national scales is emphasized in most results.
Published: 2016

39. Xylem embolism in leaves does not occur with open stomata: evidence from direct observations using the optical visualisation technique

Author: Danielle Creek, Camille Parise, José M. Torres-Ruiz, Régis Burlett, Sylvain Delzon, David T. Tissue, Laurent J. Lamarque, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant - Clermont Auvergne (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Biodiversité, Gènes et Communautés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Western Sydney University (UWS), Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant (PIAF), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Western Sydney University, Università di Padova. ITA., ProdInra, Archive Ouverte, Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), IdEx Bordeaux International Post-doctoral ProgramAustralian Government Hawkesbury Institute for the Environment Research Exchange Program, and Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Plant growth, Physiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Embolism, Hydraulics, Plant Science, drought, Biology, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, Magnoliopsida, water stress, Hydraulic conductivity, Xylem, medicine, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, sécheresse, Abiotic component, optical visualization, Water stress, Optical Imaging, fungi, Water, food and beverages, 15. Life on land, medicine.disease, stomatal closure, Horticulture, 030104 developmental biology, Plant Stomata, stress hydrique, Literature survey, Tree species, 010606 plant biology & botany
Abstract: Drought represents a major abiotic constraint to plant growth and survival. On the one hand, plants keep stomata open for efficient carbon assimilation while, on the other hand, they close them to prevent permanent hydraulic impairment from xylem embolism. The order of occurrence of these two processes (stomatal closure and the onset of leaf embolism) during plant dehydration has remained controversial, largely due to methodological limitations. However, the newly developed optical visualization method now allows concurrent monitoring of stomatal behaviour and leaf embolism formation in intact plants. We used this new approach directly by dehydrating intact saplings of three contrasting tree species and indirectly by conducting a literature survey across a greater range of plant taxa. Our results indicate that increasing water stress generates the onset of leaf embolism consistently after stomatal closure, and that the lag time between these processes (i.e. the safety margin) rises with increasing embolism resistance. This suggests that during water stress, embolism-mediated declines in leaf hydraulic conductivity are unlikely to act as a signal for stomatal down-regulation. Instead, these species converge towards a strategy of closing stomata early to prevent water loss and delay catastrophic xylem dysfunction.
Published: 2019

40. Natural allelic variations of Saccharomyces cerevisiae impact stuck fermentation due to the combined effect of ethanol and temperature; a QTL-mapping study

Author: Marullo, Philippe, Durrens, Pascal, Peltier, Emilien, Bernard, Margaux, Mansour, Chantal, Dubourdieu, Denis, Faculté d'Oenologie [Bordeaux II], Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), BioLaffort [Floirac], Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Unité de Recherche Oenologie [Villenave d'Ornon], Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Philippe Marullo received 2 grants from Conseil Regional d’Aquitaine (SAGESSE forgenome sequencing, and QTL2 for genotyping). The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript., Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Recherche Oenologie [Villenave d'Ornon] (OENO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB), and Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest
Subjects: lcsh:QH426-470, VHS1, Ethanol, OYE2, QTL, Subtelomeric region, Temperature, Wine yeast, lcsh:Biotechnology, Quantitative Trait Loci, Wine, Saccharomyces cerevisiae, Protein Serine-Threonine Kinases, lcsh:TP248.13-248.65, Alleles, Whole Genome Sequencing, NADPH Dehydrogenase, food and beverages, Chromosome Mapping, lcsh:Genetics, Phenotype, Fermentation, Ethano, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Sugars, Research Article
Abstract: Background Fermentation completion is a major prerequisite in many industrial processes involving the bakery yeast Saccharomyces cerevisiae. Stuck fermentations can be due to the combination of many environmental stresses. Among them, high temperature and ethanol content are particularly deleterious especially in bioethanol and red wine production. Although the genetic causes of temperature and/or ethanol tolerance were widely investigated in laboratory conditions, few studies investigated natural genetic variations related to stuck fermentations in high gravity matrixes. Results In this study, three QTLs linked to stuck fermentation in winemaking conditions were identified by using a selective genotyping strategy carried out on a backcrossed population. The precision of mapping allows the identification of two causative genes VHS1 and OYE2 characterized by stop-codon insertion. The phenotypic effect of these allelic variations was validated by Reciprocal Hemyzygous Assay in high gravity fermentations (> 240 g/L of sugar) carried out at high temperatures (> 28 °C). Phenotypes impacted were mostly related to the late stage of alcoholic fermentation during the stationary growth phase of yeast. Conclusions Our findings illustrate the complex genetic determinism of stuck fermentation and open new avenues for better understanding yeast resistance mechanisms involved in high gravity fermentations. Electronic supplementary material The online version of this article (10.1186/s12864-019-5959-8) contains supplementary material, which is available to authorized users.
Published: 2019

41. A multiscale approach to detect selection in non‐model tree species: widespread adaptation despite population decline in Taxus baccata L

Author: Federica Cattonaro, Lucie Vincenot, Santiago C. González-Martínez, Delphine Grivet, Miquel Riba, Giovanni G. Vendramin, Maria Mayol, Stephen Cavers, Centre de Recerca Ecològica i Aplicacions Forestals, Univ. Autònoma de Barcelona, université de Barcelone, Unité de recherche Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières (UAGPF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité mixte de recherche biodiversité genes et écosystèmes, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Étude et compréhension de la biodiversité (ECODIV), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Istituto di Genomica Applicata, Instituto di genetica vegetale, Consiglio Nazionale delle Ricerche [Roma] (CNR), Centre for Ecology and Hydrology [Edinburgh] (CEH), Natural Environment Research Council (NERC), Biodiversité, Gènes et Ecosystèmes (BioGeCo), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), and Unité de recherche Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières (URAGPF)
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Candidate gene, English yew (Taxus baccata), Population, lcsh:Evolution, adaptation, Biology, demographic decline, environmental association, polygenic adaptation, single nucleotide polymorphism, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Demographic decline, Ecology and Environment, [SDV.GEN.GPL]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Plants genetics, 03 medical and health sciences, Negative selection, Pleiotropy, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Genetic variation, Genetics, lcsh:QH359-425, Adaptation, education, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Selection (genetic algorithm), ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Local adaptation, 2. Zero hunger, education.field_of_study, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], Environmental association, Botany, Polygenic adaptation, 15. Life on land, Single nucleotide polymorphism, 030104 developmental biology, Biology and Microbiology, Evolutionary biology, General Agricultural and Biological Sciences
Abstract: International audience; Detecting the molecular basis of local adaptation and identifying selective drivers is still challenging in nonmodel species. The use of purely population genetic approaches is limited by some characteristics of genetic systems, such as pleiotropy and polygenic control, and parallel evidence from phenotypic‐based experimental comparisons is required. In long‐lived organisms, the detection of selective pressures might also be precluded by evolutionary lag times in response to the environment. Here, we used the English yew to showcase an example of a multiscale integrative approach in a nonmodel species with limited plant and genomic resources. We combined information from two independent sources, phenotypes in a common environment and genomic data in natural populations, to investigate the signature of selection. Growth differences among populations in a common environment, and phenological patterns of both shoot elongation and male strobili maturation, were associated with climate clines, providing evidence for local adaptation and guiding us in the selection of populations for genomic analyses. We used information on over 25,000 SNPs from c. 1,200 genes to infer the demographic history and to test for molecular signatures of selection at different levels: SNP, gene, and biological pathway. Our results confirmed an overall demographic history of population decline, but we also found evidence for putative local adaptation at the molecular level. We identified or confirmed several candidate genes for positive and negative selection in forest trees, including the pseudo‐response regulator 7 (PRR7), an essential component of the circadian clock in plants. In addition, we successfully tested an approach to detect polygenic adaptation in biological pathways, allowing us to identify the flavonoid biosynthesis pathway as a candidate stress‐response pathway that deserves further attention in other plants. Finally, our study contributes to the emerging view that explaining contemporary standing genetic variation requires considering adaptation to past climates, especially for long‐lived trees.
Published: 2019

42. Molecular versus morphological data for benthic diatoms biomonitoring in Northern Europe freshwater and consequences for ecological status

Author: Bonnie Bailet, Satu Maaria Karjalainen, Alain Franc, Susanne C. Schneider, Agnès Bouchez, François Keck, Maria Kahlert, Jean-Marc Frigerio, Frédéric Rimet, Swedish University of Agricultural Sciences (SLU), Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques (CARRTEL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry]), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Finnish Environment Institute (SYKE), Norwegian Institute for Water Research (NIVA), Stiftelsen Oscar och Lili Lamms Minne (http://www.stiftelsenlamm.a.se/), Swedish Agency for Marine and Water management, Plafrim, MCIA, Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), and Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest
Subjects: 0106 biological sciences, rbcL, Northern Europe, Biology, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, järvet, diatoms, ympäristön tila, 03 medical and health sciences, Biomonitoring, Genetics, piilevät, Environmental impact assessment, 14. Life underwater, ekologinen tila, seuranta, Bacillariophyta, Molecular Biology, biologiset menetelmät, QH540-549.5, 030304 developmental biology, Nature and Landscape Conservation, 0303 health sciences, Ecology, Environmental assessment, Environmental Sciences (social aspects to be 507), Ecological assessment, Ion semiconductor sequencing, DNA extraction, 6. Clean water, pohjaeläimistö, Microbiology (Microbiology in the medical area to be 30109), Water quality, Benthic zone, DNA-viivakoodit, Metabarcoding, lajinmääritys, 18S-V4, Animal Science and Zoology, makea vesi, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Bioindicator, joet, bioindikaattorit
Abstract: International audience; Diatoms are known to be efficient bioindicators for water quality assessment because of their rapid response to environmental pressures and their omnipresence in water bodies. The identification of benthic diatoms communities in the biofilm, coupled with quality indices such as the Indice de polluosensibilité spécifique (IPS) can be used for biomonitoring purposes in freshwater. However, the morphological identification and counting of diatoms species under the microscope is time-consuming and requires extensive expertise to deal with a constantly evolving taxonomy. In response, a molecular-based and potentially more cost-effective method has been developed, coupling high-throughput sequencing and DNA metabarcoding. The method has already been tested for water quality assessment with diatoms in Central Europe. In this study, we applied both the traditional and molecular methods on 180 biofilms samples from Northern Europe (rivers and lakes of Fennoscandia and Iceland). The DNA metabarcoding data were obtained on two different DNA markers, the 18S-V4 and rbcL barcodes, with the NucleoSpin Soil kit for DNA extraction and sequenced on an Ion Torrent PGM platform. We assessed the ability of the molecular method to produce species inventories, IPS scores and ecological status class comparable to the ones generated by the traditional morphology-based approach. The two methods generated correlated but significantly different IPS scores and ecological status assessment. The observed deviations are explained by presence/absence and abundance discrepancies in the species inventories, mainly due to the incompleteness of the barcodes reference databases, primer bias and strictness of the bioinformatic pipeline. Abundance discrepancies are less common than presence/absence discrepancies but have a greater effect on the ecological assessment. Missing species in the reference databases are mostly acidophilic benthic diatoms species, typical of the low pH waters of Northern Europe. The two different DNA markers also generated significantly different ecological status assessments. The use of the 18S-V4 marker generates more species inventories discrepancies, but achieves an ecological assessment more similar to the traditional morphology-based method. Further development of the metabarcoding method is needed for its use in environmental assessment. For its application in Northern Europe, completion and curation of reference databases are necessary, as well as evaluation of the currently available bioinformatics pipelines. New indices, fitted for environmental biomonitoring, should also be developed directly from molecular data.
Published: 2019

43. Exact or approximate inference in graphical models: why the choice is dictated by the treewidth, and how variable elimination can be exploited

Author: Simon de Givry, Alain Franc, Nathalie Peyrard, Stéphane Robin, Régis Sabbadin, Matthieu Vignes, Marie-Josée Cros, Thomas Schiex, Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, AgroParisTech, Mathématiques et Informatique Appliquées (MIA-Paris), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Massey University, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-AgroParisTech-Université Paris-Saclay, Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRAE), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Mathématiques et Informatique Appliquées (MIA Paris-Saclay), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ANR-16-CE40-0028,DE-MO-GRAPH,Décomposition de Modèles Graphiques(2016), and AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: Statistics and Probability, Theoretical computer science, Computational inference, Marginalisation, 05 social sciences, Inference, Belief propagation, 01 natural sciences, Treewidth, Mode evaluation, 010104 statistics & probability, Approximate inference, Message passing, [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Hidden variable theory, 0502 economics and business, Variational approximations, Graphical model, Variable elimination, 0101 mathematics, Statistics, Probability and Uncertainty, Hidden Markov model, 050205 econometrics, Mathematics
Abstract: to appear; International audience; Probabilistic graphical models offer a powerful framework to account for the dependence structure between variables, which is represented as a graph. However, the dependence between variables may render inference tasks intractable. In this paper, we review techniques exploiting the graph structure for exact inference, borrowed from optimisation and computer science. They are built on the principle of variable elimination whose complexity is dictated in an intricate way by the order in which variables are eliminated. The so‐called treewidth of the graph characterises this algorithmic complexity: low‐treewidth graphs can be processed efficiently. The first point that we illustrate is therefore the idea that for inference in graphical models, the number of variables is not the limiting factor, and it is worth checking the width of several tree decompositions of the graph before resorting to the approximate method. We show how algorithms providing an upper bound of the treewidth can be exploited to derive a ‘good' elimination order enabling to realise exact inference. The second point is that when the treewidth is too large, algorithms for approximate inference linked to the principle of variable elimination, such as loopy belief propagation and variational approaches, can lead to accurate results while being much less time consuming than Monte‐Carlo approaches. We illustrate the techniques reviewed in this article on benchmarks of inference problems in genetic linkage analysis and computer vision, as well as on hidden variables restoration in coupled Hidden Markov Models.
Published: 2019

44. Clustering de données OTU par modèle SBM

Author: Abouabdallah, Mohamed Anwar, Peyrard, Nathalie, Franc, Alain, Coulaud, Olivier, Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), High-End Parallel Algorithms for Challenging Numerical Simulations (HiePACS), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), and Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], [INFO]Computer Science [cs], [MATH]Mathematics [math], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2019

45. Nonlinear mapping and distance geometry

Author: Pierre Blanchard, Olivier Coulaud, Alain Franc, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, High-End Parallel Algorithms for Challenging Numerical Simulations (HiePACS), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest
Subjects: Computational Geometry (cs.CG), FOS: Computer and information sciences, Control and Optimization, Optimization problem, Distance Geometry Problem, [SDV]Life Sciences [q-bio], 02 engineering and technology, Astrophysics::Cosmology and Extragalactic Astrophysics, [SDV.BID]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity, Least Square Scaling, Matrix (mathematics), 0504 sociology, Mathematics - Metric Geometry, Euclidean geometry, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, FOS: Mathematics, Applied mathematics, Nonlinear Mapping, Scaling, Mathematics - Optimization and Control, Mathematics, Euclidean space, 05 social sciences, 050401 social sciences methods, Metric Geometry (math.MG), 020202 computer hardware & architecture, Nonlinear system, Compact space, Optimization and Control (math.OC), Computer Science - Computational Geometry, Realization (systems)
Abstract: International audience; Distance Geometry Problem (DGP) and Nonlinear Mapping (NLM) are two well established questions: DGP is about finding a Euclidean realization of an incomplete set of distances in a Euclidean space, whereas Nonlinear Mapping is a weighted Least Square Scaling (LSS) method. We show how all these methods (LSS, NLM, DGP) can be assembled in a common framework, being each identified as an instance of an optimization problem with a choice of a weight matrix. We study the continuity between the solutions (which are point clouds) when the weight matrix varies, and the compactness of the set of solutions (after centering). We finally study a numerical example, showing that solving the optimization problem is far from being simple and that the numerical solution for a given procedure may be trapped in a local minimum.
Published: 2019

46. Biotic predictors complement models of bat and bird responses to climate and tree diversity in European forests

Author: Luc Barbaro, Monique Carnol, Julia Koricheva, Kris Verheyen, Hans De Wandeler, Bastien Castagneyrol, Hervé Jactel, Michael Scherer-Lorenzen, Fons van der Plas, Yohan Charbonnier, Aude Vialatte, Evy Ampoorter, Bart Muys, Christian Kerbiriou, Marc Deconchat, Pallieter De Smedt, Isabelle Le Viol, Eric Allan, Harriet Milligan, Dynamiques Forestières dans l'Espace Rural (DYNAFOR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Plant Ecology Group, Institute of Plant Sciences, University of Bern, Forest & Nature Laboratory, Department of Forest and Water Management, Ghent University, Biodiversité, Gènes et Communautés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Department of Earth and Environmental Sciences, Université Catholique de Louvain (UCL), CESCO, Museum National d’Histoire Naturelle, CNRS, Université Paris-Sorbonne (UP4), School of Biological Sciences, Royal Holloway University of London (RHUL), UMR 1201 Dynamiques et écologie des paysages agriforestiers, Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Laboratory of Plant and Microbial Ecology, Institute of Plant Biology B22, Faculty of Biology, Geobotany, Albert-Ludwigs-Universität Freiburg, Department of Systematic Botany and Functional Biodiversity, Leipzig University, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Université Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain (UCL), Centre d'Ecologie et des Sciences de la COnservation (CESCO), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Dynamiques et écologie des paysages agriforestiers (DYNAFOR), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: 0106 biological sciences, earthworms, Biology, Environment, Forests, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Models, Biological, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Birds, spiders, Abundance (ecology), Chiroptera, Forest ecology, Animals, Ecosystem, General Environmental Science, Trophic level, trophic interactions, Biotic component, defoliating insects, General Immunology and Microbiology, Ecology, 010604 marine biology & hydrobiology, Species diversity, General Medicine, Biodiversity, 15. Life on land, functional diversity, Europe, Habitat, 13. Climate action, Species evenness, ungulate browsing, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, General Agricultural and Biological Sciences
Abstract: Bats and birds are key providers of ecosystem services in forests. How climate and habitat jointly shape their communities is well studied, but whether biotic predictors from other trophic levels may improve bird and bat diversity models is less known, especially across large bioclimatic gradients. Here, we achieved multi-taxa surveys in 209 mature forests replicated in six European countries from Spain to Finland, to investigate the importance of biotic predictors (i.e. the abundance or activity of defoliating insects, spiders, earthworms and wild ungulates) for bat and bird taxonomic and functional diversity. We found that nine out of 12 bird and bat diversity metrics were best explained when biotic factors were added to models including climate and habitat variables, with a mean gain in explained variance of 38% for birds and 15% for bats. Tree functional diversity was the most important habitat predictor for birds, while bats responded more to understorey structure. The best biotic predictors for birds were spider abundance and defoliating insect activity, while only bat functional evenness responded positively to insect herbivory. Accounting for potential biotic interactions between bats, birds and other taxa of lower trophic levels will help to understand how environmental changes along large biogeographical gradients affect higher-level predator diversity in forest ecosystems.
Published: 2019

47. Chloroplast DNA variation in a hyperdiverse tropical tree community

Author: Jean-Marc Frigerio, Rémy J. Petit, Ivan Scotti, Caroline Scotti-Saintagne, Alain Franc, Philippe Chaumeil, Daniel Sabatier, Patrick Léger, Jean-François Molino, Henri Caron, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Ecologie des forêts de Guyane (UMR ECOFOG), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-Université de Guyane (UG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Recherches Forestières Méditerranéennes (URFM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agence Nationale de la Recherche, Grant/Award Number: ANR-10-LABX-0025, Institut National de la Recherche Agronomique, Grant/Award Number: Bibliotheque du vivant, Speed@ ID and projet innovant EFPA-INRA., ANR-10-LABX-0025,CEBA,CEnter of the study of Biodiversity in Amazonia(2010), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Ecologie des Forêts Méditerranéennes [Avignon] (URFM 629), ANR-10-LABX-25-01/10-LABX-0025,CEBA,CEnter of the study of Biodiversity in Amazonia(2010), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, ANR ‐10 ‐LABX ‐25 ‐01, Université des Antilles (UA)-Université de Guyane (UG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroParisTech-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)
Subjects: 0106 biological sciences, Tropical trees, codage, Introgression, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, 01 natural sciences, DNA barcoding, Genetic diversity, Coalescent theory, chloroplast DNA, hybridization, Original Research, Species diversity, arbre tropical, 0303 health sciences, Vegetal Biology, chloroplaste, Ecology, adn, genetic diversity, [SDV.BV.BOT]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Botanics, French Guiana, Chloroplast DNA, guyane, diversité génétique, introgression, Biology, 010603 evolutionary biology, Intraspecific competition, 03 medical and health sciences, [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, incomplete lineage sorting, species diversity, tropical trees, Hybridization, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 030304 developmental biology, Nature and Landscape Conservation, Interspecific competition, 15. Life on land, Incomplete lineage sorting, Evolutionary biology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, hybridation, Biologie végétale
Abstract: Sequences have been deposited in the R-SYST databank (https://github.com/r-syst/databases/tree/master/r-syst::plants) and NCBI under accession number KX247940–KX249593. The list of studied species, including genus size, seed dispersal syndrome and cpDNA variation, is available at https://github.com/r-syst/databases/tree/master/r-syst::plants. In this list, chloroplast haplotype designation is consistent within each genus.; International audience; We investigate chloroplast DNA variation in a hyperdiverse community of tropical rainforest trees in French Guiana, focusing on patterns of intraspecific and interspecific variation. We test whether a species genetic diversity is higher when it has congeners in the community with which it can exchange genes and if shared haplotypes are more frequent in genetically diverse species, as expected in the presence of introgression. We sampled a total of 1,681 individual trees from 472 species corresponding to 198 genera and sequenced them at a noncoding chloroplast DNA fragment. Polymorphism was more frequent in species that have congeneric species in the study site than in those without congeners (30% vs. 12%). Moreover, more chloroplast haplotypes were shared with congeners in polymorphic species than in monomorphic ones (44% vs. 28%). Despite large heterogeneities caused by genus-specific behaviors in patterns of hybridization, these results suggest that the higher polymorphism in the presence of congeners is caused by local introgression rather than by incomplete lineage sorting. Our findings suggest that introgression has the potential to drive intraspecific genetic diversity in species-rich tropical forests.
Published: 2019

48. Similar hydraulic efficiency and safety across vesselless angiosperms and vessel-bearing species with scalariform perforation plates

Author: Santiago Trueba, Frederic Lens, Sylvain Delzon, Sandrine Isnard, Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Naturalis Biodiversity Center [Leiden], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Biodiversité, Gènes et Communautés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Naturalis Biodiversity Center, and Universiteit Leiden [Leiden]
Subjects: 0106 biological sciences, Hydraulic efficiency, tracheids, Physiology, Perforation (oil well), interconduit pit membrane, Membrane thickness, Plant Science, Biology, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Electrical conduit, [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, Hydraulic conductivity, New Caledonia, embolism resistance, scalariform perforation, Botany, wood anatomy, Key innovation, fungi, Xylem, food and beverages, Drought resistance, 15. Life on land, [SDV.BV.BOT]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Botanics, rain forest ecology, thickness, vesselless angiosperms, scalariform perforation plates, plates, Tracheid, cardiovascular system, vessel elements, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, interconduit pit membrane thickness, 010606 plant biology & botany
Abstract: The evolution of xylem vessels from tracheids is put forward as a key innovation that boosted hydraulic conductivity and photosynthetic capacities in angiosperms. Yet, the role of xylem anatomy and interconduit pits in hydraulic performance across vesselless and vessel-bearing angiosperms is incompletely known, and there is a lack of functional comparisons of ultrastructural pits between species with different conduit types. We assessed xylem hydraulic conductivity and vulnerability to drought-induced embolism in 12 rain forest species from New Caledonia, including five vesselless species, and seven vessel-bearing species with scalariform perforation plates. We measured xylem conduit traits, along with ultrastructural features of the interconduit pits, to assess the relationships between conduit traits and hydraulic efficiency and safety. In spite of major differences in conduit diameter, conduit density, and the presence/absence of perforation plates, the species studied showed similar hydraulic conductivity and vulnerability to drought-induced embolism, indicating functional similarity between both types of conduits. Interconduit pit membrane thickness (Tm) was the only measured anatomical feature that showed a relationship to significant vulnerability to embolism. Our results suggest that the incidence of drought in rain forest ecosystems can have similar effects on species bearing water-conducting cells with different morphologies.
Published: 2019

49. Insect herbivory and avian insectivory in novel native oak forests: divergent effects of stand size and connectivity

Author: Luc Barbaro, Arndt Hampe, Inge van Halder, Elena Valdés-Correcher, Bastien Castagneyrol, Biodiversité, Gènes et Communautés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Dynamiques Forestières dans l'Espace Rural (DYNAFOR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, CNRS, Museum Natl Hist Nat, CESCO, Sorbonne Université (SU), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Centre d'Ecologie et des Sciences de la COnservation (CESCO), and Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0106 biological sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], Forest management, Biodiversity, Woodland, Management, Monitoring, Policy and Law, Biology, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, law.invention, law, afforestation, Afforestation, Nature and Landscape Conservation, Trophic level, avian predation, bird communities, Ecology, herbivory, 010604 marine biology & hydrobiology, Reforestation, Forestry, 15. Life on land, Habitat, connectivity, native oak forest, Plasticine, Species richness, 010606 plant biology & botany
Abstract: The value of novel native broadleaf woodlands for biodiversity conservation is important to consider for adequate forest management in rural landscapes. Passive reforestation has been proposed as a cost-efficient tool for creating networks of novel native forest stands that would help restoring biodiversity and associated ecosystem services. Yet to date the ecological functioning of such stands remains strongly understudied compared to forest remnants resulting from longer-term fragmentation. We assessed how the size and connectivity of newly established Pedunculate oak (Quercus robur L.) stands in rural landscapes of SW France affect rates of herbivory by different insect guilds as well as rates of avian insectivory and the abundance and richness of insectivorous birds. Comparing 18 novel forest stands along a gradient of size (0.04-1.15 ha) and cover of broadleaf forests in the surroundings (0-30% within a 500 radius), we found that even the smallest stands are colonised by leaf miners and chewers/skeletonizers, and that rates of herbivory are globally comparable to those reported from older and larger oak forests. The size of stands had a relatively minor effect on herbivory, whereas it increased the abundance of insectivorous bird. It also determined rates of avian insectivory as estimated by an experiment with plasticine caterpillars. These rates were however rather low and unrelated with the extent of herbivory in the stand. Overall, our study indicates that insect herbivores tend to react more rapidly to the establishment of novel native forests than their avian predators as the latter may depend on the development of larger patches of suitable habitat in the surrounding landscape. To favour a rapid build-up of diverse, and hence stable, trophic networks involving insect herbivores and their predators, woodland creation schemes should therefore primarily focus on habitat size and quality.
Published: 2019
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50. Paleogenomics: reconstruction of plant evolutionary trajectories from modern and ancient DNA

Author: Caroline Pont, Stefanie Wagner, Antoine Kremer, Ludovic Orlando, Christophe Plomion, Jerome Salse, Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), Region Auvergne-Rhone-Alpes, FEDER 'Fonds Europeen de Developpement Regional' 3000816 SRESRI 2015, Institut Carnot Plant2Pro (Project 2017 SyntenyViewer), AgreenSkills fellowshi 4146, ANR project H2oakA NR-14-CE02-0013, ANR project PAGE ANR-11-BSV6-0008, ANR project GENOAK ANR-11-BSV6-0009, European Project: 339728,EC:FP7:ERC,ERC-2013-ADG,TREEPEACE(2014), University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Biodiversité, Gènes et Communautés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales - Clermont Auvergne (GDEC), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA)
Subjects: Opinion, lcsh:QH426-470, DNA, Plant, génome, [SDV]Life Sciences [q-bio], adn, Paleontology, Genomics, Evolution, Molecular, lcsh:Genetics, lcsh:Biology (General), génèse, plante, paléogénomique, DNA, Ancient, lcsh:QH301-705.5, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Genome, Plant
Abstract: International audience; How contemporary plant genomes originated and evolved is a fascinating question. One approach uses reference genomes from extant species to reconstruct the sequence and structure of their common ancestors over deep timescales. A second approach focuses on the direct identification of genomic changes at a shorter timescale by sequencing ancient DNA preserved in subfossil remains. Merged within the nascent field of paleogenomics, these complementary approaches provide insights into the evolutionary forces that shaped the organization and regulation of modern genomes and open novel perspectives in fostering genetic gain in breeding programs and establishing tools to predict future population changes in response to anthropogenic pressure and global warming.
Published: 2019

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