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2. A program for making completely balanced Latin Square designs employing a systemic method Programa para lograr un balance total en los diseños estadísticos tipo Cuadrado Latino, empleando un método sistémico Programa para lograr um balanceamento total nos delineamentos estadísticos tipo Quadrado Latino, usando um método sistêmico
- Author
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Beob G Kim and Taemin Kim
- Subjects
diseño tipo cuadrado latino ,efecto acumulativo remoto ,experimentos con animales ,delineamento tipo quadrado latino ,efeito acumulativo remoto ,experimentação animal ,animal experiment ,Latin square design ,remote carryover effect ,Animal culture ,SF1-1100 - Abstract
Animal scientists employ Latin square designs to reduce the required number of animals for detecting statistical differences in animal experiments. Randomization procedures do not balance residual effects that possibly exist in Latin square experiments. A spreadsheet-based program is available for making Latin square designs balanced for the first-order residual effects. The balance of remote residual effects may also be very important to consider when a relatively long latent period exists after a treatment. We have developed a spreadsheet-based program, the Completely Balanced Latin Square Designer (CBLSD), to facilitate the generation of Latin squares (n = prime number – 1) balanced for immediate and remote carryover effects. The program allows a user to choose the number of treatments that is equal to the number of animals and periods in a square. A user may also input the number of squares. Then, the CBLSD instantly generates a Latin square balanced for the multi-order as well as first-order carryover effects. Also provided is a schedule table for an experiment sorted by period and animal. The CBLSD enables animal experimenters to quickly and accurately make Latin squares balanced for the immediate and remote carryover effects. The program is freely available upon request.El diseño estadístico llamado Cuadrado Latino se utiliza en experimentación con animales con el fin de reducir el número de animales requerido para detectar diferencias significativas entre tratamientos. Los procedimientos comunes de aleatorizacion no balancean los efectos residuales que podrían existir al usar el Cuadrado Latino. Ya se encuentra disponible un programa, basado en una hoja de cálculo, que sirve para balancear Cuadrados Latinos en sus efectos residuales de primer orden. Sin embargo, también se debería realizar el balanceo de los efectos residuales remotos, particularmente cuando existe un periodo latente relativamente prolongado después de un tratamiento. Hemos desarrollado un programa denominado Completely Balanced Latin Square Designer (CBLSD), basado en una hoja de cálculo, para facilitar la generación de Cuadrados Latinos (n = numero primo -1) balanceados para los efectos acumulativos (persistentes) tanto inmediatos como remotos. El programa permite al usuario escoger el número de tratamientos equivalente al número de animales y periodos en un cuadrado. El usuario puede también asignar el numero de cuadrados. El CBLSD instantáneamente genera un Cuadrado Latino balanceado tanto para los efectos persistentes de primer orden, como para los multi-orden. Adicionalmente, se provee una tabla para programar los tratamientos en un experimento organizado por periodo y por animal. El CBLSD permite balancear Cuadrados Latinos rápidamente y con precisión. El programa está disponible de manera gratuita para todos los interesados, mediante solicitud vía email a los autores.O delineamento estadístico chamado Quadrado Latino é utilizado na experimentação com animais com o propósito de reduzir o número de animais requerido para detectar diferenças significativas entre tratamentos. Os procedimentos comuns de aleatorização não balanceiam os efeitos residuais que poderiam existir ao usar o quadrado latino. Tem-se disponível una planilha eletrônica que serve para balancear quadrados latinos em seus efeitos residuais de primeiro ordem, no entanto, dever-se-ia realizar um balanceio dos efeitos residuais remotos, particularmente quando existe um período latente relativamente prolongado depois de um tratamento. Foi desenvolvido um programa denominado Completely Balanced Latin Square Designer (CBLSD), baseado numa planilha eletrônica para facilitar a geração de quadrados latinos (n = número primo -1) balanceados para os efeitos acumulativos (persistentes), tanto imediatos como remotos. O programa permite ao usuário escolher o número de tratamentos equivalente ao número de animais e períodos em um quadrado. O usuário também pode indicar o número de quadrados. O CBLSD instantaneamente gera um quadrado Latino balanceado para os efeitos persistentes de primeiro ordem e para os multi-ordem. Adicionalmente, tem uma tabela para programar os tratamentos no experimento organizado por períodos e por animais. O CBLSD permite balancear quadrados Latinos rapidamente e com precisão.O programa está disponível de forma gratuita, mediante solicitude via email dos autores.
- Published
- 2010
3. A spreadsheet program for making a balanced Latin Square design Hoja de cálculo para balancear diseños experimentales del tipo Cuadrado Latino Planilha eletrônica para balancear delineamentos experimentais de tipo Quadrado Latino
- Author
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Beob G Kim and Hans H Stein
- Subjects
diseño de Cuadrado Latino ,efecto de arrastre ,experimentos con animales ,efeito residual ,experimentos com animais ,Quadrado Latino ,animal experiment ,carryover effect ,Latin square design ,Animal culture ,SF1-1100 - Abstract
Latin square designs are often employed in animal experiments to minimize the number of animals required to detect statistical differences. Generally, potential carryover effects are not balanced out by randomization. Systemic methods are available for equalizing the residual effects. We have developed an Excel® spreadsheet-based program, the Balanced Latin Square Designer (BLSD), to facilitate the generation of Latin squares balanced for carryover effects. The program allows a user to input the number of treatments that is equal to the number of animals and periods in a square. A user may also input the number of squares. Then, the BLSD automatically generates Latin squares balanced for the first order carryover effects. For an even number of treatments, each treatment immediately precedes and follows every other treatment exactly once in the square. For Latin squares with an odd number of treatments, the first order residual effects can be balanced only if they are replicated an even number of times. The program also displays a table for an experimental schedule sorted by period and animal. The BLSD allows animal scientists to quickly and accurately generate Latin squares balanced for the first order carryover effects. The program is freely available upon request.El diseño del tipo “Cuadrado Latino” es muy empleado en experimentación, buscando minimizar el número de animales que se requieren para detectar diferencias estadísticas entre tratamientos. Generalmente, los efectos remanentes potenciales (de arrastre) no se logran balancear mediante la simple aleatorizacion de animales y tratamientos. Existen métodos sistémicos para igualar los efectos residuales. Presentamos acá una aplicación de Excell® que denominamos Diseñador de Cuadrados Latinos Balanceados (BLSD, por su sigla en Ingles), y que sirve para facilitar la generación de Cuadrados Latinos balanceados para efectos de arrastre. El programa permite al usuario ingresar el número de tratamientos equivalente al número de animales y periodos en un cuadrado. El usuario puede también ingresar el número de cuadrados. Luego, el BLSD automáticamente genera Cuadrados Latinos balanceados para los efectos de arrastre de primer orden. Cuando se trate de un número par de tratamientos, cada tratamiento inmediatamente precede y sobreviene al otro tratamiento exactamente una vez en el cuadrado. Para Cuadrados Latinos con número impar de tratamientos, los efectos residuales de primer orden pueden ser balanceados sólo si son replicados un número par de veces. El programa además ofrece una tabla para experimentos programados por animal y por periodo. El BLSD permite al investigador generar, con precisión y rapidez, Cuadrados Latinos balanceados para los efectos de arrastre de primer orden. El programa se encuentra disponible de forma gratuita para quienes lo soliciten.O delineamento “Quadrado Latino” é muito utilizado na experimentação, procurando minimizar o número de animais requeridos para detectar diferenças estatísticas significativas entre tratamentos. Geralmente, os efeitos residuais potenciais não podem ser balanceados mediante uma simples aleatorização de animais e tratamentos. Existem métodos sistêmicos para igualar os efeitos residuais. Apresentamos uma aplicação em Excell® que denominamos “Balanced Latin Square Designer (BLSD)”, que serve para facilitar a geração de Quadrados Latinos para efeitos residuais. O programa permite ao usuário ingressar o número de tratamentos equivalente ao número de animais e períodos em quadrado. O usuário pode também ingressar o número de quadrados. Logo o BLSD automaticamente gera quadrados latinos balanceados para os efeitos residuais de primeira ordem. Quando se tem um número par de tratamentos, cada tratamento imediatamente precede e sucede a outro tratamento exatamente uma vez no quadrado Latino. Para Quadrados Latinos com número impar de tratamentos, os efeitos residuais de primeira ordem podem ser balanceados unicamente, sim é replicado um número par de vezes. O programa também oferece uma tabela para experimentação programada por animal e por período. O BLSD permite ao pesquisador gerar, com precisão e rapidez. Quadrados Latinos balanceados para os efeitos residuais de primeira ordem. O programa encontrase disponível de forma gratuita.
- Published
- 2009
4. GEPRO: Gene Expression Profiler for DNA microarray data GEPRO: Analizador de Expresión Genética para datos provenientes de microarreglos de DNA GEPRO: Analisador de Expressão Gênica para dados provenientes de microarranjos de DNA
- Author
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Beob G Kim, Merlin D Lindemann, Phillip J Bridges, and CheMyong Ko
- Subjects
bases de datos ,Excel de Microsoft ,expresión de genes ,microarreglos ,bases de dados ,expressão gênica ,microarranjos ,database ,gene expression ,microarray ,Microsoft Excel ,Animal culture ,SF1-1100 - Abstract
The DNA microarray technology has been widely employed in recent biological research. However, the unprecedented large amount of data produced by the technology has presented inevitable challenges to biological scientists, forcing individual researchers to take extensive training or rely on database specialists for the use of the data. Microsoft Excel® has a number of convenient functions and may be the most widely used spreadsheet package for data storage and manipulation. Therefore, we developed a userfriendly, Excel spreadsheet-based microarray data-managing program. The program, gene expression profiler (GEPRO), is designed to facilitate organizing miocroarray data, performing statistical analysis, and displaying the results. Using GEPRO’s filtering and sorting capabilities, a user can easily identify differentially expressed genes, display the expression profiles of the genes of interest, and present and save the analyzed data in a user-defined way. The versatility and utility of GEPRO should enable bench work researchers to maximize the use of their microarray data. The GEPRO is freely available for noncommercial users at http://www.mc.uky.edu/cls/ko/gepro1.html.La tecnología de microarreglos de DNA es actualmente empleada de manera amplia en investigación biológica. Sin embargo, el manejo de la enorme cantidad de datos generados por la misma representa un desafió para los investigadores, forzándolos a invertir valioso tiempo en capacitación sobre dicho manejo, o a confiar el uso de la misma a especialistas en bases de datos. El programa Excel® de Microsoft, la hoja de calculo mas ampliamente utilizada a nivel mundial, que cuenta con muchas funciones útiles para almacenamiento y manipulación de datos, fue utilizado por nosotros para desarrollar una aplicación amigable para el manejo de datos generados por microarreglos de DNA. Nuestro programa, llamado “Gene Expression Profiler” (GEPRO), esta diseñado para facilitar la organización de datos de microarreglos, realizar su análisis estadístico, y presentar los resultados. Utilizando la posibilidad de filtrado y ordenamiento de datos que ofrece GEPRO, el usuario puede identificar fácilmente diferentes genes, observar los perfiles de expresión de los genes de interés, así como presentar y guardar los datos de diversas maneras. La versatilidad y utilidad de GEPRO ayuda a los investigadores a maximizar la utilización de sus datos de microarreglos. GEPRO es una aplicación gratuita, disponible para uso no comercial en http://www.mc.uky.edu/cls/ko/gepro1.html.A Tecnologia dos Mircroarranjos de DNA é muito empregada em pesquisa biológica. Mas o manejo da grande quantidade de dados gerados é um desafio para os pesquisadores, os quais estão sendo forçados a realizar grandes investimentos econômicos e de tempo para sua capacitação ou em confiar em expertos da informática para analisar seus dados. O programa Excel® da Microsoft, amplamente utilizada no mundo foi utilizado para desenvolver uma aplicação amigável para o manejo de dados gerados por Mircroarranjos de DNA. O nosso programa, chamado “Gene Expression Profiler” (GEPRO), está desenhado para facilitar a organização de dados, permite realizar as respectivas análises estatísticas e apresentar os resultados. Utilizando a possibilidade de filtrar e organizar os dados que oferece GEPRO, o usuário pode identificar pares de genes, observarem os perfis da expressão dos genes de interesse, assim como a possibilidade de apresentar e salvar os dados de diferentes formas. A versatilidade e a utilidade do programa, ajuda aos pesquisadores a maximizar a utilização dos dados. GEPRO é uma aplicação gratuita para uso não comercial, disponível em http://www.mc.uky.edu/cls/ko/gepro1.html.
- Published
- 2009
5. Bioavailability of D-methionine relative to L-methionine for nursery pigs using the slope-ratio assay
- Author
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Changsu Kong, Jong Young Ahn, and Beob G. Kim
- Subjects
Pigs ,Methionine isomers ,Relative bioavailability ,Slope-ratio assay ,Nitrogen balance ,Medicine ,Biology (General) ,QH301-705.5 - Abstract
This experiment was conducted to determine the bioavailability of D-methionine (Met) relative to L-Met for nursery pigs using the slope-ratio assay. A total of 50 crossbred barrows with an initial BW of 13.5 kg (SD = 1.0) were used in an N balance study. A Met-deficient basal diet (BD) was formulated to contain an adequate amount of all amino acids (AA) for 10–20 kg pigs except for Met. The two reference diets were prepared by supplementing the BD with 0.4 or 0.8 g L-Met/kg at the expense of corn starch, and an equivalent concentration of D-Met was added to the BD for the two test diets. The pigs were adapted to the experimental diets for 5 d and then total but separated collection of feces and urine was conducted for 4 d according to the marker-to-marker procedure. Nitrogen intakes were similar across the treatments. Fecal N output was not affected by Met supplementation regardless of source and consequently apparent N digestibility did not change. Conversely, there was a negative linear response (P < 0.01) to Met supplementation with both Met isomers in urinary N output, which resulted in increased retained N (g/4 d) and N retention (% of intake). No quadratic response was observed in any of the N balance criteria. The estimated bioavailability of D-Met relative to L-Met from urinary N output (g/4 d) and N retention (% of intake) as dependent variables using supplemental Met intake (g/4 d) as an independent variable were 87.6% and 89.6%, respectively; however, approximately 95% of the fiducial limits for the relative bioavailability estimates included 100%. In conclusion, with an absence of statistical significance, the present study indicated that the mean relative bioequivalence of D- to L-Met was 87.6% based on urinary N output or 89.6% based on N retention.
- Published
- 2016
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6. Digestible and metabolizable energy in corn grains from different origins for growing pigs
- Author
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Chan S, Park, Ah R, Son, Dong Y, Kil, and Beob G, Kim
- Subjects
Male ,South Africa ,Digestive System Physiological Phenomena ,Swine ,Animals ,Energy Intake ,Energy Metabolism ,Animal Feed ,Zea mays ,United States - Abstract
An experiment was conducted to determine the digestible energy (DE) and metabolizable energy (ME) concentrations in nine sources of corn grains fed to growing pigs and to compare the energy values among their countries of origin. A total of nine sources of corn grains including five sources of yellow corn from the United States (USY), two sources of yellow corn from South Africa (SAY), and two sources of white corn from South Africa (SAW) were used. Nine barrows with an initial body weight of 37.1 ± 8.6 kg were allotted to a 9 × 9 Latin square design with nine diets and nine periods. The DE concentration in SAY (3347 kcal/kg) was greater (P 0.001) than in USY (3269 kcal/kg), but was less (P 0.001) than in SAW (3436 kcal/kg) on an as-fed basis. Similarly, the ME concentration in SAY (3291 kcal/kg) was greater (P 0.001) than in USY (3209 kcal/kg), but was less (P 0.001) than in SAW (3386 kcal/kg). In conclusion, the DE and ME concentrations in nine sources of corn grains are different among their countries of origin.
- Published
- 2014
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