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Los recursos marinos son de gran interés económico en todo el mundo. La acuicultura es el sector de producción de alimentos de mayor crecimiento y se espera que en el futuro cercano produzca más alimento para el consumo humano que la pesca de captura. Sin embargo, a diferencia de lo que ha ocurrido en los sectores agrícola, ganadero y avícola donde se han obtenido mejoras en la producción basándose en enfoques modernos de cría sustentados en genómica, las aplicaciones de los principios genéticos para las especies usadas en acuicultura es un campo reciente que ha permitido mejorar el cultivo de sólo unas pocas especies a través de tecnologías clásicas de selección genética como son las cruzas intraespecíficas e interespecíficas. La aplicación de estrategias de cultivo basadas en biotecnologías genómicas podrían tener un gran potencial ya que permitirán obtener mejoras a largo plazo a través de la identificación de diversos marcadores moleculares que faciliten los programas de cultivo selectivo, el desarrollo de peces transgénicos resistentes a enfermedades y/o con mejores índices de crecimiento, así como la aplicación de diversas técnicas moleculares para el diagnóstico y caracterización de patógenos y el diseño de vacunas moleculares más efectivas, fáciles de producir y de administrar. Así que el uso combinado de las diferentes biotecnologías permitirá potenciar la producción de especies acuícolas. Este trabajo de doctorado se ha realizado en el grupo de investigación de la Plataforma Andaluza de Bioinformática bajo la dirección del profesor M. Gonzalo Claros Díaz en cooperación el grupo de investigación de grupo de investigación de IFAPA El Toruño (Cádiz) del Dr. Manuel Manchado Campaña. El objetivo final era de realizar un análisis genómico del lenguado senegalés y el lenguado común además de otras especies afines basándonos sobre los datos de lecturas NGS, encaminado hacia la profundización en el conocimiento del transcriptoma y del genoma de estas especies, así como establecer las herramientas bioinformáticas que resultarán más útiles para dichos estudios. En gran parte, este trabajo ha sido posible gracias al personal y la infraestructura de la Plataforma Andaluza de Bioinformática (PAB), donde es posible acceder a recursos informáticos sin los que parte del trabajo hubiera sido de difícil resolución, además de aprender técnicas de programación, que han permitido que los programas desarrollados en este trabajo puedan ser ejecutados en paralelo.

Construction transcriptomes of non-model organisms is a common task nowadays due to the advent of low-cost sequencing platforms. The non-model organisms require a de novo assembling strategy since no reference is available. Moreover, DNA or RNA from non-model species usually comes from natural, highly heterozygous populations, providing an additional complexity to the assembly process. To facilitate the otherwise cumbersome task of obtaining the better transcriptome, here it is presented an automatic, reliable pipeline that uses public and newly designed tools to do so, handling both short and long reads. It starts with our pre-processing software SeqTrimNext that extracts reliable reads and removes any uncertain sequence that could obscure the final result. Two different algorithms (usually MRA3 and Euler-SR, or Oases) are used to provide different sets of contigs that are then simplified using CD-HIT. Mapping with Bowtie2 is used to discard artefactual contigs. Reliable contigs are analysed with our software Full-LengtherNext to discard non-coding sequences, split chimeras, detect transcripts containing complete proteins, provide an overview of the transcriptome, and sort putative new or species-specific transcripts. Other valuable features of Full-LengtherNext are the selection of the closest orthologue from a model species, and the extraction of a reference transcriptome that can be further used for RNA-seq studies. Finally, descriptions, GO, InterPro, KEGG and EC codes are added using Sma3 and AutoFact, and a set of microsatellite markers is obtained with MREPS. The structure of the pipeline has been automatised with AutFlow, a framework developed in our laboratory to automatise repetitive and long tasks, enabling taking decisions (such as which is the better assembly) during the execution without human intervention. This strategy has been already used for assembling several transcriptomes and provide functional characterisation of pollinic tube genes (olive tree), genes related to eye development (sole), resistance to bight (bean) and the comparison of gene family sizes (pine). Moreover, lot of genes have been cloned in pine, sole and olive tree based on the sequences revealed by our pipeline. Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech.

Session 1: Broodstock Management, Maturation and Spawning; International audience