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Il testo elenca quindi in modo schematico, per punti chiave, alcuni concetti - come emersi dalle attività di progetto - in termini di linee guida. Il consorzio INHABIT ha individuato 28 punti principali, elencati in sommario, ciascuno dei quali può risultare di grande importanza nella valutazione dello stato ecologico o nell'implementazione dei Piani di Gestione. In particolare, alcuni di essi dovrebbero essere considerati nel pianificare e applicare possibili misure di gestione e ripristino, soprattutto nell'ottica di valutarne l'efficacia. Ogni punto è stato sinteticamente sviluppato come indicazione operativa per affrontare una specifica problematica, così come effettuato nel progetto INHABIT per alcuni dei temi trattati. Per molti dei temi in elenco, quando essi non siano a carattere trasversale o trattati in svariati documenti, viene riportato nel titolo il Deliverable INHABIT di riferimento, in cui è possibile trovare maggiori dettagli. Queste linee guida INHABIT si riferiscono sia ai fiumi che ai laghi, e riguardano anche alcuni aspetti relativi alle dinamiche dei nutrienti, in particolare l'azoto. Il documento si apre con l'esposizione dell'importanza degli habitat fluviali, della valutazione delle loro alterazioni e delle possibili finalità del loro rilevamento (punti 1. e 2.). Successivamente, sono illustrate alcune tematiche relative ai laghi, che si concentrano in particolare sulla definizione delle condizioni di riferimento e degli approcci modellistici utilizzabili a tale scopo, le modalità di rilevamento e di valutazione degli habitat lacustri, le dinamiche relative all'azoto atmosferico, l'impatto dei composti azotati sulle biocenosi e, infine, le relazioni tra le caratteristiche di habitat e la classificazione ecologica (punti 3. - 10.). I due punti seguenti (11. e 12.) trattano due aspetti strettamente connessi con la legislazione ambientale nazionale: la validazione dei siti di riferimento fluviali e la discussione circa la tipizzazione fluviale e le relative criticità per l'area mediterranea. La tematica seguente riguarda la quantificazione, nei fiumi, della variabilità naturale e il miglioramento dell'accuratezza dei sistemi di classificazione, introducendo il ruolo cruciale potenzialmente rivestito in questo ambito dal carattere lentico-lotico; sono anche forniti brevemente elementi su alcuni aspetti di habitat che potrebbero determinare effetti positivi sulle biocenosi acquatiche e sullo stato ecologico (punti 13. - 17.). Il documento affronta quindi l'interazione tra le caratteristiche di habitat e la ritenzione deinutrienti e la sua efficienza nei bacini fluviali (punti 18. - 19.). Procede poi con la trattazione dei fattori che influenzano le metriche biologiche utilizzate per la classificazione e la possibilità di valutazione degli effetti dei prelievi idrici, con cenni alla problematica del deflusso minimo vitale (punti 20. - 23.). I punti successivi (24. - 28.) presentano elementi per il miglioramento dei piani di gestione, una disamina circa gli aspetti morfologici di habitat a diverse scale spaziali, la tematica dei corpi idrici fortemente modificati e cenni alla valutazione dell'efficacia delle misure. Le linee guida si concludono con una presentazione di alcuni strumenti pratici sviluppati da INHABIT (29.) e una nota sulla necessità di connessioni tra WFD e Direttiva HABITAT (30.).