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La pêche scientifique à l’électricité est une méthode largement utilisée pour les échantillonnages piscicoles en cours d’eau (suivis annuels des populations et des communautés de poissons, approche de types « indices poissons rivière [IPR] » ou indicateurs mono spécifiques saumon, anguille, truite). Cependant l’évolution des matériels, de leurs caractéristiques et des réglages possibles ainsi que la formation des personnels utilisant cette technique nécessitent que soient décrits les principaux facteurs influençant la qualité de ces échantillonnages. Ce nouveau guide vise à fournir les éléments de compréhension des phénomènes électriques et de la réaction des poissons soumis à un champ électrique. Il synthétise également un ensemble de conseils pour la mise en œuvre de la pêche à l’électricité : configuration des engins de pêche, moyens de prospection, bien-être animal et sécurité/réglementation. Cet ouvrage est destiné à toutes les personnes souhaitant connaître le fonctionnement de la pêche scientifique à l’électricité ou mettre en œuvre cette méthode de manière adéquate.

Le Pôle sur la gestion des Migrateurs Amphihalins dans leur Environnement (MIAME) regroupe quatre organismes (OFB, INRAE, L’Institut Agro et Université de Pau et des Pays de l’Adour), soit 38 agents titulaires participant au niveau national en 2021. Les travaux ont une vocation opérationnelle pour la gestion de cette biodiversité remarquable de poissons et macrocrustacés, ainsi que les écosystèmes continentaux, estuariens et marins qui l’abritent, en métropole et outre-mer. Sur cette thématique, les missions concernent la recherche-développement, l’expertise, le pilotage des observatoires nationaux, la centralisation des connaissances, le développement de sites pilotes, l’innovation-transfert et la formation. Le Pôle fait l’objet d’une convention de coopération public-public entre les organismes constitutifs, qui couvre la période 2019-2024. Ce rapport présente l’organisation du Pôle et les activités développées au cours de l’année 2021.

Le Pôle sur la gestion des Migrateurs Amphihalins dans leur Environnement (MIAME) regroupe quatre organismes (OFB, INRAE, L’Institut Agro et Université de Pau et des Pays de l’Adour), soit 38 agents titulaires participant au niveau national en 2021. Les travaux ont une vocation opérationnelle pour la gestion de cette biodiversité remarquable de poissons et macrocrustacés, ainsi que les écosystèmes continentaux, estuariens et marins qui l’abritent, en métropole et outre-mer. Sur cette thématique, les missions concernent la recherche-développement, l’expertise, le pilotage des observatoires nationaux, la centralisation des connaissances, le développement de sites pilotes, l’innovation-transfert et la formation. Le Pôle fait l’objet d’une convention de coopération public-public entre les organismes constitutifs, qui couvre la période 2019-2024. Ce rapport présente l’organisation du Pôle et les activités développées au cours de l’année 2021.

The Joint EIFAAC/ICES/GFCM Working group on eels (WGEEL) met by correspondence and video conference from September 7 – 10 September and 27 September – 4 October in 2021 to assess the state of the European eel and its fisheries, investigate the effects of contaminants on the reproductive capacity of the eel stock, discuss the findings of WKFEA, further identify issues specific to the Mediterranean region and report on any updates to the scientific basis of the advice, new and emerging threats or opportunities. For a better integration of the Mediterranean area, new members joined WGEEL, providing data and support as regional experts. This is considered an important step in a continuous process to identify and address Mediterranean-specific issues and harmonize the efforts of WGEEL and the recent ‘GFCM research Programme on European Eel’. The recruitment of European eel strongly declined from 1980 to 2011. The glass eel recruitment compared to that in 1960–1979 in the “North Sea” index area was 0.6% in 2021 (provisional) and 0.9 % in 2020 (final). In the “Elsewhere Europe” index series it was 5.4 % in 2021 (provisional) and 7.1% in 2020 (final), based on available dataseries. For the yellow eel dataseries, recruitment for 2020 was 16% (final) of the 1960–1979 level; the 2021data collection for yellow eel is ongoing. Time-series from 1980 to 2021 show that recruitment has stopped decreasing in 2011 but the trend thereafter is rather unclear.Preliminary analyses of 160 dataseries on yellow or silver eel abundance show the potential of the yellow and silver eels’ series to improve the stock assessment. A comprehensive framework of analyses of the yellow and silver stocks through these series will, however, require many iterations of data collection, analyses and further data needs.Mortality and biomass indicators have been reviewed and visualized, preparing for a future workshop on the evaluation of eel management plans (WKEMP). Spatial overviews and temporal trends show a lack of data for many regions and no evidence yet of a general improvement in stock status for regions with data. Overall silver eel escapement remains low and mortalities high. Doubts remain about the consistency of indicators across countries. The information provided on data and methods used for assessment are not available or sufficiently detailed to ensure transparency and reproducibility of estimates. These limitations and the incomplete reporting impair the use of these data to inform on the status of the stock at a larger scale.A review on the effects of contaminants (in a broader sense: spawner quality) on the reproductive capacity of eel highlighted this as an important, but a frequently lacking, aspect of stock assessment. Monitoring of silver eel quality should be considered as part of new or existing programmes.WGEEL supports the findings WKFEA and the suggested roadmap and agreed to implement the necessary steps towards achieving it. This implies further exploration and analyses of existing as well as the systematic collection of additional data. Implementation will require concerted data collection and assessment, which will require additional support.In summary, the working group has focused on exploring and analysing the data collected in the WGEEL database for their potential use in stock assessment. This included identifying gaps in the available data, defining data requirements for specific analyses in future and developing procedures for the analysis of these data. Furthermore, the group reviewed the effects of contamination on the reproductive potential of eels and renewed their recommendation to consider these in the assessment of effective spawning-stock biomass.

Atlantic salmon (Salmo salar) has declined significantly over the last century, and the situation is concerning over his entire distribution area. This report aims to make an overview of the regulatory framework, the state of populations in France by basin and to broach the main pressures affecting wild populations. This overview shows heterogeneous situations between different basins, in terms of distributions, stocks and biological characteristics. The more established populations are found in Brittany, Normandy and Adour; the situation remains concerning in the others basins. A decrease in size and weight of returning adults is observed over all the distribution area, but the Rhine catchment. The proportion of Multi-sea-winters salmon is decreasing over several basins, in particular over Brittany and Normandy.; Le saumon atlantique (Salmo salar) a connu un déclin important depuis le siècle dernier et présente aujourd’hui une situation préoccupante en France et dans le reste de son aire de répartition. Ce présent rapport a pour objectif de présenter le contexte réglementaire, d'établir un état par bassin des populations de saumon atlantique en France et d'aborder les principales pressions impactant les populations sauvages. Cette synthèse montre des situations hétérogènes sur la situation du saumon atlantique entre les différents bassins français, en termes de répartition, de stocks et de caractéristiques biologiques. Les populations les mieux établies sont aujourd'hui retrouvées en Bretagne, en Normandie et dans l'Adour ; la situation reste préoccupante dans les autres bassins. Une diminution de la taille et du poids des adultes de retour est observée de manière générale, excepté sur le Rhin. Une tendance à la baisse de la proportion de saumons ayant passé plusieurs hivers en mer est constatée notamment en Bretagne et en Seine-Normandie.

Le Pôle sur les Migrateurs Amphihalins regroupe quatre organismes (OFB, INRAE, Institut Agro et Université de Pau et des Pays de l’Adour), soit 35 agents titulaires participant au niveau national en 2019, année de lancement. Les travaux ont une vocation opérationnelle pour la gestion de cette biodiversité remarquable de poissons et macrocrustacés, ainsi que les écosystèmes continentaux, estuariens et marins qui l’abritent, en métropole et outre-mer. Sur cette thématique, les missions concernent la recherche-développement, l’expertise, le pilotage des observatoires nationaux, la centralisation des connaissances, le développement de sites pilotes, l’innovation-transfert et la formation. Le Pôle fait l’objet d’une convention de coopération public-public entre les organismes constitutifs, qui couvre la période 2019-2024. Ce rapport présente l’organisation du Pôle et les activités développées au cours de l’année 2020.

Underwater acoustic cameras are high potential devices for many applications in ecology, notably for fisheries management and monitoring. However how to extract such data into high value information without a time-consuming entire dataset reading by an operator is still a challenge. Moreover the analysis of acoustic imaging, due to its low signal-to-noise ratio, is a perfect training ground for experimenting with new approaches, especially concerning Deep Learning techniques. We present hereby a novel approach that takes advantage of both CNN (Convolutional Neural Network) and classical CV (Computer Vision) techniques, able to detect a generic class ''fish'' in acoustic video streams. The pipeline pre-treats the acoustic images to extract 2 features, in order to localise the signals and improve the detection performances. To ensure the performances from an ecological point of view, we propose also a two-step validation, one to validate the results of the trainings and one to test the method on a real-world scenario. The YOLOv3-based model was trained with data of fish from multiple species recorded by the two common acoustic cameras, DIDSON and ARIS, including species of high ecological interest, as Atlantic salmon or European eels. The model we developed provides satisfying results detecting almost 80% of fish and minimizing the false positive rate, however the model is much less efficient for eel detections on ARIS videos. The first CNN pipeline for fish monitoring exploiting video data from two models of acoustic cameras satisfies most of the required features. Many challenges are still present, such as the automation of fish species identification through a multiclass model. 1 However the results point a new solution for dealing with complex data, such as sonar data, which can also be reapplied in other cases where the signal-to-noise ratio is a challenge.

La lamproie marine présente des enjeux de conservation divers, de la préservation de sonhabitat dans les régions du monde où elle est protégée, à son extermination dans cellesoù elle est invasive, en passant par la gestion des prélèvements là où elle est exploitée.Dans toutes ces situations, une estimation fiable de l’effectif de géniteurs permet d’adapterla gestion. Le dénombrement des nids sur les frayères est un indicateur relativement aiséà obtenir, mais il est considéré comme peu fiable car la relation entre le nombre de nids etle nombre de géniteurs sur un cours d’eau n’est pas clairement établie. Dans ce rapport,nous présentons une étude réalisée en mai et juin 2019 sur une frayère de la Nive, unaffluent de l’Adour (64), visant à mieux comprendre la relation entre les nids de lamproiemarine et le nombre de géniteurs qui les construisent.Un suivi des nids et un modèle de capture-marquage-recapture ajusté à l’histoire decapture de 114 individus indique que 155 [146-164] lamproies étaient présentes et avaientcreusé 202 nids. Une recherche bibliographique nous a fourni neuf autres mesuresconjointes d’effectif et de nids, nous permettant de mettre en évidence une relationpuissance entre les deux variables, mais l’intervalle de prédiction de la relation est troplarge pour fournir une estimation précise de l’effectif de géniteurs à partir dudénombrement des nids. La combinaison du marquage des lamproies et du suivi des nidsa permis de montrer que les mâles visitaient entre un et dix nids (moyenne = 2,25) et lesfemelles entre un et sept (moyenne = 1,67), bien que ces chiffres soient certainementsous-estimés. Le nombre d’individus par nid suivait la distribution habituelle, la majoritédes nids étant occupés par un mâle et une femelle, et pouvant atteindre sept individus(quatre mâles et trois femelles ou deux mâles et cinq femelles). Parmi les nombreusesmesures prises sur 74 nids, seul le diamètre augmentait avec le nombre de femelles surle nids, et également avec le délai depuis le début de la saison. Le diamètre des nidspourrait alors apporter de l’information dans une méthode d’estimation du nombred’individus à partir de l’observation des nids.Les résultats sont prometteurs dans l’optique de construire un modèle d’estimation del’effectif de géniteurs à partir de l’observation des nids. Cependant, des observations plusdenses sur le nombre de nids fréquentés par chaque individu et sur le nombre d’individuscontribuant vraiment à la construction d’un nid seront certainement nécessaires pourconstruire un modèle simulant correctement le comportement de construction des nids, àpartir duquel on inférera le nombre de géniteurs.

Le Pôle sur les Migrateurs Amphihalins regroupe quatre organismes (OFB, INRAE, Institut Agro et Université de Pau et des Pays de l’Adour), soit 35 agents titulaires participant au niveau national en 2019. Les travaux ont une vocation opérationnelle pour la gestion de cette biodiversité remarquable de poissons et macrocrustacés, ainsi que les écosystèmes continentaux, estuariens et marins qui l’abritent, en métropole et outre-mer. Sur cette thématique, les missions concernent la recherche-développement, l’expertise, le pilotage des observatoires nationaux, la centralisation des connaissances, le développement de sites pilotes, l’innovation-transfert et la formation. Le Pôle fait l’objet d’une convention de coopération public-public entre les organismes constitutifs, qui couvre la période 2019-2024. Ce rapport présente l’organisation du Pôle et les activités développées au cours de l’année 2019.

Very little is known about diadromous fish distribution at sea. Twelve diadromous fish have been found to occur in France. However, numerous species have declined in recent years. Here, we collated a database of 168 904 hauls from 42 fisheries dependent and independent surveys between 1965 and 2019 and analyse data containing information on diadromous fish known to occur within French marine waters. The aim of this study is to 1) evaluate the use of the existing databases to study diadromous fish, 2) improve understanding of diadromous fish ecologyat sea, 3) assess the value of marine protected areas for diadromous fish, and 4) evaluate the risk of capture of diadromous fish from the different surveys and gear types.

Le saumon rose (Oncorhynchus gorbuscha, Walbaum, 1792) est l’espèce la plus abondante des 6 espèces de saumon du pacifique. Elle a un cycle de vie d’une durée quasi-stricte de 2 ans. Les adultes ont en moyenne une taille de 50 cm pour un poids moyen de 2 kg.L’espèce a été introduite au milieu du XXe siècle dans les eaux européennes. La souche la plus importante est celle des années impaires. La vague de migration de l’année 2017 a été particulièrement abondante et a touché des zones géographiques jusqu’alors non colonisées, dont la France.Afin de surveiller la progression de l’espèce en France, nous indiquons la conduite à tenir en cas d’observation ou de capture.

Nous avons développé un nouveau modèle pour l’évaluation de stocks du saumon atlantique à l’échelle du bassin de l’Atlantique nord pour les travaux du Groupe de travail sur le Saumon de l’Atlantique Nord du Conseil International pour l’Exploration de la mer (ICES/CIEM WGNAS). Le modèle est développé dans le cadre des modèles hiérarchiques Bayésiens. Il permet d’analyser l’influence de l’exploitation et des changements globaux sur la dynamique des populations, d’évaluer l’état des populations et d’évaluer des scénarios de gestion dans un cadre probabiliste prenant en compte l’ensemble des sources d’incertitude, et ce conjointement pour l’ensemble de toutes les unités de stock de l’Atlantique Nord. Il peut être facilement étendu pour développer la modélisation de la démographie et assimiler de nouvelles sources de données. Ce nouveau cadre de modélisation représente un saut qualitatif et quantitatif profond par rapport aux modèles d’évaluation historiquement utilisés par le WGNAS. Il a le potentiel de modifier en profondeur et sur le long terme les méthodes de travail du groupe de travail WGNAS et devrait servir de support à une révision des méthodes du groupe de travail (procédure de benchmark) en 2022.

International audience

Depuis les années 1980, un fort déclin des populations d’anguilles européennes a été observé (Anonyme, 2018a). Ce déclin concerne non seulement le recrutement (civelles et anguillettes), mais aussi les stades anguilles jaunes et argentées. Le règlement UE 1100/2007 (Anonyme, 2007), dit "règlement anguille", oblige chaque État Membre à constituer un plan de gestion de l'anguille européenne en vue de la restauration des stocks de cette espèce.Le repeuplement est une mesure de gestion qui trouve ses origines en France en 1840. Elle est désormais très utilisée par les États Membres européens dans le cadre de leur plan de gestion anguille. Cette mesure nécessite actuellement la capture et le transport d’environ 15 t de civelles par an. Elle mobilise des financements publics européens et nationaux, mais aussi des financements privés.La mise en œuvre de cette mesure varie de manière importante d’un pays à l’autre. Certains pays ont un fonctionnement très centralisé et reposant majoritairement sur des organismes publiques, alors que d’autres ont une fonctionnement très décentralisé, reposant sur des acteurs privés (pêcheurs en général). Le repeuplement peut se faire à tous les stades : civelles, anguille jaunes (civelle après quarantaine, anguilles pré-grossies en aquaculture, anguilles naturelles) ou anguilles argentées.Le choix des sites de déversement se fait en général de manière à maximiser la production d’anguilles et à assurer l’échappement des anguilles argentées. Les critères précis varient néanmoins d’un pays à l’autre, voire à l’intérieur de certains pays. Les densités au déversement varie de 40 g/ha à 3,6 kg/ha.Le suivi des opérations de repeuplement s’effectue en général par marquage-recapture. Le marquage s’effectue avec de l’alizarine, du strontium ou du baryum. La recapture mobilise soit des moyens scientifiques type pêche électrique soit les pêcheries professionnelles.Peu de pays évalue l’efficacité de cette mesure et la plupart de ceux qui le font se contentent d’un calcul théorique prenant en compte la mortalité naturelle supposée et la croissance. La contribution à l’échappement est estimée entre 20g et 150g par anguilles repeuplées.Compte tenu de l’enjeu de gestion et financier, de nombreuses publications scientifiques sont disponibles sur les différents aspects du repeuplement : protocole de marquage, comparaison de différentes stratégies de repeuplement, suivi de l’efficacité, conséquences sanitaires, comportement des anguilles argentées issues du repeuplement.