Search

İnsanların beslenmesinde, güvenli ve kaliteli protein kaynakları sağlamak için, sürdürülebilir kanatlı eti ve yumurta üretimi oldukça önemlidir. Tavukların gastrointestinal (Gİ) yolu, besinlerin sindirilmesi, emilimi, bağışıklık sisteminin uyarılmasında ve patojen mikroorganizmaların dışlanmasında önemli bir rol oynayan karmaşık bir mikrobiyotayı barındırır. Son yıllarda bu konu hakkında yapılan araştırmalar mikrobiyotanın, konağın sağlık ve hastalık durumu üzerine büyük bir öneme sahip olduğunu göstermiştir. Bu makale, tavuk GI mikrobiyotanın oluşumu, fonksiyonu ve çeşitliliği hakkındaki mevcut bilgiler ile mikrobiyotanın çeşitliliğini etkileyen faktörleri gözden geçirilerek tanı yöntemleri hakkında genel bir bilgi niteliği taşımaktadır. Gelecekte mikrobiyotanın fonksiyonunun daha iyi anlaşılması, bize kanatlı sağlığı ve üretiminin iyileştirilmesi için yeni fırsatlar sağlayacaktır.

In veterinary medicine, vaccination is one of the most effective techniques for control and prevention of diseases. When other methods fail in control of animal diseases, different vaccines and strategies are developed. DIVA (Differentiating Infected from Vaccinated Animals) vaccines lacking one or more antigenic epitope(s)/ protein(s) in the prevailing field strain and the accompanying diagnostic tests are effective in eradication and control of diseases. While currently used vaccines can not distinguish between vaccinated and infected animals, DIVA vaccines can be very useful for the purpose. Serological tests, such as ELISA (Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay), used together with DIVA vaccines, can be used to determine which animals are infected and which are vaccinated. DIVA vaccines and strategies for some animal diseases have been developed and continue to be developed. In this review, it is aimed to explain the general characteristics, importance, production, advantages of DIVA vaccines and strategies and their use in various animal diseases.

Point of care testing methods can be expressed as methods to diagnose the disease quickly and accurately in field conditions. Although traditional diagnostic methods have high sensitivity and specificity, they have led to searching for alternative methods due to their long diagnosis times, labor requirements, and high costs. In veterinary medicine, well-designed patient/herd side diagnosis methods provide advantages in terms of applicability in the field since the animals are mainly located far from the center. In addition, rapid diagnosis is of critical importance in the event of a possible epidemic. In this review, diagnostic methods and technologies that allow diagnosis besides the patient/herd are mentioned, and examples of these methods are presented., Hasta/sürü yanında teşhis yöntemleri, bir hastalığın teşhisinin saha koşullarında hızlı ve doğru bir şekilde yapılmasını amaçlayan yöntemler olarak ifade edilebilir. Geleneksel tanı yöntemleri, yüksek duyarlılık ve özgüllüğe sahip olmakla birlikte, uzun tanı süreleri ile iş gücü gereksinimleri ve yüksek maliyetleri nedeniyle, alternatif yöntem arayışlarının doğmasına neden olmuştur. Veteriner Hekimlikte, hayvanlar çoğunlukla merkeze uzak bir konumda bulunduğu için iyi tasarlanmış hasta/sürü yanı teşhis yöntemleri sahada uygulanabilirlik açısından avantaj sağlamaktadır. Ayrıca, olası bir salgın durumunda hızlı tanının çok kritik bir önemi bulunmaktadır. Bu derlemede hasta/sürü yanında teşhise olanak sağlayan tanı yöntemlerinden ve teknolojilerinden bahsedilmiş, bu yöntemlerin kullanımına ilişkin örnekler sunulmuştur.

In the present study, the prevalence of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Infantis (S. Infantis) and other serovars were investigated in samples collected from commercial broiler chicken flocks in Turkey according to the ISO 6579:2002/Amd 1:2007, Annex D, standard method. Furthermore, previously developed S. Infantis-specific polymerase chain reaction (PCR)-based methods with primers targeting fljB, fliC, IMP1-IMP2-IMP3 and sinI were conducted in different media (BPW, MRSV, MKTTN, XLD, and XLT4 agars) and during four incubation stages (6, 12, 18, and 24 h) of the ISO 6579 procedure to develop rapid and reliable diagnosis method. One-hundred thirty-three (15.6%) Salmonella strains were isolated from a total of 848 samples (240 cecal swabs, 200 cloacal swabs, 190 intestinal contents, 59 feed, 39 dust, and 120 litter). The serovar distribution of isolated strains was as follows: S. Infantis, 88.70%; S. Agona, 2.3%; S. Kentucky 1.50, S. Hadar 1.50, and S. Tennessee 1.50; S. Mbandaka 0.75 %, S. Montevideo 0.75 %, S. Enteritidis 0.75 %, S. Adelaide 0.75 %, S. Liverpool 0.75 %, and S. Derby 0.75 %. Primers targeting fljB, fliC, and IMP1-IMP2-IMP3 were not able to detect all S. Infantis isolates, therefore, a novel PCR technique was developed and validated in the study. It was concluded that it is a fast, reproducible and low-cost alternative to the gold standard method by detecting the S. Infantis isolates on the 3rd day at the earliest by PCR (sinI PCR). using primers specific to S. Infantis species.

Babacan, Orkun (Balikesir Author), In this study, pathogenic mycobacteria were investigated in fecal samples of caged birds by PCR. A total of 47 feces samples collected from 4 different aviaries in Ankara. DNA extraction from fecal samples was performed with a commercial kit using spin column technology. PCR was performed with designed primers respectively amplifying 274 base pairs (bp), 128 bp, 102 bp and 219 bp nucleotide sequences of specific genes (16SrRNA, ISI245, IS901 and hypothetical 21kDa protein gene) of Mycobacterium spp., Mycobacterium avium complex (MAC), Mycobacterium avium subsp. Avium and Mycobacterium genavense, respectively. Five samples were positive and harbored the sequence for the Mycobacterium spp., of 4 of these 5 samples was identified as M. genavense by PCR. As a conclusion of this study, which is the first announcement of the detection of M. genavense DNA in fecal samples of caged birds in Turkey, PCR was seen to be a rapid, sensitive, and a reliable method in detection of avian mycobacteriosis. Keywords: Bird, feces, mycobacteriosis, Mycobacterium genavense, Bu çalışmada, kafes kuşlarının dışkı örneklerinde PCR ile patojenik mikobakterilerin varlığı incelendi. Çalışmanın materyalini Ankara'da 4 farklı kuşhaneden toplanan 47 dışkı örneği oluşturdu. Dışkı örneklerinden DNA ekstraksiyonu, spin kolon teknolojisi kullanılarak ticari DNA ekstraksiyon kiti ile yapıldı. PCR, Mycobacterium spp., Mycobacterium avium complex (MAC), Mycobacterium avium subsp. avium ve Mycobacterium genavense’nin spesifik genlerinin (16SrRNA, ISI245, IS901 ve hipotetik 21kDa protein geni) sırasıyla 274 baz çiftini (bp), 128 bp, 102 bp ve 219 bp nükleotit sekanslarını çoğaltan tasarlanmış primerlerle gerçekleştirildi. PZR sonucunda, 5 dışkı örneği Mycobacterium spp. için pozitif bulundu. Örneklerin 4'ü PZR’da M. genavense olarak tanımlandı. Türkiye'deki kafes kuşlarının dışkı örneklerinde M. genavense DNA'sının saptanmasına yönelik ilk duyuru olan bu çalışmanın sonucu olarak, PZR'nin kanatlı mikobakteriyozisi tespitinde hızlı, duyarlı ve güvenilir bir yöntem olduğu görülmüştür.

This study was carried out on abomasal contents of aborted fetuses of 102 cattles, 45 sheep and 5 goats sent to the laboratory from Central Anatolia, and Black Sea Region of Turkey to investigate the presence Coxiella burnetii (C. burnetii) by trans-PCR. Out of 152 abomasal contents, 11 (7.23%) were detected to contain C. burnetii DNA. Four (3.92%) out of 102 cattle, 5 (11.11%) out of 45 sheep, and 2 (40%) out of 5 goat abomasal contents harbored C. burnetii DNA. As a result, PCR detection of C. burnetii DNA in fetal abomasum contents is a significant finding of a possible C. burnetii related abortion.

In this study, development of a multiplex-PCR (m-PCR) assay for identification of Salmonellosis and Psittacosis in caged birds was aimed. DNAs extracted from Salmonella spp. strains from the collection of our department and Salmonella spp. isolates from caged birds in addition to the extracted DNA samples belong to two different Chlamydophila psittaci clinical strains (strain 6BC and a strain isolated from a parakeet), constituted the material of the study. A m-PCR assay was developed which use iroBF and iroBR primers to specifically amplify 606 bp sequence of iroB gene of Salmonella spp. DNA in the same reaction mix and with the same conditions, CpsiA and CpsiB primers were used to amplify 300 bp sequence of pmp gene of C. psittaci. The specificity and the sensitivity of the assay were determined by using positive controls (Salmonella and Chlamydia DNA samples). We believe that the newly developed m-PCR assay is a fast, reliable and an economic assay, which has the potential for direct identification of Salmonella spp. and C. psittaci from the clinical samples, Bu çalışmada, Salmonellosis ve Psittacosis’in tanısında kullanılmak üzere bir multipleks-polimeraz zincir reaksiyonu (m-PZR) tekniği geliştirilmesi amaçlandı. Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı suş koleksiyonunda yer alan Salmonella suşları, kafes kuşu orijinli Salmonella izolatları ve bunlardan izole edilen DNA örnekleri dışında yurt dışından sağlanan ve iki farklı Chlamydophila psittaci klinik suşundan izole edilmiş DNA örnekleri çalışma materyalini oluşturdu. Çalışmada, Salmonella türlerinde iroB genini kodlayan sekansın 606 bp’lik porsiyonunu spesifik olarak amplifiye eden iroBF ve iroBR primer çifti ile Chlamydophila psittaci’nin pmp genlerinin 300 bp’lik sekansını amplifiye eden CpsiA ve CpsiB primer çiftinin aynı reaksiyon karışımı ve şartlarında çalışacağı bir m-PZR tekniği geliştirildi. Pozitif kontrol Chlamydophila psittaci DNA’larının dışında, kendi laboratuvar izolatları ve suşlarından izole edilen DNA örnekleri kullanılarak tekniğin spesifite ve sensitivitesi de belirlendi. Sonuç olarak, klinik materyallerden direkt tanı potansiyeli de bulunan tekniğin kafes kuşlarında Salmonella spp. ve C. psittaci’nin tanısında hızlı, güvenilir ve ekonomik bir teknik olduğu düşünülmektedir

Bu çalı,ı'mada ithal Holstein ırkı sığırlardan oluşan özel bir süti,~letmesine ait 4 adet boğa, /2 adet buzağı ve 4/4 adet sığıra ait toplam 430 adetkan serumu ve 50 adet süt örneği serolojik olarak ve bu hayvanlardan alınantoplam 100 adet süt ve vaginal svab örneği bakteriyolojik olarak incelendi.Yapılan serolojik incelemelerde ineklere ait serumların %30'u Rose Ben~al PlateTest (RBPT) ve %31 'i Serum Aglutinasyon Testi (SAT) ile, buzağı serumlarının %33.3'ü RBPT ve % 42 'si SAT ile pozit(lbulundu. Boğa serumları ise her iki test ilede ne~atil bulundu. Süt Halka Testi (SHT) ile süt örneklerinin % 58 'i pozitifolarak değerlendirildi. Süt örneklerinin 4 'ünden (% 8) ve svab örneklerinin5 'inden (% IO) olmak üzere 9 örnekten B. abortus izole edildi. B. abOl.tussU,I'larının tiplendirilmesinde, tamamının B. ahortus tip 3' e ait olduğu saptandı.Ancak boğalardan alınan svablardan brucella türleri izole edilemedi.

Ozet: Bu calismada, Ankara cevresindeki mezbahalardan toplanan tuberkuloz supheli 36 sigira ait 72 doku orneginde (36 lenf yumrusu ve 36 kan ornegi) Gercek Zamanli Polimeraz Zincir Reaksiyonu (real-time PCR) ile Mycobacterium bovis DNA’si arandi ve DNA’lar spoligotiplendirme yontemi ile genotiplendirildi. Bu amacla, ilk olarak sigir kan ve lenf yumrusu dokulari Mycobacterium bovis AN/5 susu ile karistirilarak PCR optimizasyonu icin kullanildi. PCR Light Cycler (Real-Time Flourescent deteksiyon yapan) sisteminde optimize edildi. Tum PCR suresi toplam 40 dk olarak belirlendi. Amplikonlarin 92.176C’de tamamen ayrildigi, diger bir deyisle, fluoresan yogunluklarini kaybettikleri goruldu. Bu sicaklik (erime noktasi) primerlerin (DRa ve DRb) amplifiye ettigi bolgeye spesifiktir. PCR sensitivitesi 6 cfu/2 μl = 3 cfu/μl olarak belirlendi. Toplam 72 doku oneginde, 36 lenf yumrusu numunesinden 9 M. bovis DNA’si PCR ile amplifiye edildi ve ELISA ile gosterildi. Kan numunelerinde herhangi bir amplifikasyon kaydedilemedi. Spoligotiplendirme yontemi mikropleytlerde uygulandi. Mikropleytlere baglanan 43 farkli oligonukleotid 9 PCR urunu ile hibridize edildi. Sonuc olarak 9 M. bovis DNA’sinda 3 farkli spoligotip ortaya konuldu. Anahtar sozcukler: Mycobacterium bovis, PCR, Spoligotiplendirme.

In this study, use and standardization of immunofluorescence technique for the diagnosis of infectious bursal disease (IBD) infection and preparation of the conjugate that will be used in the technique were aimed. Immunized chicken and rabbit sera were labelled with fluorescein isothiocyanate. In the standardization of the conjugate dilution, optimal ratio was determined as 1:16 after the evaluation of smears prepared from the bursa Fabricius of the control and experimentally infected groups. Indirect fluorescent antibody technique was found to be relatively superior to the direct fluorescent antibody technique after the standardization tests. In the field studies, 23 out of 28 (85.13%) IBDV infected broiler flocks were detected to be positive by immunofluorescence technique. As a conclusion, immunofluorescent antibody technique (IFAT) was found to be useful for diagnosis of the IBDV infections, Bu çalışmada, infeksiyöz bursal hastalığının (IBD) teşhisinde immunofloresan tekniğinin kullanılması, standardizasyonu ve bu teknikte kullanılacak konjugatın hazırlanması amaçlandı. İmmunize edilen tavuk ve tavşan serumları floresein izotiosiyanat ile işaretlendi. Konjugat standardizasyonu için deneysel infekte ve kontrol grubundan hazırlanan preparatlarla yapılan testlerde optimal konjugat sulandırmasının 1:16 olduğu belirlendi. Ayrıca standardizasyon çalışmaları sonrasında indirekt floresan antikor tekniğinin (IFAT) relatif olarak direkt floresan antikor tekniğine (FAT) üstünlüğü saptandı. AGID testinde kontrol grubuna ait örnekler negatif, aşılı ve saha suşu ile infekte edilen gruplara ait örnekler ise pozitif sonuç verdi. AGID’e göre FAT ve IFAT’ın spesifite ve sensitivitesinin %100 olduğu hesaplandı. Saha çalışmalarında, IBD şüpheli 27 kümesin 23’ünde (%85.13) pozitiflik saptandı. Sonuçta, immunofloresan tekniğinin IBDV infeksiyonlarında kullanılabilirliği ortaya konuldu

In this study, identification of IBDVs encountered in Turkey by agar gel immunodiffusion (AGID) and reverse transcription/polymerase chain reaction (RT/PCR) test and molecular typing of IBDV strains by restriction fragment length polymorphism (RFLP) assay were aimed. For this reason, a total of 122 bursa Fabricii from 24 flocks showing the symptoms of IBD, reared in the restricts of Adana, Bolu, Bursa, Çorum and Eskişehir were investigated for the existance of viral antigens and the viral RNAs by AGID and RT/PCR tests, respectively. Molecular typing of RT/PCR positive IBDV samples by RFLP analysis using BstNI, MboI and SspI restriction enzymes was performed. After AGID tests, 102 (83.6 %) of 122 bursal samples from 24 flocks were found to have IBDV antigens. After RT/PCR tests, 47 (38.5 %) out of 122 bursa samples were found to have IBDV RNA while 75 (61.5 %) were not. Following RFLP analysis of RT/PCR positive samples, two different molecular patterns were detected. Following the restriction endonuclease analysis performed with SspI enzyme, these were found to have similar molecular patterns with the European very virulent IBDVs (vvIBDVs). As a conclusion, AGID test was found to be an appropriate test for the routine identification of IBDV strains from bursa samples and RT/PCR-RFLP test could be used for the molecular typing of IBDV virus strains in Turkey, Bu çalışmada, Türkiye’de İnfeksiyöz Bursal Hastalığa (IBD) neden olan virusların agar jel immunodifuzyon testi (AGID) ve reverz transkripsiyon/polimeraz zincir reaksiyonu (RT/PCR) ile saptanması ve IBDV suşlarının RFLP (restriction fragment length polymorphism) analizi ile moleküler tiplendirilmesi amaçlandı. Bu amaçla, çeşitli bölgelerdeki 24 sürüye ait toplam 122 adet bursa Fabricius materyali IBDV antijenlerinin varlığı yönünden AGID testi, IBDV viral RNA’sının varlığı yönünden ise RT/PCR testi ile değerlendirildi. RT/PCR sonucunda pozitif olduğu belirlenen virus örneklerinin moleküler tiplendirilmesi, BstNI, MboI ve SspI enzimlerinin kullanıldığı RFLP tekniği ile yapıldı. AGID testleri sonucunda incelenen 24 sürüye ait toplam 122 adet örneğin 102 (% 83.6)’si IBDV yönünden pozitif bulundu. Bursa Fabricius örneklerinden izole edilen RNA’lara uygulanan RT/PCR testi sonucunda, 24 sürüye ait toplam 122 adet materyalin 47 (% 38.5)’sinde viral genetik materyal saptandı. RT/PCR testiyle saptanan IBDV suşlarının RFLP analizi sonucunda birbirinden farklı moleküler yapı gösteren iki farklı virus suşu belirlendi. Bu suşların SspI enzimi ile incelenmesi sonucunda bunların Avrupa’da gözlenen yüksek virulensteki suşlarla benzer moleküler yapıya sahip oldukları ortaya kondu. Sonuç olarak, AGID testinin IBDV suşlarının rutin identifikasyonu için uygun bir test olduğu, RT/PCRRFLP testinin ise IBDV viruslarının tiplendirilmesinde kullanılabileceği belirlendi

For the aim of retrospective evaluation of dermatophytosis in cats and dogs, in this study, the samples taken from 164 cats and 357 dogs which came to University of Ankara, Faculty of Veterinary, Department of Microbiology with dermatophytosis suspicion between the year 1998 and 2003, were investigated. Overall, the 20.3% of the suspicious samples, in cats 21.9% and in dogs 19.6% dermatophytosis agents were isolated and identified. Microsporum spp. found to be the most isolated agent (60.4%) and Trichophyton spp. (39.6%) was also isolated as the agent of dermatophytosis. This study shows no difference of any seasonal trend in dermatophytosis, Kedi ve köpek dermatofitozlarının retrospektif değerlendirilmesi amacıyla yapılan bu çalışmada, 1998-2003 yılları arasında Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı’na dermatofitoz şüphesi ile getirilen 164 kedi ve 357 köpekten alınan örnekler incelendi. Dermatofitoz şüpheli örneklerden toplamda %20.3 olmak üzere, kedilerden %21.9 ve köpeklerden ise %19.6 oranında dermatofitoz etkenleri izole ve identifiye edildi. Kedi ve köpeklerde Microsporum spp.’nin izolasyon oranı (%60.4), Trichophyton spp.’den (%39.6) daha yüksek olarak bulundu. Ayrıca, mevsimsel olarak dermatofitoz oluşumunda farklılığa rastlanmadı

Summary: In this study, the isolation of C. sordellii from abomasum lesions of lambs and the confirmation of the isolates by polymerase chain reaction (PCR) was attempted. A total of 298 abomasal specimens (swabs) obtained from lambs of 4 to 8 months of age were investigated. Sampled swabs were inoculated onto blood agar plates and incubated anaerobically. Following the incubation grown colonies were identified according to their morphological and biochemical characteristics. C. sordellii was isolated from 17 of 298 specimens (5.7%). These bacteria were also confirmed to harbour C. sordellii DNA by PCR. In conclusion, the presence of C. sordellii in abomasum lesions was demonstrated in Turkey for the first time with this study.