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National audience; The selection of French dairy sheep breeds is presently based on annual progeny-testing of 440, 50, 30 30, and 150 AI rams, respectively in Lacaune (LL), Basco-Bearnaise (BB), Corse, black-faced Manech (BFM), and redfaced Manech (RFM) breeds. Since 2010 we have been studying the feasibility of genomic selection (GS) in the above breeds. The main results are the following: (1) the size of the reference populations reached in 2013 4841 (LL), 509 (BB), 331 (BFM), 1424 (RFM) AI rams; (2) since the accuracies of different genomic evaluation methods were shown to be similar, the single step GBLUP method was chosen; (3) a gain in accuracy of genomic predictions over parent average ranged from 0.10 to 0.20, depending on the trait and breed; (4) a gain in accuracy was more limited than in large breeds like dairy cattle, in agreement with a larger effective population size in French dairy sheep breeds. The design of a genomic breeding scheme in dairy sheep is comparable to hybrid schemes implemented in small Scandinavian dairy cattle populations, which combine an initial genomic selection with a moderate phenotype selection at the arrival of the first proofs. With a genomic selection pressure between 1/3 and ¼ in 3 month-old rams, the annual genetic gain will be increased by 10 to 15 % with a reduction of the AI livestock in the range of 20-40 %, hardly balancing genotyping costs. A genomic experiment carried out in AI LL rams born in 2011 and 2012 validated such a GS pressure around 1/3. Finally, the breeding organizations decided to move towards genomic selection in 2015 in Lacaune and in a near future in Pyrenean breeds, expecting a greater flexibility from the genomic scheme. SG therefore leads to major changes in terms of selection of dairy sheep in France with upcoming changes in technical, economic and organizational aspects.; La sélection des brebis laitières en France est fondée actuellement sur le testage sur descendance de 440, 50, 30, 30 et 150 béliers d’IA par an, respectivement en races Lacaune lait (LL), Basco-Béarnaise (BB), Corse, Manech tête noire (MTN) et Manech tête rousse (MTR). Depuis 2010 nous avons conduit des programmes de recherchedéveloppement sur la faisabilité de la sélection génomique (SG) en ovins laitiers en France. Les principaux résultats sont les suivants: (1) les populations de référence atteignent en 2013 un nombre de béliers d’IA de 4841 LL, 509 BB, 361 MTN, et 1425 MTR; (2) étant donné que la précision des index génomiques varie peu avec les méthodes testées, la méthode GBLUP en une seule étape (ssGBLUP) a été retenue; (3) le gain de précision des prédictions génomiques par rapport au choix sur ascendance est compris entre 0.10 et 0.20 point, selon le caractère et la race considérés; (4) le gain de précision génomique est plus limité que celui constaté pour les grandes races bovines laitières, en accord avec des effectifs génétiques plus importants en ovins laitiers. Les schémas de sélection génomique conçus en ovins laitiers sont comparables aux schémas hybrides des petites races bovines scandinaves, qui combinent sélection génomique précoce et sélection phénotypique modérée à l’arrivée des index sur descendance. Avec une pression de sélection génomique comprise entre 1/3 et ¼ pour les jeunes béliers, le gain génétique annuel est accru de 10 % à 15 %, avec une réduction du cheptel de béliers d’IA de 20 à 40 % permettant de compenser les coûts de génotypage. Une expérimentation de sélection génomique en race LL a permis de valider les pressions de sélection minimales à réaliser pour de tels schémas hybrides. Les organisations de sélection ont décidé de basculer en sélection génomique en 2015 en race LL et dans un futur proche en races ovines laitières des Pyrénées (ROLP), misant sur une meilleure flexibilité des schémas de sélection génomique. La SG débouche donc sur des modifications majeures des modalités de sélection des ovins laitiers en France, dont nous évoquons les évolutions techniques, économiques et organisationnelles.

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La sélection des brebis laitières en France est fondée actuellement sur le testage sur descendance de 440, 50, 30, 30 et 150 béliers d’IA par an, respectivement en races Lacaune lait (LL), Basco-Béarnaise (BB), Corse, Manech tête noire (MTN) et Manech tête rousse (MTR). Depuis 2010 nous avons conduit des programmes de recherchedéveloppement sur la faisabilité de la sélection génomique (SG) en ovins laitiers en France. Les principaux résultats sont les suivants: (1) les populations de référence atteignent en 2013 un nombre de béliers d’IA de 4841 LL, 509 BB, 361 MTN, et 1425 MTR; (2) étant donné que la précision des index génomiques varie peu avec les méthodes testées, la méthode GBLUP en une seule étape (ssGBLUP) a été retenue; (3) le gain de précision des prédictions génomiques par rapport au choix sur ascendance est compris entre 0.10 et 0.20 point, selon le caractère et la race considérés; (4) le gain de précision génomique est plus limité que celui constaté pour les grandes races bovines laitières, en accord avec des effectifs génétiques plus importants en ovins laitiers. Les schémas de sélection génomique conçus en ovins laitiers sont comparables aux schémas hybrides des petites races bovines scandinaves, qui combinent sélection génomique précoce et sélection phénotypique modérée à l’arrivée des index sur descendance. Avec une pression de sélection génomique comprise entre 1/3 et ¼ pour les jeunes béliers, le gain génétique annuel est accru de 10 % à 15 %, avec une réduction du cheptel de béliers d’IA de 20 à 40 % permettant de compenser les coûts de génotypage. Une expérimentation de sélection génomique en race LL a permis de valider les pressions de sélection minimales à réaliser pour de tels schémas hybrides. Les organisations de sélection ont décidé de basculer en sélection génomique en 2015 en race LL et dans un futur proche en races ovines laitières des Pyrénées (ROLP), misant sur une meilleure flexibilité des schémas de sélection génomique. La SG débouche donc sur des modifications majeures des modalités de sélection des ovins laitiers en France, dont nous évoquons les évolutions techniques, économiques et organisationnelles., The selection of French dairy sheep breeds is presently based on annual progeny-testing of 440, 50, 30 30, and 150 AI rams, respectively in Lacaune (LL), Basco-Bearnaise (BB), Corse, black-faced Manech (BFM), and redfaced Manech (RFM) breeds. Since 2010 we have been studying the feasibility of genomic selection (GS) in the above breeds. The main results are the following: (1) the size of the reference populations reached in 2013 4841 (LL), 509 (BB), 331 (BFM), 1424 (RFM) AI rams; (2) since the accuracies of different genomic evaluation methods were shown to be similar, the single step GBLUP method was chosen; (3) a gain in accuracy of genomic predictions over parent average ranged from 0.10 to 0.20, depending on the trait and breed; (4) a gain in accuracy was more limited than in large breeds like dairy cattle, in agreement with a larger effective population size in French dairy sheep breeds. The design of a genomic breeding scheme in dairy sheep is comparable to hybrid schemes implemented in small Scandinavian dairy cattle populations, which combine an initial genomic selection with a moderate phenotype selection at the arrival of the first proofs. With a genomic selection pressure between 1/3 and ¼ in 3 month-old rams, the annual genetic gain will be increased by 10 to 15 % with a reduction of the AI livestock in the range of 20-40 %, hardly balancing genotyping costs. A genomic experiment carried out in AI LL rams born in 2011 and 2012 validated such a GS pressure around 1/3. Finally, the breeding organizations decided to move towards genomic selection in 2015 in Lacaune and in a near future in Pyrenean breeds, expecting a greater flexibility from the genomic scheme. SG therefore leads to major changes in terms of selection of dairy sheep in France with upcoming changes in technical, economic and organizational aspects.

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Towards a genomic monitoring of intra-breed sheep variability. 64. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP)

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National audience; Each year, the breeding programs in French dairy sheep breeds progeny test around 700 rams, with variations between breeds. Since the late 1990’s, blood of AI rams was systematically stored by Labogena. Therefore, when the Illumina «OvineSNP50®» beadchip became available in 2009, genomic selection became possible in French dairy sheep. Stakeholders of the dairy sheep genetic industry, gathered together in the National Dairy Sheep Committee, in partnership with INRA and the Institut de l’Elevage, have organized themselves in the framework of the so-called UMT GENEpr. In the Lacaune breed, the purpose of the SheepSNPQTL and Roquefort’in project is to set up a reference population of 3,000 rams and to test genomic selection among 2 batches of rams. The aim of the Genomia project is to test multibreed genomic selection in the Pyrenean breeds, with a smaller reference population, except for the Manech Tête Rousse breed (MTR), , in association with the Spanish Latxa breed, based on 3,100 genotyped AI rams, including nearly 2,000 from the French populations. A point on both programs is presented and situated within the global strategy of genomic selection in French dairy sheep. Genomic evaluations were performed with the GBLUP methodology, for all the available phenotypes. The accuracy of genomic evaluation is presented in the Lacaune and MTR breeds, thanks to a cross-validation. In all cases, the genomic evaluation was more efficient than the polygenic evaluation, the range of gain varying from 10 to 41% according to the breed and trait. Alongside with these results, the managers of the breeding programs are working on the conception of a genomic breeding program, from the technical evolution required to the shift in contractual organizations between stakeholders.; Les programmes de sélection ovins laitiers français évaluent sur descendance environ 700 béliers par an, avec de fortes variations selon les races. Le stockage de sang des béliers d’IA à Labogena depuis le milieu des années 90 et la disponibilité de la puce « OvineSNP50® » d’Illumina depuis 2009 rendent envisageable la sélection génomique pour les races ovines laitières françaises. Les acteurs de la profession se sont organisés dans cette perspective, dans le cadre du Comité National Brebis Laitières, en partenariat avec l’INRA et l’Institut de l’Elevage, regroupés au sein de l’UMT génétique des petits ruminants. En race Lacaune, l’objectif des projets SheepSNPQTL et Roquefort’in est de disposer d’une population de référence d’environ 3000 béliers, et de tester la sélection génomique sur 2 cohortes de testage. Pour les races ovines laitières des Pyrénées, où les populations raciales de référence sont, à l’exception de la Manech Tête Rousse (MTR), de taille plus réduite, le projet Genomia vise à tester une sélection génomique multiraciale associant les races Manech (France) et Latxa (Espagne), grâce au génotypage de 3100 béliers d’IA en 2011 dont près de 2000 pour les populations françaises. L’état d’avancement des 2 programmes est présenté et resitué dans une stratégie globale de sélection génomique. L’évaluation génomique a été réalisée selon la méthodologie GBLUP, pour l’ensemble des phénotypes disponibles. Nous présentons les résultats de précision des évaluations génomiques réalisées, en races Lacaune et MTR, sur la base d’une population d’apprentissage respectivement de 1933 et 1002 béliers génotypés et une population de validation, respectivement de 682 et 293 jeunes béliers. Dans tous les cas, l’évaluation génomique est plus précise que l’évaluation polygénique, les gains relatifs de précision variant de 10 à 41% selon la race et le caractère considérés. Parallèlement à ces travaux, les maîtres d’œuvre des schémas de sélection s’interrogent sur les évolutions techniques que supposerait la mise en place de schémas de sélection génomiques, mais aussi sur les conséquences organisationnelles et contractuelles induites.

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Chantier qualité GA; Genetic parameters of clinical mastitis were estimated for the three main French dairy breeds: Holstein, Montbéliarde and Normande. Records were clinical mastitis events reported by farmers to milk recording technicians and the analyzed trait was the binary variable describing the occurrence of a mastitis case within the first 150 days oflactation. Low heritability estimates were found: between 2 and 4 % depending on the breed but the trait has significant genetic variance despite its low heritability: efficient genetic improvement is possible. Genetic correlations with other traits were estimated, showing large correlations (often >0.50, in absolute value) between clinical mastitis and somatic cell score (SCS), longevity and some udder traits. Correlation with milk yield was moderately large and unfavorable (ρ=0.26 to 0.30). High milking speed was genetically associated with less mastitis in Montbéliarde (ρ=-0.14) but with more mastitis in Holstein (ρ=0.18). Interbull genetic correlations are very high with Nordic countries, where much stricter recording systems exist (ρ=0.94). They were lower (around 0.80) with countries supplying SCS as a proxy for the international evaluation on clinical mastitis. Clinical mastitis has been included since 2010 in routine evaluations using a multiple trait animal model. Mastitis estimated breeding values (EBV) are combined with somatic cell scores EBV into an udder health index which receives a weight of 14.5% to 18.5% in the new French Total Merit Index (ISU) of the three breeds.

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Les programmes de sélection ovins laitiers français évaluent sur descendance environ 700 béliers par an, avec de fortes variations selon les races. Le stockage de sang des béliers d’IA à Labogena depuis le milieu des années 90 et la disponibilité de la puce « OvineSNP50® » d’Illumina depuis 2009 rendent envisageable la sélection génomique pour les races ovines laitières françaises. Les acteurs de la profession se sont organisés dans cette perspective, dans le cadre du Comité National Brebis Laitières, en partenariat avec l’INRA et l’Institut de l’Elevage, regroupés au sein de l’UMT génétique des petits ruminants. En race Lacaune, l’objectif des projets SheepSNPQTL et Roquefort’in est de disposer d’une population de référence d’environ 3000 béliers, et de tester la sélection génomique sur 2 cohortes de testage. Pour les races ovines laitières des Pyrénées, où les populations raciales de référence sont, à l’exception de la Manech Tête Rousse (MTR), de taille plus réduite, le projet Genomia vise à tester une sélection génomique multiraciale associant les races Manech (France) et Latxa (Espagne), grâce au génotypage de 3100 béliers d’IA en 2011 dont près de 2000 pour les populations françaises. L’état d’avancement des 2 programmes est présenté et resitué dans une stratégie globale de sélection génomique. L’évaluation génomique a été réalisée selon la méthodologie GBLUP, pour l’ensemble des phénotypes disponibles. Nous présentons les résultats de précision des évaluations génomiques réalisées, en races Lacaune et MTR, sur la base d’une population d’apprentissage respectivement de 1933 et 1002 béliers génotypés et une population de validation, respectivement de 682 et 293 jeunes béliers. Dans tous les cas, l’évaluation génomique est plus précise que l’évaluation polygénique, les gains relatifs de précision variant de 10 à 41% selon la race et le caractère considérés. Parallèlement à ces travaux, les maîtres d’œuvre des schémas de sélection s’interrogent sur les évolutions techniques que supposerait la mise en place de schémas de sélection génomiques, mais aussi sur les conséquences organisationnelles et contractuelles induites., Each year, the breeding programs in French dairy sheep breeds progeny test around 700 rams, with variations between breeds. Since the late 1990’s, blood of AI rams was systematically stored by Labogena. Therefore, when the Illumina «OvineSNP50®» beadchip became available in 2009, genomic selection became possible in French dairy sheep. Stakeholders of the dairy sheep genetic industry, gathered together in the National Dairy Sheep Committee, in partnership with INRA and the Institut de l’Elevage, have organized themselves in the framework of the so-called UMT GENEpr. In the Lacaune breed, the purpose of the SheepSNPQTL and Roquefort’in project is to set up a reference population of 3,000 rams and to test genomic selection among 2 batches of rams. The aim of the Genomia project is to test multibreed genomic selection in the Pyrenean breeds, with a smaller reference population, except for the Manech Tête Rousse breed (MTR), , in association with the Spanish Latxa breed, based on 3,100 genotyped AI rams, including nearly 2,000 from the French populations. A point on both programs is presented and situated within the global strategy of genomic selection in French dairy sheep. Genomic evaluations were performed with the GBLUP methodology, for all the available phenotypes. The accuracy of genomic evaluation is presented in the Lacaune and MTR breeds, thanks to a cross-validation. In all cases, the genomic evaluation was more efficient than the polygenic evaluation, the range of gain varying from 10 to 41% according to the breed and trait. Alongside with these results, the managers of the breeding programs are working on the conception of a genomic breeding program, from the technical evolution required to the shift in contractual organizations between stakeholders.

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