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Abdoulaye Dabo, Simon Cauchemez, Souleymane Sacko, Bourema Kouriba, Abdoulaye Djimde, Jan Felix Drexler, Anna-Bella Failloux, Pierre Gallian, Abdoul Karim Sangaré, Ogobara K. Doumbo, Issa Diarra, Drissa Coulibaly, Amatigue Zeguime, Xavier de Lamballerie, Nathanaël Hozé, Elif Nurtop, Bakary Fofana, Boris Pastorino, Stéphane Priet, Issaka Sagara, Mahamadou Ali Thera, Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Malaria Research and Training Center [Bamako, Mali], Université de Bamako, Ministère de la Santé et des Affaires Sociales du Mali [Bamako, Mali], Université des Sciences, des Techniques et des Technologies de Bamako (USTTB), Etablissement Français du Sang - Alpes-Méditerranée (EFS - Alpes-Méditerranée), Etablissement Français du Sang, German Center for Infection Research, Partnersite Munich (DZIF), Arbovirus et Insectes Vecteurs - Arboviruses and Insect Vectors, Institut Pasteur [Paris] (IP), Modélisation mathématique des maladies infectieuses - Mathematical modelling of Infectious Diseases, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-16-CONV-0005,INCEPTION,Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs(2016), BUISINE, Soline, Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université des sciences, des techniques et des technologies de Bamako (USTTB), Institut Pasteur [Paris], and Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Mathieu Legros, Morgan Seston, Christophe Boëte, Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut fur Integrative Biologie, Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation [Canberra] (CSIRO), BUISINE, Soline, and Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE)

Gilda Grard, Paul O. Verhoeven, Sylvie Pillet, Elisabeth Botelho-Nevers, Claire Bretagne, M. Guerbois-Galla, Sylvie Gonzalo, Alexandra Mailles, Samira Fafi-Kremer, Isabelle Leparc-Goffart, Aurélie Velay, Bruno Pozzetto, Amandine Gagneux-Brunon, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48, INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Saint-Etienne, Virology Laboratory, General Hospital Papageorgiou, Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA), Unité des Virus Emergents (UVE), Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de Référence des Arbovirus [Marseille], Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA)-Unité d'Arbovirologie [Marseille], Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées-Service de Santé des Armées-Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées-Service de Santé des Armées, Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Département des maladies infectieuses, Institut de Veille Sanitaire (INVS), Groupe Immunité des Muqueuses et Agents Pathogènes (GIMAP), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM), CHU Saint-Etienne, Interaction virus-hôte et maladies du foie, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne (CHU de Saint-Etienne), Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne] (CHU ST-E), and BUISINE, Soline

Cécile Doyen, Thérèse Couderc, Alexis Brugier, R. Juntas-Morales, Philippe Roingeard, Rabah Ben Yaou, Julien Burlaud-Gaillard, Etienne Simon-Loriere, Mohamed Lamine Hafirassou, Sophia Rafasse, Vasiliya Kril, Pierre-Olivier Vidalain, Laura Pezzi, Gisèle Bonne, Lucie Gueneau, Xavier de Lamballerie, Marc Lecuit, Laurent Meertens, Anne Bertrand-Legout, Beate M. Kümmerer, Ali Amara, Lucie Bonnet-Madin, Thibaud Goupil, Constance Delaugerre, Athena Labeau, Monsef Benkirane, Génomes, biologie cellulaire et thérapeutiques (GenCellDi (UMR_S_944)), Collège de France (CdF (institution))-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Saint-Louis, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institute of Virology [Bonn, Germany], University of Bonn Medical Centre, Génomique évolutive des virus à ARN - Evolutionary genomics of RNA viruses, Institut Pasteur [Paris] (IP), Morphogénèse et antigénicité du VIH et du virus des Hépatites (MAVIVH - U1259 Inserm - CHRU Tours ), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Université de Tours (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de génétique humaine (IGH), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Chimie et de Biochimie Pharmacologiques et Toxicologiques (LCBPT - UMR 8601), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Equipe Chimie et Biologie, Modélisation et Immunologie pour la Thérapie (CBMIT), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Génomique virale et vaccination, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherche en Myologie – U974 SU-INSERM, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Département de neurologie [Montpellier], Université Montpellier 1 (UM1)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Hôpital Gui de Chauliac [CHU Montpellier], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Université de Montpellier (UM), Laboratoire de Virologie [CHU Saint-Louis], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de maladies infectieuses et tropicales [Saint-Louis], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), This study received funding from the French Government’s Investissement d’Avenir program, Laboratoire d’Excellence ‘Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases’ (ANR-10-LABX-62-IBEID), the ‘Investissements d’Avenir’ program (ANR-10-IHUB-0002, ANR-15-CE15-00029 ZIKAHOST and the INCEPTION program ANR-16-CONV-0005), Institut Pasteur, Inserm and European Research Council. Viruses were provided by the Europe and Virus Archive, which has received funding from the EU Horizon 2020 research and innovation program under grant agreement 653316. The authors thank the EA7310, Laboratoire de Virologie, Université de Corse-Inserm for funding the doctoral position of L.P., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-17-CE15-0029,ZIKAHOST,LES FACTEURS DE L'HÔTE ASSOCIÉS À LA NEUROPATHOGÉNICITÉ DU VIRUS ZIKA(2017), ANR-16-CONV-0005,INCEPTION,Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs(2016), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Collège de France (CdF (institution))-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris], Université de Tours-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche en Myologie, Université Montpellier 1 (UM1)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Hôpital Gui de Chauliac [Montpellier]-Université de Montpellier (UM), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Hôpital Gui de Chauliac [Montpellier]-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université de Montpellier (UM), BUISINE, Soline, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, LES FACTEURS DE L'HÔTE ASSOCIÉS À LA NEUROPATHOGÉNICITÉ DU VIRUS ZIKA - - ZIKAHOST2017 - ANR-17-CE15-0029 - AAPG2017 - VALID, and Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs - - INCEPTION2016 - ANR-16-CONV-0005 - CONV - VALID

Laura Pezzi, Antoine Nougairède, Laurence Thirion, Guillaume André Durand, Xavier de Lamballerie, Rémi N. Charrel, Laetitia Ninove, Gregory Molle, Bruno Coutard, Isabelle Leparc-Goffart, Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), EA Bioscope Corse Méditerranée : Dynamique des infections virales en milieu insulaire, Université Pascal Paoli (UPP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA), and BUISINE, Soline

Abel S. Biguezoton, Léa Luciani, Adrien Marie Gaston Belem, Laurence Thirion, Laura Pezzi, Rémi N. Charrel, Claude Saegerman, Achille S. Ouedraogo, Olivier M. Zannou, Laetitia Lempereur, Centre international de recherche-développement sur l'élevage en zone sub-humide (CIRDES), Faculty of Veterinary Medicine, Center for Fundamental and Applied Research for Animal and Health (FARAH), Laboratory of Parasitology and Parasitic Diseases, Université de Liège, Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Research Unit in Epidemiology and Risk Analysis Applied to the Veterinary Sciences (UREAR-ULg), Department of Infectious and Parasitic Diseases, Center for Fundamental and Applied Research for Animal and Health (FARAH), Faculty of Veterinary Medicine, EA Bioscope Corse Méditerranée : Dynamique des infections virales en milieu insulaire, Université Pascal Paoli (UPP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut du Développement Rural, Université Polytechnique Nazi Boni Bobo-Dioulasso (UNB), BUISINE, Soline, and Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Jan Felix Drexler, Xavier de Lamballerie, Laetitia Ninove, Stéphane Priet, Pierre Gallian, Yannick Dimi, Amelia Dzia-Lepfoundzou, Nanikaly Moyen, Elif Nurtop, Unité des Virus Emergents (UVE), Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de Transfusion Sanguine, Institute of Virology, University of Bonn Medical Centre, Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU Marseille), Établissement Français du Sang Alpes-Méditerranée (EFS Alpes-Méditerranée), Architecture et fonction des macromolécules biologiques (AFMB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de Transfusion Sanguine [Brazzaville, Congo] (CNTS), Institute of Virology [Berlin, Germany] (Charité), Charité - UniversitätsMedizin = Charité - University Hospital [Berlin], Etablissement Français du Sang - Alpes-Méditerranée (EFS - Alpes-Méditerranée), Etablissement Français du Sang, BUISINE, Soline, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU AMU), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and EFS ALPES MEDITERRANEE

Agnès Rubens, Frédéric Foucault, G. Theillet, I Leparc-Goffart, Christine Rozand, Frederic Bedin, Pascal Dalbon, BUISINE, Soline, Centre National de Référence (CNR) des Arbovirus - Laboratoire coordonnateur : Equipe Résidente de Recherche d'Infectiologie Tropicale (ERRIT), Institut de Recherche Biomédicale des Armées Hôpital d’Instruction des Armées Laveran, and BIOMERIEUX

Alice Vilain-Parce, Frédéric Coatleven, Isabelle Leparc-Goffart, Hervé Fleury, A. Desclaux, Denis Malvy, Xavier de Lamballerie, CHU Bordeaux [Bordeaux], Unité des Virus Emergents (UVE), Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA), Centre National de Référence des Arbovirus [Marseille], Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA)-Unité d'Arbovirologie [Marseille], Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées-Service de Santé des Armées-Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées-Service de Santé des Armées, and BUISINE, Soline

Thomas Jaenisch, Anubis Vega-Rúa, Patrícia Brasil, M. G. Rosa-Freitas, Michael A. Drebot, P. Gallian, Sébastien Boyer, Maria Rios, Amadou A. Sall, Laura Pezzi, Anna-Bella Failloux, Angelle Desiree LaBeaud, Lisa F. P. Ng, Michael S. Diamond, Ricardo Lourenço-de-Oliveira, Guilherme S. Ribeiro, Scott C. Weaver, Mariama Dalanda Diallo, Nikos Vasilakis, A. J. Rodriguez-Morales, Alain Kohl, François Simon, Michael P. Busch, André Siqueira, Chantal Reusken, Jan Felix Drexler, Johan Neyts, Graham Simmons, X. de Lamballerie, Marc Lecuit, Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), EA Bioscope Corse Méditerranée : Dynamique des infections virales en milieu insulaire, Université Pascal Paoli (UPP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur de Dakar, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ), Institut Pasteur de la Guadeloupe, Agency for science, technology and research [Singapore] (A*STAR), Institut Pasteur du Cambodge, Charité - UniversitätsMedizin = Charité - University Hospital [Berlin], German Centre for Infection Research (DZIF), The University of Texas Medical Branch (UTMB), MRC - University of Glasgow Centre for Virus Research, Arbovirus et Insectes Vecteurs - Arboviruses and Insect Vectors, Institut Pasteur [Paris] (IP), University of California [San Francisco] (UC San Francisco), University of California (UC), Washington University School of Medicine in St. Louis, Washington University in Saint Louis (WUSTL), Public Health Agency of Canada, Etablissement Français du Sang - Alpes-Méditerranée (EFS - Alpes-Méditerranée), Etablissement Français du Sang, Heidelberg University Hospital [Heidelberg], Stanford School of Medicine [Stanford], Stanford Medicine, Stanford University-Stanford University, Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), Rega Institute for Medical Research [Leuven, België], National Institute for Public Health and the Environment [Bilthoven] (RIVM), Erasmus University Medical Center [Rotterdam] (Erasmus MC), Universidade Federal da Bahia (UFBA), Instituto Gonçalo Moniz / Gonçalo Moniz Research Centre - Fiocruz Bahia [Salvador, Brésil] (IGM), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), U.S. Food and Drug Administration (FDA), Universidad Tecnológica de Pereira [Colombie] (UTP), Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées, BUISINE, Soline, Virology, Fundação Oswaldo Cruz / Oswaldo Cruz Foundation (FIOCRUZ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pascal Paoli (UPP), Institut Pasteur [Paris], University of California [San Francisco] (UCSF), University of California, and Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Yannik Boehmann, Hervé Raoul, Rémi N. Charrel, Xavier de Lamballerie, Laurence Thirion, Iban Corcostegui, Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire P4 - Jean Mérieux, Centre Européen de Virologie/Immunologie-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), This project has received funding (i) from the Innovative Medicines Initiative 2 Joint Undertaking under grant agreement No 115843 (EbolaModRad), this Joint Undertaking receives support from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program and EFPIA (www.imi.europa.eu), (ii) by the European Virus Archive goes Global (EVAg) project that has received funding from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program under grant agreement No 653316, (iii) the European Union Horizon 2020 program, grant No. 666092 REACTION., European Project: 666092,H2020,H2020-Adhoc-2014-20,REACTION(2014), European Project: 653316,H2020,H2020-INFRAIA-2014-2015,EVAg(2015), BUISINE, Soline, Evaluation of the efficacy and of the antiviral activity of T-705 (favipiravir) duringEbola virus infection in non-human primates humans - REACTION - - H20202014-11-01 - 2016-10-31 - 666092 - VALID, and European Virus Archive goes global - EVAg - - H20202015-04-01 - 2019-03-31 - 653316 - VALID

M. Auzet-Caillaud, C. Jeannin, Nelly Fournet, Xavier Naudot, Anne Decoppet, Harold Noel, Samer Aboukais, B. Cadiou, Gilda Grard, Isabelle Leparc-Goffart, P. Chaud, Anne Ovize, Marie-Claire Paty, Laurence Thirion, Lakri Hamouda, Thierry Travaglini, Grégory L'Ambert, Henriette de Valk, F. Franke, Christine Zandotti, Guillaume André Durand, Saby Guedj, Clément Lazarus, Sandra Giron, Santé publique France [Marseille] (French National Public Health Agency), Observatoire régional de la santé Provence-Alpes-Côte d'Azur [Marseille] (ORS PACA), Entente interdépartementale pour la démoustication du littoral méditerranéen [Montpellier] (EID Méditerranée), EID-Méditerranée, Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA), Centre National de Référence des Arbovirus [Marseille], Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA)-Unité d'Arbovirologie [Marseille], Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées-Service de Santé des Armées-Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées-Service de Santé des Armées, Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France], Fédération de Bactériologie-Virologie-Hygiène [AP-HM Hôpital La Timone], Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Médecin généraliste [Hyères, France], Eurofins Biomnis, Division de la surveillance et de la sécurité sanitaire [Paris] (Centre des opérations d'urgence en santé publique), Ministère de la Santé -Direction générale de la santé [Paris]-Centre de gestion des crises des urgences sanitaires [Paris], Centre National de Référence des Arbovirus [Marseille] (CNR Arbovirus), Unité de Virologie [Marseille], Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA), Centre National de Référence des Arbovirus [Marseille] (CNR Arbovirus - laboratoire associé), and BUISINE, Soline

Viengmon Davong, Mayfong Mayxay, Xavier de Lamballerie, Sayaphet Rattanavong, Kristian Alfsnes, Audrey Dubot-Pérès, Vegard Eldholm, Paul N. Newton, Edward C. Holmes, John H.-O. Pettersson, Géraldine Piorkowski, Manivanh Vongsouvath, Department of Medical Biochemistry and Microbiology [Uppsala, Sweden], Uppsala University, Public Health Agency of Sweden, The University of Sydney, Norwegian Institute of Public Health [Oslo] (NIPH), Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Lao-Oxford-Mahosot Hospital-Wellcome Trust Research Unit (LOMWRU), Mahidol University [Bangkok]-Mahosot Hospital, Institute of Research and Education Development [Vientiane, Lao People’s Democratic Republic], University of Health Sciences [Vientiane, Laos] (UHS), Nuffield Department of Clinical Medicine [Oxford], University of Oxford [Oxford], JHOP is funded by the Swedish research council FORMAS (grant no: 2015–710). ECH is funded by an ARC Australian Laureate Fellowship (FL170100022). JHOP, VE, XDL are members of the ZIKAlliance Programme of the European Union. This study was supported by the ZIKAlliance project under European Union Horizon 2020 programme (Grant Agreement no: 734548), the European Union's Horizon 2020 research and innovation programme EVAg under grant agreement N°653316, and Aix-Marseille University. The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript. The work in Laos was funded by the Wellcome Trust of UK, which also supports Paul Newton, and the Institute of Research for Development (IRD)., European Project: 653316,H2020,H2020-INFRAIA-2014-2015,EVAg(2015), European Project: 734548,ZIKAlliance(2016), University of Oxford, BUISINE, Soline, European Virus Archive goes global - EVAg - - H20202015-04-01 - 2019-03-31 - 653316 - VALID, and A global alliance for Zika virus control and prevention - ZIKAlliance - 2016-10-01 - 2019-09-30 - 734548 - VALID

Shirley Masse, Christine Isnard, Brigitte Peres, Cécile Souty, Rémi N. Charrel, Lisandru Capai, Thierry Blanchon, Xavier de Lamballerie, Alessandra Falchi, Pierre Gallian, EA Bioscope Corse Méditerranée : Dynamique des infections virales en milieu insulaire, Université Pascal Paoli (UPP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Etablissement Français du Sang Provence-Alpes Côte-d'Azur et Corse (EFS), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Etablissement Français du Sang - Alpes-Méditerranée (EFS - Alpes-Méditerranée), Etablissement Français du Sang, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pascal Paoli (UPP), and BUISINE, Soline

Pereira, André, Ayhan, Nazli, Cristóvão, José Manuel, Vilhena, Hugo, Martins, Ângela, Cachola, Patrícia, Henriques, Joaquim, Coimbra, Mónica, Catarino, Ana, Lestinova, Tereza, Spitzova, Tatiana, Volf, Petr, Campino, Lenea, Charrel, Remi, Maia, Carla, Global Health and Tropical Medicine [Lisbonne, Portugal] (GHTM), Instituto de Higiene e Medicina Tropical (IHMT), Universidade Nova de Lisboa = NOVA University Lisbon (NOVA)-Universidade Nova de Lisboa = NOVA University Lisbon (NOVA), Universidade Nova de Lisboa = NOVA University Lisbon (NOVA), Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Center for Investigation Vasco da Gama [Coimbra, Portugal] (Department of Veterinary Medicine), Vasco da Gama Universitary School [Coimbra, Portugal], University Veterinary Hospital [Coimbra, Portugal], Animal and Veterinary Research Centre - CECAV [Vila Real, Portugal], University of Trás-os-Montes and Alto Douro [Portugal] (UTAD), Hospital Veterinário da Arrábida [Azeitão, Portugal], Hospital Veterinário do Algarve [Faro, Portugal], Hospital Veterinário de Berna [Lisboa, Portugal], Clínica Veterinária Porto Seguro [Olhão, Portugal], VetCoa - Serviços Veterinários [Sabugal, Portugal], Department of Parasitology [Prague, Czech Republic] (Faculty of Science), Charles University [Prague] (CU), This work was partially supported by Bayer Animal Health, Germany and Global Health and Tropical Medicine Center (UID/Multi/04413/2013) and by the European Virus Archive goes Global (EVAg) project that has received funding from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under grant agreement No 653316. AP and CM have the support of the Portuguese Ministry of Education and Science (via Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.), through a PhD grant (SFRH/BD/116516/2016) and an Investigator Starting Grant (IF/01302/2015), respectively. PV, TS and TL are supported by ERD funds, project CeRaViP (16_019/0000759) and UNCE 204072., European Project: 653316,H2020,H2020-INFRAIA-2014-2015,EVAg(2015), BUISINE, Soline, and European Virus Archive goes global - EVAg - - H20202015-04-01 - 2019-03-31 - 653316 - VALID

Nazli Ayhan, Petr Halada, Rémi N. Charrel, Gizem Oguz, Yusuf Özbel, Dušan Petrić, Vit Dvorak, Bulent Alten, Kristyna Hlavackova, Vladimir Ivović, Slavica Vaselek, Faculty of Sciences [University of Novi Sad], University of Novi Sad, Charles University [Prague] (CU), Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Czech Academy of Sciences [Prague] (CAS), Hacettepe University = Hacettepe Üniversitesi, University of Primorska, Ege university, Ege Üniversitesi, and BUISINE, Soline

Rémi N. Charrel, Lisandru Capai, Shirley Masse, Nazli Ayhan, Xavier de Lamballerie, Frédéric Bosseur, Alessandra Falchi, Laboratoire de Virologie [UNIV Corse-Inserm] (EA7310), Université Pascal Paoli (UPP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), EA Bioscope Corse Méditerranée : Dynamique des infections virales en milieu insulaire, Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Sciences pour l'environnement (SPE), Université Pascal Paoli (UPP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pascal Paoli (UPP), Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pascal Paoli (UPP), and BUISINE, Soline

Cassidy-Seyoum, S, Vongsouvath, M, Sengvilaipaseuth, O, Seephonelee, M, Bharucha, T, De Lamballerie, X, Newton, P, Dubot-Pérès, A, Lao-Oxford-Mahosot Hospital-Wellcome Trust Research Unit (LOMWRU), Mahidol University [Bangkok]-Mahosot Hospital, London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM), University College of London [London] (UCL), Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Nuffield Department of Clinical Medicine [Oxford], University of Oxford, This study was funded by the Wellcome Trust of Great Britain, the Institute of Research for Development, and AixMarseille University. The funders had no role in the study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript., BUISINE, Soline, and University of Oxford [Oxford]

Bevin Gangadharan, Xavier de Lamballerie, Paul N. Newton, Abhinav Kumar, Tehmina Bharucha, Markus Winterberg, Nicole Zitzmann, Audrey Dubot-Pérès, Lao-Oxford-Mahosot Hospital-Wellcome Trust Research Unit (LOMWRU), Mahidol University [Bangkok]-Mahosot Hospital, Department of Biochemistry [Oxford, UK] (Institute of Glycobiology ), Institute of Glycobiology [Oxford, UK], Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre for Tropical Medicine and Global Health [Oxford, UK], Nuffield Department of Medicine [Oxford, UK] (Big Data Institute), University of Oxford [Oxford]-University of Oxford [Oxford], Mahidol Oxford Tropical Medicine Research Unit (MORU), Wellcome Trust-Mahidol University [Bangkok]-University of Oxford [Oxford], The work was supported by the University of Oxford and the Medical Research Council [grant number MR/N013468/1]. It wasalso supported by the Oxford Glycobiology endowment, Total Foundation, Horizon 2020 research and innovation programmeEVAg [grant number 653316], the Institute of Research for Development (IRD), Aix-Marseille University, the Wellcome Trust of Great Britain that supports LOMWRU and PNN., University of Oxford-University of Oxford, University of Oxford-Mahidol University [Bangkok]-Wellcome Trust, and BUISINE, Soline

Guillaume Holweck, Guillaume André Durand, Franck de Laval, Emilie Javelle, Thibault Lefebvre, Alexandre Lesueur, Fabrice Simon, Vincent Pommier de Santi, Isabelle Leparc-Goffart, Gaëtan Texier, Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées, Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU Marseille), Centre d'épidémiologie et de santé publique des armées [Marseille] (CESPA), Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Unité des Virus Emergents (UVE), Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA), Centre National de Référence des Arbovirus [Marseille] (CNR Arbovirus), Unité de Virologie [Marseille], Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA), BUISINE, Soline, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), and Centre National de Référence des Arbovirus [Marseille] (CNR Arbovirus - laboratoire associé)

Bruno Hoen, Benoit Tressières, Sophie Stegmann-Planchard, Annie Lannuzel, Isabelle Leparc-Goffart, André Cabié, Pierre Gallian, Aissatou Signate, Cédric Laouénan, Unité de Maladies Infectieuses [CH Louis-Constant Fleming, Saint Martin], Centre Hospitalier Louis Constant Fleming, Centre d'Investigation Clinique Antilles-Guyane (CIC - Antilles Guyane), Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -CHU de Fort de France-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Etablissement Français du Sang [La Plaine Saint-Denis] (EFS), Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre d'investigation clinique Antilles-Guyane (CIC - Antilles Guyane), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU de la Martinique [Fort de France]-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA), Centre National de Référence des Arbovirus [Marseille], Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA)-Unité d'Arbovirologie [Marseille], Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées-Service de Santé des Armées-Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées-Service de Santé des Armées, Department of neurology, CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe], Environnement, Santé, Sociétés (ESS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Modèles et méthodes de l'évaluation thérapeutique des maladies chroniques (U738 / UMR_S738), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [Fort-de-France, Martinique], CHU de la Martinique [Fort de France]-Hôpital Pierre Zobda-Quitman [CHU de la Martinique], CHU de la Martinique [Fort de France]-Centre Hospitalier Universitaire de Martinique [Fort-de-France, Martinique], Service des maladies infectieuses et tropicales, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Hôpital Saint-Jacques, Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU Marseille), Etablissement Français du Sang - Alpes-Méditerranée (EFS - Alpes-Méditerranée), Etablissement Français du Sang, Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -CHU de la Martinique [Fort de France]-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and BUISINE, Soline

Nguyen, V, Russell, F, Dance, D, Vilivong, K, Phommachan, S, Syladeth, C, Lai, J, Lim, R, Morpeth, M, Mayxay, M, Newton, P, De Lamballerie, X, Dubot-Pérès, A, Unité des Virus Emergents (UVE), Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Murdoch Children's Research Institute (MCRI), Department of Paediatrics [Melbourne], Melbourne Medical School [Melbourne], Faculty of Medicine, Dentistry and Health Sciences [Melbourne], University of Melbourne-University of Melbourne-Faculty of Medicine, Dentistry and Health Sciences [Melbourne], University of Melbourne-University of Melbourne, Lao-Oxford-Mahosot Hospital-Wellcome Trust Research Unit (LOMWRU), Mahidol University [Bangkok]-Mahosot Hospital, Nuffield Department of Clinical Medicine [Oxford], University of Oxford [Oxford], London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM), Institute of Research and Education Development [Vientiane, Lao People’s Democratic Republic], University of Health Sciences [Vientiane, Laos] (UHS), Murdoch Children’s Research Institute, European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme EVAg, Grant/Award Number: 653316, Aix‐Marseille University, Bill & Melinda Gates Foundation, Grant/Award Number: OPP1115490, Wellcome Trust of Great Britain, Grant/Award Number: 089275/H/09/Z0, Institute of Research for Development, European Project: 653316,H2020,H2020-INFRAIA-2014-2015,EVAg(2015), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), University of Oxford, BUISINE, Soline, and European Virus Archive goes global - EVAg - - H20202015-04-01 - 2019-03-31 - 653316 - VALID

Philippe Gautret, Isabelle Leparc-Goffart, Emilie Javelle, Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées, Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU Marseille), Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA), Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de Référence des Arbovirus [Marseille], Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA)-Unité d'Arbovirologie [Marseille], Service de Santé des Armées-Service de Santé des Armées-Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées-Service de Santé des Armées, Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU), BUISINE, Soline, and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA)

Phonelavanh Phoumin, Amphonesavanh Sengduangphachanh, Rattanaphone Phetsouvanh, Mary-Anne Burns, Scott B. Craig, Valy Keoluangkot, Audrey Dubot-Pérès, Olay Lattana, Khonesavanh Luangxay, Prasith Phimmasone, Koukeo Phommasone, Sue J. Lee, Manivanh Vongsouvath, Kongkham Sisout, David A. B. Dance, Amphaivanh Seubsanith, Catrin E. Moore, Mayfong Mayxay, Khamsai Detleuxay, Vilada Chansamouth, Viengmon Davong, Sabine Dittrich, Xavier de Lamballerie, S. M. Tulsiani, Stuart D. Blacksell, Inpanh Phouangsouvanh, Sayaphet Rattanavong, Phonepasith Panyanivong, Paul N. Newton, Anisone Chanthongthip, Bountoy Sibounheuang, Manivone Simmalavong, Joy Sirisouk, Davanh Sengdatka, Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Lao-Oxford-Mahosot Hospital-Wellcome Trust Research Unit (LOMWRU), Mahidol University [Bangkok]-Mahosot Hospital, University of Health Sciences, Mahidol Oxford Tropical Medicine Research Unit (MORU), Wellcome Trust-Mahidol University [Bangkok]-University of Oxford [Oxford], Nuffield Department of Clinical Medicine [Oxford], University of Oxford [Oxford], Mahosot Hospital, Queensland Health Forensic and Scientific Services, London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM), This work was supported by the Wellcome Trust of Great Britain, the Institute of Research for Development, AixMarseille University, and the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program European Virus Archive global (grant agreement no. 653316)., European Project: 653316,H2020,H2020-INFRAIA-2014-2015,EVAg(2015), Graduate School, AII - Infectious diseases, APH - Global Health, APH - Methodology, University of Oxford-Mahidol University [Bangkok]-Wellcome Trust, University of Oxford, BUISINE, Soline, and European Virus Archive goes global - EVAg - - H20202015-04-01 - 2019-03-31 - 653316 - VALID

Bharucha, Tehmina, Sengvilaipaseuth, Onanong, Seephonelee, Malee, Vongsouvath, Malavanh, Rattanavong, Sayaphet, Piorkowski, Géraldine, Lecuit, Marc, Gorman, Christopher, Pommier, Jean-David, Garson, Jeremy, Newton, Paul, de Lamballerie, Xavier, Dubot-Peres, Audrey, Lao-Oxford-Mahosot Hospital-Wellcome Trust Research Unit (LOMWRU), Mahidol University [Bangkok]-Mahosot Hospital, University College of London [London] (UCL), Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Institut Pasteur du Cambodge, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Nuffield Department of Clinical Medicine [Oxford], University of Oxford, The research has been implemented in collaboration with the ComAcross project (www.onehealthsea.org/comacross) thanks to the financial support of the European Union (EuropeAid, INNOVATE contract 315-047). It was also supported by Total Foundation, Horizon 2020 research and the innovation program EVAg under grant agreement No. 653316, the Institute of Research for Development, Aix-Marseille University, and the Wellcome Trust of Great Britain., We are very grateful to the patients and to Asst. Prof. Bounthaphany Bounxouei, the Director of Mahosot Hospital, the late Dr. Rattanaphone Phetsouvanh, Director of the Microbiology Laboratory, Dr. Mayfong Mayxay, and the staff of the wards and Microbiology Laboratory of Mahosot Hospital. We also thank Ooyanong Phonemixay for technical help and support, Asst. Prof. Dr. Bounnak Saysanasongkham, Director of the Department of Health and Rehabilitation (DHR), Ministry of Health, and Prof. Bounkong Syhavong, Minister of Health, Lao P.D.R., for their very kind help and support. We thank the stakeholders of the ongoing SEAe project, and BUISINE, Soline

Margot Enguehard, Mathilde Galla, Gilda Grard, Pascal Dalbon, Carine Maisse, Marie Cresson, Gerald Theillet, Frederic Bedin, Isabelle Leparc-Goffart, BIOMERIEUX, Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA), Centre National de Référence des Arbovirus [Marseille], Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA)-Unité d'Arbovirologie [Marseille], Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées-Service de Santé des Armées-Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées-Service de Santé des Armées, Apoptose Cancer et Développement, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur de Shanghai, Académie des Sciences de Chine - Chinese Academy of Sciences (IPS-CAS), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CAS Key Laboratory of Molecular Virology and Immunology [Shangai], Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), This study was funded by BioMerieux SA and Agence Nationale de la Recherche et de la Technologie, Grant/Award Number: G. Theillet’s grant CIFRE no 2015/0514, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Infections Virales et Pathologie Comparée - UMR 754 (IVPC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), BioMerieux SA French National Research Agency (ANR) 2015/0514, and BUISINE, Soline

Tatiana Spitzova, Magdalena Jancarova, Stéphane Priet, Petr Volf, Nazli Ayhan, Jana Hlaváčová, Laurence Bichaud, Rémi N. Charrel, Charles University [Prague] (CU), Unité des Virus Emergents (UVE), Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), This study was funded by Charles University Research Centre (UNCE/SCI/012, T.S., J.H., M.J.), by ERD Funds 'Centre for research of pathogenicity and virulence of parasites' (16_019/0000759, P.V., T.S.), by the EurNegVec COST Action TD1303 (MJ) and Horizon 2020 Infrastructures 731060 Infravec2 (MJ)., European Project: 731060,INFRAVEC2(2017), Department of Parasitology [Prague, Czech Republic] (Faculty of Science), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Charles University [Prague], and BUISINE, Soline

Pastorino, B, Sengvilaipaseuth, O, Chanthongthip, A, Vongsouvath, M, Souksakhone, C, Mayxay, M, Thirion, L, Newton, P, De Lamballerie, X, Dubot-Pérès, A, Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Lao-Oxford-Mahosot Hospital-Wellcome Trust Research Unit (LOMWRU), Mahidol University [Bangkok]-Mahosot Hospital, National Blood Transfusion Centre [Vientiane, Laos] (Lao Red Cross), Institute of Research and Education Development [Vientiane, Lao People’s Democratic Republic], University of Health Sciences [Vientiane, Laos] (UHS), Nuffield Department of Clinical Medicine [Oxford], University of Oxford, This study was funded by the Wellcome Trust of Great Britain, the Institute of Research for Development, and Aix Marseille University, by the European Union’s Horizon 2020 Research and Innovation Programme EVAg under grant agreement No. 653316 and by the European Union`s Horizon 2020 Research and Innovation Programme under ZIKAlliance grant agreement No. 734548., European Project: 653316,H2020,H2020-INFRAIA-2014-2015,EVAg(2015), European Project: 734548,ZIKAlliance(2016), University of Oxford [Oxford], BUISINE, Soline, European Virus Archive goes global - EVAg - - H20202015-04-01 - 2019-03-31 - 653316 - VALID, and A global alliance for Zika virus control and prevention - ZIKAlliance - 2016-10-01 - 2019-09-30 - 734548 - VALID

Jessica Hernandez, Etienne Decroly, Karine Barral, Gilles Querat, Bruno Coutard, Philippe Roche, Laurent Hoffer, Xavier Morelli, Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Aix Marseille Université (AMU), Architecture et fonction des macromolécules biologiques (AFMB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was supported by the European program H2020 under the ZIKAlliance project (grant agreement 734548), the EVAg Research Infrastructure (grant agreement 653316) and by the French research agency ANR (VMTaseIn, grant ANR-ST14-ASTR-0026, and FragVir, grant ANR-13-JS07-0006-01)., ANR-14-ASTR-0026,VMTaseIn,Identification d'inhibiteurs de méthyltransférases de virus: une nouvelle stratégégie antivirale(2014), ANR-13-JS07-0006,FragVir,Développement d'inhibiteurs de la réplication de Flavivirus par une stratégie de « Fragment-Based Drug Discovery » ciblant l'activité méthyltransférase(2013), European Project: 734548,ZIKAlliance(2016), European Project: 653316,H2020,H2020-INFRAIA-2014-2015,EVAg(2015), Aix Marseille Université (AMU)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Chimie de Strasbourg, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Emergence des Pathologies Virales (EPV), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), ANR-13-JS07-0006,FragVir,Développement d'inhibiteurs de la réplication de Flavivirus par une stratégie de ' Fragment-Based Drug Discovery ' ciblant l'activité méthyltransférase(2013), Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), BUISINE, Soline, Accompagnement spécifique des travaux de recherches et d’innovation défense - Identification d'inhibiteurs de méthyltransférases de virus: une nouvelle stratégégie antivirale - - VMTaseIn2014 - ANR-14-ASTR-0026 - ASTRID - VALID, Jeunes Chercheuses et Jeunes Chercheurs - Développement d'inhibiteurs de la réplication de Flavivirus par une stratégie de ' Fragment-Based Drug Discovery ' ciblant l'activité méthyltransférase - - FragVir2013 - ANR-13-JS07-0006 - JC - VALID, A global alliance for Zika virus control and prevention - ZIKAlliance - 2016-10-01 - 2019-09-30 - 734548 - VALID, and European Virus Archive goes global - EVAg - - H20202015-04-01 - 2019-03-31 - 653316 - VALID

Philippe Parola, Hortense Drouet, Isabelle Leparc-Goffart, Carole Eldin, Laetitia Ninove, Philippe Gautret, BUISINE, Soline, Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU Marseille), Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Pôle Médecine Interne, Maladies Infectieuses, Hématologie [Hôpital Européen, Marseille], Hôpital Européen de Marseille (HEM), Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA), Centre National de Référence des Arbovirus [Marseille], Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA)-Unité d'Arbovirologie [Marseille], Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées-Service de Santé des Armées-Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées-Service de Santé des Armées, Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA)

Sébastien Briolant, Dominique Rousset, Nathalie André, Didier Belleoud, Séverine Matheus, Hubert d’Aubigny, Fabrice Simon, Enguerrane Martinez Lorenzi, Franck de Laval, Thomas Labrousse, Anne Laure Ensargueix, Isabelle Leparc-Goffart, François Xavier Le Flem, Centre d'épidémiologie et de santé publique des armées [Marseille] (CESPA), Service de Santé des Armées, French Armed Forces Health Service [Cayenne, French Guiana], Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Saint Anne Military Teaching Hospital [Toulon, France], Centre National de Référence pour les Arbovirus - Laboratoire de Virologie [Cayenne, Guyane française] (CNR - laboratoire associé), Institut Pasteur de la Guyane, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA), Unité des Virus Emergents (UVE), Centre National de Référence des Arbovirus [Marseille], Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA)-Unité d'Arbovirologie [Marseille], Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées-Service de Santé des Armées-Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées-Service de Santé des Armées, Centre Pasteur du Cameroun, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Service de Pathologie Infectieuse et Tropicale [HIA Laveran, Marseille], Hôpital d'instruction des armées Laveran, Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), We thank the Direction centrale du Service de santé des armées who have funded the research (Grant IDs: 2016RC10)., BUISINE, Soline, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), Centre d'épidémiologie et de santé publique des armées (CESPA), French National Reference Centre for Arboviruse, Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Direction Interarmées du Service de Santé en Guyane, Archéologies d'Orient et d'Occident et Sciences des textes (AOROC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Unité de Virologie, Institut de Médecine Tropicale du Service de Santé des Armées, Institut pluridisciplinaire de recherche appliquée dans le domaine du génie pétrolier (IPRADDGP), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Génie Electrique de Grenoble (G2ELab), and Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut Polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)

Rémi N. Charrel, Nazli Ayhan, Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), University of Florida [Gainesville] (UF), This work was supported in part by the European Virus Archive Goes Global (EVAg) project, which has received funding from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program under grant agreement no. 653316., European Project: 653316,H2020,H2020-INFRAIA-2014-2015,EVAg(2015), BUISINE, Soline, and European Virus Archive goes global - EVAg - - H20202015-04-01 - 2019-03-31 - 653316 - VALID

Pascal Dalbon, Christophe Steinbrugger, Nicolas Papageorgiou, Isabelle Leparc-Goffart, Bruno Coutard, Jérôme Martinez, Frederic Bedin, Dimitri Lavillette, Gerald Theillet, BIOMERIEUX, Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Systèmes Macromoléculaires et Physiopathologie Humaine (SMPH), BIOMERIEUX-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CAS Key Laboratory of Molecular Virology and Immunology [Shangai], Institut Pasteur de Shanghai, Académie des Sciences de Chine - Chinese Academy of Sciences (IPS-CAS), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Architecture et fonction des macromolécules biologiques (AFMB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA), Centre National de Référence des Arbovirus [Marseille], Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA)-Unité d'Arbovirologie [Marseille], Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées-Service de Santé des Armées-Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées-Service de Santé des Armées, This study was funded by BioMerieux SA, France and Agence Nationale de la Recherche et de la Technologie, France (G. Theillet's grant CIFRE ID 2015/0514)., Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and BUISINE, Soline

Isabelle Leparc-Goffart, Alice Pérignon, Ségolène Brichler, Eric Caumes, Victor Vasquez, Elie Haddad, Stéphane Jauréguiberry, Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Pitié-Salpêtrière], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service de maladies infectieuses et tropicales [CHU Avicenne], Hôpital Avicenne [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA), Unité des Virus Emergents (UVE), Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de Référence des Arbovirus [Marseille], Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA)-Unité d'Arbovirologie [Marseille], Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées-Service de Santé des Armées-Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées-Service de Santé des Armées, Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), BUISINE, Soline, Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Pitié-Salpêtrière], Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)

Tiphanie Succo, Amandine Cochet, Birgit Nikolay, Marianne Maquart, Cyril Rousseau, Harold Noel, Simon Cauchemez, Henrik Salje, Olivier Catelinois, Perrine de Crouy-Chanel, Isabelle Leparc-Goffart, Camille Pelat, Henriette de Valk, Centre d'épidémiologie et de santé publique des armées (CESPA), Service de Santé des Armées, Santé publique France [Saint-Maurice, France] (French National Public Health Agency), parent-French National Public Health Agency, Institut de Veille Sanitaire (INVS), Modélisation mathématique des maladies infectieuses, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA), Centre National de Référence des Arbovirus [Marseille], Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA)-Unité d'Arbovirologie [Marseille], Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées-Service de Santé des Armées-Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées-Service de Santé des Armées, Centre de Bioinformatique, Biostatistique et Biologie Intégrative (C3BI), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Epidémiologie des maladies infectieuses et modélisation (ESIM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Unité de Catalyse et de Chimie du Solide - Site Artois (UCCS Artois), Université d'Artois (UA)-Université de Lille, Sciences et Technologies-Ecole Centrale de Lille-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Lille (ENSCL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France], Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Salje, Henrik [0000-0003-3626-4254], Apollo - University of Cambridge Repository, and BUISINE, Soline

Alexandre Bleibtreu, Paulo Feijo Barroso, Eric Caumes, Emma Oliosi, Gilda Grard, Bispo Ana Maria De Filippis, Chantal Serero Corcos, Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Pitié-Salpêtrière], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Consulat général de France [Rio de Janeiro, Brazil], Hospital Universitário Clementino Fraga Filho [Rio de Janeiro] (HUCFF / UFRJ), Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), Centre National de Référence des Arbovirus [Marseille], Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA)-Unité d'Arbovirologie [Marseille], Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées-Service de Santé des Armées-Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées-Service de Santé des Armées, Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), BUISINE, Soline, and Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Pitié-Salpêtrière]

Isabelle Leparc-Goffart, Marie-France Martin, Patricia Gil, Yannick Simonin, Olivier Sillam, Serafin Gutierrez, Gilda Grard, Philippe Van de Perre, Orianne Constant, Sara Salinas, Marie Carles, Vincent Foulongne, Université de Montpellier (UM), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes (CHU Nîmes), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA), Simonin, Yannick, Pathogénèse et contrôle des infections chroniques (PCCI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier (CHU Montpellier ), Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Thales Services, THALES, Laboratoire de Virologie, Institut de Recherche en Infectiologie de Montpellier (IRIM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité des Virus Emergents (UVE), Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de Référence des Arbovirus [Marseille], Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA)-Unité d'Arbovirologie [Marseille], Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées-Service de Santé des Armées-Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées-Service de Santé des Armées, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes (CHU de Nîmes), and BUISINE, Soline

Nazli Ayhan, Bulent Alten, Vladimir Ivovic, Franjo Martinkovic, Ozge E. Kasap, Yusuf Ozbel, Xavier de Lamballerie, Remi N. Charrel, Emergence des Pathologies Virales (EPV), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU Marseille), Hacettepe University = Hacettepe Üniversitesi, Faculty of Mathematics, Natural Sciences and Information Technologies [Koper] (FAMNIT), University of Primorska, Department for Parasitology and Parasitic Diseases with Clinic [Zagreb, Croatia] (Faculty of Veterinary Medicine), University of Zagreb, Ege university, This work was supported by funds received from (i) VectorNet, a European network for sharing data on the geographic distribution of arthropod vectors, transmitting human and animal disease agents (Contract OC/EFSA/AHAW/2013/02-FWC1) funded by the European Food Safety Authority (EFSA) and the European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) (http://ecdc.europa.eu/en/healthtopics/vectors/VectorNet/Pages/VectorNet.aspx), (ii) the European Virus Archive goes Global (EVAg) project in the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program under grant agreement No 653316 (http://global.european-virus-archive.com/). NA is a PhD student supported by a grant from Fondation Mediterranee Infection., European Project: 653316,H2020,H2020-INFRAIA-2014-2015,EVAg(2015), Ege Üniversitesi, Biyoloji, BUISINE, Soline, and European Virus Archive goes global - EVAg - - H20202015-04-01 - 2019-03-31 - 653316 - VALID

Giada Rossini, Rémi N. Charrel, Vittorio Sambri, Silvia Morini, P. Cenni, Caterina Vocale, Nazli Ayhan, M. P. Landini, Anna Pierro, Paolo Gaibani, Stefania Varani, Michele Bartoletti, Antonio Mastroianni, F. Prati, Luigi Raumer, S. Schivazappa, Russell E. Lewis, S. Ficarelli, CRREM Laboratory [Bologna, Italy] (Unit of Microbiology), University hospital - Policlinico S.Orsola-Malpighi [Bologna, Italy], Unit of Microbiology [Pievesestina, Italy] (The Romagna Hub Laboratory), The Romagna Hub Laboratory [Pievesestina, Italy], Emergence des Pathologies Virales (EPV), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Department of Medical and Surgical Science [Bologna, Italy] (Infectious Disease Unit), University of Bologna/Università di Bologna, Infectious Disease Unit [Forlì, Italy], G.B. Morgagni-Pierantoni Hospital [Forlì, Italy], Infectious Disease Division [Reggio Emilia, Italy], Reggio Emilia Hospital [Italy], Emergency Department [Imola, Italy], Imola Hospital S. Maria della Scaletta [Imola, Italy], Department of Experimental, Diagnostic and Specialty Medicine [Bologna, Italy] (DIMES), Alma Mater Studiorum Università di Bologna [Bologna] (UNIBO), This work was supported by the University of Bologna (RFO2013e2015 to SV, MPL) and by the Emilia-Romagna Region (Lab P3 funds). This work was also supported in part by the European Virus Archive goes Global (EVAg) project that has received funding from the European Union's Horizon 2020 research and innovation programme under grant agreement No 653316 (to RNC), the EDENext FP7- n261504 EU project (to RNC) and this paper is catalogued by the EDENext Steering Committee (http://www.edenext.eu) as EDENext467. The work of RNC was done under the frame of EurNegVec COST Action TD1303., European Project: 653316,H2020,H2020-INFRAIA-2014-2015,EVAg(2015), European Project: 261504,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2010-single-stage,EDENEXT(2011), University of Bologna, BUISINE, Soline, European Virus Archive goes global - EVAg - - H20202015-04-01 - 2019-03-31 - 653316 - VALID, Biology and control of vector-borne infections in Europe - EDENEXT - - EC:FP7:HEALTH2011-01-01 - 2015-06-30 - 261504 - VALID, Pierro, A., Ficarelli, S., Ayhan, N., Morini, S., Raumer, L., Bartoletti, M., Mastroianni, A., Prati, F., Schivazappa, S., Cenni, P., Vocale, C., Rossini, G., Gaibani, P., Sambri, V., Landini, M.P., Lewis, R.E., Charrel, R.N., and Varani, S.

Benoît, Rozé, Fatiha, Najioullah, Jean-Louis, Fergé, Frédérique, Dorléans, Kossivi, Apetse, Jose-Luis, Barnay, Elise, Daudens-Vaysse, Yannick, Brouste, Raymond, Césaire, Laurence, Fagour, Ruddy, Valentino, Martine, Ledrans, Hossein, Mehdaoui, Sylvie, Abel, Isabelle, Leparc-Goffart, Aissatou, Signate, André, Cabié, Rosalie, Vilain, Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [Fort-de-France, Martinique], CHU Fort de France-CHU de la Martinique [Fort de France]-Hôpital Pierre Zobda-Quitman [CHU de la Martinique], CHU de la Martinique [Fort de France], Unité de soins intensifs [CHU Martinique], Hôpital Pierre Zobda-Quitman [CHU de la Martinique], CHU de la Martinique [Fort de France]-CHU de la Martinique [Fort de France], Laboratoire de Virologie-Immunologie [Fort de France, Martinique] (EA 4537), Centre Hospitalier Universitaire de Martinique [Fort-de-France, Martinique], Unité Régionale Antilles Guyane [Saint-Maurice] (Agence Nationale de la Santé Publique ), Département d'Electrophysiologie [Fort de France, Martinique], Unité de Réhabilitation [Fort de France, Martinique], Hôpital Le Lamentin Bourg [CHU de la Martinique], Service d'Urgence [Fort de France, Martinique], Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA), Environnement, Santé, Sociétés (ESS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de neurologie [Fort-de-France, Martinique], CHU de la Martinique [Fort de France]-Hôpital Pierre Zobda-Quitman [CHU de la Martinique], CHU de la Martinique [Fort de France]-Centre Hospitalier Universitaire de Martinique [Fort-de-France, Martinique], Centre d'Investigation Clinique Antilles-Guyane (CIC - Antilles Guyane), CHU de Fort de France-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française]-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG), This research was sponsored by University Hospital of Martinique (UHM) for regulatory and ethic submission and supported by the Clinical Research Hospital Program from the French Ministry of Health (PHRC 2009, NCT01099852). This research was support by the French network for Research and Action targeting emerging infectious diseases (REACTING)., Guillain-Barré Syndrome Zika Working Group of Martiniquea : Gwenole Jean Abgrall, Véronique Aïm, Alessandro Arrigo, Philippe Cabre, Cyrille Chabartier, Sylvie Colombani, Julien Cuziat, Christophe Deligny, Nicole Desbois, Anne-Laure Dessoy, Gaëlle Dunoyer, Régis Duvauferrier, N’Guyen Duc, Mireille Edimonana, Pierre Garrigou, Stéphane Gaucher, Sarah Gourgoudou, Karine Guitteaud, Patrick Hochedez, Gwladys Ivanes, Yolène Jacquens, Sandrine Julié, Armelle Jean-Etienne, Séverine Jeannin, Joux Julien, Pasquier Jérémie, Jean- Louis Lamaignère, Ingrid Laudarin, Maud Le Gall, Véronique Legris- Allusson, Mehdi Mejdoubi, Corinne Michel, Franck Michel, Charline Miossec, Florence Moinet, Cervantes Minerva, Claude Olive, Pascale Olive, Karine Pailla, Céline Paysant, Sandrine Pierre-François, Mathilde Pircher, Katlyne Polomat, Alain Putot, Patrick René-Corail, Dabor Resiere, Christiane Richer, Jean-Romain Risson, Karen Rome, Marie Sabia, Michel Schloesser, Pauline Simonnet-Vigeral, Rafaelle Théodose, Rosalie Vilain., Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -CHU de Fort de France-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], and BUISINE, Soline

Remi N. Charrel, Nazli Ayhan, Emergence des Pathologies Virales (EPV), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM), Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU Marseille), Special Infectious Agents Unit [Jeddah, Saudi Arabia], King Abdulaziz University-King Fahd Medical Research Center, and BUISINE, Soline

Kurtesh Sherifi, Rémi N. Charrel, Kristaq Berxholi, Arber Taraku, Nazli Ayhan, Emergence des Pathologies Virales (EPV), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM), University of Prishtina, Agricultural University of Tirana, This work was supported in part by the European Virus Archive Goes Global project, which has received funding from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program under grant agreement no. 653316, the EDENext FP7-no. 261504 European Union project and this paper is catalogued by the EDENext Steering Committee as EDENext469 (http://www.edenext.eu). The work of N.A. and R.N.C. was conducted under the frame of EurNegVec COST Action TD1303. N.A. is supported by the Fondation Mediterranee Infection., European Project: 653316,H2020,H2020-INFRAIA-2014-2015,EVAg(2015), European Project: 261504,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2010-single-stage,EDENEXT(2011), BUISINE, Soline, European Virus Archive goes global - EVAg - - H20202015-04-01 - 2019-03-31 - 653316 - VALID, and Biology and control of vector-borne infections in Europe - EDENEXT - - EC:FP7:HEALTH2011-01-01 - 2015-06-30 - 261504 - VALID

Aurélie Velay, Emmanuelle Cart-Tanneur, Olivier Augereau, P. Kieffer, Caroline Lohmann, Xavier Argemi, Marianne Maquart, Wallys Kack-Kack, Yves Hansmann, Martin Martinot, Samira Fafi-Kremer, Jean Dominique Poveda, Pierre Gantner, Marie-Josée Wendling, Morgane Solis, Sylvie De Martino, Dominique De Briel, Benoît Jaulhac, Sophie Raguet, Isabelle Leparc-Goffart, Laboratoire de Virologie [Strasbourg], Immuno-Rhumatologie Moléculaire, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA), Centre National de Référence (CNR) des Arbovirus - Laboratoire coordonnateur : Equipe Résidente de Recherche d'Infectiologie Tropicale (ERRIT), Institut de Recherche Biomédicale des Armées Hôpital d’Instruction des Armées Laveran, Service de Médecine Interne et de Rhumatologie [Colmar], Hôpitaux Civils Colmar, Laboratoire de Microbiologie [Colmar], Hospices civils Colmar, Médecine interne [CH Emile Muller, Mulhouse], Centre Hospitalier Emile Muller [Mulhouse] (CH E.Muller Mulhouse), Groupe Hospitalier de Territoire Haute Alsace (GHTHA)-Groupe Hospitalier de Territoire Haute Alsace (GHTHA), Laboratoire de Microbiologie [GHR Mulhouse Sud-Alsace, Mulhouse], Groupe hospitalier de la région de Mulhouse Sud-Alsace (GHRMSA), Département de Génétique et de Biologie Spécialisée [Saint-Ouen-L'aumône] (Laboratoire CERBA), Laboratoire CERBA [Saint Ouen l'Aumône], Département Immunologie [Lyon] (Les Laboratoires Eurofins Biomnis), Eurofins Biomnis, Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Strasbourg], CHU Strasbourg, Virulence Bactérienne Précoce : fonctions cellulaires et contrôle de l'infection aigüe et subaigüe, Université de Strasbourg (UNISTRA), Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France], BUISINE, Soline, Eurofins Biomnis [Lyon, France], and Santé publique France

Paul N. Newton, Viengmon Davong, Géraldine Piorkowski, Manivanh Vongsouvath, Onanong Sengvilaipaseuth, Phonepasith Panyanouvong, Audrey Dubot-Pérès, Malavanh Vongsouvath, Jeremy A. Garson, Tehmina Bharucha, Xavier de Lamballerie, Lao-Oxford-Mahosot Hospital-Wellcome Trust Research Unit (LOMWRU), Mahidol University [Bangkok]-Mahosot Hospital, Departments of Infectious Diseases and Microbiology [London, UK], Royal Free Hospital [London, UK], Division of Infection and Immunity [London, UK], University College of London [London] (UCL), Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), National Transfusion Microbiology Laboratories [London, UK], NHS Blood and Transplant [London, UK], Centre for Tropical Medicine and Global Health [Oxford, UK], Nuffield Department of Medicine [Oxford, UK] (Big Data Institute), University of Oxford [Oxford]-University of Oxford [Oxford], London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM), This study was supported by the Wellcome Trust of Great Britain, IRD to PNN and by the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme EVAg under grant agreement N˚ 653316 to XdL., European Project: 653316,H2020,H2020-INFRAIA-2014-2015,EVAg(2015), University of Oxford-University of Oxford, BUISINE, Soline, and European Virus Archive goes global - EVAg - - H20202015-04-01 - 2019-03-31 - 653316 - VALID

Xavier de Lamballerie, E. Javadian, Cigdem Alkan, Nourina Rahbarian, Bulent Alten, Laurence Bichaud, Nazli Ayhan, Mehdi Badakhshan, Vahideh Moin Vaziri, Rémi N. Charrel, BUISINE, Soline, European Virus Archive goes global - EVAg - - H20202015-04-01 - 2019-03-31 - 653316 - VALID, Biology and control of vector-borne infections in Europe - EDENEXT - - EC:FP7:HEALTH2011-01-01 - 2015-06-30 - 261504 - VALID, Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU Marseille), Department of Parasitology and Mycology [Tehran, Iran] (School of Medicine), Shahid Beheshti University of Medical Sciences [Tehran, Iran], Department of Medical Entomology and Vector Control [Tehran, Iran] (School of Public Health), Tehran University of Medical Sciences-Institute of Public Health Research [Tehran, Iran], Cellular and Molecular Biology Research Center [Tehran, Iran] (SBU), Shahid Beheshti University of Medical Sciences [Tehran] (SBUMS), Hacettepe University = Hacettepe Üniversitesi, Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), This work was supported through funds received from EU grant FP7-261504 EDENext and this paper is catalogued by the EDENext Steering Committee (http://www.edenext.eu), the European Virus Archive goes Global (EVAg) project in the European Union's Horizon 2020 research and innovation programme under grant agreement No 653316 (http://global.european- virus-archive.com/). The present article partly was supported by Cellular and Molecular Biology Research Center, Shahid Beheshti University of Medical Sciences, Tehran, Iran. (Grant No: 1573) The work of RNC was done under the frame of EurNegVec (TD1303) COST Action., European Project: 653316,H2020,H2020-INFRAIA-2014-2015,EVAg(2015), European Project: 261504,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2010-single-stage,EDENEXT(2011), and Shahid Beheshti University-Shahid Beheshti University