Search

In this study, which was conducted for the first time in Balıkesir, it was purposed to determine the existense, virulence factors and antibiotic susceptibility of Escherichia coli O157, which is zoonotic in ruminant feces and feed, and the pathogen Listeria monocytogenes, which causes diseases in humans and animals, and to use these results as epidemiological data in our province, region and country. Feces and animal feed samples were analyzed simultaneously for in order of E. coli O157 and L. Monocytogenes according to ISO 16654: 2001 / Amd 1: 2017 and ISO 11290-1. 38 E.coli O157 was isolated from a total of one hunderd stool samples. 18 L. monocytogenes were isolated from a total of one hunderd stool samples. 6 L. monocytogenes were isolated from 50 silage samples. Three of these isolates were isolated from faeces and silage samples taken from the same farm with L. monocytogenes isolates isolated from sheep feces. E. coli O157 could not be isolated from a total of 100 silage and feed samples. All L. monocytogenes isolates were susceptible to sulfamethoxazole / trimethoprim, tetracycline, streptomycin, meropenem and erythromycin. The highest resistance was detected against Sulbactam / ampicillin. 3 E. coli O157 isolates were found resistant to Gentamicin and 7 isolates to Tobramycin. 21 isolates were resistant to erythromycin, and 12 isolates were intermediate. According to PCR results of fliCH7, Stx1, Stx2, eaeA and EhlyA genes, EhlyA gene was found in 20 E. coli O157 isolates. Of these isolates, 4 were isolated from sheep feces and 16 from calf feces. The stx1 gene was found in a total of 5 E. coli O157 isolates, one from sheep feces and four from calf feces. EhlyA gene was also found in all isolates with stx1 gene. The stx2 gene was found in a total of 3 E. coli O157 isolates, one from sheep dung and two from calf dung. Intimin gene was found in 8 E. coli O157 isolates, two of which are sheep faeces and six calf faecal isolates. EhlyA gene was found in all isolates with intimin gene. In this study, enterohaemolysin is the predominant virulence factor among the isolates. Epidemiologically, silage was thought to be the main source of L. monocytogenes contamination, and recently, silage contamination continued in Balikesir.

The aimof this study was to investigate the antibiotic susceptibility, resistancestatus and to determine the ESBL properties with Vitek in Salmonella spp. strains, which was isolated and identified from rawchicken meats. In this study, chicken meats were analyzed for Salmonella spp. isolation. As a result of isolation andidentification, a total of 35 Salmonellaspp. isolated. As a result of the antibiotic susceptibilitiestests, according to the results of Vitek 2 Compact AST GN 38, all isolates werefound to be resistant to amikacin, cephalexin, tobramycin, gentamycin andenrofloxacin. 29 (82.85%) isolates were found to be resistant to tetracyclineand nitrofurantoin. 20 (57.15%) and 21 (60%) isolates were found to beresistant to ampicillin and piperacillin respectively. In addition, extendedspectrum beta-lactamase was detected in 4 isolates. According to the results of disc diffusion method, all isolates werefound to be resistant against erythromycin. 34 (97.14%) of all isolates were found to be resistant against sulfonamidecompounds, 28 isolates (80%) were found to beresistant against ampicillin sulbactam and sulfamethoxazole/trimethoprim, 26isolates (74.28%) were found to be resistant against neomycin, 29 (82.85%)isolates were found to be resistant against oxytetracycline and tetracycline, 31 (88.57%), 17(48.57%), 10 (28.57%), 6 (17.14%) were found to be resistantagainst ofloxacin, florfenicol, amoxicillin, chloramphenicolrespectively. 24 (68.57%) and 6(17.14%) isolates were found to be intermediate (I-drug increased contactsensitive) and resistant tociprofloxacin, respectively. In view of these results, it was thought that, interms of public health, it could cause infection in people consumingcontaminated foods with multiple antibiotic resistance strains, antibioticscould not be effected due to multiple antibiotic resistance and increase in thenumber of resistant strains. Finally,it was thought that the studies on antibiotic resistance could be beneficial in terms of epidemiology, Bu çalışmada çiğ tavuk etlerinden izole edilen Salmonella spp. izolatlarınınantibiyotik duyarlılık ve direnç durumlarının araştırılması, Vitek ile GSBLözelliklerinin belirlenmesi amaçlandı. Çalışmada, gıda olarak paketli satışasunulan tavuk etleri Salmonella spp.izolasyonu amacıyla analiz edildi. İzolasyonve identifikasyon sonucunda toplam 35 Salmonellaspp. izole edildi. Antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi amacıylayapılan testlerin sonucunda, Vitek 2 Compact AST GN 38 kartı sonuçlarına göreamikasin, sefaleksin, tobramisin, gentamisin ve enrofloksasine ise tüm suşlardirençli bulunurken, amoksisilin-klavulanik asite karşı tüm suşlar duyarlıbulundu. Tetrasiklin ve nitrofurantoine 29 (%82.85), ampisiline 20 (%57.15),piperasiline ise 21 (%60) izolat dirençli bulundu. Ayrıca 4 izolatta genişspektrumlu beta laktamaz tespit edildi. Disk difüzyon yöntemi sonuçlarına göreise, eritromisine karşı tüm izolatlar dirençli bulundu. Sülfonamidbileşiklerine karşı 34 (%97.14), ampisilin sulbaktam ve sülfametoksazol/trimetoprime 28 (%80), neomisine 26 (%74.28), oksitetrasiklin ve tetrasikline29 (%82.85), ofloksasine 31 (%88.57), florfenikole 17 (%48.57), amoksisiline 10(%28.57), kloramfenikole 6 (%17.14) izolat dirençli bulundu. Siprofloksasinekarşı 24 (%68.57) izolat orta (I) ve 6 (%17.14) izolat dirençli bulundu.Doksisikline karşı ise 18 (%51.42) izolat dirençli ve 9 (%25.71) izolat orta(I) bulundu. Enrofloksasine karşı ise 2 (%5.71) izolat dirençli ve 12 (%34.28)izolat orta (intermediate-I-ilaçla artmış temasta duyarlı) bulundu. Neomisinekarşı ise 6 (%17.14) suş orta bulundu. Bu sonuçlar göz önüne alındığında, halksağlığı açısından, çoklu antibiyotik direnci gösteren bu suşlarla kontaminegıdaları tüketen insanlarda infeksiyona neden olabileceği, antibiyotiklerinetki göstermeyebileceği ve dirençli suş sayısında artışların olabileceği veyayılabileceği düşünüldü. Son olarak, antibiyotik direnci konusunda yapılacakçalışmaların epidemiyolojik açıdan yararlı olabileceği düşünüldü.

This study was performed to detect antibacterial effects of oregano on various Salmonella serotypes. The oregano extract were prepared for two different protocols. In the first protocol, disc diffusion method included antibiograms discs with different concentrations of oregano extract were used. Zone diameters were measured to be 15, 19 and 16 mm for Salmonella Gallinarum, Salmonella Enteritidis and Salmonella Typhimurium, respectively. In the second, oregano extract with different concentrations (20 and 30 µl/ml) were added into medium content and bacterial growth were evaluated. Colony counts for S. Tyhphimurium and S. Enteriditis were 952; 536 and 1600; 440 in 20 and 30 µl/ml concentrations of oregano extract, respectively. These results showed that oregano extract had antibacterial effect on Salmonella serotypes, Bu çalışma Oregano bitkisinin çeşitli Salmonella serotipleri üzerindeki antibakteriyel etkinliğinin belirlenmesi amacıyla yapıldı. Oregano bitki ekstraktı iki farklı protokole göre hazırlandı. İlk protokolde farklı yoğunluktaki oregano ekstraktları ile antibiyogram diskleri hazırlanarak disk difüzyon tekniği uygulandı. Oluşan zon çapları Salmonella Gallinarum için 15 mm, Salmonella Enteriditis için 19 mm, Salmonella Typhimurium için 16 mm olarak ölçüldü. İkinci protokolde ise yoğunlukları farklı oregano ekstraktları besiyerlerine eklenerek Salmonella cinsi bakterilerin bu besiyerlerinde üreme yoğunlukları karşılaştırıldı. S. Enteriditis için 20 µl/ml oregano içeren petride 1600 koloni sayılırken, 30 µl/ml oregano içeren petride 440 koloni sayımı yapıldı. S. Typhimurium için 20 µl/ml bulunan petride 952 koloni sayılırken, 30 µl/ml bulunan petride 536 koloni sayımı yapıldı. Sonuç olarak oregano ekstraktının Salmonella serotipleri üzerine antibakteriyel etkili olduğu belirlendi

In poultry breeding, Salmonella infections cause productivity losses and deaths. Salmonellosis (paratyphi) is very important disase for human health and zoonoses in humans consumption from poultry and poultry products. In this review detection of Salmonellae from chicken faeces by conventional and molecular methods were evaluated., Salmonella infeksiyonları kanatlı hayvan yetiştiriciliğinde verim düşüklüğü ve ölümler sonucu ekonomik kayıplara neden olmaktadır. Salmonellozis (paratifo) kanatlı hayvanlar ve kanatlı hayvan ürünleri ile bulaşan zoonoz bir infeksiyon olması nedeni ile insan sağlığı açısından da önem taşımaktadır. Bu derlemede tavuk dışkılarından Salmonella etkenlerinin teşhisinde kullanılan konvansiyonel ve moleküler yöntemler değerlendirilmiştir

In this study, 420 skin scrapings and hair samples taken from 147 cats and 273 dogs sent from Ankara University Faculty of Veterinary Medicine Clinics to Department of Microbiology with dermatophytosis suspicion between the years 2006-2011 were investigated. Thirty four (23.1%) Microsporum spp. and 6 (4.0%) Trichophyton spp. were isolated from 147 samples taken from cats; 43 (15.7%) Microsporum spp. and 12 (4.3%) Trichophyton spp. were isolated from 273 samples taken from dogs. Comparison of seasonal isolation rates showed that the dermatophyte incidence in spring had higher isolation rates; 46.1% from cats and 34.0%; than the other seasons., Bu çalışmada 2006-2011 yılları arasında Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi kliniklerinden Mikrobiyoloji Anabilim Dalı’na farklı mevsimlerde gönderilen dermatofitoz şüpheli kedi ve köpekten alınan toplam 420 deri kazıntısı ve kıl örneği dermatofit etkenleri yönünden incelendi. Kedilerden alınan 147 materyalin 34’ünden (%23.1) Microsporum spp. ve 6’sından (%4.0) Trichophyton spp.; köpeklerden alınan 273 materyalin 43’ünden (%15.7) Microsporum spp. ve 12’sinden (%4.3) Trichophyton spp. izole edildi. Dermatofitozis olgularına diğer mevsimler ile karşılaştırıldığında ilkbahar mevsiminde ve kedilerde %46.1, köpeklerde ise %34.0 olmak üzere daha yüksek oranda rastlandı.

Mycoplasma gallisepticum causes important economic losses and it spreads vertically and horizontally in chickens. Although a lot of methods are used for detection of this bacterium, agents can be obtained and sensitive and rapid result can be achieved by PCR based diagnosis method regardless of isolation. In this study, trachea and tracheal swab samples collected from various broiler flocks were evaluated. 14 of 26 investigated flocks (%53,8) were found to be M.gallisepticum positive. 28 of all trachea samples from 14 flocks and tracheal swabs which were taken 5 (%19,2) flocks considered to be positive. This result showed that M.gallisepticum infections can be diagnosed rapidly and more specifically and more positive results can be achieved in tracheal organ samples than tracheal swabs., Mycoplasma gallisepticum tavuklarda önemli ekonomik kayıplara neden olarak, vertikal ve horizontal yayılım gösterir. Bu etkenin teşhisi için pek çok metod kullanılmasına rağmen PCR temelli teşhis metodları ile izolasyona gerek kalmadan infeksiyon izlenebilir, yüksek duyarlılıkta hızlı sonuç alınabilir. İncelenen 26 kümesin 14 (%53,8)’ü M.gallisepticum yönünden pozitif bulundu. Materyal orijini dikkate alındığında 14 broyler kümesten alınan trachea örneklerinin 28 adetinden pozitif sonuç alınırken bu kümeslere ait tracheal svab örneklerinden sadece 5 (%19,2) kümese ait olanlarda M.gallisepticum spesifik DNA varlığı saptandı. Bu bulgu özellikle örnekleme aşamasında mikoplazma infeksiyonu şüpheli kümeslerden hem trachea hem de svab örneklerinin alınmasının yararlı olduğunu gösterdi. Bu sonuçlar PCR metodunun kullanılması ile M.gallisepticum infeksiyonlarının daha kısa sürede ve daha spesifik olarak teşhis edilebileceğini ve trachea örneklerinin tracheal svab örneklerine göre daha fazla pozitiflik sağladığını göstermektedir.

Bu çalışmada kedi ve köpeklerin ürogenital sistem infeksiyonlarından izole edilen Escherichia coli suşlarının antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlandı. Bu amaçla Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Klinikleri ve özel hayvan hastanelerinden Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı’na teşhis amacıyla gönderilen köpeklere ait idrar, pyometra infeksiyonlarından alınan uterus içeriği ve prostat sıvısı ile kedilere ait idrar ve uterus içeriği olmak üzere toplam 110 materyalden izole edilen 45 E. coli suşu incelendi. Suşların antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi amacıyla Clinical Laboratory Standards Instıtute’ün belirlediği standartlar kullanıldı. Genetik olarak tetracycline direncinin belirlenmesi amacıyla tet (A) ve tet (B) genlerini amplifiye eden primerler kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yapıldı. İzole edilen 45 suşun disk difüzyon tekniği ile yapılan antibiyogram testi sonucunda amoxicillin-clavulanic acid’e %84.4, cephalexin’e %88.8, cephalotine’e %53.3, ciprofloxacin’e %86.6, enrofloxacin’e %75.5, gentamicin’e %97.7, trimethoprim/sulphamethoxazole’e %68.8, nalidixic acid’e %64.4 duyarlı olarak bulundu. Tetracycline direncinin moleküler olarak incelendiği PCR sonucunda ise, 6 E. coli suşunda tet (A) ve tet (B) genlerinin varlığı tespit edildi, Antibiyotik Duyarlılığı, E. coli, Kedi, Köpek, Ürogenital Sistem

Bu çalışmada kedi ve köpeklere ait idrar, pyometra infeksiyonlarından alınan uterus içerikleri ve prostat içeriği örneklerinden izole edilen Escherichia coli suşlarının virulens faktörlerinin fenotipik ve genotipik olarak araştırılması ile izole edilen E. coli suşlarının antibiyotik duyarlılıklarının incelenmesi amaçlandı.İzole edilen 45 adet E. coli suşunda hemoliz, mannoz duyarlı ve mannoz dirençli hemaglütinasyon, aerobaktin demir elde etme sistemi ve serum dirençliliği ile antibiyotik duyarlılıkları konvansiyonel yöntemlerle araştırıldı. Virulens faktörlerinden hemoliz, hemaglütinasyonda rol oynayan Tip 1 fimbria, P fimriya, S fimbria ve afimbrial adezinler, aerobaktin üretimi, serum dirençliliği, sitotoksik nekrotizan faktör, kolisin ve üropatojen spesifik protein sırasıyla bu özellikleri kodlayan hlyA, fimH, papC, sfaDE, afaBC, iucD, traT, cnf1, cvaC ve usp genlerinin varlığı yönünden PCR kullanılarak incelendi.Köpeklere ait 33 adet idrar örneğinden 23 (%69.6), 30 adet pyometra infeksiyonundan alınan uterus içeriğinden 15 (%50) ve 1 adet prostat içeriğinden 1 (%100) E. coli izole edildi. Kedilere ait 44 idrar örneğinden ise 5 (%11.3) ve 2 adet pyometra infeksiyonundan alınan uterus içeriğinden 1 (%50) olmak üzere toplam 45 (%40.9) E. coli izole edildi. İncelenen suşların %73.3'ü kanlı agarda hemoliz oluşturdu. Suşların %97.7'si hemaglütinasyon pozitif bulundu. Hemaglütinasyon pozitif bulunan suşların tamamı koyun eritrositleri MRHA gösterirken; tavuk eritrositleri ile 40 (tüm suşların %88.8'i) suş MRHA gösterdi. Tavuk ve koyun eritrositleri ile suşların tamamında MSHA saptanmadı. İncelenen tüm suşlar koyun serumuna karşı duyarlılık gösterdi, fakat sığır serumuna karşı suşların %26.6'sı dirençli bulundu. Aerobaktin üretimi suşların %20'sinde saptandı. İzole edilen E. coli suşlarının antibiyotik duyarlılıkları farklılık gösterdi. PCR ile yapılan incelemelerde ise hlyA geni suşların %73.3'ünde saptandı. fimH geni suşların %100'ünde; papC geni %71.1; sfaDE geni %82.2; afaBC geni %0 oranında saptandı. İncelenen suşlarda iucD, traT, usp, cnf1 ve cvaC genleri sırasıyla %20, %71.1, %84.4, %75.5 ve %11.1 oranlarında belirlendi.Sonuç olarak kedi ve köpeklerin ürogenital sistem infeksiyonlarında E. coli'nin önemli bir rolü olduğu görüldü. Virulens faktörlerinin belirlenmesinde moleküler yöntemlerin de kullabileceği, ancak konvansiyonel yöntemlerle birlikte kullanılmasının yararlı olacağı belirlendi. Sağaltım seçeneklerinde antibiyotik duyarlılık testlerinin önemli olduğu görüldü. The aim of this study was to investigate virulence factors with phenotypic and genotypic methods and also detection of antibiotic susceptibility in Escherichia coli isolates from urinary tract infections, uterus contents from pyometra infections and prostate contents from dogs and cats.In this study, haemolysis, mannose-sensitive and mannose-resistant hemagglutination, aerobactin production, serum resistance and antibiotic susceptibility were investigated phenotypically in 45 E. coli strains. Furthermore, haemolysis, type 1, P, S fimbriae and afimbrial adhesins which play a role in hemagglutination, aerobactin production, cytotoxic necrotizing factor, serum resistance, colisin and uropathogen spesific protein respectively. Genes are encoding those virulence factors, hlyA, fimH, papC, sfaDE, afaBC, iucD, cnf1, traT, cvaC ve usp were analysed by PCR techniques.From dogs E. coli was isolated from 23 (69.6%) out of 33 urine specimens, 15 (50%) out of 30 uterus contents from pyometra infections and 1 (100%) out of a prostate content. From cats E. coli was isolated from 5 (11.3%) out of 44 urine specimens and 1 (50%) out of 2 uterus contents from pyometra infections. Of the examined strains 73.3% created haemolysis on blood agar. Of all strains, 97.7% were detected hemagglutination positive. All hemagglutination positive strains were detected MRHA with sheep erythrocytes; 40 (88.8% of all strains) strains were detected MRHA with chicken erythrocytes. MSHA were not detected with sheep and chicken erythrocytes in all strains. All investigated strains showed that sensitivity to sheep sera, but of all strains 26.6% were detected to be resistant to bovine sera. Of the all strain 20% were detected aerobactin production. All investigated strains showed differences on antibiotic susceptibility test. In the examination with PCR, hlyA gene was detected in 73.3% of all strains. fimH was found 100%, papC 71.1% , sfaDE 82.2% and afaBC 0% were detected in all strains. All isolated strains, iucD, traT, usp, cnf1 and cvaC genes respectively 20%, 71.1% , 84.4%, 75.5% and 11.1% were detected.As a conclusion, findings of the studies in the thesis showed that E. coli plays an important role in urogenital system infections in dogs and cats. It is also thought that molecular methods performed for the investigation of virulence factors should be used with convensional methods to obtain the most credible results. Antibiotic susceptibility tests have critical importance for the determination of treatment options. 95

Escherichia coli strains that cause urinary tract infections are named as uropathogenic E. coli (UPEC) or extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC). Uropathogenic E. coli is an opportunistic pathogen in human and animals especially in dogs and cats. E. coli is the most commonly isolated agent from urine of dogs and cats with urinary system infection. Besides the general features of known, uropathogenic E. coli has serum resistance, virulence factors and antigenic factors. These factors also play a role in pathogenesis., Üriner sistem infeksiyonlarına neden olan Escherichia coli suşları üropatojenik E. coli (UPEC) veya ekstraintestinal patojenik E. coli (ExPEC) olarak isimlendirilirler. Üropatojenik E. coli’ler insan ve hayvanlarda özellikle de kedi ve köpeklerde fırsatçı patojen olarak çeşitli hastalıklara neden olurlar. E. coli üriner sistem infeksiyonlarında en sık rastlanan patojendir. Üropatojenik E. coli’lerin bilinen genel özelliklerinin yanı sıra patogeneziste rol oynayan virülens faktörleri, serum direnci ve antijenik özellikleri bulunmaktadır.