Search

Amaç: Enterik virüsler, gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerde beş yaş altındaki çocuklarda sıklıkla rastlanan ve yüksek mortalite ve morbiditeye sahip akut gastroenterite neden olurlar. Çalışmamızda. akut gastroenterit şikayeti olan 5 yaşından küçük çocuklarda rotavirüs, enterik adenovirüs ve norovirüs insidansının araştırılması amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Çalışmamızda. 2012-2014 tarihleri arasında çocuk polikliniğine akut gastroenterit nedeniyle başvuran beş yaş altı 982 çocuk hastanın dışkı örneklerinde ELISA yöntemi ile rotavirüs (Meridian Diagnostics’in Premier Rotaclone EIA), enterik adenovirüs (DAI- adenovirüs Antigen Detection. Diagnostic Automation Inc., ABD) ve norovirüs GI/GII (RIDASCREEN® Norovirüs (C1401) 3rd Generation, R-Biopharm Darmstadt, Almanya) antijen pozitifliği araştırıldı. Bulgular: Çalışmaya dâhil edilen toplam 982 örnekte viral antijen pozitifliği %38.0 (n=373) olarak belirlendi. Viral antijen taşıyan örneklerin %51.7 (n=193)’sinde rotavirüs %22.5 (n=84)’inde adenovirüs ve %19.3 (n=72)’ünde norovirüs antijen pozitifliği belirlendi. On iki (%3.2) örnekte rotavirüs-adenovirüs, 9 (%2.4) örnekte rotavirüs-norovirüs ve 3 (%0.8) örnekte adenovirüs-norovirüs birlikteliği belirlendi. 6-36 ay arasındaki çocuklarda akut gastroenterit nedeniyle hastane başvurunun yüksek olduğu görülmekle birlikte, özellikle 6-24 ay arasındaki çocuklarda viral insidansın daha yüksek olduğu belirlendi. Norovirüs ve enterik adenovirüs sıklığı 6-36 ay arasında daha yüksek iken, rotavirüsün 6-47 ay arasında daha sık görüldüğü belirlendi. Mevsimsel dağılım açısından rotavirüs kış ve ilkbaharda yüksek oranda görülürken, adenovirüs ve norovirüs kışın daha fazla olmakla birlikte, tüm yıl boyunca salgınlar göstermektedir. Sonuç: Globalleşen dünyada rotavirüs salgılarının yanı sıra enterik adenovirüs ve norovirüs nedeniyle gelişen enfeksiyonların da insidansı giderek artmaktadır. Ülkemizde de epidemiyolojik verilerin artırılması ve gereksiz antibiyotik kullanımının önlenebilmesi için daha fazla viral gastroenterit etkeni ile ilgili çalışmalara gereksinim duyulmaktadır. Objective: Enteric viruses are a common cause of acute gastroenteritis with high mortality and morbidity frequently encountered in children under five-years in developed and developing countries. In our study, we aimed to investigate the incidence of rotavirus, enteric adenovirus and norovirus in children younger than 5-years with complaints of acute gastroenteritis. Material and Methods: We investigated rotavirus, enteric adenovirus and norovirus GI/GII antigen positivity in stoolspecimens of 982 children who applied to children’s polyclinic for acute gastroenteritis between 2012 and 2014 by ELISA method. Results: In the samples, viral antigen positivity was determined as 38.0% (n=373) in a total of 982 samples. Rotavirus, adenovirus and norovirus positivities were detected in 51.7% (n=193), 22.5% (n=84) and 19.3% (n=72) of the samples, respectively. Rotavirus-adenovirus, rotavirus-norovirus and adenovirus-norovirus co-positivity were found in 12 (3.2%), 9 (2.4%) and 3 (0.8%) of the samples, respectively. Although it has been observed that hospital admission is high due to acute gastroenteritis in children between 6-36 months, viral incidence is especially higher in children between 6-24 months. The incidence of norovirus and enteric adenovirus were higher between 6-36 months, while the incidence of rotavirus was higher between 6-47 months. In terms of seasonal distribution, rotavirus infections were highly prevalent in winter/spring, while adenovirus and norovirus infections were more frequent in winter and show epidemics throughout the year. Conclusion: In conclusion, in the globalized world, the incidence of infections due to enteric adenovirus and norovirus as well as rotavirus is increasing steadily. In our country, there is a need to work on viral agents more in order to prevent unnecessary antibiotic use and to increase epidemiological data.

İnsan Papilloma Virüsü (HPV), zarfı olmayan, sferik protein kapside sahip ve çift sarmallı DNA tașıyan bir virüstür. Fonksiyonel olarak aktif erken ve geç proteinler, erken (E) ve geç (L) gen bölgelerinden olușturulur. Viral integrasyon tipik olarak E1 ve E2 bölgelerinde meydana gelmektedir. E6 proteininin hücresel P53 proteinine; E7 proteininin ise Rb proteinine bağlanarak onkogenez mekanizmasında rol aldığı bilinmektedir. HPV, sadece cinsel yolla değil, aynı zamanda kontamine yüzeylerle indirekt, ciltteki lezyonlarla direkt olarak da bulașabilmektedir. En sık cinsel yolla bulaşmakta olup, serviks kanseri dıșındaki malignensilerde de gözlenmektedir. Günümüzde serviks kanseri için majör etken olarak kabul edilen HPV tanısı oldukça önemlidir. Serviks kanseri, “önlenebilir” bir kanser tipi olması sebebiyle diğer kanser türlerinden ayırt edilebilmektedir. Bu nedenle HPV ile ilișkili enfeksiyonlarda özellikle tarama, erken teșhis ve tedavi büyük öneme sahiptir., Human papillomavirus (HPV) is a double-stranded DNA virus with a spheric protein capsid and without an envelope. Functionally active early and late proteins are created from regions of early and late gene. Typically viral entegration occur in E1 and E2 regions. It is known that the connections of HPV E6 protein to cellular protein p53 and E7 protein to Rb protein play a role in oncogenesis mechanism. Besides its sexual transmission, HPV can be transmitted by direct or indirect contact with the skin lesions. It is more often transmitted with sexual intercourse, and is also associated with malignancies other than cervical cancer. Currently, the determination of HPV infection which is a major contributing factor for cervical cancer is very important. In comparison with other malignancies, cervical cancer is preventable. Thus, screening, early diagnosis and treatment of lesions associated with HPV infection has a paramount importance.

YÖK ID: 667803 Bakteriyel selüloz bakteriler tarafından üretilen bir biyopolimerdir. Benzersiz özelliklere sahiptir ve bitki selülozuna göre oldukça saf olarak elde edilmektedir. Biyoteknolojideki gelişmelerle beraber bakteriyel selülozun önemi ve kullanım alanı çeşitliliği gün geçtikçe artmaktadır. Bu nedenle çalışmamızın birinci hedefi ev yapımı sirke ve SCOBY (Symbiotic Colony of Bacterias and Yeasts) olarak da bilinen kombucha mantarı çayından, selüloz üreticisi olan mikroorganizmaların izole ve identifiye edilmesidir. Çalışmamızın ikinci hedefi ise tanımlanan bu bakterilerden bakteriyel selüloz üretiminin varlığının gösterilmesidir. Bu çalışmada, sirke ve kombucha mantarından kültür yöntemi ile mikroorganizmaların izolasyonu yapılmıştır. İzolasyon için Hestrin Schramm (HS) kültür ortamında 30°C'de ve pH 6,0±0,02 kullanılmıştır. İzole edilen suşların identifikasyonu için klasik ve biyokimyasal testler uygulandı. Test sonuçlarına göre Gluconacetobacter cinsine ait oldukları belirlenen bakterilerin belirli oranlarda bakteriyel selüloz ürettikleri gözlenmiştir. Üreme süresince kültür ortamı pH'sı değişmiş ve kültür yüzeyinde membran tespit edilmiştir. Kalınlaşan membranların karakterizasyonu FTIR analizi ile yapılmıştır. Bakteriyel selüloz olduğu saptanan membranların lif kalitesini anlamak amacıyla kurutulup ağırlığı ölçüldükten sonra distile su içerisine daldırılıp yaş ağırlıkları ölçülüp su absorbsiyon oranları belirlenmiştir. Çalışmamız sonucunda hedeflenen bakteri türleri izole edilmiş ve selüloz üretimi gözlenmiştir. Çalışmamızda elde edilen bakteriler hakkında daha detaylı bilgi elde edildikten sonra ürettikleri bakteriyel selülozun kalitesini artırmak için gerekli çalışmalar sonrasında, ham madde olarak kullanılabilecek yeni bir ürün geliştirilmesi düşünülmektedir. Bacterial cellulose is a biopolymer produced by bacteria. It has unique properties and is obtained quite pure compared to plant cellulose. With the developments in biotechnology, the importance and usage area of bacterial cellulose is increasing day by day. Therefore, the primary goal of our study is to isolate and identify cellulose-producing microorganisms from homemade vinegar and kombucha mushroom tea, also known as SCOBY (Symbiotic Colony of Bacterias and Yeasts). The second goal of our study is to show the existence of bacterial cellulose production from these bacteria. In this study, isolation of microorganisms was made from vinegar and kombucha mushrooms by culture method. For isolation, Hestrin Schramm (HS) culture medium at 30 ° C and pH 6,0 ± 0,02 was used. Classical and biochemical tests were applied for the identification of the isolated strains. According to the test results, it was observed that bacteria that were determined to belong to the genus Gluconacetobacter produced bacterial cellulose at certain rates. During the breeding, the pH of the culture medium has changed and the membrane was detected on the culture surface. Characterization of thickened membranes was made by FTIR analysis. In order to understand the fiber quality of the membranes found to be bacterial cellulose, they were dried and weighed, then immersed in distilled water, their wet weight was measured, and water absorption rates were determined. As a result of our study, targeted bacterial species were isolated and cellulose production was observed. After obtaining more detailed information about the bacteria obtained in our study, it is planned to develop a new product that can be used as a raw material after the necessary studies to increase the quality of the bacterial cellulose they produce. İÇİNDEKİLER Sayfa ÖZET -- İV ABSTRACT -- Vİ TEŞEKKÜR -- Vİİİ ÇİZELGELER DİZİNİ -- Xİ ŞEKİLLER DİZİNİ -- Xİİ RESİMLER DİZİNİ -- Xİİİ SİMGELER VE KISALTMALAR -- XİV 1. GİRİŞ -- 1 2. KURAMSAL TEMELLER VE KAYNAK ARAŞTIRMASI -- 3 2.1 Se l ü l o z -- 3 2.2 Ba k t e r iy e l Se l ü l o z -- 5 2.3 Ba k t e r iy e l Se l ü l o z u n Ya p IS I -- 7 2.4 BS Ür e t im i Ya p a n Mik r o o r g a n iz m a l a r v e Ko m b u c h a Ma n t a r I -- 11 2.5 BS Biy o s e n t e z İ v e Me k a n iz m a s I -- 16 2.5.1 Bakteriyel Selüloz Sentezi -- 19 2.6 BS ÜRETİMİNE ETKİ EDEN FAKTÖRLER -- 21 2.6.1 Fermentasyon Yöntemleri -- 22 2.6.2 Karbon ve Azot Kaynakları -- 32 2.6.3 Sıcaklık ve pH Etkileri -- 35 2.6.4 Oksijen ve Karbondioksit Etkisi -- 36 2.7 BS ÜRETİMİNİN İYİLEŞTİRİLMESİ -- 36 2.8 UYGULAMA ALANLARI -- 38 2.8.1 Sağlık -- 39 2.8.2 Gıda -- 43 2.8.3 Kağıt -- 45 2.8.4 Kozmetik 46 x 2.8.5 Diğer Uygulamalar -- 51 3. MATERYAL VE YÖNTEM -- 55 3.1 Ma t e r y a l -- 55 3.1.1 Kimyasallar -- 55 3.1.2 Örnek temini -- 55 3.1.3 Besi ortamları ve hazırlanışı -- 55 3.1.4 Çözeltiler ve Boyalar -- 58 3.2 YÖNTEM -- 59 3.2.1 Bakteri İzolasyonu -- 59 3.2.2 Bakterilerin İdentifikasyonu -- 60 3.2.3 BS Saflaştırma -- 62 3.2.4 BS Karakterizasyonu -- 63 4. ARAŞTIRMA SONUÇLARI VE TARTIŞMA -- 64 4.1 MİKROORGANİZMA İZOLASYONU SONUÇLARI -- 64 4.1.1 Gram boyama sonuçları -- 64 4.1.2 Biyokimyasal Test Sonuçları -- 67 4.1.3 Bakteriyel Selüloz Karakterizasyonu -- 68 5. SONUÇ VE ÖNERİLER -- 79 KAYNAKLAR -- 80 ÖZGEÇMİŞ -- 105

YÖK ID: 682550 İnsan sağlığı açısından oldukça önemli olduğu bilinen ve sıklıkla tüketilen besin kaynaklarımızdan biri ceviz (Juglans regia L.)' dir. Günümüzde, insan beyninin sağlığının korunmasında ve öğrenmede etkili, kolesterol oksidiyonuna karşı etkin, kronik yüksek tansiyonun düzenlenmesi, damarlarda kasılma ve krampların azaltılması, karsinogeneze mekanizmasına karşı etkin, enfeksiyöz rahatsızlık etkenleri, atopik astım, immün sistem ve sinir sisteminde tedavide rol oynadığı düşünülen birçok fonksiyonel özelliği araştırılmaktadır. Çağımızın en sık görülen hastalıklarından biri olan kanser ile ilgili çok sayıda araştırma sürdürülmektedir. Kanser, hücrede fonksiyonel işlevleri denetleyen genlerde epigenetik değişiklikler veya mutasyonlar sonucu ortaya çıkan genetik bir hastalıktır. Bu çalışmada Çorum'un Oğuzlar ilçesinde yetiştirilen yerli ceviz (Juglans regia L.) kullanıldı. Cevizden elde edilen sütün farklı konsantrasyonlarının meme karsinoma (MCF-7), hepatoselüler karsinoma (HepG-2) ve sağlıklı fare fibroblastı (L929) hücre hatları üzerinde antitümoral ve proliferatif etkinliğinin araştırılması amaçlandı. Aynı zamanda çalışmamızda ceviz sütünün bazı biyolojik etkinliklerinin de ortaya konması hedeflendi. Çalışmamızda elde edilen verilere göre, ceviz (Juglans regia L.) sütünün bazı konsantrasyonlarının 24 saatte L929 ve MCF-7 hücre hatlarında proliferatif etki gösterdiği, HepG-2 hücre hattında ise 500 ve 250 µg/ml konsantrasyonlarında proliferatif etki gösterirken, diğer konsantrasyonlarda sitotoksik etkinliğe sahip olduğu belirlendi. L929, MCF-7 ve HepG-2 hücre hatlarında 48 saat inkübasyon sonunda ise 500 µg/ml dışındaki tüm konsantrasyonlarda sitotoksik etkinlik tespit edildi. Biyolojik etkinlik çalışmalarında deneylerde kullanılan test mikroorganizmaları üzerinde inhibisyon etkinliği saptanmamıştır. Prebiyotik çalışmalarında ise L. rhamnosus ATCC 53103 ve L. reuteri DSMZ 17938 suşları üzerine proliferatif etki tespit edilmiştir. Antioksidan aktivite tayininde ceviz (Juglans regia L.) sütünün antioksidan aktivitesi 8,89 mg/ml olarak belirlenirken, total antioksidan miktarı (TAS) 1,9 mmol/L olarak tespit edildi. Çalışmamızda ceviz sütünün farklı konsantrasyonlarının sitotoksik ve prebiyotik etkinliğe ve bir miktar antioksidan aktiviteye sahip olduğu belirlendi. Ceviz sütünün farklı konsantrasyonlarının bazı kanser hücrelerinin inhibe edilmesinde etkin olabileceği, ancak daha fazla araştırma yapılmasının gerekli olduğu, antioksidan ve prebiyotik etkinliği sayesinde ise vücut savunmasında destekleyici rol oynayabileceği düşünülmektedir. Walnut (Juglans regia L.) is one of our frequently consumed food sources and is known to be very important for human health. Today, it's many functional properties thought to be play role in such cases as the protection of the health of the human brain and learning, cholesterol oxidation, the regulation of chronic high blood pressure, reduction of contractions and cramps in the vessels, the mechanism of carcinogenesis, infectious disease factors, atopic asthma, immune system and nervous system are being investigated. A myriad of studies are being carried out on cancer, one of the most common diseases of our age. Cancer is a genetic disease that occurs as a result of epigenetic changes or mutations in genes controlling functional functions in the cell. In this study, walnut (Juglans regia L.) grown in Oğuzlar district of Çorum was used. It was aimed to investigate the antitumoral and proliferative effects of different concentrations of milk obtained from walnuts on breast carcinoma (MCF-7), hepatocellular carcinoma (HepG-2) and healthy mouse fibroblast (L929) cell lines. Besides, it was aimed to reveal some biological activities of walnut milk in the study. According to the data obtained in our study, some concentrations of walnut (Juglans regia L.) milk have a proliferative effect in L929 and MCF-7 cell lines in 24 hours, while it has a proliferative effect at 500 and 250 µg/ml concentrations in HepG-2 cell lines, while it found to have cytotoxic activity at other concentrations. In L929, MCF-7 and HepG-2 cell lines, cytotoxic activity was detected at all concentrations except 500 µg/ml after 48 hours of incubation. In biological activity studies, no inhibition activity was detected on the test microorganisms used in the experiments. In prebiotic studies, a proliferative effect was detected on L. rhamnosus ATCC 53103 and L. reuteri DSMZ 17938 strains. In the antioxidant activity determination, the antioxidant activity of walnut (Juglans regia L.) milk was determined as 8.89 mg/ml, while the total antioxidant amount (TAS) was determined as 1.9 mmol/L. In our study, it was determined that different concentrations of walnut milk had cytotoxic and prebiotic activity and some antioxidant activity. It is thought that different concentrations of walnut milk may be effective in inhibiting some cancer cells, but more research is needed and it may play a supportive role in body defence thanks to its antioxidant and prebiotic activity.

YÖK ID: 656780 Su kalitesi, insan, hayvan ve bitki sağlığında önemli bir role sahiptir. Özellikle gastrointestinal hastalıkların bulaşmasının önde gelen nedenlerden biridir. Bu nedenle, insan tüketimine yönelik suyun, hastalığa neden olabilecek mikroorganizmalardan ve kimyasal maddelerden arınmış olması gerekmektedir. Su kalitesi çalışması, su kütlesinin kimyasal, fiziksel ve biyolojik özelliklerini tanımlama ve suyun kalitesini kötü yönde etkileyecek olası kirlilik kaynaklarını tespit etme aşamalarını kapsamaktadır. Çalışmamızda Obruk baraj suyunun su kalitesi mikrobiyolojik ve fizikokimyasal olarak çevre koşullerı ile birlikte değerlendirildi. Bu tez çalışması Obruk Barajı hakkında yapılan ilk bilimsel araştırmadır. Çalışmamız kapsamında Obruk baraj suyundan Ekim 2017 ve Şubat 2018 tarihlerinde belirlenen 11 istasyondan yüzeyel ve derin su örnekleri araştırmalar yürütüldü. Su örneklerinde fekal bakteri etkenleri ve bazı fizikokimyasal parametreler incelendi. Elde ettiğimiz verilere göre, baraj suyunun özellikle bazı lokasyonlarında mikrobiyal kontaminasyon ve fizikokimyasal parametrelerde normal sınırlardan sapmalar tespit edildi. Sonuç olarak, obruk barajı önemli bir lokasyona sahiptir. Baraj sularının kullanım alanları dikkate alındığında, belirli dönemlerde su kalitesi incelenmeli ve kirlilik kaynakları dikkatle belirlenmeli, halk sağlığı açısından kirliliğe neden olan etkenlerin ortadan kaldırılması için gerekli önlemler alınmalıdır. Water quality has an important role in human, animal and plant health. It is one of the leading causes of transmission of gastrointestinal diseases. Fort this reason, water intended for human consumption must be free of microorganisms and chemicals that can cause disease. The water quality study covers the stages of identifying the chemical, physical and biological properties of the water body and identifying potential sources of pollution that will adversely affect the quality of the water. In our study, the water quality of Obruk dam water was evaluated microbiologically and physicochemically with environmental conditions. This thesis study is the first scientific research about Obruk Dam. Within the scope of our study, surface and deep water samples were researched from 11 stations determined from Obruk dam water in October 2017 and February 2018. Fecal bacteria factors and some physicochemical parameters were examined in water samples. According to the data we obtained, deviations from normal limits were detected in microbial contamination and physicochemical parameters, especially in some locations of the dam water. As a result, the pothole dam has an important location. Considering the usage areas of dam waters, water quality should be examined at certain periods and sources of pollution should be determined carefully and necessary measures should be taken to eliminate the factors causing pollution in terms of public health. İÇİNDEKİLER Sayfa ÖZET -- iv ABSTRACT -- v TEŞEKKÜR -- vi İÇİNDEKİLER -- vii ÇİZELGELER DİZİNİ -- x ŞEKİLLER DİZİNİ -- xii RESİMLER DİZİNİ -- xiii HARİTALAR DİZİNİ -- xiiii SİMGELER VE KISALTMALAR -- xiv 1. GİRİŞ -- 1 2. KURAMSAL TEMELLER VE KAYNAK ARAŞTIRMASI -- 3 2.1. Baraj Gölleri ve Özellikleri -- 3 2.1.1. Türkiye’deki baraj gölleri -- 3 2.1.2. Obruk barajı -- 3 2.2. Yüzeyel sularda Kirlenme -- 5 2.3. Yüzeyel suların mikrobiyolojik özellikleri -- 7 2.3.1. Su kalitesinde indikatör mikroorganizmalar -- 8 2.3.1.1. Cholera -- 10 2.3.1.2. Salmonellosis -- 13 2.3.1.3. Shigellosis -- 13 2.3.1.4. Escherichia coli -- 13 2.3.1.5. Enterokoklar -- 15 2.3.1.6. Enterobakter -- 16 2.3.1.7. Koliformlar -- 16 viii 2.4. Yüzeysel Suların Fizikokimyasal Özlellikleri -- 18 2.4.1. Sıcaklık -- 18 2.4.2. Klorür (Cl-) -- 19 2.4.3. Özel İletkenlik (SC) / İletkenlik (C) -- 19 2.4.4. Toplam Sertlik -- 20 2.4.5. Kalsiyum (Ca) -- 20 2.4.6. Magnezyum (Mg) -- 20 2.4.7. Amonyum azotu (NH4 +N) -- 21 2.4.8. Nitrit ve Nitrat (NO2 ve NO3 - ) -- 21 2.4.9. Sülfat (SO4 2- ) -- 22 2.4.10. Florür (F- ) -- 23 2.4.11. pH -- 23 2.4.12. Bulanıklık (NTU) -- 24 2.4.13. Ağır Metaller -- 24 3. MATERYAL VE YÖNTEM -- 24 3.1. Materyal -- 26 3.1.1. Araştırmanın yeri -- 26 3.1.2. Örneklerin temini -- 27 3.1.3. Örnek temininde kullanılan araç ve gereçler -- 28 3.1.4. Araştırmada kullanılan besiyerleri -- 28 3.2. Yöntem -- 32 3.2.1. Mikrobiyolojik analizler -- 33 3.2.1.1. Bakterilerin sayımı -- 33 3.2.1.2. Bakterilerin ışık mikroskobunda görüntülenmeleri -- 34 3.2.1.3. Tanımlama testleri -- 34 3.2.2. Fizikokimyasal analizler -- 35 ix 3.2.2.1. Amonyum Deneyi (TS ISO 7150) -- 37 3.2.2.2. Nitrit Tayini (TS 7526 EN 26777) -- 37 3.2.2.3. Mangan Tayini (TS 6289 ISO 6332) -- 38 3.2.2.4. Sülfat Tayini (TS ISO 9280) -- 39 3.2.2.5. Demir Deneyi (TS 3651 ISO 6332) -- 39 3.2.2.6. Toplam sertlik deneyi -- 39 3.2.2.7. Alkalinite Deneyi -- 42 3.2.3. İstatistiksel analizler -- 44 4. ARAŞTIRMA SONUÇLARI VE TARTIŞMA -- 46 4.1. Mikrobiyolojik Analiz Sonuçları -- 46 4.2. Fizikokimyasal analiz sonuçları -- 49 5. SONUÇ VE ÖNERİLER -- 62 KAYNAKLAR -- 63 ÖZGEÇMİŞ -- 69