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The Atlantic forest of Brazil is nowadays reduced to less than 8% of its total original area and yet many species remain to be described. The Atlantic Forest north to the São Francisco river - The Pernambuco Endemism Center (CEPE) - has less than 2% of its original forest cover and yet the knowledge on small mammals is scarce. Aiming to assess the small mammal community of this region surveys were carried out in 12 forest fragments of different sizes in distinct geographic areas of the CEPE. The capture-mark-recapture technique was used with live-traps set along linear transects. We recorded 15 species, two of which are in the IUCN Red List, but not in the Brazilian List of Threatened Species. The highest richness and abundance indices were recorded in medium-sized fragments and in the rainy season. More marsupial species were recorded compared to rodents. Our results suggest that fragmentation caused the extinction of those most specialized species, currently remaining only those most tolerant to fragmentation and urbanization. It is recommended that urgent measures should be taken to reconnect and restore these fragments to allow recolonization and reestablishment of the gene flow among the populations. A Floresta Atlântica do Brasil encontra-se hoje reduzida a menos de 8% da sua área original e contém várias espécies ainda desconhecidas. Sua porção ao norte do Rio São Francisco, o Centro de Endemismo Pernambuco (CEPE), possui atualmente menos de 2% de sua área original e o conhecimento sobre pequenos mamíferos é escasso. Com o objetivo de conhecer melhor a comunidade de pequenos mamíferos desta região foram realizados levantamentos em 12 fragmentos de diferentes tamanhos em áreas geográficas distintas do CEPE. A técnica de captura-marcação-recaptura foi utilizada, com armadilhas de captura viva dispostas em transectos ao longo dos fragmentos. Foram registradas 15 espécies, das quais duas estão inclusas na lista vermelha da IUCN, embora não na lista de espécies ameaçadas do IBAMA. Os maiores índices de riqueza e abundância foram encontrados nos fragmentos de tamanho médio, e durante a estação chuvosa. Foram registradas mais espécies de marsupiais do que de roedores. Os resultados sugerem que a fragmentação causou a extinção daquelas espécies mais especializadas, persistindo atualmente apenas aquelas mais tolerantes à fragmentação e urbanização. Recomendamos que medidas urgentes sejam tomadas para re-conectar e restaurar estes fragmentos, tornando possível sua re-colonização pelas espécies e o aumento do fluxo gênico entre as populações.