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As espécies vegetais de Cerrado sensu stricto apresentam estratégias adaptativas às condições edáficas e climáticas de altos investimentos em fotoassimilados, nutrientes e água para sua estruturação. A simbiose entre fungos e raízes de plantas é uma importante adaptação radicular que auxilia as plantas na absorção de nutrientes e água do solo, sendo determinantes para a sobrevivência no Cerrado. Com o objetivo de estudar fungos micorrízicos arbusculares (FMAs) e fungos endofíticos do tipo dark septate (DSEFs) nas raízes de algumas espécies arbóreas e herbáceas, nativas do Cerrado sensu stricto, foram testados diferentes métodos para melhor observação das estruturas fúngicas em simbiose. O melhor método de clarificação foi observado quando as raízes foram autoclavadas a 121 °C em KOH 2 %, por 20 min, e com a subseqüente transferência para solução nova de KOH 2 %, por 24 h, em temperatura ambiente. Este procedimento foi repetido e, em seguida, essas amostras foram imersas em H2O2 2 % por 2 h. Os arbúsculos foram observados com maiores detalhes após a inclusão em resina, seccionamento e coloração com azul-de-toluidina. Todas as espécies avaliadas encontravam-se colonizadas por FMAs, e apenas em Xylopia aromatica não se observaram os DSEFs. As espécies herbáceas apresentaram maiores freqüências de colonização micorrízica do que as arbóreas. O caráter generalista dos FMAs e DSEFs observado nas espécies vegetais do Cerrado sensu stricto sugere a importância dessas simbioses como mecanismo adaptativo às condições de Cerrado.Plant species in sensu stricto Cerrado have adaptive strategies to soil and climatic adversities that require high investment of nutrients, water and photoassimilates. The mutualistic fungi - plant root symbiosis is an important adaptation by which plants can improve soil nutrients and water acquisition and it can be determinant for plant survival in Cerrado conditions. The aim of this study was to establish a method for studying arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) and dark septate endophytic fungi (DSEF) in roots of some tree and shrub species in stricto sensu Cerrado. The best method for root clarification was obtained after autoclaving root samples with 2 % KOH for 20 min followed by incubation in a new 2 % KOH solution for 24 h at room temperature. This procedure was repeated once and subsequently the samples were immersed in 2 % H2O2 for 2 h. The arbuscules were thoroughly examined after resin inclusion, sectioned and stained with toluidine blue. All plant species evaluated were associated to AMF and all but Xylopia aromatica were associated to DSEF as well. The mycorrhizal frequency in shrubs was higher than in tree species. The widespread occurrence of AMF and DSEF symbioses suggests that they represent an important adaptation to environmental factors in the Cerrado region.