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A total of 124 Neisseria gonorrhoeae isolates recovered during a 12-year period (2003-2015) from outpatients assisted at Centro de Referência e Treinamento DST/AIDS-CRT of São Paulo city, Brazil, were analysed. The following resistance rates were observed: penicillin-59.6%, ciprofloxacin-15.3%, and azithromycin-6.7%. Although reduced susceptibility to these drugs was observed since 2003, no ceftriaxone-resistant isolates were detected. Ciprofloxacin- and azithromycin non-susceptible isolates were grouped in 11 clusters. Mutations were detected in GyrA and ParC of isolates 124 and 260, and a C2611T substitution on 23S rRNA alleles was also observed in isolate 260. Both isolates belonged to ST1901/ST6210 (MSLT/NG-MAST schemes).

Objective To investigate whether the urine dipstick screening test can be used to predict urine culture results. Methods A retrospective study conducted between January and December 2014 based on data from 8,587 patients with a medical order for urine dipstick test, urine sediment analysis and urine culture. Sensitivity, specificity, positive and negative predictive values were determined and ROC curve analysis was performed. Results The percentage of positive cultures was 17.5%. Nitrite had 28% sensitivity and 99% specificity, with positive and negative predictive values of 89% and 87%, respectively. Leukocyte esterase had 79% sensitivity and 84% specificity, with positive and negative predictive values of 51% and 95%, respectively. The combination of positive nitrite or positive leukocyte esterase tests had 85% sensitivity and 84% specificity, with positive and negative predictive values of 53% and 96%, respectively. Positive urinary sediment (more than ten leukocytes per microliter) had 92% sensitivity and 71% specificity, with positive and negative predictive values of 40% and 98%, respectively. The combination of nitrite positive test and positive urinary sediment had 82% sensitivity and 99% specificity, with positive and negative predictive values of 91% and 98%, respectively. The combination of nitrite or leukocyte esterase positive tests and positive urinary sediment had the highest sensitivity (94%) and specificity (84%), with positive and negative predictive values of 58% and 99%, respectively. Based on ROC curve analysis, the best indicator of positive urine culture was the combination of positives leukocyte esterase or nitrite tests and positive urinary sediment, followed by positives leukocyte and nitrite tests, positive urinary sediment alone, positive leukocyte esterase test alone, positive nitrite test alone and finally association of positives nitrite and urinary sediment (AUC: 0.845, 0.844, 0.817, 0.814, 0.635 and 0.626, respectively). Conclusion A negative urine culture can be predicted by negative dipstick test results. Therefore, this test may be a reliable predictor of negative urine culture. RESUMO Objetivo Verificar se a triagem de urina por fitas reativas é capaz de predizer a cultura de urina. Métodos Estudo retrospectivo realizado entre janeiro e dezembro de 2014 com 8.587 pacientes, com solicitação médica de triagem de urina (fita), sedimento urinário e cultura de urina. Foram analisados sensibilidade, especificidade, valor preditivo positivo, valor preditivo negativo e curva ROC. Resultados Foram positivas 17,5% das culturas. O nitrito apresentou sensibilidade de 28% e especificidade de 99%. O valor preditivo positivo foi de 89% e o valor preditivo negativo de 87%. Esterase apresentou sensibilidade de 79% e especificidade de 84%. Valor preditivo positivo e valor preditivo negativo foram de 51% e 95%, respectivamente. A combinação de nitrito ou esterase positivos apresentou sensibilidade de 85% e especificidade de 84%. Valor preditivo positivo e valor preditivo negativo foram, respectivamente, 53% e 96%. O sedimento positivo (mais de dez leucócitos por microlitro) apresentou sensibilidade de 92% e especificidade de 71%. O valor preditivo positivo foi 40% e o negativo, 98%. A combinação de nitrito e sedimento urinário positivos apresentou sensibilidade de 82% e especificidade de 99%. Os valores preditivos positivo e negativo foram 91% e 98%, respectivamente. Para o nitrito ou esterase positivos mais os leucócitos positivos, a sensibilidade foi de 94% e a especificidade de 84%. O valor preditivo positivo foi de 58% e o negativo foi de 99%. Com base na curva ROC, o melhor indicador de urocultura positiva foi a associação entre a esterase ou nitrito positivos na fita mais os leucócitos positivos no sedimento, seguido por nitrito e esterase positivos, sedimento urinário positivo isolado, esterase positiva isolada, nitrito positivo isolado e, finalmente, pela associação entre nitrito e sedimento urinário positivos (AUC: 0,845, 0,844, 0,817, 0,814, 0,635 e 0,626, respectivamente). Conclusão Uma urocultura negativa pode ser prevista com resultados negativos na fita. Portanto, este teste pode ser um preditor confiável de urocultura negativa.

Infections due to multidrug-resistant organisms continue to increase, and therapeutic options remain scarce. Given this challenge, it has become necessary to use older antimicrobials for treatment of these pathogens. We report three patients with lower urinary tract infections caused by Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC)-producing Klebsiella pneumoniae who were successfully treated with a seven-day course of oral fosfomycin monotherapy.

This is the description of an investigation into an outbreak of carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae (KPC) that involved 22 inpatients in a public Brazilian hospital specialising in cardiac surgery, where these bacteria had never been isolated before. The dissemination of KPC also involved an external patient. This is the first description of a KPC outbreak in a Brazilian hospital.

Candidemia is a growing problem in hospitals all over the world. Despite advances in the medical support of critically ill patients, candidiasis leads to prolonged hospitalization, and has a crude mortality rate around 50%. We conducted a multicenter surveillance study in 16 hospitals distributed across five regions of Brazil to assess the incidence, species distribution, antifungal susceptibility, and risk factors for bloodstream infections due to Candida species. From June 2007 to March 2010, we studied a total of 2,563 nosocomial bloodstream infection (nBSI) episodes. Candida spp. was the 7th most prevalent agent. Most of the patients were male, with a median age of 56 years. A total of 64 patients (46.7%) were in the ICU when candidemia occurred. Malignancies were the most common underlying condition (32%). The crude mortality rate of candidemia during the hospital admission was 72.2%. Non-albicans species of Candida accounted for 65.7% of the 137 yeast isolates. C. albicans (34.3%), Candida parapsilosis (24.1%), Candida tropicalis (15.3%) and Candida glabrata (10.2%) were the most prevalent species. Only 47 out of 137 Candida isolates were sent to the reference laboratory for antifungal susceptibility testing. All C. albicans, C. tropicalis and C. parapsilosis isolates were susceptible to the 5 antifungal drugs tested. Among 11 C. glabrata isolates, 36% were resistant to fluconazole, and 64% SDD. All of them were susceptible to anidulafungin and amphotericin B. We observed that C. glabrata is emerging as a major player among non-albicans Candida spp. and fluconazole resistance was primarily confined to C. glabrata and C. krusei strains. Candida resistance to echinocandins and amphotericin B remains rare in Brazil. Mortality rates remain increasingly higher than that observed in the Northern Hemisphere countries, emphasizing the need for improving local practices of clinical management of candidemia, including early diagnosis, source control and precise antifungal therapy.

Introdução - A colonização intestinal prévia por bactérias multirresistentes (BMR) é um fator de risco para infecções da corrente sanguínea (ICS) e uma das principais complicações na fase inicial do Transplante de Células-Tronco Hematopoiéticas (TCTH). Avaliamos o impacto do Lactobacillus plantarum na modulação do microbioma intestinal em candidatos ao TCTH colonizados por BMR. Métodos - Amostras de fezes foram obtidas previamente à introdução de L. plantarum e ao TCTH, na segunda semana de uso do L. plantarum, na neutropenia, na semana anterior a infecção e na enxertia do TCTH. Foram incluídos 42 candidatos a TCTH autólogo ou alogênico com diagnósticos oncohematológicos. Os participantes foram alocados em um grupo de intervenção (n=22) que recebeu cápsulas de L. plantarum (5x109 UFC) duas vezes ao dia antes do TCTH até o início da neutropenia e um grupo controle (n=20). A região V4 do gene rRNA bacteriano 16S foi sequenciada em 93 amostras de fezes de um subconjunto de 33 pacientes. Colonização por MDRO foi avaliada por cultura em meio seletivo e PCR para identificação de genes de resistências. Clonalidade dos isolados foi avaliada por PFGE. Resultados A média da adesão à intervenção foi de 86% (±11%) por cerca de 43(±29) dias de consumo. L. plantarum foi seguro, tolerável e associado a um aumento na abundância de Lactobacillales (p = 0,004). Aumento de Lactococcus e redução de Turicibacter foram identificados na segunda semana de uso de L. plantarum. Não houve diferença na redução de BMR entre os grupos, nem um mesmo perfil clonal dos isolados foi identificado entre os pacientes. Foi encontrado maior abundância de Enterococcus no grupo controle na enxertia do TCTH. Diversidades alfa e beta foram alteradas ao longo do procedimento de TCTH, independentemente do uso de L. plantarum. Conclusões - L. plantarum foi seguro e pode, potencialmente, reduzir os níveis fecais do gênero Enterococcus em candidatos a TCTH. No entanto, não mostrou impacto significativo na descolonização por BMR Background - Previous gut colonization by multidrug resistant organisms(MDROs) is a risk factor for bloodstream infections(BSI) and a major complication in the early phase of Hematopoietic Stem Cell Transplantation(HSCT). We evaluated, in an exploratory study, the impact of Lactobacillus plantarum on modulation of the gut microbiome in HSCT patients colonized by MDROs. Methods - Stool samples were obtained at timed intervals from 42 oncohematological candidates undergoing autologous or allogeneic HSCT. Participants were allocated to na intervention group(IG = 22) who received capsules of L. plantarum(5x109 CFU) twice a day before the HSCT until the onset of neutropenia and a control group(CG= 20). The V4 region of the 16S bacterial rRNA gene in 93 stool samples from a subset of 33 patients was sequenced. Colonization by MDRO was evaluated by culture in a selective medium and PCR to identify resistance genes. Clonality of the isolates was assessed by PFGE. Results - L. plantarum had an average 86%(±11%) drug-target engagement at 43(±29) days of consumption and it was safe, tolerable and associated with an increase in the abundance of the Lactobacillales(p=0.004). Differently abundant bacteria were investigated by LefSe and na increase of Lactococcus and reduction of Turicibacter were identified on the second-week of L. plantarum use. Both the IG and CG exhibited a similar reduction in MDROs; there was not the same clonal profile of the isolates identified among the patients; except Enterococcus abundance which had a greater rise in the CG Alpha and beta diversity measures were altered throughout the HSCT procedure, regardless of L. plantarum usage. Conclusions L. plantarum was safe and may potentially reduce fecal levels of Enterococcus genus in HSCT candidates; however, it has not showed a significant impact on MDRO decolonization

Serratia marcescens é um agente oportunista, mais frequentemente associado a infecção hospitalar. Tem elevada capacidade de adaptação ao meio e de adquirir resistência aos antimicrobianos. Este estudo é uma coorte retrospectiva de pacientes colonizados ou infectados por Serratia marcescens resistente a carbapenêmicos (SmRc) entre os anos 2010 e 2013, internados no Instituto Central do Hospital das Clínicas de São Paulo (ICHC-FMUSP). Foi feito o levantamento dos dados epidemiológicos através da revisão de prontuários e análise de isolados disponíveis em banco de cepas. Foram avaliados fatores de risco para infecção e perfil de sensibilidade por microdiluição em caldo. Também investigamos mecanismos de resistência através de PCR, PFGE e Sequenciamento completo do genoma. Sessenta e três pacientes foram incluídos, 43 colonizados e 20 com infecção, incluindo 12 de corrente sanguínea. Uso de polimixina, insuficiência renal e uso de cateter nos 30 dias que antecederam o isolamento da S. marcescens resistente a carbapenêmicos e transplante de células-tronco hematopoiéticas foram correlacionados à infecção na análise bivariada e uso de polimixina foi o único que se manteve na análise multivariada. Quarenta e dois isolados foram analisados, de 35 pacientes e 3 amostras ambientais. O teste de CIM revelou 4 isolados sensíveis aos carbapenêmicos, 42% de sensibilidade a amicacina e 27% de sensibilidade a tigeciclina. Vinte e cinco dos 42 isolados portavam blaKPC-2, que foi a carbapenemase mais frequente. Um isolado carregava blaNDM. O resultado do PFGE indica que há um clone predominante, ao qual pertencem 71% dos isolados. O mesmo perfil foi também encontrado no ambiente. Concluímos que o uso prévio de polimixina como fator de risco independente para infecção por Serratia marcescens resistente a carbapenêm reforça a necessidade de políticas de uso racional de antimicrobianos. A elevada clonalidade entre as amostras foi uma forte evidência de transmissão cruzada. A presença da blaKPC-2, blaNDM e de plasmídeos espectro amplo confirmam a capacidade de aquisição de genes de resisstência interespécies. A Serratia marcescens é uma espécie pouco estudada e acreditamos que conseguimos acrescentar conhecimento sobre esse patógeno que constitui uma ameaça constante no cuidado de pacientes críticos Serratia marcescens is an opportunistic agent, most often associated with nosocomial infection. It has high adaptability to the environment and ability to acquire antimicrobial resistance. This study is a retrospective cohort of patients colonized or infected with carbapenem-resistant Serratia marcescens (CrSm) between 2010 and 2013, admitted to the Instituto Central do Hospital das Clínicas de São Paulo (ICHC-FMUSP). Epidemiological data were collected through medical records and we analysed the isolates available in a strain bank. Risk factors for infection and sensitivity profile for broth microdilution were evaluated. We also investigated resistance mechanisms through PCR, PFGE and Whole Genome Sequencing.Sixty-three patients were included, 43 colonized and 20 with infection, including 12 from the bloodstream. Polymyxin use, renal failure, and catheter use within 30 days prior to isolation of CrSm and haematopoietic stem cell transplantation were correlated with infection in the univariate analysis and polymyxin use was the only one that remained in the analysis. multivariate. Forty-two isolates were analyzed from 35 patients and 3 environmental samples. MIC testing revealed 4 carbapenem-sensitive isolates, 42% sensitivity to amikacin and 27% sensitivity to tigecycline. Twenty-five of the 42 isolates carried blaKPC-2, which was the most frequent carbapenemase. An isolate carried blaNDM. The result of the PFGE indicates that there is a predominant clone, to which 71% of the isolates belong.We conclude that the previous use of polymyxin as an independent risk factor for carbapenem-resistant Serratia marcescens infection reinforces the need for rational antimicrobial use policies. The high clonality between the samples was strong evidence of cross transmission. The presence of blaKPC-2, blaNDM and broad spectrum plasmids confirm the ability to acquire interspecies resistance genes. Serratia marcescens is a poorly studied species and we believe we have been able to add knowledge about this pathogen which is a constant threat in the care of critically ill patients

Introdução: O gene de resistência plasmidial à colistina, mcr-1 (do inglês mobile colistin resistance) foi identificado pela primeira vez no final de 2015 e desde então foi descrito em isolados de animais, humanos e ambiente. Entretanto, estudos conduzidos em hospitais brasileiros são escassos. Objetivos: Descrever a disseminação de mcr-1 em unidades que apresentaram pacientes (caso) com infecção e/ou colonização por Enterobactérias resistentes a colistina e sensíveis a carbapenêmicos, e em pacientes hospitalizados na mesma unidade e período que os casos (contactantes), entre agosto de 2016 a janeiro de 2017. Avaliar outros mecanismos de resistência à colistina desses isolados. Material e Métodos: Foi realizada coleta de amostras com swab retal, processamento em ágar MacConkey e triagem em meio com colistina. Todos os isolados obtidos foram testados para mcr-1 por PCR e confirmados por sequenciamento Sanger. Foi criado um banco de dados no programa Epi InfoTM (CDC) com variáveis clínicas e demográficas dos pacientes. Análise univariada dos fatores de risco associados com aquisição do gene mcr-1 foi realizada e o valor de p

Nos últimos anos a incidência de infecções causadas por bactérias Gram-negativas multirresistentes aumentou expressivamente. Esse fenômeno não foi acompanhado pelo desenvolvimento de novos antimicrobianos, resultando em infecções cuja opção de tratamento é a combinação de antimicrobianos. Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa e Serratia marcescens são importantes agentes de infecções relacionadas à assistência à saúde (IRAS), e capazes de adquirir resistência a várias classes de antimicrobianos, como os carbapenêmicos e polimixinas. Os testes que avaliam sinergismo in vitropodem ser uma ferramenta importante na escolha do tratamento antibiótico adequado para infecções causadas por microrganismos multirresistentes. O objetivo deste estudo foi avaliar métodos de sinergismo in vitroque possam ser utilizados na rotina de laboratórios de microbiologia clínica como alternativa ao método considerado padrão ouro (time-kill). Foram selecionados para o estudo 48 isolados Gram-negativos não fermentadores (20 A. baumannii e 28 P. aeruginosa) e 14 fermentadores (S. marcescens) do banco de cepas do LIM-54 com diferentes mecanismos de resistência identificados por PCR e sequenciamento total do genoma. Foram realizados, concentração inibitória mínima dos antimicrobianos e avaliação do sinergismo pelos métodos time-kill (TK), disco aproximação (DA) e CIM:CIM razão.A concordância dos métodos foi avaliada por teste de kappa e os resultados discordantes foram classificados em tipos de erros baseado no FDA.Os isolados apresentaram alta proporção de resistência a meropenem e 7 isolados de A. baumanniiapresentaram resistência a colistina. A combinação de colistina com fosfomicina ou meropenem apresentou elevado efeito sinérgico para os isolados de A. baumanniiresistentes a colistina pelo DA e TK. Por outro lado, a combinação de fosfomicina-meropenem apresentou concordância boa pelo teste de kappa e baixo número de erros entre os métodos TK e DA para todos os isolados de A. baumannii. Para os isolados de P. aeruginosa não foram detectados efeitos sinérgicos pelos métodos DA e CIM:CIM razão.O método CIM:CIM razão apresentou alta concordância com o TK entre os isolados de A. baumannii resistentes a colistina. A combinação ceftazidima-avibactam com meropenem apresentou elevado efeito sinérgico para os isolados de S. marcescensportadores do gene blaKPC-2 pelo DA e TK. O método de DA apresentou uma boa correlação com o TK para a combinação de fosfomicina-meropenem e ceftazidima-avibactam-meropenem, com baixa porcentagem de erros menores, podendo ser utilizado para avaliar sinergismo in vitro para essas combinações. Não foi identificado no estudo efeito antagônico, portanto, foram encontrados somente erros menores In recent years, the incidence of infections caused by multiresistant Gram-negative bacteria has increased. This event has not been accompanied by the development of new antimicrobials, resulting in infections which treatment option is the combination of antimicrobials. Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa and Serratia marcescens are important causesof Hospital Acquired Infection (HAI), and able to acquire resistance to multiple classes of antimicrobials, such ascarbapenems and polymyxins. Synergism testing may be an important tool in choose the appropriate antibiotic treatment. The aim of this study was to evaluate in vitro synergism methods that can be used in a clinical microbiology laboratory as an alternative to the method considered the gold standard (time-kill).For the study were selected 48 non-fermenting (20 A. baumannii and 28 P. aeruginosa)and 14 fermenting(S. marcescens) Gram-negativeisolates from LIM-54strains bench with different resistance mechanisms identified by PCR and total genome sequencing.Minimum antimicrobial inhibitory concentration and synergism evaluation by time-kill (TK), disk approximation (DA) and MIC: MIC ratio were performed. Agreement of the methods was evaluated by kappa test and the discordant results were classified in types of errors based on the FDA. The isolates showed high proportion of resistant to meropenem and 7A. baumannii isolates showed resistance to colistin. The combination of colistin with fosfomycin or meropenem showed high synergistic effect for colistin-resistant A. baumannii isolates by DA and TK.On the other hand, the combination of fosfomycin-meropenem showed good concordance by kappa test and low number of errors between TK and DA for all A. baumannii isolates.For P. aeruginosa isolates no synergistic effects were detected by DA and MIC: MIC ratio.The method MIC: MIC ratio showed high concordance with the TK among the colistin-resistant A. baumannii isolates.The combination ceftazidime-avibactam with meropenem showed high synergistic effect for the isolates of S. marcescenscarryingblaKPC-2 gene by DA and TK. The DA showed a good agreement with TK for the combination of fosfomycin-meropenem and ceftazidime-avibactam-meropenem, with a low percentage of minor errors, and could be used to evaluate synergism in vitro for these combinations